铜绿假单胞菌外毒素A免疫毒素片段的抗原性评估及三级结构模拟

目的 克隆铜绿假单胞菌外毒素A(PEA)基因及分析不同克隆序列中不同性质氨基酸对抗原性及三级结构的贡献.方法 以铜绿假单胞菌基因组DNA为模板,以PEA编码基因特异区段为引物,采用Touchdown PCR克隆PEA编码基因.阳性克隆经菌落PCR鉴定后进行DNA测序及Clustal X(1.83)比对分析;采用生物信息学在线软件BIMAS及SWISS-Model对所得基因编码蛋白进行抗原性评估及三级结构模拟.人为置换关键部位的氨基酸残基,考察不同性质氨基酸对三级结构的影响.结果 从铜绿假单胞菌DNA中获得3个克隆.抗原性分析及三级结构模拟结果显示,3个克隆与公开发表的序列之间存在少数氨基酸的差异;个别区段上氨基酸的改变可引起相应位点抗原性的改变,但仅有个别位点的改变对空间结构产生影响.结论 基于抗原性评估及三级结构分析,获得了不同性质氨基酸对抗原性及三级结构的贡献等信息,为PEA编码基因用于弱化抗原性靶向性毒素的构建奠定了基础.     

生物信息学分析牛带绦虫烯醇酶基因及其蛋白的结构和特性

目的 分析和预测牛带绦虫成虫烯醇酶基因及其编码蛋白的结构和功能,用于指导其生物学功能的实验研究。方法 利用生物信息学网站的各种在线分析工具,并结合其它大型生物信息学分析软件包,如Vector NTI suite,分析从牛带绦虫全长cDNA质粒文库中识别的烯醇酶基因的结构和编码区序列,并分析、预测编码的蛋白质的理化特性、抗原表位、翻译后的修饰、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等。结果 该基因全长1 641 bp,编码区为133～1 096 bp,编码320个氨基酸,相对分子量理论预测值为34866.8 Mr。具有一从内到外的跨膜区,无各种亚细胞定位序列,具有多个潜在的磷酸化位点,蛋白的理化性质稳定。有13个主要的B细胞抗原表位。结论 通过生物信息学分析从牛带绦虫成虫cDNA质粒文库中发现烯醇酶基因,并预测得到其结构与功能方面的信息。     

亚洲带绦虫成虫延伸因子-1基因的克隆和分析

目的分析和预测亚洲带绦虫成虫延伸因子-1（elongation factor 1,EF-1）基因及其编码的蛋白的结构和功能。方法利用生物信息网站如美国国家生物技术信息中心（NCBI,http：∥www.ncbi.nlm.nih.gov/）和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统（ExPASY,http：∥ca.expasy.org/）中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的各种工具,结合其它生物信息学分析软件包,从亚洲带绦虫成虫全长cDNA质粒文库中识别延伸因子-1的全长编码基因并预测其蛋白的结构和功能。结果该基因是全长基因,长度988bp,编码区为67～868,编码269个氨基酸,无跨膜区;与GenBank中细粒棘球绦虫同源基因的一致性达87%,相似性达91%;预测三个主要的抗原表位位于135～140,126～131,157～162。结论应用生物信息方法从亚洲带绦虫成虫cDNA文库中筛选出EF-1基因。     

广州地区人巨细胞病毒临床低传代株UL136基因的序列特征及多态性

目的 研究广州地区新生儿感染人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代株UL136基因的序列特征与基因多态性.方法 从10例广州感染新生儿体内分离获得2株(D2、D3)临床HCMV分离株,经多重PCR鉴定后进行UL136基因全序列扩增.PCR产物纯化后进行基因克隆,构建HCMV UL136-pMD18-T重组质粒.经基因测序及应用生物信息学分析方法 ,分析其核酸序列稳定性、编码蛋白质的二级结构与特征.结果 成功分离2株HCMV临床分离株,测序结果 显示,D2、D3及与GenBank中公布的11株临床分离株(4J、51C、39J、33J、63J、22M、10J、32C、29C、27C、Toledo)中,UL136序列高度保守.同源性分析显示在UL136全基因序列1019个核苷酸中,存在30个位点变异,所有的变异均为碱基替换,无插入及缺失突变.编码蛋白的氨基酸序列也高度保守,240个氨基酸残基中,不同临床分离株氨基酸变异率为1.6%～3.7%.不同分离株的UL136蛋白中参与形成二级结构的氨基酸数目及等电点不同.进化树分析结果 显示D2和D3均属于1a群.结论 广州地区临床低传代分离株HCMV UL136基因核苷酸序列及其氨基酸序列极为保守,但仍存在一定多态性.其基因的稳定性提示HCMV UL136开放阅读框(ORF)可能是一个具有重要功能的基因.其编码后修饰位点提示UL136可能与膜受体介导的细胞信号转导通路有关.     

