基于分子对接和表面等离子体共振技术的大承气汤治疗急性胰腺炎的作用机制研究

【目的】 探讨大承气汤治疗急性胰腺炎的物质基础及作用机制。【方法】 基于中药系统药理学技术平台（TCMSP）及文献检索筛选符合条件的大承气汤治疗急性胰腺炎的活性化合物和疾病靶点，运用 Discovery Studio 软件进行分子对接，应用Cytoscape 3.6.2软件构建成分-靶点网络关系图，发现主要的活性成分和靶点，通过STRING数据库对相关靶点进行基因本体论（GO）生物学功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析，并采用表面等离子体共振（SPR）技术对主要活性成分和重要蛋白进行结合力验证。【结果】 共筛选出大承气汤治疗急性胰腺炎的化合物有37个和相关靶点32个，通过分子对接优选了 8 个活性成分和 6 个靶点。SPR 亲和力验证结果发现，细胞间黏附分子 1（ICAM-1），丝裂原活化蛋白激酶 14（MAPK14）和过氧化物酶体增殖物活化受体γ（PPAR-γ）均可以与一个或多个成分显示出较好的结合力。【结论】 基于分子对接技术和网络药理学可预测大承气汤治疗急性胰腺炎的主要物质基础和潜在分子机制，结合SPR技术验证了蛋白与活性成分亲和力。     

黄芪-党参药对治疗胃癌的网络药理学研究

目的运用网络药理学探讨黄芪-党参药对治疗胃癌的作用机制。方法通过DisGeNET数据库检索胃癌的相关靶点。使用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄芪、党参的潜在活性成分和作用靶点,借助PubChem数据库,预测黄芪-党参药对活性成分的所有潜在靶点,并将活性成分预测的靶点与疾病靶点取交集,获取黄芪-党参药对治疗胃癌的靶点集。使用Auto Dockt Vina对筛选所得的主要活性成分及主要相关靶点进行分子对接验证。通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。运用Cytoscape 3.7.1构建"药物-化合物-靶点-通路-疾病"网络及蛋白相互作用(PPI)网络,研究其作用机制。结果"药物-化合物-靶点-通路-疾病"网络包括52个活性化合物、62个作用靶点以及34条通路,关键化合物为3-β-Hydroxymethyllenetanshiquinone、黄芪皂苷Ⅰ、咖啡酸、异阿魏酸等,关键靶点涉及MAPK、PI3Ks、EGFR、NF-κB1等;PPI网络关键靶点主要为STAT3、PIK3CA、MAPK1、HRAS等。GO富集分析共涉及264个生物过程(BP),38个细胞组分(CC)以及57个分子功能(MF);KEGG通路富集分析筛选得到34条与胃癌相关的通路,主要为癌症通路、PI3K-Akt信号通路等。结论黄芪-党参药对可能是通过介导PI3K-Akt等信号通路调控肿瘤细胞的增殖、凋亡、迁移、失巢凋亡及血管生成等生物过程进而达到治疗胃癌的目的。     

基于网络药理学和分子对接的清开灵注射液治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制探寻

目的初步探寻清开灵注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法通过文献检索及中药系统药理学分析平台(TCMSP)得到清开灵注射液组方药材栀子、板蓝根、金银花等的活性成分及靶标蛋白。借助Uniprot数据库查询活性成分对应靶点基因,应用Cytoscape 3.7.2构建药物-化合物-靶点网络。借助DAVID数据库进行KEGG通路富集分析,预测其作用机制。对核心活性成分与抗COVID-19药物潜在作用靶点血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)、3C类似蛋白酶(3CLpro)、RNA依赖性RNA聚合酶(Rd Rp)进行分子对接验证。结果药物-化合物-靶点网络共包含5种药物、62个化合物以及70个靶点。KEGG通路富集分析得到信号通路41条(P0.05),主要涉及细胞凋亡、Fc epsilon RI信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。分子对接结果显示,刺槐素、丁香苷等与抗COVID-19药物潜在作用靶点具有较强的亲和力。结论清开灵注射液具有多成分、多靶点、多途径的作用特点,其活性成分刺槐素等可通过作用于CASP3、CASP8、FASLG等靶点调节细胞凋亡通路及TNF通路,从而实现对COVID-19的潜在治疗作用。     

