黄海葵相关细菌抗菌活性菌株的筛选及其初步分类鉴定

目的 对分离自硇洲岛黄海葵(Anthopleura xanthogrammica)样品的126株细菌进行抗菌活性筛选和初步分类鉴定.方法 以8种微生物(3株革兰阳性菌、3株革兰阴性菌和2株真菌)作为指示菌,采用琼脂扩散法筛选抗菌活性菌株,采用基于16S rRNA基因序列的系统发育分析和生物学特性研究对其中抗菌谱较广且抗菌活性稳定的菌株进行初步分类鉴定.结果 67株菌具有抗菌活性,阳性率为53.2%,抗菌谱较广且活性较强的9株,占受试菌株总数的7.1%.经过形态观察、生理生化特征及基于16S rRNA基因序列的系统发育分析表明,9株具有较强抗菌活性的菌株分别属于芽孢杆菌属(Bacillus)、盐芽孢杆菌属(Halobacillus)、短杆菌属(Brachybacterium)、拟诺卡菌属(Nocardiopsis)、盐单胞菌属(Halomonas)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)和弧菌属(Vi6rio)菌株.结论 分离自中国南海的黄海葵相关微生物抗菌活性菌株具有丰富的类群多样性.     

广西茅尾海红树林根围淤泥放线菌多样性及抗菌活性

目的 对广西茅尾海红树林保护区植物根部淤泥中的放线菌进行分离鉴别,研究放线菌的多样性和抗菌活性。方法 选用10种分离培养基,经稀释涂布法分离放线菌;通过PCR扩增,测序后获得菌株16S rRNA基因序列;邻接法构建系统发育树并进行同源性分析,探测放线菌的多样性;针对发酵液经乙酸乙酯萃取后的有机相、水相及菌丝丙酮浸泡液共3类样品,采用纸片扩散法开展抗菌活性研究。结果 从8份红树林植物根围淤泥样品中分离纯化得到244株放线菌,分布于5个目13个科29个属,优势菌属为链霉菌属和小单孢菌属;16S rRNA基因序列相似性低于98.65%的放线菌共有4株,可能为潜在新物种;抗菌活性筛选结果表明,83株放线菌的抗菌活性阳性率达71.1%。结论 广西茅尾海红树林保护区植物根围淤泥中抗菌活性放线菌的多样性丰富。     

广西北仑河口红树林植物根际淤泥放线菌的分离、鉴定、多样性及抗菌活性研究

从红树林根际淤泥中分离鉴定放线菌并进行多样性分析及抗菌活性研究,为新抗生素的发现提供药用放线菌资源。方法 用6种分离培养基,利用涂布平板法分离放线菌;通过PCR扩增获得菌株16S rRNA基因并进行同源性比对,分析放线菌多样性;发酵液经处理分别形成发酵液酯相、发酵液水相和菌丝丙酮浸提液3类样品;纸片扩散法进行抗菌活性测试。结果 从5份红树林植物根际淤泥样品中分离纯化得到56株放线菌,分布于7个目7个科12个属,优势菌属为小单孢菌属和红球菌属;菌株L9T122、L1T1Jb1的16S rRNA基因序列与有效发表菌株Agromyces bracchium IFO 16238T(AB023359)、Streptomyces radiopugnans R97T(DQ912930)的相似率最高,分别为97.49%和97.07%,为潜在壤霉菌属和链霉菌属新种;抗菌活性检测结果表明,在20株放线菌中,15株具有抗菌活性,总阳性率为75.00%。其中L2T1Gb21、L9T122对金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌均有较强的抑菌作用。结论 广西北仑河口红树林植物根际土壤中含有较为丰富的放线菌资源,菌株L2T1Gb21、L9T122有较强的抗菌活性,具有开发抗菌新药的潜力。     

