基于中药网络药理学探讨白癜风胶囊治疗白癜风的作用机制

目的： 基于中药网络药理学探讨中药制剂白癜风胶囊治疗白癜风的物质基础和作用机制。方法： 通过数据库检索、药代动力学参数筛选、文献挖掘、靶点预测技术搜集白癜风胶囊治疗白癜风的活性化合物及作用靶标。Cytoscape软件构建"中药-化合物-靶标"网络图,并进行拓扑分析探索关键活性成分。STRING数据库探索潜在治疗靶标的蛋白质相互作用,分析核心靶标。DAVID在线富集分析平台对潜在治疗靶标进行基因本体（GO）和生物途径（KEGG）功能富集。结果： 白癜风胶囊中共收集133种活性化合物和693个潜在靶标,其中白癜风治疗靶标85个。网络分析结果显示槲皮素,木犀草素,β-谷固醇,叶酸,山奈酚,紫草素,黄芩素,亚叶酸,异鼠李素,异牡荆素是其重要的活性成分。DAVID平台共富集到99条KEGG通路,144条生物过程,19种细胞组分以及27种分子功能。结论： 白癜风胶囊通过炎症反应、T细胞增殖的正调控、凋亡过程的负调控、免疫反应等生物过程发挥疗效,并涉及ATP结合、氧化还原酶活性、非跨膜蛋白酪氨酸激酶活性等分子功能,且与PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、Toll样受体信号通路、酪氨酸代谢、Jak-STAT信号通路、细胞凋亡、NOD样受体信号通路、黑色素生成、苯丙氨酸代谢、NF-κB等信号通路密切相关。     

小柴胡汤治疗癫痫的网络药理学研究

目的:通过中药网络药理学技术研究小柴胡汤治疗癫痫的活性成分、作用靶标、靶标的相互作用关系、靶标的生物学功能及其作用的通路,探讨其可能的作用机制。方法:在中药系统药理学数据库和分析平台上筛选出小柴胡汤的活性成分,并根据活性成分检索其成分作用的靶标。利用在线文本挖掘服务器(GeneCards)和人类孟德尔遗传数据库(OMIM)查询与癫痫相关的靶标,并使用在线软件venny 2.1 对癫痫相关的靶标与小柴胡汤作用的靶标取交集,得到小柴胡汤治疗癫痫的潜在靶标156个。将潜在靶标导入Cytoscape软件,初步获得“成分-靶标”关系网络;同时基于clusterProfiler包对潜在靶标进行基因本体(GO)功能富集分析、基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。并根据KEGG富集分析结果,构建“潜在靶标-KEGG通路”关系网络。此外,为了解靶标之间的相互作用关系,把潜在靶标导入STRING在线数据库,构建蛋白-蛋白相互作用网络(PPI网络),将关系网络编排导入Cytoscape软件进行拓扑结构分析获得核心子网络。结果:小柴胡汤的活性成分有162种,主要包括:槲皮素、汉黄芩素、黄芩苷、山柰酚、人参皂苷Rh2、异鼠李素、柚皮素、木蝴蝶素等;作用的靶标有156个。其主要作用的途径有:IL-17信号通路、细胞凋亡、C型凝集素受体信号通路、内分泌的阻力等。结论:小柴胡汤治疗癫痫体现了中药复方多成分、多靶标、多通路共同作用的特点。本研究进一步拓宽了小柴胡汤在神经系统疾病方面的应用,为进一步的实验研究提供了理论基础。     

基于网络药理学的血府逐瘀汤治疗外伤性骨折初期的分子机制研究

目的： 基于网络药理学的方法，探索血府逐瘀汤治疗外伤性骨折初期的可能分子机制。方法： 利用TCMSP收集血府逐瘀汤的活性成分，通过DRAR-CPI服务器、OMIM数据库和Genecards搜索并筛选出血府逐瘀汤的活性成分治疗外伤性骨折初期的潜在作用靶标。用Cytoscape 3.6.0软件构建"成分-靶标"网络。基于STRING数据库背景，构建潜在作用靶标相互作用网络。利用Systems Dock Web Site网络服务器进行核心靶标与活性成分的分子对接。利用DAVID数据库，进行血府逐瘀汤潜在作用靶标的KEGG通路富集分析和GO分类富集分析。结果： 从血府逐瘀汤中筛选出活性成分81个，包括谷甾醇（sitosterol）、木脂素（lignan）、豆甾醇（stigmasterol）、芍药苷（lactiflorin）、刺槐素（acacetin）等。主要作用于骨形态发生蛋白7（BMP7），维生素D₃受体（VDR），钙敏感受体（CASR），runt相关转录因子2（RUNX2）以及碱性磷酸酶（ALPL）5个靶标，通过调控Wnt，Cox-2/PGE2，Notch，p38 MAPK，RANKL，VEGF等通路发挥治疗外伤性骨折的作用。结论： 基于网络药理学的方法，本研究初步探究了血府逐瘀汤治疗外伤性骨折初期的主要靶标和通路，为进一步研究其具体作用机制提供了理论依据。     

