基因功能预测问题中的样本不平衡处理

应用机器学习进行分类是基因功能预测的一种重要手段。但是许多预测集中的阳性样本过少，会降低功能预测的效果。针对此问题，本研究对结合支持向量机（SVM）算法的几种常用非平衡数据分类方法进行实验比较，包括投票整合分类器和移动分类面等。在此基础上提出通过加权修正投票的整合策略，以提高预测效果。实验结果显示，结合多数类样本限数取样及整合思想的投票整合法预测效果优于移动分类面法，而在投票整合法基础上的加权修正整合方法在所有方法中获得更好更稳定的结果。     

细粒棘球绦虫重组BCG-Eg95疫苗诱导的保护力观察

目的 探讨细粒棘球绦虫重组BCG-Eg95疫苗免疫鼠后对Eg原头节攻击感染的保护性作用.方法 '将细粒棘球绦虫重组BCG-Eg95疫苗采用皮下注射、鼻腔内接种、口服灌胃和肌肉注射4种途径分别免疫Balb/C鼠,免疫后8W用Eg 原头节进行攻击感染,感染后18周剖杀小鼠,计算减蚴率,测定血清中IgG及其亚类和IgE水平,同时设有BCG和PBS对照.结果 疫苗接种组的减蚴率为18.20%～92.46%,血清IgG、IgG2a、IgG2b水平明显升高,IgG1、IgG3和IgE显著降低.结论 细粒棘球绦虫重组BCG-Eg95疫苗口服灌胃和肌肉注射是两种较好的接种途径,IgG、IgG2a和IgG2b在疫苗诱导的保护力中起重要作用.     

微小RNA-23b-3p通过靶向TGFBR3促进人心房肌成纤维细胞纤维化相关基因表达

目的:探究微小RNA-23b-3p(mi R-23b-3p)对人心房肌成纤维细胞中纤维化相关基因表达的作用及其可能作用靶基因。方法:分离并体外培养房颤患者心耳中原代心房肌成纤维细胞,并用细胞免疫荧光染色实验鉴定;双萤光素酶报告基因实验检测mi R-23b-3p与潜在靶基因转化生长因子β受体3(TGFBR3) 3'端非翻译区(3'-UTR)的结合作用; CCK-8、Ed U染色及Transwell实验检测细胞活力、增殖及迁移能力,RT-qPCR和Western blot法检测TGFBR3及纤维化相关基因的m RNA和蛋白表达。结果:在人心房肌成纤维细胞中过表达mi R-23b-3p不影响细胞的活力、增殖及迁移能力,但可显著增强细胞中纤维化相关基因COL1A1、COL3A1和ACTA2的表达(P 0. 05或P 0. 01)。双萤光素酶报告基因实验显示mi R-23b-3p与TGFBR3 3'-UTR有结合作用。RT-qPCR和Western blot结果证实mi R-23b-3p可在转录水平抑制TGFBR3表达。过表达mi R-23b-3p和沉默TGFBR3均能显著促进人心房肌成纤维细胞中Smad3激活和纤维化相关基因表达(P 0. 05或P 0. 01)。结论:TGFBR3是mi R-23b-3p的作用靶基因,并介导mi R-23b-3p促进心房肌成纤维细胞中纤维化相关基因表达。     

利用噬菌体肽库技术获得与人Fas结合的多肽基序

目的　利用噬菌体随机肽库技术获得与人Fas胞外区结合的多肽及其多肽基序 ,观察多肽基序的生物学功能。方法　以人Fas胞外区与IgGFc段的融合蛋白Fas .Fc为筛选配基 ,筛选噬菌体随机九肽库 ;微量淘洗与ELISA相结合鉴定阳性克隆 ,DNA测序和分析。化学合成多肽进行竞争性ELISA以及细胞增殖抑制实验。结果　经过 4轮亲和筛选 ,微量淘洗鉴定 ,获得 4 2个阳性克隆 ;固定ELISA实验显示筛选到的噬菌体短肽能与Fas .Fc特异性结合 ,并呈剂量依赖关系 ;随机选取 13个阳性克隆进行DNA测序 ,其序列及出现几率分别为 :PRKARVDTS(2 / 13)、YKKKSLQVQ (2 / 13)、YKKKSMLQA(2 / 13)、SRKKYDQYA(4/ 13)、YARKIKPTA(2 / 13)和ARKKTEGAG(1/ 13)。经多重序列分析 ,获得多肽基序 : R/KKK A。在ELISA和竞争性ELISA实验中 ,化学合成多肽EGEFYKKKSM LQADPAK (P3)可抑制Fas与抗人Fas单抗Apo 1的结合 ,且呈剂量效应关系 ;P3不能抑制Fas与FasL的结合。细胞增殖实验表明 ,多肽可抑制Jurkat细胞增殖 ,且随多肽剂量的增加而加强。多肽与单抗Apo 1联合作用对Jurkat细胞增殖的影响与单独使用P3没有明显差别。结论　通过噬菌体随机肽库技术获得与Fas结合的多肽及其多肽基序 ,它们可能模拟了抗Fas抗体Apo 1对Fas的结合位点 ,为基于Fas凋     

