白及与其混伪品ITS2序列二级结构比较与鉴别

目的:利用DNA条形码技术通过ITS2序列对白及及其混伪品进行快速、准确鉴别。方法:采用植物基因组DNA提取试剂盒提取白及及其混伪品基因组DNA,对全部收集样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,所得序列经Codon Code Aligner拼接后,利用MEGA7.0软件进行数据分析计算物种种间种内Kimura2-parameter(K2P)遗传距离。采用最近距离法及基于ITS2序列构建Neighbor-joining(NJ)系统聚类树,结合ITS2序列二级结构相比对的方法鉴别分析。结果:K2P遗传距离及NJ聚类树均显示只能鉴别出白及属与其他科属物种,区分不开白及属内3个物种,结合ITS2二级结构进一步鉴定,可将白及属的各个种及其他科属混伪品准确地鉴别出来。结论:利用ITS2序列作为DNA条形码,结合ITS2序列的二级结构可以有效地鉴定白及及其混伪品。     

山姜属物种的ITS序列分析和分子鉴别

目的采用ITS序列对山姜属物种进行分子鉴别。方法通过PCR扩增测序或Genbank下载获取山姜属物种的ITS序列,采用DNAMAN软件对所有序列进行序列校正,使用Clustal X软件进行序列多重比对,运用MEGA 4.0软件计算遗传距离和构建系统发育树。结果山姜属24个物种43条序列比对后序列为509 bp,变异位点共122个。高良姜等19个物种的种间遗传距离大于其种内遗传距离,具有明显的条形码间距,可与其他物种区别;疏花山姜等5个物种种间遗传距离小于或等于种内距离,不能完全被鉴别开来。系统聚类树显示,大多数山姜属物种各自聚成一分支,单系性较好。结论 ITS序列对24个山姜属物种具有良好的鉴别能力,为该属物种鉴定研究提供了分子依据。     

基于ITS2序列的球兰属植物种间鉴定研究

目的:利用ITS2序列对球兰属植物进行DNA分子鉴定,为其物种鉴定和遗传多样性研究寻求新路径。方法:提取80份球兰样品的DNA,通过PCR扩增ITS2序列并测序,预测其ITS2二级结构。运用MEGA6.0等软件构建邻接(NJ)系统发育树,计算各类别遗传距离。通过叶片形态学特征对其聚类结果进行验证。结果:80份球兰属植物ITS2序列长度约为250 bp,样品CG含量在60.44%～72.88%之间,平均CG含量为68.12%。种内恒定位点数为32,变异位点数为217。NJ系统发育树中80份样品可聚类为11类。序列总体平均遗传距离为0.171,对80份球兰样品的鉴别成功率约为81.25%,结合ITS2序列二级结构可直观地将大部分球兰属植物区分。基于ITS2序列的NJ进化树可阐述球兰属植物的种间关系,聚为一类的球兰属植物叶片颜色和叶形较为相似,也在一定程度上验证了聚类树构建的合理性。结论:ITS2序列可作为解决球兰属植物物种鉴定难题的有效方法。     

基于ITS条形码标记对当归属药用植物的鉴别

目的利用ITS条形码标记技术对当归属药用植物进行鉴别。方法选取该属32个物种158条核糖体内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列进行分子鉴别分析。所得序列运用MEGA 6.0软件计算种内和种间遗传距离,同时分别构建邻接树(neighbor-joining tree,NJ)、最大似然树(maximum-likelihood tree,ML)和最大简约树(maximum-parsimony tree,MP),分析ITS序列的鉴别能力和当归属药用植物种间的系统发育关系。结果当归属物种间ITS序列最小遗传距离大于种内最大遗传距离,而且系统发育结果显示,每个物种的ITS基因型序列能较好地聚类为对应于该物种本身的分支,且具有中到高度的支持率,说明ITS序列能够将当归属物种区分开。结论 ITS序列可以作为当归属药用植物的DNA分子条形码标记,将在该属物种的分子鉴定方面发挥重要潜力。     

