基于生物信息数据挖掘对卵巢浆液性癌差异表达基因筛选及分析

目的:利用生物信息学对卵巢浆液性癌的差异表达基因进行筛选及分析，探索浆液性卵巢癌的潜在治疗靶点。方法:从GEO数据库下载卵巢癌数据集GSE10971、GSE54388、GSE14407，用GEO2R筛选差异表达基因，DAVID数据库进行GO及KEGG富集分析，String数据库构建蛋白互作网络，同时利用Cytoscape获取关键基因，GEPIA数据库分析关键基因的表达情况，UCSC Xena对关键基因进行分层聚类分析，并通过cBioPortal分析关键基因的共表达网络。结果:筛选获得114个差异表达基因，包括41个下调基因及73个上调基因。主要涉及调整细胞周期、有丝分裂、染色体分离等细胞学过程，富集于细胞周期、p53信号通路、细胞衰老等信号通路。从差异表达基因筛选出49个关键基因，在卵巢癌中均呈高表达，其中21个基因的表达与卵巢癌分期相关，BIRC5基因的表达与卵巢癌患者的总生存期相关。结论:利用生物信息学对卵巢浆液性癌差异表达基因功能及信号通路的相关研究，为改善卵巢浆液性癌的预后提供了治疗靶点。     

非小细胞肺癌关键基因的生物信息学分析

目的:通过生物信息学方法挖掘非小细胞肺癌(NSCLC)基因表达谱芯片数据,筛选并验证与NSCLC发生和预后相关的关键基因。方法:从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中下载芯片数据(GSE101929和GSE27262)。采用GEO2R在线工具筛选癌组织和癌旁组织中的差异表达基因(DEGs);采用DAVID在线工具对差异表达基因进行GO和KEGG信号通路分析并用Cytoscape和FunRich软件进行可视化;采用GEPIA在线工具对差异表达基因进行验证和预后分析。结果:共筛选出1816个差异表达基因,其中上调基因数651个,下调基因数1165个。上调基因主要富集在“基质金属肽酶活性”,下调基因主要富集在“受体活性”等分子功能。KEGG信号通路分析显示上调基因主要富集在“有丝分裂前中期”等信号通路,而下调基因主要富集在“上皮-间质转化”信号通路。蛋白-蛋白交互作用(PPI)分析显示,上调基因中的前五位为TOP2A、CDK1、CCNB1、CCNA2和KIF11,而下调基因中的前五位为IL6、FGF2、LRRK2、EDN1和IL1B。总生存率分析显示,KIF11低表达与NSCLC预后呈负相关。结论:本研究鉴定出了与NSCLC相关的关键基因,有望作为NSCLC患者潜在治疗靶点或预后判断相关的生物标志。     

非小细胞肺癌顺铂耐药相关基因生物信息学研究

目的：通过分析非小细胞肺癌顺铂敏感株及耐药株的基因芯片表达数据，筛选差异基因及关键通路，构建蛋白相互作用网络，探讨关键集群功能。方法:从GEO数据库获得基因芯片表达数据，利用GEO2R工具筛选差异基因，通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络，经DAVID富集得到相关特征基因与信号通路信息。结果：通过芯片分析共获得481个差异表达基因，相比于敏感细胞株，顺铂获得性耐药细胞株中有418个上调基因和63个下调基因。差异基因功能主要富集在piRNA代谢、DNA甲基化修饰、细胞有丝分裂及细胞周期进程等信号通路。蛋白复合物预测得到主要功能集群6个，分别与细胞趋化性、细胞角化性、piRNA代谢过程、细胞因子受体相互作用、细胞因子分泌调节及染色质沉默相关生物进程相关。结论:本研究利用生物信息学方法，发现顺铂耐药细胞株特征基因及信号通路，其中SAA1、KRT5、TDRD9、BCL2A1、CSF1R和HIST1H1A等显著上调基因及其功能集团可能是非小细胞肺癌顺铂耐药的潜在分子机制，为临床精准治疗提供新的理论依据。     

