浙江省2015年HIV分子亚型特征及其传播关系研究

目的 了解浙江省现阶段HIV毒株亚型流行分布特征和分子网络传播关系。方法 采用分层随机抽样方法抽取浙江省2015年4-6月新发现HIV感染者302例进行横断面调查,运用RT-PCR和巢式PCR扩增pol基因成功获得276份序列,结合流行病学调查数据开展测序及系统进化树分析。结果 276例HIV感染者毒株亚型构成：CRF07_BC 122例（44.2%）,CRF01_AE 103例（37.3%）,CRF08_BC 17例（6.1%）,B亚型9例（3.2%）,CRF55_01B 6例（2.2%）,C亚型5例（1.8%）,CRF59_01B 1例（0.4%）,CRF67_01B 1例（0.4%）,A1亚型1例（0.4%）,URFs 11例（4.0%）。CRF07_BC、CRF01_AE毒株亚型在进化树上已形成明显的分簇现象,传播簇主要集中分布在MSM人群（76.5%）。MSM人群的成簇比例高于其他人群,且不同传播途径感染人群存在传播联系。结论 2015年浙江省HIV主要流行毒株以CRF07_BC、CRF01_AE为主,亚型构成有复杂化趋势,应加强对HIV毒株亚型和流行簇的监控和预警,开展分类管理,针对高风险人群和传播链开展有效防控。     

深圳市2010年感染HIV的男男性接触者原发耐药基因突变监测

目的了解深圳市2010年男男性接触者(MSM)HIV-1耐药传播情况,监测2010年该地区MSM人群HIV毒株的流行情况。方法收集深圳市2010年专题调查的14例HIV-1抗体阳性的MSM血浆,提取病毒RNA,采用RT-PCR方法扩增pol区的基因片断,并对扩增片断进行序列测定和分析。结果 CRF01_AE亚型占45.39%(64/141),CRF07_BC亚型占39.71%(56/141),B亚型占14.89%(21/141)。3份出现NRTI耐药突变,突变的类型分别为:L210W,T215S,T215I;1份出现NNRTI耐药突变,突变的类型为:K103N,Y181C,P225H;无样本出现PI耐药突变,总体耐药突变率为2.8%。结论深圳地区MSM人群中耐药传播目前仍处于低度水平。感染株主要为CRF01_AE、CRF07_BC和B3种亚型,CRF01_AE仍是深圳市MSM人群中HIV主要流行亚型,CRF07_BC重组亚型在深圳市MSM人群中增长迅速。     

浙江省男男性接触HIV-1感染者病毒基因特征分析

目的分析浙江省2004—2011年117名男男性接触者（MSM）HIV-1感染病毒的序列特征,了解HIV-1毒株类型和特征。方法从实验室留样的MSM HIV感染者血液中提取DNA或RNA,用巢式PCR或RT-PCR方法扩增gag、pol基因区片段,测定序列并分析。结果 117名MSM HIV感染者中,序列结果按户籍来源覆盖21个省（市、自治区）,感染毒株包括CRF01_AE 99名（84.62%）、B亚型7名（5.98%）、CRF07_BC 6名（5.13%）、CRF08_BC和CRF59_01B各1名（0.85%）。3名（2.56%）疑似01_B重组毒株与安徽感染者在系统进化树上聚集成可靠的次级进化簇（99%）,且具有类似重组断点模式。84个CRF01_AE毒株的pol区基因序列聚集成簇,形成多个可靠的次级进化簇（30个节点的bootstrap值高于70%）。结论浙江省MSM HIV感染者主要流行CRF01_AE毒株,该人群HIV感染率高,应加强监测。CRF59_01B和新的01B重组毒株在浙江首次检出。     

