基于网络药理学和分子对接技术的藏药三味龙胆花片用于新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制探讨

目的:初步探寻藏药三味龙胆花片治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性化合物及作用机制。方法:通过文献及中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索藏药三味龙胆花片中白花龙胆、甘草、蜂蜜干膏的化学成分。通过Swiss Target Prediction数据库查询化学成分对应靶点,采用Cytoscape3.7.2构建化合物-靶点网络;结合DAVID基因本体GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制;对核心成分与抗COVID-19药物靶点进行分子对接验证。结果:化合物-靶点网络包含101个化合物,共对应168个靶点。GO功能富集分析得到GO条目291个(P<0.05),其中生物过程(BP)条目186个,细胞组成(CC)条目33个,分子功能(MF)条目72个。KEGG通路富集筛选得到56条信号通路(P<0.05),涉及钙离子信号通路、花生四烯酸代谢通路、MAPK信号通路等相关信号通路。分子对接结果显示,甘草香豆酮、槲皮素、山柰酚等核心成分与抗COVID-19药物潜在作用靶点的亲和力可能较推荐用药更强。结论:藏药三味龙胆花片可通过多成分、多靶点、多通路的协同作用发挥疗效,从而起到抗COVID-19的作用。     

基于网络药理学探讨散寒除湿抗毒方治疗COVID-19的物质基础和作用机制

目的:运用网络药理学技术分析国医大师伍炳彩的散寒除湿抗毒方治疗COVID-19的有效成分、作用靶点,及其治疗COVID-19的作用机制。方法:借助TCMSP数据库查询散寒除湿抗毒方的化学成分和作用靶点;分别从Gene Cards和OMIM数据库筛选出COVID-19的疾病靶点;使用Cytoscape软件构建“药物-成分-靶点-疾病”网络和潜在靶点的相互作用关系,通过Metascape富集分析预测核心模块和作用机制。结果:共获得散寒除湿抗毒方潜在有效化学成分148个,去重后得到药物靶点289个,主要潜在核心靶点5个,COVID-19疾病靶点355个,药物与疾病的交集靶点59个; KEGG通路富集筛选出153条信号通路,并预测散寒除湿抗毒方主要通过17条通路治疗COVID-19,GO富集分析共得到条目1958个。结论:散寒除湿抗毒方可通过调节免疫炎症反应并直接对靶点基因进行干预,从而治疗COVID-19。     

夏天无对新型冠状病毒肺炎的网络药理学和分子对接研究

目的:通过网络药理学和分子对接方法讨论夏天无对新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)的作用机制。方法:通过TCMIP和GeneCards数据库检索得到COVID-19的疾病靶点,并在TCMSP数据库检索夏天无的成分并参照筛选标准:OB≥30%和DL≥0.18筛选活性成分,借助Swiss Target Prediction数据库检索其活性成分作用靶点,再通过VENNY2.1平台映射夏天无活性成分作用靶点和COVID-19疾病靶点的相同部分以获得重要靶点,并使用Cytoscape3.2.1软件将其与活性成分与重要靶点构建"中药-活性成分-重要靶点-疾病"网络以分析核心靶点和重要成分;同时,借助STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络以辅助筛选核心靶点;最终将核心靶点导入DAVID数据库和Cytoscape3.2.1软件,得到相关KEGG信号通路和Go生物过程并筛得核心成分。以此为基础,分析核心成分对SARS-CoV-2病毒的COVID-19(6y84)构型的分子对接情况。结果:1)检索得到723个与COVID-19相关的疾病靶点;2)检索得到夏天无含有8个活性成分,可作用于853个(400种)靶点;3)夏天无可作用于COVID-19的重要靶点75个;4)夏天无可作用于COVID-19的核心靶点35个;5)得到与核心靶点相关的KEGG通路共17条,其中P0.01的重要信号通路共有4条,P0.01的生物过程53条。核心成分可与COVID-19(6y84)形成构象能量较低、结构稳定的对接。结论:夏天无具备治疗COVID-19的成分物质基础,值得进一步研发。     

