人TERT基因启动子区生物信息学分析

目的：探讨人端粒酶逆转录酶基因启动子区的序列特征、转录因子及其结合位点。方法：从NCBI数据库中获取人TERT基因组序列及其启动子序列：利用EMBOSS 6.6.0、CpGfinder 1.0和MethPrimer 1.0软件预测启动子区CpG岛的位置；利用Patch 1.0和PROMO 3.0.2软件预测可与TERT基因结合的潜在转录因子及结合位点。结果：TERT基因定位于5q 13.33,基因序列全长共41 881bp,其启动子位于TERT基因5｀端上游2500bp处，全长2043bp。TERT基因启动子区可能存在２个CpG岛和118个转录因子。结论：通过生物信息学软件对hTERT基因启动子进行预测分析，可提高对hTERT基因启动子的研究效率，以便更加深入了解hTERT基因的调控机制及其生物学功能。     

FAM19A4 基因启动子甲基化检测在 宫颈癌组织中的临床价值

〔摘 要〕 目的：探讨 FAM19A4 基因启动子甲基化检测在宫颈癌组织中的临床价值。 方法：选取 2017 年 1 月至 2018 年 12 月广东医科大学顺德妇女儿童医院病理科采集的宫颈病理样本，其中宫颈癌样本 32 例，高度鳞状上皮内病变（HSIL） 样本 28 例，正常宫颈样本 24 例，通过荧光定量聚合酶链式反应（PCR）检测对三组样本中 FAM19A4 基因启动子甲基化检 出情况进行分析。 结果：不同劳动强度之间并发症种类数量差异具有统计学意义（χ2= 10.84，P = 0.013），劳动强度越重，其并发症种类也越多；不同学历之间的是否使用虚假药物情况差异无统计学意义（χ2 = 1.83，P = 0.40），在用药选择上仍有大多数的患者曾经或正在使用伪劣药品（n = 118）。 结论：FAM19A4 基因启动子 甲基化可能是宫颈癌特异性诊断标志物，可能与宫颈癌的发生以及发展存在一定相关性。     

人Mcl-1基因启动子区结合蛋白的生物信息学分析

目的:对人Mcl-1基因启动子区结合蛋白进行生物信息学分析。方法:从Gene Bank数据库中获取人Mcl-1基因5'调控区,使用在线软件JASPAR对该序列可能存在的转录因子结合位点进行预测。结果:Relative profile score threshold在85%、90%、95%和100%时,该序列存在1700、1147、368和32个可能的转录因子结合位点,包含Arid3a,Atoh1,ETV6,Gata1,GATA3,KLF5,LMX1A,LMX1B,MZF1,Prrx2,SPI1,TBX4,USF1,YY1,ZEB1等。结论:人Mcl-1基因5'调控区存在多种转录因子的结合位点,这些转录因子大多与肿瘤发生,红细胞生成及神经发育等有关。     

氯化铝染毒对大鼠海马APP基因甲基化的影响

目的观察氯化铝(AlCl_3)对大鼠海马淀粉样前体蛋白(APP)启动子区甲基化及β淀粉样蛋白(Aβ)含量的影响。方法健康6月龄雄性SPF级SD大鼠40只,分成4组(正常对照组和AlCl_3低、中、高剂量组),每组10只,各组分别腹腔注射AlCl_30、10、20和30 mg/kg组,正常对照组注射相应体积生理盐水,连续5天,休息2天,共8周。甲基化特异性PCR法(MSP)检测海马APP启动子区的甲基化状态,实时荧光定量PCR(RT-PCR)测定APP mRNA表达水平,ELISA法测APP、Aβ_(42)蛋白表达量。结果随着AlCl_3浓度的增加,大鼠平均逃避潜伏期明显延长(P0.05),AlCl_3中、高剂量组穿越平台的次数明显减少(P0.05);AlCl_3染毒组海马APP启动子区甲基化检出率降低(χ~2=27.61,P0.05),其中,高剂量组APP甲基化的检出率低于其余3组(P0.01),APP甲基化的检出率随AlCl_3染毒剂量增加而降低的趋势(趋势χ~2=19.08,P0.01)。各AlCl_3染毒组APP mRNA的表达水平高于生理盐水组(F=8.973,P0.05)。与正常对照组比较,各AlCl_3染毒组大鼠海马APP、Aβ_(42)蛋白浓度均增高(F=11.14,P=0.032;F=17.82,P=0.018)。与低剂量组相比,中剂量组APP蛋白表达量增加,高剂量组APP、Aβ_(42)蛋白表达量增加,差异均有统计学意义(P0.05)。Aβ_(42)蛋白免疫组化法检测结果示,中、高剂量组海马神经细胞内外出现棕黄色物质,考虑有Aβ的沉积。结论氯化铝染毒可引起大鼠海马APP启动子甲基化水平降低,进而影响APP mRNA表达水平增高,海马组织APP表达量增多,从而导致Aβ产生增多而沉积。     

