旋毛虫成虫cDNA文库免疫筛选及序列分析

目的　为获得旋毛虫成虫抗原基因。　方法　应用免疫血清和人工感染血清对旋毛虫成虫cDNA文库进行免疫筛选、克隆测序及核苷酸序列数据库 (GenBank)查寻比较 ,采用DNAstar软件进行基因序列分析。　结果　免疫筛选成虫cDNA文库 ,获得 9个阳性克隆。对其中的Ts87进行测序 ,又采用 5′ RACE ,获取全长为 1172bp的cDNA片段 ,该基因编码 3 47个氨基酸。序列分析表明 ,克隆Ts87是个尚未见报道的旋毛虫基因序列 ,存在预测的抗原表位。　结论　获得具有抗原性的旋毛虫抗原新基因。     

旋毛虫抗原基因Ts88的克隆及鉴定

目的　获取旋毛虫具有抗原性的新基因。方法　应用旋毛虫免疫血清和人工感染血清对旋毛虫成虫cDNA文库约 3× 10 5重组噬菌斑进行筛选。基因克隆、DNA测序及 5′ -RACE获cDNA全长 ;采用ESEE、DNAstar软件及核苷酸序列数据库 (GenBank)进行cDNA序列分析。结果与结论　免疫筛选成虫cDNA文库 ,获得 3个阳性克隆。其中的Ts88克隆cDNA全长为 196 6bp ,编码 4 84个氨基酸 ,含有一个PWWP功能结构域及多个抗原表位。Ts88cDNA是一个尚未见报道的旋毛虫抗原新基因。     

旋毛虫成虫期特异性基因全长cDNA的克隆与序列分析

目的获取编码旋毛虫5日龄成虫(AD5)期特异性基因完整开放阅读框架(openreadingframe,ORF)cD-NA分子。方法利用地高辛标记的AD5期特异性cDNA片段T671作为探针对AD5cDNA文库进行核酸杂交筛选,将筛选出的阳性克隆进行测序,利用分子生物学软件进行分析。结果获得1个全长1132bp的cDNA分子,该cD-NA含有1个1032bp完整的ORF,该ORF编码1个343个氨基酸残基组成的多肽,其分子量理论推导值为35.1kDa,等电点(isoelectricpoint,IP)为4.8。InterProScan分析显示117～120氨基酸残基(SGYG)为粘多糖结合位点,27～86氨基酸残基为一线虫表皮胶原蛋白N-末端区结构域,153～328氨基酸残基为胶原蛋白螺旋三联体重复区(G-x-y)结构域。SignalPV2.0分析显示,在1～43氨基酸区域为信号肽。Blastn同源性分析表明,与其它已知生物基因序列无明显的同源性,为一新的cDNA分子。但与表皮胶原蛋白同源性较高,大于40％。结论筛选获得一个新的编码AD5期特异性基因的完整ORF的cDNA分子。     

日本血吸虫鸟氨酸转氨酶基因的获得和分析

目的运用表达序列标签(expressedsequencetag,EST)技术,从日本血吸虫成虫cDNA文库中筛选和鉴定日本血吸虫新基因鸟氨酸转氨酶。方法转化日本血吸虫成虫cDNA文库,随机挑取重组阳性克隆进行测序,获得EST;用NCBI站点的GenBank对所获得的新基因序列进行同源性检索;利用BLAST程序对同源性高的基因进行核苷酸和氨基酸水平的同源性比较;并利用pc-gene软件对其蛋白质结构进行初步分析。结果获得了1个日本血吸虫新基因鸟氨酸转氨酶基因(GenBank登录号AY336497)。该cDNA序列长1677bp,编码424个氨基酸,与Xenopuslaevis鸟氨酸转氨酶同源性为66%;编码蛋白的理论等电点为8.52;抗原表位可能位于cDNA序列795～846处。结论用EST寻找日本血吸虫新基因是一种可行的方法,所筛选到的日本血吸虫新基因与Xenopuslaevis鸟氨酸转氨酶基因同源,为进一步研究该基因的全序列及功能作准备。     

