基于网络药理学和分子对接探讨葛根芩连汤治疗溃疡性结肠炎的作用机制*

目的 应用网络药理学和分子对接探讨葛根芩连汤治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法 TCMSP数据库中检索葛根芩连汤的活性成分及靶点。收集DrugBank、DisGeNET、TTD数据库中溃疡性结肠炎疾病靶点。应用Pubchem、Chem3D、PyMOL进行对接配体的构建，Autodock对受体蛋白处理，利用命令符（CMD vina）进行分子对接。应用DAVID进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果 葛根芩连汤作用于溃疡性结肠炎114个核心靶点，其中 MAPK3、MAPK1、STAT3、FOS、MAPK14等蛋白是重要作用靶点。橡黄素、山柰酚、汉黄芩素、柚皮素、黄芩素、甘草查尔酮A等是葛根芩连汤的主要活性成分，其可能作用于Cancer、PI3K-Akt、TNF、HIF-1、MAPK、Toll-like receptor、FoxO、Ras等信号通路，从而发挥抗炎、抗氧化损伤、控制细胞凋亡、抑制免疫、延缓肿瘤进展等作用。结论 葛根芩连汤可能通过多成分、多靶点网络作用于溃疡性结肠炎发挥抗炎、抗氧化损伤、延缓肿瘤进展等作用。     

二仙汤治疗卵巢早衰作用网络与机制研究

目的:运用网络药理学方法探析二仙汤治疗卵巢早衰(POF)的潜在作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索并筛选二仙汤活性成分和其作用相关靶点,然后通过毒性与基因比较数据库(CTD)、药物基因组学知识库(PharmGKB)、药物作用靶点数据库(TTD)、基因卡片数据库(Gene Cards)、遗传关联数据库(GAD)等建立POF靶标数据库。基于二仙汤潜在靶标与POF靶标之间的匹配结果,通过Cytoscape软件构建网络图以分析这些靶标之间的相互作用并通过拓扑筛选核心靶标。采用基因组注释数据库(DAVID)对核心靶标进行基因本体(GO)、信号通路富集分析。结果:二仙汤中筛选得到94个活性化合物,及126个与POF对应的靶标。拓扑分析最终得出15个关键靶标,经过GO富集分析显示15个关键基因主要被集中在细胞外信号调节蛋白激酶1/2(ERK1/2)级联的正调控、血管生成、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)级联、凋亡过程的积极调控、磷脂酰肌醇-3-激酶信号转导的调控、炎症反应、对氧化应激的反应等59个显著生物过程,而二仙汤治疗POF可能涉及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、MAPK信号通路、叉头样转录因子(FoxO)信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、促性腺激素释放激素(GnRH)信号通路、Wnt信号通路等55条信号通路。结论:二仙汤治疗POF具有多成分-多靶标-多通路的特点,为进一步拓展POF的药物治疗及二仙汤的临床应用提供了参考方向。     

基于网络药理学探讨"白术-白芍"药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:基于网络药理学,构建"药物-成分-基因-疾病"网络图,探讨中药药对"白术-白芍"治疗溃疡性结肠炎(UC)的关键靶点及作用机制.方法:通过中药系统药理学技术平台,自定义筛选条件:OB≥30％,DL≥0.18,筛选出"白术-白芍"的有效成分及潜在靶点;在Genecards及OMIM数据库中搜集UC的疾病靶点,并制作venny图寻找共同靶点,结合Cytoscape软件构建层次分明的网络图,借助STRING数据库绘制蛋白相互作用(PPI)网络,并对关键靶点进行进行GO及KEGG富集分析.结果:分析共筛选出"白芍-白术"药对主要成分有9种,与溃疡性结肠炎相关的靶点44个,GO富集分析得到74个生物学过程,KEGG富集分析得到121条通路,即药对的主要成分可以直接或通过121条信号通路间接作用于UC的相关受体靶点,从而产生治疗作用.结论:"白术-白芍"药对对难治病UC具有潜在的治疗作用,且该作用具有是靶点多样、通路复杂、层次分明的特点.本次研究实现了中药药物有效成分与疾病基因的有效对接,为中医药在UC治疗作用中提供依据,提高了依据的可信度与科学性.     

