贝母属药用贝母总DNA提取方法的比较研究

目的 比较筛选最适于贝母属药用贝母的总DNA提取方法。方法 利用试剂盒法、改良的CTAB法、改良的SDS法提取贝母属药用贝母的总DNA;通过核酸蛋白检测仪及琼脂糖凝胶电泳方法检测其浓度和纯度;进行ISSR-PCR扩增检测所得总DNA质量。结果 3种方法均可提取出产量较高的基因组DNA,但试剂盒法相较提取的总DNA纯度最高,质量最好,并且均能扩增出丰富清晰的条带,稳定性高,操作简单耗时短。改良的CTAB法、SDS法提取的总DNA纯度、质量均次于试剂盒法,操作复杂耗时长,不适用于下游的分子生物学实验。结论 试剂盒法为贝母属药用贝母总DNA提取的最佳方法,其所得样品适用于PCR及其他分子生物学研究。     

MSP扩增中3种石蜡包埋组织DNA提取方法的比较

目的比较福尔马林固定石蜡包埋组织(FFPET)中3种DNA提取方法,研究哪种方法更简便,更适合做DNA甲基化特异性PCR(MSP)。方法分别用二甲苯脱蜡法,改良TES水浴法和试剂盒法提取乳腺癌组织中的DNA,PCR扩增进行比较。结果二甲苯脱蜡法和试剂盒法提取的DNA电泳条带清晰可见,改良TES脱蜡法未见条带。结论二甲苯脱蜡法和试剂盒法提取的DNA均可用于做甲基化特异性PCR。     

毕赤酵母重组子PCR模板制备方法的比较

目的比较5种用于PCR实验的毕赤酵母(Pichia pastoris)重组子基因组DNA的制备方法,以寻求一种稳定、可靠、简便的DNA模板制备方法,用于毕赤酵母重组子的分析。方法分别用酵母基因组提取试剂盒法、蜗牛酶法、煮沸法、煮-冻-煮法、微波法制备重组毕赤酵母基因组DNA模板,在相同条件下进行PCR扩增并比较其差异。结果以5种方法制备的重组酵母DNA作为模板进行PCR,其结果均可达到鉴定酵母重组子的效果,其中酵母基因组提取试剂盒法和微波法可以鉴定酵母重组子的基因表型。结论微波法所需时间短、费用低、操作简便而且结果稳定,并能够鉴定酵母重组子的基因表型,是采用毕赤酵母表达系统进行PCR鉴定时制备模板DNA的首选方法。     

青岛市隐匿性乙型肝炎的分子流行病学调查研究

目的：由于国内目前尚无检测隐匿性乙型肝炎病毒（Occult Hepatitis B Virus;OHBV）感染的试剂盒且OHBV患者的特点是HBsAg阴性,血清中存在低水平的HBV DNA,用常规的检测方法不能检测出来;急需研制灵敏度高、特异性强的PCR方法,来探讨青岛市是否存在OHBV感染.方法 根据OHBV血清图谱的特点随机收集了OHBV可疑样本100份,采用试剂盒和酚/氯仿两种方法提取DNA,PCR扩增及其引物设计按Kanneko等的方法进行并进行了改进.结果 1.经改进的酚/氯仿法提取OHBV DNA优于试剂盒法.2.常规PCR引物组合109-588扩增,所有样品的109-588组合均无扩增产物;使用嵌套式PCR引物组合1763-1778-2017-2032进行扩增,33份样品出现了HBV特异性扩增带.3.在OHBV不同血清图谱样品中均检出OHBV DNA,总检出率为33%,其中anti-HBs＋anti-HBc阳性组中OHBV DNA检出率最高（43.33%）;anti-Hbe＋anti-HBc阳性组中OHBV DNA检出率最低（18.18%）.结论 酚/氯仿法提取OHBV DNA经改良,优于试剂盒法,常规PCR方法不能检测出OHBV DNA,而嵌套式PCR方法可达到诊断OHBV的目的.本实验首次在青岛运用自行设计的OHBV检测体系,在OHBV可疑人群中检测出OHBV DNA,为有针对性地管理OHBV传染源提供了可靠依据和检测方法.     

