基于SIRIMA模型的新冠肺炎疫情对猩红热流行影响的分析——以上海市松江区为例

摘要：目的  建立松江区猩红热病例的时间预测模型,了解新型冠状病毒肺炎疫情对上海市松江区猩红热发病的影响。方法  收集中国疾病预防控制信息系统“传染病监测”模块中报告的2011—2020年上海市松江区猩红热病例数据,使用SARIMA模型对2011年1月—2019年6月猩红热月报告病例数进行模拟构建模型,依据2019年7—12月猩红热实际发生值评估模型的预测效果,并采用最优模型预测2020年猩红热发生情况,分析新型冠状病毒肺炎疫情对2020年松江区猩红热流行情况产生的影响。结果  2011—2020年上海市松江区累计报告猩红热病例4 438例,年均报告444例,年均报告发病率23.27/10万;疫情呈现季节性,呈双峰分布。最终SARIMA（1,1,0）（2,1,1）12拟合效果最优,AIC、BIC、MAPE值分别为90.93、105.93、7.68%,残差检验为白噪声序列,预测值与实际值走势基本相符。受新冠肺炎疫情影响,松江区2020年猩红热实际发生94例,比预期发生值低84.09%。结论  SARIMA模型较好地拟合了松江区猩红热的发病趋势;受新型冠状病毒肺炎疫情影响,松江区2020年猩红热发病数大幅下降,全区呈低水平流行。     

2019年昆明市输入性登革热病例流行病学和病原学特征分析

目的 分析云南省昆明市2019年输入性登革热病例流行病学及病原学特征,为登革热防控提供决策依据。方法 按《全国登革热监测方案》收集2019年昆明市输入性登革热病例信息;采集1—6月部分输入性病例血清,采用实时荧光RT-PCR对血清样本进行登革病毒（dengue virus, DENV）血清型分型,扩增病毒E基因序列并进行系统进化分析。结果 2019年昆明市共报告输入性登革热病例400例,境外输入297例（占74.25%）,主要来自柬埔寨（187例）、缅甸（38例）和老挝（28例）;境内输入99例（占24.75%）,主要来自云南省西双版纳州（93例）。全年均有病例输入,5—10月为输入高峰。男女比例为2.01∶1;各年龄组均有病例报告,以青壮年为主,20～50岁病例占84.25%;职业主要为家务及待业人员（占19.50%）、商业服务人员（占14.00%）、干部职员（占13.00%）、农民（占11.50%）和工人（占10.75%）。1—6月共采集60份输入性登革热病例血清样本,来源国为柬埔寨（49例）、老挝（1例）、缅甸（3例）、越南（3例）、泰国（1例）和非洲地区（3例）,共检出29例DENV-1型和5例DENV-2型,输入地为柬埔寨（28例DENV-1型,4例DENV-2型）、越南（1例DENV-2型）和泰国（1例DENV-1型）。从34例DENV型样本中扩增得到8条E基因序列,其中DENV-1型 6条、DENV-2型 2条,输入地分别为柬埔寨和泰国。E基因序列系统进化分析表明,6株DENV-1型均属基因Ⅰ型,相似性为96.63%～100.00%。其中,1株（输入地为泰国）和2019年泰国流行株高度同源;其余5株（输入地为柬埔寨）分别与2019年广东柬埔寨输入株、2019年柬埔寨株、2019年老挝株和2019年南昌株高度同源。2株DENV-2型（输入地为柬埔寨）均属Asian Ⅰ基因型,相似性为99.73%,均与2019年广东柬埔寨输入株高度同源。结论 2019年昆明市输入性登革热病例来源地主要为东南亚国家,输入性登革热病例病毒株与东南亚流行株和输入株高度同源,提示应提高输入性病例的发现和报告能力,预防由输入性病例引起的本地暴发。     

