肝癌及癌旁组织中P~(53)基因第七外显子转录水平的表达差异及临床意义

目的 :研究启东区肝癌中 P53基因第七外显子转录水平的表达及其与患者临床病理特征间的关系。方法 :通过 RT- PCR确定 P53基因第七外显子在 47对肝癌标本中的表达 ,并分析其与肝癌患者临床病理特征间的关系。结果 :P53基因第七外显子在肝癌及其癌旁组织中均显示差异表达 ,其中 1 7例为上调表达 ,30例为下调表达 ,上下调表达之间差异显著 ;女性、年龄≥ 45岁、AFP( + )、HBs Ag( + )、癌栓 ( + )、肝硬化、病理 Edmondson's 级的病例中 P53基因第七外显子均呈显著下调表达 ;Edmondson's I级病例肝癌组织中 P53基因的 EI显著高于 Edmondson's 级病例。结论 :启东肝癌中 P53基因第七外显子转录水平上存在表达差异 ,且其异常表达与肝癌的临床病理特征有关     

应用外显子结合目标区域捕获测序芯片对一回族先天性白内障家系致病基因的检测

背景 先天性白内障是造成儿童盲和弱视的重要原因,其中约50％的先天性白内障具有遗传性.目的 应用眼遗传病外显子结合目标区域捕获测序芯片检测一常染色体显性遗传先天性白内障家系的致病基因.方法 于2011年在宁夏眼科医院收集一回族常染色体显性遗传先天性白内障家系,采集家系中患者及表型正常成员的临床资料.对家系成员进行眼科检查,抽取患者、表型正常家系成员及300名正常对照者的外周静脉血各5 ml,提取DNA,利用眼遗传病外显子结合目标区域捕获测序芯片筛查和检测候选致病突变位点.采用PCR和直接测序法对家系成员和正常对照者进行突变位点验证,最终确定致病突变位点.结果 该家系共6代61名成员,均为回族,先天性白内障患者18例,为5代遗传,符合常染色体显性遗传特征.患者中合并眼球震颤和斜视者7例,合并高度近视者4例,来诊前均已实施白内障摘出术.利用眼遗传病外显子结合目标区域捕获测序芯片检测结合生物信息学方法筛查后共得到8个候选致病突变位点,其中5个在非编码区,3个在编码区,通过PCR和直接测序法验证确定CRYGD基因上的P24T突变是该家系的致病突变位点.该突变与家系内所有患者表型共分离,在家系表型正常者及300名正常对照者均未发现此突变.结论 外显子结合目标区域捕获测序技术快速检测CRYGD基因P24T突变为该先天性白内障家系致病突变,该技术为临床表型多样、致病基因众多的先天性白内障的致病基因检测提供新的手段.     

帕金森病患者parkin基因全外显子缺失突变研究

目的 观察不同亚型帕金森病(PD)患者中parkin基因全部12个外显子的缺失分布，探讨parkin基因在PD发病机制中的可能作用。方法 63例PD患者根据发病年龄分为早发性PD(32例)和晚发性PD(31例)。以基因组DNA为模板，扩增parkin基因第1～12号外显子，然后行琼脂糖电泳，观察外显子纯合性缺失的分布。结果 63例PD患者中发现外显子2、4纯合性缺失各1例，外显子3纯合性缺失2例，这些缺失均出现于早发性PD组。结论 parkin基因外显子2～4的纯合性缺失可能是我国早发性PD患者的致病原因之一。     

Parallel Cascade Recognition of Exon and Intron DNA Sequences

Many of the current procedures for detecting coding regions on human DNA sequences combine a number of individual techniques such as discriminant analysis and neural net methods. Recent papers have used techniques from nonlinear systems identification, in particular, parallel cascade identification (PCI), as one means for classifying protein sequences into their structure/function groups. In the present paper, PCI is used in a pilot study to distinguish exon (coding) from intron (noncoding; interspersed within genes) human DNA sequences. Only the first exon and first intron sequences with known boundaries in genomic DNA from the T-cell receptor locus were used for training. Then, the parallel cascade classifiers were able to achieve classification rates of about 89% on novel sequences in a test set, and averaged about 82% when results of a blind test were included. In testing over a much wider range of human nucleotide sequences, PCI classifiers averaged 83.6% correct classifications. These results indicate that parallel cascade classifiers may be useful components in future coding region detection programs. © 2002 Biomedical Engineering Society. PAC2002: 8715Cc, 8714Gg, 8715Aa     

人tau蛋白外显子2和外显子3特异性抗体的制备

目的 制备人微管相关蛋白tau N端的外显子2和外显子3特异性多克隆抗体.方法 从人外周血DNA中获得tau蛋白外显子2及外显子3序列并连接至原核表达载体pGEX-2T,表达纯化重组融合蛋白GST-E2、GST-E3;以此融合蛋白免疫家兔及小鼠制备抗血清,通过ProteinG/A、偶联GST蛋白的溴化氰(CNBr)活化柱对抗血清进行亲和纯化;用Western Blot及ELISA方法确定所制备抗体的特异性和敏感性.结果 在大肠埃希菌中表达纯化出人tau外显子2和外显子3重组融合蛋白GST-E2和GST-E3,相对分子质量为29×103.免疫实验动物后获得抗血清,经系列纯化后Western Blot和ELISA检测显示,制备的抗人tau蛋白外显子2和外显子3抗体具有良好的特异性和免疫反应效价.结论 成功制备了4种人tau外显子2和外显子3特异性抗体,为进行tau蛋白在神经退行性疾病中的作用研究提供了基础.     