子宫肉瘤差异表达基因生物信息学分析

目的:筛选子宫肉瘤（uterine carcinosarcoma,UCS）进展相关的核心差异基因（differentially expressed genes,DEGs),探讨其生物学作用并筛选预后相关生物标志物。方法:从美国国立生物数据中心下的 GEO数据库获取包含子宫肉瘤和正常组织的表达数据集GSE64763,使用Limma包筛选差异基因。对筛选得到的差异基因运用ClusterProfiler包进行GO和KEGG分析,并通过蛋白互作网络(protein protein interaction network,PPI)在线平台String和Cytoscape（3.7.2）软件对DEGs分析,筛选核心基因。再基于GEPIA（gene expression profiling interactive analysis)数据库,验证核心基因的表达与预后关系。结果:共筛选出861个DEGs,其中上调DEGs 426个,下调DEGs 435个。富集GO主要生物活性信号15条,主要包括染色质结合、DNA转录活性激活、细胞外基质组成等生物过程。富集KEGG信号15 条,主要包括细胞循环通路、DNA复制通路、p53信号通路。成功筛选出核心基因网络,包含DEGs 10个,均为上调基因。通过GEPIA数据库验证后得到与UCS预后相关的差异基因CENPA。结论:UCS差异表达基因主要集中在染色体结合活性、DNA复制活性、细胞循环通路与p53信号通路等。CENPA基因可能为UCS早期诊断的生物标志物和治疗的潜在靶点。     

基于生物信息技术探讨雷公藤调控透明细胞肾细胞癌的分子作用机制

目的 通过生物信息学技术筛选雷公藤与透明细胞肾细胞癌(ccRCC)的共同靶基因，为ccRCC治疗提供新的思路和靶点。方法 从GEO数据库下载ccRCC芯片数据集GSE168845,用在线分析工具GEO2R筛选癌组织与配对的非癌性肾组织间的差异表达基因。从中药分子机制的生物信息数据平台(BATMAN-TCM)获取雷公藤的作用靶点，并与差异表达基因相交，得到共同靶基因。利用STRING和DAVID在线数据库进行共同靶基因功能分析、通路富集分析和蛋白相互作用网络分析，Cytoscape3.7.1版软件对蛋白互作网络行可视化和关键靶点分析。结果 ccRCC组织和正常肾组织间有535个差异表达基因，其中上调基因123个，下调基因412个。BATMAN-TCM数据库预测到雷公藤调控靶点478个，两者共同靶点58个。蛋白互作网络关键基因涉及IL-6、INS、CFTR、IL-4、IL-1B、CASR、ADORA3和PTGER3;基因本体分析显示，共同靶基因主要富集在对刺激反应、对药物反应、参与多细胞生物过程的调节等生物过程。京都基因与基因组百科全书通路主要富集在PI3K/Akt信号通路、环磷酸腺苷信号...     

基于公共数据库分析GABRD基因在肾透明细胞癌组织中的表达及预后意义

目的:探讨γ-氨基丁酸A受体δ亚基（GABRD）基因在肾透明细胞癌组织中的表达及预后意义，通过富集分析初步了解GABRD基因在肾透明细胞癌中可能发挥的功能。方法:提取Oncomine和TCGA数据库中有关GABRD基因表达的数据集，进行数据挖掘。筛选GABRD基因在肾透明细胞癌中的关联基因并进行富集分析。结果:Oncomine和TCGA数据库中检索到涉及GABRD基因的研究包含肾透明细胞癌标本75例和正常组织597例。在肾透明细胞癌组织中GABRD mRNA的表达量显著高于正常组织（P＜0.01）。使用UALCAN网站分析来自TCGA数据库531例肾透明细胞癌患者发现，GABRD高表达的患者总体死亡率较高，而低表达GABRD的患者预后较好（P=0.012）。基于UALCAN网站筛选出的GABRD关联基因，富集分析发现这些基因主要涉及血管生成、肌动蛋白着丝过程、细胞连接、对生长因子的反应、小GTP酶介导的信号转导、涉及细胞分化的细胞表型等。结论:GABRD基因在肾透明细胞癌组织中呈现高表达，并与肾透明细胞癌预后相关，其共表达基因参与多个和肿瘤发生进展有关的生物过程，有望成为肾透明细胞癌的治疗靶点。     

