黄山市2018年两起暴发疫情诺如病毒分子分型与基因特征分析

目的了解黄山市暴发疫情诺如病毒分子分型与基因特征。方法收集黄山市2018年两起暴发疫情中具有胃肠炎症状患者的肛拭子标本37份,采用实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)对采集的标本进行诺如病毒核酸检测,检出的阳性标本,采用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增病毒衣壳区和聚合酶区,并对PCR产物进行基因测序及分子分型鉴定,测序结果使用Mega 6.0软件构建进化树进行遗传进化分析。结果 37份标本中,16份标本诺如病毒核酸阳性,其中11份测序成功,BLAST比对结果显示11条序列均为诺如病毒GII.P16-GII.2基因型。两起疫情中检出的诺如病毒序列与福建泉州、江苏泰州、南京和安徽宿州的毒株序列同源性较高。结论 GII.P16-GII.2基因型诺如病毒是引起黄山市黟县两起急性胃肠炎暴发疫情的主要病原体。     

安徽省诺如病毒G II.4/Sydney 2012变异株分子特征分析

目的了解安徽省某高校一起急性胃肠炎暴发疫情的病原体基因分型和分子特征。方法采用实时荧光定量PCR法(Real-time PCR)对6份粪便/肛拭子标本检测诺如病毒核酸,检出的阳性标本经传统RT-PCR扩增衣壳蛋白区(ORF2)部分序列、基因测序和型别鉴定,利用Clustal X 2.0和Mega 6.0软件对测定序列进行核苷酸同源性比对和构建基因进化和亲缘性关系树。结果检出4份标本诺如病毒核酸阳性,阳性率为66.67%(4/6);基因序列比对和进化亲缘性关系显示:诺如病毒基因型为GII.4型;2毒株序列之间核苷酸同源性为100%;与2014~2015年上海株、香港株核酸同源性最高,均为100%;与2012澳大利亚Sydney株(JX459908)同源性为99.6%;与上海和香港两地区毒株亲缘性关系最近,聚为独立一簇,同属GII.4/Sydney 2012分支。结论引发该起急性胃肠炎暴发的病原体为GII.4型诺如病毒,且属于GII.4 Sydney 2012变异株。     

重组GII型诺如病毒长沙株全基因组序列的测定与分析

目的 对2016年长沙地区一起由GII型诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发疫情致病原进行全基因组序列测定,掌握其基因类型、分子进化特征和抗原重组情况。方法 提取疫情中患者粪便标本的总RNA,反转录成cDNA,PCR扩增病毒全基因组并采用Sanger法测序,比对拼接后获得病毒全基因组序列;通过BLAST比对和诺如病毒在线分型工具(typing online tool)确定其基因型别;从GenBank中下载GII型诺如病毒参考序列,采用DNA Star软件进行序列多序列比对和同源性分析,绘制系统遗传进化树,基因重组特征分析采用SimPlot软件。结果 通过一代测序获得病毒基因组序列长7491bp,有3个开放阅读框(ORF),长度分别为5100bp,1647bp,765bp。多序列比对和同源分析发现ORF1区与GII.P12型代表株同源性最高,VP1区则与GII.3型同源性最高;因此,将该毒株命名为Hu/GII.P12-GII.3/CS02/2016 /CHN。分子遗传进化分析显示其与中国其他地区如北京、上海、广东等地流行的GII.P12-GII.3重组型诺如病毒亲缘关系最为接近。抗原重组分析发现Hu/GII.P12-GII.3/CS02/2016 /CHN长沙株重组位点在5080bp,为ORF1与 ORF2重叠区的起点。结论 除了GII.P16-GII.2重组诺如病毒的广泛流行外,长沙地区仍存在GII.P12/GII.3重组诺如病毒的散发流行,需加其强监测。     

成都市成华区诺如病毒GII.P16-GII.4 Sydney＿2012分子生物学特征

目的 研究2021年引发成都市急性胃肠炎聚集性疫情的诺如病毒GII.P16-GII.4 Sydney＿2012株的遗传进化和分子病原学特征。方法 采集2021年1—12月成都市65起急性胃肠炎聚集性疫情病例粪便及肛拭子样本825份，采用实时荧光定量PCR检测。结果为阳性的样本经由常规RT-PCR对RdRp区和VP1区扩增后测序，以BioEdit、MEGA-X将所得序列与全球各参考株序列比对并构建进化树，对其同源性、氨基酸变异、蛋白质三维结构等基因特征进行分析研究。结果 自上述65起疫情检出7种诺如病毒基因型，其中13起由Sydney＿2012株引起。比对分析结果显示，其同一起Sydney＿2012疫情中标本序列相似性为98.6%～100%,疫情之间序列相似性为96.2%～100%。结论 Sydney＿2012株可能成为成都地区流行的优势株，甚至有引起爆发疫情的可能性。持续加强诺如病毒疫情监测，有助于提升防控预警能力。     

