早期和非早期类风湿关节炎患者外周血CD4~+ T细胞基因表达差异

为了探讨早期、非早期类风湿关节炎(RA)患者与健康人外周血CD4+T细胞的基因表达差异。采集早期、非早期RA患者及健康人空腹静脉血,纯化得到CD4+T淋巴细胞,利用基因芯片检测和分析技术,探索早期、非早期RA患者与健康人外周血CD4+T淋巴细胞基因表达差异。结果:非早期与早期RA患者比较,外周血CD4+T淋巴细胞有83条基因表达存在显著性差异,其中上调3条,下调80条,主要涉及信号转导。与健康人比较,有45条基因异常表达,其中13条基因在RA的早期和非早期较正常对照组表达降低,30条在早期高表达;只有2条与早期与非早期比较差异表达的83条基因重复;差异基因涉及信号转导和免疫应答,以及相关的信号转导途径。早期与非早期RA患者外周血CD4+T淋巴细胞基因表达谱存在明显差异,与健康人比较的差异基因与RA早期和非早期比较的差异基因不一致。     

mRNA差异显示技术对环境诱发系统性红斑狼疮基因表达谱改变的研究

目的 比较环境因素诱发系统性红斑狼疮患者(SLE)与健康人外周血单个核细胞基因表达水平的差异.方法 选择5例无家族发病案例的SLE患者与5例健康人外周血单个核细胞,提取总RNA进行扩增、Cy3染色后,与Agilcnt 4X44K人全基因组芯片杂交,筛选差异表达基因进行基因实体(GO)分析和信息通路(pathway)分析.以qRT-PCR验证芯片结果.结果 5例SLE患者共同有2435个相对于健康人的差异基因表达(判断值=2.0).GO分析结果表明,生物过程中差异表达基因占32.08%(512/1596),其他比例较高的有细胞过程、生物调控、细胞代谢等;分子功能中差异表达基因占34.09%(544/1596),其较高比例依次为结合、催化活性、传感活性和转录调节活性;细胞组分方面差异表达基因33.83%(540/1596),主要涉及细胞与细胞部分两方面,其次为细胞器.Pathway分析显示免疫系统信号及B细胞受体通道中各有12个基因的表达发生了差异性改变,而T细胞受体、表皮生长因子受体1、IL-12介导的信号等通道均有10个基因表达明显差异.分析发现SLE患者在炎性反应与自身免疫相关基因方面有45个基因发生明显改变,其中11个上调,34个下调;细胞外基质和黏附分子方面有5个相关基因改变其中5个上调,1个下凋.qRT-PCR结果与芯片结果比较差异无统计学意义(P>0.05).结论 5例无家族发病案例的SLE患者与健康人外周血单个核细胞基因表达水平存在明显的差异.     

大鼠C6脑胶质瘤模型的基因表达谱分析

目的:筛选和分析大鼠胶质瘤模型与正常星型胶质细胞中的差异表达基因。方法:构建大鼠C6颅内胶质瘤模型,利用Illumina Hi Seq 4000技术对大鼠胶质瘤模型的胶质细胞和正常星形胶质细胞进行转录组测序并对测序结果进行功能注释。以q值0. 05为标准筛选差异表达基因,并通过GO和KEGG数据库分析其功能和参与的信号通路。结果:较之正常星形胶质细胞,大鼠胶质瘤模型组细胞共筛选得到9221个差异表达基因,其中4604个基因表达上调,4617个基因表达下调; GO富集结果表明:这些差异表达基因共映射到575个GO term,与各类结合相关的分子如蛋白结合、离子结合、小分子结合、核苷酸结合等功能富集显著; KEGG富集结果表明:差异表达基因共参与22条通路,富集最多的是癌症发生通路、MAPK通路、胞吞通路和黏着斑通路。结论:成功获取大鼠胶质瘤模型细胞与正常胶质细胞的基因表达谱,差异表达基因富集在癌症发生通路、MAPK通路、胞吞作用通路和黏着斑等生物学通路,这些信号通路可能在胶质瘤发生发展过程中发挥重要作用,对其进一步分析将为临床治疗胶质瘤提供新的靶点。     

