汉坦病毒东方田鼠分离株ZT10的分子特性研究

目的 测定从东方田鼠分离到的汉坦病毒ZT10株的全基因序列,了解该株分子基础.方法 提取ZT10病毒总RNA,对L、M、S基因进行RT-PCR扩增,产物经琼脂糖电泳分析,回收纯化后,将其克隆至pGEM-T载体中,然后进行核苷酸序列的测定及分析.结果 L基因组片段长度为6530个核苷酸,编码2151个氨基酸,与3株Seoul型汉坦病毒的L片段同源性为95.8%～99.7%,而与HTN型汉坦病毒的同源性则较低.将推导的ZT10株编码的氨基酸序列与其他汉坦病毒L片段氨基酸序列进行比较.显示ZT10编码的RNA聚合酶也有6个比较保守的区域.基因组M片段长度为3651个核苷酸,编码1133个氨基酸.结论 序列分析表明,与Seoul型汉坦病毒的M片段同源性为84.0%～96.3%,而与HTN型汉坦病毒的同源性则较低,与从田鼠分离的汉坦病毒(Prospect Hill virus,Tula virus,khabarovsk virus,Isla vista virus)M片段核苷酸同源性仅为57.5%～60.9%.S基因片段与SEO型病毒核苷酸和氨基酸同源性分别为87.9%～96.0%和96.9%～97.9%,与HTN型病毒株76～118的核苷酸和氨基酸同源性分别为71.3%和81.9%,与其他型汉坦病毒的同源均很低.表明ZT10属于SEO型汉坦病毒.     

汉坦病毒Z10株全基因序列的测定及分析

目的 测定我国肾综合征出血热疫苗株Z10的全基因序列，了解其分子结构特征，并分析Z10与基他汉坦病毒株的遗传差异，为疫苗生产提供依据。方法 从Z10病毒感染的细胞提取总RNA，将逆转录－聚合酶链反应（RT－PCR）扩增的产物纯化后克隆于T载体并进行序列测定，应用BNAS－TAR软件分析比较。结果 序列测定表明，Z10株L，M，S片段的全基因序列分别由6553，3615，1701个核苷酸组成，单一读码框架分别编码2151，1135，429个氨基酸。基因比较分析表明，Z10株与HTN型外其他汉坦病毒同源性较低，与HTN型病毒接近，但与HTN型病毒核苷酸序列的同源性亦仅为83.6%-87.4%，而其氨基酸序列的同源性高达94.2%-96%，据此绘出了三个片段的核苷酸和氨基酸的种系发生树。结论 测定了Z10株的全基因组序列，首次发现Z10株为已报道的HTN型中的另一亚型。     

汉坦病毒浙江分离株的基因分型

目的对浙江省汉坦病毒（HV）分离株进行基因分型,为制定肾综合征出血热防制对策提供科学依据。方法应用RT—PCR的方法,使用汉坦病毒型特异性引物,对汉坦病毒浙江分离株型特异性M和S片段进行扩增和测序,并与其他已知病毒序列进行比较,以明确浙江株的基因型和亚型。结果本研究中18株HV浙江株11株为汉滩型（HTN）,分为5个亚型,另7株为汉城型（SEO）,分为3个亚型。HTNV ZNB-1、ZNB-2毒株和A3毒株以及SEOV Gou3、ZJ5毒株在种系发生上与其他HTNV和SEOV明显不同,Gou3和ZJ5株在SEOV发生群中构成一独立分支,比较核苷酸序列发现,ZNB-1和ZNB-2病毒M片段除与HTNV Nc167株有较高的同源性外（88．7％）,与其他HTNV的同源性在69．7％-74．0％之间,A3株M片段除与HTNV B78株有较高的同源性外（99．7％）,与其他HTNV的同源性在73．6％～76．3％之间。结论浙江省是汉坦病毒中汉滩型和汉城型的混合型疫区,HTNV至少有5个亚型,SEOV至少有3个亚型,而且浙江省存在着特殊亚型的HTN毒株以及SEO毒株。     

