广州市2014-2019年H5亚型禽流感病毒流行与基因遗传特征分析

目的 分析广州市H5亚型禽流感病毒流行特点及基因进化和变异特征,为禽流感的防控提供依据。方法 对2014-2019年广州市禽类市场外环境标本进行禽流感病毒核酸检测并分析H5亚型流行情况,随机选取48份（46份来源于环境和2份来源于病例）H5阳性标本进行HA和NA基因测序,应用生物信息学软件分析分子遗传特征。结果 2014-2019年监测的52 284份环境标本中,检出H5亚型阳性标本1 094份,阳性率为2.09%。遗传进化分析显示,HA基因属于Clade 2.3.4.4.C分支,NA基因主要归属于欧亚谱系H6N6进化分支,HA和NA基因的进化以时间聚类为特点,相近年份流行株聚成一个进化分支。分子特征显示,48份毒株裂解位点呈现高致病性分子特点,受体结合位点仍为禽源受体,但普遍发生S123P、S133A和T156A倾向结合人源受体的位点突变。抗原位点变异主要出现在B、E区,并表现时间分布的特点,同一年份流行株常发生与上一年份流行株不同的抗原位点变异。2017年开始所有毒株出现由氨基酸缺失导致的糖基化位点的增加（140-NHT）。结论 广州市禽类市场外环境H5亚型禽流感病毒长期流行,且阳性率占比逐渐升高。测序分析提示,广州市H5亚型禽流感病毒为Clade 2.3.4.4.C分支H5N6高致病性病毒,并且持续进化和变异,特别是普遍出现与人源受体结合能力增强的突变,需加强监测。     

新冠疫情大流行期间广州市H3N2流感病毒分子流行特征分析

分析新型冠状病毒疫情(新冠疫情)大流行期间广州市H3N2流感病毒分子变异特征。收集流感监测哨点医院流感样病例样本, 进行病毒分离和全基因组高通量测序。结果显示, 新冠疫情大流行期间广州市在2022年第二季度出现了一次H3N2流感流行高峰(阳性率为52.23%), 流行强度和持续时间均高于2019年H3N2流感流行期。2022年流行株HA基因和NA基因均属于3C.2a1b.2a.1a.1分支, 与2019年冬季的H3N2流行株进化分支(Group-3 毒株3C.2a1b.1a)不同。2022年流行株抗原位点变异主要发生在C区I48T位, HA蛋白受体结合位点与疫苗株一致。大部分流行株在HA蛋白上带有13个糖基化位点, 一起暴发疫情分离株发生24-NST处糖基化位点的缺失。综上, 新冠疫情大流行期间, 引起广州市2022年H3N2流感流行的病毒株属于新衍生进化分支, 进化起源上并非由2019年广州市毒株直接传播进化而来。     

广州市甲型H1N1流感病毒的持续进化变异监测

  目的  通过对H1N1流感病毒进行基因进化变异监测,为H1N1流感的科学防控提供研究数据。  方法  对广州市2017-2019年132株H1N1流感病毒进行血凝素(Hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(Neuraminidase, NA)基因测序,分析不同流行年度病毒的分子变异特点。  结果  2017-2019年广州市H1N1流行株HA和NA基因均聚为一簇,提示具有相同进化起源。2019年分离株依次由2017年分离株经2018年分离株过度进化而来,呈现较为明显的时间进化趋势。HA基因持续变异的抗原位点主要分布在91、181、202位,其中2018年H1N1流行株HA蛋白抗原位点的变异具有较为明显的多样性。2017和2019年流行株中有3株病毒发生NA蛋白H274Y神经氨酸酶抑制剂的耐药突变。  结论  广州市2017-2019年H1N1流行株与同年度疫苗株的匹配性较好,但病毒基因在持续进化和变异,在抗原位点和耐药位点上不同流行年份表现基因多态性。     