基于公共数据库分析CLDN10与MYH10在肾透明细胞癌中表达及预后的意义

目的探讨CLDN10与MYH10在肾透明细胞癌中表达及预后的意义。方法通过GEO数据库分析获取肾透明细胞差异基因,并使用DAVID数据库对差异基因进行富集分析和功能注释,通过HPA数据库获取CLDN10与MYH10在正常肾脏组织蛋白表达图谱,再通过GEPIA数据库获取CLDN10与MYH10表达差异及肾透明细胞癌患者的预后信息。结果GEO数据库分析表达谱数据集GSE105261共得到438个差异基因,DAVID数据库富集分析表明这些差异基因主要富集在分泌过程、细胞外的外泌体、细胞外基质结构组分以及抗生素的生物合成。GEPIA数据库分析显示:CLDN10与MYH10在正常对照组中表达较肿瘤组显著增高(P<0.05),差异具有统计学意义。CLDN10表达与MYH10表达呈显著正相关(P<0.05),并且CLDN10、MYH10表达量与肾透明细胞癌患者的病理分期呈负相关(P<0.05),与总生存及无病生存呈明显正相关(P<0.05)。结论CLDN10与MYH10在肾透明细胞癌组织中低表达,并且与患者的生存预后明显相关,CLDN10与MYH10有望成为预测肾透明细胞癌患者预后的生物标志物及治疗的靶点。     

肾透明细胞癌中miRNA-224-5p靶向NEDD4L调控轴的识别与研究

目的基于生物信息学方法筛选肾透明细胞癌关键基因, 识别可能的微RNA(miRNA)-mRNA作用轴, 探讨相关基因在肾透明细胞癌组织和细胞中的表达。方法选取基因表达综合(GEO)数据库基因表达谱GSE40435、GSE71302数据集, 肾透明细胞癌TCGA-KIRC数据集来自癌症基因组图谱(TCGA)数据库。采用R软件筛选差异表达的mRNA和miRNA, 并对mRNA进行功能富集分析。采用STRING数据库和Cytoscape软件进行蛋白质互作分析。采用Oncomir数据库筛选预后相关的差异表达miRNA。采用TargetScan和miRDB靶基因预测工具筛选miRNA可能调控的靶基因。收集2021年6月至12月山西医科大学第一医院收治的34例肾透明细胞癌患者的组织样本及临床资料, 并选择正常肾细胞株293T和肾透明细胞癌细胞株786O。采用实时荧光定量聚合酶链反应检测基因的相对表达量;蛋白质印迹法、免疫组织化学染色法检测目的蛋白的表达水平;双荧光素酶报告基因实验验证基因间的靶向关系。结果差异分析筛选得到1 351个差异表达mRNA和50个差异表达miRNA。功能富集分析提示肾透明细...     

食管鳞状细胞癌差异表达基因的筛选及功能分析

目的 通过生物信息学方法分析食管鳞状细胞癌组织与癌旁正常组织之间的差异表达基因及关键基因。方法 自基因表达综合（GEO）数据库下载的基因芯片数据集GSE38129、GSE17351、GSE92396中筛选出食管鳞状细胞癌与癌旁正常组织之间的差异基因,通过DAVID数据库对差异基因行功能富集分析,通过京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库对差异基因进行相关通路分析,通过Cytoscape构建蛋白-蛋白互作网络并从中找出关键基因,应用UALCAN数据库对关键基因进行表达分析。结果 本研究共筛选出食管鳞状细胞癌与癌旁正常组织中共同表达差异且差异有统计学意义的基因250个。差异基因主要作为细胞组件（CC）中的细胞-细胞黏附连接、细胞外环境等参与生物学途径（BP）中的核糖核酸聚合酶Ⅰ启动子转录的正调控、氧化还原反应、细胞黏附等作用,参与的分子功能（MF）有蛋白质结合、钙离子结合、细胞间黏附等功能。后从250个基因中筛选出13个关键基因,13个基因在食管鳞状细胞癌组织与正常食管组织中的表达情况比较,差异均有统计学意义（P﹤0.05）。结论 通过生物信息学的方法对差异基因和关键基因进行分析,探寻...     

