慢性胃炎和消化性溃疡中幽门螺杆菌babA2和cagA及vacA基因型分析

目的 :研究慢性胃炎和消化性溃疡中幽门螺杆菌 (Hp) bab A2、cag A、vac A基因型的分布 ,探讨 Hpbab A2、cag A、vac A基因型与慢性胃炎和消化性溃疡的关系。方法 :用聚合酶链反应测定 5 8株从浙江省慢性胃炎和消化性溃疡患者中分离的 Hp bab A2基因、cag A基因和 vac A基因亚型。结果 :5 8株 Hp中 bab A2、cag A、vac A s1a、vac A m1、vac A m2基因的阳性率分别为 87.9%、10 0 %、93.1%、1.7%、65 .5 %。慢性胃炎和消化性溃疡患者感染的Hp bab A2、vac A s1a、vac A m2基因阳性率差异无显著性 (P>0 .0 5 )。结论 :从浙江地区慢性胃炎和消化性溃疡患者中分离的 Hp bab A2、cag A、vac A基因型均以 bab A2阳性、cag A阳性和 vac A s1a/ m2型为主 ,未发现 Hp bab A2、cag A和 vac A基因型与慢性胃炎和消化性溃疡的关系。     

浙江地区幽门螺杆菌cagA、vacA、iceA基因型别分析

据初步统计 ,全世界超过 5 0 %的人群有幽门螺杆菌 (Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒｐｙｌｏｒｉ,Ｈｐ)感染。其中西方国家的感染率为 2 5 %～ 5 0 % ,发展中国家有的高达 90 % 〔1〕。然而 ,只有少数感染者发展成消化性溃疡或胃癌 ,其中的原因尚不清楚。有研究表明 ,Ｈｐ的ｃａｇＡ、ｖａｃＡ、ｉｃｅＡ基因可能与疾病的发生有关。有关ｃａｇＡ、ｖａｃＡ与疾病的关系我国也有报道〔2〕。本文研究了浙江地区Ｈｐ菌株的ｃａｇＡ、ｖａｃＡ、ｉｃｅＡ基因型别并分析了与疾病的关系。材料和方法Ｈｐ菌株的来源 :Ｈｐ菌株分离自 60例胃、十二指肠疾…     

浙江省2005年麻疹病毒流行株基因特性分析

目的分析浙江省2005年麻疹病毒流行株的基因特性.方法对暴发疫情中分离的4株麻疹病毒采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增血凝素蛋白（H）和核蛋白（N）基因,纯化产物进行核苷酸序列测定.结果浙江省2005年分离到的4株麻疹病毒流行株均为麻疹H1基因型,属于中国麻疹病毒优势基因型.各分离株之间H基因氨基酸同源性为99.2%～99.7%,N基因氨基酸同源性为99.8%;与中国疫苗株沪191株的H基因和N基因比较,其氨基酸水平上的同源性分别为95.2%～95.5%和95.5%.结论浙江省2005年分离到的麻疹病毒流行株属于同一性状毒株,均为H1基因型;与中国疫苗株沪191株相比较,两者在基因特性上存在明显差异.     

浙江省流行性感冒病毒监测与HA1基因分析

目的了解浙江省流感病毒变异情况和WHO推荐流感疫苗株对我省人体的保护情况。方法对浙江省近两年分离到的甲3型流感病毒进行核酸提取、病毒血凝素HA1基因核苷酸序列测定,与WHO推荐疫苗株进行对比。结果近两年分离到的甲3型流感病毒株HA1区域的核苷酸序列长度均为987bp,未发现核苷酸的丢失和插入,相应的点突变率为0.8~1.3%,推导的氨基酸序列长度均为329个。2003年分离的毒株与同期WHO推荐使用的疫苗株A/Moscow/10/99相比,核苷酸同源性只有95.6%~95.9%,氨基酸总变异达20个,发生在抗原决定簇A、B区的有6个位点。2004年分离的毒株与同期WHO推荐使用的疫苗株A/fujtan/411/2002(A/Kumamoto/102/2002,A Wyoming/3/2003)相比,核苷酸同源性达98.6%~99.1%,仅发生3~6个氨基酸的变异,基因进化树上,我省2003、2004年分离的毒株都属于同一类性状的毒株,与2004年WHO推荐疫苗株接近,远离2003年推荐疫苗株。结论我省甲3型流感病毒的抗原性已发生漂移。2003年WHO推荐使用的流感疫苗株对我省甲3型流感的预防效果不够理想,2004年推荐使用的疫苗株对我省甲3型流感的预防效果较好。     