罗汉松及响叶杨内生放线菌的分离、活性及多样性研究

目的 积累微生物资源,研究内生放线菌的微生态特征及其次生代谢产物的生物活性.方法 依据Coombs等的分离方法并加以改进,从采集自成都的罗汉松及响叶杨枝条中分离内生放线菌,对分离菌株做168 rRNA基因部分序列扩增并测序,对其次生代谢产物采用滤纸片法测抗菌活性,以SRB法测其对HepG2细胞株的细胞毒活性.结果 分离得到13株内生放线菌,其中10株菌具有不同程度的抗肿瘤活性,占全部菌株的77%,菌株A243具有极强的广谱抗细菌活性和细胞毒活性.A245属于马杜拉菌属,A251属于珊瑚状放线菌属,A246属于诺卡氏菌属,A248,A252属于小四孢菌属,其余8株属于链霉菌属.结论 链霉菌是这两种木本植物枝条中的优势内生放线菌,从这两种植物枝条中分离的内生放线菌产生多种活性的代谢产物,可以进一步的研究与开发.     

两株红树林根际土壤放线菌的鉴定和抗菌活性研究

目的对分离自广西北仑河口红树林根际土壤的两株放线菌(B200、B205)进行抗菌活性研究及鉴定。方法观察两株放线菌的形态特征;通过PCR扩增、测定并比对16S rRNA基因序列,采用邻接法构建系统发育树并进行分析;通过液体发酵、萃取等方法,分别获得发酵液水相、发酵液酯相和菌丝丙酮浸提液三类样品;样品通过纸片扩散法进行抗菌活性测定。结果从红树林根际土壤分离的两株放线菌,其发酵液具有较强的广谱抗菌活性,菌株的16S rRNA基因序列对比结果显示,菌株B200和B205分别与有效发表菌株Agromyces subbeticus DSM16689~T的相似率为98.01%和Micromonospora rosaria DSM 803~T的相似率为99.73%,菌株B200可能为壤霉菌属潜在新种,B205初步鉴定是小单孢菌Micromonospora rosaria DSM 803~T的变种。结论分离自广西北仑河口红树林根际土壤的两株放线菌其次级代谢产物有较强抗菌活性,具有从中发现新抗生素的潜力。     

海南三亚红树林放线菌多样性及抗菌活性

目的 研究海南三亚红树林底泥样品中放线菌的多样性及抗菌活性,以期发现可以产生新颖活性物质的药用放线菌资源。方法 采用11种分离培养基以稀释涂布法对样品中的放线菌进行选择性分离;对分离菌株的16S rRNA基因序列进行扩增、比对,开展多样性分析;放线菌发酵液经乙酸乙酯萃取,采用纸片法对粗提物进行抗菌活性筛选;同时对放线菌的生物合成基因NRPS、PKS I和PKS II进行筛选。结果 共分离到149株放线菌,它们分布于6个目12个科16个属,其中小单孢菌属为优势菌属;菌株MG16072的16S rRNA基因序列与最近有效菌株Actinomadura hallensis H647-1T的相似率为97.94%,为潜在Actinomadura属新种;抗菌活性检测结果显示,有20株放线菌至少对1株检定菌具有抗菌活性;NRPS、PKS I、PKS II基因筛选结果显示,有82株放线菌至少含有1种生物合成基因。结论 海南三亚红树林含有丰富的药用放线菌资源,具有从中发现新颖活性物质的潜力。     

青岛泊子盐场放线菌多样性及其功能酶的筛选--测试文章

采用平板涂布法利用3种培养基从青岛即墨市田横镇泊子盐场盐池底泥样中共分离纯化出15株放线菌,对分离菌株进行16S rRNA基因测序分析。发现这15株放线菌分属于链霉菌属(Streptomyces)、拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis)和1个新属,其中Streptomyces属为优势菌属;菌株CXB832与Nocardiopsis arabia DSM 45083^T和Haloactinospora albus DSM 45015^T最接近,同源性分别为95.4%和94.9%,根据其表型和分子特征可以初步判定该菌株为放线菌新属。培养基及培养温度对盐池环境中放线菌的分离效果均有影响,利用淀粉酪素培养基在37℃分离的放线菌种类和数量较多。在15株放线菌中,分别有12株、3株、2株和1株放线菌产淀粉酶、酯酶、蛋白酶和纤维素酶。     