基于网络药理学分析附子-干姜药对治疗溃疡性结肠炎作用机制

目的 运用网络药理学方法探讨附子-干姜药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),筛选附子-干姜药对活性成分;通过UniProt数据库获取活性成分的可能作用靶点;采用GeneCards数据库获取溃疡性结肠炎疾病靶点;采用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析;采用Cytoscape 3.7.1软件构建附子-干姜药对治疗溃疡性结肠炎的药物-成分-靶点-疾病网络图;采用Bioconductor中R包进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果 从附子-干姜药对中共筛选出活性成分32个,药物与疾病共同靶点110个; PPI网络共有节点107个,边1007条; GO功能富集分析生物学过程(BP)、分子生物学功能(MF)和细胞组分(CC)分别为1659,117,53条; KEGG信号通路富集分析得到136条相关通路,主要涉及细胞凋亡(Apoptosis)、PI3K-Akt信号通路、p53信号通路等。结论 附子-干姜药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制具有多靶点、多通路的特点。     

基于网络药理学预测补阳还五汤治疗动脉粥样硬化的药效物质与作用机制

目的:预测补阳还五汤治疗动脉粥样硬化的药效物质及作用机制.方法:基于网络药理学理论框架,结合以"OB≥30％,Lipinski五规则"条件下的潜在活性成分筛选、靶点预测、网络构建及KEGG通路富集分析等方法进行补阳还五汤治疗动脉粥样硬化的药效物质与作用机制预测.结果:补阳还五汤满足"OB≥30％,Lipinski五规则"条件的潜在活性成分共有198个活性成分,药物靶标中有30个靶标与动脉粥样硬化相关.此外,对这30个活性靶标进行KEGG通路分析,共获得16条代谢通路,其中有4条通路与动脉粥样硬化相关,分别为HIF-1信号通路、TNF信号通路、NF-κB信号通路、花生四烯酸代谢通路.利用Cytoscape 3.7.1软件对补阳还五汤198个药材潜在活性成分与30个抗动脉粥样硬化靶标进行网络拓扑性分析,以度、介数中心度和紧密中心度3项数值均在平均值以上为筛选条件,最终获得66个关键活性成分(黄芩素、阿魏酸、2-甲基苯并唑、壬醛、正丁基苯酞、水杨酸等)及8个关键靶标(PARP1、ESR1、PTGS2、ALOX5、CNR2、NOS2、PPARG、LTA4H).结论:补阳还五汤可通过HIF-1信号通路、TNF信号通路、NF-κB信号通路、花生四烯酸代谢等多条途径发挥抗动脉粥样硬化作用,表现出多成分、多靶点、多通路的特点,与动脉粥样硬化治疗机制相一致.     

基于网络药理学探讨葛根治疗动脉粥样硬化效应机制

目的:探索葛根治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)的效应机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)来检索葛根的化学成分和作用的靶点。并在TTD、OMIM、Drugbank、Digsee等多种数据库查询与AS相关的基因。同时基于UniProt数据库分析出靶点多对应的基因,并通过Cytoscape 3.2.1软件构建出葛根的化合物-靶点网络、蛋白质相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点,最后使用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,得出其可能存在的作用机制。结果:预测得到葛根治疗AS的化合物-靶点网络中有效成分为2个,有效靶点46个,并因此得出其作用机制可能与细胞凋亡、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、钙通道受体信号通路、PI3K-Akt信号通路等有关,并且可能JUN、MAPK14、CASP3、AR、ESPR1、PTGS2等靶点基因起着重要作用。结论:通过网络药理学探讨了葛根治疗AS的多成分-多靶点-多通路的作用机制特点,为进一步揭示葛根治疗AS的作用机制的科研探索提供了新的思路和新的方法。     

基于网络药理学和分子对接探讨白及治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:探讨中药白及治疗溃疡性结肠炎的潜在作用机制。方法:在中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCSMP)上获取白及的有效活性成分和作用靶点,通过GeneCards、OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)、Disgent数据库中检索溃疡性结肠炎的疾病靶点,进一步获取药物和疾病的共同靶点,使用Cytoscape软件构建相关网络图,利用STRING数据库对供电靶点进行PPI分析并筛选出核心靶点,利用R语言进行GO和KEGG富集分析靶点的生物学过程和相关通路,最后针对核心靶点和关键成分进行分子对接。结果:筛选得到9个活性成分,疾病靶点共1159个,通过拓扑分析得到核心靶点10个。GO富集分析得到BP、CC、MF条目共30条,KEGG富集分析得到相关信号通路20条。分子对接提示活性成分和核心靶点对接构想稳定。结论:白及治疗溃疡性结肠炎主要与抗炎、调节免疫、促进溃疡愈合等功能相关,作用机制主要涉及PI3K/Akt、Rap1、MAPK等信号通路。     

