基于ISSR的野生和栽培的褐苞薯蓣遗传多样性分析

目的 研究广山药的来源植物褐苞薯蓣种质资源遗传多样性、亲缘关系，为褐苞薯蓣遗传差异的评定及优良种质资源的筛选提供分子水平的参考依据。方法 采用ISSR（简单序列重复区间）分子标记技术对不同居群褐苞薯蓣104份样品进行遗传多样性分析。结果 从150条引物中共筛选出9条引物，其中包含通用引物7条，自设引物2条；9条引物109个样品扩增出总条带106条，其中多态性条带为104条，多态性比率为98.11%，等位基因数（Na）为1.9811，有效等位基因（Ne）为1.6357，Nei??s基因多样性指数（h）为0.3675，Shannon??s信息指数（I）为0.5439，说明褐苞薯蓣整体遗传多样性水平较高；通过比较野生样品居群和栽培样品居群的Na值、Ne值、H值、I值，发现野生居群样品比栽培居群样品具有更高的遗传多样性。遗传距离和聚类分析结果表明遗传距离与地理距离具有一定的相关性；野生品和栽培品之间存在遗传差异。结论 ISSR分子标记方法能用于褐苞薯蓣种质资源的遗传多样性分析及遗传分化的分析，本研究结果能为褐苞薯蓣的相关分子生药学研究提供科学依据。     

基于ISSR和SRAP分子标记的黄精种质遗传多样性研究

目的 研究黄精Polygonati Rhizoma居群遗传多样性,为黄精药材资源保护和新品种培育提供依据。方法 以4个居群22个种源47份黄精种质资源为材料,选用14条ISSR和11对SRAP分子标记进行多态性检测、遗传多样性比较和聚类分析,揭示黄精种质的遗传多样性及地理分布特征。结果 ISSR引物和SRAP引物分别扩增出186和142条清晰带数,其中多态性条带数分别为185和140,多态性比率（percentage of polymorphic bands,PPB）分别为99.46%和98.59%;遗传多样性分析显示,ISSR和SRAP标记下基因分化系数（G_st）分别为0.279 9和0.231 6,即黄精遗传变异主要发生在种群内,居群间基因流（N_m）分别为1.286 4和1.659 3,遗传相似系数在0.053 3~0.948 1和0.032 8~0.967 7。聚类结果显示,相同黄精药材基原种质聚在一起,ISSR和SRAP标记分别将黄精居群分为5和3大类群,且以ISSR标记的聚类结果更符合实际地域分布。结论 黄精种质遗传多样性丰富,ISSR和SRAP标记可适用于黄精亲缘性鉴定,研究结果可为黄精资源的保护和育种提供一定参考。     

金钗石斛居群遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

目的 探讨不同地区金钗石斛Dendrobium nobile居群间的遗传多样性及遗传分化关系。方法 基于引物结合位点间扩增（inter-primer binding site，iPBS）分子标记对广西5个县共35份金钗石斛进行遗传关系、遗传多样性和种群间遗传分化分析，并构建能区分35份金钗石斛种质的DNA指纹图谱。数据分析使用NTSYS-pc 2.10e统计软件计算遗传相似系数并构建聚类分析图谱，采用Popgene 1.32软件计算遗传多样性指数与居群遗传分化系数。结果 8条iPBS引物共扩增出158条条带，多态性条带为143条，多态条带百分率（percentage of polymorphic bands，PPB）为90.51%；在遗传距离0.70处，35份种质分为7大类群，居群在分子水平上出现明显分化；遗传相似系数（genetic similarity coefficient，G_s）变化范围为0.559 0～0.975 9，变幅为0.416 9；平均观测等位基因数（observed number of alleles，N_a）、平均有效等位基因数（effective number of alleles，N_e）、Nei’s基因多样性指数（Nei’s gene diversity index，H_e）、Shannon多样性信息指数（Shannon information index，I）分别为1.898 7、1.505 0、0.300 7、0.454 2，居群间存在丰富遗传多样性；基因多样度（total genetic diversity，H_t）、各居群基因分化系数（gene diversity within population，H_s）、居群间遗传分化系数（coefficient of gene differentiation，G_st）分别为0.299 8、0.214 9、0.283 0，居群间遗传变异占总变异的28.30%，居群内的遗传变异占总变异的71.70%，遗传变异主要来源于居群内部；基因流（gene flow，N_m）为1.266 5，居群间存在较高水平的基因交流。引物2219和2399可单独鉴别出35份种质，试验基于引物2399的“0，1”矩阵构建35份种质的指纹图谱，此图谱可为金钗石斛品种的分类与鉴定提供参考。结论 金钗石斛居群间遗传多样性较丰富，总变异主要来源于居群内变异，居群间存在较高水平的基因交流。揭示了金钗石斛种质间的遗传关系及其居群遗传多样性，为野生金钗石斛种质的保护工作的开展奠定基础。     