舟山市一起诺如病毒暴发疫情的病原学鉴定及基因特征分析

目的对舟山市海岛地区2017年12月一起诺如病毒暴发疫情进行病原学鉴定及基因分子特征研究。方法采用荧光定量PCR法对送检的18份样本进行诺如病毒核酸检测,阳性样本使用常规RT-PCR扩增聚合酶及衣壳蛋白区基因序列,采用Mega6.06及Simplot软件对扩增序列进行系统进化及重组位点分析。结果 12份样本筛查为诺如病毒GII型阳性,阳性率66.67%,经基因序列分子特征分析,证实本次暴发疫情的病原体为诺如病毒GII.P7-GII.6型,重组位点位于ORF1-ORF2连接处180-182bp(5031-5033bp)之间,本次分离的GII.P7-GII.6型衣壳蛋白区序列隶属于GII.6型a簇,与北京市2016年所报道毒株型同源性最高,达97.8%。结论这是舟山市海岛地区首次在暴发疫情中检测出诺如病毒GII.P7-GII.6型,除当前流行株外,本区域内诺如病毒的基因型别的分布与流行情况较复杂,应结合国内外的流行趋势,及早、及时的开展预防控制工作。     

无锡一起诺如病毒感染性腹泻病原基因测序分析

目的对无锡一起诺如病毒急性胃肠炎疫情进行病原基因测序分析,以确证其病原体,并对其基因进行分型。方法采用荧光定量PCR法对74份疫情病例样本进行诺如病毒RNA检测,在阳性标本中取3份病毒样本和1份日常监测检出的诺如病毒Ⅱ型阳性标本,经RT-PCR扩增,然后纯化、测序和进化树分析。结果 74份疫情样本中的17份样本测出诺如病毒Ⅱ型RNA,阳性率23%;其中3株疫情病毒和1株日常哨点医院腹泻病监测所得的Ⅱ型诺如病毒的ORF1-ORF2连接区序列与DNA Data Bank of Japan(DDBJ)中的GII.4参考株Lordsdale病毒(Lordsdale virus,LV)同源性最高,达95%。结论序列测定结果证实这起无锡急性胃肠炎疫情是诺如病毒感染所致,其病毒基因型为GⅡ.4型。     

一起急性胃肠炎疫情中重组诺如病毒基因特征分析

目的 明确成都市2018年5月某建筑工地发生的一起急性胃肠炎疫情中的诺如病毒的基因型别,并对其遗传进化和分子流行病学特征进行分析研究。方法 对实时荧光定量PCR检测结果为阳性的标本采用常规RT - PCR扩增其RNA依赖的RNA聚合酶区和衣壳蛋白区并测序,与国内外参考株进行序列比对和构建进化树等基因特征分析。结果 序列比对和进化树分析结果显示:此次疫情中检出的诺如病毒核苷酸同源性为100%;其RNA依赖的RNA聚合酶区与北京株处于同一分支,同源性95.4%;而衣壳蛋白区与莫斯科株同源性最高,为96.4%。结合SimPlot对其进行分析,重组可能位点在213 bp处,定位在ORF1/2交叠区。结论 引起本次急性胃肠炎疫情的重组诺如病毒基因型为GI.P4 - GI.5,这是成都市首次检出诺如病毒GI群重组株。     

2016 - 2018无锡市腹泻病疫情中诺如病毒的分子流行病学特征

目的 鉴定无锡市2016年3月 - 2018年3月急性腹泻病突发疫情中诺如病毒的感染流行情况,并对病原体进行分子特征研究。方法 对疫情上送的暴发急性病例标本,采用荧光PCR初步判定病原体,常规RT - PCR检测诺如病毒RNA聚合酶和衣壳蛋白基因片段,并进行序列测定和分子特征分析。结果 在30起暴发疫情中共有162份标本经荧光PCR检测均为诺如病毒核酸阳性,其中154份标本RT - PCR检测判为GII型诺如病毒,120份标本成功测序。测序结果显示,2016 - 2018年突发疫情中有5种基因型,分别是GII.P16 - GII.2、GII.P17 - GII.17、GII.4_Sydney2012、GII.4_NewOrleans和GI.6,2017年之前以GII.17病毒株流行为主,2017之后新的GII.P16 - GII.2重组株成为无锡市病毒性腹泻疫情中的绝对优势株。结论 诺如病毒是无锡市腹泻病疫情的最常见病原体,其最新的优势流行株是GII.P16 - GII.2重组株,和全国趋势一致。     