Van der Woude综合征一家系遗传学分析

目的分析Van der Woude综合征一家系的临床和遗传学特征。方法采集先证者的脐带血和父母的外周血行全外显子组测序，初步确定候选致病基因。收集该家系9位成员的外周血进行Sanger测序验证、生物信息学分析、基因型与表型的相关性分析。结果先证者经超声诊断为唇腭裂，其父亲和祖母有下唇凹陷，其他成员无类似表型。先证者及其父亲、祖母 IRF6基因第4号外显子均存在c.263A>G（P.N88S）错义突变，其他无表型的家系成员不存在该突变。 结论 IRF6：c.263A>G（p.N88S）错义突变为该家系的致病原因，该突变在中国Van der Woude综合征家系中首次发现。     

树突状细胞表面特异性非整联蛋白外显子4在中国裔丙型肝炎患者中的遗传多态性

目的探讨树突状细胞表面特异性非整联蛋白（DC—SIGN）及其同源物（DC-SIGNR）外显子4遗传多态性在中国裔丙型肝炎患者中是否存在遗传易感性。方法采用PCR结合DNA测序对300例丙型肝炎患者和520名健康人的DC-SIGN和DC-SIGNR外显子4重复序列多态性进行基因分型和测序分析。结果DC—SIGN外显子4基因型与等位基因频率在丙型肝炎患者和健康人群间差异无统计学意义（P〉0．05）。DC-SIGNR外显子4等位基因的频率差异也无统计学意义（P〉0．05）；但9／5基因型分布频率在丙型肝炎患者和健康人群间的差异有统计学意义（P〈0．05）。结论DC-SIGN外显子4遗传多态性与HCV感染易感性无明显相关性；9／5基因型DC-SIGNR外显子4在丙型肝炎患者中的分布频率较高，可能与HCV感染的易感性相关，值得进一步研究。     

中国人NF1基因突变分析

目的通过对28个家系56例Ⅰ型神经纤维瘤病患者NF1-GRD相邻外显子进行突变检测．探讨和分析中国人NF1，基因的突变规律、突变类型、机制以及与临床表型的相关性，以期发现潜在的突变热点。方法采用聚合酶链反应一单链构象多态性和（或）异源双链分析（SSCP／HA）技术，结合DNA测序方法，对56例Ⅰ型神经纤维瘤病患者的NF1基因第20、28、29、39号外显子的突变或多态性进行筛查。结果在所检测的28个家系中有一家系父子3例Ⅰ型神经纤维瘤病患者的NF1基因第20号外显子均出现异常移动的电泳条带，重复检测单链构象多态实验无异常发现，而异源双链实验则仍显示有1条移动异常的双链电泳条带，DNA测序证实为该家系第20号外显子上T—G的杂合性突变，即kull41Arg错义突变。同时发现，另1例Ⅰ型神经纤维瘤病患者的第28号外显子亦表现为电泳条带移动异常．测序证实为第28号外显子5’端上游第28位核苷酸G→T杂合子。未发现第29号和39号外显子电泳条带移动异常。结论聚合酶链反应一单链构象多态性与异源双链分析联合应用，可提高Ⅰ型神经纤维瘤病基因突变检测的敏感性和阳性检出率。所测28个家系56例患者NF1基因的第20、28、29及39号外显子并非突变热点或突变率相对较高的区域。     

鸟苷素和尿鸟苷素外显子基因多态性与原发性高血压的关系

目的探索鸟苷素外显子基因多态性与原发性高血压之间的关系。方法选择78例原发性高血压患者,其中20例利用直接测序法、58例用限制性酶内切的方法分析等位基因类型。结果与北京普通人群相比,原发性高血压患者鸟苷素第1外显子7 Set(C)/Phe(T)等位基因和基因型分布差异均有统计学意义,Phe(T)等位基因频率(突变型)在原发性高血压患者(33.3%)中显著低于普通人群(61.1%),基因型7 Phe/Phe在原发性高血压患者中明显低于普通人群(16.7%比35.6%,P<0.01)。尿鸟苷素第1外显子发现2个基因多态性位点,但与普通人群相比较,其等位基因和基因型分布差异无统计学意义。鸟苷素和尿鸟苷素第2和第3外显子未发现基因多态性。结论鸟苷素第1外显子7 Phe/Phe基因可能是原发性高血压的保护性基因。     

DC-SIGN和DC-SIGNR外显子4在中国结核患者中的遗传多态性

目的探讨DC-SIGN和DC-SIGNR外显子4在中国结核患者中是否存在遗传易感性。方法采用PCR结合DNA测序对227例结核患者和520例健康人群的DC-SIGN和DC-SIGNR外显子4重复序列多态性进行基因分型和测序分析。结果 DC-SIGN外显子4基因型与等位基因频率在结核患者和健康人群间差异无统计学意义（P〉0.05）;DC-SIGNR外显子4等位基因的频率差异也无计学意义（P〉0.05）;但6/6基因型分布频率在结核患者和健康人群间的差异有统计学意义（P〈0.05）。结论 DC-SIGN外显子4遗传多态性与结核感染易感性无明显相关;6/6基因型DC-SIGNR外显子4在结核患者中的分布频率较高,可能与结核感染的易感性相关,值得进一步研究。