ALK融合基因阳性肺腺癌患者耐药核心基因鉴定及药物靶点分析

目的 探讨ALK融合基因阳性肺腺癌患者原发灶及转移灶基因表达谱的差异,从而探索转移灶耐药机制及相应的药物靶点分析。方法 GEO数据库中选取GSE125864,根据肿瘤组织取材部位不同分为原发灶组和转移灶组。首先,比较两组患者之间显著差异基因的表达,并分析这些显著差异基因在生物学功能和富集信号通路等方面的不同;其次,对显著差异基因进行蛋白-蛋白互作网络分析及关键模块、核心基因分析。最后,基于TCGA和癌症治疗反应门户数据库对筛选的10个关键核心进行预后、药物靶点预测等分析。结果 共筛选出227个差异基因,以肺腺癌原发灶为对照组,转移灶中共发现134个上调基因,93个下调差异基因;GO和KEGG富集分析显示,这些差异基因的功能主要涉及补体和凝血级联、化学致癌作用、视黄醇的新陈代谢等信号通路;通过蛋白-蛋白互作网络分析,筛选了10个核心基因,其中HRG、AHSG基因表达与肺腺癌不良预后相关,SERPINC1、HRG、APOA1、FGA、FGG等与多种潜在的小分子药物有一定相关性。结论 显著差异基因涉及的分子功能及信号通路可能引起ALK阳性肺腺癌患者转移灶耐药。     

基于TCGA数据库分析E2F7在肾透明细胞癌组织中的表达及临床意义

目的:通过数据挖掘分析E2F7在肾透明细胞癌（clear cell renal cell carcinoma，ccRCC）组织中的表达特征及临床意义。方法:基于GEPIA、LinkedOmics数据库分析E2F7在ccRCC中的差异性表达及其与患者预后的关系。应用WebGestalt工具分析与E2F7表达相关的基因。结果:E2F7 mRNA在ccRCC组织中表达水平高于正常肾组织。Linkedomics数据库分析显示E2F7 mRNA在ccRCC病理分期中存在表达差异（P＜0.05），且随着病理分期的升高，表达水平有上调趋势。E2F7 mRNA在不同T、M、N分期（P＜0.05）中存在差异性表达。生存分析表明，E2F7的表达水平与ccRCC患者的总体生存率（Logrank P=0.023）与无复发生存率（Logrank P=0.041）显著相关，此外，E2F7表达水平与BUB1B、CDC6、CCNE2、CCNE1（r分别为0.827 7、0.720 4、0.677 8、0.612 5，P均<0.01）基因呈显著正相关，与PINK1、KAT5、HSD17B8（r分别为-0.511 0、-0.508 4、-0.502 9，P均<0.01）基因呈显著负相关。E2F7表达相关基因富集分析与DNA复制、细胞周期以及NF-kappa B信号通路（NF-kappa B signaling pathway）相关。结论:在ccRCC中E2F7的表达与患者的病理分期、T分期、N分期、M分期及预后有一定的相关性，因此E2F7可能成为ccRCC的预后标志物及潜在治疗靶点。     