汉坦病毒浙江分离株ZT71株的全基因核苷酸序列测定及分析

目的 为了获得浙江省汉坦病毒基因组更为详尽的资料,研究汉坦病毒的进化状况及变异程度,为疫苗病毒株的选择使用提供科学依据.方法 设计特异性引物,RT-PCR分段扩增ZT71株全长L、M和S片段,PCR产物纯化后克隆于T载体并进行序列测定.然后进行遗传进化分析.结果 汉坦病毒ZT71株L、M及S基因分别由6530、3651和1753个核苷酸组成,分别编码2151、1133和429个氨基酸.基因比较分析表明,ZT71株与SEO型汉坦病毒比较其L片段核苷酸同源性为95.5%～99.7%,氨基酸同源性为99.0%～99.3%;M片段核苷酸同源性为84.1%～99.6%,氨基酸同源性为95.3%～99.2%;S片段核苷酸同源性为88.7%～99.5%,氨基酸同源性为96.5%～99.1%;而与其他汉坦病毒同源性则较低.结论 测定了ZT71株的全基因核苷酸序列,其L、M和S片段具有和其他汉坦病毒L、M、S片段相似的核苷酸一级结构,但与SEO型更为接近,属于SEO型病毒.     

天津地区汉坦病毒分离株TJJ16S基因片段克隆和序列分析

目的 了解天津地区汉坦病毒分离株TJJ16S基因的分子特征。方法采用细胞培养法从鼠肺标本中分离汉坦病毒，命名为TJJ106，提取TJJ16感染Vero-E6细胞的总RNA，经逆转录扩增病毒cDNA，继而进行PCR扩增S基因片段，纯化后兜隆于pMD-18T载体，测定核苷酸序列并进行分析。结果天津地区首次从社鼠中分离出汉坦病毒TJJ16，其S基因片段全序列长为1701nt。只有1个编码N蛋白的开放读码框架（ORF），起始密码子为第37nt，终止于1326nt，推导其编码的蛋白长为429个氨基酸。经核苷酸系统发生树分析，TJJ16株应归属为汉坦病毒的汉滩型（HTN型）毒株，与HTN型新亚型A16株同属一个亚型。结论TJJ16病毒株的分离与S基因片段序列分析，证实在天津市鼠间存在HTN型汉坦病毒感染，对临床和流行病学的研究具有重要意义。     

汉坦病毒ZJ5株M和S全片段的分子特性及序列的比较分析

目的 对浙江新分离的汉坦病毒疫苗后备筛选毒株ZJ5株的M和S全片段进行基因序列测定与基因分型,了解该毒株分子基础,并分析与其他病毒株以及20年前浙江分离的汉坦病毒ZIO、Z37疫苗株的差异.方法 提取汉坦病毒Z15株感染细胞总RNA,进行逆转录PCR扩增,产物纯化后克隆于T载体并测定序列.结果 扩增出ZJ5病毒M和S全片段并测定了序列,经对核苷酸和氨基酸序列分析表明,与汉城型(SEO)病毒有最高的同源性,为SEOV,但与国内外已知的SEOV核苷酸差异高达11.7%～19.2%和6.7%～14.5%;用M和S片段核苷酸序列所构建的系统进化树显示,病毒株分在SEOV发生群,与SEOV的Gou3株亲缘关系最近,但独自构成一进化支.结论 ZJ5株为一不同于现已报道的SEO型毒株的新亚型.     

河北省鼠携带汉坦病毒G2片段基因分型及序列特征分析

目的 了解河北省肾综合征出血热(HFRS)疫源地宿主动物所携带汉坦病毒的基因型和基因亚型.方法 根据76-118株和R22株的保守序列设计型特异性引物,用RT-nested PCR从IFA筛选的阳性鼠肺中扩增部分M片段,经琼脂糖凝胶电泳进行基因分型,并从中选取部分扩增产物纯化回收后进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件包进行基因分析.结果 32份经IFA筛选阳性的鼠肺标本经RT-nested PCR扩增出418bp特异性目的 片段,均为SEO型.10份扩增产物测序结果 表明G2片段变异不大,同源性高达98.0%～100%,与R22株和76-118株的同源性分别为93.3%～94.3%和67.7%～69.0%.结论 依据G2片段,河北省HFRS疫源地汉坦病毒基因型以SEO型病毒为主,主要为S3亚型,同亚型病毒基因高度同源,遗传物质相对稳定.不同鼠种可携带同亚型汉坦病毒.     