miR-147启动子区甲基化与胶质瘤临床病理特征的关系

目的:探究45例脑胶质瘤患者组织中miR-147启动子区的甲基化情况及其与临床病理特征的关系。方法:收集山西医科大学附属医院山西医科大学第一医院45例胶质瘤患者行手术切除的肿瘤组织,并用甲基化特异性PCR(MSP)法检测患者肿瘤组织中的甲基化情况。结果:45例胶质瘤患者中有30例(66.7%)患者的miR-147启动子区发现存在甲基化情况,并且甲基化与患者的性别、年龄无关(P>0.05),而与WHO分级有关(P<0.05)。结论:miR-147启动子区异常甲基化可能会影响胶质瘤的发生发展,并且在高级别的胶质瘤组织中,miR-147启动子区更容易发生甲基化。     

pT67M54稳定单克隆细胞株（系）的建立

将一个拟定的目的重组基因构建转染进入一个具有优异品质的包装细胞，建立组合特定目的基因载体的独一无二的稳定单克隆细胞株(系)是一项极为艰苦、富有挑战而又非常重要的工作。根据研究的需要，我们选择和决定将经过一再测试已成功表达的新构建质粒pM54转染进入pT67细胞以建立能生产逆转录病毒(含特异启动子及目的基因)的稳定单克隆细胞株(系)。     

转录调控因子CBF1（RBP—Jκ）对Cbfal和Ose2元件启动子活性的影响

目的：探讨Notch信号转录调控因子CBF1(RBP—Jκ)对核心结合因子Cbfal基因启动子和骨钙素基因启动子区域Ose2元件启动子活性的影响。方法：构建CBF1真核表达载体pCMV—Tag4／CBF1；将梯度浓度pCMV—Tag4／CBF1和荧光素酶报告质粒共转染两成骨前体细胞系Kusa—A1和Kusa-O，用双荧光素酶报告基因方法检测Cbfa1和Ose2元件启动子活性。结果：随CBF1浓度增加，Kusa—A1和Kusa-O细胞中Cbfa1和Ose2元件启动子活性均逐渐提高。统计分析表明：Kusa—A1细胞中1／40μg／μL实验组两启动子活性均与对照组差异显著；Kusa-0细胞中1／40μg／μL实验组Ose2元件启动子活性与对照组差异显著。结论：转录调控因子CBF1可以促进Cbfa1和Ose2元件启动子活性，从而可能对细胞的成骨性分化有正调节作用。     

人牙髓干细胞诱导后人牙本质基质蛋白1基因转录活性的变化和意义

目的:观察人牙髓干细胞(human dental pulp stem cell,HDPSC)经矿化液诱导后牙本质基质蛋白1(dentin matrix protein1,DMP1)的表达、细胞生物学变化以及对人DMP1基因启动子转录活性的影响。方法:通过建立体外培养的HDPSC体外矿化诱导模型,运用RT-PCR、组织染色等方法检测矿化诱导后细胞DMP1 mRNA表达、细胞形态和矿化能力的变化以及对两个DMP1基因启动子重组报告基因载体pGL3-P-193~ 86和pGL3-P-505~ 86活性的影响。结果:HDPSC经矿化液诱导后,能够向成牙本质细胞方向分化,出现成牙本质细胞样细胞表型。与对照组相比较,随着诱导时间的延长,细胞内碱性磷酸酶(ALP)活性增强,较早的出现了矿化结节,说明在诱导液作用后细胞矿化能力升高。诱导后的细胞出现了DMP1 mRNA表达水平增高,pGL3-P-193~ 86和pGL3-P-505~ 86活性均出现增强的趋势,尤其以pGL3-P-505~ 86活性增强更明显。结论:矿化液可诱导HDPSC向成牙本质细胞方向分化,诱导后的细胞矿化能力增强,DMP1表达和转录活性也随之增强,提示DMP1可能参与成牙本质细胞的分化过程。