间隔区寡核苷酸分型和多位点可变数量串联重复序列分析在结核分枝杆菌基因分型中的应用

目的评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)方法在结核分枝杆菌基因分型研究中的应用。方法收集224株结核分枝杆菌临床分离株,分别采用Spoligotyping及MLVA方法进行基因分型,比较两种方法的分型效果,评价两种方法在结核分枝杆菌基因分型中的应用。结果使用Spoligotyping方法,224株结核分枝杆菌呈现出55种基因型,39株具有独特的基因型,其余185株菌呈现出16种基因型;使用MLVA方法时,224株结核分枝杆菌呈现出160种基因型,132株具有独特的基因型,余下的92株菌呈现出28种基因型;当两种方法联合使用时,224株结核分枝杆菌呈现出179种基因型,159株结核分枝杆菌具有独特的基因型,余下的65株菌表现为20种基因型。湖南省和安徽省的菌株中北京家族菌株所占的比例差异有统计学意义(P<0.001),安徽省北京家族菌株所占的比例明显高于湖南省。结论MLVA在结核分枝杆菌株水平的鉴定方面,其分辨能力高于Spoligotyping,但是Spoligotyping在鉴定北京家族菌株和M.bovis方面有一定的优势。将Spoligotyping方法作为一线分型技术,MLVA作为二线分型技术联合应用时,将提高结核病的流行病学调查和病原学监测效果。不同地区的菌株有不同的特点。     

TaqMan-MGB探针实时荧光PCR检测结核分枝杆菌北京基因型的研究

目的探讨TaqMan-MGB探针实时荧光PCR快速检测结核分枝杆菌北京基因型菌株的效果。方法对杭州地区136株结核分枝杆菌临床分离株水煮法提取DNA,分别用TaqMan-MGB探针实时荧光PCR与间隔区寡核苷酸(Spoligotyping)基因分型方法进行北京基因型菌株鉴定,比较2种方法的一致性,同时评价TaqMan-MGB探针实时荧光PCR的最低检测限。结果以Spoligotyping基因分型方法为标准,136株结核分枝杆菌中,检测到北京基因型结核分枝杆菌105株,占77.21%。TaqMan-MGB探针实时PCR方法与Spoligotyping基因分型方法鉴定北京基因型菌株结果完全一致。TaqMan-MGB探针实时荧光PCR对北京基因型最低检出限为0.488 pg/μl。结论与Spoligotyping基因分型方法相比,TaqMan-MGB探针实时PCR方法检测北京基因型操作简单,耗时短,灵敏度高,可以快速地区分北京基因型与非北京基因型结核分枝杆菌。     

中国西北部两省区结核分枝杆菌临床分离株Spoligotyping分型初步分析

目的初步了解新疆和甘肃结核分枝杆菌的基因型、主要流行型及其分布特点,比较两省区之间基因型分布。方法采用随机抽样的方法挑选新疆地区结核分枝杆菌临床分离株179株,甘肃地区结核分枝杆菌临床分离株176株,采用间隔寡核苷酸分型(Spoligotyping)技术对所收集的临床分离株进行分型研究,分析我国西北部相邻的两省区结核分枝杆菌的基因型分布、主要流行型及其地区特征。结果新疆地区菌株分为47个基因型,其中28个基因型为新的型别,新疆菌株中北京家族占68.72%(123/179),其次为T家族(6.70%,12/179),H家族(3.91%,7/179)和CAS家族(2.23%,4/179);甘肃地区菌株分为29种基因型,其中10个基因型为新的型别,甘肃菌株中北京家族占86.93%(153/176),其次为T家族(4.55%,8/176),H家族(1.14%,2/176),MANU2(1.14%,2/176)和CAS(0.57%,1/176)。结论北京基因型菌株在新疆和甘肃地区均为主要流行株,但甘肃地区北京基因型菌株比例明显高于新疆地区。     