从极少量人血凝块中快速提取基因组DNA的方法

目的建立从极少量血凝块中快速提取基因组DNA的方法,并对其应用价值进行评价。方法分别对TIANamp基因组DNA提取试剂盒和TaKaRa全能基因组DNA提取试剂盒进行方法改良,并提取DNA,比较2种方法提取DNA的含量和纯度;并用人P450酶系的CYP3A4＊4引物对提取的DNA进行PER扩增,检测生物活性。结果用TaKaRa全能基因组DNA提取试剂盒提取的DNA在含量、纯度和生物活性上均优于用TIANamp基因组DNA提取试剂盒提取的DNA。结论应用TaKaRa全能基因组DNA提取试剂盒可以对极少量的血凝块进行基因组DNA提取,方法简便快速,在分子生物学研究中有重要的实际意义和推广价值。     

乌头霜霉病病原菌DNA提取方法初步研究

目的:微量提取乌头霜霉病病原菌DNA,为专性寄生菌的DNA提取提供技术参考,为后续分子生物学实验的展开提供理论基础。方法:无菌毛刷刷取乌头霜霉病病原菌,用OMEGA真菌DNA提取试剂盒提取DNA,用真菌通用引物ITS4/5 PCR扩增。结果:此方法提取的乌头霜霉病病原菌DNA浓度均值为122ng/μL,A260/280均值为1.82,PCR扩增产物在500bp有明亮条带。实验成功提取出了乌头霜霉菌病原菌DNA。结论:此方法提取的DNA浓度及A260/280值均能满足后期实验要求,为后续分子实验提供保障。不同组织提取的DNA经PCR扩增比较后,能够初步得出乌头霜霉病病原菌的特异性片段,能为此类专性寄生菌的DNA提取提供基础。     

乌药等4种中药饮片基因组DNA提取方法的改进

目的从乌药、云木香、枳壳、槟榔中药饮片中提取可用于RAPD扩增的高质量基因组DNA。方法采用改良CTAB法粗提基因组DNA,部分基因组DNA再进一步用试剂盒纯化,采用琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法及RAPD扩增效果进行检测并比较。结果饮片基因组DNA纯化后,以随机引物S28进行PCR扩增获得谱带更丰富、条带更清晰的RAPD条带。结论本文所建立的DNA提取方法可适合多数中药饮片基因组DNA的提取,并可进一步用于RAPD分析。     

发菜基因组DNA提取方法比较与分子鉴定研究

目的 以发菜为研究对象比较不同的提取DNA方法,筛选出了一种适合快速提取发菜DNA的方法。方法 分别利用自主研发的硅珠DNA纯化技术、细菌试DNA提取试剂盒和植物DNA提取试剂盒提取发菜基因组DNA。结果 本实验室开发的硅珠DNA提取纯化技术具有快速、无毒以及获得的发菜DNA纯度高等优势。通过PCR扩增和测序得到16S rRNA基因,利用Blast软件进行序列比对,与发菜同源性为99%。结论 本研究研制的发菜基因组DNA提取方法可用于发菜源性的分子鉴定。     

结直肠癌患者粪便细菌DNA提取方法的比较研究

摘要：目的比较结直肠癌患者粪便细菌DNA提取方法的优缺点及获得DNA的质与量,有利于结直肠癌患者肠道相关分子微生态的研究。方法采用传统法,化学裂解法和TIANamp bacteria DNA Kit试剂盒法,提取粪便中细菌DNA,比较其作为模板,用于细菌16SrRNA基因PCR扩增后凝胶电泳的优缺点及用核酸蛋白检测仪Biophotmeter测定提取DNA的质与量。结果传统法提取DNA的量及纯度均较低（22．37±2．45,3．24±0．22）,化学裂解法和试剂盒方法提取的量及纯度均较高,（分别为33．87±2．06,2．18±0．44;38．60±9．00,1．70±0．09）;传统法与化学裂解法、试剂盒法相比差异有统计学意义（P〈0．05）,化学裂解法与试剂盒法相比差异无统计学意义（P〉0．05）,但以试剂盒法为佳。结论3种方法各具优缺点,不同的DNA提取方法会影响结直肠癌患者肠道相关分子微生态的研究结果。与传统法和化学裂解法比较,试剂盒提取法的效率更高,能够检测到更多种类的细菌,更合适肠道相关分子微生态的研究。     

两种提取冻存全血基因组DNA方法的比较

目的比较两种不同方法提取冻存全血中基因组DNA的效果和特点。方法分别用改良碘化钾法和Promega全血基因组提取试剂盒提取全血基因组DNA,通过紫外分光光度仪、凝胶电泳、PCR进行检测。结果改良碘化钾法和试剂盒法提取的基因组DNA浓度分别为(330.9±0.94)ng/μL和(490.3±3.16)ng/μL;纯度为(1.87±0.03)和(1.85±0.06)。试剂盒法提取的基因组DNA含量稍高于改良碘化钾法,质量和纯度无显著差异。结论试剂盒法更简便、快速、无毒地进行提取DNA,但价格较贵;改良碘化钾法价格低廉,适合大量临床血液标本的提取,能够满足分子生物学实验的需要。     