中药材薄荷的DNA条形码鉴定研究

目的:利用DNA条形码鉴定技术快速、准确地鉴别中药材薄荷及其密切相关种。方法:提取薄荷药材及其易混品的DNA、对ITS2序列进行PCR扩增和测序,应用CodonCode Aligner V3.0对测序峰图进行校对拼接,去除低质量序列及引物区,获得ITS2序列。利用MEGA5.0软件计算物种种内种间Kimura 2-parameter(K2P)遗传距离。采用相似性搜索法、最近距离法、构建NJ系统聚类树等方法进行鉴定分析。结果:薄荷药材与其他密切相关种之间的K2P遗传距离分布于0.071～0.231,大于薄荷种内K2P遗传距离(0～0.006);3种鉴定方法也表明ITS2序列适合鉴别薄荷药材与其密切相关种。结论:ITS2条形码可有效鉴别中药材薄荷及其易混品,为快速、准确地鉴定薄荷提供了科学依据。     

棘豆属蒙药材的DNA条形码鉴定研究

目的:利用ITS2序列对棘豆属蒙药材进行分子鉴定。方法:对棘豆属正品药材硬毛棘豆Oxytropis fetissovii Bge.、多叶棘豆Oxytropis myriophylla(Pall.)DC.样品和伪品大花棘豆Oxytropis grandiflora(Pall.)DC.样品的ITS2序列进行了PCR扩增和测序。为扩大研究范围,又从Gen Bank中下载了棘豆属与黄芪属植物样本的ITS2序列。经ITS2 Database网站处理截取ITS2序列,并采用MEGA 5.10计算相关数据,基于K2P模型构建聚类树(NJ树)。并从ITS2网站上获得样本及下载序列的ITS2二级结构信息,分析各样本间ITS2序列二级结构的差异。结果:棘豆属药材的ITS2序列较短,序列长度为216~218 bp,有利于DNA的提取、PCR扩增和测序。多叶棘豆Oxytropis myriophylla(Pall.)DC.、硬毛棘豆Oxytropis fetissovii Bge.与大花棘豆Oxytropis grandiflora(Pall.)DC.的种内遗传距离大于种间遗传距离。在NJ树模型中,棘豆属正品药材与非正品样品可以区分开;与黄芪Astragalus membranaceus(Fisch.)Bge.比较也可以区分开。结论:以ITS2序列为标准的DNA条形码能够有效的鉴定棘豆属药材。     

基于条形码ITS2序列的何首乌及其近缘种和混淆品的分子鉴别

目的:通过内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)序列分析,探究鉴别何首乌与其近缘种和混淆品的新方法。方法:何首乌与其近缘种和混淆品的ITS2序列进行扩增、纯化、测序,运用Seqman软件进行序列拼接,通过MEGA6.0软件进行序列的分析并构建kimura 2-parameter(K2P)模型的neighbor-joinin(NJ)系统聚类树。结果:何首乌与其近缘种和混淆品ITS2序列间存在明显差异,种内遗传距离小于种间遗传距离。齿叶蓼与何首乌种间遗传距离较大,却与翼蓼非常接近,二者的遗传距离仅0.029。NJ系统聚类树显示不同产地的何首乌聚为一支,与其近缘种和混淆品可很好地区分。结论:ITS2序列可有效地鉴别何首乌与其近缘种和混淆品,为何首乌的用药安全性提供技术保障。     

基于ITS2条形码鉴别市售柴胡药材及其混伪品

目的采用DNA条形码分子鉴定技术鉴别市售柴胡药材及其混伪品,以确保柴胡药材质量及临床用药安全。方法共收集85份柴胡药材,对其ITS2序列进行PCR扩增并双向测序,所得序列经CodonCode Aligner校对拼接后,利用MEGA 6.0对序列进行分析比对,计算种内、种间遗传距离,利用邻接法(NJ)构建系统聚类树,并应用ITS2数据库网站预测其ITS2二级结构。结果柴胡种内遗传距离明显小于柴胡与其近缘物种种间遗传距离,基于ITS2建立的NJ树和网站预测的ITS2二级结构,均能将柴胡药材及其混伪品区分开。85份样品中,55份符合《中国药典》2015年版规定的柴胡正品来源,正品率为64.7%。结论基于ITS2序列可以准确可靠地鉴别柴胡药材及其混伪品,为确保临床用药安全提供新的技术手段。     

