安徽省诺如病毒G II.4/Sydney 2012变异株分子特征分析

目的了解安徽省某高校一起急性胃肠炎暴发疫情的病原体基因分型和分子特征。方法采用实时荧光定量PCR法(Real-time PCR)对6份粪便/肛拭子标本检测诺如病毒核酸,检出的阳性标本经传统RT-PCR扩增衣壳蛋白区(ORF2)部分序列、基因测序和型别鉴定,利用Clustal X 2.0和Mega 6.0软件对测定序列进行核苷酸同源性比对和构建基因进化和亲缘性关系树。结果检出4份标本诺如病毒核酸阳性,阳性率为66.67%(4/6);基因序列比对和进化亲缘性关系显示:诺如病毒基因型为GII.4型;2毒株序列之间核苷酸同源性为100%;与2014~2015年上海株、香港株核酸同源性最高,均为100%;与2012澳大利亚Sydney株(JX459908)同源性为99.6%;与上海和香港两地区毒株亲缘性关系最近,聚为独立一簇,同属GII.4/Sydney 2012分支。结论引发该起急性胃肠炎暴发的病原体为GII.4型诺如病毒,且属于GII.4 Sydney 2012变异株。     

一起急性胃肠炎疫情中重组诺如病毒基因特征分析

目的 明确成都市2018年5月某建筑工地发生的一起急性胃肠炎疫情中的诺如病毒的基因型别,并对其遗传进化和分子流行病学特征进行分析研究。方法 对实时荧光定量PCR检测结果为阳性的标本采用常规RT - PCR扩增其RNA依赖的RNA聚合酶区和衣壳蛋白区并测序,与国内外参考株进行序列比对和构建进化树等基因特征分析。结果 序列比对和进化树分析结果显示:此次疫情中检出的诺如病毒核苷酸同源性为100%;其RNA依赖的RNA聚合酶区与北京株处于同一分支,同源性95.4%;而衣壳蛋白区与莫斯科株同源性最高,为96.4%。结合SimPlot对其进行分析,重组可能位点在213 bp处,定位在ORF1/2交叠区。结论 引起本次急性胃肠炎疫情的重组诺如病毒基因型为GI.P4 - GI.5,这是成都市首次检出诺如病毒GI群重组株。     

一起诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发的分子流行病学分析

目的了解青岛市某小学暴发的一起急性胃肠炎中诺如病毒感染的分子流行特征。方法将收集到的患者的粪便标本27份,采用RT-PCR方法进行诺如病毒检测,阳性标本进行核苷酸序列测定和遗传进化树分析,确定基因型。结果青岛市2012年12月份暴发的病毒性胃肠炎,27份粪便标本中检测出9株阳性毒株,阳性率为33.33%,其中7株测序成功,2株由于病毒浓度较低而测序失败。检测出的7株阳性毒株进行同源性分析,结果显示所测序列与诺如病毒参考株JX459908_GⅡ-4/Sydney\NSW0514\2012\AU的同源性均为100%,证实为诺如病毒GⅡ型,利用基因进化树分析得出是由GⅡ.4亚型的诺如病毒引起。结论诺如病毒是引起此次急性胃肠炎暴发流行的主要病原体,且引起暴发的流行病毒株属于GⅡ.4型。     