浅谈聚合酶链反应在输血医学中的应用

聚合酶链反应简称——PCR技术.是近年来发展的一种体外高效扩增特异DNA或RNA序列的新技术.1985年由美国cetus公司创建以来,很快就成为分子生物学发展史上的又一里程碑.目前,我国仅有部分大、中型医院在开展此项工作.但由于技术操作工程较复杂,成本也较高.无法用于输血工作中对献血员的筛选.现就PCR技术在现代输血中的主要作用进行以下几方面的简述.1 聚合酶链反应技术1.1一般程序PCR技术与常规的分子生物技术在扩增靶DNA方面的比较,前者在方法上简便而快速.其一般程序包括:①模板DNA的提取.②引物的设计.③靶DNA的扩增.④扩增产物的分析判断.目前已有许多检测方法可用PCR扩增产物和测定.这些方法在灵敏度、特异型以及具体应用还是比较好     

玉竹基因组DNA的提取与分析

目的以玉竹根茎为材料,寻找一种适合于玉竹总DNA提取的方法,便于下游分子生物学的操作。方法采用经典CTAB法与改良CTAB法。结果改良CTAB法提取得到的DNA可以很好地用于PCR扩增。结论改良CTAB法适用于类似玉竹这类含多糖较多的根及根茎类中药材DNA的提取。     

植物类药材基因组DNA提取与纯化的方法学研究

本文探讨了菊科9种植物和地胆草的4种对口商品药材基因组DNA提取与纯化的原理、方法，通过对3种常用植物基因组DNA提取方法（CsC1梯度超速离心法、CTAB／CsC1梯度超速离心法和DTAB微量提取法）的条件摸索，在DNA产率、纯度以及提取纯化过程中影响PCR扩增因子方面进行比较，认为CTAB微量提取法是植物类药材基因组DNA一种比较省时、有效、经济的提取方法。     

重组酶介导扩增技术与传统聚合酶链反应技术在甲状腺癌DNA甲基化检测中的应用比较

目的 建立重组酶介导的核酸扩增(RAA)技术特异性检测DNA甲基化的新方法并与传统的DNA甲基化特异性PCR(MSP)方法进行比较.方法 选取OXTR基因作为目的基因,提取样品外周血基因组DNA,经亚硫酸氢盐修饰后分别以MSP和RAA技术进行特异性检测DNA甲基化实验.结果 2种技术皆能扩增出OXTR非甲基化条带,而RAA技术成功扩增OXTR甲基化条带.结论 RAA是一种新型的等温体外核酸扩增技术,实现了在37℃恒温下的核酸快速扩增,可成为替代MSP乃至其他PCR实验的新方法.     

冬虫夏草特异性PCR鉴定方法研究

目的建立一种准确、简便的方法鉴别冬虫夏草真伪。方法采用改良CTAB法从冬虫夏草样品中提取总DNA,根据r DNA中ITS1区序列设计一对特异性引物,对虫草样品进行特异性扩增。结果冬虫夏草标准品和部分市售虫草样品能扩增出255bp大小的目的片段,其余虫草样品未能扩增出相应条带。结论改良CTAB法提取DNA所需时间短对DNA分子破坏性小。特异PCR鉴别冬虫夏草真伪的方法准确快捷,对珍贵药材的甄别具有广阔的前景。     

蒙药悬钩子木的rbcL序列分析

目的 通过对蒙药悬钩子木DNA进行PCR扩增,测序分析不同产地悬钩子木的rbcL序列,并与悬钩子木混伪品的rbcL序列进行比较。方法 采用植物基因组DNA提取试剂盒,从悬钩子木20个样本中提取总DNA,对rbcL序列进行PCR扩增并测序;从GenBank上下载悬钩子木常见混伪品的rbcL序列,鉴定不同产地悬钩子木及其混伪品的rbcL序列。结果 悬钩子木的种内最大遗传距离小于混伪品的种间最小遗传距离,NJ系统发育树显示：悬钩子木20个样品聚为一支,能与同属的混伪品红泡刺藤、紫色悬钩子、拟复盆子、直立悬钩子、藏南悬钩子、多腺悬钩子、秀丽莓、无腺白叶莓、粉枝莓进行区分。结论 rbcL序列可用于鉴定悬钩子木及其混伪品的条形码序列。     