浙江省义乌市2016年新报告HIV/AIDS的HIV-1亚型和传播簇分析

目的 了解浙江省义乌市HIV亚型分布和传播簇特征，为HIV流行趋势分析和疫情防治提供依据。方法 对该地区2016年新报告HIV/AIDS开展分子流行病学横断面研究，从168例血浆中提取RNA，通过RT-PCR和巢式PCR扩增pol基因并测序。构建系统进化树分析亚型和传播簇，通过CPR 6.0在线软件工具分析耐药突变位点。结果 研究对象年龄（39.1±13.4）岁，男性为主（86.3%，145/168），外省户籍居多（66.7%，112/168），感染途径为同性传播（51.2%，86/168）和异性传播（48.8%，82/168）。HIV序列成功获得率为89.9%（151/168），优势亚型为CRF01_AE 74例（49.0%）和CRF07_BC 64例（42.4%），其他亚型包括CRF08_BC 5例（3.3%），CRF55_01B 3例（2.0%），B、CRF45_cpx、CRF59_01B、CRF85_BC和URF （B/C）各1例。CRF45_cpx和CRF85_BC在浙江省首次发现。共发现26个传播簇（含65个病例），总成簇比例43.0%（65/151），CRF01_AE成簇比例54.1%（40/74），高于CRF07_BC的32.8%（21/64）；各传播簇平均大小为2.5例/簇，CRF01_AE中异性传播的传播簇最大（3.5例/簇）。传播性耐药率为4.6%（7/151），7例检出监测性耐药突变，包括M46L 5例，F77L和Y181C各1例。结论 义乌市HIV亚型复杂多样，多种传播簇并存且特征多样，应继续加强亚型监测，重点对传播簇病例开展专题调查，实施针对性有效干预。     

天津市2014－2017年男男性行为人群艾滋病病毒感染者原发性耐药分析

目的 了解2014－2017年天津市MSM人群HIV感染者（MSM感染者）原发性耐药（transmitted drug resistance,TDR）的流行特点和相关因素。方法 收集2014－2017年天津市未经抗病毒治疗的MSM人群中HIV感染者的血浆样本共225例,采用巢式PCR法扩增pol区基因片段,进行基因型耐药检测和相关因素分析。结果 205例样本获得pol区基因序列,完成HIV亚型和耐药检测。基因型依次为CRF01_AE占53.2%（109/205）,CRF07_BC占28.8%（59/205）,B亚型占10.2%（21/205）,CRF55_01B亚型占4.9%（10/205）,其他独特型二代重组亚型占2.9%（6/205）。75例样本成簇分布在20个传播簇内,62.5%（10/16）的TDR样本分布在5个传播簇中。耐药株的TDR流行率为7.8%,2014－2017年每年的TDR流行率逐年上升,分别为3.9%（2/51）、5.7%（3/53）、9.6%（5/52）和12.2%（6/49）,但差异无统计学意义（χ²=2.504,P=0.127）,CRF01_AE亚型和B亚型TDR流行率最高,分别为3.4%（7/205）和2.9%（6/205）。TDR突变以非核苷酸反转录酶抑制剂（NNRTIs）为主,TDR流行率为6.3%（13/205）,核苷酸反转录酶抑制剂（NRTIs）和蛋白酶抑制剂（PIs）的TDR流行率分别为1.5%（3/205）和1.0%（2/205）。结论 天津市MSM感染者的TDR毒株的TDR流行形势较严重,需采取有针对性的预防和控制措施。     

珠海市男男性行为人群HIV-1感染者原发性耐药基因突变分析

目的 研究珠海市男男性行为（MSM）人群中未经治疗的HIV-1感染者耐药突变发生和基因亚型分布。方法 采集2011—2016年珠海市386名未经治疗的MSM人群HIV-1抗体阳性血浆标本,提取病毒RNA,采用In-house方法扩增HIV-1 pol基因并进行测序,通过系统进化树和数据库分析基因亚型和耐药情况。结果 共得到309份样本的pol区序列。CRF07_BC（占48.87%,151/309）和CRF01_AE（占32.03%,99/309）重组亚型占主要地位,其次是CRF55_01B亚型（30/309,占9.71%）。原发性耐药率为1.29%（4/309）,传播性耐药（TDR）相关突变率为15.53%（48/309）,30例CRF55_01B亚型中有25例出现TDR相关突变,位点均在非核苷类反转录酶抑制剂（NNRTIs）的V179E。结论 珠海市MSM人群HIV-1基因亚型以CRF01_AE和CRF07_BC重组亚型为主,其他多种基因亚型共同流行;该人群HIV-1耐药率处于低度水平,应关注复杂的亚型组成、CRF55_01B亚型高占比及大部分携带V179E突变等特点,加强对该人群耐药株的监测。     

2018年临沂市MSM人群新感染 HIV-1病毒基因亚型分析

目的了解临沂市MSM人群新感染HIV-1病毒基因的流行亚型。方法收集2018年1～4月临沂市新感染的经男男性行为传播的未经治疗的HIV-1阳性血浆样本,应用巢式-聚合酶链反应(Nested-PCR)扩增病毒基因的pol区片段,进行基因测序和亚型分析。结果收集到符合条件的样本31例,成功扩增出29例感染者病毒的有效序列,共检出4种基因亚型:CRF07_BC、CRF01_AE、C、CRF55_01B,优势毒株为CRF01_AE(62.07%)和CRF07_BC(20.69%)亚型。结论本时段内临沂市新确证的MSM感染者毒株以CRF01_AE亚型为主,监测临沂市MSM人群HIV-1感染者毒株亚型分子流行病学特征,对临沂市艾滋病防治非常必要。     

