中药材半夏及其混伪品的DNA条形码鉴定研究

目的：采用ITS2序列对中药材半夏及其混伪品进行DNA条形码鉴定研究,为规范中药材半夏的市场流通,保障临床用药安全及疗效提供参考依据。方法：对半夏及其混伪品共59份样品,通过DNA提取及聚合酶链式反应（PCR）扩增其ITS2序列,并采用Mega6.0软件进行多序列比对,计算种内及种间K2P遗传距离,采用邻接（NJ）法构建NJ系统聚类树。采用相似性搜索法、最小距离法、NJ 树法考察ITS2序列的鉴定能力。结果：半夏药材的ITS2序列长度为251 bp,应用相似性搜索法表明ITS2序列能够准确鉴定半夏药材及其混伪品;半夏种内最大K2P距离小于半夏与混伪品间的最小K2P距离;NJ树显示半夏药材可与其混伪品明显分开。结论：ITS2序列能准确、稳定鉴定中药材半夏药材及其混伪品。     

麦冬及其混伪品的ITS2序列分析及鉴别研究

目的：对麦冬及其易混伪品进行分子鉴别,以确保该药材的质量和临床安全用药。方法：从GenBank数据库中下载麦冬及其混伪品的ITS2片段序列,利用MEGA等软件进行相关数据分析,构建NJ树,并预测麦冬及其混伪品的ITS2二级结构。结果：麦冬与其3个混伪品的ITS2序列间存在明显差异,基于ITS2序列的NJ树及其二级结构亦能对麦冬及其混伪品进行鉴别。结论：ITS2条形码序列可有效地鉴别麦冬及其混伪品。     

麦冬及其混伪品的ITS2序列分析及鉴别研究

目的:对麦冬及其易混伪品进行分子鉴别,以确保该药材的质量和临床安全用药.方法:从GenBank数据库中下载麦冬及其混伪品的ITS2片段序列,利用MEGA等软件进行相关数据分析,构建NJ树,并预测麦冬及其混伪品的ITS2二级结构.结果:麦冬与其3个混伪品的ITS2序列间存在明显差异,基于ITS2序列的NJ树及其二级结构亦能对麦冬及其混伪品进行鉴别.结论:ITS2条形码序列可有效地鉴别麦冬及其混伪品.     

基于ITS2序列鉴定苗药金铁锁及其混伪品

目的：本研究利用ITS2序列对苗药金铁锁及其混伪品进行鉴定研究,从而确保药材质量,保障临床用药安全。方法：提取金铁锁药材及其混伪品基因组DNA,PCR扩增并双向测序获得ITS2序列。所有序列经过CodonCode Aligner V3.7.1拼接后,采用MEGA5.1软件进行序列比对,计算种内和种间Kimura2-Parameter（K2P）遗传距离,并构建系统发育树。采用相似性搜索法、最近距离法、邻接（NJ）树法对ITS2序列鉴定能力进行评估。结果：金铁锁药材的ITS2序列长度为229 bp,其ITS2序列种内最大K2P遗传距离小于与混伪品的最小种间K2P遗传距离;应用相似性搜索法表明ITS2序列能够准确鉴定金铁锁药材及其混伪品;基于ITS2序列构建NJ树,金铁锁及其混伪品均表现出良好单系性,均能明显区分。结论：ITS2序列能够稳定、准确地鉴定金铁锁药材及其混伪品,DNA 条形码技术可为金铁锁药材及其混伪品的鉴定提供新的方法。     

基于ITS2 序列鉴定中药材金沸草、旋覆花及其近缘混伪品

目的：应用ITS2 序列鉴定中药材金沸草、旋覆花及其近缘种混伪品,以确保药材质量,保障临床安全用药。方法：通过对金沸草、旋覆花等药材的3 个基原物种条叶旋覆花、旋覆花和欧亚旋覆花及其同属近缘物种进行DNA 提取、PCR 扩增ITS2 序列并双向测序,用CodonCode Aligner 对测序峰图进行拼接后,用MEGA5.0 软件进行相关数据分析,并构建NJ 系统聚类树以直观反映鉴定结果。结果：各基原物种ITS2 序列变异位点稳定,其种内平均K2P 距离均远小于各自药材以及同属近缘混伪品的种间平均K2P 距离;基于ITS2 序列的NJ 树可以将金沸草和旋覆花药材与同属其它近缘混伪品明显区分开。结论：ITS2 序列可准确鉴别中药材金沸草和旋覆花及其同属近缘混伪品。     