5种试剂盒对血浆游离DNA提取效果的比较

目的 筛选一种操作简单、快捷、成本低、提取效率高、易富集到短片段的血浆游离DNA （cell-free DNA,cfDNA）提取试剂盒。方法 向健康人血浆中投入一定量的6种长度各异的非人源DNA,经5种试剂盒提取后,使用实时荧光定量PCR （Real-time quantitative PCR,qPCR）定量,比较5种试剂盒提取回收率的差异。用上述试剂盒提取乳腺癌患者血浆cfDNA,并对其中6种不同长度的Kras基因片段进行定量,比较5种试剂盒对cfDNA提取效率的差异。结合提取成本、耗时等综合评价,最终筛选出最优试剂盒。结果 试剂盒1对>157 bp的片段回收率最高（75.5%~87.4%）,提取总cfDNA含量最高[（154.0±10.1） copies·μL^-1血浆）],每个样本提取成本为274元、耗时73 min,但提取过程需要真空泵。试剂盒2对<157 bp的片段回收率在5个试剂盒中最高（31.8%~33.7%）,对<145 bp的cfDNA提取效率最高[（81.7±6.2） copies·μL^-1血浆）],提取总cfDNA含量[（137.1±13.9） copies·μL^-1血浆）]仅次于试剂盒1,每个样本提取成本为15.6元、耗时43 min,无需特殊仪器。结论 试剂盒1提取的cfDNA总量最高,但成本较高;对于提取片段分布<150 bp的cfDNA,宜选用试剂盒2,且性价比最高。     

用于PCR实验的毕赤酵母基因组DNA制备方法的比较

目的：比较4种用于PCR实验的毕赤酵母基因组DNA的制备方法，以寻求一种稳定、简便的DNA模板制备方法，用于毕赤酵母重组子的分析。方法：分别用玻璃珠法、煮沸法、煮—冻—煮法以及直接法制备毕赤酵母基因组DNA模板，在相同条件下进行PCR扩增并比较其差异。结果：煮—冻—煮法与玻璃珠法制备的模板进行PCR均可取得理想的实验结果。以煮沸法制备模板作PCR时结果受所用模板浓度的影内很大，稳定性较差。直接法(即直接用未经处理的菌体作模板)的PCR结果随机性较大，实验结果最不理想。结论：煮—冻—煮法所需时间少、费用低、操作简便而且结果稳定，是采用毕赤酵母表达系统进行PCR鉴定时制备模板DNA的首选方法。     

一种适用于聚合酶链反应的常见念珠菌基因组DNA提取方法的研究

目的介绍一种简单、快速的真菌DNA提取方法,提高真菌DNA提取效率,减少毒性和污染性,以适应临床研究需要。方法同时用溶细胞酶结合Biospin真菌基因组DNA提取试剂盒和十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法,提取白色念珠菌、热带念珠菌、克柔念珠菌和净平滑念珠菌基因组DNA,用A260/A280的比值检测DNA的纯度并计算质量浓度,同时行聚合酶链反应(PCR)以评价其可靠性。结果溶细胞酶结合Biospin真菌基因组DNA提取试剂成功提取所用真菌基因组DNA,其纯度及质量浓度能满足PCR反应的要求。结论用溶细胞酶结合Biospin真菌基因组DNA提取试剂提取DNA,简单、快速、高效,可用于PCR反应。     

使用碱裂解法快速提取药材DNA方法的研究

目的:建立药材DNA快速提取方法。方法:使用碱裂解缓冲液提取药材DNA,考察提取液配方组成和中和剂种类对药材DNA纯度、浓度的影响。利用优化提取液提取了144个中药材DNA,动物药使用COⅠ、植物药使用psbA-trnH通用引物进行PCR扩增。结果:0.5 mol.L-1氢氧化钠、1%PVP和1%Triton×100具有最佳的DNA提取效果。对144个中药材进行PCR扩增,利用琼脂糖凝胶电泳可检测到123个中药材DNA的PCR产物。碱裂解法可用于快速提取蛇类药材DNA,并成功用于乌梢蛇、金钱白花蛇的分子鉴定。结论:优化的碱裂解法可用于提取中药材基因组DNA,其提取时间可控制在10 min左右,且避免了酚、三氯甲烷等对人体有毒试剂的使用,对药材快速分子鉴定体系的建立将发挥重要作用。