中药五味子种子的基源快速鉴定

目的鉴于传统方法难以对市场流通中五味子种子进行快速有效鉴别,为提高鉴定效率,保证种质资源的准确性,该研究采用DNA条形码技术对五味子种子进行分子鉴定。方法采用DNA条形码技术,基于《中国药典》物种标准条形码数据库,通过ITS2序列比对、遗传距离比较和系统NJ树构建,对9个产地的五味子种子进行鉴别研究。结果五味子与混用品南五味子种子的序列长度皆为230 bp,BLAST鉴定五味子种子的基源为五味子Schisandra chinensis(Turcz.)Baill.,南五味子种子基源为华中五味子S.sphenanthera Rehd.et Wils.。五味子与南五味子种子的种内遗传距离分别小于种间遗传距离,系统发育树图中各物种均聚为一支,且容易区分。结论基于ITS2序列DNA条形码技术可以快速、准确、有效的鉴别五味子的种质资源。     

基于ITS2序列鉴定白及与其伪品小白及

目的：通过分析白及与小白及的ITS2条形码序列,鉴定白及与其伪品小白及。方法：以采集自云南、湖北、贵州、湖南、四川的38份白及和小白及叶片为实验材料,提取其总DNA,并 PCR 扩增其ITS2序列,对序列进行双向测序,并从GenBank上下载2个物种共8条ITS2序列,用MAGA5.0进行序列分析,计算种内、种间遗传距离,构建邻接树。结果：白及与小白及的ITS2序列全长均为259 bp,种间有14个变异位点;ITS2序列种内最大遗传距离0.008,种间最小遗传距离0.040。由所构建的系统聚类树可以看出,不同来源的白及与小白及的样本均分别聚为一支,两者明显分开。结论：利用ITS2序列可快速准确地鉴别白及与小白及。     

基于ITS2条形码序列的山豆根基原植物及其混伪品的DNA分子鉴定

山豆根是我国常用中药材,对山豆根基原植物及其易混伪品进行DNA分子鉴定研究具有重要意义。本文对5科9属38个物种84份山豆根基原植物及其混伪品样品的ITS2序列进行序列变异分析、K-2p遗传距离比较及NJ系统发育聚类树构建。结果表明所研究山豆根基原植物样品种内ITS2序列无变异,与其同属密切相关物种的ITS2序列变异位点为102个,平均K-2p遗传距离为0.072,与其他混伪品的ITS2序列变异位点为200个,平均K-2p遗传距离为0.594。山豆根基原植物在NJ系统发育聚类树上聚为一支,支持率为98。因此,ITS2作为DNA条形码序列能够有效的区分山豆根基原植物及其混伪品,为山豆根药材及其混伪品的鉴定提供基础。     

药用植物三尖杉及其同属易混物种的DNA条形码鉴定研究

目的：探索建立适用于鉴定药用植物三尖杉及其同属易混物种的DNA条形码鉴定体系,以保障其用药安全。方法：提取三尖杉属3个物种（三尖杉、粗榧和篦子三尖杉）共22份样本的基因组DNA、扩增ITS2和psbA-trnH 序列并测序,通过CodonCode Aligner V4.2对测序峰图进行校对拼接。应用MEGA 5.1计算种内和种间Kimura 2-Paramter（K2P）遗传距离,构建邻接（Neighbor-Joining, NJ）系统聚类树。结果：基于ITS2序列分析,三尖杉的种内最大遗传距离小于种间最小遗传距离;基于psbA-trnH 序列分析,三尖杉的种内和种间遗传距离有重合。结论：应用ITS2序列,可以实现对三尖杉及其易混物种的鉴别,为三尖杉药材的安全使用提供鉴定依据。     

