独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎的网络药理学机制及实验验证

【目的】应用网络药理学及分子对接技术探讨独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎（KOA）的作用机制，并通过体外实验进行验证。【方法】检索TCMSP、中国药典、BATMAN-TCM数据库获取独活、牛膝的活性成分，筛选去重后应用TCMSP数据库确定作用靶点，运用GeneCards和OMIM数据库筛选KOA相关的靶点。采用Cytoscape构建药物活性成分-KOA-靶点网络模型并进行分析；运用STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络，通过R 4.0.2软件对交集靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集；运用AutoDockTools对前5位的核心靶点进行分子对接。进而通过体外细胞实验验证有效成分槲皮素对核心靶点的调控作用。【结果】通过筛选得到14个有效活性成分、171个活性成分靶点、2 040个KOA靶点和99个交集靶点。GO分析结果显示独活-牛膝药对治疗KOA关键靶点的生物功能主要涉及炎症反应、细胞代谢、调节蛋白激酶及磷酸酶活性等。KEGG通路主要富集到肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示独活...     

基于网络药理学和分子对接法探索玉屏风散治疗非小细胞肺癌作用机制研究

目的:通过网络药理学和分子对接法,分析玉屏风散治疗非小细胞肺癌的作用机制。方法:检索相关文献和TCMSP数据库,查询玉屏风散的化学成分和作用靶点,查询Genecards、OMIM、DisGeNET、Drugbank等疾病数据库,以"non-small cell lung cancer"为关键词搜索疾病相关靶点,选取与玉屏风散靶点的交集靶点作为研究靶点,采用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络图。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图,进一步通过拓扑参数筛选出治疗核心靶点,并进行GO分析和KEGG信号通路富集分析,最后加以分子对接验证。结果:筛选得到玉屏风散37个活性成分,与疾病共同靶点146个,核心靶点44个。GO分析和KEGG分析表明核心靶点参与影响血管生成、细胞增殖等多种生物过程,作用于AGE-RAGE、IL-17、TNF、MAPK等多种信号通路,分子对接显示核心化合物与靶点具有良好的对接活性。结论:网络药理学分析显示玉屏风散治疗非小细胞肺癌涉及多靶点,多通路作用机制,药物与靶点具有良好的对接活性,可为后续试验研究提供理论依据。     

芪莲舒痞方治疗慢性萎缩性胃炎的网络药理学研究

目的:基于前期研究基础通过网络药理学方法系统探讨芪莲舒痞方治疗慢性萎缩性胃炎的功效网络,并用分子对接方法进行验证。方法:利用中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP)获取芪莲舒痞方的有效成分及靶点网络,利用在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、疾病相关基因与突变位点数据库(DisGeNET)、人类基因数据库(GeneCards)、疾病基因搜索引擎(DigSee)获取慢性萎缩性胃炎的相关靶点,靶点映射获取芪莲舒痞方与萎缩性胃炎的共同靶点,运用Cytoscape 3.6.2可视化处理,进行基因本体论(GO)生物学过程分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。运用MOE:Dock模块进行分子对接验证。结果:共获得槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、豆甾醇等64个有效成分,白细胞介素-6(IL-6)、人类抑癌基因p53(Tp53)、肿瘤坏死因子(TNF)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-1β(IL-1β)、表皮生长因子受体(EGFR)、表皮生长因子(EGF)等52个共同靶点,经GO富集分析得到生物学过程143个,细胞组分13个,分子功能19个,经KEGG富集分析得到88条相关通路,其中主要与癌症相关通路、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路、TNF信号通路、低氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路密切相关。分子对接发现靶蛋白与重要化学成分结合能力较强。结论:芪莲舒痞方具有多成分、多靶点、多通路的特点,此为治疗慢性萎缩性胃炎的作用基础。     

