对药远志-天麻中GABA-AT靶点抑制活性物质的虚拟筛选

目的 对对药远志-天麻中潜在作用于GABA转氨酶(GABA aminotransferase, GABA-AT)靶点的抗癫痫活性物质进行研究,阐明其药效物质基础。方法 收集文献中具有抑制GABA-AT活性的化合物信息,建立基于GABA-AT配体的HipHop药效团模型,收集文献中远志与天麻中的成分并建立化合物库,对远志与天麻中的成分与药效团进行匹配,采用柔性对接手段对匹配到的小分子化合物与GABA-AT靶点(PDB ID:1OHW)进行对接并评估其相互作用,采用体外酶活力法初步评价筛选到单体的GABA-AT的抑制活性。结果 通过文献检索共得到远志与天麻中化学成分26种,通过测试集验证选出优选药效团3用于对远志与天麻化合物库的虚拟筛选,匹配后得到10种远志与天麻中潜在的GABA-AT抑制成分。通过分子模拟对接分析了10种化合物对GABA-AT的作用情况,对其中4种单体进行了酶活力抑制能力评估。结论 基于药效团及分子模拟对接手段探讨远志与天麻中GABA-AT抑制成分具有一定的准确性。     

对药“远志-酸枣仁”中CaMKⅡ调控成分的虚拟筛选及抗癫痫活性的研究

目的 对“远志-酸枣仁”中潜在作用于钙/钙调蛋白依赖性蛋白激酶Ⅱ（calcium/calmodulin-dependent protein kinaseⅡ,CaMKⅡ）靶点的活性物质进行筛选,阐明其药效物质基础。方法 采用以药效团为基础的虚拟筛选手段,通过收集已出版文献中报道的具有调控CaMKⅡ作用的化合物信息,建立基于CaMKⅡ配体的HipHop药效团模型,收集文献中报道的“远志-酸枣仁”中的成分并建立化合物库,对“远志-酸枣仁”中的成分与药效团进行匹配,随后使用分子模拟对接手段对匹配到的小分子化合物与CaMKⅡ靶点（PDB ID:2V7O）进行对接,研究潜在活性单体与CaMKⅡ的作用。用戊四唑（pentylenetetrazol,PTZ）点燃模型对活性单体细叶远志苷A(39)的抗癫痫作用进行测定,并对CaMKⅡ水平的调控作用进行评价。结论 通过文献检索建立包含“远志-酸枣仁”中109种化学成分的化合物库,通过测试集验证确定将药效团03用于对“远志-酸枣仁”化合物库的虚拟筛选,对匹配度排前6位的单体通过分子模拟对接分析其与CaMKⅡ的作用情况,并用抗癫痫动物模型对单体的活性进行评价,...     

基于药效团模型的DNA错配修复化合物筛选

摘要：目的:找到一种具有DNA错配修复功能的化合物。方法:通过构建大肠埃希菌MutS蛋白受体与内源性配体之间的药效团模型,构建并筛选化合物数据库,使用分子对接和分子动力学模拟的方法,确认具有潜在DNA错配修复功能的先导化合物,并对其与受体蛋白之间的结合作用模式进行分析。结果:筛选得到了化合物52,分子动力学模拟显示该化合物与MutS蛋白之间能够形成稳定的相互作用关系。结论:化合物52可能是潜在的DNA错配修复先导化合物,该研究为下一步的活性实验奠定了理论基础。     

基于分子模拟技术筛选具有潜在治疗非小细胞肺癌的ROS1激酶抑制化合物

目的 基于分子模拟技术筛选具有潜在治疗非小细胞肺癌的ROS1激酶抑制化合物。方法 本研究构建了肉瘤致癌因子ROS1受体及其抑制剂之间的药效团模型,通过化合物数据库筛选、分子对接、分子动力学模拟等方法,找到一种具有抑制ROS1功能的先导化合物,最后对该抑制剂的先导化合物与受体蛋白结合作用的模式进行了分析。结果 筛选得到的75号化合物在与ROS1蛋白的分子动力学模拟过程中,显示出了比较稳定的相互作用。结论 75号化合物可以作为潜在的抑制ROS1的先导化合物。     