基于网络药理学探讨国医大师张磊运脾汤治疗高脂血症的分子机制＊

目的 基于网络药理学探讨运脾汤治疗高脂血症的分子作用机制。方法 通过TCMSP、Pharm Mapper、GeneCards、DisGeNET等多个数据库检索，预测并收集运脾汤的有效化学成分和对应的靶蛋白以及高脂血症的相关疾病基因，筛选关键靶点，对关键靶点及相关有效化学成分做分子对接验证，利用DAVID数据库的富集分析功能，得到运脾汤的有效化学成分干预高脂血症的过程中涉及的相关功能和通路，并构建“中药材-有效化学成分-靶点-通路”综合网络。结果 运脾汤干预高脂血症的核心成分为木犀草素、槲皮素、山奈酚、柚皮素等；核心靶点PPARG、NOS3、EGFR、APOB和ESR1，分子对接验证，大部分靶点与化合物有结合活性较好；DAVID富集分析，运脾汤可能通过细胞内外刺激、脂多糖反应和调节凋亡等生物过程和HIF-1信号通路、AGE-RAGE信号通路、胰岛素信号通路、TNF信号通路等途径干预高脂血症。结论 本研究初步预测了运脾汤干预高脂血症的多成分、多靶点、多通路的作用机制，为进一步实验研究提供理论依据。     

基于网络药理学的牛膝防治阿尔茨海默病的物质基础与作用机制研究

目的基于网络药理学及分子对接技术预测牛膝防治阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)的主要活性成分及作用靶点,探讨其"多成分-多靶点-多通路"的作用机制。方法收集DrugBank和文献报道中AD的治疗靶点,依据中药系统药理学技术平台(TCMSP)构建牛膝的化学成分库;运用DiscoveryStudio3.5软件进行分子对接,虚拟筛选牛膝中与AD的靶点结合的化学成分集;通过KEGG数据库对虚拟筛选到的关键靶点进行通路富集分析,采用Cytoscape 3.2.1软件构建牛膝的"成分-靶点-通路"网络。结果从牛膝中筛选出58个化合物,多为小分子烷烃、酯类和羧酸类化合物,其次为黄酮类、蒽醌类等。这些有效成分可能通过调节Ca MK-IIα、Ca MK-IIβ、Ca MK-IIγ、Akt1和TNF-α等36个AD发病机制的潜在靶蛋白而发挥作用,涉及MAPK signaling pathway、Wnt signaling pathway等12条通路。结论牛膝中黄酮类、蒽醌类等活性成分可能是其治疗AD的物质基础,其作用机制涉及抗炎、抗细胞凋亡等。     

基于网络药理学和分子对接技术的藏药三味龙胆花片用于新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制探讨

目的:初步探寻藏药三味龙胆花片治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性化合物及作用机制。方法:通过文献及中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索藏药三味龙胆花片中白花龙胆、甘草、蜂蜜干膏的化学成分。通过Swiss Target Prediction数据库查询化学成分对应靶点,采用Cytoscape3.7.2构建化合物-靶点网络;结合DAVID基因本体GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制;对核心成分与抗COVID-19药物靶点进行分子对接验证。结果:化合物-靶点网络包含101个化合物,共对应168个靶点。GO功能富集分析得到GO条目291个(P<0.05),其中生物过程(BP)条目186个,细胞组成(CC)条目33个,分子功能(MF)条目72个。KEGG通路富集筛选得到56条信号通路(P<0.05),涉及钙离子信号通路、花生四烯酸代谢通路、MAPK信号通路等相关信号通路。分子对接结果显示,甘草香豆酮、槲皮素、山柰酚等核心成分与抗COVID-19药物潜在作用靶点的亲和力可能较推荐用药更强。结论:藏药三味龙胆花片可通过多成分、多靶点、多通路的协同作用发挥疗效,从而起到抗COVID-19的作用。     