大连地区HIV-1 CRF01_AE亚型株基因特征分析

目的了解大连地区HIV-1 CRF 01_AE亚型株的基因特征及其可能传播链。方法对2008—2012年新确认144份全血标本进行血浆分离和HIV RNA提取,巢式PCR扩增Env基因并进行序列测定,并对CRF 01_AE亚型毒株序列进行生物信息学分析。结果得到的HIV感染者有效基因序列中,CRF 01_AE亚型占62.14%(64/103),所有病例均为性接触途径传播。系统进化树分析大连CRF 01_AE存在2个簇,分别以男男同性传播和异性传播毒株为主,其中男男同性性接触人群(MSM)簇组内平均基因离散率小于异性性接触者(Hetero)簇;与其他地区的CRF 01_AE亚型株构建的系统进化树显示2簇内均无其他国家序列,MSM簇与辽宁(除大连地区,下同)、北京和吉林MSM人群的CRF 01_AE亚型株位于同一分支,Hetero簇毒株则与辽宁、北京的MSM流行株及东南沿海地区异性传播CRF 01_AE亚型株遗传距离相近。结论大连市HIV-1 CRF 01_AE株主要通过性接触传播,男男同性传播毒株占主导优势,毒株传入大连时间晚于异性性接触者簇流行株;MSM存在2个以上传播链,与北方部分地区MSM人群中CRF 01_AE亚型株存在多次传播。     

东莞市HIV-1主要毒株基因分型及其对耐药影响的研究

目的 了解东莞市人类免疫缺陷病毒Ⅰ型（HIV-1）感染者流行毒株基因亚型的分布特征及耐药情况。方法 收集2015年10月至2016年2月东莞市疾病预防控制中心未经抗病毒治疗的50例HIV感染者血浆,提取病毒RNA,采用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）法扩增pol基因序列并测序,应用BioEdit、Genotyping和MEGA等生物学软件对pol基因进行HIV-1基因亚型分析,并将获得的核酸序列提至美国斯坦福大学HIV耐药数据库（http：//hivdb.stanford.edu）进行耐药位点分析。结果 50例样本最终成功扩增得到35份样本的pol基因序列,在这35例研究对象中,88.6%（31/35）为男性,65.7%（23/35）为经性接触感染。35条pol基因序列中,CRF01_AE亚型占37.1%（13/35）,CRF07_BC亚型占37.1%（13/35）,B亚型占14.3%（5/35）,CRF55_01B亚型占11.4%（4/35）。在35条基因序列中检测到11条（占31.4%）含有耐药相关突变,以CRF01_AE和CRF55_01B重组亚型为主,原发性耐药率为11.4%（4/35）。结论 东莞市HIV-1感染者存在着多种基因亚型,以CRF01_AE和CRF07_BC重组亚型为主,基因序列发生原发耐药性,应引起重视。     

天津市2015年HIV流行和传播的分子流行病学特征分析

目的 了解2015年天津市HIV流行株的亚型分布和传播特点。方法 从77例新报告未治疗且CD₄⁺T淋巴细胞计数≥200个/μl的HIV-1感染者,提取血浆中RNA,应用反转录和巢式PCR扩增HIV的pol和env区,并测序进行相关分子生物学分析。结果 共获得63例样本的HIV毒株序列结果,亚型依次为CRF01_AE、CRF07_BC、B、CRF55_01B和其他独特型二代重组毒株,分别占46.03%（29/63）、30.16%（19/63）、11.11%（7/63）、4.76%（3/63）和7.94%（5/63）;感染者以性传播为主,其中又以CRF01_AE和CRF07_BC重组亚型为主,除异性传播无B和CRF55_01B亚型外,同性和异性传播者的亚型分布无明显差别。重组毒株的构成比为88.89%（56/63）,并首次发现的二代重组亚型8例,包括3例CRF55_01B、2例AE/BC、1例AE/B和1例新型的AE/B/C重组均为男男同性传播;1例AE/BC重组为异性传播。HIV感染者中传播耐药率为5.3%,均为NNRTI类监测性耐药突变L100I;进化分析中3对pol区Bootstrap值均≥98%,env区Bootstrap值均≥80%,调查显示3对样本来源确认有性伴传播关系。结论 天津市HIV感染者中重组毒株不断增加并广泛流行,性传播者中HIV新型二代重组和耐药毒株不断产生并在不同人群和不同地区间传播,应引起高度重视。     