河北省鼠携带汉坦病毒G2片段基因分型及序列特征分析

目的 了解河北省肾综合征出血热(HFRS)疫源地宿主动物所携带汉坦病毒的基因型和基因亚型.方法 根据76-118株和R22株的保守序列设计型特异性引物,用RT-nested PCR从IFA筛选的阳性鼠肺中扩增部分M片段,经琼脂糖凝胶电泳进行基因分型,并从中选取部分扩增产物纯化回收后进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件包进行基因分析.结果 32份经IFA筛选阳性的鼠肺标本经RT-nested PCR扩增出418bp特异性目的 片段,均为SEO型.10份扩增产物测序结果 表明G2片段变异不大,同源性高达98.0%～100%,与R22株和76-118株的同源性分别为93.3%～94.3%和67.7%～69.0%.结论 依据G2片段,河北省HFRS疫源地汉坦病毒基因型以SEO型病毒为主,主要为S3亚型,同亚型病毒基因高度同源,遗传物质相对稳定.不同鼠种可携带同亚型汉坦病毒.     

河北省鼠携带汉坦病毒G2片段基因分型及序列特征分析

目的 了解河北省肾综合征出血热(HFRS)疫源地宿主动物所携带汉坦病毒的基因型和基因亚型.方法 根据76-118株和R22株的保守序列设计型特异性引物,用RT-nested PCR从IFA筛选的阳性鼠肺中扩增部分M片段,经琼脂糖凝胶电泳进行基因分型,并从中选取部分扩增产物纯化回收后进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件包进行基因分析.结果 32份经IFA筛选阳性的鼠肺标本经RT-nested PCR扩增出418bp特异性目的 片段,均为SEO型.10份扩增产物测序结果 表明G2片段变异不大,同源性高达98.0%～100%,与R22株和76-118株的同源性分别为93.3%～94.3%和67.7%～69.0%.结论 依据G2片段,河北省HFRS疫源地汉坦病毒基因型以SEO型病毒为主,主要为S3亚型,同亚型病毒基因高度同源,遗传物质相对稳定.不同鼠种可携带同亚型汉坦病毒.     

河北省鼠携带汉坦病毒G2片段基因分型及序列特征分析

目的 了解河北省肾综合征出血热(HFRS)疫源地宿主动物所携带汉坦病毒的基因型和基因亚型.方法 根据76-118株和R22株的保守序列设计型特异性引物,用RT-nested PCR从IFA筛选的阳性鼠肺中扩增部分M片段,经琼脂糖凝胶电泳进行基因分型,并从中选取部分扩增产物纯化回收后进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件包进行基因分析.结果 32份经IFA筛选阳性的鼠肺标本经RT-nested PCR扩增出418bp特异性目的 片段,均为SEO型.10份扩增产物测序结果 表明G2片段变异不大,同源性高达98.0%～100%,与R22株和76-118株的同源性分别为93.3%～94.3%和67.7%～69.0%.结论 依据G2片段,河北省HFRS疫源地汉坦病毒基因型以SEO型病毒为主,主要为S3亚型,同亚型病毒基因高度同源,遗传物质相对稳定.不同鼠种可携带同亚型汉坦病毒.     

浙江东方田鼠分离汉坦病毒株S基因的克隆和序列分析

目的对国内首次从东方田鼠分离到的汉坦病毒（HV）ZT10S基因克隆进行序列分析。方法参考GenBank发表的汉坦病毒核蛋白基因序列，设计合成一对引物，提取分离株ZT10细胞培养物的总RNA，对ZT10S基因进行RT-PCR扩增，产物经琼脂糖电泳分析，呈现一条约1．7kb的条带，回收纯化后，将其克隆至pGEM．T载体中，然后进行核苷酸序列的测定及分析。结果与4株SEO型病毒（SR-11、R22、Gu03、8610）核苷酸和氨基酸同源性分别为87．9％～96．0％和96．9％～97．9％，与HTN型病毒株76-118的核苷酸和氨基酸同源性分别为71．3％和81．9％，与其他型汉坦病毒的同源性均很低，表明此分离株ZT10为SEO型汉坦病毒。结论为进一步研究其进化和变异提供了有利条件，也为生产SEO型汉坦病毒特异性核蛋白抗原，免疫血清学诊断试剂的制备和分子生物学研究奠定了基础。     