391株结核分枝杆菌基因分型研究和耐药性分析

目的探讨寡核苷酸分型(Spoligotyping)用于安徽省结核分枝杆菌临床分离菌株的分型,以初步了解安徽省结核分枝杆菌的基因型特征。方法连续收集安徽省胸科医院391株结核分枝杆菌临床分离菌株,进行Spoligotyping,采用Bio Numerics软件进行聚类分析。结果北京家族占86.19%(337/391),非北京家族占13.81%(54/391),54株非北京家族基因型中,T家族36株(包括T1 22株、T2 10株、T3 5株、T4 1株),占9.72%;H(Haarlem)家族4株,占1.02%;另有14株(3.58%)为New Found型,北京家族菌株对一线药物总的耐药率为23.14%(78/337),非北京家族菌株为27.78%(15/54),经卡方检验两者间的差异无统计学意义(P0.05)。结论安徽省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,主要流行型为北京家族,北京家族与耐药无明显相关性。     

河南省结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸分型技术的应用研究

目的研究间隔区寡核苷酸序列(Spoligotyping)基因分型技术在河南省结核病分枝杆菌基因分型中的应用,了解河南省基因型种类和分布以及北京家族基因型在河南省的分布特征。方法应用2007年在河南省结核病防治机构实验室分离培养的310株结核分枝杆菌,设计引物,应用PCR和间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)技术对结核分枝杆菌进行分型检测分析,基因分型分析经http://www.miru-vntrplus.org/MIRU/index.faces网站分析,统计学数据经卡方检验。结果对310株结核分枝杆菌临床分离株的Spoligotyping结果显示分为4个基因群(Beijing和Beijing近似群、T群、Manu群、S群),24个基因型,有267株为北京家族基因型,占86.1%,且北京家族基因型与MDR耐药有相关性;河南省较年轻人群(<60岁)感染的结核分枝杆菌中,北京家族基因型所占比例高于年老组(即>60岁组),北京家族基因型与年轻组的联系强于年老组;北京家族基因型的分布在不同的地区间有差异。结论河南省结核分枝杆菌以北京家族基因型为主要流行型,且与耐药及年龄、地域有相关性,重点监测北京家族基因型。     

三种不同的DNA分型技术在158株结核杆菌研究中的应用

目的评价IS6110限制性片段长度多态性(RFLP)、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及分枝杆菌散在重复单位(MIRU)三种分型方法在结核病流行病学研究中的应用。方法对158株结核分枝杆菌临床分离株应用IS6110RFLP、Spoligotyping及MIRU三种分型方法进行鉴定。结果应用三种分型方法产生的类型数分别为118、20和105个。IS6110RFLP的分辨率大于Spoligotyping,MIRU的分辨能力与IS6110RFLP接近。在MIRU的12个区中,重复区4、10、26、40具有较高的多态性。广东地区与其他地区成簇率和北京基因型所占比例差异有统计学意义(P<0.05),广东地区成簇率和北京基因型所占比例均显著低于其他地区。结论应用IS6110RFLP、Spoligotyping及MIRU三种分型方法进行结核病流行病学研究具有重要意义且非常有效,可以发现中国不同地区菌株的不同特点。     

甘肃省228株结核分枝杆菌临床分离株Spoligotyping分型研究

目的利用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)方法对甘肃省结核分枝杆菌流行株进行分型研究,了解目前甘肃省结核分枝杆菌流行株基因型的基本情况,为甘肃省结核病防控提供分子流行病学依据。方法采用Spoligo-typing对甘肃省228株临床分离结核分枝杆菌进行基因分型,结果使用Bionumerics-5.01软件统计、分析,并与SpolDB4数据库进行比对,得出菌株分型结果。结果228株结核分枝杆菌被分为北京家族(Beijingfamily)和非北京家族(Non-Beijingfamily)2大基因群,其中北京家族基因群占88.6%(202/228)。非北京家族基因群为11.4%(26/228),228株结核分枝杆菌构成23个基因簇,其中独立基因型12个。结论北京家族基因群菌株在甘肃省结核分枝杆菌流行株中占据绝对优势地位,对该基因群菌株引发的结核病应给予密切关注并应加强对北京家族基因型菌株生物学特性研究。     