2019年云南省玉溪市输入性登革热病例实验室检测结果分析

目的 分析2019年云南省玉溪市输入性登革病例的流行病学特征及其病毒分子遗传背景,为当地登革热防控提供科学依据。 方法 采集输入性登革热病例血清标本,用实时荧光RT-PCR进行登革病毒血清型检测,对E基因进行测序及系统进化分析。 结果 2019年玉溪市共监测到23例输入性登革热病例,其中,来自云南省景洪市18例、柬埔寨3例、缅甸和越南各1例。主要分布在江川区(9例)和红塔区(8例)。成年病例为主,以农民(11例)和家务及待业者(5例)为主。共检测20份样本, 17份景洪市输入样本检出11例DENV-1、5例DENV-2、1例DENV-3阳性;2份柬埔寨输入样本检出1例DENV-1阳性;1份缅甸输入样本为DENV阴性。从景洪市输入的DENV阳性样本中得到6条DENV-1、3条DENV-2和1条DENV-3 E基因序列。6株DENV-1 E基因核苷酸相似性为99.4%~100%,与2019年景洪市DENV-1本地流行株和柬埔寨输入株核苷酸相似性为100%,属于基因I型;3株DENV-2 E基因核苷酸相似性为91.1%~99.9%,与2019年景洪市DENV-2本地流行株的核苷酸相似性为99.8%~100%,属于Asian I基因型和Cosmopolitan基因型;1株DENV-3 E基因序列与2019年景洪市DENV-3本地流行株的核苷酸相似性为99.3%,属于基因III型。 结论 2019年云南省玉溪市存在境内外两个来源的登革热输入病例,病例中存在3种血清型登革病毒感染,输入性病例的登革病毒与东南亚地区流行株进化关系最近。今后应进一步加强登革热输入病例的检测与监测。     

2015-2020年珠海市登革热流行情况与病毒基因特征分析北大核心CSCD

目的了解2015-2020年珠海市登革热的流行情况与病毒基因特征。方法收集登革热病例基本信息,采用RT-PCR对血清标本进行血清分型,阳性标本用RT-PCR扩增E基因并进行测序分型,获得的基因序列用MEGA6.0软件进行系统进化分析。结果2015-2020年珠海市共确诊登革热患者156例,其中131例患者的标本成功测序,包括DENV-1型96份,DENV-2型25份,DENV-3型10份;DENV-1型全部属于基因I亚型,分布在三个不同的分支上,这三个分支分别与柬埔寨、越南,斯里兰卡和柬埔寨、泰国等流行株进化距离较近;DENV-2和DENV-3病例主要为输入病例,与其对应的输入国流行株进化距离较近。结论近年来珠海市登革病热疫情为输入性病例引起的本地暴发流行,需加强与东南亚国家接壤的边境城市的登革热输入防控工作。     

2015-2020年珠海市登革热流行情况与病毒基因特征分析

目的了解2015-2020年珠海市登革热的流行情况与病毒基因特征。方法收集登革热病例基本信息,采用RT-PCR对血清标本进行血清分型,阳性标本用RT-PCR扩增E基因并进行测序分型,获得的基因序列用MEGA6.0软件进行系统进化分析。结果 2015-2020年珠海市共确诊登革热患者156例,其中131例患者的标本成功测序,包括DENV-1型96份,DENV-2型25份,DENV-3型10份;DENV-1型全部属于基因I亚型,分布在三个不同的分支上,这三个分支分别与柬埔寨、越南,斯里兰卡和柬埔寨、泰国等流行株进化距离较近;DENV-2和DENV-3病例主要为输入病例,与其对应的输入国流行株进化距离较近。结论近年来珠海市登革病热疫情为输入性病例引起的本地暴发流行,需加强与东南亚国家接壤的边境城市的登革热输入防控工作。     