武汉市儿童甲型H3N2亚型流感病毒基因特性分析

目的 研究甲型H3N2亚型流感病毒（简称A（H3N2）流感病毒）的血凝素（hemagglutinin,HA）基因序列,与流感疫苗株基因序列进行对比分析,了解武汉市2017年儿童中A（H3N2）流感病毒基因变异及3C.2a1次分支病毒的流行状况。方法 采用聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）方法对30株A（H3N2）流感病毒HA基因全长进行扩增,测序后进行基因序列和进化分析。结果 2017年,武汉市1 041份儿童流感样病例标本中,流感病毒阳性标本219份,其中A（H3N2）流感病毒阳性106份（占阳性标本的48.4%）,高峰主要集中在7~9月。HA基因进化分析显示,30株A（H3N2）流感病毒均属于3C.2a分支,其中14株属于3C.2a1次分支。与A/Hong Kong/4801/2014（2017-2018年度北半球流感疫苗推荐H3N2组分）HA氨基酸序列比较,出现K92R、N121K、T131K、T135K/N、R142K/G、N171K、R261Q、H311Q、I406V、G484E等氨基酸位点变异,其中出现在3C.2a1次分支内的变异位点包括K92R、T135N、N171K、H311Q、I406V和G484E。结论 与当季的流感病毒疫苗内组分序列比较,2017年武汉市儿童中流行的A（H3N2）流感病毒HA抗原决定簇内出现多个位点变异,属于3C.2a1次分支的病毒接近50%。     

2017年广州市16株H3N2流感病毒耐药基因分子特征分析

目的 分析广州市H3N2流感病毒耐药基因遗传进化和变异情况。方法 对广州市2017年H3N2流感病毒进行分离,选择16株病毒对流感病毒耐药相关的NA(Neuraminidase,神经氨酸酶)和M2(Matrix protein 2,基质蛋白2)基因进行序列测定,使用DNA Star和MEGA软件对耐药基因的分子特征进行分析。结果 本研究16株毒株在M2蛋白上均表现为对烷胺类药物耐药,NA蛋白的神经氨酸酶抑制剂作用位点均未发生突变,表现为对神经氨酸酶抑制剂敏感,但监测发现3C.2a.1分支内1株病毒在NA蛋白催化位点发生R224K变异。与疫苗株A/Hong Kong/4801/2014相比,16株毒株抗原位点和潜在糖基化位点都发生较大变异,抗原位点变异多发生在D339N,所有毒株在245位增加了一个糖基化位点NAT。基因进化分析发现,2017年广州市H3N2流感病毒呈现多分支进化特点,提示进化来源较为多样。结论 监测发现3C.2a.1流行分支内出现酶活性位点变异毒株,因此需要重点关注变异株是否会随着3C.2a.1分支的流行而进一步扩散,以及酶活性位点的变异是否会降低病毒对神经氨酸酶抑制剂敏感性。     

2005～2006年流感季节河北省甲3亚型流感病毒血凝素重链区基因变异分析

目的：研究2005～2006年流感流行期河北省分离的甲3（H3N2）亚型流感病毒株血凝素重链（HA1）的基因特性,了解H3N2亚型流感病毒株HA1基因的变异及其与流感流行的关系。方法：用狗肾（MDCK）细胞分离培养流感病毒,提取病毒核糖核酸（RNA）,采用RT-PCR法扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件作分析处理。结果：2005～2006年流感流行期在河北省分离到的H3N2亚型流感病毒株HA1与同时期的H3N2亚型流感疫苗株A/Calfornia/7/04相比其抗原性变异不大,核苷酸同源性为96.2%～98.2%,氨基酸同源性为98.7%～99.0%,3个位点发生了氨基酸替换,其中2个在抗原决定簇B区（188N〉D、193S〉F）,1个在受体结合位点（225D〉N）。结论：H3N2亚型流感病毒HA1尚未发生明显变异,与疫苗株同源性较高。人群对其已建立起较好的免疫屏障,这是河北省该流行期H3N2亚型活动水平低的主要原因。     