药用多孔菌DNA条形码鉴定研究

目的:筛选采用DNA条形码技术鉴定药用多孔菌的有效条形码及该方法的可行性。方法:对29种药用多孔菌的69份样品进行DNA提取,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增ITS序列并进行双向测序,去除低质量区和引物区,得到ITS序列,通过BLAST比对及基于K2P遗传距离构建系统聚类NJ树开展ITS鉴定效率评价。结果:经过优化的DNA提取方法,可对所有样品成功提取到足量DNA,PCR扩增产物测序并经过序列拼接剪切后均能得到高质量ITS序列;物种内ITS最大遗传距离均远小于物种种间最小遗传距离;基于Gen Bank数据库进行BLAST比对,鉴定效率达到100%;基于K2P遗传距离构建NJ树,结果显示相同物种均聚为一支。结论:DNA条形码技术可以对多孔菌进行快速准确鉴定,ITS序列可作为药用多孔菌有效候选DNA条形码。     

蒙药并头黄芩的DNA条形码鉴定研究

目的:利用ITS2序列鉴定方法鉴别并头黄芩Scutellaria scordifolia Fisch.及近缘种植物。方法:提取并头黄芩及黄芩的DNA,对ITS2序列进行扩增和测序,并在Gen Bank获取近缘种植物的ITS2序列,计算物种种间种内遗传距离(Kimura 2-parameter,K2P),采用构建Neighbor-joining(NJ)系统发育树及ITS2序列二级结构进行鉴定分析。结果:并头黄芩及近缘种的ITS2序列的遗传距离为0.014~0.141,大于并头黄芩种内遗传距离。通过ITS2序列的NJ系统发育树和二级结构,可以准确地区分并头黄芩与其近缘种。结论:ITS2序列可有效准确的鉴别蒙药并头黄芩及其近缘种。     

多基原民族药岩陀DNA条形码鉴定

目的:采用ITS,ITS2,rbcL,matK和psbA-trnH这5种热门DNA条形码序列对多基原民族药岩陀的鉴别能力进行评价,筛选出适合该物种鉴定的DNA条形码。方法:通过比较各序列聚合酶链式反应(PCR)扩增成功率及测序成功率,计算种内种间遗传距离,运用Wilcoxon非参数秩和检验进行遗传差异分析,邻接(NJ)法构建系统发育树以及采用Blast 1和NJ建树方法评价不同序列对物种的鉴定成功率等策略的实施,综合评价上述5种DNA候选条形码在多基原岩陀植物中的鉴别效果。结果:ITS序列扩增成功率及测序成功率分别为100%和96.61%;ITS2序列扩增成功率及测序成功率分别为100%和98.31%;psbA-trnH序列扩增成功率及测序成功率均为100%;rbcL序列扩增成功率及测序成功率均为100%,matK扩增成功率及测序成功率均为98.31%。psbA-trnH序列拥有最高的种内及种间遗传变异,且种内最大变异的平均值小于种间最小变异的平均值。系统发育树构建结果显示,psbA-trnH序列能区分3种不同来源的岩陀药用植物,而ITS,ITS2,rbcL和matK序列聚类效果较差。psbA-trnH序列鉴定成功率均为100%,而ITS,ITS2,matK和rbcL序列对物种鉴定成功率均低于50%。结论:psbA-trnH较其他序列有明显优势,因此推荐psbA-trnH序列作为理想的DNA条形码,用于多基原民族药岩陀的鉴定研究。     

基于DNA条形码的岭南特色药材广东海桐皮、木棉花与其混淆品的分子鉴定

目的：本研究主要应用第二内转录间隔区（ITS2）序列作为DNA条形码进行分析,建立对岭南中药广东海桐皮、木棉花与其混淆品的快速鉴定法。方法：收集广东海桐皮等9个物种样本,提取样本基因组DNA,扩增ITS2 基因片段,对其产物进行双向测序。所得序列采用CodonCode Aligner进行拼接。利用MEGA 6.06软件进行种间变异及遗传距离分析,并构建系统进化树。结果：9个物种的ITS2序列长度范围为224-237bp,物种的种内遗传距离（0.000-0.017）明显小于种间遗传距离（0.045-0.820）,NJ和ML聚类树显示,各物种样本独聚一支,表现出单系性。结论：ITS2序列能够有效鉴别植物海桐皮、木棉花与其混淆品,为其基原植物鉴定提供依据,为保证用药真实及其临床疗效提供分子鉴定方法。     