基于网络药理学探讨银翘散治疗上呼吸道感染的作用机制*

目的运用网络药理学预测银翘散治疗上呼吸道感染（upper respiratory tract infection,URTI）的潜在靶点及作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选银翘散中的有效活性成分及相关靶点,采用OMIM数据库和GeneCards数据库检索URTI疾病相关靶点,继而获取银翘散和URTI的交集靶点,结合STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络,应用Cytoscape软件实现“成分-疾病-靶点”网络的可视化,并通过DAVID数据库进行基因本体论（GO）富集分析与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,预测其可能的作用机制。结果 银翘散共有150个活性成分和117个“药物-疾病”共同靶点,主要活性成分包括了连翘脂、木犀草素、槲皮素、山柰酚、连翘醇、豆甾醇等,关键靶点主要涉及IL-6、TP53、MAPK1、APP、VEGFA、TNF等基因。靶点富集分析结果表明,GO功能相关条目479个,主要涉及炎症、应激反应、免疫应答、信号传导等方面;KEGG相关通路121条,主要涉及Toll样受体信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路和PI3K/Akt信号通路等。结论 银翘散主要作用于IL-6、TP53、MAPK1、TNF等核心靶点,通过抗炎、抗病毒和调节免疫等相关通路来发挥治疗上呼吸道感染的作用。     

基于数据挖掘和网络药理学研究中药免疫增强剂的作用机制及用药规律

目的 采用数据挖掘的方法探究复方专利处方中用于增强免疫力的中药配伍规律,并运用网络药理学、分子对接技术分析其中核心药物的潜在作用机制。方法 挖掘国家知识产权局中药增强免疫力的复方专利数据,进行中药频次、关联规则以及复杂网络分析,并筛选出核心药物。利用TCMSP平台筛选核心药物活性成分并进行靶点预测,于疾病数据库OMIM、DrugBank、GeneCards、Uniprot筛选免疫力相关靶点,获取核心中药与免疫力的交集靶点;对交集靶点进行蛋白互作(PPI)分析和基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用分子对接技术对药物活性成分、关键靶点进行验证。结果 分析中药复方专利得出5味核心药物：黄芪、人参、枸杞子、茯苓、当归,有效活性成分对应靶点214个,1 784个免疫力相关靶点,交集靶点55个,关键作用靶点有RELA、TNF、TP53、IL-6。GO分析结果显示主要调控对细菌起源分子的反应、对脂多糖的反应、对生物刺激的反应等。KEGG通路160条,主要涉及脂质与动脉粥样硬化、南美洲锥虫病、TNF信号通路、癌症通路等多条信号通路。分子对接结果显示,槲皮素、山柰...     

基于网络药理学研究金银花干预心力衰竭的作用机制

目的：运用网络药理学方法研究金银花干预心力衰竭的主要活性成分及潜在靶点,探讨金银花干预心力衰竭的作用机制。方法：利用TCMSP数据库检索关于金银花中的化合物,口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18作为筛选金银花活性成分的标准。在Genecards数据库和OMIM数据库中输入关键词—“Heart Failure”,筛选心力衰竭相关靶点。将金银花作用的靶点与心力衰竭相关的靶点取交集,得到金银花干预心力衰竭的靶点。通过STRING数据库构建交集基因的蛋白互作网络（PPI）,应用Cytoscape3.8.2软件分析PPI网络中核心靶点,然后进行基因GO功能和KEGG 通路富集分析,构建“成分-靶点-通路”网络。使用Autodock Vina 1.2.0、Discovery Studio 2021、PyMol 2.2进行分子对接,验证网络药理学分析结果。结果：检索TCMSP 数据库得到金银花的23个化学活性成分,共有213个与心力衰竭相关的作用靶点。经GO功能和KEGG 通路富集分析显示,金银花主要参与癌症通路、内分泌抵抗等多种生物途径,主要涉及PI3K-Akt信号通路、cAMP 信号通路、TNF信号通路等。通过构建“成分-靶点-通路”网络,显示金银花干预心力衰竭的主要成分是secologanicdibutylacetal_qt和dinethylsecologanoside,排名较高的靶点有AKT1、PIK3R1、PIK3CA。分子对接结果显示上述两种成分与AKT1和PIK3R1结合活性较好。结论：金银花的主要活性成分secologanicdibutylacetal_qt和dinethylsecologanoside可能是通过参与调节AKT1、PIK3R1基因,干预PI3K-Akt 、cAMP、TNF等信号通路实现多靶点、多通路干预心力衰竭。     

