A组轮状病毒广州地方株VP7基因序列的比较分析

目的 了解我国轮状病毒G1型广州地方株与标准株及北京G1型地方株VP7基因序列的差异，为我国轮状病毒疫苗的研制提供资料。方法 通过逆转录—聚合酶链反应(RT—PCR)获得了轮状病毒广州地方株R97—196 VP7全基因的cDNA片段，将其克隆入T—A克隆质粒pUCm—T中，构建成重组质粒pUCmT—VP7，对克隆的VP7基因进行序列测定。结果 该地方株的基因核苷酸全长为1062nt，读码框架和以往的研究一致，和北京G1型地方株173的VP7氨基酸序列具有高度同源性(98％)，而与不同血清型标准株间则变异较大(73％—81％)，氨基酸序列中存在的一些高变区和保守功能区与已报道的研究结果一致。从进化角度分析，与轮状病毒标准株Wa株，相距较远。结论 轮状病毒广州地方株R97—196 VP7基因片段属G1型，轮状病毒VP7基因的变异与地域有一定关系。     

北京新发现的人偏肺病毒N蛋白编码基因的序列分析

目的　了解新近从北京地区发现的人类偏肺病毒 (humanmetapneumovirus ,HMPV)N蛋白编码基因的特征。方法　从经RT PCR检测HMPV阳性的临床鼻咽洗液标本中进行HMPVN蛋白全基因扩增、克隆至pUCm T载体中并进行测序 ,与GenBank中的多株HMPVN蛋白基因序列进行比较和进化树分析。结果　经扩增并测序 ,标本BJ1816和BJ1887N蛋白基因全长为 1185bp ,编码 394个氨基酸。BJ1816N蛋白基因与国际上第一株HMPV分离株NDL0 0 1和GenBank中其它的多株HMPV的核苷酸和氨基酸同源性分别为 86 .2 %～ 99.0 %和 96 .2 %～ 99.7%。BJ1887N蛋白基因与以上进行比较的各株HMPV的核苷酸和氨基酸同源性分别为 86 .6 %～ 97.0 %和 96 .4 %～ 99.5 %。BJ1816和BJ1887之间N基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为 86 .6 %和 96 .4 %。提示BJ1816和BJ1887分属于HMPV的两个不同的基因进化簇。结论　从基因水平进一步证明新近发现的婴幼儿肺炎的新病原确为HMPV ,提示北京地区婴幼儿中同时存在两个不同进化簇 (即基因型 )的HMPV感染。     

巢式PCR诊断儿科患者鼻病毒感染的探讨

目的了解儿科急性呼吸道感染的病毒病原,建立快速、敏感、特异的检测鼻病毒（HRV）的方法.方法根据已发表的HRV的核苷酸序列设计巢式PCR引物,并用多种呼吸道病毒的标准毒株确定方法的特异性.收集2002年11月至2003年10月的急性呼吸道感染患儿标本771例,应用巢式PCR方法检测标本中有无HRV基因片段.结果特异性检测结果显示仅HRV cDNA有预期大小的片段扩增.771例标本中HRV总检出例数为148例（148/771）,占19.2%;HRV阳性检出率在咽炎患儿中达到53.3%（8/15）,喉炎患儿43.8%（7/16）,支气管炎患儿为28.7%（29/101）,其他如急性扁桃体炎、急性肺炎等患儿也有较高的HRV阳性检出率.在2002年11月以及2003年8-10月HRV检测阳性率较高（21.6%～32.6%）,尤其在2003年9月份HRV检测阳性率最高,达到32.6%;2003年3-7月HRV阳性标本所占百分率较平稳,在16.0%～19.1%之间.结论建立的巢式RT-PCR可以检测到儿科呼吸道感染患儿标本中的鼻病毒基因片段;HRV是北京婴幼儿急性呼吸道感染的重要病毒病原之一.     

