甲基化遁逸与保守氨基酸的进化

甲基化造成的大量C→T转换，为进化提供了源源不断的突变，而同时其所编码的氨基酸则逐渐丧失了遗传上的保守性。与此相反，由G至A的原发性转换可能甚少，相应密码子所对应的氨基酸则相对稳定，从而使可避免甲基化的GDN和DGN三联密码成为保守氨基酸进化的必要条件。     

基于DE的浮点数编码自适应进化算法研究

DE自问世以来,一直是进化计算研究的热点.DE有着良好的搜索特性、较强的鲁棒性和较高的微调能力.而浮点数编码在提高算法性能和运算质量,将进化算法应用于工程优化领域中有着其它编码所不能比拟的优势.本文将DE与浮点数编码的进化计算相结合,提出了基于DE的浮点数编码自适应进化算法.经过分析和实验,验证了本算法在搜索性能上是可靠的,方法是可行的,在工程优化中具有较强的实用性.     

基于人类进化节奏差异造成的人种胫骨平台解剖偏差对膝关节假体设计的影响

目的 分析进口膝关节假体与国人胫骨平台截骨面的匹配程度,探讨其对膝关节假体设计的影响及人类进化节奏的差异。方法 回顾性研究。选取2018年1月—2020年1月首都医科大学附属北京朝阳医院骨科非膝关节疾病患者60例（120膝）、健康志愿者20名（40膝）,其中男46例（92膝）,女34例（68膝）,年龄24~72岁、平均46.8岁。均行双侧膝关节CT扫描及三维重建,并在高级图像工作站（GE ADW 4.3）上对三维重建的胫骨图像进行旋转、切割,测量并比较不同性别被试胫骨平台截骨面横径、前后径等线性参数的差异;采用5 mm容差范围法,分别评估按照白种人体质参数设计生产的Depuy-PFC sigma（假体A）、Link-Gemini MK-Ⅱ（假体B）、Zimmer-Nexgen（假体C）3种进口假体与成年国人胫骨平台截骨面的匹配率,并采用χ²检验进行比较。结果 测得80例160膝成年国人胫骨平台截面横径为（74.2±2.8）mm,其中男性为（76.2±2.7）mm,大于女性的（68.1±2.9）mm,差异有统计学意义（t=18.18,P<0.001）;前后径为（48.2±2.6）mm,其中男性为（50.5±2.5）mm,大于女性的（46.3±2.7）mm,差异有统计学意义（t=10.15, P<0.001）。假体A、假体B、假体C与受试者胫骨平台截骨面的匹配率分别为41.25％（66/160）、46.88％（75/160）和26.25％（42/160）,假体C低于假体A和假体B,差异均有统计学意义（χ²=8.05、14.67,P值均<0.05）,而假体A与假体B间差异则无统计学意义（χ²=1.03,P=0.184）。结论 基于白种人体质参数设计的进口膝关节假体与中国人胫骨平台截骨面的匹配度普遍较低;国人正常胫骨平台截骨面的几何形态同白种人有明显的区别,因此国人膝关节假体设计时不能照搬白种人的体质参数。中国人的胫骨平台截面相对较圆,因而推测在人类的进化过程中,中国人从四肢行走到直立行走可能较白种人更早。     

2009至2016年中国甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因进化分析及流行趋势预测

摘要:目的：分析2009至2016年中国甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因（NA）进化特征,预测其流行趋势,为流感疫苗评价提供依据。 方法：从全球共享禽流感数据倡议组织（GISAID）数据库及美国国家生物技术中心（NCBI）数据库下载甲型H1N1流感病毒NA基因序列1 141条。利用邻接法进行系统进化分析和遗传变异分析,利用Bayesian skyline Plot预测流行趋势。 结果：2009至2016年中国甲型H1N1毒株NA基因与参考毒株的同源性逐年降低。遗传进化分析显示同一年份的毒株在系统进化树上基本呈现集中分布。除2012年,其余各年份的毒株均通过不同模型得到正向压力选择位点。动力学分析显示2017年甲型H1N1可能达到一个流行高峰。 结论：甲型H1N1流感病毒NA基因所编码的氨基酸逐年变异,需进一步加强流感监测。     

hsa-miR-150-5p的生物信息学分析

目的探讨hsa-miR-150-5p在其基因家族的进化关系及可能介入的生物学过程。方法利用人类miRNA表达数据库(HMED)获得hsa-miR-150-5p在不同组织和疾病中特异性表达丰度信息,运用miRBase、Clustalw2和MEGA5.0分析软件获取hsa-miR-150-5p的染色体定位、碱基序列比对特征和进化规律等基本信息,通过miRDB、PicTar和TargetScan进行靶基因预测,采用基因本体(GO)和代谢通路富集分析(KEGG)对靶基因的生物学功能注释分析,进一步认识hsa-miR-150-5p的生物学功能。结果通过同源性搜索在miRBase数据中获得miR-150基因家族成员的序列36条,分布于23个物种。多序列比对发现miR-150基因家族成员序列碱基保守性很高,其中有16个碱基完全保守,6个碱基相对保守。进化分析表明人类的miR-150与青鳉、三文鱼、钳鱼、斑马鱼的分子系统进化关系较远,与其他18个物种的进化关系较近。对miRDB、PicTar和TargetScan预测的靶基因进行交集后共得到25个靶基因,GO分析结果显示靶基因参与多个信号通路的调节,包括转录因子、锌指蛋白、Toll样受体信号通路的转导蛋白、ATP偶联的离子型通道受体和细胞因子信号传导抑制蛋白等。结论 hsa-miR-150-5p在多种组织和疾病中表达,分布具有组织特异性,可能在机体的多种生理、病理过程中发挥重要作用,并可能通过调控多个靶基因而参与各个信号通路调节。     

