长链非编码RNA的研究进展

长链非编码RNA (long non-coding RNA, LncRNA)是真核细胞中一类转录本长度超过200 nt的非编码RNA分子,无或很少有蛋白编码功能,在哺乳动物基因组普遍被转录.LncRNA曾经被认为是转录过程中的副产物,不具有生物学功能.目前越来越多的研究证实LncRNA 具有复杂的生物学功能,并与人类疾病的发生有密切的关系.本文综述LncRNA功能及其与疾病方面的研究进展.     

LncRNA与miRNA的交互作用及调控机制对肿瘤发生与发展过程的影响

长链非编码RNA(LncRNA)被作为人类基因组中重要的调控分子之一,通过多种方式发挥其生物学调控功能。研究表明,LncRNA也可作为一种竞争性的内源性RNA与非编码微RNA(miRNA)交互作用,共同参与靶向基因的调控,对肿瘤发生与发展过程产生重要影响。同时,miRNA通过大量蛋白质编码基因靶向调控LncRNA的表达,miRNA和LncRNA在调节细胞过程均有重要作用。该文在分别介绍miRNA与LncRNA功能的基础上,总结miRNA与LncRNA交互作用及调控机制对肿瘤发生与发展过程的影响。     

大鼠坐骨神经Wallerian溃变过程中LncRNA的差异表达分析*

目的：采用分子生物学和生物信息学方法筛选大鼠坐骨神经损伤后Wallerian溃变(Wallerian degeneration, WD)过程中的关键长链非编码RNA(long none coding RNA, LncRNA),并分析该关键LncRNA分子在大鼠坐骨神经损伤过程中的作用。方法：采用Affymetrix大鼠Non Coding RNA芯片,分析大鼠坐骨神经损伤后WD过程中差异表达的LncRNA;通过实时定量聚合酶链式反应验证关键LncRNA的表达;预测关键LncRNA相关基因及功能。结果：基因芯片分析结果显示共有显著差异性LncRNA 708个和mRNA 2 649个,上调LncRNA 283个,下调LncRNA 425个。通过编码—非编码基因共表达分析和预测竞争性内源RNA(competitive endogenous RNA, ceRNA)机制,显示在WD过程中发挥作用的LncRNA,其中上调19个,下调17个。WD早期差异表达的LncRNA靶基因11个,WD后期差异表达的LncRNA靶基因31个。结论：大鼠坐骨神经损伤后,LncRNA显著差异性表达,提示LncRNA在周围神经损伤修复与再生过程中可能发挥了一定作用,为进一步分析LncRNA在神经再生中的作用提供了实验基础。     

长链非编码RNA与肿瘤的相关研究进展

随着基因组学和转录组学基因测序的发展,长链非编码RNA(long non coding RNA,LncRNA)得到了越来越多的的关注。大量研究表明LncRNA不仅仅是DNA和蛋白质之间的媒介,而且是调节细胞功能的重要角色。LncRNA可以通过多种途径调节基因表达,包括染色体重塑、转录和转录后加工。而且LncRNA的异常调控逐渐和很多疾病联系起来,特别是肿瘤。在这里笔者总结一下LncRNA领域的快速发展,描述一下LncRNA的异常调控和人类肿瘤的关系,重点关注的是长链非编码RNA的异常调控在肿瘤的特殊作用。     

长非编码RNA的进化过程

研究证实,长非编码RNA（LncRNA）具有对蛋白编码基因起表观遗传调节作用以及基因组印迹等生物学功能,和人类复杂疾病的发生和肿瘤发生及转移都有重要关系。不同的LncRNA有不同的起源进化方式,进化中长同源非编码RNA对蛋白编码基因的调控方式和作用也不一样。本文就LncRNA进化的研究进展作一综述。     

长链非编码RNA的保守性及其在非模式生物长链非编码RNA筛选中的应用

长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)的保守性表现在一级结构、空间结构、转录位置、剪接模式及组织分布等方面,是目前lncRNA研究的热点和难点.不断深入的lncRNA保守性研究可应用于参考基因组相对匮乏的非模式生物lncRNA的筛选过程,并且极大地提升了非模式生物lncRNA数据库建立的完整性和准确性.借助针对开放阅读框长度、密码子分布与出现频率、功能性结构域等保守信息开发而来的lncRNA筛选工具或流程如CPC、PLAR(pipeline for lncRNA annotation from RNA-seq data)等,已成为目前非模式生物lncRNA的筛选及其参考数据库构建的新策略.本文就lncRNA的保守性及其在非模式生物lncRNA筛选中的应用作一综述,并简要介绍了一种运用其保守性的筛选方法——PLAR.     

LncRNA在心力衰竭预后判断和治疗中的潜力研究进展

近年,有关长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)的功能研究备受关注。研究表明,LncRNA与许多人类疾病的发生发展密切相关。进一步深入研究LncRNA的生物学功能,可能为阐明许多疾病的发病过程及机制带来重大的突破,并提供可能的干预靶点。心力衰竭是多种心血管疾病的终末阶段,最近的证据表明LncRNA与心血管疾病尤其与心衰有着密切的关系,本文就LncRNA在心力衰竭预后判断和治疗中的潜力研究进展做一综述。     

长链非编码RNA在消化道肿瘤中的研究进展

长链非编码RNA(LncRNA)是一类无蛋白质编码功能的RNA分子。越来越多的证据表明,LncRNA主要通过在转录、转录后以及表观遗传水平参与基因的表达调控,并以此影响肿瘤细胞的增殖、凋亡、侵袭及转移等过程,与肿瘤发生、发展的病理生理机制及患者预后密切相关。LncRNA在人类恶性肿瘤的进展中起着非常重要的作用,但是在消化系统肿瘤的机制并不是十分确切。文章就LncRNA在消化道肿瘤中的最新的研究结果进行综述。     

长链非编码RNA与肿瘤的研究进展

基因组学研究表明,哺乳动物基因组具有广泛密集转录的特点,只有不到2％转录为蛋白质,而超过98％转录为非编码RNA(ncRNA)[1].ncRNA按其长度可分为小非编码RNA(small ncRNA)和长链非编码RNA (LncRNA).目前研究的热点仍集中于ncRNA如微小RNA (microRNA)、小干扰RNA(siRNA)等,而对于LncRNA的研究仍然处于相对陌生的领域.尽管LncRNA曾被认为是RNA聚合酶Ⅱ转录的副产物,是基因组转录的“噪音”,不具有生物学功能[2].然而近年来越来越多的研究表明LncRNA能够广泛地参与基因组调节,如X染色体失活、基因组印迹、染色质修饰、转录、剪接、翻译、降解、转运等,从而广泛参与调控个体的生长发育以及细胞凋亡、增殖、分化等生命活动,并与包括肿瘤在内的许多疾病有着千丝万缕的联系[34].现就LncRNA在肿瘤发生发展过程中的作用机制以及研究进展作一综述.     

整合调控网络分析筛选骨髓增生异常综合征ABAT基因相关长链非编码RNA SET2-1及其对细胞增殖和凋亡的影响

目的 构建具有骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndromes,MDS)特征的整合调控网络,从中筛选出调控ABAT(4-aminobutyrate aminotransferase)基因的长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA),并初步探讨其在MDS中的表达和功能....