肺炎支原体重组P1蛋白抗体研究

目的研制针对肺炎支原体(Mycoplasma pneumoniae,Mp)主要粘附蛋白-P1蛋白的特异性抗体。方法用纯化后重组P1蛋白免疫BALB/c小鼠,获得多克隆抗体(Polyclonal Antibody,PcAb),通过传统的杂交瘤技术制备抗P1重组蛋白单克隆抗体(Monoclonal Antibody,McAb),采用ELISA和IFA法对单抗和多抗进行反应性和特异性检测。结果ELISA法检测P1重组蛋白抗原性显示,P1蛋白与Mp抗血清有较好的反应性,蛋白敏感性大于1ng/ml;在重组P1蛋白免疫小鼠获得的PcAb与Mp的反应中,检测到的抗体滴度可达到1∶1600;获得针对Mp重组P1蛋白的特异性McAbs2株,在ELISA检测中均与P1抗原有较好的反应特异性,抗体滴度可达到1∶800～1600;IFA结果显示,上述PcAb和McAbs均与Mp有较好反应性,与生殖支原体等无交叉反应。结论本研究选取的重组P1蛋白具有较好的免疫原性;其特异性PcAb和McAbs与Mp有较好的特异性,为临床Mp感染的抗原快速、早期诊断方法的建立打下了基础。     

北京地区婴幼儿人类杯状病毒感染状况及型别分析

目的 研究人类杯状病毒与北京地区婴幼儿急性腹泻的病原关系。方法 用RT－PCR检测了婴幼儿非细菌性腹泻患儿粪便标本中的杯状病毒核酸，并用地高辛标记的不同型人类杯状病毒的cDNA(NLV基因型Ⅱ型探针CR840和SLV探针A141）作为探针，用斑点杂交对阳性标本进行分型。结果 从233份标本中检测出阳性标本58份（阳性率24.9%）：6个月以下的幼儿阳性19份，占阳性标本总数的32.8%，7－12个月的婴儿阳性15份，占总阳性标本总数的25.9%,1-2岁的幼儿阳性9份，占总阳性标本总数的15.5%，2－3岁的阳性5份，占总阳性标本总数的8.6%,3－4岁的阳性4份，占总阳性标本总数的6.9%，5岁以上的儿童的阳性6份，占总阳性标本总数的10.2%，杂交阳性标本共29份，占50.0%：A141探针杂交阳性的标本14份，占24.1%，CR840探针杂交阳性的标本8份，占13.8%，A141和CR840探针杂交均为阳性的标本7份，占12.1%。结论 我国婴幼儿腹泻与人类杯状病毒感染有关，北京地区儿童中存在多种型别杯状病毒的感染，同时显示不同基因型的杯状病毒基因序列之间的差异可以用杂交分型的方法加以区别。     

北京地区2007-2008年G9型A组人轮状病毒VP7和VP4基因分析

目的 了解北京地区2007-2008年检测到的G9型A组人轮状病毒外壳蛋白VP7和VP4的基因特征.方法 选取经过轮状病毒核酸杂交方法检测为G9型轮状病毒的12份儿童腹泻患儿的粪便标本,应用针对VP7全长基因的特异引物对进行RT-PCR扩增,对所获得的VP7全长基因进行克隆和测序,将所获得的序列与GenBank中的G9型原型病毒株和近期流行株的VP7基因进行序列和种系进化分析;经巢式PCR对G9型的VP4进行P基因分型.结果 12株G9型轮状病毒经VP7基因的序列比较分析得到确认.P基因分型结果显示北京地区近年来存在G9P[8]和G9P[6]型两种组合的轮状病毒感染.序列和种系进化分析发现北京G9型株VP7基因与世界范围内近期流行的G9型株一样都属于进化分支Ⅲ,彼此间的核苷酸和氨基酸同源性较高,而与国内最早报道的G9型T203进化关系较远,且北京G9P[8]和G9P[6]型株分别与国内近期报道的新疆G9P[8]和G9P[6]型株及相应的武汉G9型株VP7基因,在氨基酸位点上存在一些共同的氨基酸残基取代.结论 北京地区近年存在G9P[8]和G9P[6]两种不同基因组合的G9型轮状病毒感染,需要进一步加强对G9型轮状病毒的分子流行病学监测.     