基于网络药理学与分子对接技术的金花清感颗粒防治新型冠状病毒肺炎的潜在药效物质研究

目的探究金花清感颗粒防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索金花清感颗粒中11味药材所含化学成分与作用靶点。借助Uniprot数据库查询靶点对应基因,采用Cytoscape软件构建"药材-成分-靶点"网络,运用DAVID对相关靶点进行GO功能与KEGG通路富集分析。通过分子对接评价"药材-成分-靶点"网络中核心成分与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶及血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)的结合作用。结果金花清感颗粒"药材-成分-靶点"网络包含154个化合物和276个相关靶点,关键靶点涉及PTGS2、HSP90AB1、HSP90AA1、PTGS1、NCOA2等。GO功能富集分析得到278个条目,主要涉及ATP结合、转录因子活化、细胞凋亡进程调控等。KEGG通路富集得到127条信号通路,涉及TNF、PI3K/Akt及HIF-1等与肺损伤保护相关通路。分子对接显示金花清感颗粒中芒柄花黄素、豆甾醇、β-谷甾醇、脱水淫羊藿素等核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2的亲和作用较好。结论金花清感颗粒可能通过多成分结合SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2作用于PTGS2、HSP90AB1、HSP90AA1、PTGS1、NCOA2等靶点调节相关信号通路,从而防治COVID-19。     

基于网络药理学和分子对接分析八味三香散治疗慢性心力衰竭的潜在分子机制

通过网络药理学及分子对接技术探讨蒙古族药八味三香散治疗慢性心力衰竭(chronic heart failure, CHF)的潜在分子机制。应用TCMSP,BATMAN数据库及文献收集八味三香散活性成分及潜在作用靶点。通过TTD,GeneCards和CTD数据库检索慢性心力衰竭相关的疾病基因。对八味三香散药物靶点和CHF相关基因取交集,使用Cytoscape构建"化合物-靶点-通路"网络。将交集靶点导入DAVID数据库,进行GO功能、KEGG通路富集分析。最终,利用Autodock_vina软件对筛选出的蛋白与八味三香散活性成分进行分子对接。结果表明,八味三香散中有60种活性成分可用于治疗CHF,涉及311个靶基因,与CHF直接相关的信号通路涉及缺氧诱导因子-1信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、心肌细胞中的肾上腺素信号传导、醛固酮调节钠的重吸收、钙信号通路、环磷酸鸟苷-蛋白激酶G信号通路、肾素分泌等。分子对接结果显示,筛选的靶点受体蛋白与活性成分具有较好的结合活性。八味三香散可能通过多组分、多靶点和多途径的方式调节心肌细胞、血管生成和炎症相关的靶标和途径而对CHF产生治疗作用。     