以c-MET为抗癌靶点的海洋小分子虚拟筛选

目的：运用计算机虚拟筛选技术和分子动力学模拟寻找海洋小分子库(SWMD)中抗癌靶点c-MET的小分子抑制剂。方法：利用schrodinger中Ligand Docking模块对海藻代谢物数据库(SWMD)和PDB网站检索的c-MET蛋白（PDB：2rfs）进行基于受体的分子对接筛选,采用对接得分前十的结果,利用Swiss ADME网站进行成药性分析。最后将最好的结果用Gromacs进行分子动力学模拟。结果：分子对接结果显示打分前十的化合物都能与蛋白有较好的结合效果和对接姿势,蛋白与化合物之间的相互作用主要以氢键作用为主。分子动力学结果显示配体能在受体的结合口袋中稳定存在,同时具备较为稳定的对接构象。结论：基于分子对接技术和分子动力学虚拟筛选潜在的抗癌靶点c-MET的小分子抑制剂,为研发抗癌海洋药物提供科学指导与理论依据。     

组合分子模拟技术快速筛选天然呫吨酮类α-葡萄糖苷酶抑制剂

目的 筛选可能具有α-葡萄糖苷酶抑制活性的天然呫吨酮类化合物.方法 构建HipHop药效团模型,以最优药效团模型筛选天然产物数据库(TCMD);匹配较好的化合物进行CDOCKER分子对接,得到4个结合情况较好的呫吨酮类化合物;进一步采用分子动力学模拟验证化合物结合的稳定性.结果 3个呫吨酮化合物与α-葡萄糖苷酶结合较为...     

基于分子对接技术靶向PPARγ的降糖药物虚拟筛选

目的:筛选出特异性靶向PPARγ的配体,为降糖药物的研发提供思路.方法:以核受体PPARγ配体结合区域的晶体结构作为靶点,运用Schrodinger分子对接技术虚拟筛选Drugbank中老药分子化合物,结合打分值以及化合物与靶蛋白受体的相互作用模式优化筛选结果,获得具有降糖潜在活性的小分子化合物.结果:经过SP和XP两...     

采用药效团模型和分子对接方法筛选新型的组蛋白甲基转移酶G9a抑制剂

目的利用药效团模型和分子对接方法对商业化合物库ChemDiv中的G9afocused-libraries进行筛选,希望发现新骨架结构的G9a抑制剂。方法首先,使用Discovery studio 3.1软件分别构建基于配体的药效团模型和基于配体-受体复合物的药效团模型,并根据构建的2个模型再重新定义2个新的药效团模型。然后,构建测试集并测试药效团模型的预测能力。最后,选取最优药效团模型对G9afocused-libraries进行筛选,对筛选出的化合物使用CDOCKER分子对接进行分析与评价。结果测试结果显示,所构建的药效团模型具有一定的预测能力,通过该药效团筛选得到了2个结构新颖的潜在的G9a抑制剂。结论所构建的药效团模型具有一定的可靠性,虚拟筛选发现的G9a抑制剂还需进一步的实验证明。     

基于分子对接研究黄酮及异黄酮类化合物与G-四链体DNA的相互作用

摘要：目的:探讨端粒G-四链体DNA稳定剂黄酮及异黄酮类化合物的作用模式,进而确立比较可靠的化合物分子对接模型用于后续研究。方法:以两个具有与黄酮及异黄酮相似结构配体的G-四链体DNA晶体为受体,将文献中报道了活性的黄酮及异黄酮类化合物经过能量优化后作为配体,采用SYBYL-X 2.0的对接模块进行分子对接。通过对接总评分与活性数据对比来分析对接模型的合理性,同时研究化合物与G-四链体DNA的相互作用。结果:分子对接软件计算出的总评分与化合物活性数据比较匹配,预测的受体-配体间相互作用对化合物结构优化具有较好的参考意义。结论:通过分子模拟及结果分析建立了比较合理的对接模型,在下一步工作中可应用该模型进行虚拟筛选,指导化合物设计。     

