强直性脊柱炎一家系全外显子组测序分析

目的： 对一强直性脊柱炎（ankylosing spondylitis,AS）家系进行全外显子测序,筛选该家系的易感基因,为其发病机制提供理论依据。方法： 收集1组AS家系成员的临床资料,其中男性患者2例,年龄分别为48岁和18岁,病程分别为23年和4年。提取相关家系成员外周血DNA进行全外显子测序,测序结果与人类数据库比对,过滤掉同义突变及高频突变,整合家系成员单核苷酸非同义突变,寻找致病基因。结果： 家系成员共得原始数据80 G,数据具有较高质量值,通过对家系患者与正常人测序结果比对分析,同时经过多个生物数据库数据过滤,发现JAK2基因12号外显子上存在的杂合突变c.1709A>G（p.Tyr570Cys）为该家系的可能致病基因突变。另外,该家系MUC3A基因c.1151T>C突变可能是该家系患病成员肠道症状的原因之一。结论： 运用全基因组外显子测序寻找AS易感基因是可行的,JAK2基因c.1709A>G突变可能是导致该家系AS的致病突变及位点。     

汉族人群青少年特发性脊柱侧凸家系中存在复合型杂合DOCK9基因突变

目的探讨青少年特发性脊柱侧凸(AIS)家系中可能的致病基因突变。方法对一个汉族AIS家系的3名成员(先证者及其表型正常的父母)进行全基因组测序,筛选潜在的致病基因突变,并通过Sanger测序验证所有发现的突变。结果在AIS家系中发现DOCK9基因存在复合型杂合基因突变c.3259TC(p.F1087L)和c.2465AG(p.Y822C)。患者的父母是未出现AIS表型的突变基因携带者,父亲携带c2465AG突变,而母亲携带c.3259TC突变。结论复合型杂合DOCK9基因突变可能导致AIS的发生,其在AIS发生机制中的作用有待于进一步探索。     

全外显子组测序发现中国Joubert综合征家系C5orf42基因的新突变

目的探究一个中国Joubert综合征家系的致病基因及位点。方法对该Joubert综合征家系的先证者进行全外显子组测序,按照ACMG解读规则筛选致病性变异位点,利用聚合酶链式反应(PCR)和Sanger测序进行验证,并在其他家庭成员及192例健康对照者中进行测序验证。结果在先证者的5号染色体的C5orf42基因上存在2个杂合突变位点,分别为c.3676CT,p.R1226X以及c.8310_8311insT,p.L2770fsX5,这两个位点在家系中符合遗传共分离规律。结论全外显子组测序结合Sanger测序发现C5orf42基因的c.3676CT,p.R1226X以及c.8310_8311insT,p.L2770fsX5位点为引起该Joubert综合征家系临床病变的突变位点。     

一个多发性骨骺发育不良大家系的临床特点及致病基因分析

目的通过对一个5代疑似多发性骨骺发育不良(multiple epiphyseal dysplasia,MED)的大家系(患者17例)进行临床特征分析和致病基因的筛查,为遗传咨询和产前分子诊断提供实验依据。方法采集家系成员病史,一般体检、关节、髋部X线片资料;收集该家系外周血样,提取样本DNA,靶向基因高通量测序方法对先证者DNA临床全外显子进行测序,使用Next Gene软件对测序序列进行比对分析,并进一步利用Ingenuity软件对存在的突变进行功能注释,寻找先证者致病突变。针对可疑突变,PCR和Sanger测序对家系其他成员DNA样本进行验证。结果该家系共5代,现存家系成员38人,系谱分析符合常染色体显性遗传特征。家系共有患者17例,其临床表现为:幼时出现走路姿势异常,后出现髋关节及膝关节疼痛,X线有典型骨骺发育不良病理改变。高通量测序及数据分析后,筛选出先证者(Ⅳ-3)软骨低聚物基质蛋白(cartilage oligomeric matrix protein,COMP)基因c.1153G>A(p.Asp385Asn)错义杂合突变,该突变导致其编码蛋白的第385位天冬氨酸被天冬酰胺替代。先证者家系其他成员符合基因型与表型共分离。结论COMP基因c.1153G>A错义杂合突变是导致该MED家系患者发病的分子机制,该突变首次在大家系中被报道,进一步明确了COMP基因c.1153G>A突变的致病性,有利于家系患者的进一步的诊治,也为产前诊断提供了实验依据。     