旋毛虫感染鼠血清筛选日本血吸虫成虫cDNA文库

目的 探讨旋毛虫与血吸虫之间交叉免疫的分子机制,并寻找有效的日本血吸虫疫苗侯选分子。方法 以旋毛虫感染鼠血清为探针,筛选日本血吸虫成虫cDNA文库,对获得的阳性克隆插入片段进行PCR扩增。结果 共筛选出11个阳性克隆,其插入的cDNA片段大小在1．4－5．0kb之间,其中1．4kb片段2个,5．0kb片段9个。结论 获得的阳性在隆插入基因片段可能为编码旋毛虫与日本血吸虫共同的抗原基因,其表达产物可能有抗日本血吸虫感染的作用。     

日本血吸虫肌动蛋白轻链基因的获得和分析

目的运用表达序列标签(expressedsequencetag,EST)技术,从日本血吸虫成虫cDNA文库中筛选和鉴定日本血吸虫新基因,为寻找日本血吸虫新的候选疫苗奠定基础。方法转化日本血吸虫成虫cDNA文库,随机挑取重组阳性克隆进行测序,获得EST;用NCBI站点的GenBank对所获得的新基因序列进行同源性检索;利用BLAST程序对同源性高的基因进行核苷酸和氨基酸水平的同源性比较;并利用pcgene软件对其蛋白质结构进行初步分析。结果发现xzw00081克隆的cDNA序列为日本血吸虫新基因并获得GenBank登录号(AY225851)。该cDNA序列与曼氏血吸虫肌动蛋白轻链基因高度同源,核苷酸水平的同源性为84%;氨基酸水平的同源性为86%;编码蛋白的理论相对分子质量为1053888,等电点为696;抗原表位可能位于氨基酸序列158～184处。结论用EST寻找日本血吸虫新基因是一种可行的方法,所筛选到的日本血吸虫新基因长374bp,编码88个氨基酸,与曼氏血吸虫肌动蛋白轻链基因高度同源,为进一步研究该基因的全序列及功能作准备。     

广州管圆线虫成虫cDNA文库抗原基因的筛选

目的从广州管圆线虫成虫cDNA文库中筛选特异性抗原基因。方法用大鼠感染血清做免疫探针,筛选广州管圆线虫成虫cDNA文库,对筛选得到的阳性克隆作交叉反应试验,PCR扩增外源基因插入片段并测序,用在线生物信息学软件进行同源性比对,推导氨基酸序列和蛋白质结构及进行功能分析。结果获得15个阳性克隆,分属三种基因,1个属中间纤维(IF)家族基因,3个与旋盘尾丝虫和秀丽杆线虫的真皮抗原同源,11个属主要精原蛋白(MSP)家族基因。其中1种基因表达产物没有发生明显交叉反应。结论从广州管圆线虫成虫cDNA文库中初步筛选出1个潜在特异性抗原基因和1个可能的主要抗原基因。     

日本血吸虫普遍性结合酶E基因的获得和分析

目的从日本血吸虫(Schistosoma japonicum)成虫cDNA文库中获得并分析日本血吸虫新基因,为日本血吸虫病的防治提供候选疫苗和药物靶点.方法构建日本血吸虫成虫cDNA文库,随机挑取重组阳性克隆进行测序,对部分序列进行步移法测序获取全长cDNA,登录GenBank,利用BLAST程序对同源性高的基因进行核苷酸和氨基酸水平的同源性比较;并利用pcgene软件对其蛋白质结构进行初步分析.结果获得了1个日本血吸虫新基因普遍性结合酶E基因(ubiqui-tin-conjugating enzyme E,AY251608),长854bp,编码149个氨基酸,与人类普遍性结合酶E具有55%的同源性,编码蛋白的理论分子量为7.149 8 kDa,等电点为8.01;抗原表位可能位于氨基酸序列373～396处.结论步移法测序和生物信息学技术相结合有利于发现日本血吸虫新基因.     