头颈部鳞状细胞癌中与p53突变相关基因的鉴定

目的:探讨在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中与p53突变相关的潜在关键基因。方法:从GEO数据库中下载芯片数据GSE107591，用R语言加权重基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis，WGCNA)包构建基因共表达网络并划分模块。选择与p53变异相关的基因模块进行GO分析和KEGG通路分析，并结合cytoscape筛选中枢基因。结果:基因共表达网络包括7个模块。其中蓝色（blue）模块与p53变异呈正相关，GO富集分析结果为细胞外基质组织等，KEGG通路为ECM受体相互作用等。蓝色模块的中枢基因为TPX2，CCNB2和DLGAP5。绿松石（turquoise）模块与p53变异呈负相关，GO富集分析结果为转录、DNA模板化等，KEGG通路为细胞黏附分子等。绿松石模块的中枢基因包括VWA3A，ARMC4，CFAP46和C11orf88（并列第三）。结论:通过WGCNA的方法能够从转录组数据中挖掘到头颈部鳞状细胞癌中与p53变异相关的重要基因，为疾病研究提供新的候选基因和分子机制。     

基因芯片筛选多形性胶质母细胞瘤差异表达基因和通路

目的 利用基因芯片技术和生物信息学分析方法,筛选出多形性胶质母细胞瘤相关的核心基因和信号通路,为寻找多形性胶质母细胞瘤早期诊断和靶向治疗潜在标志物提供依据。方法 从GEO数据库中获取多形性胶质母细胞瘤mRNA表达谱芯片原始数据,利用R软件分析得到明显差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs）,对DEGs进行功能注释（GO ontology）和KEGG信号通路（KEGG signaling pathway）富集,进一步构建蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction network, PPI）,筛选核心基因,最后利用TCGA肿瘤数据库进行验证。结果 通过Pearson聚类分析发现肿瘤和正常组织聚类区分明显,说明表达谱结果可靠;差异基因共2 142个,其中上调基因968个,下调基因1 174个;GO和KEGG富集结果显示,差异基因的功能主要涉及细胞周期、细胞分裂和增殖、突触传递等生物学功能和通路,通路网络分析表明MAPK信号通路起核心调控地位。通过构建PPI网络筛选出9个与GBM密切相关的核心基因,进一步利用TCGA肿瘤数据库验证,与芯片结果一致。结论 KEGG信号通路和核心基因可能揭示了多形性胶质母细胞瘤发生发展的分子机制,核心基因可能用作多形性胶质母细胞瘤的早期诊断的分子标志物和治疗靶点。     

ASPM调控鼻咽癌细胞周期及抑制细胞增殖的作用及机制探讨

目的:通过生物信息学分析的方法,探讨异常纺锤体样小头畸形相关蛋白（abnormal spindle-like microcephaly-associated protein,ASPM）在鼻咽癌中的分子功能及作用机制;通过细胞实验,初步验证ASPM在鼻咽癌细胞中的作用。方法:使用R语言的limma包对鼻咽癌的芯片数据集进行基因差异表达分析;使用R语言的clusterProfiler 包进行ASPM相关基因的富集分析;通过流式细胞术、CCK8实验、实时定量PCR及蛋白免疫印迹等方法,研究沉默ASPM表达对鼻咽癌细胞周期及细胞增殖的影响。结果:差异表达分析发现ASPM mRNA水平在鼻咽癌数据集中高表达（P＜0.001）;基因富集分析发现与ASPM相关的基因在鼻咽癌中与细胞周期、DNA复制等信号通路关联;细胞功能实验发现沉默ASPM的表达,鼻咽癌细胞周期停滞于G1期,鼻咽癌细胞增殖减少;沉默ASPM的表达可以影响鼻咽癌细胞周期及增殖标志物的表达。结论:ASPM可能通过调控鼻咽癌细胞周期及DNA复制等信号通路,导致肿瘤发生与进展;沉默鼻咽癌细胞中ASPM mRNA的表达,可以使细胞周期停滞于G1期,细胞增殖减少;ASPM可能作为改善鼻咽癌预后的潜在靶点。     