基于网络药理学探讨桑枝降压的作用机制

目的:采用网络药理学探讨桑枝治疗高血压的作用机制.方法:通过TCMSP、Batman-TCM、化学专业数据库和CNKI收集桑枝的化学成分,并通过Swiss Target Prediction数据库收集成分相关靶点;通过GeneCards、OMIM等数据库得到与高血压有关的疾病靶点.取成分靶点与疾病靶点的交集,得到交集靶点;利用String数据库和Cytoscape3.7.1软件,筛选并构建交集靶点相互作用网络;并利用String数据库对交集靶点进行PPI分析、GO分析和KEGG通路分析,并通过Cytoscape软件对结果进行可视化;最后对活性成分与关键靶点进行分子对接验证.结果:通过筛选得到桑枝活性成分18个,潜在作用靶点336个,其中与高血压有关的交集靶点87个;共获得545条GO分析条目和160条KEGG信号通路,分别主要涉及血压调节、调节血管大小等生物过程以及cGMP-PKG信号通路、Rap1信号通路、PI3K/Akt信号通路 、Ras信号通路等信号通路;分子对接结果显示18个活性成分与14个关键靶点相结合,其中16个活性成分与其相应关键靶点具有较好结合活性.结论:桑枝可能通过作用于与舒张血管、细胞凋亡等相关的靶点和通路,发挥治疗高血压的作用.     

基于网络药理学和分子对接探究苓桂术甘汤治疗多囊卵巢综合征的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探究苓桂术甘汤治疗多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome, PCOS)的作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库TCMSP和已发表文献筛选苓桂术甘汤方有效活性成分,通过在线人类孟德尔遗传数据库(GeneMap)、DisGeNET数据库、人类基因数据库(Gencards)以及DrugBank数据库检索PCOS的靶点。利用Venny 2.1.0在线平台获取药物疾病交集靶点。运用Cytoscape 3.9.1软件构建“药物-活性成分-潜在靶点”网络图。通过STRING数据库构建PPI网络图。依托DAVID数据库对药物疾病交集靶点进行KEGG富集分析和GO的生物功能分析。借助Chem 3D、AutoDock Tools、Vina 1.1.2以及Pymol软件对药物关键活性成分和疾病的重要靶点进行分子对接。结果 共筛选出交集靶点348个,核心靶点11个,对应着4种中药的144个有效活性成分。通过GO分析得到1660条生物过程。KEGG富集分析得到187条信号通路。将药物关键活性成分及疾病关键靶点进行分子对接。结论 苓桂术甘汤中的关键成分通...     

基于网络药理学和分子对接探讨裘氏二藤汤治疗慢性盆腔炎的机制

[目的] 基于网络药理学和分子对接方法,探讨二藤汤的有效成分治疗慢性盆腔炎的机制。[方法] 利用TCMSP和TCMID数据库筛选出二藤汤有效成分及其靶点,运用Uniprot数据库获取标准化的靶点名称,同时,利用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点”网络。通过GeneCards、OMIM数据库收集慢性盆腔炎靶点,同时,利用Venny 2.1.0获取“药物-疾病”的交集靶点并绘制韦恩图,通过STRING平台构建PPI网络图,并运用Cytoscape 3.7.2软件中CytoNCA插件筛选关键靶点。利用Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路的富集分析。最后,利用AutoDock Vina 1.1.2对关键靶点和活性成分进行分子对接。[结果] 通过筛选共获得231个活性成分,211个“药物-疾病”交集靶点;GO分析获得2538个条目,分别为2174个BP,233个MF及131个CC条目。KEGG分析得到209条信号通路;分子对接结果显示关键靶点与核心活性成分具有较好的结合活性。[结论]二藤汤通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性盆腔炎。     