前列腺特异性膜抗原新型剪接变异体PSME基因及蛋白的生物信息学分析

目的通过对PSME的生物信息学分析,更多的了解该基因及蛋白结构与功能的相关信息。方法运用生物信息学方法分析PSME基因结构,序列及其编码蛋白的理化性质和结构与功能特征,蛋白相互作用网络以及抗原表位。结果用ExPASy的Computer PI/Mw、SMART等软件对其氨基酸序列进行分析,该蛋白的PI值为6.38,相对分子质量约为78 000。二级结构中α螺旋(H)占34.66%,β折叠(E)占12.93%,无规卷曲占52.41%。PSME信号肽位于1～22位氨基酸,150～248位为肽酶结构域,639～703位为转铁蛋白受体二聚体,且含有多个糖基化位点。通过DNA Star软件分析得到了PSME蛋白的抗原表位。结论利用生物信息学预测出的结构和功能信息,能为PSME蛋白的相关研究提供信息基础。     

日本血吸虫小蛋白型多药物/代谢物排出蛋白样基因（SMR-like）的发掘和生物信息学分析

目的日本血吸虫可能的多药物抗性基因的发掘和所编码的蛋白的结构、功能以及应用前景分析。方法利用美国国家生物技术信息中心（NCBI,http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/）的在线分析工具BLASTx和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统（ExPaSy,http：//ca.expasy.org/）和CBS Prediction Servers提供的蛋白序列在线分析工具,结合Vector NTI suite生物信息学分析软件,以华支睾吸虫小蛋白多药物抗性基因（smr）为“饵”,从GenBank日本血吸虫基因数据库中发掘出其同源基因,预测蛋白的结构和功能特征,并分析其应用前景。结果从GenBank中找到了一个功能未知的日本血吸虫同源基因AY813157,氨基酸序列与华支睾吸虫smr蛋白的一致性达67%,相似性达80%;该基因含有一个完整的编码区,编码189个氨基酸;预测氨基酸序列具有主要协助因子超家族的结构特征,含有5段跨膜区,其中3段跨膜区中含有保守的精氨酸和组氨酸残基,有多个磷酸化位点和T、B细胞表位。拓扑学分析表明N端在胞内,C端在胞外,线性B细胞表位均位于胞外区。结论日本血吸虫AY813157基因可能编码一个小蛋白型多药物/代谢物排出蛋白,与阴离子型药物（如吡喹酮）的抗药性或有毒性的阴离子代谢物的排出有关;该蛋白可能定位于皮层的表膜,是一个日本血吸虫免疫诊断和疫苗的候选靶分子,在研究日本血吸虫的耐药机制及免疫诊断和疫苗方面较好的应用前景。     

猪带绦虫乳酸脱氢酶A和B的生物信息学比较分析

目的预测及比较分析猪带绦虫乳酸脱氢酶A（Taenia solium lactate dehydrogenase A,TsLDH-A）和乳酸脱氢酶B（Taenia solium lactate dehydrogenase B,TsLDH-B）,用于指导其生物学功能的研究。方法利用生物信息网站如美国国家生物技术信息中心（NCBI,http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/）和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统（ExPASY,http：//ca.expasy.org/）中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的各种工具,结合其它生物信息学分析软件包,从猪带绦虫成虫全长cDNA质粒文库中识别LDH-A和LDH-B的全长编码基因并对其结构与功能进行生物信息学预测分析。结果两序列都是包含完整开放阅读框的全长基因,推导出的氨基酸序列与其它物种LDH-A或LDH-B同源基因的氨基酸序列的一致性均大于50%。两者编码的蛋白在编码的氨基酸数目（331）、蛋白的理化性质、L-乳酸脱氢酶结构域、构成LDH酶催化中心的关键氨基酸、包含LDH活性位点的线性表位、无亚细胞定位等方面是一致的,但两者在翻译后的修饰位点、3个跨膜区和其他线性表位方面既相似也有区别。结论应用生物信息方法从猪带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了TsLDH-A和TsLDH-B的cDNA全长序列,并预测和比较了两者结构与功能方面的信息,为进一步研究所编码蛋白的功能奠定了基础。     

