生物信息数据库与查询检索的简介

随着生物信息学与生物技术的不断发展,生物信息数据库中数据呈指数增长,理解其中所包含的生物学知识,揭示生物内在规律将成为今后自然科学研究中的重要课题,本文对近几年来国内外生物信息数据库做了简介,同时,也描述了著名的有特色的国外信息数据库的查询检索,为广大读者用户提供生物信息数据库与查询检索的概况,方便各位读者。     

生物信息学常用方法及其应用软件概述

随着基因组研究的进展,生物信息学得到大力发展。为了更有效地利用生物信息学分析生物信息,现对生物信息学常用功能及其应用软件从DNA分析、蛋白质分析及主要数据库三个方面进行概述。     

道地中药的生物信息学研究与应用

目的:道地药材是中医药学在长期实践中对药物资源疗效的总结,生物信息学为揭示其科学内涵提供了新的途径。通过建立道地中药生物信息数据库、开发生物信息计算方法和分析软件、探索个体用药的生物信息学基础,可望对传统中药理论以现代科学理论和国际通行语言解释,使“道地”属性具有明确的标准性和可控性。     

基因组学和医学生物信息学(2)

生物信息学是在20世纪80年代随人类基因组计划(HGP)的启动而兴起的新学科,是生物科学与数学、统计学、物理学和化学、计算机科学和计算机技术相结合的综合性交叉学科,它的兴起立即渗透到医学基础与临床科学研究的各个领域之中.生物信息学的基本内容有对基因组研究的数据进行分析、综合、建立起数据库,研究设计生物信息的分析工具,建立起计算机网络,开展功能基因组的研究及建立功能和结构的模式,研究开发最先进的基因学技术产品--基因芯片.每个基因芯片上含有40万个位点,每个位点代表一条DNA信息.生物信息学成为生命科学发展的重要工具.生物信息技术在人类疾病的病因、病机识别,基因与蛋白质的结构、功能、表达等方面的研究和发展中发挥关键作用,在基因、蛋白质缺陷的病理变化识别中起重要作用.     

生物信息学及其在肿瘤研究中的应用

生物信息学是利用计算机对于生物大分子的结构和功能信息进行整理、储存和分析的技术 ,它目前已经成为生命科学的一个重要研究手段。在肿瘤研究领域的应用主要包括构建肿瘤相关的数据库、开发肿瘤治疗药物以及系统分析肿瘤基因表达谱。     

妊娠期乳腺癌相关基因的生物信息学分析

目的通过生物信息分析途径对妊娠期乳腺癌患者与正常人群的差异基因进行分析,从分子水平探讨妊娠期乳腺癌的发病机制。方法从公共数据库基因表达数据库(GEO)中下载妊娠期乳腺癌相关数据集,采用Qlucore Omics Explore(QOE)筛选差异表达基因,用DAIVID、STRING等在线分析工具对差异表达基因进行功能富集分析,信号转导通路分析以及预测蛋白质之间的关系。结果共筛选出148个差异表达基因,其中表达上调24个,下调124个,对其进行生物信息学分析发现,TAGLN、ACTG2、TPM2、TPM3、MYLK、ACTA2、MTH11等基因以及MAPK信号通路、黏着斑信号通路、血管平滑肌细胞收缩信号通路等在妊娠期乳腺癌的发生发展中可能起着重要作用。通过STRING分析发现,20个基因处于核心节点位置。结论利用生物信息学的方法能有效分析基因芯片数据并获取生物内在信息。     

基因作图和连锁分析有关的Internet网络资源

近年来,随着Ｉｎｔｅｒｎｅｔ网络的发展普及,越来越多的生物信息学数据库和软件与Ｉｎｔｅｒｎｅｔ联结,而且绝大多数网上资源可免费检索或下载下来使用。又由于新的网络信息查询工具ＷＷＷ及其浏览软件Ｍｏｓａｉｃ和Ｎｅｔｓｃａｐｅ等的出现,网络信息的检索越来越...     