基于锦灯笼对白血病作用机制的网络药理学和分子对接技术的生物信息学分析

目的 基于网络药理学探讨锦灯笼（PCF）在白血病发生发展过程的作用,阐明其生物活性成分主要作用靶点和信号通路相关机制。 方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库以“锦灯笼”为关键词检索其生物活性成分及对应的潜在靶点,并采用蛋白质数据库（PDB）和小分子药物靶点预测在线平台（Swiss Target Prediction）网站对其潜在靶点进行评估预测。采用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库以“Leukemia”为关键词对相关靶点进行检索。利用Draw Veen Diagram在线软件将PCF生物活性成分靶点与白血病靶点交集,得到的交集靶点即为PCF作用于白血病的靶点;利用基因/蛋白相互作用检索搜查工具（STRING）数据库获取交集靶点蛋白的蛋白-蛋白互作（PPI）网络信息并进行可视化处理;采用注释可视化和集成发现数据库（DAVID）对交集基因进行基因本体（GO）生物功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行拓扑分析筛选核心靶点和核心活性成分,采用 AutoDock 和PyMol软件进行分子对接验证。 结果 对TCMSP数据库检索结果进行筛选后得到6个PCF活性成分,收集PCF与白血病的共同靶点29个。GO富集分析主要涉及造血或淋巴器官的发育、蛋白代谢调控和细胞凋亡等生物进程;KEGG信号通路富集分析主要包括癌症通路、肿瘤坏死因子 （TNF）和T细胞受体 （TCR） 等信号通路。拓扑网络分析得到蛋白激酶B1 （AKT1）、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3 （Caspase-3） 等10个核心靶点,结合KEGG信号通路筛选出核心活性成分谷甾醇和禾本甾醇。分子对接,PCF活性成分谷甾醇与原癌基因 JUN及禾本甾醇与AKT1和Caspase-3对接能均<－6.0 kcal·mol^－1,表明对接较好。 结论 PCF的主要活性成分谷甾醇和禾本甾醇可能通过调控JUN、AKT1和Caspase-3等基因参与癌症通路和TCR等信号通路,进而影响白血病的发生发展。     

基于网络药理学探讨三拗汤治疗咳嗽变异型哮喘的作用机制

  目的  根据网络药理学方法对三拗汤治疗咳嗽变异型哮喘的作用机制进行探讨。  方法  利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对三拗汤中有效成分进行筛选及靶点预测，检索GeneCards、OMIM数据库筛选CVA疾病靶点，借助网络拓扑分析插件CytoNCA筛选三拗汤治疗CVA核心靶点，使用Cytoscape 3.7.1建立化合物-疾病-靶点调控网络，基于DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。  结果  基于TCMSP得到三拗汤的114个有效成分和254个潜在靶点，筛选获得与CVA疾病发生、发展相关的靶点2 257个，借助网络拓扑分析插件CytoNCA筛选得到三拗汤治疗CVA的核心靶点28个，GO功能富集分析得到条目328个，其中生物过程条目264个、分子功能条目46个、细胞组成条目18个，主要包括细胞凋亡、脂多糖反应、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)活性、一氧化氮合酶活性等功能途径；KEGG通路富集分析得出条目115个，主要包括MAPK信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、Th17细胞分化等通路途径。  结论  基于网络药理学初步探讨并验证了三拗汤治疗CVA多成分、多靶点、多通路的整体调节作用特点，预测了三拗汤治疗CVA的潜在作用机制，以期为其活性成分研究与实验研究提供科学依据。      