两个遗传性并多指(趾)家系致病基因突变分析

目的探讨2个并多指(趾)畸形(SPD)家系的致病基因。方法收集2019年1月、2020年12月就诊于临沂市人民医院的2个SPD家系的临床资料, 采集先证者及家系成员静脉血样本, 提取基因组DNA, 对先证者行全外显子组测序筛选候选基因变异;采用Sanger测序对2个家系成员验证其突变位点;采用生物信息学软件PolyPhen-2和PROVEAN对突变位点的致病性进行预测分析, 结合美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)指南对突变位点进行致病性判断。结果家系1三代成员中共有5例患者(男2例、女3例), 先证者为8岁女性, 表现为右手第3、4指并指, 指蹼融合和远端指甲融合, 其余手指活动自如, 双脚未见异常;家系2三代成员中共有4例患者(均为女性), 先证者为4岁女性, 表现为双手第3、4指并指, 示指侧弯。全外显子组测序分别在2个SPD家系中检出同源盒D13(HOXD13)基因c.917G>A和c.917G>T突变, 且2个突变均呈现基因型-表型共分离, 其中HOXD13基因c.917G>T突变未见数据库收录, 为新发杂合错义突变。生物信息学软件预测这2个突变位点均为...     

雌激素受体α基因多态性与中国妇女特发性卵巢早衰的相关性研究

目的 探讨中国汉族妇女雌激素受体α(estrogen receptor α,ERα)基因多态性与特发性卵巢早衰的关系. 方法 选择中国汉族染色体核型正常的特发性卵巢早衰妇女155名为病例组,155名月经正常者为对照组.应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术分析ERα基因PvuⅡ和XbaⅠ位点的单核苷酸变异. 结果 病例组中PvuⅡ位点PP、Pp、PP三种基因型的分布频率分别为38.1％(59/155)、47.7％(74/155)、14.2％(22/155),XbaⅠ位点xx、Xx、XX型分别为61.3％ (95/155)、35.5％ (55/155)、3.2％ (5/155),病例组和对照组间两个位点的基因型分布均具有显著差异性(P＜0.05);病例组等位基因P、X的阳性率明显高于对照组(P＜0.05);联合分析PvuⅡ和XbaⅠ位点可见,携带单倍体型P-X的妇女患卵巢早衰的风险为单倍体型p-x的1.66倍(P＜0.05). 结论 ERα基因的PvuⅡ和XbaⅠ位点的单核苷酸多态性与中国汉族妇女特发性卵巢早衰发生存在相关性,P、X等位基因及单倍体型P-X可能为其易感因素.     

中国Alport综合征一家系的基因突变检测与临床表型分析

目的:应用高通量测序技术,检测一个中国遗传性肾病家系的致病基因突变,探讨靶区域捕获和高通量测序方法在遗传性肾病基因筛查中的可行性。方法:收集家系临床资料和外周血样本;分析先证者的临床资料,并观察肾穿组织病理,采用目标区域捕获和高通量测序技术,对先证者355个遗传性肾病相关基因的外显子进行突变筛查;应用Sanger测序,在其他家庭成员中进行突变位点验证及突变-表型共分离分析,并对突变位点进行多物种的保守性分析。结果:结合临床检验结果和肾活检病理观察,先证者符合慢性肾小球肾炎,不排除Alport综合征的可能。基因筛查发现,该家系可确诊为X染色体显性遗传Alport综合征,家系中所有女性患者均为X染色体COL4A5基因c.3641GA(p.Gly1214Glu)杂合突变,而男性患者均为该位点的半合子。且该位点在多个物种中具有高度的序列保守性。结论:该遗传性肾病家系是X染色体显性遗传Alport综合征,致病突变位点为COL4A5 c.3641GA(p.Gly1214Glu)。靶区域捕获和高通量测序技术成本低、高通量、准确性高,适用于遗传性肾病家系的基因突变筛查。     