一起诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发的分子流行病学分析

目的了解青岛市某小学暴发的一起急性胃肠炎中诺如病毒感染的分子流行特征。方法将收集到的患者的粪便标本27份,采用RT-PCR方法进行诺如病毒检测,阳性标本进行核苷酸序列测定和遗传进化树分析,确定基因型。结果青岛市2012年12月份暴发的病毒性胃肠炎,27份粪便标本中检测出9株阳性毒株,阳性率为33.33%,其中7株测序成功,2株由于病毒浓度较低而测序失败。检测出的7株阳性毒株进行同源性分析,结果显示所测序列与诺如病毒参考株JX459908_GⅡ-4/Sydney\NSW0514\2012\AU的同源性均为100%,证实为诺如病毒GⅡ型,利用基因进化树分析得出是由GⅡ.4亚型的诺如病毒引起。结论诺如病毒是引起此次急性胃肠炎暴发流行的主要病原体,且引起暴发的流行病毒株属于GⅡ.4型。     

上海市普陀区食源性疾病病例检出的诺如病毒的分子流行病学分析

目的 了解上海市普陀区哨点医院食源性疾病病例诺如病毒的感染情况和病毒基因特征，为辖区内诺如病毒引起的感染性腹泻病的防控提供科学依据。方法 收集2018年1月至2019年12月上海市普陀区哨点监测医院的食源性疾病病例的肛拭标本和流行病学资料，采用实时荧光定量逆转录PCR方法检测诺如病毒，部分阳性标本使用逆转录PCR的方法扩增聚合酶-衣壳蛋白链接区并测序，通过生物信息软件进行基因分型和系统进化分析。结果 诺如病毒阳性检出率33.33%（134/402），以诺如病毒GII组为主（65.67%，88/134）；诺如病毒检出阳性率在不同性别、不同年龄组、不同职业的差异均有统计学意义（P<0.05），阳性病例和阴性病例在发热、恶心、呕吐、腹痛等临床特征的差异有统计学意义（P<0.05），春季和冬季是诺如病毒高发季节。45份诺如病毒测序成功，通过序列比对分析获得15种基因型别，GI组以GI.P13-GI.3型和GI.P4-GI.4型为主，GⅡ组以GII.P17-GII.17型和GII.P16-GII.2型为主。同源性和遗传进化分析结果显示:8株GII.P17-GII.17型核苷酸同源性为98.2%~100%，与参考株MN461100.1同源性差异最大；7株GII.P16-GII.2型与参考株均在同一进化分支上，与日本的AB629946.1参考株同源性差异最大；其余基因型别与所选参考株均在同一进化分支上。结论 诺如病毒是上海市普陀区食源性疾病的重要病原体，基因型别存在多样性，GII.P17-GII.17型和GII.P16-GII.2型是2018—2019年的主要流行株。     

1起学校诺如病毒急性胃肠炎暴发的病原学检测

目的 对1起学校急性胃肠炎暴发疫情进行病原学检测分析。方法 对该学校暴发疫情的急性胃肠炎病例、厨房工作人员及病例对照采集肛拭子标本,提取核酸RNA,应用实时荧光RT-PCR试剂盒进行诺如病毒、札如病毒、轮状病毒、腺病毒、星状病毒检测,对阳性标本进行核衣壳编码区RT-PCR扩增、序列测定和系统进化分析。结果 21份患者肛拭样本中有16份GII型诺如病毒实时荧光RT-PCR阳性;所有标本的札如病毒、轮状病毒、腺病毒、星状病毒检测阴性。14份诺如病毒核酸阳性标本获得321bp目标片段序列,彼此间核苷酸相似性100%,提示同一来源;GenBank的BLAST结果显示,本次诺如病毒疫情毒株与GⅡ.2的参考株AY134748(Snowmoutain/1976/US)、X81879 (Melksham/1989)同源性最高,进化树上处于同一进化分支,属于GⅡ.2群。结论 该起学校急性胃肠炎暴发疫情是由诺如病毒GⅡ.2感染所致。     