基于网络药理学的疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子机制探析

目的探讨疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索疏风解毒胶囊有效活性成分及作用靶点。运用GeneGards等数据库对疾病靶点进行筛选,使用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络和蛋白互作(PPI)网络,通过DAVID数据库对靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果共得到疏风解毒胶囊有效活性成分共207个,其中作用于COVID-19的60个活性成分可通过46个潜在靶标作用于COVID-19。富集得到GO中1 343个生物过程条目和6条KEGG通路,涉及内分泌抵抗、MAPK信号通路、精氨酸生物合成路径等。结论疏风解毒胶囊主要通过黄酮类和植物甾醇类活性成分调节IL6、IL1B、CCL2、MAPK8、MAPK1、MAPK14、CASP3、FOS、ALB等关键靶点,调控炎症反应、氧化应激损伤、细胞凋亡、肺纤维化增生等过程减轻肺损伤来治疗COVID-19。     

基于网络药理学和分子对接研究淫羊藿治疗抑郁症的抗炎作用机制

目的:采用网络药理学方法预测淫羊藿治疗抑郁症的抗炎靶点及相关信号通路,探讨其抗抑郁作用的潜在机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库搜集和筛选淫羊藿的活性成分;利用PharmMapper服务器,TCMSP数据库对蛋白靶点进行预测和筛选;利用OMIM数据库,CTD数据库和GeneCards数据库筛选抑郁症的相关靶点以及抗炎靶点;通过DAVID数据库对关键抗炎靶点进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Cytoscape 3.6.0软件构建淫羊藿"活性成分-作用靶点-信号通路"网络图,并对网络拓扑结构分析;采用GOLD分子对接软件对活性成分与关键抗炎靶点进行结果验证。结果:筛选得到淫羊藿与抑郁症相关的12个活性成分,30个作用靶点,5个关键抗炎靶点;GO功能富集得到生物过程65个,细胞组成4个,分子功能1个,KEGG通路富集分析得到41条,其中与炎症相关的信号通路9个;分子对接验证淫羊藿苷与关键抗炎靶点能够形成最佳复合体。结论:揭示了淫羊藿通过抗炎靶点及其相关信号通路网络作用于抑郁症的分子机制,为进一步研究淫羊藿抗抑郁作用提供了基础。     

基于网络药理学及分子对接技术的痰热清胶囊治疗新冠肺炎的物质基础及机制研究

目的运用网络药理学及分子对接技术分析痰热清胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的物质基础及潜在作用机制。方法通过文献检索痰热清胶囊化学成分,运用SwissADME平台对纳入的药物成分根据类药性及口服生物利用度筛选主要活性成分,并借助SwissTargetPrediction平台预测成分靶点信息,运用Cytoscape3.7.0软件构建药物-成分-靶点网络。在GeneCards平台检索冠状病毒肺炎的相关疾病靶点,通过STRING平台对药物成分与疾病的交集靶点构建PPI网络,同时将交集靶点导入Metascape平台获取GO基因功能注释及KEGG富集分析结果。最后借助AutoDock软件将药物成分与COVID-19 3CL水解酶进行对接。结果经筛选获得痰热清胶囊主要活性成分26个,对应靶点293个。PPI核心网络关键靶点15个;GO功能分析获得关键条目50条;KEGG富集分析得到相关信号通路19条;分子对接结果显示熊去氧胆酸、芦丁、鹅去氧胆酸、木樨草苷、汉黄芩苷、黄芩苷与COVID-19 3CL水解酶有较好的亲和力。结论痰热清胶囊主要成分可通过多靶点、多通路治疗新冠肺炎。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨化湿败毒方治疗新型冠状病毒肺炎的分子机制