塔克拉玛干沙漠南麓土壤放线菌资源勘探及抗菌活性筛选

目的探测塔克拉玛干沙漠南麓放线菌多样性及抗菌活性,以期发现新药用微生物资源,为新抗生素发现奠定基础。方法采用10种分离培养基,以稀释涂布法分离放线菌;采用16S rRNA基因序列分析放线菌多样性;放线菌液体发酵,发酵液乙酸乙酯萃取,菌丝体丙酮浸提;对获得的提取浓缩物,采用纸片扩散法进行抗菌活性筛选。结果从17份土壤样品,共纯化到368株放线菌;其中166株经过16S rRNA序列分析的放线菌分布于16个科的24个属,链霉菌属和拟诺卡菌属为优势菌属;菌株SC8A-24的16Sr RNA基因序列与最近有效菌株Nocardioides salaries CL-Z59T(DQ401092)的相似率为96.41%,为潜在的新种;发酵96株放线菌,其中62株在至少一个抗菌活性筛选中显示为阳性,总阳性率为64.58%。结论塔克拉玛干沙漠南麓土壤中存在较为丰富的药用放线菌资源,具有从中发现放线菌新物种及新结构抗生素的潜力。     

红树林放线菌多样性及新型糖苷类化合物合成潜力发掘

目的从红树林海泥中分离放线菌,探讨其多样性;并对分离菌株合成新型糖苷类化合物的代谢潜力进行评估和发掘。方法利用3种培养基进行菌株分离,对排重后菌株进行16SrDNA序列多样性分析;对分离菌株进行糖基转移酶基因筛选,对阳性菌株进一步进行合成潜力的评估及抗肿瘤活性的筛选。结果分离纯化得到148株红树林放线菌,分布于链霉菌属(Streptomyce)的54个种、原小单胞菌属(Promicromonospora)、糖多孢菌属(Saccharopolyspora)和诺卡氏菌属(Nocardia)。3株菌株有合成新型糖苷类次级代谢产物的潜力并均表现出较好的抗肿瘤活性。结论红树林土壤蕴含丰富的放线菌资源和合成活性次级代谢产物的潜力,是新药开发和天然活性产物的重要来源。     

药用植物根际放线菌的种群多样性及生物活性初步研究

从我国云南及重庆地区采集62份药用植物根际土样,采用多种选择性分离培养基,4种预处理方法,分离得到959株根际放线菌.所得放线菌菌株经发酵和多种筛选模型检测,显示出多种生物活性,初筛总阳性率达31%.根据菌株形态特征并结合代谢产物的生物活性,从中挑选出77株菌进行16S rRNA基因检测,发现其分属于17个不同的放线菌属,充分显示出药用植物根际放线菌的生物多样性.     

Isolation of actinomycetes from the root of the plant, Ophiopogon japonicus, and proposal of two new species, Actinoallomurus liliacearum sp. nov. and Actinoallomurus vinaceus sp. nov

Actinomycete strains K10-0485(T) and K10-0528(T) were isolated from the roots of Ophiopogon japonicus collected in Yokohama, Kanagawa Prefecture, Japan. The 16S ribosomal RNA (rRNA) gene sequences, morphological characteristics and chemotaxonomic data indicated that these strains belonged to the genus Actinoallomurus. Strain K10-0485(T) showed high similarity of the 16S rRNA gene sequence with A. luridus TT02-15(T) (99.1%), but the DNA-DNA hybridization relatedness values between strain K10-0485(T) and A. luridus TT02-15(T) were below 70%. Three species showed similarities of 16S rRNA gene sequences with K10-0528(T), namely A. spadix JCM 3146(T) (98.0%), A. purpureus TTN02-30(T) (98.0%) and A. luridus TT02-15(T) (97.9%), but all similarity values of the 16S rRNA gene sequences were lower than the boundary value (98.7%) for distinguishing as different species. Based on phylogenetic analyses, DNA-DNA hybridization relatedness and physiological characteristics, the two isolated strains should be classified as two new species in the genus Actinoallomurus, and we propose the names Actinoallomurus liliacearum sp. nov. and Actinoallomurus vinaceus sp. nov. The type strain of Actinoallomurus liliacearum is K10-0485(T) (=JCM 17938(T), BCC 49424(T), NBRC 108672(T)) and that of Actinoallomurus vinaceus is K10-0528(T) (=JCM 17939(T), BCC 49425(T), NBRC 108763(T)).     