基于网络药理学探讨百合乌药方治疗胃癌的分子生物学机制

目的：基于网络药理学探讨百合乌药方治疗胃癌（gastric cancer,GC）的分子生物学机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台、中医药百科全书检索及查找文献筛选抗GC活性的百合乌药方化合物,经DrugBank查找及SwissTargetPrediction预测药物靶点。从基因表达数据库中查找GC癌变组织与健康组织之间的差异表达基因,获得GC靶标;经Cytoscape3.7.2中BisoGenet构建百合乌药方与GC靶标的蛋白质互作网络,行可视化分析,并据中介中心性、接近中心性、度中心性筛选候选基因。经Metascape对候选基因行基因本位（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）分析,并构建"通路-基因"网络以筛选关键靶基因。结果：共获有效成分20个（百合11个、乌药10个）,候选靶标309个,GO功能2 527个和KEGG通路162条。结论：百合乌药方治疗GC的有效成分为槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇、大黄素等,潜在靶标为RAF1、MAPK1、AKT1和PIK3R1等,GO包括氧化应激、细胞周期、凋亡和死亡等,KEGG涉及典型的癌症途径、MAPK、NF-κB和PI3K-Akt通路等。本研究推测百合乌药方治疗GC多富集在化合物、靶点与信号通路的交互作用上,能拮抗GC增殖、侵袭、转移及复发,以改善患者预后,为后续中药新药研发、实验研究与临床应用提供新证据。     

基于网络药理学探讨小陷胸汤治疗血脂异常的作用机制

目的： 探讨小陷胸汤治疗血脂异常的作用机制。方法： 通过在TCMSP平台对小陷胸汤进行活性成分筛选并收集靶点信息；在Genecard，malacard，omim，digsee以及DisGenet等数据库中进行检索，获取疾病靶点；构建韦恩图，得到小陷胸汤治疗血脂异常的潜在作用靶点；并进行GO功能注释和KEGG通路富集分析；构建小陷胸汤中药-成分-靶点-信号通路网络，进行网络特征分析；结合前期研究结果，构建相关网络并分析。结果： 共挖掘到小陷胸汤中38种成分及101个潜在靶点，血脂异常疾病1 201个相关靶点，得到小陷胸汤-疾病共同靶点50个。共同靶点主要富集于343个生物过程和49条信号通路上。槲皮素可调节PPARA、eNOS，而与PPARA、eNOS相关的30个靶点中有7个靶点参与动脉粥样硬化通路的调控。结论： 小陷胸汤可能是通过RELA，IL6，PRKCA，NCOA2，CASP3等靶点，调控动脉粥样硬化通路、AGE-RAGE、TNF-α等信号通路，来调节血脂并预防或延缓AS的发生、发展。     

基于网络药理学的参苓扶正方治疗胃癌生物学物质基础及药效机制研究

目的：采用网络药理学方法研究参苓扶正方治疗胃癌的生物学物质基础及其药效机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP）、GeneCards等数据库及相关文献构建参苓扶正方（主要药物为人参、半夏、黄连、茯苓、白术）治疗胃癌的"药物-疾病-靶点"网络,利用STRING及CentiScape插件构建上述药物治疗胃癌的蛋白-蛋白相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络,同时对关键靶点进行基因本体（Gene Ontology,GO）功能富集分析以及京都基因与基因组百科全书通路富集（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）信号通路富集分析,并以细胞实验进一步验证网络药理学所得结论。结果：参苓扶正方治疗胃癌的"药物-疾病-靶点"网络共涉及139个共同靶点,GO功能富集提示参苓扶正方治疗胃癌的生物学过程及功能集中在泛素化、核受体功能、转录相关功能、激素受体功能、细胞凋亡、细胞周期等;KEGG通路富集分析提示参苓扶正方治疗胃癌主要涉及细胞凋亡、细胞周期、肿瘤抑制信号通路（p53）、内分泌抵抗、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/AKT）、肿瘤坏死因子（TNF）等信号通路。细胞实验结果显示,参苓扶正方可有效抑制胃癌BGC-823细胞的增殖并促进其凋亡。Western blotting结果显示参苓扶正方能够调控胃癌BGC-823细胞增殖、凋亡以及细胞周期相关蛋白的表达水平。结论：参苓扶正方治疗胃癌的作用靶点和药效机制,可能与其调控细胞增殖、凋亡和细胞周期的生物学过程及信号通路相关。     