基于网络药理学探讨益骨汤防治骨质疏松症的靶标和机制研究

  目的  探讨益骨汤防治骨质疏松的物质基础及其靶标,阐明益骨汤防治骨质疏松症的潜在靶点和作用机制。  方法  通过TCMSP等数据库筛选益骨汤组分中的活性成分及其作用靶点。通过OMIM、GeneCards等数据库预测益骨汤治疗骨质疏松症的相关靶点,构建“药物-成分-靶点-疾病”网络。利用Cytoscape软件构建益骨汤组分治疗骨质疏松症的成分作用靶点网络,采用STRING数据库构建PPI网络,利用通过生物学信息注释数据库分析靶点的GO富集和KEGG信号通路。  结果  共纳入益骨汤6味中药相关的有效活性成分159个,589个药物靶标,按照君臣佐使配对,其中334个靶点有相互作用关系;蛋白互作分析提示INS、AKT1、IL6、MAPK3、VEGFA等为蛋白互作网络中的核心靶点;靶标富集结果显示3 148个GO术语被显著富集(均P < 0.05);PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、cGMP-PKG信号通路、Wnt信号通路、破骨细胞分化等175个信号通路被显著富集(均P < 0.05)。  结论  中药复方君臣佐使配伍可以转换为靶标相互作用的化合物形式,阐明益骨汤的物质基础及配伍机制。益骨汤组分靶标和通路不仅具有调节成骨细胞和破骨细胞功能的双重作用,还通过影响和干预骨微循环境,体现补肾健脾活血法治疗骨质疏松的物质基础,符合骨质疏松的病理生理机制。      

基于网络药理学探究黄芪白术药对治疗骨质疏松性骨折的作用机制

目的:基于网络药理学探讨黄芪白术药对治疗骨质疏松性骨折(osteoporotic fracture, OPF)的潜在作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选黄芪、白术的活性成分及作用靶点,检索与疾病靶点有关的GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选OPF的作用靶点,进而筛选黄芪、白术与OPF的交集核心靶点,并运用Cytoscape 3.7.1软件构建化合物靶点疾病网络,基于DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果:基于TCMSP数据库筛选黄芪白术治疗OPF的活性成分19个和交集靶点115个；GO功能富集分析得到条目568个,其中生物过程条目433个、细胞组成条目43个、分子功能条目92个；KEGG通路富集分析得出条目111个,主要包括糖尿病并发症中的AGE-RAGE、IL-17、TNF、前列腺癌、Toll样受体、HIF-1、NF-κB等信号通路。结论:黄芪白术药对可能通过调控TNF、NF-κB、HIF-1等信号通路,发挥调控炎症反应以及破骨细胞和成骨细胞的内在平衡作用,从而对OPF产生治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接分析参附汤治疗房颤的作用机制

  目的  基于网络药理学和分子对接技术,探索参附汤治疗房颤的作用机制。  方法  2020年3—4月通过TCMSP数据库筛选参附汤的活性成分以及相关靶点,并在Uniprot数据库中对相关靶点进行注释并得到基因名;在OMIM和Pharmgkb等数据库,获取房颤相关的靶点;由R软件对房颤及其与参附汤有效成分靶点取交集,获得关键治疗靶点;利用String数据库构建PPI网络,并将结果导入Cytoscape软件中构建“活性成分-作用靶点-疾病”网络和进行拓扑分析,获得核心靶点;随后在DAVID数据库对关键靶点进行GO功能注释及KEGG富集分析,最后通过AutoDock Vina软件对关键成分和核心靶点进行分子对接。  结果  获得参附汤靶点101个,房颤靶点3 219个,交集后获得65个共有靶点,拓扑分析发现NFKBIA、RELA、IL1B、JUN、STAT1、MAPK8是参附汤治疗房颤的核心靶点;GO提示主要靶点涉及电压门控钙通道活性、钙离子传输以及活性氧代谢等生物学过程;KEGG提示主要靶点通过cGMP-PKG、cAMP、钙通道以及PI3K-Akt等信号通路参与治疗房颤;分子对接结果显示核心靶点蛋白与对应参附汤活性成分具有较好的结合稳定性。  结论  参附汤治疗房颤具有“多成分-多靶点-多通路”的作用特点,可能与NFKBIA、RELA、IL1B、JUN、STAT1、MAPK8靶点相关,其具体机制尚需分子生物实验印证。      