山茱萸药材及其混伪品的ITS／ITS2序列鉴定研究

利用DNA条形码技术准确快速鉴定山茱萸药材及其混伪品。方法：提取山莱萸及其混伪品的基因组DNA,利用PCR技术扩增它们的ITS序列。所得序列经双向测序后用CodonCode AlignerV3．5．4软件进行拼接和质量评估,用MEGAV5．0计算种内、种间的遗传距离,构建NJ（邻接）树鉴定山茱萸药材及其混伪品。结果：山茱萸药材的ITS序列长度均为659bp,种内变异较小,平均K2P遗传距离为O．005,远小于其与混伪品的种间平均K2P遗传距离0．357。不同来源的山茱萸药材ITS2序列无变异,长度均为250bp,其与混伪品的种间平均K2P遗传距离为0．571。ITS／ITS2序列的NJ系统聚类树和BLAST比对结果均可明显区分山茱萸药材及其混伪品,表现出良好的单系性。结论：ITS／ITS2序列可准确有效鉴定山茱萸药材,为临床安全用药奠定了基础,也为其它药材的分子鉴定提供了新的思路。     

基于ITS2条形码鉴别半枝莲及其混伪品

目的:运用Internal Transcribed Spacer 2(ITS2)条形码对半枝莲及其混伪品进行鉴别研究,为该药材的安全用药提供依据。方法:提取样品基因组DNA,对ITS2序列进行PCR扩增和双向测序,所得序列经Codon Code Aligner V5.0.2.0拼接,采用MEGA6.0软件进行序列比对,计算种内和种间遗传距离。采用最近距离法(Nearest Distance)和构建邻接树(NJ Tree)分析ITS2条形码对半枝莲的鉴定能力。结果:半枝莲ITS2序列种内遗传距离为0~0.008 4,与其混伪品半边莲、韩信草和荔枝草的种间遗传距离分别为0.354 7~0.369 6、0.044 2~0.054 2、0.271 9~0.301 8。半枝莲种内最大遗传距离小于其与混伪品的种间最小遗传距离,表明ITS2条形码可以准确鉴定半枝莲与其混伪品。基于ITS2序列构建的NJ树也可将半枝莲及其混伪品明显区分开。结论:ITS2序列可以快速、准确鉴别半枝莲与其混伪品,是鉴别半枝莲、保障其药材质量的有效条形码。     

应用ITS2条形码鉴定中药材合欢皮、合欢花及其混伪品

为准确鉴别中药材合欢皮、合欢花及其混伪品,该研究应用ITS2条形码对46份药材及其混伪品进行鉴定研究。通过对样本进行基因组DNA提取,PCR扩增和双向测序获得ITS2序列。所得序列经CodonCode Aligner 拼接后,基于隐马尔可夫模型的HMMer 注释方法去除两端5.8S 和28S 区段,用软件MEGA5.0对序列进行分析比对,并基于K2P模型进行遗传距离分析。采用相似性搜索法、最近距离法、构建NJ树对序列鉴定能力进行评估。结果表明,药材基原物种合欢的ITS2序列种内最大K2P遗传距离均远小于其与混伪品的种间最小K2P遗传距离;应用相似性搜索法分析结果表明ITS2 序列可准确鉴定合欢药材及其混伪品;NJ树显示合欢药材与其混伪品可明显区分开,表现出良好的单系性。因此,应用ITS2条形码可稳定、准确地鉴别合欢药材及其混伪品。     