不同产地温莪术遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析＊

目的 采用简单序列重复区间（ISSR）分子标记技术分析不同产地温莪术的遗传多样性和亲缘关系。方法 以3个产地8个温莪术居群的42个样品为材料，从20条ISSR引物中筛选出6条进行PCR扩增，扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测后，利用PopGene 32软件对不同居群ISSR标记结果进行多态性分析，通过UPGMA方法聚类并构建亲缘关系树。结果 6条引物共扩增出 42 个多态性位点，居群水平多态位点平均百分率为29.17%。居群间遗传分化系数Gst为0.3886，居群间每代个体的基因流系数（Nm）为 0.7868。8个居群遗传一致性范围为 0.8481-0.9736，遗传距离范围为 0.0268-0.1647。结论 供试8个温莪术居群之间的遗传多样性水平偏低，遗传变异较少，基因流动性水平较低。本研究的开展为温莪术的引种栽培及育种提供了一定的分子生物学依据。     

不同产地野生玉竹种质资源多样性与亲缘关系的ISSR分析

目的 研究中国不同居群野生玉竹种质资源的遗传多样性.方法 选取我国11个不同居群的野生玉竹样品和1个居群的栽培样品进行ISSR分析,Popgene 32及Ntsyspc-2.1软件分析处理数据.结果 通过筛选得到10条ISSR引物,扩增得到115条带,其中108条为多态性条带,多态性条带百分率为93.38％; Nei's基因多样性(H)为0.432 1±0.084 1,Shannon 信息指数(Ⅰ)为0.619 7±0.100 5,遗传距离(GD)变异为0.128 9～0.496 5;利用UPGMA法构建分子树状图,可将12个居群聚合为两大类.结论 不同产地野生玉竹种间存在较高的多态性,遗传多样性较为丰富;野生玉竹的遗传多样性高于栽培居群的遗传多样性,可能与栽培方式和环境因素有关;药用植物玉竹对环境变化的适应能力强,地理来源相同的野生居群和栽培居群先行聚合,与其种质间的亲缘关系较近有关;聚类结果可以部分反映地理分布的特点,为种质资源的鉴定打下良好基础.     

AFLP标记对灯盏花遗传多样性及选育品系群体一致性的分析

目的: 对灯盏花群体种质资源进行分析,为灯盏花的品种选育提供依据。 方法: 用筛选出来的11对引物对采自云南泸西、昆明、大理、丘北、石林的6份灯盏花种质资源进行AFLP遗传多样性分析。 结果: ①11个引物在6份种质资源中共产生636条DNA片段,其中604条带为多态性条带,约占82.40%。 ②在相似系数为0.706时,6份不同地区的灯盏花可聚为3类,第1类包括千山1号和千山2号大部分样品及大理、石林、昆明3个地区的野生居群;第2类为丘北的野生居群;第3类主要为部分千山2号及其他地区样品。千山1号和千山2号灯盏花平均遗传相似系数大,遗传相似系数变幅小,品系内遗传分化较小,遗传性状较稳定; ③对6份灯盏花样品的分子系统聚类分析表明:地理来源相同的部分有相对聚合现象或少部分品系出现交差聚类,与其亲缘关系较近有关;丘北居群自行一类,与其特异的遗传基础差异较大有关。 结论: AFLP对灯盏花的遗传多样性分析具有可靠性;系统选育对灯盏花的育种具有可行性。     