基于网络药理学分析土茯苓治疗银屑病的作用机制

目的:以网络药理学为基础分析土茯苓在银屑病治疗中的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及文献检索获取土茯苓的活性成分及有关靶标。利用GeneCards和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库筛选土茯苓活性成分治疗银屑病的潜在靶标。通过Cytoscape软件绘制土茯苓治疗银屑病形成的"成分-靶标-通路-疾病"网络图。利用STRING数据库进行靶点蛋白相关作用网络构建并对关键靶点的生物功能进行注释和通路分析。结果:从土茯苓中筛选与银屑病有关活性成分12个,107个共同靶点、7条生物代谢途径在治疗银屑病的过程中发挥作用。结论:土茯苓在治疗银屑病的过程中通过多个活性成分、作用靶点以及生物代谢途径发挥作用,而非通过某一单一机制发挥作用,其作用机制具有多靶点的特征。     

通督活血汤治疗腰椎管狭窄症的网络药理学和分子对接机制研究

目的 运用网络药理学和分子对接探讨通督活血汤治疗腰椎管狭窄症（LSS）的作用机制。方法通过TCMSP、ETCM数据库及文献筛选出通督活血汤活性成分；利用Swiss Target Prediction和Genecards数据库预测活性成分作用靶点及LSS疾病靶点。通过STRING数据库构建潜在作用靶点的蛋白相互作用（PPI）网络并通过Cytoscape 3.8.0软件筛选潜在靶点。通过DAVID工具进行潜在靶点的GO和KEGG富集分析。利用Discovery Studio 2016软件进行分子对接验证。结果 通督活血汤核心活性成分为熊竹素、（3R）-去-O-甲基毛狄泼老素、12-甲基十四烷酸和苏木查尔酮；治疗LSS的核心靶点为肿瘤坏死因子（TNF）、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、白细胞介素（IL）-6、IL-1β 和AKT1。关键作用通路为TNF信号通路、FoxO信号通路、甲状腺激素信号通路等。核心活性成分与核心作用靶点具有稳定的结合性能。结论 本研究初步揭示了通督活血汤的核心活性成分及其多成分、多靶点、多通路治疗LSS的作用机制，为通督活血汤的临床开发提供了依据。     

基于网络药理学和分子对接探究甘草附子汤治疗类风湿关节炎的机制

目的：通过网络药理学结合分子对接的研究方法,预测甘草附子汤治疗类风湿关节炎的作用靶点,探究其治疗类风湿关节炎的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索甘草附子汤中包含的4种中药的有效成分及其靶基因。GEO数据库下载类风湿关节炎数据,筛选差异基因(DEGs)并与甘草附子汤有效成分靶基因取交集,获得甘草附子汤治疗类风湿关节炎的潜在靶点。通过Cytoscape软件构建中药-活性成分-疾病靶点网络,PPI网络分析得到甘草附子汤治疗类风湿关节炎的关键靶点并通过Metascape数据库对核心靶点进行基因本体（GO）分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,预测其作用机制,最后应用AutoDuck及PyMOL进行分子对接,验证其结合能力。结果：中药-活性成分-疾病靶点网络包含药材节点4个,活性成分节点95个,作用靶基因节点44个。Network Analysis显示槲皮素、山萘酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮,柚皮素及芒柄花素为可能的关键活性成分。甘草附子汤活性成分作用于类风湿关节炎可能主要通过IL-17 信号通路,TNF 信号通路,破骨细胞分化等信号通路。分子对接结果显示甘草附子汤中的活性化合物与关键靶点分子 MMP9、CXCL8、PPARG、EGFR具有较高的亲和力。结论：甘草附子汤中的活性成分可能通过与MMP9、CXCL8 、PPARG、EGFR等靶点调节多条信号通路,从而发挥对类风湿关节炎的治疗作用,为研究甘草附子汤治疗类风湿关节炎分子机制提供新思路。     