2018-2020年上海市登革1型病毒全基因组序列特征研究

目的 研究2018-2020年上海市本地感染及输入性来源登革1型病毒(Dengue Serotype 1 virus, DENV-1)分离株全基因组序列特征。方法 收集登革热疑似病例血清样本,对DENV-1阳性样本进行病毒分离、全基因组扩增与测序,进一步通过构建进化树对全基因组序列进行同源性分析、核苷酸序列及氨基酸序列相似性分析、编码蛋白氨基酸位点差异分析。结果 从88份DENV-1阳性样本中获得31株分离株的全基因组核苷酸序列,其中3株为本地感染病例来源,28株为输入病例来源。进化分析显示,28株分离株的基因型为G-I型,与G-I型参考序列的核苷酸(氨基酸)相似性均值为96.47%~97.37%(98.78%~99.16%);3株分离株的基因型为G-IV型,与G-IV型参考序列的核苷酸(氨基酸)相似性均值为96.66%~96.86%(99.01%~99.26%);3株本地感染病例来源分离株均为G-I型,根据同源性分析,存在输入性病例引起本地感染可能。分离株与对照株比较各结构蛋白与非结构蛋白氨基酸位点均存在差异,其中E蛋白的495个氨基酸位点中,有31个位点存在差异。结论 2018-2020年上海市DENV-1包含G-I与G-IV两种基因型,以G-I型为主;首次分离得到3株上海市本地感染病例来源DENV-1,为G-I型,存在输入性病例引起本地感染可能。     

杭州市2019年登革病毒分子流行病学研究

目的 了解2019年杭州市登革病毒分子特征和可能的传播来源。方法 收集登革热患者血清样本,分析登革热流行特征。分别采用ELISA和RT-PCR方法检测登革热抗体、登革病毒核酸及其型别,再对核酸阳性样本进行E基因扩增、序列测定和进化分析。结果 2019年杭州共检测登革热病例212例(输入性病例158例,本地病例54例),其中65例IgM抗体检测阳性,178例DENV通用型核酸检测阳性。输入性病例中4种血清型登革病毒均有检出,以DENV-1为主(占51.9%)。本地病例多由DENV-1基因I型(6/54)、IV型(26/54)和DENV-2 Cosmopolitan基因型(2/54)病毒引起,E基因序列分别与2019年广州和南昌流行株、2015年菲律宾株和2018年泰国株同源性较高。其中DENV-1基因IV型本地流行病毒的E基因序列高度同源,序列相似性高达99.9%~100%,推测为多起输入性病例引起的本地传播。结论 受东南亚登革热疫情影响,杭州2019年登革热病例数量增幅明显,呈型别多样化、本地病例溯源复杂的特点,需进一步加强DENV分子特征研究。     

2010—2020年常州市疟疾流行特征及病例诊断情况分析

目的 分析2010—2020年常州市疟疾流行特征,为制定和调整防控策略和措施提供依据。方法 通过中国疾病预防控制信息系统中的传染病监测系统和寄生虫病防治信息管理系统,收集2010—2020年常州市疟疾病例流行病学个案调查信息,运用SPSS 22.0软件对疟疾疫情和病例的三间分布、感染来源、发病及诊治情况等进行统计分析。结果 2010—2020年,常州市共报告疟疾病例233例,其中境外输入病例230例,本地感染病例2例,外省输入病例1例。境外输入病例主要来源于非洲（220例,95.65%）和东南亚（8例,3.48%）。除4例为临床诊断病例外,其余229例确诊病例中,恶性疟164例（71.62%）,卵形疟42例（18.34%）,间日疟16例（6.99%）,三日疟7例（3.06%）。病例主要分布在金坛区（92例,39.48%）和溧阳市（85例,36.48%）;以男性为主（225例,96.57%）,主要为22～59岁青壮年（230例,98.71%）;出境事由以务工为主（213例,92.61%）。境外输入病例入境到发病时间中位数为8 d,大部分病例（171例,77.03%）在入境14 d内发病。发病到确诊时间中位数为3 d,其中门诊治疗病例、一般住院治疗病例和危重症住院治疗病例发病到确诊时间中位数分别为2 d、3 d和6 d,差异有统计学意义（χ２=6.313,P=0.043）。初诊、确诊单位均以地市级及县级医疗机构为主。病例首诊确诊率为73.82%（172/233）,其中地市级及县级疾控机构、地市级及县级医疗机构、乡镇卫生院及以下机构的首诊确诊率分别为100.00%（52/52）、79.07%（102/129）、34.62%（18/52）,差异有统计学意义（χ２=61.636,P<0.001）。结论 境外输入性疟疾已成为常州市疟疾防控的主要任务,应加强赴非洲等疟疾流行区出境人员的疟疾防治知识宣传和教育,提高预防和及时就诊意识,并持续提升各级医疗卫生机构医务人员疟疾诊治能力,防止输入性病例再传播。     