基于ISSR的地黄栽培品种与野生群体遗传多样性研究

目的 基于ISSR分子标记研究地黄Rehmannia glutinosa栽培品种与野生群体遗传多样性，比较它们的遗传多样性差异，构建它们之间亲缘关系，为地黄种质资源保护及新品种选育提供参考。方法 应用ISSR分子标记技术对地黄栽培品种，野生群体及其近缘种106个样品进行分析，利用POPGEN软件分析Nei’s基因多样性指数（H）等遗传信息参数，应用NTSYS软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。结果 7条引物在所有取样群体中，共检测到85个位点，其中多态性位点83个，多态位点百分率（PPB）为97.65%。地黄栽培品种与野生群体及其近缘种的种群间H值为0.265 9，Shannon’s多样性信息指数（I）为0.412 5。地黄栽培品种的多态性位点26个，PPB为30.59%。河南省地黄野生群体多态性位点71个，PPB为83.53%。ISSR聚类分析结果显示地黄栽培品种，野生群体及其近缘种共分成7个组。结论 ISSR分子标记揭示地黄野生群体比栽培品种具有更高的遗传多样性，河南分布的野生地黄群体的遗传多性高于其他地区，与其作为栽培地黄的道地产区，具有一定的相关性。地黄野生群体间亲缘关系与其地理分布格局并无明显相关性。     

基于表型性状和SSR标记的半夏遗传多样性分析及分子身份证构建

目的 研究半夏种质间遗传多样性，解析种质间的亲缘关系，为半夏种质鉴定、品种选育及资源保护提供依据。方法 该研究以27份半夏作为实验材料，测定其株高、叶长、叶宽等7个表型性状，并基于半夏转录组数据开发设计简单重复序列（SSR）引物，对27份半夏进行聚合酶链式反应（PCR）扩增，利用POPGENE32、PowerMarker V3.25和NTSYS-PC 2.10e软件对半夏种质进行遗传多样性分析。结果 共筛选出10对具有高度多态性的引物（PIC>0.5），4对中度多态性的引物（0.25<PIC<0.5）。平均检出等位基因3.928 6个，平均Nei''s多样性指数（H）和Shannon''s指数（I）分别为0.557 8和1.002 9，表现出较高的遗传多样性水平。聚类分析将半夏种质分为7个亚类，同一省份的半夏聚类在相同亚类。采用14对引物构建了27份半夏种质的SSR分子身份证，实现了对每个地区半夏的快速鉴别。结论 研究结果可为后续半夏的遗传多样性和居群结构研究奠定基础，并为半夏种质资源的鉴定、图谱构建和分子辅助育种提供科学依据。     

相关系列扩增多态性分子标记分析部分山药品种遗传多样性

 目的评价山药资源的多样性,为山药品种鉴定及亲缘关系的研究提供科学依据。方法以8个山药栽培居群中的21个山药品种为试材,进行相关系列扩增多态性（SRAP）分析,Popgene1.32软件计算遗传参数,UPGMA方法构建亲缘关系聚类图。结果相关系列扩增多态性引物共检测到309条清晰条带,其中多态性条带289条;Nei基因多样性指数（H）为0.2881、Shannon信息指数为（I）0.4416、居群间基因多样性（Ht）为0.2891,阐明了山药居群间具有很高的多样性;居群内以河南温县薯蓣居群多样性最高,PPB为35.92％,而福建三明（FJSM）和浙江高楼（ZJRG）山薯居群多样性最低（PPB＝0％）;居群间基因分化系数Gst为0.8658、基因流（Nm）为0.0775,揭示山药居群间遗传变异大于居群内遗传变异;8个居群间的遗传距离在0.0498～0.4879,因栽培物种的不同被聚为4类;相关系列扩增多态性标记可将21个山药品种分别归属到薯蓣、参薯、褐苞薯蓣、山薯种内。结论山药品种呈现较高遗传多样性,4种基原山药种间遗传差异较大,相关系列扩增多态性是鉴别我国山药品种的有效方法。     