北京地区新近报道的人Boca病毒VP1、VP2蛋白编码区基因序列分析

目的了解北京地区新近报道的人Boca病毒（human bocavirus，HBoV）主要结构蛋白编码区基因的特征。方法选择已经过初步研究证明为HBoV NP1基因检测为阳性的2份临床标本BJ3064、BJ3722。应用针对HBoV VP1蛋白编码区基因的PCR引物进行扩增，对所获得的PCR扩增产物直接进行核苷酸序列测定。将所测到的序列与GenBank中的基因序列进行比较分析和种系进化分析。结果从标本BJ3064及BJ3722中扩增得到HBoV VP1蛋白编码区全基因的PCR扩增产物为2016bp，编码671个氨基酸。VP2蛋白是在不改变开放性读码框架（ORF）的情况下，由VP1蛋白编码区内起始合成，并与VP1终止于同一终止密码子，长度为1629bp，编码542个氨基酸。与HBoV原型株ST1、ST2株相比较，BJ3064、BJ3722的VP1及VP2蛋白无论是核苷酸水平还是氨基酸水平的同源性均超过98％，但与同属细小病毒的BPV及MVC相应位置的序列相比较，同源性较低，其中核苷酸序列同源性低于60％，而氨基酸序列同源性低于50％。VP1及VP2蛋白的编码区基因进化分析显示。BJ3064、BJ3722与ST2之间进化关系较ST1更密切。在BJ3064、BJ3722的VP1蛋白中，也存在类似于MVC的保守性磷酸酯酶A2特异性位点的活性基序（HDXXY）及Ca^2＋结合位点。结论已得到HBoV的结构蛋白VP1和VP2的全基因，将为儿科急性呼吸道感染中该病毒的病原作用、地位及其在各年龄组人群中的血清学特征的深入研究打下坚实的基础。     

一株与大鼠肝细胞再生相关的新cDNA克隆

目的:用表达性差异显示分析(RDA)技术发现的一株新基因为目的基因。研究该基因与肝细胞再生的可能关系及在组织中的分布等初步的生物学功能。方法:用狭线杂交、Northern杂交、RT-PCR、cDNA文库筛选及序列分析法研究新基因cDNA序列、组织分布及初步功能。 结果:从大鼠胎肝cDNA文库中筛选出该基因的克隆;杂交等证实其在肝大部切除后表达迅速上调,在EGF诱导的肝细胞及肿瘤组织中呈高丰度表达;对该基因进行序列测定并获得全长核苷酸序列;分析表明该核苷酸序列仅编码70余个氨基酸。 结论:该基因与肝细胞再生相关;可能仅编码小分子多肽或其N-端具有更长的序列。     

儿茶酚胺介导的多形性室速患者家系CXSQ2基因F189L突变的基因分析

目的 在27例儿茶酚胺介导的多形性室速患者及家庭成员中寻找CASQ2基因突变.方法 应用直接DNA序列分析对临床诊断为家族性多形性室速27例患者及家庭成员进行进行基因突变分析.应用Taqman基因分型检测在以1400名正常人群中确定CASQ2变异的频率.结果 在一个多形性室速家系中发现了1个新的杂合子改变F189L.通过与多种生物比对,证实该改变发生于在第2结构域一个高度保守的氨基酸上,位于第5外显子的F189L的改变,使编码蛋白的第189位氨基酸由苯丙氨酸改变为亮氨酸.应用Taqman SNP genotyping assay分析方法证实正常人群1400名中未发现同样改变.在CASQ2基因中未发现其他引起疾病的基因突变.结论 发现了CASQ2基因的1个新F189L突变.     

局部注射辛伐他汀对骨质疏松大鼠股骨髁骨小梁的改建效应

背景：局部注射具有成骨作用的辛伐他汀,可显著增加骨质疏松大鼠股骨颈及股骨髁部的骨密度及力学强度,分析局部注射辛伐他汀对股骨髁骨小梁的影响。 目的：进一步研究骨质疏松大鼠股骨内局部注射辛伐他汀对股骨髁骨小梁的影响。为将辛伐他汀应用于临床骨质疏松局部治疗提供实验基础。 方法：18只雌性SD大鼠双侧卵巢切除后3个月,制备大鼠骨质疏松模型。实验大鼠随机数字表法均分为3组,分别在实验大鼠的右侧股骨髓腔内单次注射辛伐他汀溶液5 mg、10 mg,对照组单纯注射空白载体。分别在注射后1个月处死大鼠并取材。Micro-CT扫描并定量分析骨组织形态变化。 结果与结论：给药后1个月,Micro-CT扫描结果显示,辛伐他汀治疗组的骨微结构参数如骨皮质厚度、骨小梁密度及连接率明显优于对照组。说明疏松骨骼单次注射小剂量辛伐他汀可显著促进股骨髁部骨小梁改建,改善骨骼微结构,可为强化局部、防治骨质疏松骨折的新选择进一步提供实验基础。     