北京地区新近报道的人Boca病毒VP1、VP2蛋白编码区基因序列分析

目的了解北京地区新近报道的人Boca病毒（human bocavirus，HBoV）主要结构蛋白编码区基因的特征。方法选择已经过初步研究证明为HBoV NP1基因检测为阳性的2份临床标本BJ3064、BJ3722。应用针对HBoV VP1蛋白编码区基因的PCR引物进行扩增，对所获得的PCR扩增产物直接进行核苷酸序列测定。将所测到的序列与GenBank中的基因序列进行比较分析和种系进化分析。结果从标本BJ3064及BJ3722中扩增得到HBoV VP1蛋白编码区全基因的PCR扩增产物为2016bp，编码671个氨基酸。VP2蛋白是在不改变开放性读码框架（ORF）的情况下，由VP1蛋白编码区内起始合成，并与VP1终止于同一终止密码子，长度为1629bp，编码542个氨基酸。与HBoV原型株ST1、ST2株相比较，BJ3064、BJ3722的VP1及VP2蛋白无论是核苷酸水平还是氨基酸水平的同源性均超过98％，但与同属细小病毒的BPV及MVC相应位置的序列相比较，同源性较低，其中核苷酸序列同源性低于60％，而氨基酸序列同源性低于50％。VP1及VP2蛋白的编码区基因进化分析显示。BJ3064、BJ3722与ST2之间进化关系较ST1更密切。在BJ3064、BJ3722的VP1蛋白中，也存在类似于MVC的保守性磷酸酯酶A2特异性位点的活性基序（HDXXY）及Ca^2＋结合位点。结论已得到HBoV的结构蛋白VP1和VP2的全基因，将为儿科急性呼吸道感染中该病毒的病原作用、地位及其在各年龄组人群中的血清学特征的深入研究打下坚实的基础。     

儿科肿瘤与病毒感染关系研究

生物学和分子生物学研究证实许多动物和禽类中存在肿瘤病毒基因,癌基因的发现更加促进病毒与肿瘤关系的研究。目前已确证15％癌症归于病毒感染,研究比较活跃的病毒主要有EBV、HBV、HPV、HIV、HHV及HTLV-1等。儿科群体为弱势群体,如有营养缺乏,在早期更容易暴露于病毒感染中。本文就儿科肿瘤与病毒感染间关系的研究进展进行了综述。     

改进探针标记法斑点杂交在轮状病毒VP7分型中的应用

目的建立一种更加简便的A组人轮状病毒（HRV）核酸斑点杂交VP7分型方法,以便用于对HRV流行情况进行调查。方法在HRV VP7编码基因各G基因型间高度变异而型内高度保守区域设计分型探针,在该区域的两侧相对保守区域设计一对通用引物,利用PCR分别将地高辛标记HRV 5种常见型别（G1～4,G9型）的DNA探针,建立基于VP7的斑点杂交方法;选取经抗原检测和聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）检测均为HRV阳性的2006至2008年住院腹泻患儿粪便标本200份,RT-PCR扩增VP7全基因,并对扩增阳性产物应用斑点杂交方法进行G型别分析。结果建立的斑点杂交方法在5种型别探针间无交叉反应,各型探针的检测灵敏度可达到10 pg。200份PAGE阳性标本中162份RT-RCR扩增VP7基因阳性,斑点杂交显示G1型41例(25.3%),G2型2例(1.2%),G3型63例(38.9 %),G9型35例(21.6%),混合感染19例（11.7%）,杂交未分出型2例(1.2%),未检测到G4型HRV。结论本研究所建立的斑点杂交方法敏感度和特异度强,适合在HRV大规模分子流行病学调查时应用。通过该方法的初步应用,发现北京地区婴幼儿HRV除了常见的G1、G2和G3型外,还有G9型感染。     

新型人冠状病毒NL63膜蛋白(M)基因的序列分析及其抗原表位预测分析

目的了解新发现的、与北京地区婴幼儿急性呼吸道感染相关的人冠状病毒HCoV-NL63的主要结构蛋白——膜蛋白（M）的基因特征。方法分别从2份已确认为HCoV-NL63阳性的、取自急性呼吸道感染患儿的标本（BJ3140和BJ8081）中用RT-PCR方法扩增得到其M蛋白的全基因，在对其进行了序列分析的基础上对推导出的M蛋白的抗原表位进行了预测分析。结果BJ3140和BJ8081的M蛋白编码基因全长681bp，编码一个含226个氨基酸的蛋白。BJ3140和BJS081之间M基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为99．1％和99．6％；与HCoV-NL63原型株有很高的核苷酸（99．1％～99．7％）和氨基酸同源性（99．6％和98．7％），而与HCoV-229E的氨基酸同源性为61．3％，与HCoV-OCA3和SARS-CoV氨基酸同源性则低于31．0％。BJ3140和BJS081的M蛋白N端21个氨基酸位于病毒包膜外区，随后是3次跨膜区，最后是较长的包膜内区。不同方法的预测结果显示BJ3140的M蛋白的B细胞表位优势肽段多位于C-末端包膜内区域。结论从北京地区婴幼儿HCoV-NL63感染阳性的呼吸道标本中扩增得到的M蛋白编码基因与HCoV-NL63原型株有很高的同源性，具有与其他冠状病毒M蛋白相似的结构特征。