浙江省男男性行为人群HIV-1新近感染者的毒株亚型和传播簇研究

目的 了解浙江省MSM中的HIV-1新近感染者的毒株亚型组成和传播特征.方法 233例2011年新报告的MSM感染者经BED捕获酶免试验(BED-CEIA)检测为新近感染,其中107例纳入分子流行病学研究,收集血浆样本提取RNA核酸,用反转录/巢式PCR扩增HIV病毒的pol基因片段,测序后进行生物信息学分析.结果 107例研究对象与当年MSM新近感染者在社会人口学特征上差异无统计学意义.序列获得率为94.4％(101/107),CRF01 AE占比最高(62.4％),其次是CRF07 BC(31.7％),另有3例B亚型,1例CRF55_01B和2例独特重组型.毒株在系统进化树上主要分为CRF01 AE的簇1、簇2和CRF07_BC的簇3,杭州地区的毒株散播于各个进化分支.共发现10个传播簇,80％涉及≥2个的地市,90％与现住址为杭州的病例有关; 共发现有3个样本各存在一个监测性耐药突变,分别为M46I、T215S和G190A,传播性耐药率为2.97％.结论 浙江省MSM的HIV亚型呈现复杂性趋势,但传播性耐药处于低度流行水平;HIV的跨地区传播较为普遍,杭州在地域上可能发挥着核心传播作用,全省已形成混杂交织的复杂网络.     

唐山市新诊断未治疗HIV-1感染者中HIV遗传多样性及分子传播网络分析

目的 了解未治疗人群中HIV-1遗传基因多样性和分子传播网络。方法 使用in-house的方法进行HIV-1耐药基因型检测,将获得的199条唐山市HIV-1 pol序列上传至斯坦福大学耐药数据库进行耐药分析;使用Cytoscape＿v3.2.0软件对遗传基因距离≤0.015的序列构建分子传播网络。结果 在获得的199条序列中共有8种基因亚型被确认,其中CRF01＿AE流行率最高,占到43.7%(93/199),其次是CRF07＿BC(30.7%, 61/199)、URFs(10.1%, 20/199)、B (8.5%, 17/199)、CRF55＿01B(2.5%, 5/199)、CRF65＿cpx(0.5%, 1/199)、CRF59＿01B(0.5%, 1/199)和CRF08＿BC(0.5%, 1/199)。传递性耐药(TDR)基因突变发生率为4.5%(9/199),其中非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)、蛋白酶抑制剂(PIs)和核苷类逆转录酶抑制剂(NRTIs)的TDR基因突变发生率依次为2.0%(4/199)、2.0%(4/199)和0.5%(1/199)。共有25条入网...     

Complicated genotypes circulating among treatment naïve HIV-1 patients in Guangzhou,China

Guangzhou city is the political, economic, and cultural center of the Guangdong Province, China. The molecular epidemiological characteristics of HIV-1 in Guangzhou are not widely known. The aim of this study was to explore the characteristics of HIV-1 genotypes among treatment naïve HIV/AIDS patients living in Guangzhou. HIV-1 RNA was extracted from serum specimens. The partial pol gene of the HIV-1 genome was amplified and sequenced. The genotypes were screened using the subtyping tool COMET and further confirmed by phylogenetic analysis, with the exception of the URFs that were analyzed by jpHMM and RIP. The distributions of HIV genotypes in different risk populations were analyzed. Subsequently, pol sequences were used to construct transmission networks and analyze drug resistance. Twelve HIV-1 genotypes including 3 subtypes and 9 CRFs, with several URFs were identified from 1388 HIV-1 sequences, which were derived from 1490 patients. The main genotypes circulating in Guangzhou were CRF07_BC (38.3%), CRF01_AE (32.3%), and CRF55_01B (10.7%). CRF01_AE was the secondary dominant strain and multiple lineages of CRF01_AE had been identified in Guangzhou. The 01B recombinant forms, including CRF55_01B, CRF59_01B and CRF68_01B, have circulated widely in Guangzhou. 42.22% (586/1388) of the study sequences fell into 143 transmission networks, and the three main clusters revealed that sequences from MSM and HET populations were intermixed. 5.40% (75/1388) of patients had pre-treatment drug resistance. The HIV-1 strains that were present in Guangzhou have demonstrated complex genotypes. Particular attention should be given on these genotypes for the further strategy of prevention and intervention of HIV transmission.     