基于网络药理学的前胡治疗支气管哮喘的分子机制研究

目的：运用网络药理学研究方法探讨前胡治疗支气管哮喘的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库（TCMSP）对前胡可能的活性成分和靶点进行预测；并通过相关数据库检索支气管哮喘的相关靶点。将前胡与支气管哮喘的共同靶点用STRING网站进行蛋白质-蛋白互作分析并运用Cytoscape 3.7.2进行可视化；利用DAVID数据库进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：前胡与支气管哮喘的共同靶点85个，富集分析得到生物学进程20个，主要涉及了信号转导、细胞增殖、细胞凋亡、缺氧、基因表达等生物学进程，多个生物学进程涉及了EGFR、VEGF、AR、IL1、IL6、ESR2，MAPK1，JUN，CCL2，PPARG等靶点；KEGG通路富集筛选得到8条通路与支气管哮喘相关，主要涉及TNF信号通路、HIF-1信号通路、癌症相关通路。结论：前胡治疗支气管哮喘可能存在多通路、多靶点的可能，为前胡的进一步研发用药提供了参考，也为支气管哮喘的治疗提供了生物信息学基础。     

生物信息学共表达外推法初构食管癌精准化疗生物标志物模型

目的：用生物信息学共表达外推（以下简称生信COXEN）法初步构建食管癌精准化疗药物（5-氟尿嘧啶、紫杉醇和顺铂）生物标志物模型。方法：本研究使用5种统计学方法（Pearson相关分析、Spearman相关分析、Welch's t-test、ANCOVA和rank-based ANCOVA）从NCI-60数据库筛选药物敏感性基因,通过COXEN筛选食管鳞状细胞癌患者化疗药物敏感性的生物标志物。利用在线数据库DAVID进行KEGG通路富集分析。结果：筛选出可应用于预测人类食管鳞状细胞癌化疗药物敏感性的生物标志物：5-氟尿嘧啶的生物标志物主要富集在细胞周期G1期和S期（RNA和核糖体的合成、DNA复制）中;顺铂的生物标志物主要与蛋白聚糖、细菌侵袭上皮细胞和白细胞跨内皮迁移有关;紫杉醇的生物标志物主要与局部黏附、小细胞肺癌和HTLV-I感染通路有关。结论：生信COXEN法筛选出可应用于预测人类食管鳞状细胞癌单个化疗药物敏感性的基因,能为将来构建更有转化应用价值的多组合化疗方案预测模型提供研究基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨“海藻-昆布”治疗甲状腺结节的作用机制

目的： 运用网络药理学探讨"海藻-昆布"治疗甲状腺结节作用机制。方法： 利用中药系统药理学数据库和分析平台（Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）筛选海藻、昆布的活性成分和相关靶点,通过UniProt数据库进行靶点标准化;运用Cytoscape软件构建活性成分-靶点网络;通过Genecards数据库检索甲状腺结节相关基因;利用String数据库构建蛋白互作网络图;通过R语言和Bioconductor数据库对潜在靶点进行基因本体（Gene Ontology,GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析;最后通过分子对接技术将核心活性成分与核心靶点进行对接。结果： 筛选后得到海藻、昆布共11个活性成分,194个相关靶点,核心靶点有AKT1、IL-6、VEGFA、CASP3等;GO分析得到129个相关过程,KEGG分析得到155条信号通路,分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论： "海藻-昆布"治疗甲状腺结节是多成分、多靶点、多通路相互作用的结果,为"海藻-昆布"的临床应用以及甲状腺相关疾病临床研究提供一定的理论依据。     

