非小细胞肺癌细胞株抗癌药物敏感性相关基因差异表达的初步研究

背景与目的为了提高晚期肺癌的化疗效果，实行个体化治疗，筛选和鉴定肺癌细胞抗癌药物敏感性基因具有重要临床意义。本研究比较了非小细胞肺癌(NSCLC)和永生化人支气管上皮细胞(BET2A)细胞株抗癌药物敏感性相关基因的差异表达，以寻找与抗癌药物敏感性相关的基因。方法应用cDNA macroarray技术，对6株NSCLC和BET2A细胞株的抗癌药物敏感性相关基因进行差异表达分析，RT-PCR技术验证滤膜杂交结果。结果在1291个候选基因中筛选出73个差异表达基因，其中45个基因表达上调，28个基因表达下调。RT-PCR验证结果与cDNA macroarray检测结果一致。结论抗癌药物敏感性相关基因的差异表达可能是药物敏感性产生不同的原因之一。本研究结果为逆转肺癌多药耐药性提供了理论基础和新靶点，并为临床新药开发及个体化治疗提供了实验依据。     

免疫检查点抑制剂疗效相关预测模型的研究进展

免疫检查点抑制剂（immune checkpoint inhibitor,ICI）的应用让肿瘤治疗取得了新突破,但不同患者接受免疫治疗后疗效差异较大,仅部分患者能够从中获益。通过检测一些生物标志物可以预测ICI的疗效,如程序性死亡[蛋白]配体-1(programmed death ligand-1,PD-L1)及肿瘤突变负荷（tumor mutation burden,TMB）等。除此之外,目前已有多项研究基于肿瘤患者的基因组学、转录组学或影像组学等数据,筛选多个生物标志物并建立免疫治疗效果相关预测模型。这类模型具备严谨的建立及验证流程,能够纳入更多肿瘤免疫相关变量,有助于提高对ICI疗效的预测能力。本文就肿瘤免疫治疗效果相关预测模型进行综述,以期为免疫治疗获益人群的筛选提供新思路。     

核苷酸切除修复通路基因多态性与肺癌易感性研究

目的研究显示核苷酸切除修复通路在去除吸烟引起的DNA损伤中发挥着重要的作用,旨在探讨核苷酸切除修复通路单核苷酸多态性与吸烟相关性肺癌易感性的关系。方法选取1010例肺癌患者和1011例正常对照。采用基于通路的候选基因选点策略,从核苷酸切除修复通路相关的8个核心基因中筛选出40个标签SNPs进行检测和分析。结果单个位点分析发现6个SNPs（ERCC1 2个,DDB2 2个,ERCC4／XPF 1个,XPC 1个）与肺癌的易感性相关。进一步采用Logistic回归模型,调整年龄、性别、吸烟史和肿瘤家族史后,仍有3个SNPs（ERCC1 rs3212948,DDB2 rs830083,ERCC4 rs3136038）与肺癌易感性存在统计学关联。等位基因联合分析结果进一步表明肺癌的发病风险随着风险等位基因个数的增加而增加,尤其是ERCC1,ERCC2,ERCC3,ERCC5,XPA和XPC。结论本研究结果提示核苷酸切除修复通路基因多态性可能与中国汉族人群的肺癌个体易感性有关,值得进一步进行功能学探讨及大样本人群验证.     

基于高尔基体相关基因喉癌预后模型的构建

目的:基于TCGA数据库筛选预后相关的高尔基体相关基因,进一步构建喉癌预后的风险模型。方法:根据分子特征数据库获取高尔基体相关基因图谱。筛选TCGA数据库中喉癌和癌旁组织转录组数据中高尔基体相关基因表达谱,采用limma法对癌和癌旁数据进行差异分析。高尔基体相关基因表达谱结合临床数据进行单因素独立预后分析获取与预后相关的基因。差异基因与预后基因进行交叉分析,获得的基因再进行LASSO回归构建模型。Kaplan-Meier法分析高低风险组预后。ROC曲线验证该预测模型的可靠性。利用实时荧光定量PCR和免疫印迹实验鉴定喉癌和癌旁组织中基因表达的差异。结果:从MSigDB数据库获得1 659个高尔基体相关基因,结合TCGA数据库中喉癌数据,共获得1 084个高尔基体基因表达矩阵,通过差异分析共得到77个上调和190个下调高尔基体相关基因。通过对1 084个高尔基体相关基因进行单因素预后分析,得到了8个喉癌预后抑制因子和15个喉癌预后促进因子。通过交叉分析,最终得到1个在喉癌癌旁组织中高表达的预后抑制因子和5个喉癌组织中高表达的预后促进因子。对获得的6个基因进行LASSO回归分析构建模型,Kaplan-Meier法分析结果显示高风险组比低风险组预后差（P＜0.05）。ROC曲线验证该预测模型的可靠性较好。实时荧光定量PCR和免疫印迹实验验证TMC8在喉癌中表达低于癌旁组织,SLC35C1、PDGFA、GALNT2、ITGA5在喉癌中表达高于癌旁组织。结论:采用生物信息学分析方法结合实验验证,筛选并构建了一个喉癌预后的预测模型,为该疾病的研究和诊治提供新的思路和方法。     