黄龙止咳颗粒治疗哮喘的网络药理学研究及实验验证

  目的  结合网络药理学方法和实验验证探讨黄龙止咳颗粒治疗哮喘的作用靶点及潜在机制。  方法  借助TCMSP、TCMID、Swiss Target Prediction等数据库检索黄龙止咳颗粒的化学成分和作用靶点。通过GeneCards、OMIM、Disgenet、Drugbank数据库筛选出哮喘的疾病靶点。使用Cytoscape软件构建“药物-成分-靶点-疾病”的网络图和潜在靶点的相互作用关系, 通过富集分析预测作用机制。构建哮喘小鼠模型, 通过病理染色, ELISA检测, qPCR及Western blot来验证网络药理学富集分析结果。  结果  共获得黄龙止咳颗粒中175种活性成分、1 026个药物靶点, 哮喘900个疾病靶点, 得到药物-疾病共同靶点153个, GO富集分析共得到条目1 967个, KEGG通路富集筛选出包括TNF信号通路在内的共计84条信号通路。动物实验表明, 黄龙止咳颗粒能有效改善哮喘小鼠的气道炎症, 并通过影响TNF信号通路从而抑制MAPK和NF-κB信号通路。  结论  该研究初步揭示了黄龙止咳颗粒治疗哮喘的作用机制, 为临床用药和后续研究提供参考依据。      

基于网络药理学和分子对接技术研究八珍益智方治疗阿尔茨海默病的潜在作用机制

目的 利用网络药理学方法及分子对接技术,研究八珍益智方治疗阿尔茨海默病（Alzheimer's disease,AD）的潜在药效物质基础和作用机制,为其临床应用提供理论依据。方法 通过TCMSP、BATMAN-TCM、TCMID、中国知网（CNKI）和Pubmed数据库检索八珍益智方8味组方药材化学成分和作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库查询AD的相关靶点;利用R语言3.6.3得到药物和疾病的交集靶点;借助String数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络,筛选核心靶点;通过DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2进行分子对接。结果 八珍益智方共收集到200个化学成分和226个靶点,Cytoscape 3.7.2软件筛选出包括AKT1、MAPK3、IL-6、VEGFA、CASP3等37个核心靶点,槲皮素、山柰酚、柚皮苷、豆甾醇、7-甲氧基-2-甲基异黄酮等15个核心化合物。GO富集分析得到1 331个条目（P<0.05）,KEGG通路富集得到相关通路65条（P<0.05）。分子对接结果显示15个核心化合物和AKT1、MAPK3、IL-6、VEGFA、CASP3具有较好的亲和力。结论 八珍益智方治疗AD的通路主要涉及癌症的途径、MAPK信号通路、前列腺癌、神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路等,研究结果为八珍益智方治疗AD作用机制的进一步阐明提供了指引。      

硫利达嗪抗宫颈癌的潜在作用机制

目的 运用生物信息学分析,探讨硫利达嗪抗宫颈癌的潜在作用机制.方法 通过PharmMapper工具预测能够与硫利达嗪相互作用的靶基因,然后使用STRING在线工具对靶基因进行通路和组织表达富集分析.使用GeneCards和DisGeNET数据库筛选宫颈癌相关基因,与硫利达嗪的靶基因取交集,得到硫利达嗪可能作用于宫颈癌的...     