无精子症和严重少精子症患者Y染色体微缺失和基因缺失研究

目的研究中国特发性无精子症和少精子症患者Y染色体无精子症因子(AZF)区缺失和其中RBMY1A1、DAZ基因缺失。方法选取AZFa、b和c区6个序列标签位点(STS)对56例少精子症和33例无精子症患者进行外周血Y染色体微缺失分析,对缺失样本进行RBMY1A1和DAZ基因缺失分析。结果共确认6例患者发生Y染色体微缺失和基因缺失、占7%(6/89);其中5例AZFc/DAZ基因缺失,1例AZFb+c/RBMY1A1和DAZ基因缺失。结论AZF部分区域缺失的患者同时伴有与精子生成具有重要作用的基因缺失,并可能由此导致精子生成障碍。     

雄激素不敏感症疑似病例AR基因全长测序位点突变筛查与结果分析

目的对临床疑似雄激素不敏症患者进行AR基因全长测序连锁分析位点突变。方法提取雄激素不敏感(AIS)疑似患者外周血DNA,做染色体核型分析,了解AR基因各外显子缺失或重复突变情况,进行基因全长测序连锁分析位点突变。A组外生殖器异常表型,表现为尿道下裂并阴茎体发育不良,B组无尿道下裂但为小阴茎。结果 A组12例患者中发现3例AR基因突变。第1例发生新的c.D841 CGTAGT(精氨酸丝氨酸)突变,第2例发生c.D172和c.D173插入了TGC三个碱基。第3例存在c.D946 TC,c.D 316络氨酸组氨酸突变。3例均确诊为雄激素不敏感,2例为完全型,1例部分型。B组未发现AR基因突变。结论 AR基因全长测序可从分子水平初步阐明雄激素不敏感症的病因,指导临床诊治。     

基于转录组测序技术的重症手足口病相关基因研究

目的应用转录组测序技术（RNA-seq）分析重症手足口病（SHFMD）患者外周血单个核细胞（PBMC）转录组情况,筛选SHFMD相关基因,探讨其发生的可能免疫机制。 方法收集2014年5月至8月深圳市第三人民医院收治的重症和轻症手足口病（MHFMD）患儿各5例,以及5例健康体检儿童的外周血,均分离PBMC,采用转录组测序技术筛选显著的差异表达基因（DEGs）,并通过实时荧光定量PCR对DEGs进行验证。 结果SHFMD组相对健康对照组共117个DEGs,其中108个基因上调,9个基因下调;SHFMD组相对MHFMD组共26个DEGs,其中14个基因上调,12个基因下调;两组DEGs中共有8个相同基因,其中TNFRSF13C、IL-7R、THBS1和VEGFA下调,S100A8、S100A12、IL-8和IL-1β上调（P均< 0.05）。 结论S100A8、S100A12、IL-8、IL-1β、TNFRSF13C、IL-7R、THBS1和VEGFA是SHFMD相关的差异表达基因,可能在SHFMD的发生中起重要作用,有望成为手足口病重症化的预测基因。     

CREBBP基因突变所致Rubinstein-Taybi综合征1例

目的分析1例Rubinstein-Taybi综合征的临床及遗传学特点。方法对惠州第一妇幼保健院疑似Rubinstein-Taybi综合征病例进行临床分析,同时提取先证者DNA进行全外显子组测序,筛选致病突变位点,用Sanger测序对突变位点进行验证。结果在患儿的16号染色体CREBBP基因上存在1个杂合突变位点c.5790delC,这个位点的缺失造成了蛋白质翻译的提前终止。该位点在其父母中均未发生突变,为de novo突变。结论全外显子组测序结合Sanger测序发现CREBBP基因的c.5790delC位点为引起该Rubinstein-Taybi综合征的突变位点。     

抑制素α基因与卵巢早衰的相关性研究

目的检测在中国特发性卵巢早衰(POF)妇女中是否存在抑制素α基因的G769A突变。方法采用病例对照研究方法,对来自中国的特发性POF患者77例和对照组35例,采取静脉血提取DNA,用PCR方法扩增抑制素α基因,其PCR产物经BbvI酶切后琼脂糖凝胶电泳判断有无G769A突变。结果POF患者和对照组均显示130、88和25 bp三条带,均无抑制素α基因的G769A杂合或纯合突变。结论抑制素α基因的G769A突变在中国特发性POF妇女中可能很少见,大部分特发性POF的病因有待于进一步研究。     