胶质母细胞瘤差异表达基因的生物信息学分析

目的:应用生物信息学方法挖掘胶质母细胞瘤(GBM)的相关基因，进而探讨发病机制，为GBM临床诊断和靶向治疗提供理论依据。方法:从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载基因芯片数据集GSE4290和GSE15824，应用GEO2R筛选GBM的差异表达基因(DEGs)。采用DAVID数据库进行GO富集和KEGG通路富集分析，分别应用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络和关键基因模块，筛选GBM靶基因。进一步运用ONCOMINE数据库验证临床组织样本中靶基因与GBM的关系。结果:共筛选出76个DEGs，富集分析结果显示DEGs在血管生成的正调节、抗原的呈递和处理、信号转导、调节自噬等方面存在显著富集。共挖掘出POSTN、TAGLN、CALD1、EPCAM 4个GBM靶基因，经证实均在临床GBM组织样本中存在显著上调且靶基因的上调与患者的不良预后密切相关。结论:通过生物信息学共挖掘出4个与GBM显著相关的靶基因，可能是未来GBM发病机制、临床诊断、治疗的重要研究靶点。     

基于数据挖掘分析PTGER3在肠型胃癌中的表达及临床意义

目的:探讨PTGER3在肠型胃癌中的表达及临床意义。方法:从GEO数据库的GSE29272数据集中下载58对肠型胃癌组织和癌旁组织的基因表达谱数据,筛选出差异表达基因,并利用DAVID数据库进行基因的功能富集分析。采用WGCNA软件对差异表达基因进行权重基因共表达网络分析,以挖掘出肠型胃癌发生发展过程中的关键调控基因。分析关键调控基因表达水平与肠型胃癌预后的相关性,并在Kaplan-Meier Plotter数据库中验证其预后意义。结果:共获得393个差异表达基因,DAVID 功能富集分析显示它们主要涉及ECM受体相互作用、p53信号通路、PI3K-Akt信号通路和癌症信号通路等。PTGER3是癌症信号通路上的一个重要成员,在肠型胃癌组织中的表达明显上调。差异基因的共表达网络分析发现PTGER3是模块枢纽基因,与胃癌的发生发展关系密切。GSE29272数据集和Kaplan-Meier Plotter数据库的生存分析均显示PTGER3高表达与预后不良显著相关（P=0.034;P<0.001）。结论:PTGER3表达上调可能参与了肠型胃癌的发生发展,而且其高表达提示患者预后不良。     

基于生物信息学筛选胰腺导管腺癌关键基因

目的:利用生物信息学方法分析胰腺导管腺癌（PDAC）基因表达谱芯片并筛选关键基因。方法:从公共数据库基因表达数据库（GEO）中下载PDAC基因表达谱芯片GSE28735、GSE15471、GSE101448,共纳入108例PDAC样本和97例癌旁组织样本。应用R语言limma包和impute包筛选差异表达基因。利用DAVID数据库和在线分析工具Kobas分别对差异基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。利用STRING数据库和Cytoscape软件构建差异蛋白互作网络并进一步筛选关键基因。结果:3个基因表达谱芯片共有161个差异表达基因（|log2 fold-change(FC)|>2，P<0.05），包括54个上调基因，107个下调基因。GO功能富集分析显示差异基因与extracellular exosome、extracellular space、extracellular matrix organization密切相关。KEGG通路分析显示差异基因主要富集在protein digestion and absorption、ECM-receptor interaction和focal adhesion等通路。蛋白质相互作用网络图中显示节点最多的10个枢纽基因分别是ALB、COL11A1、COL3A1、FN1、EGF、COL1A1、MMP9、COL5A2、ITGA2、COL6A3。结论:筛选所得的10个关键基因可能在PDAC发生发展中发挥重要作用，有望成为PDAC诊断及治疗的生物学靶标，为进一步研究PDAC发生发展的分子机制提供了理论依据。     

Identification of gene biomarkers and immune cell infiltration characteristics in rectal cancer