基于网络药理学研究六君子汤治疗年龄相关性黄斑变性的机制

  目的  通过网络药理学分析六君子汤治疗年龄相关性黄斑变性(AMD)的靶点和信号通路,并探讨其作用机制。  方法  从中药网络药理学数据和分析平台(TCMSP)搜索六君子汤6味中药的化学成分,并筛选出可能活性成分;在Swiss Target Prediction数据库查询活性成分的对应靶点;使用DrugBank、TTD和OMIM数据库收集AMD的疾病靶点;Venny分析得到活性成分和疾病的共同靶点;从String数据库获取共同靶点的蛋白相互作用信息,使用Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络和活性成分-靶点相互作用网络;通过David数据库进行共同靶点基因功能GO和KEGG通路富集分析;采用SD大鼠制备含药血清,通过ARPE-19细胞,验证六君子汤对关键信号通路的影响。  结果  获得六君子汤活性成分154个、对应靶点934个,AMD疾病靶点266个,两者共同靶点92个;蛋白相互作用网络分析得到37个主要靶点,活性成分-靶点网络分析获得39个关键活性成分;GO分析获得277个生物过程条目,主要富集在转录因子结合、丝氨酸/苏氨酸激酶活性、蛋白质磷酸化、蛋白激酶C活性、蛋白激酶活性、蛋白脱乙酰酶活性、蛋白自磷酸化、肽-丝氨酸磷酸化、NAD依赖的组蛋白脱乙酰酶活性、MAP激酶活性等。KEGG通路分析产生107个条目,主要富集在VEGF信号通路、Toll样受体信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、NOD样受体信号通路、催乳素信号通路、神经营养素信号通路、MAPK信号通路、炎症介质对TRP通道的调节等;六君子汤对氧化损伤ARPE-19细胞有保护作用,能下调VEGF、AKT、ERK1/2及p38蛋白表达。  结论  六君子汤是通过多组分、多途径、多靶点发挥治疗AMD的作用,潜在机制是影响细胞增殖和迁移、细胞凋亡、血管形成、炎症过程。      

基于数据挖掘的马齿苋治疗非酒精性脂肪肝机制研究

  目的  探讨马齿苋治疗非酒精性脂肪肝(non-alcoholic fatty liver disease, NAFLD)的分子基础与作用机制。  方法  通过TCMSP、Drug Bank、Uniprot等数据库,筛选出马齿苋的有效活性成分及其作用靶点。利用Drugbank、OMMI、GeneCards等数据库找出与NAFLD相关的基因靶点,最后取两者交集。最后利用DAVID数据库进行KEGG和GO富集分析。  结果  通过筛选得出马齿苋有10种有效成分,其中槲皮素、山奈酚、木犀草素、β-谷固醇、β-胡萝卜素是主要活性成分。共得到85个关键交集靶点,其中肿瘤坏死因子(TNF)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶(CASP)、Ser/Thr蛋白激酶(AKT1)、炎症趋化因子(CCL2)为重要靶点。DAVID富集分析显示,GO功能分析主要参与调控炎症反应(P < 0.001)、细胞缺氧(P < 0.001)、凋亡(P < 0.001)、相似蛋白质结合(P < 0.001)、蛋白质二聚化活性(P < 0.001)、细胞因子活性(P < 0.001)等方面。KEGG富集分析主要与TNF(P < 0.001)、细胞凋亡(P < 0.001)、TLR(P < 0.001)、NF-κB(P < 0.001)等信号通路有关。  结论  本研究通过初步探讨马齿苋治疗NAFLD的潜在靶点和相关信号通路,为进一步深入揭示其作用机制及开发马齿苋功能性食品提供了理论依据。      

基于网络药理学和分子对接探讨白及治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:探讨中药白及治疗溃疡性结肠炎的潜在作用机制。方法:在中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCSMP)上获取白及的有效活性成分和作用靶点,通过GeneCards、OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)、Disgent数据库中检索溃疡性结肠炎的疾病靶点,进一步获取药物和疾病的共同靶点,使用Cytoscape软件构建相关网络图,利用STRING数据库对供电靶点进行PPI分析并筛选出核心靶点,利用R语言进行GO和KEGG富集分析靶点的生物学过程和相关通路,最后针对核心靶点和关键成分进行分子对接。结果:筛选得到9个活性成分,疾病靶点共1159个,通过拓扑分析得到核心靶点10个。GO富集分析得到BP、CC、MF条目共30条,KEGG富集分析得到相关信号通路20条。分子对接提示活性成分和核心靶点对接构想稳定。结论:白及治疗溃疡性结肠炎主要与抗炎、调节免疫、促进溃疡愈合等功能相关,作用机制主要涉及PI3K/Akt、Rap1、MAPK等信号通路。