特发性低促性腺激素型性腺功能减退患者KAL1基因突变分析

目的:分析男性特发性低促性腺激素型性腺功能减退(IHH)患者KAL1基因突变。方法:30例IHH患者运用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)结合PCR产物直接测序技术分析KAL1基因外显子突变。结果:在30例IHH患者中共发现3例KAL1基因突变,其中1例无义突变,为(c.1270C>T,p.R424X);2例移码突变,分别为(c.279_280delAG,p.G94fs)和(c.1886_1887delTT,p.L629fs)。结论:本文检测到3例KAL1基因突变,其中2例突变是新发现的突变,1例是文献报道过的突变,为IHH的分子遗传学研究积累了宝贵资料。     

中国人恶性高热家系蓝尼定受体-1基因的筛查

目的 筛查中国人恶性高热(MH)家系的蓝尼定受体-1(RYR1)基因.方法 提取确诊为MH的先证者及家系其他成员外周血白细胞的基因组DNA,采用PCR扩增先证者RYR1基因的部分外显子,并进行直接测序,采用Fok Ⅰ限制酶分析验证先证者及家系其他成员基因突变情况.结果 先证者RYR1基因第6 724位碱基C突变为T(c.6724 C＞T),所编码第2 206位氨基酸由苏氨酸变为甲硫氨酸(p.T 2206 M),此突变在白种人已报道;先证者的4个子女中有2个为该错义突变携带者,为MH易感者.结论 中国人MH易感者携带与白种人MH易感者相同的RYR1基因突变.     

FSHR剪切变异c.299+2T>G致卵巢抵抗综合征的家系分析

目的 探讨卵巢抵抗综合征(ROS)不孕患者的遗传学病因,为临床遗传咨询及助孕方案提供诊疗依据。方法 收集先证者家系临床资料及遗传学检测指标,绘制家系图谱,进行染色体G显带核型分析,应用高通量基因测序技术(NGS)进行全外显子组测序;对先证者父母与兄长的变异位点进行Sanger测序验证,并进行生物信息学分析及诊断。结果 该女性先证者临床诊断为原发性闭经、ROS;先证者母亲的祖母与父亲的祖父为亲兄妹。全外显子组测序及Sanger测序检测到先证者存在卵泡刺激素受体(FSHR)基因经典剪切变异NM＿000145.4 c.299+2T>G(纯合型),且该变异为未报道的致病性变异;其兄长该位点突变与先证者一致,其父母均存在FSHR剪切变异c.299+2T>G(杂合型)。结论 FSHR新发现的剪切变异c.299+2T>G的检出,丰富了FSHR基因突变谱,为ROS的临床治疗和家系成员的遗传咨询提供了参考。     

1例隐睾症家系的外显子测序分析

目的:对收治的1个隐睾症家系进行全外显子测序(WES),筛选并分析该家系中与隐睾症发生相关的突变位点,为该疾病的遗传学病因提供证据。方法:收集本中心收治的一对同时患有单侧隐睾且存在家族史的同卵双生双胞胎兄弟及其父母的血液DNA样本,对该家系进行NextSeq500 PE150测序,以GATK、VarScan软件对SNP和InDel进行低频变异检测,并关联多个数据库(dbSNP、1000g、ESP6500、HGMD、OMIM等)对变异结果进行注释。结果:基因组分析显示,双胞胎患儿中,ROR2基因(c.2249G>A.p.G750D)存在杂合子非同义变异,变异来源为父亲。AR基因(c.1625G>A;p.R542Q)存在半合子非同义变异,变异来源于母亲。这两处变异在基因数据库中较为少见,预测与隐睾相关。结论:ROR2基因突变(c.2249G>A.p.G750D)与AR基因突变(c.1625G>A;p.R542Q)可能是该家系发生隐睾症的遗传学病因。     