大鼠抗感染血清筛选日本血吸虫成虫cDNA文库

目的　探讨大鼠抗日本血吸虫 (Schistosomajaponicum ,Sj)感染的分子机制 ,为血吸虫病疫苗的研制提供新的抗原分子。方法　用Sj感染大鼠血清筛选Sj成虫cDNA文库 ,对阳性克隆cDNA插入片段进行PCR扩增及测序分析。 结果　对cDNA文库中约 3× 10 5个噬菌斑进行筛选 ,获 7个阳性克隆 ,其插入基因片段大小为 0 9kb～ 2 0kb。初步测序获 5个部分序列 ,其中R3与Sj线粒体基因明显同源 ;R5为新基因序列 ,命名为Sj-Cs2 (GenBank的登录号为AY0 36 5 80 ) ,经计算机分析该基因片段编码 2 0 6个氨基酸组成的跨膜蛋白 ,Sj-Cs2蛋白含有 3个蛋白激酶C磷酸化位点和 6个N -肉豆蔻酸化位点 ;其余序列亦为新基因片段 ,但无完整编码框。结论　筛选获得了与大鼠抗Sj感染有关的基因克隆 ,相关克隆cDNA全长的获取、新基因的结构与功能以及免疫学特性值得深入研究     

日本血吸虫雄虫免疫血清对成虫cDNA文库的筛选及克隆分析

目的　筛选和分析日本血吸虫 (Schistosomajaponicum ,Sj)新基因 ,为血吸虫疫苗研究提供新的候选分子。 方法　以日本血吸虫雄性成虫抗原免疫兔血清为探针 ,筛选Sj成虫cDNA文库 ,对阳性克隆的插入片段进行PCR鉴定及测序分析。通过互联网对测序获得的核苷酸序列进行同源性分析 ,并预测新基因编码蛋白的结构与功能。结果　筛选获 11个阳性克隆 ,其插入SjcDNA片段大小在 0 7～ 2 3kb之间。对部分阳性克隆进行测序分析 ,获两个Sj新基因 ,即Sj-MA及Sj -Cp8(登录号分别为AF5 1980 8和AF5 2 4 896 ) ,分别编码 2 4 9和 71个氨基酸的核内蛋白和胞浆蛋白。Sj-MA蛋白含有 9个蛋白激酶C磷酸化位点、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、2个酪氨酸激酶磷酸化位点和 1个N -肉豆蔻酸化位点。Sj-Cp8蛋白含一个跨膜区、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、2个N -肉豆蔻酸化位点。结论　筛选Sj成虫cDNA文库所获得两个新基因 ,其编码的蛋白可能为存在于胞浆和胞核内的日本血吸虫的重要信息传递分子 ,有望成为新的血吸虫病疫苗候选分子。     

生物信息学分析亚洲牛带绦虫乳酸脱氢酶基因及其蛋白的结构与特性

目的分析和预测亚洲牛带绦虫(Taeniasaginata asiatica,Ta)乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase,LDH)基因及其编码蛋白的结构和特性,以指导其生物学功能的实验研究。方法利用生物信息网站如美国国家生物技术信息中心(NC-BI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(ExPASY,http://ca.expasy.org/)中有关基因和蛋白序列、结构信息分析的各种工具,结合其它生物信息学分析软件包,如DNAman和Vector NTI suite,从亚洲牛带绦虫全长cDNA质粒文库中识别乳酸脱氢酶(TaLDH)基因及其编码区,分析、预测该基因编码的蛋白质的理化特性、抗原表位、翻译后的修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象,酶的活性中心在拓扑结构和空间构象中的位置分布等。结果该基因全长1285bp,编码区为92bp-1084bp,编码331个氨基酸,其推导氨基酸序列与其它物种乳酸脱氢酶氨基酸序列一致性达50%左右,具有乳酸脱氢酶保守结构域。其编码的蛋白相对分子量理论预测值和等电点分别是35268.9Da和8.03。其编码的蛋白有3个跨膜区、没有其它亚细胞定位序列。α螺旋(H)、β折叠(E)和无规卷曲(L)的比例分别是36.56:22.96:40.48,L-乳酸脱氢酶活化位点,位于189-195aa,TaLDH氨基酸序列中有16个潜在抗原表位,酶催化位点的关键氨基酸在不同物种中保守,在空间结构中3个关键氨基酸相互靠近。结论应用生物信息方法从亚洲牛带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了TaLDH的cDNA全长序列并预测得到其结构与功能方面的信息。     