牛膝干预肾虚血瘀型多囊卵巢综合征的成分靶点和通路分析

目的：运用网络药理学方法和技术研究牛膝治疗多囊卵巢综合征（PCOS）的主要活性成分、靶点、通路等药理学作用机制。方法：通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选出牛膝的活性成分和潜在靶点；查询NCBI数据库获得PCOS疾病靶点，找到药物和疾病的共靶点；通过DAVID数据库对共靶点进行基因功能GO富集分析和KEGG富集分析；采用Cytoscape软件构建成分-靶标-通路网络。结果：筛选得到有靶点的牛膝候选活性化合物共24个，作用于128个靶点；与PCOS的22个共靶点主要涉及AGE-RAGE信号通路、核因子-κB信号通路、TNF信号通路等；共靶点涉及化合物23个，7个靶点涉及5个及以上化合物，ESR1和AR涉及化合物多达19个，还有GSK3B（12个）、ESR2（11个）、PPARG（11个）、ADRB2（9个）涉及较多化合物。结论：牛膝治疗PCOS具有多成分、多靶点协同作用的特点，通过干预分子网络、生物过程和信号通路来发挥抗炎、抗肿瘤、调节血脂、促进微循环及改善胰岛素抵抗的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要化学成分、可能的作用靶点以及相关信号通路，探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芪-紫苏子的化学成分；运用PubChem数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选其潜在靶点；借助GeneCards数据库检索COPD相关靶点，与黄芪-紫苏子化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点；使用Cytoscape3.2.1软件构建“中药-化学成分-靶点-疾病”网络；将上述共同靶点导入String数据库获取数据后在Cytoscape3.2.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction，PPI），然后进行核心靶点筛选；利用Metascape数据库进行GO和KEGG通路富集分析；使用RCSB PDB数据库、Pymol和Autodock Vina软件进行分子对接；采用A549细胞进行体外活性实验评价槲皮素和异鼠李素的抗炎作用，验证网络药理学及分子对接结果的科学准确性。结果 黄芪-紫苏子的“中药-化学成分-靶点-疾病”网络包含34个化学成分和74个治疗COPD的潜在靶点，其核心化学成分主要为黄酮类化合物；另PPI网络中核心靶点主要涉及ALB、TP53、AKT1等；GO功能富集得到GOBP条目1841条，GOCC条目109条，GOMF条目105条；KEGG通路富集筛选得到130条信号通路，其中靶点在AGE-RAGE信号通路、PI3K-AKT 信号通路和HIF-1信号通路等富集较为集中。分子对接结果显示，黄芪和紫苏子的核心化合物中的黄芪异黄烷苷、木犀草素、槲皮素以及异鼠李素等黄酮类成分对ALB具有较高亲和力。体外活性验证中槲皮素和异鼠李素具有显著的抗炎活性。结论 黄芪-紫苏子配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果，为其分子机制研究奠定一定的基础。     

基于网络药理学和分子对接分析双莲方治疗肝细胞癌的作用机制

目的使用网络药理学和分子对接方法,探讨双莲方治疗肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)的潜在作用机制。方法在TCMSP平台筛选双莲方活性成分与靶点,使用Gene Cards数据库得到HCC靶点。利用Cytoscape软件构建"中药-活性成分-靶点-疾病"网络和PPI网络,并使用Autodock软件进行分子对接。在DAVID数据库中进行GO和KEGG分析。结果得到47个活性成分和206个交集靶点,并筛选出7个核心活性成分和5个核心靶点。分子对接结果显示核心靶点均能与核心活性成分较好地结合。关键靶点主要调控RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、脂多糖介导的信号通路等生物过程,显著富集在乙肝通路、肿瘤坏死因子等信号通路。结论从活性成分、靶点、通路等方面分析双莲方治疗HCC的作用机制,为实验和临床研究提供基础。     

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??OBJECTIVE To discuss anti-depression mechanism of baihe zhimu tang using network pharmacology. METHODS The reported antidepressant active ingredients in baihe zhimu tang were used to predict the targets of main active ingredients of baihe zhimu tang relying on traditional Chinese medicine pharmacology system technology platform(TCMSP)database,reverse molecular docking server(DRAR-CPI)and annotation of the human genome database(GeneCards).The Cytoscape 3.5.1 software was used to construct the baihe zhimu tang active ingredients-targets network. The STRING platform was used to construct protein-protein interaction network, and biological information annotation databases(DAVID)was used to analyze metabolic pathways and biological processes of the targets. RESULTS There are total 11 active ingredients and 106 anti-depression related targets in the baihe zhimu tang. The 106 targets were mainly involved in regulation of neurotrophin, FoxO, insulin, MAPK, PI3K-Akt, prolactin and proteolysis, signal transduction, protein phosphorylation and RNA regulation relevant biological processes. CONCLUSION Baihe zhimu tang may play a role in the intervention of depression by acting on the relevant neural, hormonal targets and pathways.     

