60例精神发育迟滞/生长发育迟缓患儿的遗传学分析

目的:探讨精神发育迟滞/生长发育迟缓(MR/DD)患儿与染色体异常及基因组拷贝数变异(CNVs)的关系。方法:对60例MR/DD进行染色体G-显带核型分析和染色体微阵列分析(CMA)。结果:60例MR/DD患儿中,检出11例(18.3%)患儿存在染色体异常,均为常染色体异常,其中常染色体数目异常5例,结构异常6例。染色体核型正常的49例患儿经CMA分析后,发现4例患儿存在CNVs,1例CNVs涉及13q33.1-34区域微缺失,考虑为13q微缺失综合征;1例CNVs涉及1p36.33-36.31微缺失,考虑为1p36微缺失综合征;1例CNVs涉及5q35.1-35.31微缺失,考虑为Sotos综合征;1例CNVs涉及5q14.3区域重复,临床意义不明。结论:染色体异常和基因组CNVs是导致MR/DD发生的主要遗传学病因,染色体核型分析和CMA技术在MR/DD的病因诊断中具有重要意义。     

染色体微阵列分析技术诊断不明原因智力低下/发育迟缓儿童遗传学病因

目的采用染色体微阵列分析技术(CMA)检测并分析63例不明原因智力低下/发育迟缓(MR/DD)患儿的遗传学致病因素。方法选取2016年12月—2017年6月在湖州市妇幼保健院儿童保健科、儿童康复科、儿科就诊的63例不明原因MR/DD患儿,进行常规染色体核型分析,采用CMA技术检测全基因组拷贝数变异(CNV),查明63例患儿与遗传学相关的病因。结果 63例不明原因MR/DD患儿中,男童38例,女童25例,男女比为1.52∶1,年龄为3月龄～20岁,中位年龄8.6岁。检出11例患儿携带13个致病性CNV,检出率为17.46%,其中2例为经典微缺失综合征,分别为Williams综合征和16p11.2微缺失综合征;另有7例患儿检出致病性不确定的CNV。63例患儿同时进行染色体核型分析,仅3例病例显示有染色体异常。结论 CMA对MR/DD的分子诊断率为17.46%,对小片段CNV的检测较染色体核型分析具有更高的检出能力。     

安徽省120例智力障碍/发育迟缓儿童基因拷贝数变异检出情况调查及临床表型分析

目的 调查安徽省120例智力障碍(ID)／发育迟缓(DD)儿童致病性与可能致病性拷贝数变异(CNVs)的检出情况,并分析患儿临床表型,明确ID／DD患儿遗传学病因,为患儿的治疗及其父母再生育指导提供依据。方法 选取2019年5月—2020年6月在安徽省儿童医院小儿康复科就诊的120例不明原因ID／DD患儿,行染色体微阵列分析(CMA)检测明确存在的致病性与可能致病性CNVs,分析患儿临床表型及致病性与可能致病性CNVs特点。结果 120例ID／DD患儿检出致病性CNVs 18例(15.00%),可能致病性CNVs 2例(1.67%),意义不明的CNVs 39例(32.50%),可能良性和良性CNVs 61例(50.83%)。20例检出致病性与可能致病性CNVs的患儿伴先天畸形／特殊面容5例,伴1种或多种其他疾病14例;轻、中、重度智力低下分别为3、12、5例。20例ID／DD患儿共存在21处致病性或可能致病性CNVs,其中微缺失片段13个(占61.90%),微重复片段8个(占38.10%),比例约为1.63∶1,片段平均大小6.34 Mb。21处致病性与可能致病性CNVs以2号与22号染色体(3处)检出最多。20例ID／DD患儿中,已知综合征10例(50.00%),仍有10例(50.00%)为数据库中暂未定义的综合征或疾病区域。结论 对于不明原因ID／DD患儿,应用CMA方法进行检测可明确其遗传学病因,对患儿的治疗及其父母再生育指导意义重大。     