2018—2022年焦作市<18岁人群感染诺如病毒基因分型分析

目的 了解焦作市2018—2022年<18岁人群诺如病毒的流行株基因型及同源性。方法 收集2018—2022年焦作市<18岁人群腹泻病例粪便标本,提取RNA,通过荧光定量PCR方法,检测诺如病毒GⅡ型,筛选出阳性标本,应用RT-PCR扩增RdRp部分基因片段和VP1全长基因片段,RT-PCR阳性扩增产物进行基因测序,分析流行株基因型并构建系统进化树。结果 共采集2 453份粪便标本,检出诺如病毒GⅡ阳性394份,含8个基因亚型,依次为GII.P16/GII.2(占35.79%)、GII.P17/GII.17(占34.26%)、GII.P16/GII.1(占14.97%)、GII.P12/GII.3(占6.60%)、GII.Pe/GII.4(占3.55%)、GII.P8-GII.8(占2.28%)、GII.P7-GII.6(占1.27%)、GII.P7-GII.14(占1.27%)。结论 2018—2022年焦作市<18岁人群诺如病毒感染为多基因型毒株共同流行,可能加速新的基因重组型毒株出现,需加强关注。     

广州市1起诺如病毒急性胃肠炎暴发的实验室检测

目的确定1起学校急性胃肠炎暴发原因。方法采集病例粪便标本,直饮水标本,采用实时荧光定量(Real-time)PCR和RT-PCR方法检测病毒核酸,阳性标本测序分析。结果 5份粪便标本中3份呈诺如病毒阳性,2份直饮水标本均呈诺如病毒阳性。3份病例粪便标本病毒株核苷酸序列一致,均为GⅡ-4型,提示病毒同源。结论对诺如病毒进行核酸检测,证实该疫情为一起诺如病毒GⅡ-4型引起的急性胃肠炎暴发。     

广西首起诺如病毒感染性腹泻病原基因测序分析

目的对广西首起诺如病毒急性胃肠炎疫情进行病原基因测序分析,以确证其病原体,并对其基因分型。方法采用荧光定量PCR法对8份疫情病例样本进行诺如病毒RNA检测,取其中4份阳性标本再经RT-PCR扩增,然后纯化、克隆、测序和进化树分析。结果8份标本均测出诺如病毒RNA,阳性率100%;其中4株病毒的N/S区序列与GenBank中的雪山病毒参考株同源性最高,达95%。结论序列测定结果证实广西大新县的急性胃肠炎疫情是诺如病毒感染所致,其病毒基因型为GⅡ.2型。     

诺如病毒GII.17和GI.3基因型引起急性胃肠炎疫情的病原分析

目的对安庆市某中学暴发的急性胃肠炎疫情进行病原鉴定,并进一步对部分基因序列测序分析,以确定其基因亚型。方法对采集的13份肛拭子,3份生活饮用水标本,采用实时荧光定量RT-PCR方法进行诺如病毒GI/GII型检测,对阳性标本的病毒VP1区部分核酸序列测序和基因库数据比对,并采用MAGA5.0软件构建进化树。结果在13份肛拭子样本7份诺如病毒阳性中,6份属于GI.3型,1份属于GII.17型;3份生活饮用水样本GI.3和GII.17型均有检出。结论该起疫情由诺如病毒感染引起,为GI.3和GII.17基因亚型。     

长沙市GI.6[P11]重组型诺如病毒引起的暴发疫情全基因组序列特征分析

目的 对长沙市2017年5月一起诺如病毒暴发疫情中的病毒基因型别进行鉴定,并对病毒全基因组序列特征进行分析。 方法 采集疫情中4份病例粪便标本和2份饮用井水标本,提取病毒核酸后实时荧光逆转录聚合酶链反应进行诺如病毒GI和GII型检测,逆转录聚合酶链反应扩增病毒开放阅读框(open reading frame,ORF),测定ORF1与ORF2连接区域序列并进行基因型别鉴定,应用二代测序技术对阳性标本进行全基因组序列测定和分析。 结果 采集的6份标本中有2份病例标本和1份井水标本诺如病毒GI型阳性,基于核酸序列的进化树分析发现ORF1区域序列位于GI.P11型别分支,ORF2区域序列位于GI.6型别分支。3份阳性标本毒株序列之间的同源性为99.8%~100.0%。全基因组序列毒株编号为Hu/CSNV0501/2017,基因组编码区全长为7 602 bp。Simplot软件分析重组位点位于ORF1区域序列约5 341 bp。 结论 本次疫情的传染源为井水污染传播,引起此次胃肠炎疫情的病原体为诺如病毒GI.6[P11]重组型。应加强对长沙市诺如病毒少见重组亚型的监测,为重组毒株的遗传进化和疫情防控提供参考。     