目的:从网络药理学角度探讨化湿败毒方治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制,为其临床治疗、新药开发提供参考。方法:在TCMSP数据库中筛选出化湿败毒方的药物有效活性成分,并提取其作用靶点,在GeneCards数据库检索COVID-19相关疾病靶点,将药物及疾病的共同靶点导入STRING数据库获取靶标蛋白互作网络关系,通过Cytoscape3.7.2软件构建PPI网络、"中药-潜在活性成分-潜在靶标-疾病"网络,并利用Cytoscape3.7.2软件、R软件及相应程序包进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。同时进行分子对接验证。结果:检索得到269个药物活性成分和2 629个药物靶标,其中药物疾病共同靶标49个,GO功能富集分析涉及对脂多糖的反应、氧化应激反应及γ-干扰素介导的信号通路调控等条目,KEGG通路富集分析涉及AGE-RAGE通路、TNF信号通路、NF-κB通路、RIG-I样受体信号通路等。分子对接结果表明槲皮素、木犀草素和山柰酚与COVID-19相关蛋白及作用靶点具有较强的结合活性,可能起到类似于抗病毒药物的治疗效果。结论:化湿败毒方含槲皮素、木犀草素和山柰酚等多种活性成分,可能通过作用于多个靶点、多种通路,从抗炎、抗病毒、抗氧化、调节免疫等方面治疗COVID-19。     

基于网络药理学的清热化湿方治疗胃癌的药理机制研究

目的:基于网络药理学技术探讨清热化湿方治疗胃癌的分子作用机制。方法:采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)对清热化湿方中可能的活性成分和靶点进行筛选和预测,并构建化合物-靶点网络;检索CTD数据库、GeneCards数据库及OMIM数据库获取胃癌相关靶点,构建疾病-靶点相互作用网络并进行拓扑学分析;筛选药物靶点和疾病靶点相互作用的有效靶点,利用DAVID对有效作用靶点进行GO分析及KEGG的相关通路富集分析。结果:根据OB≥30%及DL≥0.18筛选出118个活性成分及116个可能蛋白靶点。应用Venn图获得54个清热化湿方有效作用靶点。GO分析得到374条富集结果,根据P0.01选择靠前的富集结果;利用KEGG数据库对相关通路富集,筛选靠前的20条信号通路。结论:本研究结果验证了清热化湿方多成分、多靶点、多途径的整体调节特点,预测了清热化湿方治疗胃癌的可能作用机制,为后期实验研究提供了理论依据。     

基于网络药理学研究清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的:基于网络药理学研究清肺排毒汤在治疗新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)的作用机制。方法:使用TCMSP数据库对清肺排毒汤的中药活性成分进行检索、筛选;运用Gene Gards数据库对疾病靶点进行预测、筛选,构建活性成分-靶点网络图。将得到的靶点利用STRING进行蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络构建,并进行基因本体(gene ontology,GO)和KEGG富集分析,构建靶点-信号通路网络图。结果:本文显示共筛选到217个中药成分靶点,新型冠状肺炎(COVID-19) 200个相关靶点,从而得到药物-疾病的共同靶点51个,富集于生物过程及30条信号通路上,如TNF信号通路、IL-17信号通路、NF-κB信号通路及Th17细胞分化等。结论:本研究预测出清肺排毒汤治疗COVID-19的前五个主要活性成分是槲皮素、木犀草素、山奈酚、柚皮素、异鼠李碱;其主要是通过调节MAPK1、MAPK3、MAPK8、MAPK14、IL-6、RELA、STAT1等靶点,调控TNF、NF-κB等信号通路来抑制炎症反应、调节免疫功能,减轻肺损伤,保护神经功能,从而达到治疗COVID-19的目的。     

基于网络药理学和分子对接法筛选藏药五味沙棘散治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）活性成分的研究＊

