IL-33调控肿瘤免疫微环境中IFN-γ的生物信息学分析

目的 通过生物信息学方法分析白细胞介素-33(interleukin-33,IL-33)对肿瘤免疫微环境的影响,探讨在肿瘤免疫微环境中IL-33上调干扰素-γ(interferon-gamma, IFN-γ)表达的机制。方法 应用生存曲线在线分析工具分析IL-33表达对患者生存时间的影响。从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载数据,进行基因本体论(gene ontology,GO)分析、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析和蛋白网络相互作用分析,探讨IL-33对相关基因的功能和信号通路的影响。从临床蛋白质组肿瘤分析协会(Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium, CPTAC)蛋白和蛋白磷酸化组数据库中下载数据,分析IL-33表达与异质性胞核核糖核蛋白D(heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D,HNRNPD或AU-rich element binding factor 1,AUF1)表达的相关性。结果 生存曲线在线分析结果显示IL-33的高表达显著改善多种癌症生存预后。在IL-33受体St2敲除鼠结肠癌模型中,IFN-γ表达显著下调。IL-33影响的基因主要富集于对IFN-γ的反应,对IFN-β的反应,固有免疫调控等信号通路和生物过程中。CPTAC蛋白质组数据分析提示IL-33和AUF1表达显著负相关(r=-0.64,P<0.001)。结论 IL-33在肿瘤免疫微环境中可以增强免疫细胞IFN-γ的表达,IL-33可以通过下调AUF1的表达,阻止AUF1所属的“AUF1和信号转导调控复合体”对IFN-γ mRNA的攻击。