Application of metagenomic next-generation sequencing for suspected infected pancreatic necrosis

BackgroundMetagenomic next-generation sequencing (mNGS) is increasingly used for the clinical diagnosis of infectious diseases, but there is a paucity of data regarding the application of mNGS in the early diagnosis of infected pancreatic necrosis (IPN).ObjectiveTo investigate the clinical application value of mNGS in the pathogenic diagnosis of IPN.MethodsForty-two patients with suspected IPN were prospectively and consecutively enrolled from August 2019 to August 2021. Blood samples were collected for mNGS and microbial culture simultaneously during fever (T ≥ 38.5 °C). For patients who had indications of surgical interventions, peri-pancreatic specimens were collected for mNGS and microbial culture simultaneously during the first surgical intervention to confirm IPN. The clinical performance of mNGS and microbial culture were compared.ResultsA total of 21 patients (50.0%) were confirmed to have IPN during hospitalization. The sensitivity of blood mNGS was significantly higher than blood culture (95.2% vs. 23.8%, P < 0.001) in diagnosing IPN. The negative predictive value of blood mNGS was 90.0%. The turnaround time of mNGS was significantly shorter than that of microbial culture [(37.70 ± 1.44) vs. (115.23 ± 8.79) h, P < 0.01] and the average costs of mNGS accounted for 1.7% of the average total cost of hospitalization. The survival analysis demonstrates that the positive blood mNGS result was not associated with increased mortality (P = 0.119).ConclusionsWith more valuable diagnostic performance and shorter turnaround time, clinical mNGS represents a potential step forward in the early diagnosis of IPN.     

米氏克雷伯菌合并白色念珠菌感染致不明原因发热一例并文献复习

目的:探讨联合应用宏基因组学和培养组学技术对米氏克雷伯菌合并白色念珠菌感染所致不明原因发热患者的病原检测、分离和治疗措施。方法:分析济南市疾病预防控制中心联合山东大学齐鲁医院对2019年7月1日收治的1例米氏克雷伯菌合并白色念珠菌感染导致的不明原因发热患者的诊疗过程,并复习相关文献。结果:该患者主动脉层术后持续间断发热,经抗真菌治疗后效果不佳,经宏基因组学测序联合培养组学技术分离病原提示疑似米氏克雷伯菌合并白色念珠菌感染,调整使用头孢哌酮钠舒巴坦钠联合卡泊芬净抗感染治疗后,患者发热症状消失,实验室指标恢复正常后出院。结论:米氏克雷伯菌感染较少见,且易误诊为其他克雷伯菌,应用宏基因组学联合培养组学技术可尽早明确该病原所致感染,以进行针对性的抗感染治疗。     

重症恙虫病延治致多器官功能衰竭1例

目的 报告临床确诊为重症恙虫病延误治疗致多器官功能衰竭病例1则,结合文献学习,以提高临床医生对重症恙虫病的认识。 方法 报告广州中医药大学第一附属医院1例重症恙虫病患者的临床及实验室检查结果并进行分析,结合文献学习,对重症恙虫病的诊治进行总结。 结果 患者,男,47岁,因反复胸闷半月,加重伴发热、意识障碍2 d入院,查体见全身红色斑丘疹、阴囊处一火山口焦痂,外周血宏基因组新一代测序(mNGS)提示恙虫病东方体。予多西环素抗感染、支持治疗等对症处理后,患者白细胞、中性粒细胞百分比等逐日升高、氧合指数持续下降、凝血功能障碍、心肝肾多器官功能衰竭,病情持续恶化,最终死亡。 结论 恙虫病的预后在于尽早诊治,合理施治。早期诊治,一般预后良好。恙虫病的延误诊治可加重患者的器官损害,增加患者死亡风险。     

普雷沃氏菌感染致肺脓肿特征分析

目的探讨普雷沃氏菌及其感染导致的肺脓肿的诊断学特征。 方法回顾性分析2021年8月22日西部战区总医院呼吸与危重症医学科收治的1例普雷沃氏菌感染所致肺脓肿患者的临床相关资料,查阅并复习与之相关的文献资料。 结果51岁男性患者以发热伴胸痛就诊,经常规痰液、胸腔积液及血液细菌培养均未发现明确致病菌,血常规及降钙素原等感染指标明显升高,胸部CT提示肺脓肿形成,经验性先后予以美罗培南、莫西沙星、甲硝唑抗感染治疗近1个月无效。灌洗液及血液宏基因组二代测序(mNGS)技术明确致病菌为普雷沃氏菌,进而针对病原学治疗,患者病情好转。 结论普雷沃氏菌是一种条件致病菌,当感染患者经常规经验性治疗无效时,mNGS技术在复杂性感染病原学诊断中具有重要价值和意义,值得在临床上进一步推广。     

Altered gut microbiome composition in patients with Vogt-Koyanagi-Harada disease

ABSTRACT

Background

Vogt-Koyanagi-Harada (VKH) disease is a multisystemic autoimmune disorder characterized by granulomatous panuveitis. Gut microbiome has been considered to play a role in the pathogenesis of this disease but whether the alternation of gut microbiome was involved is unclear. This study was set up to identify abnormalities of gut microbiome composition in VKH disease.     