多重引物HRMA对成骨不全患者COL1A1/2基因突变的筛查与分析

目的建立多重引物高分辨熔解曲线分析(high resolution melting analysis,HRMA)方法并运用该方法筛查两例成骨不全(osteogenesis imperfecta,OI) COL1A1/2的突变基因。方法收集两例OI患者临床资料,采集患者及50例正常对照的血液标本。设计COL1A1、COL1A2基因103个外显子所对应的引物,将满足一定条件的两对引物相互配对,与单份样本DNA混合作为扩增体系。运用HRMA筛查产物突变情况,基因测序确定突变位点。结果本研究中共涉及到COL1A1和COL1A2的103个外显子,其中成功配对39对,未配对成功的有3个COL1A1外显子和22个COL1A2外显子,成功率为75. 73%。先证者1筛查结果 HRMA熔解曲线在COL1A1 41号外显子上存在异常,测序结果为c.2877delT杂合突变,即c DNA2 877位碱基T缺失,编码的缬氨酸变成色氨酸。先证者2筛查结果 HRMA熔解曲线在COL1A1 16号外显子上存在异常,测序结果为c.1028delC杂合突变,即c DNA1 028位碱基C缺失,编码的脯氨酸变成亮氨酸。两种突变类型在中国人群中均未见报道,为新发现的两种剪切突变,且与传统HRMA筛查结果一致。结论多重引物HRMA方法在传统HRMA基础上进行了创新,将两对引物与单份样本DNA混合作为扩增体系,HRMA筛查产物突变情况,且与传统HRMA筛查结果一致,具有一定创新性和可行性,为成骨不全患者基因突变及其他遗传病致病基因的筛查提供了新的思路。     

泛素特异蛋白酶26基因多态性与特发性男性不育症的相关性研究

目的:研究泛素特异蛋白酶26(Usp26)基因多态性与特发性男性不育的关系及其在精子发生过程中的作用机制。方法:按照WHO标准(第4版)从150例不育患者中筛选出41例特发性不育患者,同时选取50例正常生育男性作为对照。采用PCR-SSCP法,从特发性不育患者中筛选突变样本,通过基因测序以确定突变方式和位点。结果:筛选出的41例特发性男性不育患者主要表现为精子浓度低、活动率差。基因测序分析结果显示:41例不育患者中9例(22.0%,P=0.01)存在Usp26基因的改变。其中,从8例(19.5%,P=0.01)患者中检测出复合突变:364位插入ACA和460位A置换了G;从1例(2.4%,P>0.05)患者中检测出1 044位A置换了T。以上3种变化均导致编码氨基酸的改变。50例正常生育男性均未发现该基因的突变。结论:Usp26基因的多态性可能与特发性男性不育症密切相关,且影响睾丸功能。     

人膀胱癌相关基因cDNA片段的克隆与鉴定

目的　分离和鉴定与人原发性膀胱移行细胞癌发生发展相关的新基因。　方法　采用mRNA差异显示技术 ,以 8例原发性膀胱移行细胞癌组织及自身远离肿瘤的正常膀胱粘膜上皮为对照 ,通过基因表达的比较 ,找出差异条带进行再扩增、克隆及DNA序列分析 ,并通过Genbank数据库进行同源性检索。　结果　 (1)共分离并回收差异条带 37条。其中正常组织不表达或低表达而肿瘤组织出现表达或表达增强者 36条 ,正常组织表达而肿瘤组织失表达者 1条。 (2 )差异条带中与TBX3基因 (T box3基因 )同源 1条 ,同源性 99% ;与铜 ,锌 超氧化物歧化酶基因 (Cu ,Zn SOD基因 )同源 1条 ,同源性 99% ;与Ca2 激活氯离子通道基因家族成员 4 (cl.Ca4基因 )同源 1条 ,同源性 99% ;3条与人类已知基因或片段无明显同源 ,分别命名为YHHQ1,XHL ,LHX。　结论　Cu ,Zn SOD基因可能是新的与膀胱癌相关的癌基因。TBX3及cl.Ca4基因可能与人膀胱癌有相关性。YHHQ1可能是膀胱癌相关的候选抑癌基因 ;XHL ,LHX可能是与膀胱癌相关的候选癌基因     

PKD1基因新突变导致常染色体显性多囊肾病

目的:确定1例常染色体显性多囊肾病(ADPKD)患者致病基因的突变,以明确诊断和指导患者生育。方法:采用高通量测序(next generation sequencing,NGS)技术对患者3个多囊肾致病基因进行检测,并通过Sanger测序进行验证。结果:患者PKD1基因存在插入突变c.11853_11854 ins A,从而使其编码蛋白丧失功能。结论:PKD1基因新的致病突变c.11853_11854 ins A的发现丰富了ADPKD的发生机制,临床上可通过产前诊断或植入前遗传学诊断预防患者再生育患儿。