基于网络药理学探索复方生地合剂治疗系统性红斑狼疮的作用机制

目的：利用网络药理学研究复方生地合剂治疗系统性红斑狼疮的关键靶标和潜在分子机制。方法：通过中国科学院化学数据库和文献搜索构建药材化合物成分数据库,以分子类药性DL、口服生物利用度OB、Lipinski规则和Veber规则筛选活性化合物,并以TCMSP和STITCH数据库预测活性成分靶点,GeneCards、TTD数据库获取系统性红斑狼疮相关靶点,两者相互映射得到复方生地合剂作用系统性红斑狼疮的交集靶点,STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,DAVID数据库进行GO和KEGG分析,Cytoscape 3.7.1软件构建成分-靶点-通路网络,分析主要通路。结果：经筛选共获得复方生地合剂20个活性成分,对应285个靶点,46个为交集靶点,复方生地合剂的潜在活性成分为槲皮素、木犀草素等12个化合物,治疗关键靶点有肿瘤坏死因子、白介素6、白介素2等,主要作用于6条通路。结论：复方生地合剂可能通过细胞因子-细胞因子受体相互作用、丝裂原活化蛋白激酶信号通路等途径和基因表达、炎症反应、RNA聚合酶II启动子转录的正调控等生物过程发挥作用。     

基于网络药理学的肿节风治疗前列腺癌的作用机制探讨

目的利用网络药理学方法探讨肿节风治疗前列腺癌的可能作用机制。方法通过TCMSP、Uniprot、GeneCards在线数据库筛选肿节风活性化合物治疗前列腺癌的潜在靶点,利用Cytoscape软件构建前列腺癌-肿节风-靶点网络图,然后结合STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络;最后利用R软件对靶点进行GO分类富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,并构建靶点通路网络。结果从肿节风中筛选出活性成分10个,其与前列腺癌共同作用靶点170个,GO功能分析发现靶点主要与膜伐、对氧水平、泛素样蛋白连接酶结合等有关。KEGG通路分析发现肿节风治疗前列腺癌主要与糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、前列腺癌(PCa)、流体剪切应力(FSS)与动脉粥样硬化(AS)等通路密切相关。结论肿节风活性成分可能通过多靶点、多通路达到治疗及辅助治疗前列腺癌的目的。     

基于UPLC-Q/TOF-MS与网络药理学探究解语丹治疗中风的活性成分及作用机制

目的:探究解语丹治疗中风的主要活性成分及其作用机制。方法:采用超高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱(UPLC-Q/TOF-MS)分析解语丹的化学成分,并借助UNIFI数据库和文献进行结构鉴定。借助SwissADME网站对成分进行代谢参数筛选后,使用Swiss Target Prediction网站预测筛选成分的靶点为解语丹的药物靶点。挖掘GeneCards数据库和NCBI数据库的中风相关疾病靶点。Venny网站取得解语丹治疗中风的靶点。STRING数据库和Cytoscape软件挖掘高置信度作用靶点。R软件对靶点进行GO(基因本体)功能和KEGG通路的富集分析,并构建“药物-成分-靶点-通路-疾病”网络图。结果:共检测出解语丹化学成分102种,包括氨基酸、寡糖类、香豆素类、山酮类、环烯醚萜类、黄酮类、皂苷类、有机酸和生物碱等,筛选分析得到48种活性成分和562个药物靶点,与疾病靶点取交集得97个药物与疾病的共同靶点。STRING得65个高置信度靶点,富集分析得到3209个GO功能进程和190条通路,GO进程主要涉及创口与炎症、血管管径变化及血压调节等GO生物过程类、细胞粘着和细胞凝聚等GO细胞组成类、肽类激素内切酶活性及血红蛋白等GO分子功能类。KEGG通路主要有花生四烯酸代谢、补体和凝血级联、血小板激活流体剪切应力和动脉粥样硬化、脂质和动脉粥样硬化等脂质代谢、凝血功能、动脉粥样硬化等与中风密切相关的通路。结论:解语丹可能是以调节脂质代谢与凝血功能、改善粥样硬化等途径治疗中风,表明解语丹通过多成分介导多靶点,作用于多进程和多通路协同治疗中风的特点。     

基于网络药理学探究筋痛灵膏外用治疗肩关节周围炎的作用机制

目的　通过网络药理学对筋痛灵膏外用治疗肩关节周围炎的主要活性成分及其潜在的作用机制进行研究。方法　筋痛灵膏的主要活性成分和靶标于中药系统药理学分析平台（TCMSP）获取,肩关节周围炎的靶标通过五大疾病数据库查找获得。药物-疾病交互靶点在Venny平台上获取,并建立蛋白质相互作用网络来筛选出核心靶点。交集靶点在Metascape平台上进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组大百科全书数据库（KEGG）的富集分析。最后对药物主要成分和核心靶点进行分子对接。结果　共筛选出53个活性成分,121个重要靶点;其中,核心活性成分为槲皮素、β-谷甾醇、谷甾醇、黄芩素,关键靶点为JUN、ESR1、TP53。GO功能富集分析得出筋痛灵膏作用的生物途径包括对异生素刺激的反应、细菌来源分子的反应、伤口愈合以及氧气水平的反应等。KEGG通路富集分析表明筋痛灵膏治疗肩关节周围炎主要富集在白细胞介素17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等。结论　筋痛灵膏通过核心成分调控JUN、ESR1、TP53关键靶点,作用于多种生物途径来参与调节免疫反应、减少炎性反应,以达到治疗肩关节周围炎的作用。     