目的 筛选藏药五味沙棘散（WSP）治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在活性成分。方法 采用中药系统药理学技术平台（TCMSP）筛选藏药五味沙棘散（沙棘、余甘子、木香、甘草、葡萄）潜在活性成分，采用Swiss Target Prediction预测活性成分的潜在靶点，通过String数据库绘制蛋白质相互作用网络，通过DAVID数据库对WSP作用靶点进行Gene Ontology （GO）功能注释和KEGG通路富集分析，借助Cytoscape 3.7.2构建“药物-成分-靶点”网络。通过Maestro version 11.5软件，将活性成分作为配体与受体血管紧张素转换酶II（ACE2）、细胞丝氨酸蛋白酶（TMPRSS2）和COVID-19 3CL水解酶（Mpro）进行分子对接验证。结果 “药物-成分-靶点”网络包含5味药物、29个化合物和32个核心靶点，得到GO功能富集条目225条（p < 0.05），KEGG通路富集筛选得到15条信号通路（p < 0.05）。分子对接结果显示甘草苷、甘草异黄烷酮、槲皮素、山柰酚等核心化合物与COVID-19靶点结合力最强。结论 本研究体现出藏药五味沙棘散“多成分-多靶点-多途径”的作用特点，其活性成分通过与ACE2，TMPRSS2和COVID-19 3CL水解酶结合作用于AKT1、VEGFA、EGFR等靶点，调节MAPK signaling pathway、Toll-like receptor signaling pathway、T cell receptor signaling pathway等多条信号通路，实现对治疗COVID-19肺炎潜在的治疗作用。     

左金丸抗幽门螺杆菌感染的分子网络调控机制研究

目的基于网络药理学和生物信息学方法探究左金丸抗幽门螺杆菌(Hp)感染的分子网络调控机制。方法通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索左金丸化学成分,筛选并预测其入血活性成分和作用靶点,检索疾病数据库中与Hp感染相关的作用靶点,构建左金丸成分靶点与疾病靶点的交互网络,获得左金丸抗Hp的特征性基因;通过DAVID6.8数据库对上述特征性基因进行GO功能富集和KEGG通路富集分析;利用Cytohubba筛选出左金丸抗Hp感染的关键靶点。结果通过TCMSP筛选、预测得到左金丸32个入血活性成分和197个作用靶点。GO分析共得到199条富集结果,其中生物过程包含炎症反应、RNA信号转录、信号传导等152条,细胞组分包含细胞核、细胞外基质、蛋白复合物等19条,分子功能包含细胞因子活性、DNA结合、ATP结合等28条。KEGG分析结果显示,Jak-STAT信号通路、T细胞受体信号通路、细胞周期信号通路、Wnt信号通路等65条通路与左金丸抗Hp感染密切相关。经Cytohubba筛选得到CXCL8、IL10、IL4、VEGFA、MMP9等10个关键基因。结论左金丸抗Hp感染具有多成分、多靶点、多通路协同作用的特点,可为其活性成分研究和抗Hp药效及机制研究提供依据。     

基于网络药理学探讨血必净注射液治疗新型冠状病毒肺炎机制＊

目的 采用网络药理学方法分析血必净注射液体内活性成分治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在作用机制，为临床治疗提供理论依据。方法 通过检索文献获取血必净注射液体内活性成，采用TCMSP、PubChem、TargetNet和SEA数据库预测活性成分对应的作用靶点。在Genecards数据库中以“novel coronavirus pneumonia”为关键词搜索COVID-19相关靶点，与血必净注射液靶点映射筛选出共同靶点作为研究靶点，采用Cytoscape 3.2.1软件构建中药-成分-靶点-疾病网络图；将共同靶点导入STRING数据库中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图。结合上述两个网络图筛选出血必净注射液的核心靶点。通过Cytoscape 3.2.1的插件“ClueGO 2.5.5”进行GO生物学过程和KEGG信号通路富集分析。结果 槲皮素、没食子酸、木犀草素、迷迭香酸、芦丁、山萘酚、绿原酸、丹参酮IIa、羟基红花黄色素 A和芍药苷是血必净注射液发挥治疗作用的主要成分，其作用机制可能与PTGS2、PTGS1、CASP3、RELA、TNF、MAPK1、IL2、IL6和IL10等靶点有关。GO富集分析得出与血必净注射液治疗作用有关的生物过程91个。KEGG富集分析得到与血必净注射液治疗作用相关的信号通路110条。结论 血必净注射液具有多成分、多靶标和多通路的特点，可进一步为其治疗 (COVID-19)提供重要的理论依据。     