ITS2序列鉴定筋骨草及其近缘种

本研究对筋骨草ITS2区段测序,探讨该片段用于中药筋骨草、白苞筋骨草、白毛夏枯草和夏枯草种间分子鉴别和系统学研究中的意义,我们对核基因ITS2区段进行PCR扩增并测序,获得了该区间的完整序列,所得序列用软件MEGA4.0进行相关分析。测得筋骨草、白苞筋骨草、夏枯草和白毛夏枯草的ITS2片段长度分别为312bp,304bp,303bp,304bp。四个物种ITS2片段序列的遗传距离(Kimura2)为0.010～0.175,各个筋骨草种内的不同产地该序列无差异。用MP法根据ITS2序列的遗传距离建立系统发生树,聚类结果和形态分类相符。根据ITS2序列特征,能有效区分筋骨草和其他易混中药材。ITS2具有做为鉴定的条形码序列的潜力。应用该序列可以有效鉴定筋骨草及其近缘种。     

虾脊兰属植物DNA条形码的确立

目的:结合ITS2、psb A-trn H和matk序列对兰科虾脊兰属植物进行物种区分鉴定研究,并确立能准确鉴别虾脊兰属植物的序列或者序列组合。方法:采用试剂盒法对已收集的6种虾脊兰属植物进行总DNA的提取,通过扩增及测序,运用codencode V4.2软件对所得序列进行拼接与剪切,使用MEGA5.0对ITS2、psb A-trn H和matk序列3种序列分别进行比对分析,计算种内及种间Kimura 2-parameter(K2P)遗传距离,构建Neighbor-joining(NJ)系统聚类树。结果:实验共得到序列56条(包含Gen Bank序列17条),ITS2序列和mat K序列其种内最大遗传距离小于种间最小遗传距离,而该属psb Atrn H序列种内遗传距离范围和种间遗传距离范围有重合。结论:ITS2序列和mat K序列可以作为虾脊兰属部分植物的鉴定序列,而psb A-trn H序列不能用于虾脊兰属植物的鉴定。     

桑白皮及其混伪品的DNA条形码鉴定研究

为了探索鉴定桑白皮及其混伪品的新方法,本实验提取桑白皮药材及其混伪品的DNA,对ITS2序列进行PCR扩增和双向测序,应用CodonCode Aligner V3.0对测序峰图进行校对拼接,去除低质量序列及引物区,获得ITS2序列。利用MEGA4.0软件计算物种种内种间Kimura 2-pa-rameter(K2P)遗传距离。采用相似性搜索法、最近距离法、构建NJ系统聚类树等方法进行鉴定分析。结果表明桑白皮药材与其混伪品之间的K2P遗传距离分布于0.003~0.343,大于桑种内K2P遗传距离0,NJ树也显示桑白皮可与其混伪品明显分开。因此,ITS2条形码可有效鉴别中药材桑白皮及其混伪品,为快速准确地鉴定桑白皮提供了科学依据和新的方法。     

市售白花蛇舌草药材的DNA条形码鉴定研究

目的:基于ITS2序列检测市场药材白花蛇舌草,为白花蛇舌草药材鉴定提供一种新的分子手段。方法:实验获取白花蛇舌草及其常见混伪品基原植物ITS2序列,结合Gen Bank下载序列共7个物种53条序列。经Codon Code Aligner V3.7.1拼接,利用MEGA 6.0软件进行变异位点分析,遗传距离计算和构建邻接(NJ)系统发育聚类树。同时随机检测37份市场药材白花蛇舌草,经中药材DNA条形码鉴定系统进行序列比对并构建邻接(NJ)系统聚类树确定物种,鉴别真伪。结果:白花蛇舌草基原植物ITS2序列种内K2P平均遗传距离远小于其与混伪品种间K2P平均遗传距离,NJ树结果表明白花蛇舌草基原植物可与其混伪品明显区分;市场药材中正品29份,伪品8份,其中半枝莲和远志为新发现的伪品。结论:基于ITS2序列DNA条形码技术可有效准确鉴定白花蛇舌草及其混伪品,为其用药安全提供了有力保障。