基于网络药理学探讨舒肝解郁胶囊治疗抑郁症的作用机制

目的：基于网络药理学预测舒肝解郁胶囊治疗抑郁症的主要活性成分及其作用靶点,探讨其多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法：采用超高效液相色谱-四级杆/静电场轨道阱高分辨质谱（UHPLC-Q-Orbitrap MS）技术对舒肝解郁胶囊中的化合物准确定性,借助中药系统药理学分析平台（TCMSP）和Swiss Tartget Predict数据库对舒肝解郁胶囊中化学成分的作用靶点进行预测,借助OMIM数据库和GeneCard数据库检索抑郁症相关基因,应用UniProt数据库分析药物靶点和疾病基因。采用Cytoscape软件构建蛋白质相互作用（PPI）关系网络,在DAVID数据库对关键靶点（GO）富集分析和（KEGG）通路分析。结果：通过对舒肝解郁胶囊中36个主要化学成分定性分析,对13个有对照品成分进行网络药理学探索,发现舒肝解郁胶囊治疗抑郁症的552个核心靶点及MAPK信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路等主要通路。结论：舒肝解郁胶囊发挥治疗抑郁症的作用体现了中药多成分、多靶点、多途径的协同作用特点,为进一步探索舒肝解郁胶囊治疗抑郁症的机制奠定了理论基础。     

以白介素6为受体挖掘中药单体治疗新型冠状病毒肺炎引发的细胞因子风暴的干预作用

目的： 以白介素6（IL6）为受体探讨中药单体治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制。方法： 借助中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索作用于IL6受体的中药单体。通过UniProt、GeneCards等数据库查询中药单体作用靶点对应的基因名，进而运用Cytoscape 3.7.2构建化合物-靶点（基因）网络，通过DAVID进行基因本体（GO）功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，预测其作用机制。结果： 化合物-靶点网络中化合物12个，关键化合物涉及槲皮素、表没食子儿茶素没食子酸酯、木犀草素等。GO功能富集分析得到GO条目871个（P<0.05），其中生物过程（BP）条目663个，细胞组成（CC）条目74个，分子功能（MF）条目134个。KEGG通路富集筛选得到125条信号通路（P<0.05），涉及IL6的通路共30条。分子对接结果显示槲皮素等12种中药单体与IL6、ACE2和SARS-CoV-2的亲和力与推荐用药相近。结论： 中药单体可以作用于IL6调节多条信号通路，从而有可能对COVID-19有治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨“半枝莲-山慈菇”抗乳腺癌的作用机制

目的通过网络药理学和分子对接方法探讨"半枝莲–山慈菇"抗乳腺癌的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选半枝莲、山慈菇的有效化学成分及相应靶蛋白。通过DrugBank、Uniprot数据库筛选乳腺癌潜在靶点,运用Cytoscape 3.8.0软件构建"化合物–靶点–疾病"网络图。使用STRING数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,利用DAVID数据库对有效作用靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。结果共筛选出半枝莲中有效化学成分29个,山慈菇中有效化学成分3个;对应潜在作用靶点517个,乳腺癌靶点118个;将"半枝莲–山慈菇"与乳腺癌的靶点对比,获得8个药物–疾病共同靶点,包括雄激素受体(AR)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(CASP3)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-9(CASP9)、雌激素受体α(ESR1)、雌激素受体β(ESR2)、钾电压门控通道亚家族H成员2(KCNH2)、前列腺素G/H合酶2(PTGS2)和钠依赖性血清素转运体(SLC6A4)。GO功能分析得到197个条目,涉及药物代谢等方面。KEGG通路分析得到116个条目,涉及膀胱癌、非小细胞肺癌、胰腺癌、非洲锥虫病、前列腺癌、结直肠癌、子宫内膜癌等通路。结论研究揭示了"半枝莲–山慈菇"抗乳腺癌的关键靶点和涉及的生物学过程及信号通路,并结合分子对接技术,发现其作用是多靶点、多通路的,为今后的分子生物学实验奠定了基础。