益骨胶囊含药血清对大鼠破骨细胞凋亡和分泌抗酒石酸酸性磷酸酶的影响

目的:观察益骨胶囊含药血清对体外培养的大鼠破骨细胞(OC)分泌抗酒石酸酸性磷酸酶(TRAP)和凋亡的影响。方法:(1)将20只12月龄SD大鼠随机分为益骨胶囊灌胃组和生理盐水灌胃组, 制备含药血清和对照血清;(2)分离培养新生SD大鼠OC, 加血清培养后, 重氮盐法检测TRAP, 倒置显微镜下观察OC存活数及荧光染色法观察OC凋亡情况。结果:与空白血清组比较, 含药血清组在24h、48h和72h时TRAP的活性均明显降低, OC存活数明显降低, 凋亡比率明显高(P<0.01或P<0.05)。结论:益骨胶囊含药血清可以抑制体外培养OC分泌TRAP, 诱导OC凋亡, 提示这可能是该方防治骨质疏松的机理之一。     

表达前列腺特异性膜抗原的DNA疫苗对肿瘤细胞的抑制作用

目的构建表达前列腺特异性膜抗原（PSMA）的DNA疫苗，观察其在体外对肿瘤细胞的免疫攻击和在体内对肿瘤细胞攻击的免疫保护作用。方法通过稳定转染构建表达PSMA的小鼠黑色素瘤细胞系B16-PSMA，将DNA疫苗pCDNA3．1-PSMA通过肌肉注射导入C57BL／6小鼠体内，分离小鼠脾细胞，检测细胞毒性T淋巴细胞（cytotoxic T lymphocytes，CTL）反应。以B16-PSMA细胞攻击免骺小鼠，观察免疫动物的无瘤生存期和肿瘤体积增长情况，评价DNA疫苗的抗肿瘤作用。结果DNA疫苗可诱导小鼠脾淋巴细胞CTL活性，经过免疫后的小鼠成瘤率降低，无瘤生存期延长，肿瘤生长缓慢，肿瘤组织内有较多淋巴细胞浸润，表明产生较强的抗肿瘤反应。结论表达PSMA的DNA疫苗能够诱导小鼠产生特异性免疫反应，对表达PSMA的肿瘤细胞的攻击产生免疫保护作用，为前列腺癌的预防和免疫治疗提供了新的思路。     

WD患者ATP7B基因exon8 DNA突变检测方法的研究

目的对肝豆状核变性(又称Wilson病,WD)ATP7B基因的突变热点外显子8进行PCR扩增产物Msp I酶切和电泳分析及DNA直接双向测序,进而对实验中的方法进行优化研究。方法对102例患者和20例健康人提取基因组DNA,PCR扩增ATP7B基因第8号外显子,扩增产物进行Msp I酶切反应,并进行DNA直接双向测序;讨论分析改进PCR扩增、Msp I酶切的方法学,并对测序结果与临床表型做相关性研究。结果102例WD患者,用反复多次改进的实验方法研究分析后,发现35例存在Msp I酶切结果异常并经测序证实,8号外显子Arg778Leu纯合突变占所有WD病人的34.31%,其中1例伴Leu770Leu多态性同义突变;对照组未检出突变。结论改进实验方法后发现PCR扩增良好,适宜测序;WD突变热点8号外显子中Arg778Leu为主要突变形式,PCR-Msp I酶切反应可作为WD病人ATP7B8号外显子Arg778Leu突变的筛选方法,直接双向测序是确定8号外显子突变位点的可靠方法之一。     