基于cp DNA的当归野生与栽培种质鉴定与遗传变异分析

目的 基于叶绿体基因（cp DNA）对甘肃省11个当归栽培品种（系）及7个野生当归居群进行了遗传变异分析，为当归的种质鉴定和新品种的选育提供参考。方法 利用3对cp DNA 引物对当归样品进行聚合酶链式反应（PCR）扩增并测序，利用MegaX软件对序列特征进行统计，并计算当归居群间平均遗传距离，利用NTSYS 2.10e软件构建遗传距离非加权组平均法（UPGMA）聚类图。利用DanSP v6软件计算当归序列多态性及Tajima中性检验；利用PERMUT软件计算当归居群结构；利用Arlequin v3.5软件进行分子变异分析；最后利用PopART 1.7软件构建TCS单倍型网络图。结果 3对cp DNA 引物扩增、测序、比对、合并后的序列长度为1 759 bp，野生当归检测到1个变异位点，栽培当归检测到480个变异位点，其中单一突变位点97个，简约信息位点383个，插入-缺失位点152个。在野生组和栽培组当归cp DNA 的matK、psbA-trnH和rbcL 3个区域中，多态性最高的区域均为matK。全部当归联合序列的Tajima中性检验均为不显著负值，但在栽培当归中psbA-trnH和rbcL基因中呈显著负值，说明当归整体上遵循中性进化，而psbA-trnH和rbcL基因经历过选择。野生居群间的遗传分化程度（Fst=0）低于栽培当归居群间的分化程度（Fst=0.114 19，P<0.05），且二者之间遗传分化程度较高（Fst=0.942 55，P<0.01）。栽培当归居群中变异主要来源于居群内部（89%）。遗传距离UPGMA聚类树显示野生当归和栽培当归各自聚为一支，亲缘关系较远，栽培当归中居群3距离其他栽培当归居群较远。TCS单倍型网络图由15个单倍型和4个未知单倍型构成，分为3部分，各部分间变异次数较多，共享单倍型仅分布于野生或栽培组之内，组间不存在共享单倍型。结论 当归在物种水平上遗传多样性偏低，野生当归居群多样性低于栽培当归，野生与栽培当归组间的遗传分化程度高，而野生当归居群内和栽培当归居群内的分化程度均较低，栽培当归中遗传变异主要存在于居群内。     

陕西秦岭地区三叶木通遗传多样性的AFLP分析

目的利用扩增片段长度多态性(AFLP)分子标记技术对陕西秦岭地区6个天然居群的三叶木通种质进行遗传多样性分析。方法利用10对引物组合对111份三叶木通种质进行AFLP扩增,并评估遗传多样性。结果 AFLP扩增结果共产生221条清晰的条带,其中多态性条带132条,占59.7%。6个三叶木通居群间遗传分化系数为0.505,基因多态性指数为0.185。在Nei’s遗传距离0.13处,6个天然居群被聚为4个类群。结论陕西秦岭地区三叶木通天然居群遗传多样性水平较低,居群内与居群间的遗传变异程度基本相同。     