基于UPLC-Q-TOF-MS/MS与网络药理学探讨夏枯草茎叶抗炎有效成分及其作用机制

目的 基于超高效液相色谱–四极杆飞行时间串联质谱（UPLC-Q-TOF-MS/MS）、网络药理学、分子对接及分子动力学模拟探究夏枯草茎叶总酚抗炎有效成分及其作用机制。方法 采用UPLC-Q-TOF-MS/MS技术对夏枯草茎叶水提物中成分进行分析;使用Swiss Target Prediction、GeneCards和OMIM数据库筛选夏枯草抗炎作用对应的靶点;使用STRING数据库和Cytoscape软件构建关键靶点蛋白相互作用（PPI）网络;通过Metascape数据库对关键靶点进行基因本体论（GO）功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析;通过TCMSP、PDB数据库对已鉴定的成分与核心靶点进行分子对接;采用amber18软件包,取对接结合能前3位的对接复合物分别进行200 ns的分子动力学模拟。结果 共鉴定出异迷迭香酸苷、紫草酸、染料木素、槲皮素和丹参酚酸Y等22个化合物,其中酚酸类16种,黄酮类6种。基于鉴定出的化合物通过网络药理学得到502个潜在抗炎靶点,PPI分析发现肿瘤蛋白（TP53）、信号传导和转录激活蛋白3(STAT3)、转录因子AP-1(JUN)、...     

基于配体共同特征探究胃复春干预FD“物质-靶点-效应”

目的：基于胃复春已发表入血成分及计算机结构化学技术，探究胃复春治疗功能性消化不良（FD）核心“物质-靶点-效应”。方法：基于已发表胃复春入血成分信息，采用网络药理学筛选胃复春干预FD核心通路，通过“通路-靶点”互作筛选关键靶点，基于配体共同特征构建关键靶点药效团模型并优化。将靶点模型与对应化合物进行筛选、预测活性，结果采用分子对接进一步验证。结果：获取胃复春入血成分77个，化学结构分析结果显示以二萜类化合物为主，其次为黄酮类皂苷、三萜类化合物等。网络药理学分析结果显示，胃复春通过干预PI3K-Akt、钙离子、神经活性配体-受体相互作用、EGFR酪氨酸激酶、胆碱能突触等通路起效，“通路-靶点”互作显示核心靶点有EGFR、HTR2、MTOR、CHRM1/2/3、MYC、PIK3CA、AKT1、NOS3等，药效团筛选及分子对接验证显示，异金雀花素、人参皂苷Rb1、人参皂苷Rf、Melissoidesin U、MelissoidesinO、Pomiferin F、橘皮素、冬凌草素等为潜在起效物质，通过调节内脏高敏、胃肠动力及改善情绪状态治疗FD。结论：本研究基于公开胃复春复方入血成分，通过分子...     

野菊花中黄酮类成分抗炎活性的虚拟筛选

目的 前期研究及文献报道均表明野菊花黄酮类成分有明显抗炎活性,但其药效物质基础和作用机制尚未明确。该研究应用分子对接技术虚拟筛选野菊花黄酮抗炎活性的药效物质。方法 搜集现已分离鉴定的34个野菊花黄酮类化合物组成配体数据库,选择IκB激酶β（IKK-β）、P38、环氧合酶 2 （COX-2）、肿瘤坏死因子（TNF）等4个与抗炎活性密切相关的靶点组成受体数据库,应用Discovery Studio 3.0 (DS3.0)软件进行分子对接。结果 通过分子对接虚拟筛选,筛选出打分总分高于阈值的黄酮类化合物共11个。结论 对比分析了原配体与野菊花黄酮作用于各靶点的主要活性位点,初步推断了野菊花黄酮抗炎活性的作用机制,为研发抗炎制剂类药物提供了一定的参考。     