药材天葵子的分子生物学鉴别

目的该研究基于ITS序列对天葵及其混伪品进行准确鉴别。方法通过PCR扩增ITS序列,联合Genebank下载的天葵混伪品及近缘种序列、构建系统发育树(Neghbor-Joining,NJ);并基于ITS序列上的变异位点设计特异性PCR引物和HRM引物、对天葵及其混伪品进行鉴别。结果在构建的NJ树中、天葵及其混伪品和近缘种各自形成单系分支。且都获得较高的支持;在特异性PCR鉴别中,天葵有条带扩增成功,而混伪品则没有扩出条带;而利用HRM技术鉴别,结果显示,天葵及其混伪品和Tm值均有明显差异。结论 ITS序列能够作为天葵及其混伪品和近缘种的DNA鉴别条形码、此外,基于ITS序列所设计的特异性PCR引物和HRM引物,都能够对天葵及其混伪品进行准确的鉴别。     

藏药材榜嘎及其混伪品的DNA条形码鉴定研究

目的:利用DNA条形码技术对榜嘎及其混伪品进行鉴别,为藏药榜嘎的鉴定提供准确可靠的依据。方法:通过分析榜嘎及其混伪品ITS和ITS2序列的遗传距离、种内种间变异并构建NJ系统发育树,以评价ITS2和ITS序列的鉴定效率。结果:本研究中ITS2和ITS序列扩增效率相同,在blast比对和遗传距离距离分析上,ITS序列表现出更强的鉴定能力;通过K2P距离构建NJ树,ITS2和ITS序列在榜嘎与混伪品间的种间变异无统计学意义,但ITS序列对易混物种的鉴定效率较高。结论:ITS序列可作为鉴定榜嘎及其混伪品的有效条形码。     

基于ITS2序列的车前子原植物及其混伪品的分子鉴定

目的：通过分析车前子原植物及其混伪品的ITS2条形码序列,探索鉴定车前子及其混伪品的新方法。方法：对研究材料进行DNA提取、PCR扩增和双向测序,所得序列经过CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA5进行相关数据分析,计算其种间、种内遗传距离,并利用已建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构和构建系统发育树。结果：车前种内最大K2P距离为0．0099,与混伪品种间最小K2P距离为0．4976;平车前种内最大K2P距离为0．0052,与混伪品种间最小K2P距离为0．5191。车前子基原植物与其混伪品的二级结构的分子形态均有明显差异。由所构建的系统聚类树可以看出,车前与平车前的不同来源样品聚在一支,并能很好与混伪品区分开。结论：ITS2条形码序列能够成功鉴定车前子基原植物与其混伪品,为车前子的基原鉴定提供了新的方法。     

基于ITS2 序列的车前子原植物及其混伪品的分子鉴定

目的：通过分析车前子原植物及其混伪品的ITS2 条形码序列,探索鉴定车前子及其混伪品的新方法。方法：对研究材料进行DNA 提取、PCR 扩增和双向测序,所得序列经过CodonCode Aligner 拼接后,用软件MEGA5 进行相关数据分析,计算其种间、种内遗传距离,并利用已建立的ITS2 数据库及其网站预测ITS2 二级结构和构建系统发育树。结果：车前种内最大K2P 距离为0.009 9,与混伪品种间最小K2P 距离为0.497 6;平车前种内最大K2P 距离为0.005 2,与混伪品种间最小K2P 距离为0.519 1。车前子基原植物与其混伪品的二级结构的分子形态均有明显差异。由所构建的系统聚类树可以看出,车前与平车前的不同来源样品聚在一支,并能很好与混伪品区分开。结论：ITS2 条形码序列能够成功鉴定车前子基原植物与其混伪品,为车前子的基原鉴定提供了新的方法。     

中药金钱草及其混淆品的ITS2序列分析与鉴别

目的 通过对常用中药金钱草及其混淆品进行分子鉴定,以确保该药材的质量及其安全用药.方法 采用多聚酶链式反应(PCR)技术,获得内转录第二间隔区(ITS2)基因片段,进行双向测序,运用CodonCode Aligner、MEGA等软件进行序列拼接和分析,构建系统进化树(NJ树).此外,应用Koetschan 等建立的IT...     