应用微阵列比较基因组杂交技术诊断7q11.22微缺失2例

目的探讨应用微阵列比较基因组杂交技术(array comparative genomic hybridization,aCGH)诊断2例7q11.22微缺失,并分析其临床表现和7q11.22缺失的相关性。方法对应用常规染色体核型分析未见异常的2例不明原因智力低下/发育迟缓患儿采用aCGH技术进行全基因组拷贝数变化(copy number variations,CNVs)分析。结果发现2例患儿均为7q11.22片段缺失,分别位于:chr7:69479621-69539140;chr7:69945652-70019838,经与数据库比对均为致病性缺失片段(AUTS2基因)。结论 aCGH技术可以弥补染色体核型分析的不足,具有更高的分辨率,更具有临床应用价值。     

智力障碍/发育迟缓患儿的染色体核型和基因拷贝数变异分析

目的了解染色体核型和基因拷贝数变异(CNVs)在不明原因智力障碍/发育迟缓(ID/DD)遗传病因诊断中的作用。方法对2016年1月-2017年12月在该院就诊的14岁以下不明原因ID/DD患儿分别进行染色体核型和CNVs分析,比较两者的阳性检出率。结果 89例患儿进行了染色体核型分析,结果检出异常核型7例,阳性检出率为7. 87%,其中以21-三体综合征最多,占57. 14%。29例患儿进行了基因CNVs检测,结果检出8例致病性CNVs,检出率为27. 59%,包括了1例相对多见的5p缺失,还有1例1p32. 3-p31. 3缺失。利用χ~2检验对分别进行染色体核型分析和基因CNVs分析的两组患儿进行比较,结果显示CNVs的阳性检出率明显高于染色体核型分析(P0. 05),两组患儿在性别、智力障碍程度、伴发畸形、伴发其他疾病等方面比较差异无统计学意义(P0. 05)。结论染色体核型分析在不明原因ID/DD患儿中的阳性检出率较低,基因CNVs分析的阳性检出率明显高于染色体核型分析,且可以提供更加精确的定位信息,在不明原因ID/DD患儿的病因诊断中具有重要价值。     

胎儿唇腭裂全基因组拷贝数变异意义的研究

目的探讨染色体微阵列分析(CMA)技术在产前超声提示胎儿唇腭裂的遗传学病因诊断中的应用价值。方法收集2014年1月至2017年12月在广州市妇女儿童医疗中心产前诊断中心就诊孕妇超声提示胎儿唇腭裂病例100例,对胎儿羊水及脐带血进行CMA并应用ChAS软件和相关生物信息学数据库对结果进行判断。结果在100例胎儿唇腭裂样本中,致病性拷贝数变异(CNVs)检出12例(12/100),分别为16p11微重复综合征、18q缺失综合征、Wolf-Hirschhorn综合征、22q11远端缺失综合征和22q11微缺失综合征等遗传综合征;不确定性CNVs(VOUS)检出率为7.0%(7/100),单纯性唇裂胎儿中未检出致病性CNVs,唇裂合并腭裂胎儿致病性CNVs检出率为9.1%(5/55),综合征性唇腭裂为33.3%(7/21)。结论 CMA技术在唇腭裂疾病病因诊断中具有显著的应用价值,建议对唇腭裂胎儿进行基因芯片检查进行产前诊断。     