基于分子模拟技术的核因子κB蛋白解离阻滞化合物筛选

目的 筛选一种可以切断核因子κB蛋白(NF-κB)解离功能的先导化合物.方法 构建NF-κB的抑制蛋白I-κB与内源性配体之间的药效团模型,使用分子对接、动力学模拟技术,找到具有可抑制NF-κB解离作用、可应用于紫外线损伤修复的先导药物.结果 经过分子动力学模拟,证实276号化合物与I-κB蛋白结合稳定,可阻断NF-κ...     

新型冠状病毒木瓜样蛋白酶抑制剂的虚拟筛选与活性验证

目的 通过分子对接的虚拟筛选和体外酶活性测试,获得具有新型骨架结构的新型冠状病毒木瓜样蛋白酶(PLpro)抑制剂.方法 利用分子对接筛选商业化合物库与自有化合物库,根据打分排序以及相互作用模式分析,挑选苗头化合物,通过荧光共振能量转移法测定化合物对PLpro酶活性的抑制效力.结果 从分子对接后的打分排序以及相互作用模式...     

分子对接技术筛选黑沙蒿中黄酮类化合物的PPAR-γ激动活性成分

目的:从黑沙蒿所含黄酮类化合物中筛选过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPAR-γ)的激动活性成分,为发现黑沙蒿中抗糖尿病药效物质提供参考。方法:以已知PPAR-γ激动药罗格列酮为阳性对照,采用分子对接技术对黑沙蒿中已分离得到的18个黄酮类化合物与PPAR-γ靶点进行一一分子对接,并对化合物与PPAR-γ靶点的对接亲和力、对接构象等进行分析比较,筛选黑沙蒿中可能的PPAR-γ激动活性成分。结果:有5个黄酮类化合物呈现了较好的对接亲和力,其中以化合物3(5,3′,4′-三羟基-7-甲氧基黄酮)亲和力最高(-8.3 kcal/mol);对接构象分析发现,黄酮类化合物A环与B环上的氧原子易与PPAR-γ配体结合域活性位点形成1个(Tyr327)或2个(Tyr327、Arg288)氢键结合,这对于黄酮类化合物与PPAR-γ的结合以及PPAR-γ构象的稳定起着重要作用。结论:采用分子对接技术进行的虚拟筛选结果表明,黑沙蒿中的黄酮类化合物(大多含有多个自由酚羟基)易与PPAR-γ形成较好的对接模式与较高亲和力,具有潜在抗糖尿病活性;本研究可为黑沙蒿治疗2型糖尿病的化学成分研究提供参考。     

基于网络药理学的升麻治疗乳腺癌作用机制研究

目的 通过构建升麻Cimicifugae Rhizoma化学成分-靶点-代谢信号通路网络，探讨其治疗乳腺癌的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和PharmMapper获取升麻化学成分与作用靶点，将其与乳腺癌疾病靶点取交集得到升麻治疗乳腺癌的作用靶点，进一步利用靶点-成分反向筛选得到治疗乳腺癌的升麻潜在活性成分；通过GeneMANIA数据库获取间接靶标和“蛋白-靶点”互作网络，并通过蛋白-蛋白相互作用筛选关键靶标；采用Cytoscape构建“成分-靶点”网络图，使用分子对接将潜在活性成分和关键靶标配对，以证实前期靶标筛选和反向药效团匹配的可靠性；通过DAVID网站对作用靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析，利用R语言和在线绘图网站（omishare tools）将结果可视化。结果 获得升麻潜在活性成分共68个，与乳腺癌相关疾病靶点48个，关键靶点为ESR1、SRC和HRAS。GO功能富集分析得到生物过程（BP）条目484条，细胞组成（CC）条目7条，分子功能（MF）条目75条。KEGG通路富集筛选获得到21条信号通路。分子对接结果显示关键靶标与升麻潜在活性成分匹配性较好。结论 升麻主要通过作用于ESR1、SRC、HRAS等靶点，调节癌症通路、蛋白多糖通路和雌激素信号通路等起到治疗乳腺癌的作用。     