2012-2014年广东省哨点医院诺如病毒GII.4 Sydney变异株流行状况及暴发疫情特征分析

目的：分析2012年1月至2014年6月广东省哨点医院诺如病毒GII.4 Sydney变异株流行状况,以及由诺如病毒GII.4 Sydney变异株感染引起的暴发疫情特征。方法2012年1月至2014年6月在广东省选取22家医院的门诊科室为监测哨点,将采集的腹泻病例粪便样本（共10750份）送至市级CDC,进行病毒核酸提取及诺如病毒核酸检测,所有阳性样本递送至广东省CDC,并按照随机数字法抽取了855份进行诺如病毒基因分型,共成功测序样本690份。采用χ2检验比较不同年龄组、不同时期内腹泻病例诺如病毒感染情况。通过广东省突发公共卫生事件管理信息系统,收集2012年1月至2014年6月广东省13起由诺如病毒GII.4 Sydney变异株感染引起的社区暴发疫情数据,进行社区流行病学分析。结果2012年8月首次检出诺如病毒GII.4 Sydney变异株,2012年11月检出比例为13/15。2012年11月至2013年1月（T1时期）,各月份中腹泻病例诺如病毒感染阳性率分别为23.8%（100/421）、15.9%（61/383）、19.2%（95/495）,2013年11月至2014年1月（T2时期）,各月份中腹泻病例诺如病毒感染阳性率分别为17.0%（90/529）、8.7%（37/426）、11.2%（46/409）,均低于T1时期（χ2值分别为6.65、9.93、10.74,P值分别为0.010、0.002、0.001）。T1时期内≥15、<15岁组腹泻病例诺如病毒感染阳性率分别为26.3%（143/543）、14.9%（113/756）（χ2=25.90,P<0.001）;T2时期≥15、<15岁组阳性率分别为10.1%（52/516）、14.3%（121/848）（χ2=5.09,P=0.024）。13起暴发疫情中,食源性传播占10/13。结论广东省2012年8月首次检出诺如病毒GII.4 Sydney变异株,2012年11月起呈现社区流行,流行1年后,强度降低;由诺如病毒GII.4 Sydney变异株引起的暴发疫情主要以食源性传播为主。     

广州市白云区一起诺如病毒聚集性疫情分析

目的调查广州市白云区某幼儿园一起诺如病毒感染急性胃肠炎聚集性疫情,分析流行病学特征、感染来源及传播方式,为防控提供依据。方法采用流行病学调查、数据统计分析及采样检测诺如病毒核酸的综合调查分析。结果该起聚集性疫情共报告病例19例,采集标本55份,诺如病毒核酸阳性16份(29.1%)。结论该起急性胃肠炎聚集性疫情由诺如病毒感染引起,感染来源未明,传播途径考虑为密切接触传播。     

GⅠ.P11-GⅠ.6型诺如病毒分子特征分析

目的 分析引起北京市丰台区某小学1起胃肠炎疫情的诺如病毒分型特征，为诺如病毒防控提供参考依据。方法 2021年10月在北京市丰台区某小学发生1起胃肠炎疫情，留取粪便标本做便常规检测和便隐血检测，并在便标本中提取核酸，使用荧光定量PCR技术进行诺如病毒核酸检测，采用一步法逆转录PCR扩增特异性核酸片段分析诺如病毒亚型。结果 共14例胃肠炎病例，14份粪便标本便常规结果正常，7份便隐血结果阳性，阳性率为50.0%。13份标本检测出诺如病毒阳性，基因型别为GⅠ.P11-GⅠ.6。结论 本次疫情检测出的诺如病毒型别引起的胃肠炎便隐血阳性率较高，超过其他文献报道的比率，并发现其在氨基酸水平上聚合酶区和VP1区都发生了关键位点的变异。需持续进行疫情监测和防控工作，以减少该类疫情的发生。     

一起急性胃肠炎暴发疫情中诺如病毒的分子流行病学分析

目的研究导致本次急性胃肠炎暴发疫情的诺如病毒的分子流行病学特征。方法对2015年2月7日北京市某旅行团急性胃肠炎暴发疫情病例标本进行实时荧光定量PCR(Real-time PCR)检测,并对感染病例的诺如病毒进行RNA依赖性RNA聚合酶基因(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)和VP1区基因序列的检测和分析。结果 18份便标本经Real-time PCR检出12份GⅡ型诺如病毒阳性标本,RdRp区和VP1区序列扩增各得到11条诺如病毒基因序列。根据RdRp区和VP1区系统进化分析证明感染病例的诺如病毒分型为GⅡ.17型。该病毒株与引起暴发疫情的诺如病毒GⅡ.17型新变异株珠海ZHITHC-12株高度同源,RdRp区和VP1区核苷酸差异分别为0%和0.1%,氨基酸差异均为0%。结论引发北京某旅行团旅客急性胃肠炎暴发疫情的病原体是引起中国2015年暴发流行的诺如病毒GⅡ.17型新变异株。     

广西首起诺如病毒感染性腹泻病原基因测序分析

目的对广西首起诺如病毒急性胃肠炎疫情进行病原基因测序分析,以确证其病原体,并对其基因分型。方法采用荧光定量PCR法对8份疫情病例样本进行诺如病毒RNA检测,取其中4份阳性标本再经RT-PCR扩增,然后纯化、克隆、测序和进化树分析。结果8份标本均测出诺如病毒RNA,阳性率100%;其中4株病毒的N/S区序列与GenBank中的雪山病毒参考株同源性最高,达95%。结论序列测定结果证实广西大新县的急性胃肠炎疫情是诺如病毒感染所致,其病毒基因型为GⅡ.2型。     