基于网络药理学研究瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的作用机制＊

目的 采用网络药理学和分子对接的研究方法分析瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的药物作用机制。方法 检索TCMSP数据库，筛选瓜蒌、薤白、半夏3味药物的主要活性成分并检索其作用靶点，根据GeneCards数据库查询与冠心病有关的靶点。Cytoscape3.7.2软件构建成分-靶点网络图，运用STRING绘制蛋白质相互作用（Protein-protein interactions，PPI）网络，分析相关生物功能注释和通路，用SYBYL-X 2.0软件完成靶基因与有效成分的分子对接。结果 筛选得到瓜蒌薤白半夏汤有效活性成分46个，药物相应靶点277个，疾病靶点450个，获取交集靶点82个，PTGS2、ADRB2、SCN5A、CASP3、NR3C2、AR等靶点处于网络图的核心位置。富集分析显示，主要通过RNA聚合酶II启动子转录的正调控、转录正调控，DNA模板、药物反应、基因表达的正调控、信号转导、缺氧反应、炎症反应等生物学过程干预冠心病；细胞组分主要涉及细胞外间隙、质膜、胞外区、胞质、细胞外泌体等；具有蛋白质结合、酶结合、蛋白质同源二聚体活性、细胞因子活性、受体结合、转录因子活性等分子功能。瓜蒌薤白半夏汤可能通过PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路等发挥治疗作用；分子对接显示瓜蒌薤白半夏汤有效成分与核心靶点具有较好的结合能力。结论 本研究系统筛选了瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的作用靶点和生物学机制，为后续深入研究中医药治疗冠心病的药物机制提供理论基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨升降散治疗儿童慢性扁桃体炎的作用机制

通过网络药理学及分子对接方法探究升降散治疗儿童慢性扁桃体炎的作用机制。首先基于中药系统药理学分析数据库(TCMSP)及中医药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM),通过药代动力学(ADME)参数筛选升降散中所含药物的活性成分并预测作用靶点,再通过GeneCards数据库获得儿童慢性扁桃体炎疾病靶点,然后借助Uniprot数据库将靶点蛋白名称标准化。药物靶点与疾病靶点相匹配,获得升降散发挥治疗作用的潜在靶点,运用Cytoscape 3.8.0软件筛选并构建"药物-成分-核心靶点-疾病"网络。利用DAVID数据库、R语言对核心作用靶点进行富集分析,最后通过AutoDock软件对网络中度值较高的药物成分与核心作用靶点进行分子对接验证。结果显示,经标准化处理后得到升降散有效成分共79个,预测潜在靶点1 261个,治疗儿童慢性扁桃体炎潜在靶点268个,核心靶点29个,确定GO富集条目81个(P<0.05),包括生物过程63条,细胞成分7条,分子功能11条,KEGG通路富集条目24条(P<0.05),主要包括细胞周期、炎症因子、病毒感染、免疫调节等信号通路。分子对接结果表明升降散中主要活性成分与核心作用靶点具有较为稳定的结合活性。该研究揭示了升降散治疗儿童慢性扁桃体炎的作用机制,主要是通过抗病毒、抑制炎症、调节免疫等途径起到协同增效作用,为临床合理应用提供了理论依据。     

Possible mechanisms underlying treatment of Alzheimer's disease with Traditional Chinese Medicine: active components,potential targets and synthetic pathways of Bulao Elixir

OBJECTIVE: To elucidate the mechanisms underlying the treatment of Alzheimer's disease(AD) with Traditional Chinese Medicine(TCM), by examining the active components, potential targets and synthetic pathways of Bulao Elixir(BLE).METHODS: The Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion(ADME)/Toxicology(T) calculation was used to screen the active components of Bulao Elixir. Based on the TCM Systems Pharmacology Analysis Platform(TCMSP database) and a text mining tool(GoPubMed database), we predicted and screened the active components of Bulao Elixir and its therapeutic targets for AD. Using the Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery(DAVID), we obtained the targets for AD. Cytoscape software was used to establish a network map of the active component-target and target-pathway of Bulao Elixir. Gene function, related biological processes and signaling pathways were analyzed using the DAVID database.RESULTS: Twelve active components were selected from 196 components of Bulao Elixir. Among 2209 targets, 102 effective targets were selected, and 30 important targets were identified via matching with the disease targets. After further analysis, 14 core targets were identified. Enrichment analysis revealed that most of these important targets were involved in multiple biological processes, including apoptosis, inflammatory reactions, and cell regulation cycles. The synthetic pathways for AD treatment were identified after analyzing and confirming the relevant pathways, providing potentially useful information for diagnosis and treatment methods for AD.CONCLUSION: The current study elucidated the potential treatment mechanisms of Bulao Elixir in AD using network pharmacology, providing a foundation for further clarification of its treatment targets.     