江苏农村地区结核杆菌基因分型及耐药性分析

目的 研究江苏省农村地区分离的结核分枝杆菌基因多态性,从而了解菌株基因型与耐药之间的相关性。方法 采用罗氏培养基分离来自结核病患者痰标本中的结核分枝杆菌,进行间隔区寡核苷酸分型(spacer oligonucleotide typing,Spoligotyping)和比例法进行4种一线抗结核药物的药敏试验。经统计学分析,P<0.05为差异具有统计学意义。结果 547株结核分枝杆菌的Spoligotyping分型结果通过与SpolDB4.0数据库比对后显示,试验菌株被分为18个簇,57个基因型,以北京基因型菌株为主,占79.89%,非北京家族菌株包括T(T1、T2)、U、H、 MANU2、LAM10-CAM和CAS-DELH1等型别,各占11.15%、0.91%、0.37%、0.91%、0.18%和0.18%,以及26个型别(35株菌)为“新型”。药敏试验发现,总耐药率为21.94%,耐多药率为7.68%;单药耐药中,主要以链霉素和异烟肼耐药为主。经χ2检验和Fisher确切概率法分析发现,北京基因型与非北京基因型菌株的耐多药性方面差异具有显著统计学意义。结论 江苏省农村分离的结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,北京基因型为主要流行型,并且北京家族菌株与耐多药之间具有一定的相关性。     

辽宁省与日本流行北京基因型结核分枝杆菌基因的异同

目的探讨辽宁省与日本流行北京基因型结核分枝杆菌基因的异同。方法选取辽宁省各市结核病防治所经菌种鉴定得到的144株结核分枝杆菌菌株,以及84株来自日本神奈川县卫生研究所的结核分枝杆菌菌株,采用以聚合酶链式反应(PCR)为基础的分型方法鉴定是否为北京基因型结核分枝杆菌。对引物4扩增辽宁省北京基因型和非北京基因型结核分枝杆菌的条带进行双向测序并比较。结果 144株辽宁省结核分枝杆菌中,北京基因型结核分枝杆菌129株(89.58%),非北京基因型结核分枝杆菌7株(4.86%),北京基因型结核分枝杆菌和非北京基因型结核分枝杆菌混合感染8株(5.56%)。引物4扩增辽宁省7株非北京基因型结核分枝杆菌菌株得到308bp条带,扩增129株辽宁省北京基因型结核分枝杆菌菌株,116株(89.92%)北京基因型结核分枝杆菌出现270 bp左右条带。随机对3株辽宁省北京基因型结核分枝杆菌的270 bp左右条带进行双向测序,序列一致,与非北京基因型结核分枝杆菌的308 bp条带序列不同。84株日本神奈川县的结核分枝杆菌菌株中,北京基因型结核分枝杆菌53株(63.10%),非北京基因型结核分枝杆菌31株(36.90%),引物4扩增日本神奈川非北京基因型结核分枝杆菌菌株得到308 bp条带,扩增北京基因型结核分枝杆菌无条带。结论辽宁省以北京基因型结核分枝杆菌菌株流行为主,存在北京基因型和非北京基因型结核分枝杆菌混合感染。辽宁省流行北京基因型结核分枝杆菌的基因与日本流行的北京基因型结核分枝杆菌存在着不同的特点。     