智力障碍共患癫痫儿童的临床特征及基因组拷贝数变异情况分析

目的 分析智力障碍共患癫痫(ID-E)儿童的临床特征及基因组拷贝数变异(CNVs)情况,为ID-E的临床治疗提供参考依据。方法 选取2013年1月—2017年1月唐山市妇幼保健院收治的60例ID-E患儿为研究对象,收集患儿的一般临床资料,采集患儿及其父母外周血进行全外显子CNVs检测,并对数据进行分析。结果 ID-E患儿中男性较多(61.67%),年龄主要集中在1~3岁(31.67%),大多数患儿BMI正常或偏高(93.33%)、出生体重正常(86.67%)、顺产(90.00%),大多数呈重度ID受损(83.33%)、临床表型以生长发育迟缓(76.67%)和语言表达障碍(68.33%)为主;治疗药物主要为丙戊酸钠,31例(51.67%)患儿双联治疗,预后良好率为46.67%;60例ID-E患儿中检出6例(10.00%)异常CNVs,其中2例诊断为已知综合征(Wolf-Hirschhorn综合征、Smith-Magenis综合征),2例诊断为致病性CNVs,1例为可疑CNVs,1例为临床意义不明CNVs;父母起源分析,仅有1例临床意义不明的患儿为母源性,其他均为新发性改变。结论 ID-E患儿具有一定临床特点,CNVs可作为ID-E遗传病学病因分析的重要检测手段,帮助明确ID-E病因,指导疾病诊治。     

不明原因全面性发育迟缓患儿92例临床特征与染色体分析

目的 探讨不明原因全面性发育迟缓(GDD)患儿临床与遗传学病因,为遗传咨询、同胞的再发风险评估和产前诊断提供理论基础。方法 选择不明原因GDD患儿92例,采用常规G显带染色体核型进行分析。若常规G显带染色体核型分析正常,进一步行染色体微阵列技术(CMA)进行全基因组拷贝数变异(CNVs)检测分析致病的拷贝数变异,并分析CNVs与GDD相关性。结果 92例不明原因GDD患儿其染色体结果异常的共有18例(19.6%),其中常规G显带染色体核型分析异常的有11例(12.0%),染色体微阵列分析技术检测异常的有7例(7.6%);共发现7个pCNVs,涉及4个已知综合征,分别为1p36缺失综合征、2q37微缺失综合征、18q缺失综合征、lq21.1微重复综合征。结论 常规G显带染色体核型分析及染色体微阵列技术(CMA)能够为不明原因的GDD患者提供明确的病因诊断,为其家庭进行遗传咨询、再发风险评估及产前诊断提供坚实的理论基础。     

55例生长受限胎儿染色体微阵列分析

目的探讨染色体微阵列分析(CMA)技术在产前超声提示胎儿生长受限(FGR)的遗传学病因诊断中的应用价值。方法收集2015年1月至2018年6月在东莞康华医院产前诊断中心和产科就诊并超声提示为FGR的病例55例,对胎儿样本进行芯片检测基因组DNA拷贝数变异(CNV),并应用ChAS软件和相关生物信息学数据库对结果进行判断。结果在55例FGR样本中,致病性CNVs检出8例,检出率为14.5%,分别为18三体综合征、Wolf-Hirschhorn综合征、Williams-Beure综合征、19q重复综合征等;不明确意义CNVs(VOUS)检出2例,检出率为3.6%;其中单纯性FGR组致病性CNVs检出率为9.1%(3/33),FGR合并其他超声异常组致病性CNVs检出率为22.7%(5/22),两组比较差异无统计学意义(χ^2=0.843,P=0.358)。结论染色体异常是导致胎儿FGR的重要原因之一,建议对FGR胎儿进行基因芯片检查的产前诊断。     