广西沿海红树林土壤放线菌多样性、新颖性及抗菌活性研究

摘要：目的 研究广西3个主要红树林生态区土壤放线菌资源的多样性和新颖性,为研发微生物药物提供菌种资源储备。 方法 从广西茅尾海、北仑河口、山口红树林自然保护区采集27份土壤样品;采用稀释涂布法和8种分离培养基进行放线菌的 分离纯化;菌株纯化后,采用Chelex-100法提取基因组DNA;通过PCR扩增和测序,获得菌株16S rRNA基因序列,并提交到 EzBioCloud数据库中进行相似性搜索比对;构建基于16S rRNA基因序列的系统进化树,进行多样性和新颖性分析;潜在放线 菌新种经发酵离心后,上清液用乙酸乙酯萃取、浓缩,采用纸片扩散法进行抗菌活性检测。结果 分离出菌株246株,其中放 线菌181株,分布于6个目12个科19个属,菌株M2SK6-2、M2SK3-10、M5SK3-12和M1QZ16-11分别与最近有效种Streptomyces avicenniae DSM 41943T、Rhodococcus olei JCM 32205T、Agromyces kandeliae Q22T和Humibacillus xanthopallidus KV-663T的16S rRNA基因序列相似性最高,相似率分别为97.4%、97.7%、98.4%和98.4%,为潜在新种;4株潜在放线菌新种中,菌株M2SK6-2 对多种革兰阳性菌具有较强的抗菌活性。结论 广西沿海红树林放线菌资源丰富多样,新颖性高,具有从中发现放线菌新物种 和新次级代谢产物的潜力,值得深入研究。     

多重耐药鲍曼不动杆菌16S rRNA甲基化酶基因研究

目的 调查临床分离多重耐药鲍曼不动杆菌中介导氨基糖苷类高水平耐药的16S rRNA甲基化酶基因armA、rmtA、rmtB的流行情况.方法 收集台州市中心医院、台州市立医院两家多重耐药鲍曼不动杆菌128抹,用K-B法测定18种抗菌药物;采用琼脂稀释法测定4种氨基糖苷类药物MIC值;PCR检测armA、rmtA、rmtB...     

锡林郭勒盟高原盐湖放线菌资源勘探及抗菌活性筛选

摘要：目的 探究锡林郭勒盟高原盐湖放线菌的多样性、新颖性及抗菌活性,为新型抗菌活性产物的发掘储备菌种资源。方 法 采用20种分离培养基,以平板涂布法分离放线菌;依据16S rRNA基因的同源性对菌株进行分子鉴定;PCR检测代表菌株的I型聚 酮合酶(PKS I)、II型聚酮合酶(PKS II)和非核糖体多肽合成酶(NRPS)功能基因;菌株的发酵液上清和菌体分别经乙酸乙酯和丙酮提取, 提取样品经纸片扩散法进行抗菌活性检测。目标菌株合成次级代谢产物的能力通过antiSMASH对基因组序列进行分析预测。结果 从 7份盐湖土壤样品中分离获得了365株放线菌,其分布于放线菌纲的8个目15个科28个属,优势菌属为链霉菌属和拟诺卡菌属。分离获 得的链霉菌新颖性突出,13株链霉菌与近缘菌株16S rRNA基因的最高相似度≤98.0%,推测其归属于10个链霉菌属新种。受试放线菌 对革兰阳性菌的抗菌活性显著,并从中筛选出3株抗菌作用强且抗菌谱较广的链霉菌;20株受试放线菌同时含有3种抗生素生物合成基 因。菌株XMNu-295基因组含有24个潜在的次级代谢产物生物合成基因簇,以聚酮类、非核糖体多肽类和萜烯类等为主。结论 锡林 郭勒盟高原盐湖中可培养放线菌多样性较为丰富,新颖性突出,目标菌株值得进一步开展次级代谢产物的化学研究。     