葛根芩连结肠定位胶囊对溃疡性结肠炎大鼠疾病活动指数和结肠黏膜损伤指数的影响

目的 在传统葛根芩连方基础上设计制备葛根芩连结肠定位释药胶囊并对其治疗溃疡性结肠炎的效果进行评价。方法 优化处方制得葛根芩连结肠定位胶囊并进行质量评价。采用2,4,6-三硝基苯磺酸复制溃疡性结肠炎大鼠模型,将模型复制成功的大鼠分成5组,即模型组、阳性对照组、葛根芩连简方组、葛根芩连全方组、葛根芩连简方结肠定位胶囊组,持续给药1周后比较给药后疾病活动指数（disease activity index, DAI）和结肠黏膜损伤指数（colonic mucosal damage index,CMDI）。结果 与模型组比较,葛根芩连简方和全方组DAI、CMDI均显著降低（P<0.05）;葛根芩连简方、全方组DAI、CMDI比较,差异均无统计学意义（P>0.05）;葛根芩连简方结肠定位胶囊组DAI、CMDI均显著低于葛根芩连简方和全方组（P＜0.05）。结论 葛根芩连简方结肠定位胶囊可提高葛根芩连汤原方治疗溃疡性结肠炎的疗效。     

基于网络药理学和分子对接探讨凉血消斑汤治疗寻常型银屑病的作用机制

目的: 使用网络药理学和分子对接技术研究凉血消斑汤治疗寻常型银屑病的关键成分与靶标,并探讨其可能的作用机制。方法: 从中药系统药理学数据库（traditional Chinese medicine systems pharmacology, TCMSP）、中医药分子机制生物信息学数据库（bioinformatics analysis tool for molecular mechanism of traditional Chinese medicine, BATMAN-TCM）挖掘凉血消斑汤的有效成分并进行靶点预测。在GeneCards数据库中获取寻常型银屑病相关基因。通过Cytoscape 3.7.2软件构建凉血消斑汤成分靶点疾病网络,通过STRING和Metascape分析药物与疾病映射靶标蛋白质的相互作用,并进行富集分析,最后借助AutoDock Vina等软件将核心靶标蛋白与有效成分进行对接验证。结果： 凉血消斑汤治疗寻常型银屑病的关键靶点包括蛋白激酶1（AKT1）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、白介素6（IL-6）、JUN蛋白（JUN）及前列腺素内过氧化物合酶2（PTGS2）等,关键的KEGG通路包括IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路及AGE-RAGE信号通路等,其中薯蓣皂苷元、山柰酚、木犀草素、黄芩素与PTGS2、AKT1等靶点的结合能较小。结论： 凉血消斑汤通过直接或间接调控IL-17及PI3K/AKT等信号通路,改善银屑病炎性浸润、角质形成细胞异常分化及异常新生血管生成等病理因素,从而发挥对银屑病的治疗作用。     

香青兰提取物治疗溃疡性结肠炎的网络药理学分析

目的:基于网络药理学探讨香青兰提取物治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法:利用数据库收集香青兰提取物和溃疡性结肠炎的靶基因,通过蛋白质互作网络(Protein-Protein Interaction Networks, PPI)网络分析以及中心网络拓扑筛选,对靶基因进行基因本体论(GO)功能富集分析、《京都基因与基因组百科全书》(KEGG)通路富集分析。结果:通过检索数据库共获得172个香青兰提取物活性成分治疗溃疡性结肠炎的潜在靶点,同时,利用PPI网络分析筛选出了关键治疗基因,并对蛋白质群进行了生物学功能注释,此外,KEGG通路富集分析表明香青兰提取物治疗溃疡性结肠炎时涉及消化、免疫系统反应和炎症反应的多条相关通路。结论:香青兰提取物中的活性成分具有多种生物学功能,可作用于多条炎症、免疫及癌症相关通路,具有多成分、多靶点协同作用的特点。     

基于网络药理学角度探讨当归四逆汤对子宫内膜异位症的干预机制

目的 基于网络药理学探讨当归四逆汤治疗子宫内膜异位症（EMS）的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选当归四逆汤有效活性成分及潜在靶点，在Genecard、OMIM和TTD数据库中寻找EMS相关靶点基因取当归四逆汤靶点基因与EMS相关靶点基因共同靶点。通过Cytoscape 3.5.0软件构建“当归四逆汤活性成分-潜在靶点-EMS”网络图。运用String数据库构建构建蛋白质互作（PPI）网络图。对潜在靶点基因进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果 数据库筛选的得到当归四逆汤有效活性成分151个，与EMS相关潜在作用靶基因71个，KEGG富集通路分析主要包括化学致癌受体激活，脂质和动脉粥样硬化通路等。结论 当归四逆汤具有多活性成分，能通过多靶点，多通路发挥EMS保护作用。     