日本血吸虫线粒体相关蛋白的特性及抗原表位的分析

目的　分析rSj338重组蛋白的氨基酸序列 ,了解该蛋白的特性 ,预测其抗原表位。方法　制备Sj338基因片段并重组入测序载体pGEM T ,对其核苷酸序列进行测定 ,分别以DNASIS和GOLDKEY软件对序列资料进行分析 ,并在BLAST网上进行同源性分析。结果　rSj338基因长 487bp ,含 1个由 45 9bp组成的开放阅读框 ,编码一由 15 3个氨基酸残基组成的多肽 ,分子量为 17 6kDa,氨基酸同源性分析发现 ,重组蛋白与人的线粒体传入受体亚单位氨基酸同源性为 46 % ,与褐鼠线粒体膜受体的前体氨基酸同源性为 44 % ,预测该蛋白的抗原表位位置为2 6～ 32、37～ 46、131～ 136和 147～ 15 1氨基酸肽段。结论　rSj338重组蛋白可能为日本血吸虫线粒体相关蛋白     

亚洲带绦虫成虫谷胱甘肽S-转移酶基因的克隆及生物信息学分析

目的分析亚洲带绦虫成虫谷胱甘肽S-转移酶（GST,glutathione S-transferase）基因结构并预测其编码蛋白的结构和功能。方法利用生物信息网站如美国国家生物技术信息中心（NCBI,http：//www.ncbi.nl m.nih.gov/）和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统（ExPASY,http：//ca.expasy.org/）中生物信息学分析工具,并结合其它分析软件,从获得亚洲带绦虫成虫全长cDNA质粒文库的表达序列标签（EST,expression sequence tag）中识别GST基因,分析该基因的结构并预测其编码的蛋白质的结构和功能特征。结果该基因与猪带绦虫GST的一致性为94%,相似性为97%;全长810bp,编码区为28-687bp,编码219个氨基酸,无各种亚细胞定位序列,具有多个潜在的磷酸化位点,蛋白的理化性质稳定;预测三个主要的抗原表位89aa-94aa,27aa-32aa,119aa-124aa位于空间结构上相距较远的分子表面,前面两个表位属于绦虫共有的线性抗原表位。结论从亚洲带绦虫成虫cDNA文库中筛选出GST基因,预测为胞浆型蛋白,可能具有较好的免疫诊断抗原应用前景。     

猬迭宫绦虫幼虫一个含重复序列的cDNA的分子克隆

目的：研究猬迭宫绦虫幼虫－裂头蚴的某些蛋白抗原的基因结构。方法：用鼠抗猬迭宫绦虫裂头蚴多克隆抗体筛选裂头蚴ｃＤＮＡ文库,筛选出的阳性克隆经亚克隆,测序后,用微机分析其一级结构。并用Ｎｏｒｔｈｅｒｎ杂交实验检测与ｃＤＮＡ杂交的ｍＲＮＡ长度。结果：从ｃＤＮＡ文库中筛选出一个长度为１０８４ｂｐ的克隆,此克隆的开放读码框为８２８ｂｐ,编码２７６个氨基酸。开放读码框内有一个由１２３个核苷酸组成的重复单位,此重复单位在开放读码框内重复５次。重复单位编码的４１个氨基酸内疏水性氨基酸占５３．７％。Ｎｏｒｔｈｅｒｎ杂交结果显示在１．１ｋｂ处有一个很强的杂交带,１．７ｋｂ处有一个弱的杂交带。１．１ｋｂ处的杂交带与ｃＤＮＡ克隆的长度几乎相等。结论：裂头蚴在宿主体内移行或停留时,这些含重复序列的抗原性多肽可能作为逃避抗原,使裂头蚴在体内逃避免疫系统的杀伤作用。     

一种新的猪囊尾蚴蛋白的cDNA分子筛选、序列分析和克隆

目的免疫学筛选猪囊尾蚴cDNA文库,为猪囊尾蚴病临床免疫学诊断提供新的候选抗原分子。方法利用脑囊尾蚴病人血清免疫学筛选猪囊尾蚴cDNA文库,获得阳性克隆,经PCR技术扩增噬菌体载体中插入的cDNA片段,测序后与生物信息网站进行分析,并将一个类似血吸虫核糖体蛋白的基因克隆入PMD-18T载体。结果从cDNA文库中筛选出1个编号为5H的基因,长度是528bp;对其编码的氨基酸序列的分析显示其与日本血吸虫的L18a核糖体蛋白具有高度同源性。结论克隆了猪囊尾蚴的未知核糖体蛋白基因。