深圳市肾综合征出血热患者汉坦病毒基因特征研究

目的 研究深圳市引起肾综合征出血热(HFRS)的汉坦病毒主要型别及分子特征,为该市汉坦病毒的防制提供依据.方法 收集各医院送检HFRS患者急性期血清标本,提取血清中病毒RNA作为模板,采用逆转录-套式PCR扩增汉坦病毒基因组M片段G2区基因并进行序列测定,对汉坦病毒进行基因分型和同源性分析.结果 深圳市HFRS病例男性多于女性,患者发病年龄主要集中在20-60岁,其中20-49岁病例数最多,共发病242例,占发病总数的85.82％.从282例标本中用HTN型特异性引物扩增阳性4例,占1.42％;用SEO型特异性引物扩增阳性50例,占17.73％;总阳性率为19.15％.序列比较分析发现,深圳地区流行的SEO型汉坦病毒核苷酸序列的差异相对较小,其基因的离散度为0％-4.9％.从种系发生树看这些病毒分布在一个分支上,均为S2亚型.HTN型汉坦病毒的变异率较高,其基因的离散度为6.7％-21.0％,二例为H7亚型,二例为H9亚型,均为深圳市首次报道.结论 不同年份引起深圳地区HFRS的汉坦病毒仍以SEO型为主,且病毒变异较小,稳定性较高.首次发现HTN型病例存在.结合流行病学调查资料,证实HTN病例均为输入性病例.     

肾综合征出血热山东分离株鲁宁-84刘株的分子特征分析

目的 分析肾综合征出血热山东分离株鲁宁—84刘株的分子特征。方法 应用逆转录聚合酶链反应(RT—PCR)扩增鲁宁—84刘株M和S片段全基因，克隆于T载体，纯化后测定序列，应用DNA STAR软件比较分析。结果 鲁宁—84刘株(JNL株)的M片段的全基因序列共3615个核苷酸，编码1135个氨基酸，S片段的全基因序列共1698个核苷酸，编码429个氨基酸，为HTN型毒株。JNL株与HTN型毒株M和S全基因序列差异分别高达20．0％-20．6％和15．5％-16．0％，基于核苷酸序列的种系发生分析结果也可以看到，鲁宁—84刘株不同于国内外其他的分离株，处于独立的分支。结论 山东地区鲁宁—84刘株流行株是与国内外HTN型毒株不同的新的HTN亚型病毒。     

2019年辽宁省水痘-带状疱疹病毒基因特征分析

目的分析2019年辽宁省收集到的水痘-带状疱疹病毒(VZV)基因特征。方法采集辽宁省2019年疑似水痘或带状疱疹患者的疱疹液样本共32份。采用实时荧光定量聚合酶链反应筛查疑似样本,通过检测分析阳性样本的三个开放阅读框(ORF)即ORF22、ORF38和ORF62上的单核苷酸多态性(SNP)位点,整理样本及序列资料并对基因序列对比分析,确定病毒株基因型别,进行疫苗株与野毒株鉴别。结果32份疑似水痘或带状疱疹患者样本中,27份为VZV阳性,均为野毒株属Clade2遗传支,核苷酸与氨基酸的同源性分别为98.85%~100%和96.9%~100%。其中LN-14在37990位点发生A→G碱基突变,并且有1例疫苗突破病例。结论2019年辽宁省流行的VZV基因型均属Clade2野毒株。     

中国大陆柯萨奇病毒A组16型全基因参照序列的初步建立和分析

目的建立中国大陆柯萨奇病毒A组16型（CoxA16）流行株的全基因参照序列。方法从GenBank中获得CoxA16中国大陆分离株的所有全基因序列和氨基酸序列,用DNAstar/MegAlign软件对所得序列进行多序列比对和进化分析,按照参照序列标准拟定CoxA16的全基因参照序列和氨基酸序列,并与参考序列进行比对分析。结果中国大陆分离的CoxA16毒株全基因序列共8株,分离于2005-2009年,其中2008年5株,广东省5株;通过序列比对获得了大陆CoxA16全基因和氨基酸参照序列;参考毒株间核苷酸序列同源性介于79.0%～98.8%,氨基酸序列同源性为94.3%～99.9%,与参照序列的核苷酸同源性为79.7%～97.0%,氨基酸同源性介于95.1%～99.5%之间,同源性最低的为2008年安徽阜阳的FY18株。结论比对分析了中国大陆CoxA16毒株全序列,成功建立了中国大陆CoxA16全基因和氨基酸参照序列。     