蛋白质-蛋白质相互作用数据库的研究进展

随着人类蛋白质组学的飞速发展,出现了大量的蛋白质相互作用及其网络数据,因此寻找和预测蛋白质相互作用的生物信息学方法成了研究蛋白质互作必不可少的工具之一,本文主要从生物信息学角度对蛋白质相互作用数据库做一下简单的介绍,包括各数据库的来源、主要功能、应用范围、目前的发展状况及将来的发展方向等方面.     

生物信息学的科学价值

人类基因组计划产生了大量的基因组信息，对如此巨大且具有高度复杂的生物数据和管理和分析产生了生物信息学这门新的学科。随着人类基因组及多种模式生物基因组的测定，迫切要求应用信息分析工具对这些基因组信息进行获取，处理，存储、分配，分析和解释，为医学及人类服务。     

生物信息学

什么是生物信息学 ?生物信息学是一门将生物学、计算机和信息化技术有机溶为一体的学科 .这门学科的应用目的是建立一种可以辨别各种生物种类的遗传信息的通用的数据库 .生物信息学有以下三大特点 :1 分析大量数据中的关系的新的计算机和统计学的发展 .2 对各种类型资料包括核苷酸、氨基酸序列、蛋白质范围、蛋白质结构进行分析和阐明 .3 对不同类型信息有效的分析和处理的能力 .生物信息学与人类基因组计划 (HGP)HGP最大成功之处是运用目前最新的数据统计分析方法 ,从而具有不可预测的前景 .其数据处理能紧跟计算机的最新进展并能迅速…     

表达谱数据库的原理与应用

表达谱数据库是近几年发展起来的一类生物信息数据库,具有社区共建和数据共享的特征,为生物学家提供丰富的基因表达数据及初步分析这些数据的生物信息工具,体现了高通量数据研究的发展趋势。表达谱数据能够提供组织特异性表达的基因,提示细胞内的信号转导途径的变化,甚至通过与基因组非翻译序列信息的结合进行协调表达的研究,因此有效地查询和利用表达谱数据对充分利用基因表达信息,提高科研效率有重要的意义。     

miRNA－1靶基因的生物信息学分析

目的：采用生物信息学的方法对miRNA－1的靶基因进行预测,并对其集合进行富集分析和生物学描述。方法分别采取TargetScan和PicTar对miRNA－1靶基因进行预测,取它们预测结果的合集。采用Cytospace的插件BiNGO和DAVID数据库,获得基因集合的基因本体注释和生物学通路信息并进行富集分析。结果获得miRNA－1预测的靶基因229个;分子功能富集在生物分子结合、酶调节和催化活动等;生物学过程富集在生物组装、代谢调控、应对刺激、生物合成和代谢等。生物学通路富集在富集于剪接体、囊泡运输中SNARE相互作用和小细胞肺癌。结论在高通量系统验证方法尚未建立的阶段,采用了生物信息学的方法,可以从miRNA－1调控网络中提出了进一步研究的线索。     

在药学专业课程中设置生物信息学的重要性

药学专业主要培养能够从事药物分析、临床药学、药物研究与开发、药物制剂生产与管理、医药营销等方面的高级科技人才。根据这一培养目标 ,纵观现代生物学及信息技术的发展 ,笔者认为应设置生物信息学这一新兴课程 ,以满足该专业学生对不断增长的生物学信息的获取与处理能力。生物信息学 (Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ)是在生命科学的研究中 ,以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一 ,同时也是 2 1世纪自然科学的核心领域之一。生物信息学兴盛得益于人类基因组计划 ,但并不局…     

生物信息学数据库的新进展

随着人类基因组计划的完成,涌现出大量的基因组测序数据,这些基因数据的出现促进了数据库、分析工具以及网络连接的快速发展。本文对目前生物信息学中使用的主要数据库进行了回顾与展望。     

