基于全球研究数据注册仓储Re3data.org的医学科学数据仓储建设

目的：总结全球医学领域科学数据仓储建设现状、经验与不足,为我国医学科学数据仓储建设提供参考和借鉴。方法：利用统计分析、共现分析和社会网络分析等方法,结合可视化图表对2018年Re3data.org中收录的637个医学科学数据仓储的分布、建设等情况进行分析。结果：美国、英国和国际组织在仓储合作建设中贡献最为突出,其中美国参与建设的数据仓储占50%,独立建设仓储达241个。多数仓储收录3～6类数据,科学和统计数据是被收录最多的类型,收录数据主题丰富,64.36%的仓储提供数据质控。Dspace等7种软件被用于数据仓储建设,数据管理涉及5种唯一标识符、16种元数据。结论：欧美国家占据了数据仓储建设高地,需多方合作共促数据开放共享。开源技术降低了仓储搭建门槛,标准规范建设保障仓储运管,数据分级共享提供接口支持,政策许可可保障多方权益。     

基于本体和关联数据的馆藏资源融合模型

介绍了数字图书馆中关联数据的应用和馆藏资源融合中关联数据的应用意义,分析了馆藏资源融合的必要性,从系统构建、技术实现和发现算法上详细探讨了馆藏资源语义关联过程及馆藏资源在语义关联研究中存在的不足,并基于关联数据,通过融合框架、本体以及关联数据的设计实现了馆藏资源语义化融合。     

基于关联数据的突发公共卫生事件数据开放平台研究

数据开放在突发公共卫生事件管控中发挥着重要的作用.快速、准确地获取并有效地收集、利用相关数据,有助于协调突发公共卫生事件的管控,提高应急响应的科学性,降低疫情带来的危害和负面影响.该文阐述了基于关联数据整合突发公共卫生事件数据的必要性,分析了数据开放平台的技术实现过程,构建了基于关联数据的新型冠状病毒肺炎疫情数据开放平台,证明突发公共卫生事件数据开放平台可实现疫情数据的科学开放和智能管控.     

基于关联数据的突发公共卫生事件数据开放平台研究

数据开放在突发公共卫生事件管控中发挥着重要的作用.快速、准确地获取并有效地收集、利用相关数据,有助于协调突发公共卫生事件的管控,提高应急响应的科学性,降低疫情带来的危害和负面影响.该文阐述了基于关联数据整合突发公共卫生事件数据的必要性,分析了数据开放平台的技术实现过程,构建了基于关联数据的新型冠状病毒肺炎疫情数据开放平台,证明突发公共卫生事件数据开放平台可实现疫情数据的科学开放和智能管控.     

设计医学多媒体数据库系统的关键技术研究

医学数据库是一种具有自身特点的典型多媒体数据库.本文基于分层设计思想,结合医学多媒体数据的特点,设计了医学多媒体数据库的体系结构,并对其中多媒体数据存储层的功能要求及实现进行了重点研究.为了实现对医学多媒体数据的快速有效和灵活可靠的信息检索功能,本文给出两种实用的检索策略:基于对象关联和基于对象特征的信息检索法.     

国外关联数据研究的文献计量分析

分析了2005-2013年国外有关关联数据的文献,发现国外对于关联数据的研究处于学科成长曲线的引入期,相关文献呈现增长趋势,形成了一批经典文献和核心研究人群,当前主要集中于关联数据理论研究和关联数据发布实现及实用研究。     

基于文献计量的国外关联数据研究进展

综合运用回归分析、聚类分析等方法,运用Bibexcel、CitespaceII及excel等软件对2005～2013年国外有关关联数据的文献进行分析。研究表明国外对于的研究处于学科成长曲线的发展阶段,相关文献近年来还会呈现增长趋势,该课题已形成一批精典文献,和各有侧重的核心研究人群,当前研究方向一类是对关联数据理论研究,另一类是关联数据发布实现及实用研究,未来随着互联网技术的提升,对该课题的研究将继续深入。     

