单增李斯特菌EGD-e基因组的密码子使用分析

目的 以单增李斯特菌EGD-e为研究对象,分析其密码子使用模式及影响因素。 方法 利用Codon W在线工具分析单增李斯特菌EGD-e基因组的密码子使用情况;利用对应分析、ENC绘图(Nc-plot)等推测影响单增李斯特菌EGD-e密码子偏性的因素;利用高表达优越密码子分析法确定单增李斯特菌EGD-e基因组的主要偏爱密码子。 结果 单增李斯特菌EGD-e基因组中G+C含量仅为37%,偏爱使用以U或A结尾的密码子;对应分析显示第1条向量轴与G+C(R=-0.182, P0.01)、CAI(R=-0.740, P0.01)呈显著相关,且与后者的相关程度明显高于前者。 结论 单增李斯特菌EGD-e基因组的密码子使用具有一定的偏性;推测基因的表达水平是影响单增李斯特菌EGD-e基因组密码子使用的主要因素。同时,基因组密码子使用偏性还受到碱基组成的影响,而基因长度对密码子的使用偏性影响不大。最后确定了UUC、UUA等27个密码子为单增李斯特菌EGD-e的最优密码子。这些结果将为进一步研究单增李斯特菌的基因组学提供基础。     

tccP2基因在临床分离肠致病性大肠埃希菌中的特征分析

目的 分析2001 - 2003年某省儿童医院分离的268株大肠埃希菌 tccP2 基因的携带情况及该基因的分子特征。 方法 PCR方法筛查临床分离的268株大肠埃希菌中EHEC、EPEC菌株;再筛查 tccP2 基因的携带情况,克隆阳性菌株 tccP2 基因,并进行核苷酸测序,同时与GenBank数据库进行比对。 结果 2001 - 2003年临床分离的菌株共检测到7株EPEC菌株,其中有2株菌 tccP2 基因阳性,长度分别为1458 bp,核苷酸和氨基酸的一致性为100%,与国际上公布的str.11128(O111 ∶ H-)菌株的 tccP2 基因比对发现核苷酸一致性为61.3%;氨基酸序列比对,发现其N-端与str.11128(O111 ∶ H-)菌株具有完全相同的特异的87个核苷酸序列,脯氨酸富集重复片段序列几乎一致,较str.11128(O111 ∶ H-)菌株多4个重复片段。 结论 在中国临床分离的菌株中也存在具有 tccP2 基因的EPEC菌株,应进一步加大临床标本中该类菌株的分离与监测。     

慢性呼吸道感染患者呼吸道分泌物分离奈瑟菌的cppB与pJD1基因检测

目的检测慢性呼吸道感染患者分离奈瑟菌属菌种的cppB、pJD1,探讨cppB与pJD1检测对奈瑟菌属菌种鉴定及奈瑟菌感染诊断的意义。方法用常规聚合酶链反应(PCR)和real-time PCR方法,分别检测慢性呼吸道感染患者呼吸道分离的209株不同菌种奈瑟菌cppB以及pJD1基因。结果分离菌种的43株可检出cppB(阳性率20.6%),29株对检测pJD1的淋球菌核酸扩增荧光检测试剂呈阳性反应(阳性率13.9%),其中4株的cppB及pJD1检测均为阳性反应(阳性率1.9%)。结论引起慢性呼吸道感染的奈瑟菌属许多菌种具有淋球菌隐蔽质粒cppB,可与检测pJD1的淋球菌核酸扩增荧光检测试剂呈阳性反应。     

阪崎肠杆菌实时荧光双重TaqMan PCR快速检测体系的建立

目的建立针对阪崎肠杆菌的高灵敏、高特异的实时荧光双重TaqMan聚合酶链式反应（PCR）快速检测体系。方法根据阪崎肠杆菌基因组16SrRNA～23SrRNA的内部转录间隔区（ITS）基因和外膜蛋白A（OmpA）基因的特异性序列设计引物及TaqMan探针,利用高通量实时荧光PCR检测平台探讨该检测体系的灵敏度;用50种其他肠道致病菌及院内感染中常见的致病菌评价该检测体系的特异性。结果实时荧光双重TaqMan PCR快速检测体系对阪崎肠杆菌重组质粒的检测灵敏度为1×102拷贝/反应体系;对阪崎肠杆菌基因组的检测灵敏度为4×10-1pg/反应体系;该检测体系在检测50种其他肠道致病菌及院内感染中常见的致病菌时未出现特异性扩增,整个反应在2h内完成。结论本研究建立的实时荧光双重TaqMan PCR检测体系可作为阪崎肠杆菌灵敏、特异、快速的检测方法,并同时检测阪崎肠杆菌的致病力。     

