日本血吸虫一个新钙结合蛋白全长编码区的克隆与功能预测

目的　对用表达序列标签 (ExpressionSequenceTag ,EST)策略从日本血吸虫尾蚴cDNA文库中筛选出的新基因进行功能预测。方法　用NCBI站点的BLASTx及BLASTn程序对所获得的新基因序列进行同源性搜索 ;用NCBIBLAST站点的blasttwosequence程序对同源性高的基因进行核苷酸及氨基酸水平的同源性比较 ;利用motifscaninaProteinsequence对cDNA序列所编码的蛋白质进行结构域搜索。结果　发现一个与曼氏血吸虫尾蚴期特异性 8kDa钙结合蛋白 (Sm8)基因高度同源的日本血吸虫新基因 ,cDNA序列与氨基酸水平的同一性均为 82 % ;蛋白结构域搜索结果显示 ,该cDAN序列所编码的蛋白质具有 2个EF手钙结合位点。结论　用EST策略筛选新基因是一个可行的方法 ,所筛到的日本血吸虫新基因编码一种钙结合蛋白 ,全长编码序列与Sm8基因高度同源 ,对该基因的期特异性及免疫保护性的探讨具有重要的意义。     

日本血吸虫亲环素A和乳酸脱氢酶编码基因的克隆及序列分析

目的　识别和克隆日本血吸虫新基因。方法　对本实验室获得的EST进行同源性分析 ,识别血吸虫新基因 ;根据EST设计引物 ,用锚着PCR法从cDNA文库中扩增出新基因全长cDNA ,并将其克隆入原核表达载体 pGEX - 4T - 1,用生物信息学技术对获得的编码基因进行结构与功能的分析。结果　EST同源性分析得到一个完整编码基因 ,开放阅读框(ORF) 4 95bp ,编码 16 4个氨基酸 ;锚着PCR法获得另一EST的 3’端所缺序列 ,得到完整编码阅读框 ,其ORF 999bp ,编码 332个氨基酸。利用生物信息学技术确定它们分别为日本血吸虫亲环素A(CyPA)和乳酸脱氢酶 (LDH)的编码基因。重组质粒经双酶切及测序鉴定证明日本血吸虫CyPA和LDH原核表达质粒构建成功。 结论　克隆到日本血吸虫亲环素A和乳酸脱氢酶编码基因的全长cDNA ,为进一步的功能研究打下了基础     

戊型肝炎病毒抗原研究进展

戊型肝炎病毒(HEV)为线状单股正链RNA病毒,基因组全长约7.5kb(7.2～7.6kb),编码2 400～2 533个氨基酸,由5'端非结构区(NS)和3'端结构区(S)组成,3'端带一个由150～200个腺苷酸残基组成的poly A尾巴.HEV基因组含3个开放读码框架(ORFs),ORF1位于5'NS区,长5 079bp(第28～5107nt),编码HEV复制相关蛋白,包括甲基转移酶、木瓜酶样的蛋白酶、解旋酶、RNA依赖性RNA聚合酶(RDRP);ORF2从ORF1终止密码下游37个bp开始,长1 980bp(第5 147～ 7127nt),编码660个氨基酸,主要包括信号肽和衣壳蛋白;ORF3位于ORF1、ORF2之间(第5 106～5 478nt),与两者均有部分重叠,长369bp,编码一段123个氨基酸的多肽,功能不清.有学者认为ORF3编码的蛋白是一种与细胞骨架有关的磷蛋白,也有认为与转膜元件有关.本文仅就HEV抗原表位及ORF2抗原真核表达的研究进展简要综述如下.     

旋毛虫成虫期特异性基因的筛选与序列分析

目的　获得旋毛虫成虫期特异性基因序列。方法　应用旋毛虫成虫期特异性探针对成虫cDNA文库进行杂交筛选、克隆测序及核苷酸序列数据库 (GenBank)查寻比较 ,采用DNAstar软件进行基因序列分析。结果　利用消减杂交 (subtractedhybridization)获得的旋毛虫成虫期特异性探针筛选成虫cDNA文库 ,获得一个长 16 2 9bp的基因。其开放阅读框架由 146 4个核苷酸组成 ,编码 487个氨基酸。序列分析表明 ,该序列是一个尚未见报道的旋毛虫基因序列 ,在 2 0 7～ 2 70位氨基酸间存在两个锌指结构 ,在 5 2～ 6 4,10 8～ 116 ,137～ 16 3,2 2 6～ 2 6 0位氨基酸处存在预测的抗原表位。结论　获得旋毛虫成虫期特异性基因 ,其编码的蛋白具有一定的抗原表位     