TaqMan-MGB荧光定量逆转录聚合酶链反应快速检测甲型流感病毒

目的:建立一种特异、灵敏、快速检测甲型流感病毒核酸的荧光定量RT-PCR方法。方法:根据GenBank登录的流感毒株序列,应用生物软件在甲型流感病毒膜蛋白(MP)基因的保守区设计与筛选引物和MGB探针,对荧光定量RT-PCR反应体系与条件进行优化,验证方法的特异性和敏感性。并通过对疑似流感临床样本的检测,以评价该方法的实际应用价值。结果:该方法对甲型流感病毒的检测有高度的特异性、通用性,对乙型流感、麻疹、风疹、腮腺炎、RSV和腺病毒等其他呼吸道病毒均无交叉反应,检测的灵敏度达0.1TC ID50,可从疑似流感患者含漱液中直接检测流感病毒核酸,从病毒核酸提取至完成检测仅需2.5 h左右,且操作简便,重复性好。结论:本研究建立的MGB荧光定量RT-PCR的方法具有特异、敏感、快速的特点,适用于甲型流感疫情的应急快速检测。     

TaqMan荧光定量逆转录-聚合酶链反应快速检测麻疹病毒核酸

目的建立以特异性荧光探针为特点的TaqMan荧光定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法.方法检测麻疹病毒的核酸,对设计的引物与探针进行筛选与条件优化.结果 Tag Man荧光定量RT-PCR方法具有对麻疹病毒核酸检测的高度特异性与准确性,检测的敏感度可达0.1TCID50,从病毒核酸提取至检测完成仅需3个多小时,操作简便,而且大大减少了常规PCR扩增产物的污染机会.结论采用Tag Man荧光定量RT-PCR方法对麻疹病毒与相关的临床样本进行了检测,均获得了满意的结果,为麻疹病毒的分子生物学检测,提供了一种新方法.     

浙江省肠道病毒71型的分离与VP1区域序列分析

目的研究浙江省手足口病患者中肠道病毒（EV）71型分离株的病毒基因特征。方法采集手足口病患者粪便、疱疹液和咽拭子标本，进行病毒分离和逆转录一聚合酶链反应（RT—PCR）特异性扩增进行鉴定，同时选取其中6株EV71分离毒株，对其抗原决定簇部位VP1区进行核苷酸序列测定并参考EV71A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析和构建系统发生树。结果从14份标本中分离出EV9株，经中和试验和RT—PCR特异性扩增，均证实为EV71。其中6株EV71分离毒株与A、B基因型参考毒株的核苷酸和氨基酸同源性分别为82．9％～85．5％和94．9％～98．0％；与C基因型比较，同源性分别为89．2％～94．1％和97．0％～99．0％。而与C基因型的C1、C2、C3、C4亚型代表株的核苷酸同源性分别为91．0％～92．2％、90．2％～90．3％、89．2％～89.5％、96．7％～96．9％，其中与国内以往分离到的C4亚型毒株的核苷酸同源性可达93.8％～97．1％。在系统发生树上，这6株毒株均在C基因型中，与属C4亚型的11株毒株属同一分支。结论浙江省手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型。     