良恶性乳腺肿瘤外周血基因差异表达研究

目的:利用基因表达谱数据,探讨良恶性乳腺肿瘤患者外周血基因表达变化。方法:从GEO 数据库中获取良性和恶性乳腺肿瘤患者外周血单个核细胞(PBMCs)表达谱。GEO2R 在线工具筛选差异表达基因, DAVID 工具富集基因功能和通路。STRING 数据库构建差异表达基因蛋白产物相互作用的网络,筛选核心基因。结果:良恶性乳腺肿瘤分别筛选到563和237 个差异基因,乳腺癌差异基因涉及白细胞激活、血管生成等生物学过程以及白细胞跨内皮迁移信号通路。IL8、RHOB、ITGB1 等为关键基因。结论:良恶性乳腺肿瘤患者外周血基因表达模式存在明显差异,为将外周血作为替代材料应用于乳腺肿瘤的诊断及监测研究开辟了新思路。     

细粒棘球蚴早期感染促进小鼠体内IL-22的产生

目的探讨小鼠腹腔细粒棘球蚴感染早期主要产生IL-22的CD4~+T细胞Th1、Th17和Th22细胞以及IL-22R1的表达情况。方法建立小鼠腹腔细粒棘球蚴感染模型,分别在感染后第3、6、9、12天收集外周血、小鼠脾淋巴细胞以及肝脏和肠管组织。ELISA检测外周血IFN-γ和IL-17、IL-22的蛋白表达量;qRT-PCR检测脾淋巴细胞中Th1细胞相关因子(Ifng、Tbx21基因)、Th17细胞相关因子(IL-17、Rorc基因)、Th22细胞相关因子(IL-22、Ahr基因)以及肝脏和肠管组织中IL-22R1的mRNA表达水平;流式细胞术检测脾淋巴细胞中Th1细胞(CD4~+IFN-γ~+)、Th17细胞(CD4~+IFN-γ~-IL-22~+IL-17~+)及Th22细胞(CD4~+IFN-γ~-IL-22~+IL-17~-)的百分比情况。结果与对照组相比,ELISA、qRT-PCR和流式细胞术检测细粒棘球蚴感染后Th1细胞、Th17细胞、Th22细胞增高:qRT-PCR检测细粒棘球蚴感染后肝脏和肠管IL-22R1的表达增高。结论细粒棘球蚴感染小鼠早期,主要产生IL-22的CD4~+T细胞Th1、Th17、Th22细胞比例以及IL-22R1表达增加,可能参与了宿主的免疫防御反应。     

通过生物信息学方法筛选肺鳞癌潜在关键基因

目的:通过分析肺鳞癌及癌旁组织差异表达基因,初步筛选潜在生物标志物。方法:从公共基因表达数据库(GEO)下载肺鳞癌的芯片数据集。利用R语言limma包对原始数据进行预处理并筛选差异表达基因,通过R语言的clusterProfiler包对差异表达基因进行GO和KEGG分析。利用STRING在线软件分析差异基因表达蛋白之间的相互作用,并通过Cytoscape筛选关键基因,进而用GEPIA在线软件验证关键基因的表达情况。结果:通过分析共得到734个差异表达基因,其中290个基因在肺鳞癌中上调,444个基因下调。GO分析显示差异表达基因主要参与的生物过程包括细胞外结构组织、体液水平调节、中性粒细胞介导的免疫应答等。KEGG分析显示差异表达基因主要富集在补体系统、细胞周期、DNA复制等信号通路。通过蛋白互作分析筛选出的关键基因包括PCNA、FOS、PTPRC、MMP9、CDK1、CCL2、IL6、GMPS、CCNB1、TOP2A。经验证PCNA、MMP9、CDK1、GMPS、CCNB1、TOP2A在肺鳞癌中表达增高,FOS、PTPRC、CCL2、IL6在癌组织中表达降低。结论:通过生物信息学筛选差异表达基因和信号通路可能有助于肺鳞癌的分子机制研究,筛选得到的核心基因可能成为肺鳞癌的诊断及治疗靶点。     

