丙型肝炎病毒5'utr分型和C区基因分型结果的比较

目的比较丙型肝炎病毒（hepatitis C virus,HCV）不同基因分型方法的一致性。方法采用5’非编码区（NCR）型特异性引物分型法和核心区型特异性引物分型法分别对95例和其中的31例HCV RNA阳性患者的血清样本进行基因分型,分析不同分型方法的灵敏度和稳定性异同。结果两种分型方法的一致性达到93．5％,对于混合感染的发现能力C区分型较强．稳定性无差异。结论C区分型方法更加精确。     

5'-非编码区型特异性引物检测HCV基因型

我们探索建立一种HCV基因分型方法,用5'非编码区(5'NCR)1,2,3,1b型特异性引物,应用逆转录套式PCR,对HCV RNA阳性血清进行分型 .对65份HCV RNA阳性血清的分型率为90.8%(59/65).59例中混合感染7例,1型50例,其中1b亚型46例;3型2例.从而认为:所用的型特异性引物可成功地对HCV基因分型,分型结果证实南京市HCV流行优势株为1b亚型.     

血液透析患者丙型肝炎病毒型特异性PCR基因分型

目的 建立一种丙型肝炎病毒型特异性PCR基因分型方法。方法 对47份血液透析患者HCV RNA阳性的标本,用5’非编码区(5'-NCR)1、2、3、1b型特异性引物,进行逆转录巢式PCR扩增分型。结果 47份HCV RNA样本43例可以分型;优势株为1b亚型,1b及1b相关型占总样本数的87．23％(41／47);7例为混合感染,占可分型数的16．27％(7／43)。结论 本组血液透析患者感染的HCV基因型的分布可能与地区流行及医源性传播有关,其同源性有待核苷酸序列分析加以印证。     

低病毒载量时丙型肝炎病毒基因分型研究

目的探讨丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)低病毒载量时,HCV核心蛋白(Core)和Core/包膜蛋白1(envelope protein 1,E1)区直接测序法对HCV基因分型的影响。方法 HCV-RNA 10~3~10~4拷贝/mL患者30例,采集其血清标本,采用巢式PCR对Core和Core/E1区分别扩增,产物直接测序,构建进化树进行基因分型。结果Core区扩增阳性25例(83.3%),其中1b型15例,2a型5例,3a型2例和6a型3例;Core/E1区扩增阳性19例(63.3%),其中1b型11例,2a型4例,3a型2例和6a型2例。结论当HCV-RNA载量较低时,Core区较Core/E1区有较高扩增效率和准确性,是临床或科研中应用直接测序法对HCV基因分型较理想的基因区。     

丙型肝炎病毒型特异性聚合酶链反应基因分型的临床应用

目的 探索丙型肝炎病毒(HCV)基因型在不同人群中的分布规律及流行优势型。方法 分别对健康体检者、住院患者和血液透析患者抗HCV IgG阳性标本，用自行设计的5’非编码区(5’-NCR)1、2、3、1b型特异性引物进行扩增和基因分型。结果　3组人群中血液透析患者HCV感染率最高，抗HCV IgG和HCV RNA阳性率分别为55.37%和38.84%。基因型以1b亚型为主，1b及1b的相关型占91.67%。结论　本地区HCV流行优势型为1b亚型。     

血清抗F蛋白抗体与HCV基因分型及丙型肝炎的关系

目的探讨血清抗F蛋白抗体与HCV基因分型及不同临床分型的丙型肝炎的关系。方法收集256例抗HCV抗体阳性患者血清标本,用ELISA法检测血清抗F蛋白抗体,提取HCV RNA并进行逆转录反应,根据5’非编码区(5’NCR)1,2,3,1b型碱基序列,设计保守区通用引物及型特异性引物。用巢式PCR对HCV进行基因分型。结果抗F蛋白抗体阳性率为61.3%(157/256)。男性与女性抗F蛋白抗体率分别为64.3%(110/171)与55.3%(47/85),差异无统计学意义(χ2=1.953,P>0.05)。与急性丙型肝炎抗F蛋白抗体阳性率的36.6%(15/41)相比,慢性丙型肝炎为63.6%(112/176)、丙型肝炎合并肝硬化为76.9%(30/39),差异有统计学意义(χ2分别为10.02和13.21,P均<0.01)。HCV RNA阳性患者抗F蛋白抗体阳性率为62.5%(90/144)与阴性患者的59.8%(67/112)相比无显著性差异(χ2=0.187,P>0.05);基因分型结果表明,1b型抗F蛋白抗体阳性率为62.8%(81/129),2型为60.0%(6/10),1b/2型为60.0%(3/5),各型抗F蛋白抗体阳性率无明显差异(χ2分别为0.109和0.105,P均>0.05)。结论血清抗F蛋白抗体与HCV临床分型有关,与性别、HCV RNA以及HCV基因型分布无关。     