单核苷酸多态性微阵列芯片技术在胎儿鼻骨缺失检测中的应用

目的探讨染色体核型分析与单核苷酸多态性微阵列芯片(SNP-array)检查在胎儿鼻骨缺失遗传学检查中的应用价值。 方法选取2016年1月至2018年10月，于广西壮族自治区妇幼保健院进行产前检查，并且超声检查结果提示胎儿鼻骨缺失的241例胎儿及其母亲为研究对象。回顾性分析241例胎儿鼻骨缺失的孕妇分别于早、中和晚孕期分别行介入性产前诊断绒毛、羊水、脐带血标本的临床资料，同时行染色体核型分析与SNP-array检查。SNP-array检查采Illumina Human Cyto SNP12微阵列芯片进行全基因组拷贝数变异(CNVs)检测，结合查询国际病理性CNVs数据库(ClinGen、ClinVar、DECIPHER、OMIM)，正常人基因组变异数据库(DGV)以及PubMed文献数据库等对检出的CNVs的致病性进行分析。本研究经广西壮族自治区妇幼保健院伦理委员会批准[医研伦快审(2019)第(3-20)号]，并与受试者监护人签署临床研究知情同意书。 结果241例胎儿鼻骨缺失孕妇的绒毛、羊水及脐血样本中，检出染色体核型异常为30例，异常检出率12.4%(30/241)；SNP-array检出异常为43例，异常检出率为17.8%(43/241)。染色体核型检出的30例产前诊断标本异常核型如下：24例(80.0%)为21-三体综合征，3例(10.0%)为18-三体综合征，2例(6.7%)为13-三体综合征，以及1例(3.3%)为平衡易位。染色体正常但是SNP-array检出异常者中，3例为致病性CNVs，1例疑似为致病性CNVs，以及10例为临床意义不明CNVs。 结论对超声检测提示胎儿鼻骨缺失的胎儿样本，行SNP-array检测有助于发现染色体核型分析无法检出的染色体亚显微结构异常，并且SNP-array有利于提高对胎儿鼻骨缺失的遗传病因的诊断。     

基因芯片在产前诊断胎儿先天性心脏病中的应用价值

目的探讨单核苷酸多态性基因芯片(SNP array)在产前诊断胎儿先天性心脏病(CHD)中的应用价值。方法选取2017年11月-2018年11月间在丽水市妇幼保健院行产前诊断,经超声心动图检测诊断是CHD而核型分析未见异常的胎儿51例,依据胎儿有无心外结构异常分成两组,分别为心外结构异常CHD组和单纯CHD组,依据德国Qiagen公司生产的DNA提取试剂盒说明书对脐带血或者羊水的基因组DNA进行提取,SNP array行遗传学检测,根据基因组拷贝数变异(CNVs)所检测出性质,分成VOUS、良性CNVs及致病性CNVs。结果 51例CHD胎儿检测结果含有CNVs异常17例,其中5例(9. 80%)为致病性CNVs、1例(1. 96%)为VOUS、11例(21. 57%)为良性CNVs。同时SNP array检测含有致病性CNVs胎儿的父母,结果为1例为遗传自表型正常母亲(最终为终止妊娠),4例为CNVs的新发突变。合并心脏结构异常CHD胎儿其致病性CNVs为1例(5. 56%),单纯CHD胎儿其致病性CNVs为4例(12. 12%)。左室流出道梗阻、锥干畸形及间隔缺损胎儿其致病性CNVs检出率分别为25. 00%、10. 53%及9. 09%;致病性CNVs10例分别为Phelan-McDermid综合征1例、1q末端缺损综合征1例、17q12重复综合征1例、猫叫综合征1例、Miller-Dieker综合征1例、威廉综合征1例及Decipher数据库内所包含先天性心脏或者片段相关致病基因4例。结论 CMA技术对CHD胎儿产前诊断有较高应用价值,可使胎儿检出致病性CNVs概率明显提升。采用CMA检测核型正常CHD胎儿,可为出生后干预、临床处理和遗传咨询提取更多遗传学的依据。     

The relationship between mental retardation and developmental delays in children and the levels of arsenic,mercury and lead in soil samples taken near their mother’s residence during pregnancy

This study was designed to evaluate the association between lead, mercury, and arsenic in the soil near maternal residences during pregnancy and mental retardation or developmental disability (MR/DD) in children. The study was conducted using 6,048 mothers who did not move throughout their pregnancies and lived within six strips of land in South Carolina and were insured by Medicaid between January 1, 1997 and December 31, 2002. The mother child pairs were then followed until June 1, 2008, through their Medicaid reimbursement files, to identify children diagnosed with MR/DD. The soil was sampled for mercury (Hg), lead (Pb), and As based on a uniform grid, and the soil concentrations were Kriged to estimate chemical concentration at individual locations. We identified a significant relationship between MR/DD and As, and the form of the relationship was nonlinear, after controlling for other known risk factors.     