基于通路及网络分析方法探究肝细胞肝癌差异表达基因

目的基于通路及网络分析方法,对肝细胞肝癌(HCC)相关差异表达基因进行系统分析,旨在由分子、通路及网络层面理解HCC发生、发展机制,并对HCC的防治靶点进行预测,为后续实验提供一些有意义的信息。方法由公共基因表达数据库(GEO)下载4组与HCC相关的生物基因芯片(GSE62232、GSE49515、GSE19665和GSE29721),利用相应R包对基因表达阵列的差异表达基因进行计算与比较,确定HCC相关差异表达基因。利用功能富集分析方法 ,对HCC相关差异表达基因进行生物过程及通路注释。利用网络分析方法,对HCC相关差异表达基因进行生物调控网络构建,并对关键基因进行筛选,同时利用分子复合物检测(MCODE)方法对HCC相关疾病模块进行搜索。结果确定442个HCC相关差异表达基因,这些差异表达基因主要调控细胞周期、核分裂、染色体分离及代谢相关生物过程;参与影响细胞周期通路、有丝分裂过程通路、生物氧化通路、金属离子反应通路、生物代谢通路等多条信号通路的正常信号转导。网络分析提示,HCC相关差异表达基因之间互作关系紧密,进一步分析鉴定出20个处于HCC调控网络中心的关键Hub基因,推测Hub基因是HCC防治靶点。同时,鉴定出5个与HCC紧密相关的疾病模块,分别为细胞周期处理模块、趋化因子介导的信号处理模块、血管生成调控模块、与氧化应激和代谢过程相关功能模块及细胞核分裂模块。结论利用生物信息学方法,可以系统分析HCC的发生、发展机制,并对其防治靶点进行预测,为临床诊疗及后续基础实验提供有价值的信息。     

全身炎症反应综合征中性白细胞基因表达谱的研究

目的:研究全身炎症反应综合征患者外周血中性白细胞和健康人外周血中性白细胞的基因差异表达。方法:应用基因芯片技术对4例SIRS患者外周血中性白细胞和6例正常人外周血中性细胞的mRNA进行检测。结果:在8400条基因中发现差异表达基因382条, 其中SIRS患者中性白细胞基因122条表达增加, 260条表达减少, 差异表达的基因主要是细胞内信号转导通路基因(35％), 细胞受体基因(22％), DNA结合、转录的各种因子基因(23％)以及细胞因子基因(11％)等。结论:SIRS患者体内存在抗炎和促炎两种不同介质作用, 中性白细胞在该环境中基因表达的改变与血液中多种刺激因素作用结果相一致。基因芯片技术可同时大通量研究基因的表达水平, 是一种可应用于检测炎症反应基因改变的新方法。     

活动性狼疮肾炎患者外周血单个核细胞基因谱的表达

目的:利用cDNA基因芯片技术检测活动性狼疮肾炎患者与健康人外周血单个核细胞基因表达的差异,探讨其在狼疮肾炎发病中的意义。方法:提取活动性的狼疮肾炎患者的外周血单个核细胞和健康人外周血单个核细胞的mRNA,分别用标有荧光素的dCTP反转录制备cDNA探针,将探针与含有8000点cDNA的CSC-GE-80芯片杂交后扫描荧光强度,上述方法在3组患者中重复3次,从而筛选出恒定的差异性表达的基因。结果:发现活动性狼疮肾炎患者外周血单个核细胞有75个基因表达异常,其中表达上调的基因有42个,下调的基因有33个。结论:多个基因的变化与活动性狼疮的发病相关,其中defensinα₁、S100A8、S100A9基因的上调可能参与了狼疮肾炎的炎症过程。     

NKT细胞、NK细胞和T细胞亚群在活动性肺结核患者外周血的表达及意义

目的:探讨活动性肺结核病人外周血CD3+T、CD3+CD4+Th、CD3+CD8+Tc、CD3-CD16+56+NK、CD3+CD16+56+NKT、Th/Tc的表达变化及其临床意义。方法:采用流式细胞术分析45例肺结核病人、16例肺部感染病人及30例健康人外周血CD3+Th、CD3+CD4+Th、CD3+CD8+Tc、CD3-CD16+56+NK、CD3+CD16+56+NKT、Th/Tc的表达和变化情况。结果:初、复治肺结核患者的外周血NKT比例明显高于健康人(P<0.05);Th低于健康人(P<0.05);Tc高于健康人(P<0.05);Th/Tc低于健康人(P<0.05)。初、复治肺结核患者之间T、Th、Tc、NK、NKT、Th/Tc未见明显差异。肺部感染、活动进展Ⅰ期、活动进展Ⅱ期病人NKT阳性细胞数高于健康人和吸收好转期病人且结果有统计学意义(P<0.05);活动进展Ⅱ期组高于肺部感染组且结果有统计学意义(P<0.05)。活动进展Ⅰ期、活动进展Ⅱ期病人Tc阳性细胞数高于健康人组且结果有统计学意义(P<0.05)。Th/Tc吸收好转期、肺部感染、活动进展期、活动进展Ⅱ期均低于健康人组且结果有统计学意义(P<0.05)。轻症、中症、重症患者,重症者Th升高、Tc下降、Th/Tc升高。结论:NKT细胞与肺结核的发展和转归有关。Tc细胞的升高是免疫系统对于结核杆菌的反应,与肺结核病变的发展、范围和程度紧密相关。重点监测外周血NKT细胞和Tc细胞对于掌握活动性肺结核发展和预后有特殊的意义。     