环介导等温扩增技术用于HCV基因分型的初步研究

目的建立适用于临床的常见HCV基因型的快速、敏感、有效的核酸逆转录环介导等温扩增技术(RTLAMP)。方法根据不同HCV亚型的标准序列设计HCV-1b、2a、3b和6a型特异性引物,建立及优化针对各HCV亚型的RT-LAMP试验方法;收集55例已确认为HCV RNA阳性的临床标本做检测及分型。结果本组HCV-RNA阳性标本,运用LAMP法的检出率为94.55%(52/55),其中HCV-1b型占40.38%(21/52)、2a型占9.62%(5/52)、3b型占23.08%(12/52)、6a型占26.92%(14/52)。结论建立了针对不同HCV基因型的LAMP检测方法,该法快速、敏感,适合于在临床应用。     

丙型肝炎病毒NS5a区血清型特异性多肽的选择及应用

目的:从HCV非结构5a区(NS5a)选出基因型特异性多肽,并应用酶免疫法(EIA)进行HCV血清分型。方法:根据HCV NS5a高免疫源区(2182～2343)的氨基酸序列,设计并合成305个特异性多肽,应用已知基因1～6型的抗-HCV阳性血清,通过EIA法检测每个多肽的抗原性,并用基因型特异性多肽进行血清分型,同时将其与序列分析法基因分型结果进行比较。结果:不同基因型间NS5a区氨基酸的同源性较低,相同基因型不同区段氨基酸的同源性也很低。对305个特异性多肽抗原性检测结果表明,主要线性抗原区位于氨基酸残基R3、R7和R9区。18个来自保守区的多肽可与不同基因型抗-HCV阳性血清反应;12个多肽具基因型特异性。血清基因分型结果与基因分型的结果高度一致。结论:HCV NS5a高免疫源区存在主要的线性抗原;来自高度保守区的多肽抗原无基因型特异性,可用于HCV抗体检测;基因型特异性多肽可用于HCV基因分型,特别适用于HCV RNA阴性患者。     

丙型肝炎病毒型特异性聚合酶链反应基因分型的临床应用

目的　探索丙型肝炎病毒 (HCV)基因型在不同人群中的分布规律及流行优势型。方法　分别对健康体检者、住院患者和血液透析患者抗HCVIgG阳性标本 ,用自行设计的 5’非编码区 (5’ NCR) 1、2、3、1b型特异性引物进行扩增和基因分型。结果　 3组人群中血液透析患者HCV感染率最高 ,抗HCVIgG和HCVRNA阳性率分别为 5 5 .37%和 38.84%。基因型以 1b亚型为主 ,1b及 1b的相关型占 91.6 7%。结论　本地区HCV流行优势型为 1b亚型。     

南京地区丙型肝炎病毒基因分型的研究

目的 了解南京地区丙型肝炎病毒(HCV) 基因型分布的特点.方法 采用针对HCV三种主要基因型1,2,3和1b亚型设计的型-特异性引物,通过RT-PCR和套式PCR扩增HCV基因组高度保守的5'端非编码区,检测55例HCV IgG阳性血清的HCV RNA,并对其中40例进行基因分型.结果 PCR检测的抗HCV IgG阳性血清标本55例中,50例为HCV RNA阳性,阳性率为90.91%;对40例HCV RNA阳性的血清进行分型,发现23例为1b型,15例为2,1 b混合型,HCV-1b亚型含有率为95%,其余两例分别为2型和1,2混合型.结论 该地区HCV流行优势株为1b亚型.     

Murex丙型肝炎病毒血清分型试验的初步应用与评价

目的　探讨Murex丙型肝炎病毒 (HCV)血清分型试验的可靠性与实用性。方法　采用MurexHCV 1～ 6血清分型试剂 ,ELISA技术检测针对HCV非结构区 (NS4区 )的特异性抗体 ,对4 4例抗 HCV阳性的HCV感染者血清标本进行HCV血清分型 ,并比较与基因分型结果的符合程度。结果　 4 4例中有 35例 (79 5 % )获得血清学分型结果 ,其中 1型 2 7例 (77 1 % ) ,2型 7例 (2 0 0 % ) ,1 2型 1例 (2 9% )。血清型与基因型符合率为 96 8%。结论　MurexHCV血清学分型试验结果可靠 ,简便易行 ,具有一定的临床应用价值     