诺如病毒GⅡ．4型Sydney 2012变异株与GⅡ．3型混合感染事件调查

目的 调查某大学一起急性胃肠炎暴发事件的感染来源和流行病学特征。方法 开展病例搜索,用描述性流行病学方法分析;用RT PCR法检测诺如病毒核酸,进行基因测序和核酸分型。结果 事件共发生感染性腹泻疑似病例473例,罹患率7.7%,确诊97例（20.5%）;临床症状以腹泻（100%）和呕吐（67%）为主,病例分布无聚集性,无性别差异;采集病例和厨工肛拭子、食堂剩余食物、环境涂抹样和生活饮用水样本共53份,细菌分离培养阴性,肛拭子诺如病毒RT PCR阳性率60.0%（9/15）,经基因测序分型5份为诺如病毒GⅡ.4型Sydney 2012变异株,4份为GⅡ.3型。结论 该起事件由诺如病毒GⅡ.4型Sydney 2012变异株和GⅡ.3型混合感染所致,传播途径可能为食源性传播和接触传播,卫生监管部门应加强对集体单位食堂的监管。     

江苏省近期急性胃肠炎暴发中诺如病毒分子特征分析

目的 了解江苏省胃肠炎暴发疫情中诺如病毒(NoV)感染状况,并对其病原分子流行病学特征进行初步研究.方法 收集江苏省2012年10月至2013年3月7起胃肠炎暴发疫情患者肛拭子标本共67份,采用实时荧光RT-PCR定性检测,NoV阳性标本用RT-PCR扩增其聚合酶区及VP1区基因片段进-步测序分型.结果 7起疫情均为NoV感染引起的暴发,检测阳性率为67.2％(45/67).全部45株阳性毒株序列分析表明7起疫情中除-起是由GⅡ.3型感染引起外,其余6起均由新GⅡ.4感染引起,其中38株毒株与2012年澳大利亚参考株GⅡ.4/Sydney株同源性均在99％以上.进-步对6株新型Sydney变异株的衣壳蛋白VP1区扩增测序,并与9株近年流行株的VP1区氨基酸序列比对,发现该6株毒株的VP1区部分氨基酸已出现突变,而氨基酸位点的突变是与病毒抗原性密切相关.结论 江苏省7起疫情暴发聚集且感染毒株型别单-,说明已出现新NoV变异株,其原型株GⅡ.4/Sydney已在国外多地引起暴发和流行,提示该毒株将是今后防控监测的重点.     

一起GⅡ.6型诺如病毒聚集性疫情的流行病学调查

诺如病毒感染性腹泻(胃肠炎)是由诺如病毒引起的急性肠道传染病,以起病急、传播快、暴发多、呕吐多见为特征[1].该病毒传染性强,传播途径广泛,极易在学校、托幼机构、养老院、医院、工厂及社区等聚集性场所引起暴发流行[2].近年来,国内外因诺如病毒感染引起聚集性或暴发疫情的报道逐渐增多,其中GⅡ型诺如病毒因基因型较多、毒株变异快,可引起全球性胃肠炎的流行,并导致严重的公共卫生问题.2015年5月22日,北京市某幼儿园发生一起以呕吐为主要症状的急性胃肠炎聚集性疫情.经流行病学调查和实验室检测,证实由GⅡ.6型诺如病毒感染所致,现报道如下.     

无锡一起诺如病毒感染性腹泻病原基因测序分析

目的对无锡一起诺如病毒急性胃肠炎疫情进行病原基因测序分析,以确证其病原体,并对其基因进行分型。方法采用荧光定量PCR法对74份疫情病例样本进行诺如病毒RNA检测,在阳性标本中取3份病毒样本和1份日常监测检出的诺如病毒Ⅱ型阳性标本,经RT-PCR扩增,然后纯化、测序和进化树分析。结果 74份疫情样本中的17份样本测出诺如病毒Ⅱ型RNA,阳性率23%;其中3株疫情病毒和1株日常哨点医院腹泻病监测所得的Ⅱ型诺如病毒的ORF1-ORF2连接区序列与DNA Data Bank of Japan(DDBJ)中的GII.4参考株Lordsdale病毒(Lordsdale virus,LV)同源性最高,达95%。结论序列测定结果证实这起无锡急性胃肠炎疫情是诺如病毒感染所致,其病毒基因型为GⅡ.4型。     