BackgroundCompared with colon cancer, the increase of morbidity is more significant for rectal cancer. The current study set out to identify novel and critical biomarkers or features that may be used as promising targets for early diagnosis and treatment monitoring of rectal cancer.MethodsMicroarray datasets of rectal cancer with a minimum sample size of 30 and RNA-sequencing datasets of rectal adenocarcinoma (READ) were downloaded from the Gene Expression Omnibus (GEO) database and The Cancer Genome Atlas (TCGA) database. The method of robust rank aggregation was utilized to integrate differentially expressed genes (DEGs). The protein-protein interaction (PPI) network of the DEGs was structured using the STRING platform, and hub genes were identified using the Cytoscape plugin cytoHubba and an UpSet diagram. R software was employed to perform functional enrichment analysis. Receiver operating characteristic (ROC) curves based on the GEO data and Kaplan-Meier curves based on the TCGA data were drawn to assess the diagnostic and prognostic values of the hub genes. Immune cell infiltration analysis was conducted with CIBERSORT, and the diagnostic value and correlations between prognostic genes and infiltrated immune cells were analyzed by principal component analysis (PCA), ROC curves, and correlation scatter plots.ResultsA total of 137 robust DEGs were obtained by integrating datasets in GEO. Twenty-four hub genes, including CHGA, TTR, SAA1, SPP1, MMP1, TGFBI, COL1A1, and PCK1, were identified as a diagnostic gene biomarker group for rectal cancer, and SAA1, SPP1, and SI were identified as potential novel prognostic biomarkers. Functionally, the hub genes were mainly involved in the rectal cancer related interleukin (IL)-17 and proximal tubule bicarbonate reclamation pathways. Twelve sensitive infiltrated immune cells were identified, and were correlated with prognostic genes.ConclusionsThe integrated gene biomarker group combined with immune cell infiltration can effectively indicate rectal cancer.     

生物信息学分析沉默HIF-1α后胃腺癌细胞系基因表达变化同胃腺癌发生发展的相关性研究

目的:探寻缺氧诱导因子-1α（hypoxia induced factor-1α,HIF-1α）在表达和敲除的情况下胃腺癌细胞系中的基因表达特点,并揭示差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）的相互作用。方法:从GEO数据库中下载基因表达谱数据GSE57200, 共包括9个样本细胞株:4株导入空白对照的胃腺癌AGS细胞系和5株经慢病毒处理沉默HIF-1α的AGS细胞系。对DEGs的富集分析采用了GO（gene ontology）和KEGG（kyoto encyclopedia of genes and genomes）数据库数据,蛋白-蛋白相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络由Cytoscpe软件实现。结果:共筛选出DEGs 510个,GO主要富集在有机物反应、蛋白质代谢、细胞信号传导和细胞通信等,KEGG通路主要富集在谷胱甘肽代谢和细胞色素P450参与外来化合物代谢等。MAPK3（mitogen-activated protein kinase 3,MAPK3又名extracellular regulated protein kinase 1,ERK1）是PPI得到的排名最高的基因节点。MCODE模型显示DEGs主要与JAK/STAT传导通路、MEK/ERK传导通路相关,两者均与恶性肿瘤的侵袭转移密切相关。在胃腺癌细胞中HIF-1α和MAPK3均呈过表达,通过感染慢病毒下调HIF-1α的表达后,MAPK3的表达也随之下调,两者正相关。结论:本研究在一定程度上揭示了在HIF-1α诱导下胃腺癌的发生发展,可能为后续胃腺癌相关的诊断和治疗提供有价值的分子靶标。     

胰腺癌差异表达基因的筛选及其预后价值:生物信息学分析

目的:基于生物信息学方法通过大样本挖掘胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adenocarcinoma,PDAC)发生发展的关键基因.从公开生物数据库中挖掘PDAC的关键基因,探讨其在PDAC中的表达情况和预后价值,为PDAC的诊断和靶向治疗奠定理论基础.方法:从基因表达汇编(Gene Expressio...