EF调控老年大鼠淋巴细胞基因表达谱中凋亡相关信号分子表达的研究

目的：揭示EF对老年大鼠淋巴细胞凋亡相关信号分子及通路的调节机制。方法：利用基因芯片技术，并比较老年大鼠、青年大鼠、EF干预后的淋巴细胞基因表达。结果：老年大鼠与青年大鼠比较，促进细胞凋亡作用的基因表达显著上调，具有抗凋亡作用的基因表达显著下调；具有抗增殖作用的基因表达显著上调，具有促进细胞增殖作用的基因表达显著下调；参与淋巴细胞活化增殖及免疫反应等基本信号通路的组成元件中，多个重要信号分子的表达显著下调。EF组抗淋巴细胞凋亡的几个上游因子如CD28、TGFβ及c-Jun、c-Fos、c-Myc等癌基因显著上调；促细胞凋亡基因Caspasel、Caspase2、Caspase3、Caspase6、CalpainⅡ、Cathepsins、Dnaseγ、PKCdelta等表达显著下调；Cathepsin B、Mtal、NF-kappa B、Notch等抗凋亡基因表达显著上调。显著上调促细胞增殖基因PCNA、A-raf、CyclinG-associated kinase等的转录，显著下调抗增殖的Rb等基因的转录。显著上调免疫细胞效应及功能的基本调节因子CD2、CD3、CD5、TCR、IL-2、IL-2R(CD25)、CD28、CTLA4的表达。结论：EF能上调老年大鼠淋巴细胞抗凋亡基因表达的同时，下调抗增殖基因的表达；上调促增殖基因表达的同时，下调抗增殖基因的表达，重塑基因表达良性平衡；还协同调节TCR／CD3、CD28、CTLA4、TGFβ、IL-2R等介导的信号转导通路，发挥抗凋亡效应。     

多囊卵巢综合征伴不明原因复发性流产患者外周血免疫调节基因表达谱的差异分析

目的从基因表达水平探讨多囊卵巢综合征(PCOS)发生不明原因反复自然流产的免疫调节机制。方法选择于我院就诊、按照鹿特丹标准诊断为PCOS,并发生2次或2次以上不明原因复发性流产的3例研究对象为病例组;同期就诊的月经规律、无异常妊娠史并已正常生育女性3例为对照组。提取2组样本的RNA进行免疫调节基因差异表达测序,并使用流式细胞术对2组的B细胞、T细胞及NK细胞及其亚型进行检测,对差异表达基因进行聚类分析及筛选统计,探讨可能参与致病机制的信号通路。结果共筛选出差异表达基因1 689个,通过GO富集分析,结合淋巴细胞亚群分析结果,筛选出14个免疫细胞功能相关的聚类;存在显著差异表达的基因主要富集在7个免疫调节功能相关的KEGG信号通路中。结论 PCOS患者存在免疫调节基因表达差异,可能通过调节NF-?B信号传导途径和B、T细胞受体信号通路导致复发性流产的发生。     

急性ST段抬高型心肌梗死患者Th17细胞的转录组分析

目的检测急性ST段抬高型心肌梗死(ST-elevation myocardial infarction, STEMI)早期外周血Th17细胞的基因表达谱,揭示Th17细胞在STEMI后的活化和功能。方法收集STEMI患者的的外周血Th17细胞转录组测序及分析,并通过实时定量RT-PCR验证基因的差异表达。结果与正常人相比,STEMI患者的外周血的CD45RA-CCR6~+CCR4~+CXCR3~-Th17细胞约30%的上调基因与细胞代谢有关,其中与三羧酸循环、氧化磷酸化和电子呼吸链相关的基因表达明显上调,而与糖酵解相关的基因表达则无明显上调。前10个与代谢有关的高表达基因中Pdha1、Fh1、Cs、Mdh1和Aco1编码参与三羧酸循环的蛋白;而Cox10、Nd3、Ndufa1和Cox1编码参与氧化磷酸化的蛋白。结论 Th17细胞在STEMI发生后的细胞代谢活动显著增强,可能为其参与心梗后的急性炎症反应提供能量基础。     