流式荧光点阵技术在乙型肝炎病毒基因分型中的应用

目的建立一种基于流式荧光点阵技术(又称液态芯片法)的针对乙型肝炎病毒(HBV)基因型B型和C型的检测方法。方法设计HBV B和C基因型的型特异性引物,其中正向引物的5'端作生物素化标记。在多重聚合酶链反应(PCR)扩增后将扩增产物与连接在不同荧光编码微球上的型特异性探针在同一体系中进行杂交,再用链霉亲和素-藻红蛋白进行标记,用Luminex多功能流式点阵仪进行检测。对经测序法基因分型的67例(B型24例、C型43例)样本进行检测,比较并确定方法的有效性。结果本研究所建方法与测序法结果一致的比例为94%(63/67)。在24例测序结果为B型的患者中有1例患者用自建液态芯片法检测显示B型和C型探针双阳性信号;43例测序法结果为C型的患者中有3例患者用自建液态芯片法检测为B型和C型探针双阳性信号。结论自建液态芯片法能准确地进行HBV基因分型,尤其是当患者为HBV混合型感染时,自建液态芯片法能进一步确定不同基因型,在临床应用时更具有优势。     

丙型肝炎病毒基因分型芯片的研制和临床应用

目的　研制丙型肝炎病毒 (HCV)基因分型的寡核苷酸探针芯片 ,并用此方法对 76例HCVRNA阳性的肝炎患者进行检测。方法　根据HCV 5′ 非编码区和核心抗原区序列设计聚合酶链反应 (PCR)引物和寡核苷酸探针 ,探针经一定修饰后固定到尼龙膜上 ,即成为HCV基因芯片。采用PCR参入法标记地高辛分子 ,其中 6份标本PCR产物同时进行测序分析。结果　此芯片可分析HCV 11个基因型的 15种亚型。 76例HCV肝炎患者芯片杂交结果均阳性 ,而 2 0名健康对照血清均阴性。 76例患者阳性标本的分型结果 :1b型 6 4例 ,2a型 11例 ,3a型 1例 ,未见混合型感染。 6份标本的序列分析表明 ,芯片杂交和测序的分型结果完全一致。结论　此芯片可初步用于检测血清HCVRNA ,并对HCV基因 (亚 )型进行准确分析     

基于丙型肝炎病毒NS5B基因序列分析的基因分型

目的：建立基于丙型肝炎病毒(HCV)NS5B基因序列分析的基因分型方法，对上海地区慢性丙型肝炎进行基因分型。方法：用HCVRNA实时荧光定量检测试剂盒对慢性丙型肝炎患血清标本的HCV RNA水平进行定量分析。用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)和套式-PCR扩增HCV RNA阳性的41份标本的部分HCV NSSB区基因，PCR产物经回收、纯化后直接进行测序分析。从GenBank中下载25份不同基因型的HCV原型序列，用NSSB区222bp的基因片段构建系统进化树，对临床标本相应的HCVNS5B区序列进行分析。结果：基于HCVNS5B基因序列的系统进化树分析，可成功地对本组41份标本进行基因分型。分型结果显示，1b型占85．4％(35／41)，2a型占12．20％(5／41)，3a型占2．44％(1／41)。结论：基于HCVNSSB区基因序列的系统进化树分析是一种可靠和方便的HCV基因分型方法。上海地区的HCV基因型以1b型为主。     

HCV基因分型检测芯片的临床应用及意义

目的评价HCV基因分型检测芯片在HCV基因分型中的初步应用及意义。方法对117例抗HCV阳性和33例抗HCV阴性的血清标本同时进行基因芯片分型检测,并与测序结果进行比较。结果HCV基因分型芯片共检测出阳性92例,其中1b型71例(77.2％),2a型8例(8.7％),其它1a型3例(3.2％),3b型6例(6.5％),6型1例(1.1％),1a 1b型2例(2.2％),1b 2a型1例(1.1％)。结论HCV基因分型检测芯片可以用于血清HCVRNA的检测并进行基因分型,拥有较高的灵敏度和特异性,可以为临床诊断、治疗提供有效帮助。     

引物特异性HCV基因分型检测方法的建立及应用

[目的]建立引物特异性HCVRNA基因分型的方法，并应用于临床诊断。[方法]采用型特异性引物建立单管逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）和双管引物特异性套式聚合酶链反应（NEST-PCR）检测技术，1b和3a一管内扩增，1a、2a和2b一管内扩增，分别对147例HCV抗体阳性的标本，设计HCV的C区特异性引物，采用Trizol浓缩RNA进行双管巢式PCR分型。[结果]统计结果表明我国丙型肝炎流行主要以1b（Ⅱ）和2a（Ⅲ）2种基因型为主，但有部分1a、2b、3a的HCV感染者检出，其中1a为1．36％（2／147），1b为65．99％（97／147），2a为6．12％（9／147），3a为1．36％（2／147），1b／2a型混合占22．45％（33／147），1a／2b混合型为0．68％（1／147），未分出型或其它型者分别为2．04％（3／147）。[结论]本文建立的方法具有良好的特异性和敏感性，可同时区分5种HCV基因型，我国北方地区发现有1a和3a基因型感染病例。     