广州市2017年某高校诺如病毒GⅡ.4 Sydney 2012变异株感染暴发调查

目的 分析2017年广州市GⅡ.4 Sydney 2012变异株引起的诺如病毒感染暴发疫情的流行特征和分子生物学特征,为诺如病毒感染疫情的防控提供依据。方法 设计调查表收集病例发病资料和疫情数据,采集现症病例和厨工的肛拭子以及环境标本进行病原学检测,阳性标本进行基因测序和同源性分析。采用病例对照研究方法分析疫情的相关危险因素。结果 2017年9月17-21日,广州市大学城某高校累计发生诺如病毒感染病例226例,包括223例在校学生和3例厨工,学生罹患率为0.73%（223/30 711）;宿舍A区学生罹患率最高（1.73%,164/9 459）,无院系和班级聚集性;主要危险因素为18-20日在A区食堂就餐（OR=10.75,95% CI：5.56~20.79）,发病风险最高的是18日晚餐,另一危险因素是同宿舍有病例（OR=3.65,95% CI：1.92~6.94）;诺如病毒核酸阳性的厨工全部来自A区食堂,阳性率为26.67%（12/45）,病毒基因测序结果为GⅡ.4 Sydney 2012变异株,与学生病例的病毒基因序列相似度为100%。结论 本次疫情是继2013年之后诺如病毒GⅡ.4 Sydney 2012变异株再次在学生人群引起的较大规模暴发疫情,由食源性传播的可能性较大,同时不排除接触传播。     

一起GⅡ.17型诺如病毒引起的聚集性腹泻疫情报告

目的调查一起GⅡ.17型诺如病毒感染引起的聚集性腹泻疫情。方法收集该起疫情患者粪便标本,采用实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)检测诺如病毒核酸,阳性标本进行核苷酸序列测定并进行同源性分析。结果该起感染性腹泻疫情共36例患者,采集13例临床表现典型患者的粪便标本进行检测,诺如病毒核酸阳性8份,阳性率为61.54%。将5株测序成功序列进行比对,确定诺如病毒基因型为GⅡ.17型。与2014年中国香港分离的诺如病毒GⅡ.17型参考株Norovirus HK GⅡ.17 2014在同一个进化分支上,核苷酸序列同源性为99.3%~99.7%。结论本次疫情是由GⅡ.17型诺如病毒感染引起的聚集性腹泻疫情,应加强对此毒株的监测工作。     

一起早教中心诺如病毒感染聚集性疫情调查分析

目的调查1起早教中心内出现多名急性胃肠炎聚集性疫情,分析疫情发生原因,提出防控处置措施。方法按照病例定义开展病例搜索,采用描述性流行病学方法进行分析,样本采用RT-PCR方法进行肠道病毒核酸检测。结果某早教中心2016-05-31/06-01有18例儿童出现呕吐、腹痛症状,其中12例诺如病毒感染疑似病例,6例胃肠炎病例。采集2例疑似病例样以及2名食堂工作人员样,结果为均为诺如病毒阳性。诺如病毒感染9.23%。结论本次为诺如病毒GⅡ型引起的急性胃肠炎暴发疫情,暴发原因可能是由携带病毒的食堂工作人员污染部分食物所致,以食源性传播为主。     

1起学校诺如病毒急性胃肠炎暴发的病原学检测

目的 对1起学校急性胃肠炎暴发疫情进行病原学检测分析。方法 对该学校暴发疫情的急性胃肠炎病例、厨房工作人员及病例对照采集肛拭子标本,提取核酸RNA,应用实时荧光RT-PCR试剂盒进行诺如病毒、札如病毒、轮状病毒、腺病毒、星状病毒检测,对阳性标本进行核衣壳编码区RT-PCR扩增、序列测定和系统进化分析。结果 21份患者肛拭样本中有16份GII型诺如病毒实时荧光RT-PCR阳性;所有标本的札如病毒、轮状病毒、腺病毒、星状病毒检测阴性。14份诺如病毒核酸阳性标本获得321bp目标片段序列,彼此间核苷酸相似性100%,提示同一来源;GenBank的BLAST结果显示,本次诺如病毒疫情毒株与GⅡ.2的参考株AY134748(Snowmoutain/1976/US)、X81879 (Melksham/1989)同源性最高,进化树上处于同一进化分支,属于GⅡ.2群。结论 该起学校急性胃肠炎暴发疫情是由诺如病毒GⅡ.2感染所致。     