基于网络药理学及分子对接研究健脾化浊调脂颗粒治疗非酒精性脂肪肝的分子作用机制

目的通过网络药理学及分子对接技术探讨健脾化浊调脂颗粒(国家专利号ZL 201510430075.8)治疗非酒精性脂肪肝的具体分子机制。方法通过中国知网、TCMSP、BATMAN-TCM 3个数据库对健脾化浊调脂颗粒主要成分及潜在作用靶点进行收集。从DisGeNET数据库中寻找与非酒精性脂肪肝相关的疾病基因与潜在靶点进行映射,得出健脾化浊调脂颗粒治疗非酒精性脂肪肝最终作用靶标。将最终靶标输入STRING数据库得出"蛋白-蛋白"相互作用关系,并用Cytoscape软件进行可视化。输入DAVID数据库进行KEGG PATHWAY富集,得出其可能作用的分子机制并构建"活性成分-靶标-作用通路"网络图。将"蛋白-蛋白"互作图中排名前5位靶标蛋白与君药进行分子对接,以验证其治疗作用。结果通过网络药理学预测后发现,健脾化浊调脂颗粒中有117个有效成分可用于治疗NAFLD,其中涉及113个靶基因及包括AMPK、PPAR、FOXO、胰岛素抵抗等18个信号通路。通过分子对接发现,5个靶标蛋白与君药结合性较好。结论从分子对接技术揭示了健脾化浊调脂颗粒有直接治疗非酒精性脂肪肝的作用,从网络药理学角度初步揭示了其治疗非酒精性脂肪的分子机制,为后续的研究提供了基础。     

基于网络药理学探讨骨碎补抗骨质疏松的物质基础及作用机制

目的:通过网络药理学思路,预测骨碎补活性成分的作用靶点,结合骨质疏松(OP)相关靶点进行映射,拓扑出相互作用的关键节点进行富集分析,全方位探讨骨碎补抗OP的药理作用机制。方法:首先,在中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)中基于药代动力学特征筛选出骨碎补的主要活性成分,并使用有机小分子生物活性数据库(Pub Chem)和Swiss Target Prediction数据库根据二维或三维结构相似性预测出相关作用靶点,然后通过人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和Pubmed文本挖掘已知的OP治疗靶点,结合预测靶点导入String数据库构建骨碎补治疗OP靶点相互作用网络图,借助Cyto NCA软件根据相关节点参数拓扑出相互作用的关键节点,再次导入String构建蛋白质相互作用网络图,最后通过DAVID数据库对关键节点进行生物功能及代谢通路分析。结果:筛选出16个骨碎补活性成分,根据靶点预测技术预测出相关靶点118个;经过文本挖掘检索出OP相关靶点316个,根据String网络数据库构建蛋白相互作用网络,经Cyto NCA拓扑后,筛选出关键节点97个,富集分析显示骨碎补可能通过多条通路,从增殖、分化、免疫、氧化应激等多个方面,对干细胞、成骨细胞、破骨细胞、免疫细胞等产生调控作用。结论:基于网络药理学研究表明,骨碎补可能通过直接或间接作用靶点,参与调控多条主要信号通路,影响多类细胞的增殖、分化,从而起到抗OP的作用,为阐释其抗骨质疏松的物质基础与作用机制提供了科学依据。     