青岛地区2000-2003年HFRS患者汉坦病毒部分M基因的检测及其分型研究

目的　调查山东省青岛地区 2 0 0 0 - 2 0 0 3年汉坦病毒的流行情况 ,研究病毒在该地区的分子流行病学特征。方法　采集肾综合征出血热 (HFRS)急性期患者血清标本 6 4份 ,提取血清中病毒RNA作为模板 ,根据GenBank中汉坦病毒基因序列 ,设计HTN型和SEO型的通用外套引物 ,同时分别设计HTN和SEO型的特异性引物作为内套引物 ,RT nest PCR扩增汉坦病毒基因组M片段G1区基因并测序。利用DNAStar软件进行核苷酸序列分析。结果　在 6 4份标本中 ,用HTN型特异性引物扩增出 6份 ,占 9% ;用SEO型特异性引物扩增出 2 5份 ,占 39% ;总阳性率为 4 8%。总体看来青岛地区流行的毒株以SEO为主。SEO型汉坦病毒间核苷酸序列的差异相对较小 ,其基因的离散率为0.3%～ 8.9%。HTN型汉坦病毒的变异率较高 ,其基因的离散率为 2.6 %～ 11.2 %。结论　青岛地区是以SEO型汉坦病毒的流行为主 ,HTN型并存的混合疫区 ;其中HTN型主要发现在胶南市     

深圳市HFRS疫源地鼠携带汉坦病毒与人感染汉坦病毒的基因特征对应性研究

目的 了解深圳市肾综合征出血热(HFRS)疫源地鼠携带汉坦病毒与人感染汉坦病毒二者的病原学特征及联系,为HFRS的防控提供科学依据.方法 收集疑似HFRS病人急性期血清标本,并在相同区域开展笼日法捕鼠,无菌取鼠肺.分别采用ELISA和直接免疫荧光法筛选阳性标本,选择代表性血清标本以及鼠肺标本进行逆转录-套式聚合酶链反应(RT-nested PCR)扩增部分M和S片段及核苷酸序列测定,与国内外的汉坦病毒毒株一起进行同源性比对和系统进化树分析.结果 472份鼠肺经直接免疫荧光检测共获得阳性鼠肺47份,带毒率为9.96%.对60份IgM抗体阳性的血液标本进行RT-nested PCR扩增,检出12份阳性,阳性率为20%.从代表性的8份鼠肺和8份病人血清中提取的标本二者之间M片段核苷酸序列的同源性高达95%以上,S片段之间的同源性高达96.5%以上.其推导的氨基酸序列同源性分别为98.0%～100%、98.4%～100%.深圳市HFRS疫源地鼠携带的汉坦病毒和人感染汉坦病毒均为汉城型S2亚型.结论 深圳市流行的汉坦病毒为SEO型S2亚型.无论是同一地区的鼠和人之间,还是不同地区的鼠和人之间,汉坦病毒都是具有较高的同源性.     

中国轮状病毒非结构蛋白NSP4基因变异特征的分析

目的　研究我国轮状病毒流行株NSP4基因的变异特点。方法　对近年来从我国不同地区获得的 2 7份人轮状病毒流行株的NSP4基因用RT PCR进行扩增 ,克隆后进行全长cDNA序列分析 ,并利用Clustal× 1.8,TreeView3 2及DNAStar软件与参比株Wa、KUN、AU 1、EW及来自GenBank的OSU、SA11、Hochi、US2 44、Bristol株的NSP4序列进行分析比较。采用PCR分型方法对VP7血清型进行鉴定 ,确定轮状病毒G型与NSP4基因型的关系。结果　氨基酸同源性比较表明 ,我国轮状病毒不同流行株NSP4之间同源性为 81.7%～ 99.4% ,据此可将 2 7株RVNSP4分为 2组 ,分别以Wa株和KUN株为代表 ,其中以Wa组为主。组内同源性分别为 92 .0 %～ 99.4%和 92 .0 %～ 98.9% ,组内变异率分别为 0～ 8 5 %及 1 2 %～ 8 5 %。两组间变异率达 16 6%～ 2 1 0 %。氨基酸进化树提示在Wa组内包括 3个亚组。轮状病毒G血清型与NSP4基因型之间的联系不确定。结论　我国流行株NSP4基因主要可分为Wa组和KUN组 ,在Wa组内可形成三个亚组 ,并且在高变区有特征性的氨基酸位点。NSP4的变异与年份有关而与地域关系不密切