华支睾吸虫CsSP16.4基因的克隆、序列分析和功能预测

目的通过筛选cDNA文库识别华支睾吸虫新基因;克隆并构建重组表达载体,为进一步研究其功能及其应用价值奠定基础。方法对华支睾吸虫cDNA文库进行筛选,通过Blastn程序进行序列比对,识别华支睾吸虫新基因,并应用Motifscan,NCBIConservedDomainSearch等程序对其进行结构域分析及进化树分析。结果筛选得到的序列长725bp,应用VecterNTI分析,理论分子量为16.4kDa,理论等电点(pI)为6.44,疏水氨基酸(AILFWV)占36%,带电荷氨基酸(RKHY-CDE)占29%,极性氨基酸(NCQSTY)占28.8%,酸性氨基酸(DE)占8.65%和碱性氨基酸(KR)占9.21%。应用NCBI站点的ORFFinding分析发现其含4个可能的ORF,其中最长的ORF,从第42到第494bp,起始密码为ATG、终止密码为TAG,完整阅读框含450bp,编码150aa。发现该基因有潜在的2个糖激化位点、3个N肉豆蔻酰化位点和1个蛋白激酶C磷酸化位点。结论确定该基因为华支睾吸虫分泌蛋白基因,为作为诊断候选抗原提供了依据。     

照射致弱尾蚴免疫兔血清筛选日本血吸虫尾蚴cDNA文库

目的从日本血吸虫尾蚴cDNA文库中获得日本血吸虫新的蛋白编码基因,为防治血吸虫病提供候选疫苗和治疗药物靶点.方法制备致弱尾蚴免疫兔血清作为探针筛选日本血吸虫尾蚴cDNA文库,挑取阳性克隆,测序并进行生物信息学分析.结果共筛选出8个阳性克隆,长度分布于0.6～3.0kb.随机选取4个阳性克隆进行PCR扩增及测序,获得2个日本血吸虫新基因:整合酶相似蛋白编码基因和蛋白磷酸酶1催化亚单位编码基因.前者长度为636 bp,含一个462 bp完整开放阅读框(ORF);后者1 879 bp,含一个984 bp完整ORF.两者GenBank的登录号分别为:AY855919、AY879341.结论致弱尾蚴免疫兔血清可作为筛选日本血吸虫新基因的有效探针;发现了2个日本血吸虫新基因.     

日本血吸虫精氨酸酶的cDNA序列分析

目的 对获得的日本血吸虫（Schistosoma japonicum,Sj)精氨酸酶基因cDNA序列进行二级结构预测。方法 采用生物信息学等技术对获得的Sj精氨酸酶编码基因序列进行开放读框（ORF）的寻找，编码氨基酸的推导，蛋白质同源性比较以及二级结构的预测。结果 获得的cDNA序列为1061bp,含有一个840bp的阅读框，编码279个氨基酸，属精氨酸酶家族，与国际蛋白质库中酵母、蛙、人和大鼠精氨酸酶序列的同源性分别为44％，50％，51％，53％和54％。Sj精氨酸酶氨基酸序列的β转角、亲水性、平均可塑性和无规则卷曲的分布主要出现在N－末端AA残基30－50，70－90和180－200等3个区域，是潜在抗原表位。结论 推测Sj精氨酸氨基酸酶具有较好的抗原性。     

溶藻弧菌热休克蛋白70基因的克隆及序列分析

目的通过测定溶藻弧菌热休克蛋白70(HSP70)基因序列,结合GenBank登录的其他弧菌HSP70核苷酸序列,分析溶藻弧菌HSP70特点以及与其他弧菌HSP70之间的同源性。方法根据GenBank中同类蛋白序列设计特异PCR引物,首次从溶藻弧菌中扩增热休克蛋白70ORF全长基因片段,并对该片段进行克隆、测序和分析。结果扩增的溶藻弧菌HSP70ORF全长基因片段长1914bp,与已登录的其他弧菌的同源性在90.4%～96.2%之间,包含完整的HSP70ORF,编码637个氨基酸。与GenBank中其他弧菌HSP70的氨基酸序列比较,溶藻弧菌HSP70含有Dnak特征基序DLGTT-S-V(8-16残基);整个分子的保守性N端最高,到C端保守性降低。结论溶藻弧菌与哈维弧菌(Vibrioharveyi)热休克蛋白70有较高同源性,该热休克蛋白70属于Dnak类型。     