表达谱数据库的原理与应用

表达谱数据库是近几年发展起来的一类生物信息数据库，具有社区共建和数据共享的特征，为生物学家提供丰富的基因表达数据及初步分析这些数据的生物信息工具，体现了高通量数据研究的发展趋势。表达谱数据能够提供组织特异性表达的基因，提示细胞内的信号转导途径的变化，甚至通过与基因组非翻译序列信息的结合进行协调表达的研究，因此有效地查询和利用表达谱数据对充分利用基因表达信息，提高科研效率有重要的意义。     

鼻咽癌EMT相关基因的筛选及生物信息学分析

目的利用生物信息学方法挖掘鼻咽癌上皮间充质转化（epithelial-mesenchymal transition,EMT）发生的潜在分子机制。方法从公共基因芯片数据库GEO（gene expression omnibus）中寻找并下载鼻咽癌的相关基因芯片数据,并使用Genclip软件对下载的数据进行分析,寻找鼻咽癌公共基因芯片数据中与EMT相关的基因,并用生物信息学方法对筛选出来的基因作进一步分析。结果在公共的鼻咽癌芯片数据中找到35个与EMT相关的差异表达基因,这些基因功能大致与细胞组分、细胞粘附、通信、信号转导、分化、运动、迁移以及细胞表面受体相关的信号转导等有关,这些功能往往都被认为与肿瘤的侵袭和转移有关。结论利用生物信息学的方法能有效分析基因芯片数据并获取生物内在信息。鼻咽癌EMT是由于多种基因表达改变所致,这为确定鼻咽癌早期转移诊断标志与预后的预示开辟了新的思路。     

幼年特发性关节炎的致病基因与通路分析

目的 探索幼年特发性关节炎(JIA)的发病机理,并找到可能在JIA中起重要作用的分子靶标.方法 通过分析美国国家生物信息技术中心(NCBI)的公共基因芯片数据库(GEO)中关于JIA研究的表达谱芯片数据,找到JIA的差异表达基因,并通过GLAD4U和ToppGene数据库对差异表达基因进行优化和补充,找到JIA的致病基因,利用DAVID在线工具对致病基因进行功能富集分析,探索JIA发病和发展过程中发生的主要生物过程及其重要的基因.结果 得到了JIA的致病基因列表及这些基因所富集的功能,找到了可能在JIA中发挥重要作用的生化通路,如细胞因子与细胞因子受体相互作用(Cytokine-cytokine receptor interaction) 、Jak-STAT信号通路(Jak-STAT signaling pathway)等.结论 通过生物信息学分析的方法了解JIA的发病机理,找到可能致病的候选基因,为实验研究和临床治疗节约时间和成本.     

生物信息分析平台

生物信息平台不仅仅是企业生产的一个重要环节 ,更是整个企业集团的神经系统 .它收集、整理、加工各种内部和外部与生产相关的信息 ,为企业的专利申请、生产、销售、宣传、科研等工作服务 ,同时又对企业内部各部门的信息需求及时作出反馈 .目前 ,生物信息平台每天能对约 15 0 0个序列进行公开数据库的查询、全长基因的识别、全长基因编码蛋白的结构和功能预测、部分全长基因的染色体定位等 ,并在以上工作基础上 ,建立了自己的ＥＳＴ数据库、Ｃｌｕｓｔｅｒ数据库 (ＵｎｉＧｅｎｅ)、全长基因数据库等 .此外 ,生物信息平台已引进了Ｇｅｎｂａ…     

生物信息学在免疫学上的应用

生物信息学的快速发展为免疫学的研究提供了新的手段,如果运用得当,能够大大加快研究进程,降低研究费用,缩短研究周期。兹从免疫学的常用数据库、免疫基因组以及MHC和多肽结合预测等3个方面,对生物信息学在免疫学中的应用进行了综述。     

网上序列类似性检索

随着人类基因组及其他模式生物基因组大规模测序的顺序实施，核酸和蛋白质序列数据库的序列数量和碱基个数呈指数增长，序列类似性检索成为继序列数据库记录检索之后，使用得最多的网上序列分析作业。现在，序列类似性检索的类型和软件工具多种多样。序列类似性检索对序列生物信息学分析具有非常重要的意义和作用。