吸烟与鼻咽癌

大量资料证明,鼻咽癌高发病率是在中国和东南亚的一些国家。许多研究指出:吸烟、咸鱼、EB病毒和遗传因素作为致癌物是高发区的重要危险因素。在加利福尼亚州由Henderson等研究的几个种族组所揭示的与鼻咽癌相关的高危险因素:职业接触的烟雾、吸烟、化学物和过去的耳鼻喉病史。 虽然吸烟已涉及到呼吸道各种癌症,但是吸烟与鼻咽癌关系的证据,一般认为是不确切的。Lin等在台湾的报告,吸烟者患鼻咽癌的相对危险性显著增高。在美国两个重要的前瞻性调查中,没有证实关于     

食管癌的全基因组关联研究进展

摘 要：基因—环境和基因—基因交互作用在食管癌发生发展中起着重要作用。全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)已发现一些与食管癌相关的易感位点和区域,为食管癌的预防和诊治提供了新的思路和方向。文章对近几年来关于食管癌的GWAS进展进行综述,分析GWAS在食管癌研究中的优点和应用前景。     

主流生物芯片GWAS catalog癌症相关基因突变检出分析

目的 比较二代测序方法和主流芯片检测已知疾病相关SNP特别是癌症相关SNP检出率的差异.方法 下载GWAS catalog和23andMe、HumanOmni5、GenomeWideSNP6、HumanExome12等主流生物芯片的检测突变数据集和进行基因型填充之后的突变数据集,在Linux系统下用命令和脚本提取rsid列表,对格式进行统一处理,并去除错误、冗余的数据,再各自提取生物芯片和GWAS catalog中与癌症发病、发展、耐药相关的SNP的risd,最后将各生物芯片检出的SNP rsid集和GWAS catalog rsid数据集进行比较并计算检出率.结果 各生物芯片检测所有疾病相关或仅癌症相关SNP的检出率偏低.进行基因型填充后,检出率有明显提升.结论 虽然以生物芯片进行基因型填充可以提高已知SNP的检出率,但二代测序是进行较高质量个人疾病分析、健康风险管理和医疗服务的更好手段,生物芯片更适合针对部分相关度比较高的疾病SNP进行定制开发,进行定向疾病风险预测.     

基于串联质谱标签的蛋白质组学联合高内涵筛选技术筛选胃癌相关基因的研究

目的:应用Tandem mass tag（TMT）技术联合高内涵筛选(HCS)寻找潜在的胃癌相关基因。方法:利用TMT技术从胃癌及癌旁组织中筛选差异表达蛋白质,应用GO和KEGG数据库进行注释和信号通路富集并结合PubMed数据库结果,筛选出胃癌中未见或较少报道的上调目的基因。通过shRNA技术敲减基因,HCS技术比较敲减对细胞增殖的影响,筛选出肿瘤增殖相关基因并通过检测mRNA含量、克隆形成和CCK8进行验证。结果:通过TMT从胃癌和癌旁组织定量到差异表达蛋白1 008个(上调649个,下调359个）,25个目的基因敲减后HCS结果显示SF3B4敲减抑制细胞增殖,验证发现SF3B4是潜在的胃癌细胞增殖相关基因。结论:TMT技术结合HCS为肿瘤相关基因的筛选提供新的可能性。本研究提示SF3B4是潜在的胃癌增殖相关基因,为研究胃癌发生机制提供新线索。     

以基因通路富集法探索上皮性卵巢癌多药耐药相关生物学通路及功能性SNP位点

目的：借助生物信息学工具探索上皮性卵巢癌多药耐药相关的生物学通路及SNP位点。方法从基因表达综合数据库的GSE13813芯片数据中筛选出初次术后经铂类和紫杉醇类联合化疗的73例患者,其中22例为化疗耐药,51例为化疗敏感。采用PLINK软件进行等位基因关联检验分析,对差异表达的SNP位点（P〈0.05）采用WebGestalt在线工具和DAVID进行基因通路富集分析,并筛选与上皮性卵巢癌多药耐药相关的共同通路。利用SciMiner工具检索上皮性卵巢癌多药耐药研究相关基因,并用上述方法进行通路分析以交叉验证。最后对通路涉及的SNP及其连锁位点采用Snpfunc网站进行功能预计。结果敏感组和耐药组共有4978个差异表达的SNP位点。通路分析显示黏附分子、钙离子信号和ErbB 信号途径与上皮性卵巢癌多药耐药相关。其中ErbB 信号在文献挖掘通路分析中得到交叉验证。11个连锁SNP可通过异常剪接、编码非同义氨基酸等方式改变基因功能,从而影响通路在上皮性卵巢癌联合化疗中的作用。结论通过基因通路富集方法找到3个与上皮性卵巢癌多药耐药相关的通路及一批可能影响通路的功能性SNP位点。检测这些位点有助于预测上皮性卵巢癌联合化疗的反应。     

吸烟诱发人血淋巴细胞DNA氧化损伤的研究

目的：研究吸烟对人血淋巴细胞DNA氧化损伤的作用。方法：采用高效液相色谱系统结合电化学分析法对吸烟和不吸烟的男性健康人外周血淋巴细胞DNA中氧化损伤的生物标志物－8－羟基－2－脱氧鸟苷（8－OHdG）的含量进行分析。结果：①吸烟者比不吸烟者淋巴细胞DNA中的8－OHdG显著提高（P＜0．05）,且8－OHdG的含量与每天吸烟支数吴正相关。②吸烟对DNA氧化损伤的效应个体差异较大,本测定方法可用于对吸烟高敏感人对吸烟高敏感人群的筛选。结论：吸烟可引起人血淋巴细胞DNA氧化损伤。