昆明市2018年男男性行为者HIV-1基因型及耐药特征分析

目的 了解2018年昆明市MSM的HIV-1基因型及耐药特征。方法 收集昆明市2018年1-12月新报告HIV-1感染的MSM的血浆样品193份,提取病毒RNA,采用巢式PCR扩增gag、pol和env区基因片段,进行基因分型和耐药分析,通过Bayesian Markov Chain Monte Carlo（MCMC）方法分析昆明市MSM感染者中CRF55_01B和CRF68_01B的进化特征。结果 193份样品中发现多个HIV-1基因型,包括CRF07_BC（39.4%,76/193）、CRF01_AE（34.2%,66/193）、独特型重组（20.2%,39/193）、CRF08_BC（3.1%,6/193）、CRF55_01B（1.6%,3/193）、B亚型（1.0%,2/193）和CRF68_01B（0.5%,1/193）。Bayesian进化分析结果显示CRF55_01B从外省进入昆明市后已开始在本地传播,而CRF68_01B可能来自于我国东部地区。2018年昆明市MSM抗病毒治疗前的HIV-1耐药株流行率为2.6%（5/190）,对非核苷类反转录酶抑制剂的耐药突变发生率最高（2.1%,4/190）。结论 昆明市MSM的HIV-1基因型多样性逐年增加。MSM未接受抗病毒治疗HIV-1感染者耐药发生率虽然较低,但存在抗病毒治疗一线药物的多重耐药株。     

男男同性恋人群治疗前HIV-1流行毒株及其变异研究

  目的  了解掌握男男同性恋者(men who have sex with men, MSM)人群治疗前人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(human immunodeficiency virus type one, HIV-1)流行毒株与基因变异特点。  方法  使用In-house方法进行耐药基因型检测,通过系统进化分析和HIV-1耐药数据库比对确定基因型和基因变异情况。  结果  石家庄市MSM人群中共有5种HIV-1基因型毒株在流行,CRF01_AE是最主要流行毒株,占到56.8%(25/44),其次是CRF07_BC 29.5%(13/44),URFs 9.1%(4/44),B亚型2.3%(1/44)和CRF55_01B 2.3%(1/44)。URFs主要包括CRF01_AE/B和CRF01_AE/C两种重组模式。χ2检验显示不同基因型毒株在婚姻状况、年龄和首次CD4+ T淋巴细胞中的分布差异均有统计学意义(均有P < 0.05)。发现1例MSM在HIV-1 NNRT编码区225位点处发生了耐药基因突变(P225H),原发耐药率为2.3%(1/44),可导致依非韦伦(EFV)和奈韦拉平(NVP)中度耐药。  结论  加强MSM人群中HIV-1流行和耐药监测研究对控制本市HIV疫情发展具有重要意义。     

昆明市2016-2018年男男性行为人群HIV-1分子网络特征分析

目的 分析云南省昆明市2016-2018年MSM中HIV-1分子网络的特征,探讨HIV-1传播网络的危险因素,为干预的有效实施提供依据。方法 2016-2018年在昆明市连续收集新报告的感染HIV-1的MSM的样品540份,通过巢式PCR扩增HIV-1的pol区基因,按照最大似然进化树中bootstrap值 > 95%和基因距离 < 3%构建分子网络,对研究对象进入网络和网络增长的相关因素进行分析。结果 459份样品获得pol序列,检测到7种HIV-1基因型,其中以CRF07_BC（49.2%,226/459）和CRF01_AE（40.3%,185/459）为主,其他基因型包括URFs（4.8%,22/459）、CRF08_BC（3.1%,14/459）、CRF55_01B（1.7%,8/459）、B亚型（0.7%,3/459）和CRF68_01B（0.2%,1/459）。共163条序列进入网络,入网率为35.5%（163/459）,形成56个簇,簇内个体数在2～13个之间。对研究对象进入网络的影响因素分析,发现已婚和多性伴者在网络中检测到的比例较大;多因素logistic回归分析结果显示,性伴数是MSM感染者分子网络增长的影响因素;按照每年出现≥3个新增感染者的网络为活跃传播簇的标准,有6个传播簇可判定为活跃传播簇,外地、有STD史、离异和学生的MSM是活跃传播簇干预的关键对象。结论 昆明市MSM中HIV-1基因型日趋复杂,进入分子网络的相关因素包括已婚和多性伴,活跃传播簇中外地、有STD史、离异和学生MSM需要加强干预,本研究为分子网络运用于该人群的干预提供了基础。