基于Oncomine和GEO数据库分析S100P在胰腺癌中的表达及临床意义

目的 阐明S100P蛋白在胰腺癌中的表达及临床意义.方法 检索Oncomine和GEO数据库中有关S100P的信息,并对所获取的数据资料挖掘并进行二次分析,对S100P在胰腺癌中的作用进行分析.结果 Oncomine数据库中共收集了438项不同类型S100P的研究结果,关于S100P表达差异有统计学意义的结果有63项,其中S100P表达增高的有38项,表达降低的有25项.胰腺癌中高表达的研究有5项、低表达的有0项.共有11项研究涉及S100P在胰腺癌组织和正常组织中的表达,包括387例样本.在数据库中综合比较11项研究成果,发现与对照组相比,S100P在胰腺癌中的表达量高于正常组织(P＜0.05).通过分析GEO数据库中的数据集GSE28735,自身对照发现S100P在胰腺癌组织中的转录水平显著高于其癌旁组织(P＜0.05).不仅如此,通过挖掘GEO数据库,分析数据集GSE28735和GSE57495,发现高表达S100P的患者总体病死率较高,低表达S100P的患者预后较好(P＜0.05).结论 通过深入挖掘Oncomine和GEO基因芯片数据库中肿瘤相关的基因信息,提示S100P mRNA在胰腺癌组织中呈现高表达,并与胰腺癌预后相关,其有望成为抗胰腺癌药物的重要治疗靶点.     

人肾透明细胞癌组织中增殖细胞核抗原表达与肾癌的关系

目的 通过检测人肾透明细胞癌组织中增殖细胞核抗原（PCNA）表达的变化,研究其表达与肾癌的关系.方法 标本离体后分成肾透明细胞癌组、癌旁组织组、正常肾组织组,均用10%的甲醛固定48 h,常规石蜡包埋、切片5 μm,同时应用免疫组织化学方法进行观察研究.结果 PCNA免疫组化染色：正常肾组织内的细胞核有弱阳性表达,癌旁阳性表达增加,高于正常肾组织,肾癌组织阳性表达明显增强, 明显高于癌旁组织,两两比较差异均有统计学意义（P＜0.01）.肾癌4个期之间比较差异无统计学意义（P＞0.05）.结论 PCNA在正常组、癌旁组、癌组织组的表达呈明显加强趋势,癌组织细胞增殖旺盛,是肿瘤形成的重要机制.     

人肾透明细胞癌中细胞凋亡相关因子Caspase-3和Caspase-9的表达

目的研究人肾透明细胞癌组织中细胞凋亡相关重要因子Caspase-3、Caspase-9表达的变化与肾癌的关系。方法标本离体后分成肾透明细胞癌组、癌旁组织组、正常肾组织组,均用10%的甲醛溶液固定48h,常规石蜡包埋、切片5μm,应用免疫组织化学方法进行观察研究。结果 Caspase-3与Caspase-9均在正常肾组织中可见少量弱阳性反应,癌旁组织阳性表达增加,肾癌组织表达明显减少,两两比较结果显示,3组之间差异均有统计学意义（P〈0.01）。肾癌4个期之间比较差异无统计学意义（P〉0.05）。Caspase-3与Caspase-9蛋白表达呈正相关（r=0.988,P〈0.05）。结论癌组织中Caspase-3和Caspase-9表达下降,说明细胞凋亡减少,癌组织细胞增殖旺盛,是肿瘤形成的重要机制。     

CD34和CD31与酪氨酸激酶在不同亚型肾癌中的表达及变化的意义

目的分析内皮细胞标记物CD34及CD31在不同亚型肾癌(renal cell carcinoma,RCC)中的表达情况,探讨其标记的肾癌组织微血管密度(microvessel density,MVD)与RCC临床病理及组织学分级关系,同时观察受体酪氨酸激酶(receptor tyrosine kinase,RTK)在不同亚型肾癌中表达之间的相关性。方法 2008年3月至2011年6月收治的128例肾癌患者,其中肾乳头状癌33例,肾透明细胞癌66例,肾嫌色细胞癌29例,CD34、CD31及RTK在不同亚型肾癌组织的表达均应用免疫组化SP法检测。结果肾透明细胞癌与肾非透明细胞癌(肾乳头状癌、肾嫌色细胞癌)组织比较,CD34与CD31标记的MVD值均明显较高,差异有统计学意义(P<0.05),肾嫌色细胞癌与肾乳头状癌组织比较,CD34标记的MVD值显著高于CD31标记的MVD值,差异有统计学意义(P<0.05),CD34与CD31标记的MVD值均与肾透明细胞癌的临床分期及组织分级呈明显负相关,而与肾非透明细胞癌的临床分期及组织分级无相关性。RTK在肾乳头状癌的表达中,部分受体均具有显著相关性,而在肾透明细胞癌及肾嫌色细胞癌的表达中,所有受体指标均无相关性。结论内皮细胞标记物CD34与CD31均可显示RCC组织中的MVD值,且显示结果较为清晰,其中CD34显示更加明显,而通过检测RTK在不同亚型肾癌中表达之间的相关性,能够更加准确地判定肾乳头状癌的预后情况,为临床制定个性化的治疗方案,提供有力依据。     