浙江省人禽流感病毒Zhejiang/16/2006株的基因特性分析

目的 分析浙江省首例报道的人禽流感H5N1病毒株A/Zhejiang/16/2006的基因特性与系统进化关系.方法 对A/Zhejiang/16/2006病毒株的全序列8个基因片段作序列测定,并与国内外相关病毒株进行同源性与系统进化比较.结果 A/zhejiang/16/2006的HA序列,与周边国家和地区的H5N1病毒株之间存在11个氨基酸的差异,但这些差异并未影响到相关糖基化位点的稳定;在NA区,1997年以后的毒株均缺少第49～68位的20个氨基酸.总体上中国大陆近年H5N1毒株的8个基因片段与周边国家和地区毒株相比形成另一个分支,并与1996-1997年香港及广东的H5N1毒株之间存在较大差异,但有个别毒株的基因片段在系统进化树上远离当前的毒株而更接近1997年的病毒株.结论 A/zhejiang/16/2006与中国大陆近年的病毒株自成一个体系,与周边国家和地区的H5N1病毒株之间存在一定差异.     

浙江省人感染H7N9禽流感病毒的基因组序列分析

目的分析浙江省2013年4月初一例人感染甲型H7N9禽流感患者的病原学和基因组序列特征.方法提取患者标本的病毒RNA并用荧光定量RT-PCR方法检测,一步法RT-PCR扩增H7N9禽流感病毒基因组的8个片段,测序并拼接出基因组序列.下载目前已经公布的H7N9禽流感病毒和其他H7、N9亚型的病毒的HA和NA序列,采用Mega 5.1软件对其进行序列比对并构建进化树.根据测序的结果分析该例H7N9禽流感病毒的序列变异情况.结果该患者标本甲型流感、H7亚型和N9亚型均为阳性,通过扩增基因组各片段并进行测序.对血凝素和神经氨酸酶基因进行比对和进化树构建,结果显示该H7N9病毒HA基因与A/duck/Zhejiang/12/2011(H7N3)的亲缘关系最近,NA基因与A/wild bird/Korea/A14/2011 (H7N9)的亲缘关系最近.编码内部蛋白的6个基因均与中国大陆近两年的H9N2毒株最为相似.该标本的病毒HA蛋白发生了Q226L突变,而与已经公布的人感染H7N9禽流感毒株均不一致的是PB2未发生E627K突变.结论从该份临床标本完成了检测和基因组各片段的扩增与测序.该病毒与已报道的人感染H7N9禽流感病毒同源性高,存在Q226L等重要位点的突变,但PB2未发生E627K突变.     

浙江省近年甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因序列分析

目的 分析浙江省2009 2013年初甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因(NA)序列进化特征。 方法 提取浙江省2009 2013年初29株甲型H1N1流感病毒基因组RNA,反转录－聚合酶链反应(RT-PCR)扩增NA基因,测序并拼接出ORF。以浙江省不同年份与地域15份代表性毒株NA序列和GenBank数据库中选取的22株2009 2012年国内外甲型H1N1流感病毒NA基因序列,采用MEGA 5.1软件对其进行序列比对并构建种系发生树。 结果 扩增并测序获得29株甲型H1N1流感病毒的NA基因ORF的全长序列,与国内外甲型H1N1流感病毒NA序列比对后显示序列的同源性较高,浙江省毒株与北美早期甲型H1N1流感病毒典型代表株A/California/04/2009(H1N1)的同源性为98.20％~99.50%,其中采集于2012年末和2013年初的4份病毒NA与A/California/04/2009(H1N1)的同源性为98.63%~99.14%。在1株采集于2010年1月的甲型H1N1流感病毒NA的基因序列中发现可导致奥司他韦耐药的H275Y突变基因型。 结论 虽然浙江省后期的甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因累积了更多的变异,但所有毒株之间基因同源性仍然较高,所有毒株的神经氨酸酶基因同源性达到98.20％及以上,序列分析结果证实1份毒株携带奥司他韦耐药基因型突变。