桐乡市诺如病毒急性胃肠炎疫情流行特征分析

目的研究桐乡市诺如病毒引起的急性胃肠炎疫情的流行特征及流行因素,指导今后诺如病毒疫情的防控。方法对2014年-2016年桐乡市发生并经实验室确诊的诺如病毒引起的急性胃肠炎疫情资料进行分析,分析疫情的时间、人群分布、传播途径和病毒基因型特征。结果 2014年-2016年共报告诺如病毒急性胃肠炎疫情13起,报告病例162例,其中实验室确诊45例,无重症和死亡病例,波及4 182人,总罹患率为3.87%,均由诺如病毒GⅡ型引起。结论诺如病毒GⅡ型已成为学校急性胃肠炎疫情的重要病原,疫情全年均可发生,但寒冷季节呈现高发,对呕吐物处理不当是造成疾病传播的关键因素。     

黄山市2018年两起暴发疫情诺如病毒分子分型与基因特征分析

目的了解黄山市暴发疫情诺如病毒分子分型与基因特征。方法收集黄山市2018年两起暴发疫情中具有胃肠炎症状患者的肛拭子标本37份,采用实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)对采集的标本进行诺如病毒核酸检测,检出的阳性标本,采用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增病毒衣壳区和聚合酶区,并对PCR产物进行基因测序及分子分型鉴定,测序结果使用Mega 6.0软件构建进化树进行遗传进化分析。结果 37份标本中,16份标本诺如病毒核酸阳性,其中11份测序成功,BLAST比对结果显示11条序列均为诺如病毒GII.P16-GII.2基因型。两起疫情中检出的诺如病毒序列与福建泉州、江苏泰州、南京和安徽宿州的毒株序列同源性较高。结论 GII.P16-GII.2基因型诺如病毒是引起黄山市黟县两起急性胃肠炎暴发疫情的主要病原体。     

牡蛎养殖区人群诺如病毒感染监测对暴发的预警作用

目的了解牡蛎养殖区人群诺如病毒感染病例的流行特征,研究病例监测对暴发的预警作用。方法 2014年1—12月,采用多阶段抽样方法从牡蛎养殖区选取部分社区人群进行入户调查,回顾其过去4周内急性胃肠炎的发病情况。采用实时RT-PCR与半巢式PCR相结合的方法检测诺如病毒,测序并绘制系统发育树。结果调查共发现75例急性胃肠炎病例,年发病率为0.10次/人年;诺如病毒阳性率为20.0%(15/75);系统发育分析显示,诺如病毒优势流行株为GII.4 Sydney 2012;发现新型GII.17变异株,检出时间为2014年3月。结论 GII.4 Sydney 2012仍是引起当地诺如病毒感染急性胃肠炎的主要流行株,在牡蛎养殖区哨点医院诺如病毒感染病例监测中发现的GII.17变异株对2014年冬季的暴发流行具有早期预警作用。     

2020-2021年北京市昌平区诺如病毒急性胃肠炎聚集性疫情流行病学特征

目的 分析2020-2021年北京市昌平区诺如病毒急性胃肠炎聚集性疫情流行特征，为科学制定诺如病毒急性胃肠炎疫情防控措施提供依据。方法 收集2020-2021年北京市昌平区诺如病毒急性胃肠炎聚集性疫情流调和临床资料，用实时荧光PCR方法检测诺如病毒；采用描述性的流行病学方法，分析疫情三间分布等流行病学特征。结果2020-2021年北京市昌平区共报告51起诺如病毒急性胃肠炎聚集性疫情，疫情样本中诺如病毒检出率为20.08%(303/1 509)；诺如病毒疫情冬季高发，发生在冬季的疫情占52.94%(27/51),其中12月占50.98%(26/51)；城乡结合部的2个镇发生疫情起数最多，占47.06%(24/51)，不同地区罹患率差异有统计学意义(χ²=653.553,P<0.05)；托幼机构发生疫情起数最多，占58.82%(30/51)，不同人群罹患率差异有统计学意义(χ²=797.526,P<0.05)；病例最常见的症状是呕吐，占78.61%(305/388)，呕吐、腹泻和发热症状在不同人群间差异有统计学意义(P均<0.0...