HCV基因分型生物芯片探针设计的探讨

目的　探讨适用于临床实验室的丙型肝炎病毒(hepatictisCvirus,HCV)基因分型诊断芯片的探针设计方案。方法　用TaxonomyBrowser和BLAST工具搜索GenBank中所有已登录的HCV序列,用Clustal.W算法进行序列连配与比对,用生物信息学方法获得 5′非编码区(5′UTR)和核心蛋白区(C区)的比对文件,根据探针设计的原则和要求,确定探针在序列中的位置。用Oligo6. 0和PrimerPremier5. 0软件设计探针。设计芯片上 6×6的探针阵列模式。结果　从 778个HCV序列中获得 5′UTR和C区序列变异比对文件,发现 7个存在活跃共突变的区域。根据序列分析数据设计了 5′UTR27个探针和C区 9个探针。设计了由不同的探针组合构成的 33种杂交阵列模式。结论　采用 5′UTR和C区多探针联合检测的基因芯片技术可简化HCV分型方法,提高检测结果的特异性。     

型别特异性丙型肝炎病毒嵌合抗原在血清分型中的应用

目的克隆表达型别特异性丙型肝炎病毒HCV 1b、2a嵌合抗原,并用于HCV血清分型检测。方法分别对HCV 1b、2a的C区和NS4区进行表位预测,选取优势表位序列连接后,于PGEX-4T-2载体中克隆表达嵌合的HCV 1b、2a抗原,应用竞争抑制酶联法对44份HCV 1b和18份2a血清进行血清分型检测。结果 62例血清样品中50例能分型,其中1b型34例,2a型16例,其分型率为80.6%(50/62),与基因型的符合率为90.0%(45/50)。结论丙型肝炎病毒HCV 1b、2a嵌合抗原用于HCV的血清分型检测,具有较高的准确率和分型率,可用于HCV血清分型检测。     

HCV RNA基因分型多色荧光PCR筛查和确认方法的建立

目的建立多色荧光丙型肝炎基因分型检测方法。方法针对HCV5＇NCR区特异性基因设计一对通用引物和Ⅰ/Ⅱ/Ⅲ/Ⅳ型特异性探针,Ⅰ型和Ⅲ型探针标记FAM荧光染料,Ⅱ/Ⅳ型标记VIC荧光染料,分别建立Ⅰ/Ⅱ型和Ⅲ/Ⅳ型两管双色荧光PCR扩增系统。分别采用测序和本研究方法对97份丙型肝炎阳性血清进行分型,比较两种方法分型结果的一致性,并对双色荧光法检测的2889例HCV分型结果进行分析。结果在97份丙型肝炎阳性血清中,双色荧光法分出Ⅰ型65例（67.0%）,Ⅱ型25例（25.8%）,Ⅲ型2例（2.1%）,Ⅰ/Ⅱ混合型3例（3.1%）,有2例HCVRNA定量为（1～3）×103IU/ml弱阳性标本未分出型;测序法分出Ⅰ型61例（62.9%）,Ⅱ型24例（24.7%）,Ⅲ型2例（2.1%）,Ⅰ/Ⅱ混合型2例（2.1%）,有8例HCVRNA定量结果为（1～5）×103IU/ml的阳性标本测序法未分出型,有1例Ⅰ/Ⅱ混合型标本测序无法判断,而荧光法分型明确。我院采用本研究建立的方法检测2889例临床丙型肝炎标本,2268份分出基因型,其中Ⅰ型1545例（68.1%）,Ⅱ型702例（31.0%）,Ⅰ/Ⅱ混合型18例（0.8%）,Ⅲ型3例（0.1%）,高HCV载量血清全部涵盖在Ⅰ/Ⅱ/Ⅲ型中,未发现Ⅳ型和其他型的病例。结论本研究建立的双色荧光HCV基因分型的方法具有良好的敏感性、特异性、可重复性且省时省力,由于近99%的HCV阳性血清为Ⅰ/Ⅱ型,所以临床可选择Ⅰ/Ⅱ型试剂进行常规检测,对高病毒载量而非Ⅰ/Ⅱ型的标本可采用Ⅲ/Ⅳ型试剂进一步分型明确。     

法国丙型肝炎病毒不同基因型的血清学反应

本文研究在丙型肝炎病毒(HCV)感染病人中.HCV基因型与HCV抗原血清学反应之间的关系。作者在1989年11月和1992年12月对92例非甲非乙型肝炎病人和12例无症状血清学HCV阳性供血者作了研究。酶免疫法抗HCV均为阳性和5’非编码区引物做PCR扩增HCC RNA阳性。样品基因分型为从200μl血清中提取HCV RNA,转至cD-NA,HCV cDNA扩增由网式PCR非结为区蛋白3(NS3)。HCVI型原型采用两步法合成。5’-AGACT-GTAATACGTGTGCACC-3’为外部引物(nt4571-