卵巢癌血浆DNA含量及其与肿瘤基因表达的相关性分析

目的： 探讨上皮性卵巢癌血浆DNA改变特点及其与肿瘤基因表达的相关性。方法： 采用DNA定量检测试剂盒检测35例原发性上皮性卵巢癌、20例良性上皮性卵巢肿瘤和20例健康对照血浆DNA含量，并以免疫组织化学方法检测卵巢癌肿瘤组织Survivin、FHIT和nm23-H1的表达状况。结果： 健康组、良性组及恶性组血浆DNA水平分别为16.5 μg/L、87.6 μg/L和630.2 μg/L，恶性组与健康组、良性组相比，均有明显差异（P<0.01）；上皮性卵巢癌组血浆DNA水平与有无伴发腹水及淋巴结转移有明显相关性，其血浆DNA平均水平在术后明显下降。上皮性卵巢癌肿瘤组织nm23-H1和Survivin蛋白表达的阳性率分别为68.57%和60.00%，FHIT蛋白的缺失率为17.14%，血浆DNA水平明显差异仅可见于nm23-H1蛋白不同表达组别间。结论： 上皮性卵巢癌患者循环DNA含量明显高于对照组，而其水平变化则可能与肿瘤的侵袭转移能力相关。     

膜结合配体依赖的TRAIL抗肿瘤细胞旁观者效应

目的：研究TRAIL基因抗肿瘤作用旁观者效应的发生机制。方法：腺病毒Ad/Lac-Z转染肿瘤细胞后作为标记的旁观者细胞，腺病毒Ad/g-TRAIL 转染肿瘤细胞作为效应细胞，在6孔Transwell培养板上同一孔内应用隔离或混合培养旁观者细胞和效应细胞的方法，通过检测旁观者细胞Lac-Z酶的活性，以明确TRAIL基因旁观者效应的发生机制。结果：检测了不同来源的肿瘤细胞株，包括大肠癌细胞株DLD1和Lovo、肺癌细胞株A549、肝癌细胞株HepG2、乳腺癌细胞株MDA-MB231、卵巢癌细胞株DOV13。各株肿瘤细胞转染Ad/g-TRAIL后ELISA方法均未检测出培养液中出现可溶性TRAIL（s-TRAIL）；隔离培养效应细胞与旁观者细胞，旁观者细胞的Lac-Z活性与PBS及腺病毒Ad/CMV-GFP对照组无明显差异，而混合培养组其活性明显低于对照组（P<0.05）；混合培养效应细胞与旁观者细胞（1∶1），发现高密度细胞生长组其旁观者效应明显大于低密度生长组（P<0.05 ）；FACS检测Sub G0/G1 发现DOV13细胞在高密度生长组显著高于低密度生长组（P<0.05）；荧光及相差显微镜下观察发现TRAIL转染细胞可诱导周围旁观者细胞发生凋亡而自己并不首先发生凋亡。结论：腺病毒介导的TRAIL基因的旁观者效应是通过TRIAL蛋白表达并定位于细胞膜上，通过细胞接触结合于邻近肿瘤细胞膜上的TRAIL受体而诱导旁观者肿瘤细胞的凋亡，而不是通过水解膜配体形成s-TRAIL而发生旁观者效应，这种作用是细胞接触依赖的。     

不同栓塞范围的急性肺栓塞动物模型建立

目的：制备不同栓塞范围的急性肺栓塞动物模型,研究血流动力学变化与肺栓塞范围的相关性。方法:经导管注入犬自体血栓选择性栓塞肺动脉，通过控制注入血栓数量、速度，分别建立不同栓塞范围的急性肺栓塞动物模型；比较栓前、栓后15 min、30 min、1 h及2 h血流动力学指标变化，同时观察心脏超声影像学变化。结果:自体血栓均按要求阻塞相应肺动脉，肺栓塞形成后心输出量下降，肺动脉压力及肺毛细血管楔压显著增高，并在0.5 -1 h达到峰值，各血流动力学指标随肺栓塞范围增大而变化更显著。结论:此急性肺栓塞动物模型制作方法确切可行。