大数据环境下的医学科研服务架构

基于数据驱动科研的新态势,从医学科研云、资源仓储、科研服务3方面构建了医学科研服务体系,将其用于医学大数据云数据中心建设实践后可提升大数据环境下的医学信息服务能力和效率。通过有效整合医学信息资源并规范服务流程,为医学科研服务提供支撑,可促进大数据环境下的医学科技创新。     

呼吸专科数据平台多中心数据集成与应用

构建呼吸系统疾病大数据应用平台,建立呼吸系统疾病标准数据集规范,以云数据平台整合多中心呼吸专病数据,介绍基于该平台实现的数据采集、处理、交互和应用。     

关联数据在图书馆资源整合中的应用

介绍关联数据的概念,在此基础上论述当前关联数据在图书馆资源整合中的主要应用,包括实现规范词汇的可移植性、扩展资源外链、丰富馆藏资源、扩展服务范围、实现知识组织系统的语义互操作、提供开放式的元数据服务等.     

数字化医院数据资源开发研究和实践

数据资源开发利用是数字化医院面临的迫切需求和挑战,一方面医院管理活动需要有用数据支持决策,一方面医院面临着“数据丰富,信息贫乏”的困境,以中山市人民医院为案例,通过建立临床数据存储库、应用半结构化数据抽取工具、应用智能分析平台三种方法整合数据,开发数据资源,实现医院决策智能化。     

医学影像教学系统动态模拟数据资源库的设计

根据医学影像学发展现状及教学特点,设计了医学影像教学系统动态模拟数据资源库。本文阐述了该资源库的软件实现过程以及嵌入了该资源库的医学影像系统的主要功能。该资源库的应用可优化传统医学影像教学方法,提高教学效果。     

WHO西太平洋地区医学索引收录期刊的数据提交能力分析

简要介绍WHO西太平洋地区医学索引（WPRIM）和当前WPRIM数据采集的途径及存在的问题,基于问卷调查,对WPRIM中国期刊从期刊信息数据提交能力、提交各方式倾向性和工作建议等方面进行分析,针对调查结果所反映的问题进行讨论,包括改进调查方式,提高WPRIM数据完整性,提升编辑部数据提交能力,推进WPRIM宣传工作等。     

NIH生物医学数据共享仓储分析

目的：对美国国立卫生研究院（NIH）的共享仓储进行分析,为生物医学科学数据领域相关研究和我国医学科学数据共享仓储建设提供参考和借鉴。方法：对UniProt、Protein Data Bank、GenBank等10个典型的数据共享仓储进行对比分析,总结其在数据获取方式、数据管理及共享模式、服务方式等方面的经验。结果：各仓储根据自身特性,设计了符合自身特点的数据管理链条及流程规范。结论：我国可借鉴美国国立卫生研究院生物医学数据共享仓储的建设经验,设计数据服务工具、开展半人工半自动模式的数据审核,收集尽可能详尽的元数据,并制定符合自身仓储特点的引用规范等。     

HIS系统数据备份的策略

随着计算机技术的飞速发展,数据安全显得日益重要,数据备份是保障数据安全的重要手段之一。医院信息系统（HIS）的数据有多样性、保存年限长、用户对数据的需求不确定性等特点,其备份策略也不太一样。从备份的分类谈到备份策略的选择,简述各种备份方式的实现方法,重点谈到HIS系统数据备份的策略,包括完全备份、差异备份、日志备份的建立以及本地备份、异地备份、磁带备份的选择等,尝试给中小医院的数据备份提供一种合适的备份方案。     