中国单增李斯特菌的基因组特征研究

目的 分析我国146株单增李斯特菌的基因组特征,了解不同家系和克隆群菌株遗传特征的差异。方法 从NCBI数据库收集我国146株不同来源、省份和分离时间的单增李斯特菌基因组数据,利用生物信息学分析软件分别对其进行基因组注释、系统发育树构建和遗传元件分析。结果 本研究中相同家系、血清型和克隆群的单增李斯特菌在系统发育进化树上聚在一起,这种分布与菌株的来源和分离省份无关,提示单增李斯特菌基因组结构具有一定的稳定性。单增李斯特菌均携带毒力岛LIPI-1,部分家系Ⅰ菌株(如CC3和CC87)携带毒力岛LIPI-3和LIPI-4,具有潜在的致病风险。大多数家系Ⅱ菌株携带质粒和环境抗性基因,有助于提高对不良环境的耐受力。食品来源的菌株中inlA基因提前终止突变发生率较高,可能减弱菌株的毒力。结论 我国单增李斯特菌主要以家系Ⅰ和家系Ⅱ菌株为主,两者在毒力基因、环境抗性基因和质粒携带方面均具有差异,显示不同亚型菌株的毒力和环境适应性存在差异,为我国单增李斯特菌的监测和李斯特菌病的防控提供了参考数据。     

呼吸道感染患者奈瑟菌属致病性相关基因的检测

目的 检测呼吸道感染患者分离奈瑟菌属的致病性相关基因,探讨非淋病奈瑟菌、非脑膜炎奈瑟菌的致病性.方法 采用PCR扩增和序列分析技术,对慢性呼吸道感染患者下呼吸道分离奈瑟菌属致病性相关基因orf1与nspA进行检测.结果 从呼吸道感染患者标本分离的230株奈瑟菌属,orf1基因阳性35株,序列比对与淋病奈瑟菌TCDC-NG08107 orf1序列同源性达95.0％～99.0％;nspA无阳性反应.结论 人体上呼吸道正常菌群奈瑟菌属缺乏nspA基因,少数菌株可具有淋病奈瑟菌及脑膜炎奈瑟菌致病性相关基因orf1,提示该基因并不是人体上呼吸道正常菌群奈瑟菌属致病性和引起呼吸道继发性感染的毒力因素     

3例单增李斯特菌感染的病原学、临床及流行病学特征分析北大核心CSCD

目的分析四川省自贡市2014年3例单增李斯特菌感染的临床特征及其病原学特征。方法搜集临床病例信息;采用血清分型,脉冲场凝胶电泳技术和多位点序列分型方法对单增李斯特菌进行分子分型。结果 3例患者均为免疫力低下人群,有发热和败血症症状;3株单增李斯特菌中2株为1/2a血清型、ST8型,1株为1/2b血清型、ST778型,3株PFGE带型均不同。结论免疫力低下人群易受单增李斯特菌侵袭性感染。通过与国内外食品及病人单增李斯特菌相关流行学资料比较,提示国外流行克隆群以及国内某些流行型菌株可引起国内李斯特菌病散发,甚至成为将来暴发的隐患。     

从新病原菌发生的可能机制分析传染病控制的长期性

传染性疾病总的变化趋势是①少数传染病将被消灭 ;②一些过去已经基本上控制了的传染病又卷土重来 ;③陆续发现了一些新的传染性疾病。这样我们将面临着新老传染病的双重威胁。 1 997年世界卫生日的主题就是“全球警惕　采取行动———防范新出现的传染病”。新发传染病具有不确定性 ,不知道会在何时何地发生何种新发传染病 ,无法作好特异性的准备。在疫情发生初期 ,临床医生不认识 ,不知应该采取何种治疗方案 ;预防医生也茫然 ,不知应该采取何种预防和控制措施 ;政府官员得不到专业人员的明确意见 ,无法及时作出决策 ;大众群体得不到有效的…     

粪肠球菌TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

目的 建立用于检测粪肠球菌的TaqMan实时荧光定量-聚合酶链反应(real-time fluorescence quantitative-Polymerase Chain Reaction,FQ-PCR)方法。 方法 根据粪肠球菌的d-丙氨酸聚连接酶(ddl)基因设计TaqMan FQ-PCR的引物及探针,并使用39种常见致病菌和条件致病菌检测其特异性。将目的基因克隆到质粒中,制作标准曲线,确定方法的检测下限。制备血液模拟标本,直接提取核酸进行检测,探索临床应用的可能。 结果 在特异性评价实验中,除阳性对照外其余样本均未出现特异性扩增曲线。建立粪肠球菌TaqMan FQ-PCR方法的标准曲线,确定该方法的检测下限为20 copy/管。通过对粪肠球菌血液模拟标本的检测发现,本方法对模拟标本的检测灵敏度为3.9×103 cfu/ml。在稳定性评价中,对含菌量为3.9×108、3.9×106和3.9×104cfu/ml的血液模拟标本重复检测10次,结果显示扩增反应Ct值的变异系数(CV)为0.99%~1.84%。 结论 本研究建立了适用于临床标本检测的粪肠球菌TaqMan FQ-PCR方法。