基于ITS2条形码的五加皮基原植物及其易混品的鉴定

目的：对五加皮基原植物及其易混品进行分子鉴别,为临床用药提供科学依据。方法：从GenBank数据库下载五加皮基原植物及其易混品的ITS2序列,经CodonCodeAligner,MEGAg．0等软件进行序列拼接和分析,构建NJ（邻接）、ME（最小进化）树,并应用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构辅助分析。结果：基于ITS2序列的两种系统聚类树都易于将五加皮基原植物细柱五加与其易混品鉴别开;比较与细柱五加亲缘关系较近的同属易混品二级结构可以看出,细柱五加在螺旋区茎环的数目、大小、位置以及螺旋臂由中心环伸出时的转角等方面,与其易混品间具有较明显区别。结论：ITS2序列可以将五加皮基原植物及其易混品区分开,在药用植物基原鉴定方面具有重要应用价值。     

基于ITS2条形码的五加皮基原植物及其易混品的鉴定△

目的:对五加皮基原植物及其易混品进行分子鉴别,为临床用药提供科学依据。方法:从GenBank数据库下载五加皮基原植物及其易混品的ITS2序列,经CodonCode Aligner,MEGA4.0等软件进行序列拼接和分析,构建NJ(邻接)、ME(最小进化)树,并应用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构辅助分析。结果:基于ITS2序列的两种系统聚类树都易于将五加皮基原植物细柱五加与其易混品鉴别开;比较与细柱五加亲缘关系较近的同属易混品二级结构可以看出,细柱五加在螺旋区茎环的数目、大小、位置以及螺旋臂由中心环伸出时的转角等方面,与其易混品间具有较明显区别。结论:ITS2序列可以将五加皮基原植物及其易混品区分开,在药用植物基原鉴定方面具有重要应用价值。     

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??OBJECTIVE To explore a new method to identify Microcos paniculata to guarantee its safe use. METHODS ITS2 Sequence was used as a barcode to identify herbal tea ingredient M. paniculata and its adulterants. The genomic DNAs from 56 samples were extracted, and the ITS2 sequences were amplified and bidirectionally sequenced. All the sequences were assembled and obtained using the CodonCode Aligner V3.7.1. The genetic distances were computed by kimura 2-parameter (K2P) model and the neighbor-joining (NJ) phylogenetic trees were constructed using MEGA6.1. RESULTS The length of ITS2 sequence of M. paniculata was 237 bp. The intra-specific genetic distances(0-0.036) were much shorter than the inter-specific genetic distances (0.155-0.404) between M. paniculata and its adulterants. The NJ tree indicated that M.paniculata and its adulterants could be distinguished clearly. CONCLUSION ITS2 Barcode can accurately and effectively distinguish herbal tea ingredient M.paniculata from its adulterants, which provides a new molecular method to identify M.paniculata from its adulterants. It is a great help for the market supervision and medication safety.     

苍耳子药材及其混伪品ITS2 序列鉴定研究

目的：应用ITS2 序列快速并准确地鉴定中药材苍耳子,为其药材质量、用药安全提供保障。方法：提取苍耳子药材及其混伪品的基因组DNA、扩增ITS2 序列并测序,采用软件CodonCode Aligner V 4. 2 对测序峰图进行校对拼接,并对峰图进行质量控制。应用MEGA 5.0 软件计算种内种间Kimura 2-parameter（K2P）遗传距离,构建邻接（NJ）系统聚类树。结果：苍耳子药材基原物种种内K2P 遗传距离为0,药材基原物种与其他混伪品的K2P 遗传距离分布于0.009~0.542;NJ 树结果显示苍耳子药材与其混伪品均可明显区分。结论：ITS2 序列适用于中药材苍耳子及其混伪品鉴别,进一步验证了DNA 条形码技术鉴定中药材的有效性。