广西壮族自治区首次检出的GⅡ.4型诺如病毒N/S区基因特征

目的 了解广西壮族自治区一起感染性腹泻疫情中GⅡ.4型诺如病毒(Norovirus)的基因特征.方法 采用荧光定量逆转录-聚合酶链反应,对采集于这起疫情的34份粪便标本进行诺如病毒核糖核酸(RNA)的检测,并对随机选取的1份阳性样本进行N/S区核苷酸序列测定和分析,并构建系统进化树.结果 34份粪便标本中,有29份检测诺如病毒RNA阳性,阳性率为85.3%.随机选取的1株诺如病毒株(LC17株)的N/S区核苷酸序列与GⅡ型所有亚型参考株相比,其与第4亚型(GⅡ.4型)的参考株--Lordsdale/1993/UK株的核苷酸序列同源性为93.3%,在遗传进化树图中,与GⅡ.4型株病毒在一簇.与早年流行的GⅡ.4型流行株同源性为94.7%～96.5%,与国内外2006年流行株同源性为98.2%～98.6%,但与1株广州株相比,同源性仅为94.7%.结论 此次感染性腹泻疫情是由诺如病毒GⅡ.4型感染所致,其病毒基因型在广西壮族自治区是首次发现和报导.GⅡ.4型毒株在不断的进化,并在核甘酸序列特征和毒株地域分布上表现出多样性,需加强对诺如病毒的分子流行病学研究,了解基因型的分布,鉴别其来源和传播途径,对控制诺如病毒感染有重要意义.     

诺如病毒RT-PCR检测及进化树分析

目的：了解辽宁省儿童诺如病毒感染情况。方法：用RT-PCR的方法对131份粪便标本进行检测。扩增出的目标片段克隆于T载体上测定序列,用Mega3.1软件、邻位相连法构建进化树。结果：共有22份粪便标本诺如病毒RT-PCR检测阳性。通过核苷酸碱基序列比对发现这22株诺如病毒碱基序列与2006-2007年在匈牙利、荷兰和日本引起流行的参考株碱基序列高度同源,进化树分析表明它们共同构成GII.4的一组新变异群;与欧洲食源性病毒监测网络诺如病毒数据库比较,发现它们与欧洲GII.4新变异株2006b同源性最高。结论：辽宁地区检测到的22株诺如病毒均属于GII.4新变异株2006b。     

一起急性胃肠炎聚集性疫情的病原学诊断及基因型分析

目的 了解合肥市某工地一起急性胃肠炎聚集性疫情的病原及其基因型。方法 采用实时荧光PCR方法对16份肛拭子标本和7份水样标本进行诺如病毒、札如病毒和星状病毒核酸筛查,对诺如病毒核酸阳性标本采用RT-PCR扩增Rd Rp-VP1区基因,并进行基因序列测定,在线比对确定病毒基因亚型,运用MEGA软件构建基因进化树,进行基因比对和进化分析。结果 14份肛拭子和2份水样标本诺如病毒核酸阳性,札如病毒和星状病毒核酸均阴性,获得9条诺如病毒Rd Rp-VP1区基因序列,均为GⅡ. P17-GⅡ. 17型。结论 这是一起因饮用水污染GⅡ. P17-GⅡ. 17型诺如病毒引发的急性胃肠炎暴发疫情。     

北京市东城区一起GⅠ型诺如病毒感染暴发疫情的调查报告

目的 通过对某小学（以下称F小学）一起GⅠ型诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发疫情进行调查和分析,为有效控制学校内发生的急性胃肠炎暴发疫情提供科学依据和经验借鉴。方法 采用现场流行病学调查方法,对F小学的急性胃肠炎暴发疫情中病例进行个案调查,采集病例和餐饮人员样本和环境样本,采用实时荧光PCR方法检测肠道病毒核酸。结果 2018年10月19 - 22日,F小学共报告急性胃肠炎病例145例,罹患率为21.77%。采集呕吐物及粪便标本29份,采集环境涂抹标本10份, 经检测9份粪便标本和2份涂抹标本为GⅠ型诺如病毒病毒核酸阳性。结论 此次疫情为一起由GⅠ型诺如病毒引起的小学生急性胃肠炎暴发疫情,餐饮人员隐性感染可能与本次疫情有关。