基于分子对接及网络药理学方法研究附子理中汤治疗晚期胃癌的作用机制

目的:基于分子对接与网络药理学的方法,探讨附子理中汤治疗晚期胃癌的作用机制。方法:第一,通过TCMSP数据库、Drug Bank数据库和Pharm Mapper平台对附子理中汤所含化学活性成分进行筛选并获取其作用靶点,再利用GAD数据库、OMIM数据库、CTD数据库获得胃癌的相关靶点;第二,利用Draw Ven Diagram平台制作韦恩图,获得两者的交集靶点蛋白,通过Cytoscape3.5.1软件构建出蛋白互作图;第三,通过DAVID分析工具和KOBAS3.0软件对搜集到的靶点蛋白从生物过程(biological process,BP)、分子功能(molecular function,MF)和细胞组分(cellular component,CC)三方面进行基因本体功能富集分析和KEGG通路分析;第四,利用PDB数据库、Systems Dock Web Site数据库集进行受体-配体的分子对接,并分析docking scores,验证附子理中汤治疗晚期胃癌的临床疗效。结果:从TCMSP数据库筛选出附子理中汤的147种化学成分,预测到4 791个靶点,通过CTD、OMIM筛选出28 006个与胃癌相关的靶点,韦恩图显示346个潜在靶标。结论:附子理中汤可能通过细胞基质黏附、端粒酶活性的阳性调节、脂肪酸生物合成等生物过程而发挥作用,其主要作用机制可能涉及2-Oxocarboxylicacid metabolism(2-氧羧酸代谢)信号通路和Propanoate metabolism(丙酸盐代谢)信号通路等分子通路等,分子对接结果表明STAT3对接分数最高,说明与附子理中汤有较好的结合性。     

基于网络药理学探讨四神煎治疗类风湿关节炎的作用机制

目的:基于网络药理学探讨四神煎治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制.方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP...     

基于网络药理学探讨补中益气汤治疗糖尿病胃轻瘫的作用机制

目的基于网络药理学方法探讨补中益气汤治疗糖尿病胃轻瘫(DGP)的作用机制。方法利用中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)数据库获取补中益气汤的活性成分和作用靶点。从GEO数据库、DisGeNET数据库、GenCLiP 3数据库、GeneCards数据库以及TTD数据库收集DGP相关基因。将补中益气汤作用靶点和DGP相关基因取交集,得到补中益气汤治疗DGP的潜在靶点。利用Cytoscape3.7.1软件构建中药活性成分-DGP靶点网络。运用STRING数据库分析交集基因所编码蛋白之间的相互作用,利用Cytoscape3.7.1软件对结果进行可视化。利用Cytoscape3.7.1软件中的ClueGO插件、CluePedia插件分别对交集靶点基因进行基因分类(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析及可视化。结果筛选得到补中益气汤的185个活性成分,作用于130个DGP靶点基因,其中关键靶点10个,包括胰岛素(INS)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、白介素-6(IL6)、内皮型一氧化氮合成酶(NOS3)和肾上腺素能受体(AR)等。GO和KEGG通路富集分析显示,补中益气汤可能通过抑制凋亡、自噬、氧化应激、炎症反应,调节胰岛素、血糖水平,改善胃肠道平滑肌细胞和Cajal间质细胞损伤,以影响DGP的发生发展。结论本研究初步揭示了补中益气汤可能通过多成分-多靶点-多通路治疗DGP的作用机制。     

基于网络药理学探讨益气凉血生肌方预防冠心病PCI术后复发心绞痛机制*

目的基于网络药理学研究益气凉血生肌方预防冠心病PCI术后复发心绞痛药效机制。方法 通过TCMSP，获取该方各药有效成分及各个成分对应的靶点，并对成分-靶点相互作用结果进行可视化，“心绞痛”相关靶点通过Genecards和OMIM获取；通过VENN图取药物与疾病靶点交集，将交集靶点提交至String获取PPI图以及相关文件，进一步通过CytoNCA插件获得核心靶点。运用Metascape对核心靶点进行GO和KEGG分析，最后对其结果进行可视化。结果 挖掘到药物和疾病相关靶点分别为252个和1 740个，交集靶点166个、核心靶点26个。其中槲皮素、山奈酚与木犀草素等异黄酮成分排名靠前，可能通过RELA、MAPK14、MAPK1等靶点作用于TNF、IL-17以及糖尿病并发症AGE-RAGE等信号通路发挥作用。结论 揭示了益气凉血生肌方可能通过多成分、多靶点、多通路作用机制预防PCI术后复发心绞痛。