基于生物信息技术探讨雷公藤调控透明细胞肾细胞癌的分子作用机制

目的 通过生物信息学技术筛选雷公藤与透明细胞肾细胞癌(ccRCC)的共同靶基因，为ccRCC治疗提供新的思路和靶点。方法 从GEO数据库下载ccRCC芯片数据集GSE168845,用在线分析工具GEO2R筛选癌组织与配对的非癌性肾组织间的差异表达基因。从中药分子机制的生物信息数据平台(BATMAN-TCM)获取雷公藤的作用靶点，并与差异表达基因相交，得到共同靶基因。利用STRING和DAVID在线数据库进行共同靶基因功能分析、通路富集分析和蛋白相互作用网络分析，Cytoscape3.7.1版软件对蛋白互作网络行可视化和关键靶点分析。结果 ccRCC组织和正常肾组织间有535个差异表达基因，其中上调基因123个，下调基因412个。BATMAN-TCM数据库预测到雷公藤调控靶点478个，两者共同靶点58个。蛋白互作网络关键基因涉及IL-6、INS、CFTR、IL-4、IL-1B、CASR、ADORA3和PTGER3;基因本体分析显示，共同靶基因主要富集在对刺激反应、对药物反应、参与多细胞生物过程的调节等生物过程。京都基因与基因组百科全书通路主要富集在PI3K/Akt信号通路、环磷酸腺苷信号...