三叶青种质资源遗传多样性的ISSR分析

目的对我国三叶青种质资源64个样本的遗传多样性进行分析。方法利用ISSR-PCR技术进行扩增,然后利用POPGENE 32软件及NTSYS软件分析三叶青种质资源64个样本的遗传多样性及亲缘关系,并根据UPGMA法,构建亲缘关系树状图。结果从30条引物中筛选出10条条带清晰、重复性好的引物对64份供试材料的基因组DNA进行扩增。扩增出了83个多态位点,多态百分数为71.43%～100.00%,平均多态百分数为94.31%,引物S17扩增得到的多态位点最多,为11个;引物P6扩增得到的多态位点最少,为5个,10条引物扩增得到的多态位点平均为8.3个;遗传多样性分析显示,平均检测等位基因数(N_a)为1.943 1,平均有效等位基因数(N_e)为1.381 08,64个样本的平均Nei’s基因多样性指数(H)为0.242 98,平均Shannon多样性指数(I)为0.385 83。64个样本遗传相似系数的变异范围为0.431 8～0.988 6。根据相似系数矩阵按UPGMA法进行聚类,在遗传相似性系数为0.715 5处,64份供试材料可分为6组;另外,根据10个ISSR引物的扩增结果,筛选出引物ISSR 20、UBC857和S17扩增的DNA指纹图谱可用于64个三叶青样本种质的鉴定。结论我国三叶青种质资源拥有丰富的遗传多样性和基因的相对稳定性,ISSR分析可揭示我国三叶青种质资源间的亲缘关系,为评价、鉴定和新品种选育提供一定的参考依据。     

基于SSR分子标记的裸花紫珠种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

目的 研究裸花紫珠Callicarpa nudiflora种质资源遗传多样性,为其种质资源鉴定及优异种质筛选提供依据。方法 采用SSR分子标记技术,探究103份裸花紫珠种质遗传多样性,基于遗传距离进行UPGMA聚类分析,以SSR扩增条带为基础建立供试材料扩增条带DNA指纹图谱。结果 14对引物共扩增出92个等位基因（number of alleles,Na）,有效等位基因（effective number of alleles,Ne）占比39.37%。平均多态性信息含量（polymorphism information content,PIC）为0.468 2,6对引物具有高度多态性（PIC>0.5),6对具有中度多态性（0.25相似文献   

69份苦玄参种质SSR遗传多样性及品质性状相关标记分析

目的:采用简单重复序列(SSR)分子标记技术对广西苦玄参主产区69份苦玄参种质样本进行遗传多样性及亲缘关系分析,并筛选与苦玄参苷含量相关联的优良种质基因。为苦玄参种质资源评价、遗传进化分析及分子标记辅助育种等提供依据。方法:基于转录组测序技术,开发20对引物进行批量扩增。利用各标记位点的遗传多态信息,分析69份苦玄参种质的遗传多样性及亲缘关系,并通过一元线性和多元逐步回归分析,筛选与苦玄参苷含量相关联的分子标记。结果:20对SSR引物共扩增出76个等位基因,平均每个位点观测等位基因3.8个,高于有效等位基因数(1.9692个),稀有等位基因率为38.2%,等位基因分布不均匀。等位基因多态率范围为0~59%,平均38.24%,各位点多态率差异较大。各位点多态信息含量(PIC)变化范围为0~0.6211,平均0.3780;Shannon多态性信息指数变化范围为0~1.2401,平均0.7590;Nei’s基因多样性指数(Nei)变化范围为0~0.6823,平均0.4409;以上3个指标最高的为P21,最低为P7,各位点遗传多样性存在较大差异。各位点平均观测杂合度为0.3824,低于平均期望杂合度(0.4425),表现为杂合子缺失;平均遗传分化系数Fst为0.3659;基因流Nm平均值为0.4332,种质遗传分化较大,基因流较小。一元线性回归分析和多元逐步回归分析结果表明,与苦玄参苷IA和IB相关的位点各有5个,其中仅有1个位点与2个成分的含量均相关。结论:20个SSR标记位点遗传多样性存在较大的差异,供试69份种质遗传分化大,基因流较小;从供试20个SSR标记中筛选出9个与苦玄参苷含量相关联的标记位点,试验结果可为苦玄参遗传进化分析及良种选育和繁育等提供依据。     