旋毛虫成虫cDNA文库免疫筛选及序列分析

目的　为获得旋毛虫成虫抗原基因。　方法　应用免疫血清和人工感染血清对旋毛虫成虫cDNA文库进行免疫筛选、克隆测序及核苷酸序列数据库 (GenBank)查寻比较 ,采用DNAstar软件进行基因序列分析。　结果　免疫筛选成虫cDNA文库 ,获得 9个阳性克隆。对其中的Ts87进行测序 ,又采用 5′ RACE ,获取全长为 1172bp的cDNA片段 ,该基因编码 3 47个氨基酸。序列分析表明 ,克隆Ts87是个尚未见报道的旋毛虫基因序列 ,存在预测的抗原表位。　结论　获得具有抗原性的旋毛虫抗原新基因。     

旋毛虫新生幼虫cDNA文库的免疫筛选

目的　获取具有抗原性的旋毛虫新生幼虫基因。　方法　以旋毛虫感染猪血清为抗体探针,对旋毛虫新生幼虫cDNA文库进行免疫筛选,将获得的阳性克隆进行测序及分析。结果　从45×105旋毛虫新生幼虫cDNA文库重组子中共获得158个阳性克隆。序列分析结果表明,其中有36个新的cDNA序列,已报道的序列有5个,有12个序列无开放阅读框架(ORF),与旋毛虫线粒体基因组DNA同源。　结论　获得具有抗原性的旋毛虫抗原编码cDNA分子     

旋毛虫抗原基因Ts88的克隆及鉴定

目的　获取旋毛虫具有抗原性的新基因。方法　应用旋毛虫免疫血清和人工感染血清对旋毛虫成虫cDNA文库约 3× 10 5重组噬菌斑进行筛选。基因克隆、DNA测序及 5′ -RACE获cDNA全长 ;采用ESEE、DNAstar软件及核苷酸序列数据库 (GenBank)进行cDNA序列分析。结果与结论　免疫筛选成虫cDNA文库 ,获得 3个阳性克隆。其中的Ts88克隆cDNA全长为 196 6bp ,编码 4 84个氨基酸 ,含有一个PWWP功能结构域及多个抗原表位。Ts88cDNA是一个尚未见报道的旋毛虫抗原新基因。     

基于cDNA末端快速扩增的刚地弓形虫核仁G蛋白-1的克隆

目的　克隆弓形虫核仁G蛋白- 1(NOG1)基因的全长cDNA序列。方法　根据NCBIGeneBank中登录的弓形虫NOG1基因的唯一EST序列设计引物,利用cDNA 5’-末端快速扩增法(5’-RACE)和cDNA 3’-末端快速扩增法(3’-RACE)分别对已知序列进行延伸,将扩增获得的3’-端和5’-端未知序列与位于中间位置的已知序列进行拼接,然后经Blast检验全长序列的正确性。结果　5’-RACE扩增获得3个不同长度的片断,最长片断全长12 87bp ,去除引物和夹杂的已知序列后,通过5’-RACE在5’端扩增获得未知序列为1196bp。3’-RACE扩增后得到一条特异性条带,位于大约1.7kb左右,测序全长为16 34bp ,去除引物和已知序列,经3’-RACE扩增获得的3’-端未知序列为12 0 4bp。Blast全长为316 7bp的3段拼接序列,发现其覆盖NOG1基因cDNA的完整ORF或者CDS序列(6 5 0bp 2 80 9bp)。推导翻译出的蛋白质一级结构包含719个氨基酸(aa) ,在所有已发现物种的NOG1中,弓形虫NOG1基因的cDNA和相应的aa序列都是最长的。该序列已登录NCBIGeneBank ,核酸序列登录号AY6 86 734,对应蛋白质的aa序列登录号为AAT94 2 90。结论　本研究首次克隆获得了弓形虫NOG1基因的全长cDNA序列,并对相应的aa序列进行了推导翻译和简单分析。     

华支睾吸虫蛋白酶体α2新基因的生物信息学分析与克隆表达

目的发现华支睾吸虫成虫蛋白酶体新基因,应用生物信息学方法预测其结构和功能,表达重组蛋白为进一步确定其功能特征奠定基础。方法通过华支睾吸虫成虫cDNA文库的大规模测序,获取全长cDNA序列,利用生物信息学软件ORFfinder,BLAST,Conserved Domains和ExPASy等识别华支睾吸虫蛋白酶体α2(CsPSMA2)新基因,分析其基因和编码蛋白结构,同源性比对并构建系统发育树。将CsPSMA2基因克隆到pGEX-4T-1原核表达载体中,在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达,表达产物经SDS-PAGE鉴定。结果确定了编码CsPSMA2的新基因并成功登录到GenBank(Accession NO.:EU223819)。该基因全长833bp,编码235个氨基酸,第5-232aa之间含有蛋白酶体α2全长结构域,理论分子量为26.0kDa,分子进化分析显示CsPSMA2的蛋白与日本血吸虫亲缘关系最近,重组质粒融合表达了带有GST标签的CsPSMA2蛋白。结论发现了华支睾吸虫蛋白酶体α2新基因,确定了其重要的功能域和结构特征,成功进行了该基因在大肠杆菌中的克隆表达。     