基于网络药理学的藏药二十五味肺病丸防治新冠病毒肺炎(COVID-19)可行性分析及机制探讨＊

目的 采用网络药理学方法探究藏药二十五味肺病丸防治新型冠状病毒肺炎（COVID-19 ）的可行性分析及机制探讨。方法 基于课题组藏药大复方的研究经验，通过文献调研，筛选出二十五味肺病丸专属性、特征性化合物，并通过Chemical book数据库以及TCMSP数据库进行验证，确定二十五味肺病丸有效物质成分。将筛选出的成分通过Swiss Target Prediction数据库进行靶点筛选，进而运用Cytoscape软件构建药物-化合物-靶点（基因）网络进行可视化。运用CTD数据库查询与疾病COVID-19 相关的靶点，找出与二十五味肺病丸共有的靶点，将共有基因导入STRING数据库生成蛋白互作网络，并通过DAVID数据库进行KEGG通路富集分析和GO功能富集分析，预测藏药二十五味肺病丸的作用机制。结果 经筛选藏药二十五味肺病丸中檀香、悬钩木、山柰、红花、獐牙菜、甘草、藏木香、宽筋藤等19种药材被纳入到研究中。药材-化合物-靶点网络包含了19种药材，38个化合物和相应靶点419个。通过CTD数据库查询到COVID-19 疾病相关靶点基因472个，与二十五味肺病丸共有靶点基因77个，分别为ESR1、NOS2、PPARG、PTGS2、PPARA、HMGCR、CYP17A1、NR1H4、TLR9等。通过网络拓扑和蛋白互作网络分析筛选出关键靶点涉及PTGS2、ESR1、AKT1、EGFR等。GO功能富集分析得到339条生物过程条目（BP），45条细胞组成条目（CC）和81条分子功能条目（MF）。KEGG通路富集分析筛选得到102条信号通路，包括小细胞肺癌、非小细胞肺癌、膀胱癌、甲型流感、胰腺癌、T细胞受体信号通路等。结论 二十五味肺病丸可能通过作用于PTGS2、ESR1、AKT1、EGFR相关靶点并通过相关肺病通路、炎症通路、免疫通路对COVID-19起到防治作用。     

湖南二号方调节机体免疫防治新型冠状病毒肺炎的网络药理学研究

目的:应用网络药理学方法探究湖南二号方通过增强免疫力防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19感染的作用与机制。方法:通过TCMSP等数据库筛选湖南二号方主要有效成分和潜在治疗靶点,通过GeneCards等数据库获取疾病基因,并将药物相关靶点与疾病靶点相互映射,通过Cytoscape3.8.0可视化筛选出核心基因,对共有靶点进行蛋白质相互作用网络构建、GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:湖南二号方中药-成分-靶点-疾病网络包括5味中药、99种活性成分和73个疾病靶点。其中湖南二号方治疗新型冠状病毒肺炎的靶点主要包括IL-6、VEGFA、ALB、CXCL8、MMP9和AKT1等。GO功能富集分析共得到条目1962个,主要涉及氧化应激反应和活性氧代谢过程等。KEGG通路富集分析筛选出145条信号通路,包括HIF-1、PI3K-Akt、TNF等信号通路。结论:湖南二号方中的槲皮素、山奈酚、异鼠李素活性成分可能通过介导HIF-1、IL-17等多条信号通路影响IL-6、VEGFA、ALB、CXCL8等靶蛋白的表达,发挥防治COVID-19的作用。     