寄生虫及其宿主协同进化的研究进展

该文对寄生虫及其宿主协同进化的相关概念、研究模型、研究方法、内在机制以及与免疫的相互关系进行了综述。     

山东省淄博市淄川区淡色库蚊病原携带现况调查

【目的】了解山东省淄博市淄川区淡色库蚊(Culex pipiens pallens)病原携带现况。【方法】在2017—2018年蚊虫活动高峰期采集淄川区淡色库蚊,通过RT-PCR扩增甲病毒属、黄病毒属、布尼亚病毒属和辽宁病毒目标片段及测序,检测蚊虫所携带的病毒种类及数量,利用Excel软件PooledInfRate v4统计程序通过最大似然法估计蚊虫带毒率,利用MEGA7.0软件对所得病毒NS5基因和E基因核酸序列与Genbank中已知库蚊黄病毒参考毒株进行系统发生树构建,分析确定病毒的基因型。【结果】从3组淡色库蚊(ZCB10_A22_2、ZCB11_A23_2、ZCC2_A26_2)中扩增得到库蚊黄病毒,蚊媒活动高峰期蚊虫带毒率为5.04‰(95%CI:1.35‰～13.78‰),未检测到甲病毒属、布尼亚病毒属和辽宁病毒。NS5基因系统发育分析发现3组病毒与分离自上海的病毒株(MG602497.1)遗传关系最近,相似度为96.83%～97.23%;E基因系统发育分析发现3组病毒与分离自日本东京的病毒株(AB262759.2、AB377213.1)遗传关系最近,相似度为97.55%～97.72%。病毒分型为Ⅰ型库蚊黄病毒。【结论】淄川区淡色库蚊携带库蚊黄病毒,应持续开展蚊虫携带病原体监测。     

副粘病毒Tianjin株NP蛋白的表达及分析

目的分析副粘病毒Tianjin株NP蛋白与其他SeV的同源性及种系进化关系,探讨其变异及抗原性。方法克隆NP基因,对其核苷酸和氨基酸序列进行同源性及进化分析。在原核系统中分3段表达NP蛋白。结果经Western blot分析,重组蛋白NP1、NP2和NP3能与副粘病毒Tianjin株抗血清特异反应,具有天然抗原性。Tianjin株与仙台病毒BB1株NP的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为94.5%和96.2%,与其他仙台病毒的同源性,在85.1%～88.7%和92.4%～94.7%之间。Tianjin株NP蛋白共有15个独特的氨基酸变异位点和11个与BB1株共有的变异位点。Tianjin株与BB1株NP核苷酸序列的差异大于同一进化分支内的仙台病毒之间的差异。结论副粘病毒Tian-jin株属于仙台病毒新的进化分支。重组NP蛋白具有抗原性。     

疟原虫的起源与进化

疟原虫的形态结构和生物学特征曾是疟原虫分类的依据。近年来疟原虫分子生物学研究揭示，疟原虫所表现的这些特征有的是直接遗传的，有的则是宿主免疫压力导致的聚合进化的结果。随着疟原虫进化研究的不断深入，它们的亲源和种属关系将会重新确定。     

大肠埃希菌碳青霉烯异质性耐药机制初步研究

目的分析大肠埃希菌碳青霉烯异质性耐药的可能机制,为医院感染预防控制工作提供基础数据。方法收集深圳市第三人民医院、深圳市龙岗区人民医院、深圳市人民医院和中国科学院血液病医院2015年7月-2017年6月临床标本中筛选出的60株碳青霉烯异质性耐药大肠埃希菌(CHEC),采用改良Hodge实验检测菌株是否产碳青霉烯酶,PCR法检测菌株耐药基因,脉冲场凝胶电泳(PFGE)检测基因的同源性,并将菌株分型,同时通过菌落谱型分析实验(PAP)和亚群传代实验证实异质性耐药进化为完全耐药的过程。结果改良Hodge试验结果,60株CHEC中,20株产碳青霉烯酶,阳性率为33.33%,均携带耐药基因,17株为KPC型,3株为IMP型;随机选取17株CHEC进行PFGE分型,结果显示电泳图谱差异性较大;PAP结果显示,CHEC亚群经抗菌药物选择传代后,PAP曲线向右移动。结论医院筛选出的CHEC菌株无同源性,碳青霉烯异质性耐药的发生可能与CHEC菌株携带KPC、IMP等耐药基因有关,并且异质性耐药是完全耐药进化的中间阶段。