Level of functioning of siblings and parents of probands of varying degrees of retardation

A further analysis of already published data supports the position that retardates of low ability level less frequently have retarded siblings, retarded parents, and parents low in occupational level than do retardates higher in ability level. The analysis supports the position that there are two types of retarded individuals, persons retarded as a result of gene or chromosomal anomalies, brain injury, etc., who more frequently occur in the lower-level retardate group, and persons whose retardation represents polygenic segregation, who more frequently occur in the higher-level group.     

膝关节骨性关节炎的关节镜治疗体会

目的我科自2001～2005年4月对59例67膝的骨性关节炎（0A），进行关节镜检查及镜下清理术。方法镜检：膝关节骨性关节炎伴不同程度滑膜炎，滑膜皱壁粘连纤维片，关节软骨不同程度破坏。镜下清除增生滑膜，松解粘连，去除剥脱软骨、修复关节面。结果随访2月～4年，平均1.5年，术后综合评估2月～1年，优良率94％；1～2年，优良率79.2％；2年以上优良率54.8％。结论关节镜对膝关节骨性关节炎诊断能提供了比较全面的资料，并对骨性关节炎早期有良好疗效，具有创伤小、恢复快、并发症少和重复治疗等优点。     

Assessment of the efficacy of treatment of hemangiomas

Assessment of the aftereffects of cryoexposure and ultrahigh-frequency cryoexposure on hemangioma tissue of various types, cavernous and squamous, showed a higher cryogenic effect in hemangiomatous tissue preexposed to ultrahigh-frequency waves. A quantitative criterion is proposed for assessing the efficacy of the studied methods of exposure. Translated fromByulleten' Eksperimental'noi Biologii i Meditsiny, Vol. 119, N ^o 6, pp. 669–672, June, 1995     

石斛属民族药用植物的分类及生药学研究

中药石斛早在《神农本草经》中就被列为上品,其应用历史悠久,具有养阴生津、补肾益气、润喉护嗓、活血明目、抗癌防老等功效。本文对国内外石斛属民族药用植物的分类及生药学研究进行了综述。     

Effect of route of antitoxin administration on efficacy of treatment of experimental tetanus

The efficacy of treatment with Diaform-3 antitoxin, given by either intracisternal or intralumbar injection in a dose of 400 i.u./kg, was compared in experiments on 100 rabbits with ascending, hematogenous, and cerebral tetanus caused by injection of 1 c.l.d. of tetanus toxin. Intracisternal injection of the antitoxin was found to be three times more effective than intralumbar (the proportion of animals cured was 31.4 and 10.2% respectively). The latter was effective only in animals with ascending tetanus, evidently because the portal of entry of the toxin into the CNS was along the peripheral nerves of the hind limbs.Central Research Laboratory, L'vov Medical Institute. (Presented by Academician of the Academy of Medical Sciences of the USSR A. M. Chernukh.) Translated from Byulleten' Éksperimental'noi Biologii i Meditsiny, Vol. 86, No. 8, pp. 212–213, August, 1978.     

Effect of ultralow doses of thyroliberin on microviscosity of lipid components of biological membranes

Effects of the regulatory peptide thyroliberin on microviscosity of lipid components of endoplasmic reticulum biological membranes in mouse hepatocytes were studied by electron paramagnetic resonance. Thyroliberin in a concentration of 10⁻³–10⁻¹⁸ M decreased microviscosity of surface layers of membrane lipids. This decrease was the most pronounced (30%) under effects of 10⁻¹⁰ and 10⁻¹⁶ M thyroliberin. Physiological effects of thyroliberin corresponded to its influence on the membrane structure. Translated fromByulleten' Eksperimental'noi Biologii i Meditsiny, Vol. 129, No. 1, pp. 38–40, January, 2000     

Pathways of the realization of immunomodulating effects of neurotransmitters

Translated fromByulleten' Eksperimental'noi Biologii i Meditsiny, Vol. 115, N ^o 4, pp. 401–404, April, 1993