染色体微阵列技术用于超声结构异常胎儿遗传学评估的价值

目的 探索染色体微阵列技术（CMA）用于评估超声异常胎儿遗传学诊断中的应用价值。方法 收集2020年1月—2022年5月经产前超声诊断为孕早期胎儿异常的180例孕妇作为研究对象,对胎儿产前筛查样本进行G显带核型分析和CMA检测。结果 G显带核型分析结果提示正常核型168例（93.85%）,异常核型11例（6.15%）。CMA检测发现阳性结果17例（9.44%）、阴性结果163例（90.56%）。17例阳性结果包括11例致病性基因拷贝数变异（CNV）、6例临床意义不明确的CNV（VOUS）;其中11例与染色体核型分析结果一致,并检出其他6例致病性CNV,主要为微缺失和微重复综合征。心血管系统结构异常、淋巴系统结构异常、神经系统结构异常、消化系统结构异常、颅面系统结构异常、骨骼系统结构异常、泌尿系统结构异常、其他系统结构异常胎儿致病性CNV检出率分别为11.11%、2.63%、2.78%、4.00%、0、0、11.11%、0（χ² = 8.188,P = 0.316）。11例CMA检出为致病性CNV的胎儿均引产。结论 CMA相较于染色体核型分析可提高超声结构异常胎儿遗传学异常检出率,值得临床上用于超声结构异常胎儿产前细胞遗传学诊断。     

微阵列比较基因组杂交技术在染色体易位胚胎植入前遗传学诊断中的应用

目的：评估微阵列比较基因组杂交（aCGH）技术在染色体相互平衡易位和罗氏易位胚胎植入前遗传学诊断（PGD）中的应用效果。方法：卵裂期胚胎活检单个卵裂球，用于全基因组扩增后，利用aCGH技术进行染色体组拷贝数变异检测，选择染色体平衡的胚胎移植，随访跟踪临床结局。结果：90例临床PGD取卵周期中，相互平衡易位58例，罗氏易位32例，共活检卵裂期胚胎528枚，明确诊断518枚（98.1%），总体单胚胎移植临床持续妊娠率46.8%。其中，相互平衡易位新鲜周期移植持续妊娠率38.7%，冷冻周期持续妊娠率45.0%；罗氏易位冷冻周期持续妊娠率61.5%。结论：aCGH技术在染色体易位PGD中应用能够获得理想的临床妊娠结局。     

350例超声异常胎儿的染色体及全基因组拷贝数变异分析

目的 探讨胎儿超声异常与胎儿染色体核型及全基因组拷贝数变异(CNVs)的相关性.方法 选择2017年7月—2019年6月在哈尔滨医科大学附属第二医院产前诊断中心就诊并自愿行羊水穿刺的孕妇为研究对象,对其中350例超声提示胎儿异常的孕妇进行常规染色体核型分析高通量测序CNVs检测,比较不同超声异常指标所对应的染色体异常核...     

Estimating the effects of copy-number variants on intelligence using hierarchical Bayesian models

It is challenging to estimate the phenotypic impact of the structural genome changes known as copy-number variations (CNVs), since there are many unique CNVs which are nonrecurrent, and most are too rare to be studied individually. In recent work, we found that CNV-aggregated genomic annotations, that is, specifically the intolerance to mutation as measured by the pLI score (probability of being loss-of-function intolerant), can be strong predictors of intellectual quotient (IQ) loss. However, this aggregation method only estimates the individual CNV effects indirectly. Here, we propose the use of hierarchical Bayesian models to directly estimate individual effects of rare CNVs on measures of intelligence. Annotation information on the impact of major mutations in genomic regions is extracted from genomic databases and used to define prior information for the approach we call HBIQ. We applied HBIQ to the analysis of CNV deletions and duplications from three datasets and identified several genomic regions containing CNVs demonstrating significant deleterious effects on IQ, some of which validate previously known associations. We also show that several CNVs were identified as deleterious by HBIQ even if they have a zero pLI score, and the converse is also true. Furthermore, we show that our new model yields higher out-of-sample concordance (78%) for predicting the consequences of carrying known recurrent CNVs compared with our previous approach.