陕西省87株耐药结核分枝杆菌寡核苷酸基因分型和耐药性分析

目的对陕西87例耐药结核分枝杆菌进行分型研究,了解不同基因型在陕西的流行情况及耐药相关性。方法收集陕西省结核分枝杆菌耐药菌株87株,采用Spoligotyping方法对结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型。结果 87株耐药结核分枝杆菌中北京家族占86.21%(75/87),非北京家族占13.79%(12/87);非北京基因型中,T家族(T1、T2、T2-3、T3)占9.20%(8/87),Manu家族占1.15%(1/87),新发现基因型占3.45%(3/87)。北京家族和非北京家族的单耐药、多耐药、耐多药、其他类型耐药比率分别为38.67%(29/75)、13.33%(10/75)、42.67%(32/75)、5.33%(4/75)和66.67%(6/9)、11.11%(1/9)、22.22%(2/9)、0.00(0/3),差异均无统计学意义(P0.05)。结论陕西省结核分枝杆菌呈基因多态性,其主要流行基因型为北京家族;北京家族和非北京家族的耐药性差异无统计学意义。     

厦门市临床分离的466株结核分枝杆菌基因分型研究

目的 了解厦门市结核分枝杆菌基因类型分布及主要流行基因群情况,并建立分型数据库。方法 采用实时荧光PCR法对厦门市2013 - 2015年分离到的466株结核分枝杆菌临床分离株进行菌株确认,然后采用间隔区寡核苷酸分型方法（spoligotyping）对其进行基因分型。分型结果与SpolDB4数据库进行比对,并使用Bionumeric6.6.4软件进行基因聚类分析。结果 466株菌均为结核分枝杆菌,基因分型分成96种基因型别,62种数据库中有相应的SIT编号,34种为新的型别。97.64%(455/466)的菌构成了15个基因簇。466株菌属于7个基因家族及未定义家族,排在前三的分别为:Beijing（北京）家族60.09%（280/466）、T家族21.03%(98/466)、H家族5.58%(26/466)。结论 厦门市结核分枝杆菌基因型别呈现多样性,北京家族为主要的流行基因群。     

结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸分型法分析

目的应用间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)方法分析甘肃省结核分枝杆菌临床分离株的分子型别特征。方法用spoligotyping基因分型方法,对甘肃省兰州市肺科医院住院或门诊确诊患者分离的结核分枝杆菌进行分型,采用BioNumerics 4.5软件进行聚类(cluster)分析,对聚类结果与国际间隔寡核苷酸分型数据库(SpolDB4)对比。结果 215株临床分离株被分成3个基因群22种基因型,其中成簇菌株形成11个基因型共204株,独特基因型菌株11株;北京家庭基因型结核分枝杆菌占86.51%(186/215),T4占4.19%(9/215)、H1占1.86%(4/215)、MANU占1.40%(3/215)等基因型;Logistic多元回归分析结果表明,北京家庭基因型与患者性别、年龄、职业、抗结核治疗史、耐药、发病情况和菌种耐药性、来源地等均无关联。结论甘肃省结核分枝杆菌临床分离株基因具有多态性,北京家族基因型结核分枝杆菌为该地区主要流行株,其他罕见的基因型结核分枝杆菌也值得重视。     

Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype emerging in Vietnam

To assess whether the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype is emerging in Vietnam, we analyzed 563 isolates from new cases by spoligotyping and examined the association between the genotype and age, resistance, and BCG vaccination status. Three hundred one (54%) patients were infected with Beijing genotype strains. The genotype was associated with younger age (and hence with active transmission) and with isoniazid and streptomycin resistance, but not with BCG vaccination.     