基于网络药理学和分子对接研究红花治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接的方法研究红花治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:通过查阅文献和数据库获取红花的有效药物成分,利用数据库预测红花的成分靶点与AD的靶点,并对红花靶标基因进行标准化。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“红花-成分-靶点”网络,利用红花的靶标基因与AD的靶标基因的交集基因构建蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析,最后利用Ledock软件对关键成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得21种红花有效成分和391个作用靶点,AD的疾病靶点535个,其中红花与AD的共同作用靶点有94个。共得到535个GO分析,43个KEGG通路,主要涉及阿尔茨海默病信号通路、ErbB信号通路、5-羟色胺能突触、癌症中的蛋白多糖等;分子对接结果显示,核心成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论:红花治疗由微循环障碍引起的AD的潜在作用机制,且具有多成分、多靶点、多通路的特点。     

基于网络药理学与化学成分研究的连花清瘟胶囊治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）作用机制探讨＊

目的 通过网络药理学与分子对接的方法，根据最新研究进展，探讨连花清瘟胶囊治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制。方法 纳入相关化学成分研究，从中明确连花清瘟胶囊内所含有的化学成分与入血成分信息；于TCMSP、STITCH数据库搜索药物作用靶点蛋白后使用UniProt数据库进行相关转化；通过GeneCards、DisGeNET、UniProt数据库筛选COVID-19相关靶点，同时利用PubMed数据库搜索SARS-CoV-2病毒全基因组信息；将药物有效成分作用靶点与疾病靶点比对筛选后构建连花清瘟内有效化合物治疗COVID-19的核心成分-靶点相互作用网络图；利用STRING平台对核心靶点进行PPI网络分析，找出关键靶点信息；使用CytoScape插件ClueGo对核心靶点进行GO功能富集分析与KEGG通路富集分析；将核心成分与相关受体通过Autodock Vina软件进行分子对接分析。结果 筛选出连花清瘟胶囊中25个活性成分和146个潜在靶点，新冠肺炎相关靶点为122个，经比对后选出与连花清瘟胶囊治疗新冠肺炎核心作用靶点为26个；通过PPI网络数据选出IL6、IL10、TNF、CCL2、DPP4等核心靶点，KEGG通路与GO富集分析筛选出17条信号通路，7个相关的生物进程；分子对接结果显示大黄素、芦荟大黄素、山奈酚、芦丁等成分同与ACE2结合的SARS-CoV-2刺突蛋白受体结合域结合能较强。结论 通过网络药理学证实了连花清瘟胶囊多成分、多靶点、整体调节的作用特点，预测了LQC治疗COVID-19的主要可能的作用机制，为其活性成分研究和实验研究提供理论依据，并有助于阐明连花清瘟胶囊对新冠肺炎的治疗原理。     

丹参饮治疗糖尿病心肌病的网络药理学研究

目的通过整合网络药理学和生物信息学方法,构建活性成分-作用靶点、蛋白-蛋白相互作用(PPI)、关键靶点相应的生物功能和通路网络,预测丹参饮治疗糖尿病心肌病的分子作用机制。方法采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库筛选及预测丹参饮的生物活性成分及其潜在作用靶点,同时检索PharmGKB等4个数据库挖掘糖尿病心肌病的相关靶点,对2种靶点进行PPI网络构建,交互处理得到丹参饮治疗糖尿病心肌病的关键靶点,并利用SystemsDock WebSite对其进行分子对接验证;运用DAVID(Version 6.8)平台对关键靶点进行Pathway分析,结合Omicshare数据库筛选核心通路并利用Reactome数据库进行注释。结果以口服生物利用度(OB)和类药性(DL)数值作为筛选标准,从丹参饮中共获得78个活性成分,涉及到506个丹参饮治疗糖尿病心肌病的可能靶点,这些靶点主要富集在磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)等多条信号通路上。结论本研究揭示了丹参饮治疗糖尿病心肌病可能的作用机制,体现了中药复方多成分、多靶点、多途径治疗疾病的特点,为进一步深入研究其作用机制提供了新思路。