基于网络药理学探讨柴胡-黄芩治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

基于网络药理学预测柴胡-黄芩药对治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用靶点及信号通路,探讨其作用机制。方法:通过TCMSP数据库筛选柴胡-黄芩药对有效成分及对应作用靶点,运用GeneGards数据库对疾病靶点进行预测,将两者进行映射,利用Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络并进行GO富集分析与KEGG通路分析。结果:根据筛选条件得到53个化合物、730个对应的作用靶点、247个疾病潜在靶点。GO功能富集分析得到GO条目1131个,其中生物过程(BP)条目1087个,细胞组成(CC)条目11个,分子功能(MF)条目33个。KEGG通路富集筛选得到102条信号通路。结论:本研究预测出柴胡-黄芩药对治疗COVID-19的主要成分前六位是黄芩素、汉黄芩素、金合欢素、槲皮素、山柰酚、异鼠李碱。通过调节IL-6、IL1B、AKT1、IL1A、MAPK8、CASP8、STAT1、CCL2等靶点,调控TNF、IL-17等信号通路达到抑制炎症、调节细胞凋亡、减轻肺损伤的作用,从而达到治疗COVID-19的目的。     

基于网络药理学探讨水蛭防治股骨头坏死的作用机制

目的基于网络药理学探讨水蛭防治股骨头坏死(ONFH)的潜在作用机制。方法应用中药综合数据库(TCMID)及BATMAN-TCM分析工具筛选出单味中药水蛭的活性成分及作用靶点,检索与疾病靶点有关的数据库GeneCadrs、TTD、OMIM筛选ONFH的作用靶点,进而筛选水蛭与ONFH的交集核心靶点,并运用Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点-疾病网络,基于DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果基于BATMAN-TCM分析工具预测得出水蛭防治ONFH的活性成分13个和交集靶点28个;GO功能富集分析得到条目153个,其中生物过程条目117个、细胞组成条目10个、分子功能条目26个;KEGG通路富集分析得出条目35个,主要包括PPAR信号通路、TNF信号通路、AMPK信号通路、NF-κB信号通路、TLR信号通路等。结论基于网络药理学初步探讨并验证了水蛭防治ONFH多成分-多靶点-多通路的整体调节作用特点,预测了水蛭防治ONFH的潜在作用机制,以期为其活性成分研究与实验研究提供科学依据。     

夏枯草抗阿尔茨海默病的成分-靶点-通路的网络药理学研究

目的:通过使用网络药理学方法预测夏枯草抗阿尔茨海默病的相关作用靶点及主要信号通路,探讨其抗阿尔茨海默病的可能作用机制。方法:在TCMSP和TCMID两个相关数据库中检索并筛选出夏枯草潜在活性成分,在TCMSP数据库中查找这些成分的作用靶点,使用Cytoscape3.7.1软件构建潜在活性成分与靶点的相关网络图;在TTD和DisGeNET数据库中检索阿尔茨海默病的相关基因,将潜在活性成分的作用靶点和阿尔茨海默病有关基因进行比对,得到的重复项即为潜在活性成分抗阿尔茨海默病的可能靶点;在String平台上构建靶点之间的相互作用网络(PPI);用Cytoscape3.7.1软件构建夏枯草潜在活性成分-靶点阿尔茨海默病网络,再根据介数、度值以及紧密度来共同筛选出关键靶点;使用Metascape数据库进行关键靶点的KEGG信号通路分析和GO生物过程富集。结果:在夏枯草中一共筛选出19种活性成分,能够对253个靶点起作用;其中16种活性成分可作用于阿尔茨海默病的136个靶点,主要核心靶点有39个,主要活性成分有6种,关键信号通路有3条。结论:夏枯草可能抑制大脑小胶质细胞活化介导的神经炎症反应以及抑制大脑中的氧化应激反应,通过抗炎抗氧化来发挥其抗阿尔茨海默病的作用。     