器官移植患者外周血淋巴细胞分子表达

目的:比较移植后患者外周血淋巴细胞不同基因表达时相与病理改变时相,探讨外周血淋巴细胞分子的表达与排斥反应的关系。方法:通过对9例脏器移植的观察,系统比较了移植器官的实时荧光定量PCR检测患者外周血淋巴细胞CD4、CD8、P56、P59编码基因表达时相改变、荧光差异显示技术检测差异基因表达时相及其与脏器功能、病理改变时相的关系。结果:免疫抑制剂不能完全阻断脏器移植排斥反应的发生;移植术后24 h内,9例患者荧光差异显示-PCR技术外周血淋巴细胞P59、酪氨酸磷酸酶的基因表达上调,24～48 h PKC-θ、CD4等基因表达上调;肾移植和心脏移植术后PKC-θ、MHC-Ⅱ、丝/苏氨酸激酶和酪氨酸磷酸酯酶及丝氨酸/苏氨酸激酶15、凝血因子VIII、干扰素诱导蛋白、HLA-DR-H基因较术前有3倍以上升高。P59编码基因表达水平于移植后24 h内保持基本平稳,此后持续负调表达直到第10天达低谷。P56和CD8基因于移植后72 h内表现为持续负调表达,此后正调表达并于第5天时达到移植后的第一个峰值。CD4编码基因于移植后24 h内首先表现为负调表达,此后开始正调表达并于48 h达到移植后的第一个峰值。结论:外周血淋巴细胞基因表达水平的监测可能有助于临床早期急性排斥反应的诊断和免疫抑制剂治疗效果的判断。     

基于生物信息学方法鉴定艾滋病抗病毒治疗病毒学失败的关键基因

目的 探究HIV感染者接受高效抗逆转录病毒治疗失败后的外周血单核细胞基因表达差异和信号通路的表达情况.方法 从GEO数据库中下载了数据集GSE52900,进行差异化基因的筛选,并通过GO、KEGG和PPI等网络分析确定关键基因和重要生物学通路.结果 从高效抗病毒治疗失败的外周血单核细胞基因表达谱中按照P<0.05和|log2(FC)|>1筛选出79个表达差异化基因,包括55个表达上调基因和24个表达下调基因.PPI网络鉴定出5个关键基因:CD4、CCL5、CXCR4、ITGAL、C1 QB.结论 GO和KEGG分析发现差异化基因主要富集在免疫应答通路,提示免疫因素在抗病毒治疗中发挥了重要作用.     

大鼠C6胶质瘤细胞的基因表达谱

目的:筛选比较大鼠C6胶质瘤细胞与正常星型胶质细胞中的差异表达基因。方法:利用Illumina Hi Seq4000技术对大鼠C6胶质瘤细胞和正常星形胶质细胞进行转录组测序并对测序结果进行功能注释。以|log2 Fold Change|≥1和q值0.05为标准筛选差异表达基因,并通过GO和KEGG数据库分析其功能和参与的信号通路。结果:较之正常星形胶质细胞,大鼠C6胶质瘤细胞中共筛选得到4363个差异表达基因,其中1603个基因表达上调,2760个基因表达下调;GO富集结果表明:4109个差异表达基因共映射到906个GO term,主要与GTP酶活性正性调节、基因表达正性调节、蛋白结合和钙离子结合等功能相关;KEGG富集结果表明:1535个差异表达基因共参与106条通路,富集最多的是PI3K-Akt信号通路和癌症发生通路。结论:成功获取大鼠C6胶质瘤细胞与正常胶质细胞的基因表达谱,并对其差异基因进行GO和KEGG注释,结果有助于胶质瘤发生发展的研究。     

应用基因芯片筛选抑郁症相关基因的初步研究

目的 筛选与抑郁症相关的差异表达基因.方法 采用人8000条cDNA表达谱基因芯片技术,研究抑郁症患者及健康对照组外周血淋巴细胞基因表达差异,从而筛选抑郁症相关基因.结果 与对照组相比,抑郁症组中存在显著性表达差异的基因有138个,其中上调有78个,下调有60个基因.结论 离子通道、免疫活性、蛋白代谢、能量代谢(糖脂代谢)、细胞增殖、细胞黏附以及信号传导等相关基因类型可能与抑郁症密切相关.     