埃兹蛋白和上皮型钙黏蛋白在肾透明细胞癌的表达及意义

目的:探讨埃兹蛋白(Ezrin)和上皮型钙黏蛋白(E-cadherin)在肾透明细胞癌及癌旁正常肾组织中的表达及与肿瘤侵袭、转移的关系.方法:采用免疫组织化学Elivision方法检测45例肾透明细胞癌组织及相应癌旁正常肾组织中Ezrin和E-cadherin的表达情况.结果:45例癌组织Ezrin异常表达率84.4%(38/45),癌旁正常肾组织Ezrin异常表达率40%(18/45),Ezrin在癌组织中的异常表达明显高于癌旁正常肾组织(χ2=18.9,P<0.005);45例癌组织E-cadherin异常表达率73.3%(33/45),癌旁正常肾组织E-cadherin异常表达率35.6%(16/45),E-cadherin在肾透明细胞癌中的异常表达明显高于癌旁正常肾组织(χ3=12.9,P<0.05);两者呈负相关;Ezrin和E-cadherin的表达与淋巴结转移、静脉瘤栓形成有关(P<0.05),与患者年龄、性别、肿瘤大小、病理分期无相关性(P>0.05).结论:Ezrin和E-cadherin与肾透明细胞癌的浸润转移有关,可能作为预测肾癌转移和判断预后的肿瘤标志物.     

抑癌基因PTEN在肾透明细胞癌组织中的表达及临床意义

目的探讨抑癌基因PTEN在肾透明细胞癌中的表达及发生、发展中的意义。方法采集自医院的肾透明细胞癌组织(60例)及正常肾组织(20例),用免疫组织化学法检测抑癌基因PTEN的表达情况。结果 PTEN在肾透明细胞癌组织和正常肾组织中的阳性表达率分别为96.7%和5%(P<0.05),差异显著具有统计学意义。结论 PTEN可作为评价肾透明细胞癌发生的生物学指标。     

bcl-2 P27kipl mRNA在肾癌中的表达

目的探索bcl-2、P27kipl1mRNA水平在肾细胞癌（RCC）中的表达及其在肾癌发生发展中的意义。方法采用RT-PCR半定量方法检测42例肾癌患者（透明细胞癌33例,非透明细胞癌9例）癌组织和10例正常肾组织中bcl-2、P27kip1mRNA的表达情况。结果42例肾癌标本中bcl-2 mRNA表达的中位值（0.56）显著高于正常肾组织的中位值（0.13）（P〈0.05）;P27kip1mRNA在肾癌中表达的中位值（0.46）,显著低于正常组织（0.86）（P〈0.05）。在肾癌临床分期中bcl-2在Ⅰ、Ⅱ期肾癌组织中表达高于Ⅲ、Ⅳ期（P〈0.05）,P27kip1mRNA表达量随着临床分期的增加而降低（P〈0.05）;bcl-2mRNA在非透明细胞组中表达量为（0.39±0.18）,低于透明细胞癌组的（0.58±0.19）（P〈0.05）,P27kip1在透明细胞癌组和非透明细胞组中表达量（P〉0.05）无统计学意义。偏相关分析示P27kip1与bcl-2之间有相关性（P〈0.05）。结论bcl-2mRNA高表达和P27kip1mRNA低表达与肾癌的发生、发展有密切关系;检测二者的表达量可作为诊断及评价肾癌预后指标;P27kip1与bcl-2正相关。     