茅尾海桐花树根际土壤来源几丁质降解菌株多样性及抗植物真菌活性的研究

摘要：目的 以胶体几丁质为唯一碳源的培养基,从广西茅尾海红树林桐花树根际土壤中分离几丁质降解菌株,并应用复 筛培养基筛选产几丁质酶菌株,结合平板对峙法挖掘能高效抑制植物病原真菌生长的活性菌株,为红树林来源微生物农用生物 防治药物的研发奠定基础。方法 采用平板稀释涂布法和划线法分离纯化菌株,并应用复筛培养基通过透明圈观察法检测菌株 几丁质酶活;采用Chelex-100法提取菌株基因组DNA,通过PCR扩增菌株的16S rRNA基因序列,上传至EzBioCloud数据库进行 在线比对;采用平板对峙法筛选抗植物病原真菌的活性菌株;采用PKS和NRPS基因的扩增引物分别检测基因组聚酮合酶基因与 非核糖体肽合成酶基因。结果 从桐花树根际土壤中分离获得28株几丁质降解菌,隶属于10目10科17属;其中5株几丁质降解 菌对4种植物病原真菌均显示出抑菌活性,抑菌活性阳性率为17.86%;并在17株几丁质降解菌中检测到抗生素生物合成基因。 结论 广西茅尾海红树林桐花树根际土壤来源的细菌及放线菌是重要的几丁质酶菌种资源,它们在抗植物病原真菌方面表现出 良好的应用潜力,在新型绿色海洋生物农药、新颖结构海洋药物及其他高赋值产品开发和利用方面具有应用前景。     

男性泌尿生殖道感染患者分离奈瑟菌的16S rDNA和PIA基因检测

目的检测男性泌尿生殖道分离奈瑟菌的16SrDNA和PIA基因,探讨奈瑟菌属菌种的基因鉴定及其致病机理。方法用PCR扩增和核苷酸序列分析方法分别检测11例男性泌尿生殖道感染患者泌尿生殖道分离的14株奈瑟菌属菌种的16SrDNA和PIA基因及其序列。结果 14株奈瑟菌属菌种经16SrDNA检测鉴定分别为淋病奈瑟菌2株,黏液奈瑟菌3株,灰色奈瑟菌5株,微黄奈瑟菌2株,干燥奈瑟菌1株,嗜乳糖奈瑟菌及多糖奈瑟菌各1株;与常规细菌学方法鉴定的符合率为85.7%。非淋球菌奈瑟菌未检出淋病奈瑟菌毒力相关的PIA核苷酸序列。结论常规细菌学方法与染色体16SrDNA检测及其序列分析方法的联合使用,可提高奈瑟菌属菌种感染的实验室诊断准确率;PIA基因对于奈瑟菌属的男性生殖道致病性无关。     

应用16SrRNA基因序列分析快速鉴定临床标本中的革兰氏阳性杆菌

目的探索一种快速鉴定临床标本中革兰氏阳性杆菌的方法。方法利用PCR技术扩增待检菌株的16SrRNA基因序列,通过分析待检菌株的16SrRNA基因序列对其进行鉴定。结果5株待检菌株的16SrRNA基因序列均成功扩增,其中4株的16SrRNA基因序列与基因库中已注册的核酸序列相似率达99．9％以上,将其鉴定到种的水平,1株的16SrRNA基因序列与基因库中雷弗森菌属的核酸序列相似率为97．09％,将其鉴定为雷弗森菌属。结论应用16SrRNA基因序列分析可快速、准确地鉴定临床标本中的革兰氏阳性杆菌。