2003—2008年河北省H3N2亚型流感病毒HA1基因演变特征

目的了解近几年河北省H3N2亚型流感病毒HA1基因演变概况。方法选取2003—2008年河北省分离的25株H3N2亚型流感病毒,提取病毒RNA,进行逆转录一聚合酶链反应扩增,产物纯化测序,测定的序列用生物信息软件分析。结果每个流行期分离的毒株都较当年的疫苗株或前一年的毒株出现了位于不同抗原决定簇或者受体结合位点的氨基酸替换。2003—2008年不同流行期分离株在3、140、142、144、145、158、159、189、192、193、198、204、225、226和227位点氨基酸发生了变化,多数的改变发生在抗原决定簇A、B及RBS。进化树分析显示,每个流行期分离株均与前一年的毒株或当年疫苗株出现了不同程度的变化,不断出现新的进化分支,同一流行期分离株基本呈现集中分布。结论2003—2008年河北省H3N2亚型流感病毒HA1基因不断发生变异,密切关注其变异对防控流感流行有重要意义。     

2003-2008年河北省H3N2亚型流感病毒HA1基因演变特征

目的了解近几年河北省H3N2亚型流感病毒HA1基因演变概况。方法选取2003-2008年河北省分离的25株H3N2亚型流感病毒,提取病毒RNA,进行逆转录-聚合酶链反应扩增,产物纯化测序,测定的序列用生物信息软件分析。结果每个流行期分离的毒株都较当年的疫苗株或前一年的毒株出现了位于不同抗原决定簇或者受体结合位点的氨基酸替换。2003-2008年不同流行期分离株在3、140、142、144、145、158、159、189、192、193、198、204、225、226和227位点氨基酸发生了变化,多数的改变发生在抗原决定簇A、B及RBS。进化树分析显示,每个流行期分离株均与前一年的毒株或当年疫苗株出现了不同程度的变化,不断出现新的进化分支,同一流行期分离株基本呈现集中分布。结论2003-2008年河北省H3N2亚型流感病毒HA1基因不断发生变异,密切关注其变异对防控流感流行有重要意义。     

2017年深圳地区A/H3N2亚型流感病毒HA和NA基因的分子进化特征

  目的  了解深圳市2017年上半年流行的甲型H3N2亚型流感病毒HA和NA基因的分子进化特征,为预测流感病毒流行和变异提供科学依据。  方法  利用DNAStar、MEGA 7.0等生物信息学软件对研究分离的40株H3N2流感病毒的HA和NA基因及其编码的氨基酸序列进行比对,构建分子进化树,分析基因特征和变异情况。  结果  深圳分离株的同源性均达到97.8%~100.0%,位于亚洲北美人源分支。与世界卫生组织（World Health Organization,WHO）推荐的疫苗株A/Switzerland/9715293/2013（H3N2）和A/Hong Kong/4801/2014（H3N2）相比,有较高的序列相似性;与当年疫苗株对比发现,HA发生6个抗原位点和2个受体结合位点的改变,NA出现第151位酶活性位点的改变;HA和NA的潜在N-糖基化位点在数量和位置上也发生变化。  结论  深圳市2017年上半年甲型H3N2亚型流感病毒在流行过程中尚未发生明显变异,目前推荐的疫苗株仍对深圳地区人群有一定保护作用,HA和NA多个氨基酸位点的变异提示仍需加强H3N2亚型流感病毒分子水平的动态监测。     

2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒基因特征分析

目的 了解陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒的血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因变异情况。方法 选取2017 - 2018年度分离的6株甲型H1N1流感毒株进行全基因测序,利用生物信息学软件对分离株的HA和NA基因进行进化和变异分析,并与北半球疫苗株A/Michigan/45/2015进行对比;采用MEGA（5.05） 软件NJ法构建基因进化树,进行系统进化分析。结果 陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒阳性占比36.85%,流行高峰为2017年12月和2018年1月。6株甲型H1N1流感病毒测序得到的HA、NA序列与疫苗株比对,分别有12、11个氨基酸位点发生变异,其中HA有7个位点变异发生在抗原决定簇,受体结合位点、潜在糖基化位点比较稳定;NA序列没有发现耐药位点变异。结论 2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒为优势流行株。目前甲型H1N1流感病毒与WHO推荐的新疫苗株高度同源。