基于Oncomine和GEO数据库分析SIRPα基因在乳腺癌中的表达意义以及丹参酚酸B的干预作用研究

目的通过挖掘Oncomine和GEO基因芯片数据库中的相关数据,分析信号调节蛋白α(SIRPα)基因在乳腺癌中的表达及其临床意义,并探讨丹参酚酸B对乳腺癌细胞中SIRPα基因的干预作用。方法检索Oncomine和GEO数据库中有关乳腺癌和丹参酚酸B干预乳腺癌的数据集,对所获取的数据资料进行数据挖掘,并结合文献资料综合分析。考察丹参酚酸B作用于乳腺癌MCF7细胞的基因表达谱。结果对Oncomine数据库中共收集的9项关于乳腺癌和乳腺正常组织SIRPα基因有差异表达的研究数据进行分析,发现乳腺癌组织中SIRPα基因的表达明显低于乳腺正常组织,差异具有统计学意义(P0.05)。通过生存分析发现低表达SIRPα基因乳腺癌患者无病生存期明显差于高表达者,高表达患者的预后更好(P0.05)。通过挖掘GEO数据库中的数据集GSE85871发现丹参酚酸B能够上调乳腺癌细胞SIRPα基因的表达(P0.01)。结论SIRPα基因在乳腺癌组织中呈现低表达,并与乳腺癌患者的预后相关,该基因可能是丹参酚酸B干预乳腺癌细胞的一个新靶点。     

基于生物信息学手段筛选对肾透明细胞癌具有潜在干预作用的天然活性成分及中草药

目的 应用生物信息学及系统药理学的方法探索可干预肾透明细胞癌的潜在化学成分以及含有目的成分的中草药。方法 首先借助ＧＥＯ基因表达谱数据分析筛选得到肾透明细胞癌与癌旁正常组织的差异基因,同时分析得到差异基因的生物学功能,接着构建差异基因的蛋白互作网络,进一步分析差异基因的在TCGA及GTEx背景数据库中的表达及预后价值,得到目标基因后借助CTD数据库挖掘与目标基因相关化合物,剔除非天然化合物后经TCMSP工具寻找含有天然化合物的中草药。结果 得到肾透明细胞癌与癌旁正常组织的差异基因共有357个上调基因,353个下调基因,富集生物过程包括氧化还原过程、排泄、对药物的反应等,分子功能包括蛋白质均二聚活性、运输活动、受体结合等,细胞定位在细胞外泌体、质膜的组成部分、顶质膜等。在KEGG信号中富集到PPAR信号通路、碳代谢、甘氨酸,丝氨酸和苏氨酸的代谢等信号通路,利用cytohuba基于degree筛选排名前20的基因为核心基因,有明确差异以及有预后意义的BUB1、C3、KIF20A、RRM2、TOP2A基因确定为目标探究与其相关的化合物72个,包含每种化合物的中草药至少一种。结论 基于生物信息学挖掘到多种中草药可以影响目标基因从而干预肾透明细胞癌。     

肾透明细胞癌中Dysadherin的表达7／it5床病理学意义

Dysadherin是近来被证实的与肿瘤转移有关的一种细胞膜糖蛋白，在细胞间黏附机制中起关键作用，如抗细胞黏附、下调E-cadherin的表达和促进肿瘤转移。肾透明细胞癌（RCCC）是最常见的肾细胞癌亚型，与其他亚型相比．RCCC预后更差，寻找与其预后有关的因素十分关键。本研究通过检测Dysadherin和E-cadherin在RCCC标本和正常肾组织中的表达情况，     

基于Oncomine和TCGA数据库分析SLC2A1基因在肺腺癌中的表达意义

目的阐明SLC2A1基因在肺腺癌中的表达及临床意义。方法通过检索Oncomine和TCGA等生物信息数据库中有关SLC2A1的信息,并对所获取的数据资料挖掘并进行二次分析,对SLC2A1在肺腺癌中的作用进行荟萃分析。结果 Oncomine数据库中共收集了448项不同类型SLC2A1的研究结果,关于在肿瘤与对照组织中SLC2A1表达有统计学差异的结果有47项,其中SLC2A1表达增高的有43项,表达降低的有4项。肺腺癌中高表达的研究有8项、低表达的有0项。共有8项研究数据集涉及SLC2A1在肺腺癌组织和正常组织中的表达,包括786例样本。在数据库中综合比较这8项研究成果,发现与对照组相比,SLC2A1在肺腺癌中的表达高于正常组织(P0.05)。另外,免疫组织化学显示SLC2A1在肺腺癌组织中表达较强或中等,而在正常组织中表达较弱或呈阴性。TCGA数据库中挖掘的结果也同样显示高表达SLC2A1的患者总体死亡率较高,低表达SLC2A1的患者预后较好(P0.05)。结论基于公共数据库中肿瘤相关的基因信息,提示SLC2A1的m RNA水平在肺腺癌组织中呈现高表达,并与肺腺癌预后相关,其有望成为肺腺癌药物治疗的重要治疗靶点。     