云南西双版纳州勐腊县一起登革热暴发疫情调查分析

目的分析云南省西双版纳州勐腊县2013年1起登革热暴发疫情的流行病学特征,为登革热控制提供依据。方法对所有登革热病例进行流行病学个案调查,疑似病例血清标本采用登革病毒NS1抗原法进行检测,用RT-PCR进行登革热病毒型别鉴定,采用布雷图指数法进行蚊媒密度监测。结果本次疫情流行历时35d,共发现病例44例,其中本地感染病例34例,输入性病例10例(景洪市7例、缅甸2例、老挝1例);病例主要集中在勐腊县城区,共28例,占63.64%(28/44);男女性别比为1.44:1,发病年龄最小4岁、最大75岁,以20~49岁年龄组为主,共33例,占75.00%;职业以农民、商业服务和家政及待业居多;共检出3个登革血清型(Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅲ型),其中老挝输入病例为登革病毒Ⅱ型,缅甸输入病例为登革病毒Ⅰ型,其余为登革病毒Ⅲ型。结论该起疫情属于以登革病毒Ⅲ型为主,传播媒介白纹伊蚊和埃及伊蚊并存的暴发疫情。提示今后应进一步加强登革热输入病例的监测和蚊媒控制工作。     

2016—2020 年深圳市南山区登革热流行特征分析

目的 分析 2016—2020 年深圳市南山区登革热的流行特点和病例就医行为的特征,为登革热防控工作提供参考。 方法 收集 2016—2020 年南山区登革热病例资料和蚊媒监测信息,采用描述性流行病学方法分析其流行特征。 结果 2016—2020 年南山区共报告 198 例登革热病例,其中本地病例 110 例,输入性病例 88 例,年均发病率为 2. 73 / 10 万。 全年除 3 月份外,其他月份均有登革热病例发生,以 9、10 月份病例数最多,占病例总数的65. 66%(130 / 198)。 南山区 8 个街道均有登革热病例发生,年均发病率最高的 3 个街道为蛇口、西丽和桃源,分别为 4. 96 / 10 万、3. 76 / 10 万、3. 16 / 10 万。 发病年龄为 10 ~ 81 岁,其中 20 ~ 59 岁病例数最多,共 169 例,占 85. 36%;男性登革热年均发病率(3. 28 / 10 万)高于女性( 2. 12 / 10 万),差异有统计学意义( χ² = 9. 041,P< 0. 05)。 2016— 2020 年共发生 6 起暴发疫情,其中 4 起为工地暴发疫情。 蚊媒监测发现,布雷图指数(BI)高峰为 8—9 月,6—10 月BI 均超过警戒值 ( 5)。 198 例登革热病例中,初诊正确率为 36. 87%,住院率为 70. 71%,公立医院首诊率为58. 59%,发病至首次就诊的间隔时间为 1 d(0~ 3 d),发病至确诊的间隔时间为 5 d(3~ 6 d)。 公立医院首诊率输入性病例高于本地病例,发病至首次就诊间隔天数输入性病例比本地病例更长,差异均有统计学意义( χ² = 4. 672、 Z= 0. 493, P均<0. 05)。 结论 南山区登革热疫情形势严峻,应对所有医疗机构开展诊疗和防控培训,加强蚊媒消杀公司培训,加强口岸入境人员和工地等高风险区域的健康教育,做到登革热的早发现、早诊断、早隔离。     