宏基因组二代测序技术在脊柱感染病原微生物诊断中的应用

【摘要】 目的：探讨宏基因组二代测序（metagenomic next-generation sequencing,mNGS）技术在脊柱感染疾病中诊断病原微生物的能力和价值。方法：纳入2019年1月～2020年12月收治的46例疑似脊柱感染患者,其中男性26例,女性20例;年龄26～77岁（50.4±15.7岁）。获取患者的血液和病灶组织或脓液标本（CT引导下穿刺活检21例,开放手术25例）,行微生物培养、血清学检测、病理检查和mNGS检测后进行结果的比较分析。结果：46例标本均在48h内获得了mNGS结果,微生物培养、血清学检测、病理检查等传统实验室检测时间1~12d不等。经临床最终诊断共35例为脊柱感染,11例为非脊柱感染。35例脊柱感染患者中,化脓性细菌感染14例,结核感染5例,布鲁菌属感染4例,未明确病原微生物感染12例;11例非脊柱感染患者中,脊柱肿瘤3例,终板Modic改变4例,终板骨折1例,DISH病合并假关节1例,强直性脊柱炎合并假关节2例。通过mNGS检测发现了脆弱拟杆菌、微小微单胞菌、齿垢密螺旋体、贝纳柯克斯体等少见病原微生物。mNGS在种水平与临床最终诊断的一致性为82.61%（19/23）,在属水平的一致性为95.65%（22/23）。微生物培养阳性率为42.86%（15/35）,mNGS检测阳性率为94.29%（33/35）,二者存在统计学差异（P＜0.01）。mNGS检测的敏感度为91.43%,特异度为90.91%,阳性预测值96.97%,阴性预测值76.92%。结论：宏基因组二代测序技术检测病原微生物快速、高效、准确,在脊柱感染疾病的诊疗中有较高的诊断价值。     

宏基因组测序在感染性疾病患者无菌部位检测病原体的价值

目的 探讨宏基因组测序（Metagenomic Next-generation Sequencing, mNGS）在疑似感染患者无菌部位检测病原体的价值。方法 对2018年1月—2019年11月中山大学附属第五医院收治672例疑似感染性疾病患者同步进行细菌培养及宏基因组测序,分析宏基因组测序检出病原体的阳性率及影响因素（抗生素暴露、标本类型）、病原体分布、科室分布情况。结果 672例患者样本中培养阳性率为8.6%,宏基因组测序阳性率为35.4%,宏基因组测序阳性中细菌、病毒、真菌、立克次体、寄生虫和支原体/衣原体检出率分别为43.7%、21.9%、15.4%、16.1%、1.8%和1.1%;抗生素使用前、后阳性率分别为32.9%和37.9%,差异无统计学意义（P>0.05）;血液、脑脊液、组织、关节穿刺液、其他标本中阳性检出率分别为40.5%、24.1%、45.0%、36.8%、30.4%,差异有统计学意义（P<0.05）。送检科室感染科、血液科、神经内科、骨科、呼吸内科、ICU及其他科室阳性检出率分别为42.9%、34.2%、15.7%、36.7%、28.6%、21.1%、39.0%,差异有统计学意义（P<0.05）。 672例患者中有41例mNGS与培养均阳性,其中有31例培养结果与mNGS一致,10例结果不一致;在mNGS阴性的434例样本中有17例培养阳性。结论 宏基因组测序提高感染性疾病病原体的检出率,尤其对病毒、立克次体、寄生虫、结核分枝杆菌及罕见病原体的检出有优势,但检测结果是否为致病菌需结合流行病学和临床特征综合评估。抗生素的使用不影响mNGS用于无菌部位中病原体的检测。     

脊髓法猴体神经毒力试验对恒河猴肠道菌群的影响研究

目的 探讨脊髓注射法猴体神经毒力试验对肠道菌群的影响。方法 用Ⅲ型脊髓灰质炎减毒活疫苗进行脊髓法猴体神经毒力试验,收集3只神经毒力试验恒河猴及3只健康恒河猴粪便样本,提取细菌总DNA,采用新一代高通量测序技术对16S rRNA基因的V3~V4高变区测序并进行物种分类、丰度及多样性分析。结果 神经毒力试验对动物脊髓造成不同程度的病理损伤;试验组粪便微生物多样性降低,门水平上两组菌群无差异,优势菌群主要为硬壁菌门、变形菌门及拟杆菌门,占比总和超过95%;属水平上有普雷沃菌属（Prevotella）、芽殖菌属（Gemmiger）等11种菌属存在显著差异（P<0.05）。结论 脊髓注射法猴体神经毒力试验对动物造成脊髓损伤并引起粪便内乳酸菌属（Lactobacillus）、普雷沃菌属（Prevotella）及芽殖菌属（Gemmiger）等菌属组成变化,为建立非人灵长类动物脊髓损伤模型提供理论依据。