Wnt1诱导信号通路蛋白1在胃腺癌中的表达及其意义

目的 探讨Wnt通路成员Wnt1诱导信号通路蛋白1（WISP1）在胃腺癌组织中表达及其与预后的关系。方 法 免疫组化染色分析 200 例胃腺癌组织样本中 WISP1、血管内皮生长因子（VEGF）、Twist1 和基质金属蛋白酶 （MMP）-2的表达,并分析WISP1与患者临床特征及预后的关系。利用GEPIA和UALCAN在线工具分析癌症基因组 图谱（TCGA）数据库中WISP1在胃腺癌及癌旁组织中的表达差异以及WISP1与患者临床预后的关系。R软件包分析 GEO数据库GSE13861胃腺癌数据集中WISP1在胃腺癌及癌旁组织中的表达差异和TCGA数据库中WISP1与Twist1 等基因表达的相关性。基于TCGA数据库和GSE13861胃腺癌数据集,选出WISP1基因用R包作基因本体（GO）和京 都基因与基因组百科全书（KEGG）及基因集富集分析（GSEA）软件进行基因集富集分析。结果 免疫组化染色结果 显示200例胃腺癌中WISP1阳性表达116例（58%）,阴性表达84例（42%）,其中TNM Ⅲ~Ⅳ期、有淋巴结转移、远处转 移和（或）复发的胃腺癌患者WISP1阳性表达率升高,同时WISP1阳性表达患者的生存时间短于阴性表达者（24个月 vs. 52个月,Log-rank χ2=5.368,P＜0.05）。TCGA-STAD数据库和GSE13861胃腺癌数据集显示,WISP1在胃腺癌组织 的表达水平高于癌旁组织和正常胃组织（P＜0.05）。免疫组化结果显示VEGF、Twist1和MMP-2蛋白在WISP1阳性 组中呈现一定程度的关联。TCGA-STAD数据库中WISP1与VEGF、CDH5、MMP-2、MMP-9、Twist1、Snail和Vimentin 的表达呈正相关,但与CDH1表达呈负相关（P＜0.05）。GO分析结果表明,WISP1基因参与单核细胞迁移、细胞外基 质构造和细胞间黏附等生物过程,具有与整合素和胶原结合及细胞因子激活的分子功能。KEGG通路富集分析结果 表明,WISP1参与细胞外基质结合和细胞黏附的信号传导通路;GSEA富集结果表明,当WISP1高表达时,血管生成 和上皮间质转化（EMT）的相关基因上调。结论 胃腺癌中WISP1在基因和蛋白水平上均呈现高表达,其可能通过 促进血管生成或EMT的发生而参与胃腺癌转移和（或）复发过程。     

m6A修饰调控的COL6A5对肺腺癌细胞侵袭能力的影响

目的 明确6型胶原蛋白α5（COL6A5）在肺腺癌中的表达及意义。方法 通过在线数据库及实时荧光定 量PCR（qPCR）法检测COL6A5在肺腺癌细胞和组织中的表达。采用GEPIA数据库分析COL6A5的表达量与肺腺癌 患者预后的相关性。生物信息学预测结合 RNA 甲基化免疫沉淀-实时荧光定量 PCR（MeRIP-qPCR）实验检测 COL6A5转录本上的m6A位点。qPCR法检测RNA去甲基酶ALKBH5在肺腺癌组织中的表达量,并分析ALKBH5与 COL6A5在27例肺腺癌组织中表达的相关性。qPCR和Western blot检测ALKBH5对COL6A5的抑制作用。生物信息 学预测结合Transwell实验和Western blot验证COL6A5在肺腺癌中的作用。结果 在线数据库Oncomine分析显示, COL6A5 在肺癌中低表达,GEPIA 数据库分析显示肺腺癌组织中 COL6A5 mRNA 表达水平显著低于正常组织（P＜ 0.05）。qPCR 结果显示,COL6A5 mRNA 在 27 例肺腺癌组织中的表达量低于癌旁组织;与正常肺上皮细胞相比, COL6A5 mRNA在肺腺癌细胞中的表达量明显受到抑制（P＜0.05）。生物信息学预测结合MeRIP-qPCR 实验证实, COL6A5 mRNA上存在m6A位点。肺腺癌组织中ALKBH5 mRNA的表达水平高于癌旁正常组织,且与COL6A5 mRNA 表达呈负相关（r=-0.599,P＜0.01）。在H1299细胞中敲低ALKBH5,可显著上调COL6A5的表达。分析与COL6A5共 表达的基因,结果显示 COL6A5 可能参与调控肺腺癌细胞上皮间质转换、止血和细胞表面相互作用等生命活动。 Transwell和Western blot证实,过表达COL6A5可显著抑制H1299细胞的侵袭转移能力。结论 ALKBH5在肺腺癌中 下调COL6A5,过表达COL6A5可明显抑制肺腺癌细胞的侵袭转移能力。     