2003—2020 年南京市栖霞区疟疾流行特征分析

目的 分析 2003—2020 年栖霞区疟疾流行特征和 2009—2020 年传疟媒介季节性消长规律,为制定科学的防治策略提供依据。 方法 收集 2003—2020 年传染病信息管理系统上报的栖霞区疟疾疫情数据、疟疾血检统计年报、流行病学个案调查表以及 2009—2020 年蚊媒监测数据,对数据进行整理和描述分析。 结果 2003—2020 年栖霞区累计报告疟疾病例 51 例,年平均发病率为 0. 44 / 10 万。 报告病例中,间日疟占 68. 63% ( 35 / 51),恶性疟占15. 69%(8 / 51),卵形疟占 5. 88%(3 / 51),未分型占 9. 80%(5 / 51)。 本地感染病例占 23. 53%(12 / 51),输入性病例占 76. 47%(39 / 51)。 2011 年报告最后 1 例本地感染病例。 2009—2020 年共捕获中华按蚊 85 只,未捕获其他种类按蚊,按蚊密度总体呈下降趋势,2016 年未再捕获到中华按蚊。 结论 虽然栖霞区 2015 年已经通过省级消除疟疾 考评,但仍然有输入性疟疾病例,疟疾传播风险依然不容忽视,需进一步加强输入性疟疾疫情的监测和处置。     

2010-2015年泰州市海陵区输入性疟疾流行病学分析

目的 目的 分析泰州市海陵区输入性疟疾病例的流行病学特征, 为制定相应防控策略提供参考依据。 方法 方法 收集 2010-2015年海陵区境外输入性疟疾网络直报数据、 个案调查表及疫点处置报告资料, 进行回顾性调查和分类统计。 结 结 果 果 2010-2015年海陵区共报告境外输入性疟疾病例46例, 其中恶性疟40例 （占86.96%）, 卵形疟4例 （占8.70%）, 三日 疟1例 （占2.17%）, 间日疟、 恶性疟混合感染1例 （占2.17%）。病例发病时间无季节性趋势。所有病例均为从非洲高疟区 回国的人员, 有明确的流行区生活史。患者发病到确诊的间隔时间平均为2 d, 8例在24 h内确诊, 46例病例全部治愈。 结论 结论 泰州市海陵区近5年来报告的疟疾病例均为境外输入性病例, 采取有效防控措施是当前疟疾消除工作的关键。     

2010-2014年杭州市萧山区疟疾流行特征分析

目的 分析2010-2014年启动消除疟疾行动以来萧山区疟疾流行特征,评价消除疟疾工作效果,为制定适合本区实际的疟疾防治措施提供依据。 方法 利用中国疾病预防控制中心疾病监测信息报告管理系统以及疟疾疫情个案调查表,收集2010-2014年萧山区疟疾疫情数据资料,用Excel 2003进行统计分析。 结果 2010-2014年萧山区共监测报告疟疾病例25例,年报告发病率在（0.09 ~ 0.38）/10万之间。监测报告病例均为实验室确诊病例,其中间日疟占48.00%（12例）,恶性疟占52.00%（13例）,无死亡病例发生。患者以青壮年为主,主要为境外务工或经商人员;国内省外输入性病例8例,境外输入性病例17例,分别占32.00%和68.00%,无本地感染病例报告。 结论 萧山区疟疾发病率继续保持在较低水平,感染来源已从省外感染和境外感染结合为主转向境外感染。今后需加强境外输入性疟疾疫情的监测和处置。