成人哮喘患者Treg/Th17细胞失衡与呼出气一氧化氮的相关性研究

目的:探讨成人哮喘患者Treg/Th17细胞失衡与呼出气一氧化氮(FeNO)的相关关系。方法:募集成人哮喘患者17例,慢性咳嗽非哮喘患者16例。所有患者均检测FeNO值,并用ELISA法检测血浆IL-17的表达水平,流式细胞术检测外周血中Treg、Th17细胞占CD4~+T淋巴细胞比例。比较两组患者FeNO水平的差异及其与Treg/Th17的相关关系。结果:与慢性咳嗽组相比,哮喘组血浆IL-17浓度升高(P<0.05)、外周血Th17/CD4~+T细胞比值升高(P<0.001)、FeNO水平升高(P<0.001)、Treg/Th17细胞的比值降低(P<0.001),而Treg/CD4~+细胞比值无明显变化(P>0.05)。哮喘组FeNO值与外周血Treg/CD4~+T细胞比值无明显相关性,而与Th17细胞占CD4~+T淋巴细胞比例呈正相关(r=0.663,P=0.01),与Treg/Th17细胞比值呈负相关(r=-0.757,P=0.002)。结论:哮喘患者FeNO水平升高与Treg/Th17失衡有关,主要与Th17细胞表达升高有关。     

HIV/AIDS患者外周血Th9细胞及其转录因子PU.1与病程关系的分析

目的研究HIV/AIDS患者外周血Th9细胞及其转录因子PU.1的表达量,探讨其与艾滋病疾病进展的相关性。方法40例HIV/AIDS患者根据CD4~+T淋巴细胞分为A、B 2组(A组CD4~+T淋巴细胞350,B组CD4~+T淋巴细胞350),同时,选取20例健康人为对照组,采用流式细胞技术及RT-PCR技术检测其外周血CD4~+T淋巴细胞亚群(Th1、Th2、Th9)及其相关转录因子(T-bet、GATA3、PU.1)的表达量,通过比较3组间Th9细胞及其转录因子PU.1表达量的差异,分析Th9细胞及其转录因子与艾滋病疾病进展的相关性。结果与健康人群相比,HIV/AIDS患者CD4~+T细胞绝对计数与百分比明显降低,CD8~+T细胞的绝对计数与百分比明显升高;3组组间比较显示,Th1细胞百分比A组(6.71±3.05)和B组(5.82±2.52)低于健康对照组(10.89±6.82)差异有统计学意义(P0.05);Th2细胞百分比3组间差异无统计学意义;Th9细胞百分比A组(2.0±0.69)、B组(0.66±0.23)和健康对照组(0.40±0.16)之间差异有统计学意义(P0.05);转录因子PU.1相对表达量A组(3.30±0.78)和B组(1.59±0.44)之间差异有统计学意义(P0.05)。Th9细胞及其转录因子PU.1相对表达量与CD4~+T细胞成负相关(r=-0.637,r=-0.746,P=0.000)。结论 HIV/AIDS患者外周血Th9细胞及其转录因子PU.1的表达量随着疾病进展逐渐升高,两者与艾滋病疾病进展密切相关,可作为判断疾病进展的指标。     

利用生物信息学分析筛选乳腺癌不良预后的关键基因

目的利用生物信息学方法,通过分析基因表达数据库(GEO)基因芯片数据筛选与乳腺癌不良预后相关的核心基因,为乳腺癌的治疗提供新的候选靶点。方法从GEO数据库下载微阵列数据集GSE15852,采用GEO在线工具GEO2R筛选差异表达基因(DEGs);DAVID数据库对筛选出的差异表达基因,进行基因本体论分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;基于STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用关系(PPI),并用Cytoscape软件MCODE插件进行模块分析,获取关键基因;用在线工具Kaplan-Meier Plotter对这些关键基因进行生存分析,获取与乳腺癌预后不良的相关核心基因;采用基因表达谱交互分析(GEPIA)进一步验证。结果筛选出57个差异表达基因,其中上调基因17个,下调基因40个。上调基因主要富集在雌激素反应、对细胞运动的负调控反应、心脏右心室形态发生、交感神经系统发育、细胞-细胞黏附及输尿管的萌芽发育等生物过程;聚焦于造血细胞系信号通路。下调基因显著富集在脂质代谢、分解、存储过程,胆固醇的储存、运输,甘油三酯的合成分解代谢,血管生成等生物过程;聚焦于PPAR信号通路、对脂肪细胞脂肪分解的调节作用、脂肪细胞因子信号通路等途径。PPI网络及MCODE模块分析鉴定出7个核心基因,关键基因的生存分析及GEPIA分析发现CD24和EPCAM基因的高表达患者生存率低于低表达患者。结论该方法为寻找乳腺癌不良预后的关键基因、探索乳腺癌治疗新靶点提供一定依据。