新疆荒地阿魏遗传多样性的ISSR分析

目的研究新疆荒地阿魏Ferula syreitschikowii种质资源的亲缘关系及遗传多样性。方法以96份新疆荒地阿魏种质资源为材料,从33条ISSR引物中筛选出条带清晰、多态性好的引物15条,进行ISSR分子标记分析。结果共扩增获得292条完整、清晰的谱带,其中多态性条带为289条,多态位点比率为99.01%,表明新疆荒地阿魏种质资源多态性较高,具有较高的遗传多样性。经相关统计软件计算结果分析,平均有效等位基因数为1.725 6,平均Nei’s基因多样性指数为0.404 8,平均Shannon’s信息指数为0.587 9,遗传相似性系数为0.500 0～0.828 7。UPGMA聚类结果显示96份材料分为2个类群13个亚类,能够将不同来源的种质资源区分开来。结论从分子水平上揭示了新疆荒地阿魏地理分布与种质资源间的亲缘关系及较高的遗传多样性,为荒地阿魏品种鉴定提供相关依据。     

基于SCoT分子标记的金花茶组植物种质资源遗传多样性分析

目的利用SCoT分子标记技术分析27份金花茶组植物种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为金花茶组植物种质资源鉴定保护和开发利用提供理论依据。方法从100条SCoT引物中筛选出条带重复性好、多态性高的引物对供试材料进行PCR扩增,用NTsys 2.10e计算种质间的遗传相似系数,用非加权平均距离法(UPGMA)进行聚类分析,构建系统发育进化树。结果从100条SCoT引物中筛选出13条引物共扩增出566条条带,其中多态性条带549条,多态性比率为97%,平均每条SCoT引物扩增的总条带数和多态性条带数分别为43.54、42.23条,多态性比率为89.74%～100.00%,平均为96.82%;27份金花茶组植物种质间的遗传相似系数为0.367～0.754。聚类分析结果显示,遗传相似系数在0.480处可将27份金花茶种质划分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ 5组,遗传相似系数在0.511处第Ⅰ组被划分为a、b亚组,在0.517处第Ⅱ组被划分为c、d亚组,在0.508处第Ⅳ组被划分为e、f亚组。结论不同金花茶组植物种质间的遗传多样性丰富,SCoT分子标记多态性高,重复性好,可有效用于金花茶组植物种质资源遗传多样性分析,为金花茶组植物种质资源的鉴定保护、分子辅助育种和开发利用提供理论依据。     

贵州不同产地粗毛淫羊藿药用植物遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析

目的对贵州不同产地粗毛淫羊藿样品的遗传多样性和亲缘关系进行分析。方法利用Pop Gene 32软件及NTsys2.10e软件分析贵州5个不同产地粗毛淫羊藿的遗传多样性及亲缘关系,并根据UPGMA法,构建亲缘关系树状图。结果从100个随机引物中筛选出13条多态性稳定、条带清晰的引物,结果表明,共扩增出211个位点,从物种水平上看,共有205个多态性位点,多态性百分率(PPB)为97.16%,Shannon’s信息指数(I)为0.455 7,Nei’s基因多样性指数(H_e)为0.297 3,有效等位基因数(N_e)为1.490 2,5个居群间总的遗传多样性(H_t)为0.297 3,而居群内的遗传多样性(H_s)为0.207 5,表明粗毛淫羊藿的遗传变异主要存在于群体内,种群内的遗传分化大于种群间。利用UPGMA法构建的居群遗传距离聚类树,表明,5个居群被分为2支,其中来自安顺、花溪、高坡的3个居群聚在一支,来自龙里和雷山的2个居群共同聚为一支。结论 ISSR分子标记技术可以用于贵州不同产地的粗毛淫羊藿植物的遗传多样性和亲缘关系分析。