The center for expanded data annotation and retrieval

The Center for Expanded Data Annotation and Retrieval is studying the creation of comprehensive and expressive metadata for biomedical datasets to facilitate data discovery, data interpretation, and data reuse. We take advantage of emerging community-based standard templates for describing different kinds of biomedical datasets, and we investigate the use of computational techniques to help investigators to assemble templates and to fill in their values. We are creating a repository of metadata from which we plan to identify metadata patterns that will drive predictive data entry when filling in metadata templates. The metadata repository not only will capture annotations specified when experimental datasets are initially created, but also will incorporate links to the published literature, including secondary analyses and possible refinements or retractions of experimental interpretations. By working initially with the Human Immunology Project Consortium and the developers of the ImmPort data repository, we are developing and evaluating an end-to-end solution to the problems of metadata authoring and management that will generalize to other data-management environments.     

Constructing Large Scale Cohort for Clinical Study on Heart Failure with Electronic Health Record in Regional Healthcare Platform: Challenges and Strategies in Data Reuse

Regional healthcare platforms collect clinical data from hospitals in specific areas for the purpose of healthcare management. It is a common requirement to reuse the data for clinical research. However, we have to face challenges like the inconsistence of terminology in electronic health records (EHR) and the complexities in data quality and data formats in regional healthcare platform. In this paper, we propose methodology and process on constructing large scale cohorts which forms the basis of causality and comparative effectiveness relationship in epidemiology. We firstly constructed a Chinese terminology knowledge graph to deal with the diversity of vocabularies on regional platform. Secondly, we built special disease case repositories (i.e., heart failure repository) that utilize the graph to search the related patients and to normalize the data. Based on the requirements of the clinical research which aimed to explore the effectiveness of taking statin on 180-days readmission in patients with heart failure, we built a large-scale retrospective cohort with 29647 cases of heart failure patients from the heart failure repository. After the propensity score matching, the study group (n=6346) and the control group (n=6346) with parallel clinical characteristics were acquired. Logistic regression analysis showed that taking statins had a negative correlation with 180-days readmission in heart failure patients. This paper presents the workflow and application example of big data mining based on regional EHR data.     

高校学术期刊数字化平台全面应用与建设策略的思考

本研究旨在探讨高校科技期刊如何在了解自身需求的基础上,去认识、利用、开发数字化平台,从而更有效的促进期刊内容快速的传播、推进期刊编辑部的办公流程、获取与分享期刊信息与资源,从而整体提高高校学术期刊的学术水平和出版质量。     

iT2DMS: a Standard-Based Diabetic Disease Data Repository and its Pilot Experiment on Diabetic Retinopathy Phenotyping and Examination Results Integration

Type 2 diabetes mellitus (T2DM) is a common chronic disease, and the fragment data collected through separated vendors makes continuous management of DM patients difficult. The lack of standard of fragment data from those diabetic patients also makes the further potential phenotyping based on the diabetic data difficult. Traditional T2DM data repository only supports data collection from T2DM patients, lack of phenotyping ability and relied on standalone database design, limiting the secondary usage of these valuable data. To solve these issues, we proposed a novel T2DM data repository framework, which was based on standards. This repository can integrate data from various sources. It would be used as a standardized record for further data transfer as well as integration. Phenotyping was conducted based on clinical guidelines with KNIME workflow. To evaluate the phenotyping performance of the proposed system, data was collected from local community by healthcare providers and was then tested using algorithms. The results indicated that the proposed system could detect DR cases with an average accuracy of about 82.8%. Furthermore, these results had the promising potential of addressing fragmented data. The proposed system has integrating and phenotyping abilities, which could be used for diabetes research in future studies.     

基于临床决策支持系统与知识库的临床数据中心的研究与应用

临床数据中心作为电子病历（EMR）的重要组成部分,是目前医院信息化建设的重点,也代表着今后医疗信息化应用的一个方向。建设临床数据中心需要有临床决策支持系统与临床知识库的支撑,这也是进一步深化EMR系统功能的需要。本文结合我国医疗信息化建设的发展现状,主要对临床决策支持系统与知识库在数据中心建设中的应用,以及存在的问题进行了分析。