肺腺癌和肺鳞癌中NLRC3基因表达及其与肿瘤免疫细胞浸润的相关性研究

目的：阐明NLRC3与肺腺癌（LUAD）和肺鳞癌（LUSC）预后及肿瘤免疫细胞浸润的关系。方法：利用Oncomine和PrognoScan数据库分别获取肺癌患者NLRC3基因转录水平和生存预后指标;采用TIMER数据库分析NLRC3基因表达和肿瘤免疫浸润的关系。结果：LUAD、LUSC组织NLRC3mRNA的转录水平较正常组织显著降低（log₂ Fold Change=-1.480,-2.226和-3.753;P<0.01）。但NLRC3基因的表达仅与LUAD患者生存预后相关,队列研究显示高NLRC3表达的LUAD患者总生存期（OS）和无复发生存期（RFS）延长（GSE13213,OS HR=0.62,P cor=0.015 2;GSE31210,OS HR=0.40,P cor=0.000 8;GSE31210,RFS HR=0.45和0.64,P cor=0.000 3和0.046 0）。此外,NLRC3基因表达促进LUAD和LUSC免疫细胞（B细胞、CD4⁺T细胞、CD8⁺T细胞、中性粒细胞、巨噬细胞和树突状细胞）浸润（P<0.01）。肿瘤浸润免疫细胞分类中B细胞、CD8⁺ T细胞和树突状细胞浸润水平较高的LUAD患者存活时间越长,预后越好（Log-rank P<0.05）,但浸润的免疫细胞对LUSC患者预后无显著影响（Log-rank P>0.05）。本研究还发现NLRC3改善LUAD患者预后可能与增加肿瘤组织中肿瘤诱导浆蛋白样B细胞（tumor-induced plasmablast-like-enriched B cell,TIPB;cor=0.724、0.501、0.598,P<0.01）的浸润有关。结论：NLRC3有望成为LUAD潜在的诊断和预后生物标志物以及免疫相关治疗的靶点。     

P38与JNK在肾透明细胞癌中的表达及其临床意义

目的:探讨在肾透明细胞癌中丝裂原活化蛋白激酶P38(p38MAPK,p38)和c-Jun氨基末端激酶(c-Jun N-terminal kinase,JNK)的表达及其临床意义.方法:采用免疫组织化学方法,研究癌旁正常组织(20例)、肾透明细胞癌组织(52例)中P38和JNK蛋白的表达情况.结果:P38和JNK在肾透明细胞癌中的阳性表达率分别为75.00％和63.49％,而在癌旁正常组织中阳性表达率分别为30.00％和25.00％.P38和JNK在肾透明细胞癌中的阳性表达率明显高于癌旁正常组织(P＜0.01和P＜0.05),与肿瘤的临床TNM分期、病理分化相关(P＜0.05),而与患者性别、年龄无关(P＞0.05).对肾透明细胞癌中P38和JNK进行相关性分析呈正相关(r＝0.484,P＜0.001).结论:在肾透明细胞癌中P38和JNK的表达高于癌旁组织,且与肿瘤的临床TNM分期、病理分化相关,提示P38和JNK与肾组织癌变、侵袭和转移过程有关.     

趋化因子CCL5表达与肾透明细胞癌病理特征及预后的相关性分析

目的:探讨趋化因子CCL5表达与肾透明细胞癌病理特征及预后的相关性分析。方法:回顾性分析2012年1月~2014年1月在某院肿瘤科治疗的100例肾透明细胞癌患者的临床资料,将其作为观察组,将同期100例健康体检者作为对照组,检测并比较两组的趋化因子CCL5水平,分析肾透明细胞癌组织及癌旁组织中CCL5表达的差异性、CCL5与肾透明细胞癌病理特征的关系、CCL5与肾透明细胞癌患者总体生存率的关系。结果:观察组CCL5水平明显高于对照组(P<0.05);肿瘤组织中CCL5表达阴性、弱阳性、中阳性、强阳性的比例与癌旁组织相比有明显差异(P<0.05);CCL5表达与肿瘤病理分期、肿瘤分级、肿瘤大小等密切相关,在分化低、级别高、直径大的肿瘤,CCL5表达越高(P<0.05),而与年龄、性别无显著关联(P>0.05);CCL5高表达的患者生存时间明显低于CCL5低表达的患者(P<0.05)。结论:趋化因子CCL5表达与肾透明细胞癌病理特征及预后有显著相关性,CCL5表达越高,病理恶性程度越高,预后越差,可作为临床评估病情严重程度的监测指标和潜在治疗靶点。