旋毛虫新生幼虫期特异性T668 cDNA在大肠埃希菌中的表达及鉴定

目的对旋毛虫新生幼虫期特异性T668cDNA进行表达及鉴定,以获得基因工程抗原。方法应用PCR技术,从pBK CMV T668重组质粒中扩增到不含信号肽序列的T668cDNA片段,将目的基因克隆于原核表达载体pET28a(+),构建pETT668重组质粒,再将其转化到E.coli表达菌株DE3感受态细胞中,经IPTG诱导表达,以SDS PAGE鉴定表达产物。结果pETT668表达蛋白的分子质量单位为49ku,且随诱导时间的延长蛋白表达量逐渐增加,诱导5h时表达量达到高峰;薄层扫描结果显示,目的蛋白占菌体总蛋白的34.6%。Western blotting检测显示,表达蛋白可被感染旋毛虫家猪血清所识别。结论旋毛虫新生幼虫期特异性T668基因在大肠埃希菌中获得高效表达,且表达蛋白具有良好的抗原性。     

Identification and bioinformatics analysis of lactate dehydrogenase genes from Echinococcus granulosus

ObjectiveTo identify full length cDNA sequence of lactate dehydrogenase (LDH) from adult Echinococcus granulosus (E. granulosus) and to predict the structure and function of its encoding protein using bioinformatics methods.MethodsWith the help of NCBI, EMBI, Expasy and other online sites, the open reading frame (ORF), conserved domain, physical and chemical parameters, signal peptide, epitope, topological structures of the protein sequences were predicted and a homology tertiary structure model was created; Vector NTI software was used for sequence alignment, phylogenetic tree construction and tertiary structure prediction.ResultsThe target sequence was 1 233 bp length with a 996 bp biggest ORF encoding 331 amino acids protein with typical L-LDH conserved domain. It was confirmed as full length c DNA of LDH from E. granulosus and named as EgLDH (GenBank accession number: HM748917). The predicted molecular weight and isoelectric point of the deduced protein were 3 5516.2D a and 6.32 respectively. Compared with LDH s from Taenia solium, Taenia saginata asiatica, Spirometra erinaceieuropaei, Schistosoma japonicum, Clonorchis sinensis and human, it showed similarity of 86%, 85%, 55%, 58%, 58% and 53%, respectively. Eg LDH contained 3 putative transmembrane regions and 4 major epitopes (54aa-59aa, 81aa-87aa, 97aa-102aa, 307aa-313aa), the latter were significant different from the corresponding regions of human LDH. In addition, some NAD and substrate binding sites located on epitopes 54aa-59aa and 97aa-102aa, respectively. Tertiary structure prediction showed that 3 key catalytic residues 105R, 165D and 192H forming a catalytic center near the epitope 97aa-102aa, most NAD and substrate binding sites located around the center.ConclusionsThe full length c DNA sequences of Eg LDH were identified. It encoded a putative transmembrane protein which might be an ideal target molecule for vaccine and drugs.     

日本血吸虫线粒体相关蛋白的特性及抗原表位的分析

目的　分析rSj338重组蛋白的氨基酸序列 ,了解该蛋白的特性 ,预测其抗原表位。方法　制备Sj338基因片段并重组入测序载体pGEM T ,对其核苷酸序列进行测定 ,分别以DNASIS和GOLDKEY软件对序列资料进行分析 ,并在BLAST网上进行同源性分析。结果　rSj338基因长 487bp ,含 1个由 45 9bp组成的开放阅读框 ,编码一由 15 3个氨基酸残基组成的多肽 ,分子量为 17 6kDa,氨基酸同源性分析发现 ,重组蛋白与人的线粒体传入受体亚单位氨基酸同源性为 46 % ,与褐鼠线粒体膜受体的前体氨基酸同源性为 44 % ,预测该蛋白的抗原表位位置为2 6～ 32、37～ 46、131～ 136和 147～ 15 1氨基酸肽段。结论　rSj338重组蛋白可能为日本血吸虫线粒体相关蛋白