天津地区临床分离结核分枝杆菌分型的初步研究

目的探讨天津地区结核分枝杆菌临床分离株分子流行病学特征。方法连续收集天津市海河医院2005年8月16日11月25日就诊患者痰培养阳性的结核分枝杆菌100株，采用间隔区寡核苷酸分型（spoligotyping）和多位点可变串联重复序列（VNTR）两种方法进行基因分型，并运用软件对二者的结果进行分析。依据北京分化支的定义，运用多重和实时定量PCR方法将其区分为W菌／典型北京家族菌株和非典型北京菌株，Χ^2检验分析两种亚群与患者年龄和耐药性之间的联系。结果排除污染菌株，共对96株结核分枝杆菌临床分离株进行两种方法的基因分型，spoligotyping结果91．7％为北京基因型（含3株类北京基因型）结核分枝杆菌（88／96）。VNTR分型可将北京基因型分为60种基因型。在北京分化支结核分枝杆菌中，W菌／典型北京家族菌株占93．2％（82／88）。两种北京分化支亚群与患者年龄及耐药性之间差异无统计学意义（P〉0．05）。结论天津地区结核病患者临床分离的结核分枝杆菌中，北京基因型呈现较为明显的优势。VNTR的分辨率明显高于spoligotyping。北京分化支的两种亚群在天津地区临床结核病患者中均有流行，但以W菌／典型北京家族菌株为主。     

2005-2012年通道县肺结核流行病学分析

目的了解通道县肺结核病的流行情况,为今后更好开展结核病控制工作提供科学依据。方法对2005--2012年通道县肺结核患病率、不同年龄与性别分布的情况进行统计学分析。结果8年的涂阳患病率为46．7／10万,涂阴患病率为32．3／10万,总患病率为79．0／10万,均呈逐年下降趋势,总患病率的8年定基比为-32．4％;25-34岁年龄组的患病率最高（139．7／10万）,0-14岁年龄组的患病率最低（3．2／10万）;男女患病率之比为3．5：1,差异具有显著性（P〈0．01）。结论2005-2012年通道县肺结核病患病率逐年下降,应继续实施结核病控制项目。     

Genotypes and genetic characters of Mycobacterium tuberculosis from Myanmar using three typing methods

Knowledge on basic characteristics of Mycobacterium tuberculosis (MTB) is helpful to understand the disease epidemiology and support the prediction of clinical outcome of the disease. The aim of this study was to detect the genotypes and genotypic characters of clinical Mycobacterium tuberculosis (MTB) isolates from new and retreatment rifampicin-resistant patients using three different genotyping methods. Mycobacterial interspersed repetitive units-variable number tandem repeat (MIRU-VNTR) typing was used to determine the diversity of 222 clinical isolates. Spoligotyping and IS6110-restriction fragment length polymorphism (RFLP) typing were also used to investigate the genetic characters of 105 MTB strains. Among the 15 genotypes detected by MIRU-VNTR, Beijing strains were the most prevalent of all strains (54.8%); new cases (40.5%) and retreatment cases (69.4%), followed by EAI strain. Spoligotyping categorized the strains into 11 lineages and 13 orphans whereas 96 different IS6110 patterns were identified using RFLP method. The mode number of IS6110 was 18 and 20. Higher band numbers were found in Beijing genotype (p < 0.001). Clustering rates by spoligotyping, MIRU-VNTR and IS6110-RFLP typing were 0.714, 0.004 and 0.085, respectively. Discriminatory powers of spoligotyping, MIRU-VNTR typing and IS6110-RFLP typing were 0.637, 1.000 and 0.997, respectively. Dominant Beijing genotype in both new and retreatment cases denoting that prevailing tuberculosis in Myanmar changed from EAI to Beijing lineage.     

Multidrug-resistant tuberculosis in prison inmates, Azerbaijan.

In a tuberculosis (TB) program in the Central Penitentiary Hospital of Azerbaijan, we analyzed 65 isolates of Mycobacterium tuberculosis by IS6110-based restriction fragment-length polymorphism (RFLP) and spoligotyping. From 11 clusters associated with 33 patients, 31 isolates had an IS6110-based banding pattern characteristic of the Beijing genotype of M. tuberculosis. In addition, 15 M. tuberculosis isolates with similar RFLP patterns constituted a single group by spoligotyping, matching the Beijing genotype. Multidrug resistance, always involving isoniazid and rifampin, was seen in 34 (52.3%) of 65 isolates, with 28 belonging to the Beijing genotype.