小分子PB2蛋白抑制剂的虚拟筛选及初步活性研究

目的 通过药效团模型和分子对接筛选具有新型骨架的PB2蛋白抑制剂,并初步研究其活性.方法 利用HipHop程序建立PB2蛋白抑制剂的药效团模型,并利用该模型筛选Chemdiv数据库;对匹配较好的化合物利用CDOCKER进行筛选排序,挑选排序靠前的6个化合物,通过差示扫描量热法和Biacore体外活性测试方法进行生物活性...     

基于网络药理学和分子对接探讨八珍汤治疗乳腺癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨八珍汤防治乳腺癌的分子机制。方法 利用数据平台筛选八珍汤活性成分,利用数据库筛选乳腺癌相关靶点。以软件构建“药物-化合物-靶点”网络,并用分子对接验证有效成分与靶点亲和力。结果 筛选出八珍汤有效成分2 336个,潜在靶点211个。分子对接结果显示活性成分槲皮素、柚皮素、山柰酚与关键靶点ATK1、CASP3具有良好亲和力。结论 初步明确八珍汤治疗乳腺癌的作用机制是通过山柰酚、槲皮素、柚皮素等活性成分作用于AKT1、CASP3等关键靶点。     

基于网络药理学和分子对接研究广藿香治疗胃癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨广藿香治疗胃癌的活性成分及潜在的作用机制。方法 经TCMSP平台筛选和文献挖掘收集广藿香的主要活性成分,通过GeneCards数据库筛选出胃癌的靶点,利用R语言编程将化合物作用靶点与疾病靶点映射,构建化合物-靶点网络图。应用String数据库、R语言编程结合Cytoscape 软件构建胃癌靶点蛋白相互作用网络并进行分析。应用Metascape网站进行基因本体论（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。应用DS软件对广藿香活性成分与胃癌靶点进行分子对接验证。结果 广藿香中含有7个主要活性成分,对应胃癌的143个靶点,主要通过AKT1、IL-6、EGFR、MMP9、VEGFA、CASP3、MARK1等关键靶点发挥疗效,主要作用途径为癌症途径、IL-17信号通路、铂耐药、NF-κB信号通路、癌症中的转录失调、血管内皮生长因子信号通路等。至少有5个活性成分可与核心靶点AKT1相互作用,其中槲皮素7-O-β-D-葡萄糖苷与AKT1的结合最为稳定。结论 广藿香治疗胃癌具有多靶点和多通路的潜在作用机制。     

基于网络药理学研究花贝消痤汤治疗痤疮的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接技术探索花贝消痤疮汤治疗痤疮的分子机制。方法 通过TCMSP及ETCM数据库筛选花贝消痤汤主要活性成分并通过SwissTargetPrediction网站进行靶点预测;同时从Gene Card数据库、Disgent数据库、TTD数据库筛选痤疮的相关靶点;成分靶点与疾病靶点映射后使用String网站及Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;通过Metascape数据库进行GO与KEGG分析;Cytoscape 3.9.1软件构建药物-成分-靶点-通路网络图;采用分子对接技术对潜在活性成分与关键靶点进行匹配。结果 从花贝消痤汤中筛选出207个活性成分和1 722个潜在靶点,其中70个核心靶点20条通路与其治疗痤疮有密切关系,分子对接结果显示药物有效成分与其关键靶点都具有良好的结合活性。结论 花贝消痤汤治疗痤疮具有生物学支撑。不同的蛋白存在协同作用,其中SRC、MAPK1、STAT3、RELA、RXRA、EP300、NFKB1、NFKBIA等靶点起着关键作用。生物过程主要涉及激素合成、内分泌调节、血管生成、细胞信号传导、炎症反应等方面,...