基于”温病在下其郁热”探究大黄在新型冠状病毒肺炎的作用及潜在机制

目的:基于"温病在下其郁热",探讨大黄在新型冠状病毒肺炎(COVID-19)治疗中的作用及潜在作用机制。方法:使用网络药理学方法,在TCMSP数据库获取大黄的活性成分和作用靶点,并通过Uniprot数据库将获得的靶蛋白名称转换成Gene Symbol;使用Cytoscape3.7.1软件,构建大黄的"化学成分-作用靶点"网络;使用STRING数据库构建作用靶标的蛋白互作网络,并导入Cytoscape中进行网络优化,再通过"MCODE"插件进行聚类分析;使用"ClueGo"插件对大黄的核心靶标进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,结果使用R软件进行可视化。结果:共筛选得到β-谷甾醇、芦荟大黄素等7个有效化合物,对应靶标49个;靶标PPI网络聚类分析得到2个子网络,涉及JUN、CASP3、IL-1β、CASP8、CASP9等18个靶标;GO分析得到G蛋白偶联胺受体活性、核受体的活动、配体激活的转录因子活性、组蛋白磷酸化和类固醇激素受体活性等296个生物学功能(P<0.01);KEGG富集得到p53信号通路、IL-17信号通路、VEGF信号通路、c型凝集素受体信号通路和TNF通路等31条通路(P<0.01)。结论:大黄可以通过多成分-靶点-通路的途径,发挥抗病毒、抗炎、抗氧化应激、抗细胞凋亡和调节机体免疫等功能,从而起到治疗COVID-19的作用。     

基于网络药理学的麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)作用机制探讨

目的通过网络药理学探讨麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用靶点及信号通路,阐述其可能的作用机制。方法从TCMSP和TCMID数据库搜索麻杏石甘汤4味中药的活性成分及靶点,使用GeneCards及NCBI数据库获取COVID-19靶点;通过STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络。利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-作用靶点-疾病网络,使用Bioconductor生物信息软件包进行GO功能富集和KEGG通路分析。结果从麻杏石甘汤4味药材中筛选获得127个化合物和相应靶点237个。将麻杏石甘汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到49个关键靶点。GO功能富集分析得到GO条目155个(P0.01),KEGG通路富集分析筛选得到90条信号通路(P0.01)。构建药物-化合物-作用靶点-疾病网络,显示槲皮素、山柰酚、柚皮素、木犀草素等活性化合物在整个网络中发挥着关键作用。结论麻杏石甘汤作用于COVID-19的PPI网络中IL-6、TNF、MAPK8、MAPK3、CASP3、TP53、IL-10、CXCL8、MAPK1、CCL2、IL-1β、IL-4、PTGS2等靶点起着关键作用,其中IL-6目前是COVID-19诊疗方案临床重症预警指标。这些靶点共同参与调节糖尿病并发症AGE-RAGE、IL-17和TNF等多条信号通路,发挥抗炎、抗病毒、免疫调节等作用,可能是麻杏石甘汤治疗新冠肺炎的潜在机制。     

基于网络药理学和分子对接技术芩苏胶囊干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在药效物质预测分析

目的运用网络药理学和分子对接技术探究芩苏胶囊防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在药效物质。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索出芩苏胶囊中4味药材(黄芩、紫苏子、苦参和丹参)所含有效成分与作用靶点;通过UniProt、GeneCards和OMIM数据库,筛选出COVID-19相关靶点,得到与芩苏胶囊有效成分作用的共同靶点,采用String数据库构建PPI网络;借助Cytoscape3.7.2构建"中药-化合物-靶点"网络;运用DAVID数据库对相关靶点进行GO功能和KEGG通路的富集分析;通过分子对接技术评价"中药-成分-靶点"网络中核心成分与COVID-19的3CL水解酶及血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)的结合作用。结果芩苏胶囊"中药-成分-靶点"网络121个化合物和274个相关靶点,包含14个核心化合物和33个核心靶点。GO功能富集分析得到527个条目,主要涉及药物应答、炎症反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等。KEGG路富集共得到111条信号通路,筛选得到20条信号通路,涉及乙型肝炎、甲型流感、肺结核等与病毒感染相关的通路。分子对接表明,芩苏胶囊中14个核心成分与COVID-19的3CL水解酶和ACE2的亲和作用较好。质谱指认出芩苏胶囊中5个成分可能是防治COVID-19的核心成分。黄芩素、汉黄芩素、隐丹参酮、丹参酮ⅡA和木犀草素是芩苏胶囊治疗COVID-19的核心药效物质。结论芩苏胶囊可能通过多成分结合SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2作用于IL-6、TNF和TP53等关键靶点调节多条信号通路,从而对COVID-19起到治疗作用。