miRNA和肿瘤干细胞研究进展

microRNA（miRNA）是一类长度为21-23个核苷酸（nt）的非编码单链小RNA分子,由约70nt的pre-miRNA经Dicer酶剪切加工而来,通过RISC（RNA-induced silencing complex）在转录后对靶基因的表达实施调控。如miRNA与其靶基因mRNA的3’-UTR（非翻译区）片段完全互补,     

微小RNA在甲状腺癌发生、 发展中的研究进展

微小RNA（miRNA）是一类内源性的、在进化上高度保守的非编码单链小RNA,其在多种生物和代谢过程中发挥着重要作用,包括信号转导及细胞增殖、分化和凋亡。miRNA可以担任抑癌基因或者癌基因,与肿瘤的形成有着密切的联系。近年来的研究结果显示,miRNA与甲状腺癌关系密切,参与了甲状腺癌的发生、发展过程,这与其具有的高侵袭性特征也存在相关性。笔者主要综述miRNA在不同类型甲状腺癌中的最新研究进展。     

MicroRNA在胃癌研究中的应用前景

微小RNA（microRNA,miRNA）是一类广泛存在于多种生物体内、序列长度约19～25个核苷酸、不编码蛋白质的单链小RNA。成熟的miRNA能够识别特定的靶mRNA3＇非编码区,并与之结合,如果两者碱基序列完全互补,     

14 q32 miRNA基因簇与肝细胞癌的发生发展

肝细胞癌（肝癌,hepatocellular carcinoma ,HCC ）是全球范围内发生率和死亡率较高的恶性肿瘤之一。微小RNA（ microRNA,miRNA）是一类内源性、非编码、高度保守的单链小分子RNA,主要在转录后水平抑制靶基因的表达。有些位置相近的miRNA基因在染色体上成簇排列,在一个多顺反子内形成miRNA基因簇,通常以共表达的形式协同作用。在人类14号染色体长臂端的14q32印迹基因区域约215 kb的基因组范围内,聚集了52个miRNA基因。已有研究发现此miRNA基因簇的异常表达与肝癌的发生发展密切相关。该文概括了14 q32 miRNA基因簇的结构特点,并对其在肝癌发生发展过程中所发挥的作用进行了综述。     

MicroRNA与肝癌发生发展关系研究进展简

MicroRNA（miRNA）是一类内源性非编码的小RNA,通过与目标mRNA互补配对,涉及靶基因的转录后调控,在细胞的增殖、分化和凋亡等方面发挥重要的生理作用。利用实验生物学及生物信息学方法对与肿瘤相关的miRNA进行研究成为当前的热点。最近多项研究表明miRNA广泛参与肝癌的发生、发展、转移、多药耐药。本文就microRNA与肝癌发生发展之间的关系作一综述。     

前列腺癌中非编码RNA与雄激素受体信号间调控的研究进展

雄激素受体（androgen receptor,AR）及其下游信号在前列腺癌的发生发展中发挥着关键性的作用。微小RNA（microRNA,miRNA）和长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）等非编码RNA不仅影响AR信号的调控网络,而且参与前列腺癌的发展进程。作者重点就前列腺癌中miRNA、lncRNA与AR信号间调控网络的研究进展进行综述。     

动物胚胎发育中的MicroRNAs研究进展

MicroRNA（miRNA）是一类广泛存在于真核生物中的非编码RNA,具有调控功能,长度约有20～25个核苷酸,它通过与靶基因特异性的碱基配对引起靶基因的降解或者抑制其翻译,从而实现对靶基因的转录后表达的调控。文章综述了miRNA的发现、体内生成机制、作用机制及不同动物种类胚胎发育过程中miRNA的鉴定和研究．并并阐述了miRNA研究中的问题及应用前景。     

microRNA与细胞周期调控

microRNA(miRNA)是一类长度为22～25个核苷酸的小RNA,这类非编码的小RNA分子在转录后水平上特异性地调节基因的表达.研究表明,miRNA可调控在细胞周期进程中直接或间接发挥作用的蛋白质分子;其表达水平的改变会使得细胞周期进程失去控制从而导致肿瘤的发生.此外,miRNA可分别作为癌基因和抑癌基因发挥作用从而参与细胞周期进程的调控,尤其是对细胞周期检查点的调控;它们通过协同调控多个靶基因参与细胞周期进程.     

microRNA在眼内的表达及其与常见眼部疾病的关系

miRNA是一种小的内源性非编码RNA分子,大约由21~25个核苷酸组成。1个miRNA可以调节下游百余个靶mRNAs,而1个mRNA又可以受多个miRNAs所调控。Lee等[1]于1993年在对线虫发育研究时发现了第1个miRNA—lin-4。2000年第2个miRNA lin-7被发现[2]。miRNAs存在于所有的多细胞生物中,其数量约相当于每种生物体蛋白编码基因的1％。     

内含子miRNA反馈调节宿主基因的表达与功能研究进展

miRNA是近年来发现的一类重要的基因表达调控因子。研究发现,许多miRNA位于编码蛋白基因（宿主基因）的内含子中,称为内含子miRNA。现有的证据表明,大多数内含子miRNA和它们的宿主基因表达一致,提示这些内含子miRNA参与宿主基因在功能和表达上的调控,本文就这方面的最新研究进展做一综述。     

微小RNAs在分子放射生物学中的研究进展

微小RNAs (miRNAs)是一类新近发现的能调节基因表达的短小非编码RNA.miRNAs通过负性调节靶基因,在辐射诱导的凋亡、辐射耐受性、旁观者效应等辐射反应中起重要作用.越来越多的证据表明,miRNAs与放射治疗所致的辐射生物效应相关.miRNAs有可能成为改善放射治疗肿瘤疗效的潜在新靶点.     

miRNAs介导辐射旁效应研究进展

辐射旁效应是指受辐射的细胞产生信号,并诱导未受辐照的细胞产生反应,即受辐射和未受辐射细胞之间的通讯以及这两种细胞内的信号转导效应。辐射对肿瘤细胞造成杀伤作用的同时,也会产生辐射旁效应给邻近的正常组织带来潜在危险。研究发现,电离辐射可直接改变miRNAs表达,并影响未受辐射的邻近组织中基因的表达,因此,miRNAs可能是受辐射细胞和未受辐射细胞之间信号通路调节的重要物质。本文就miRNAs在辐射旁效应中的作用进行综述。     

X射线诱导非小细胞肺癌A549细胞凋亡的适应性反应及相关miRNA筛选的研究

目的 研究X射线辐射诱导非小细胞肺癌（NSCLC）A549细胞凋亡的适应性反应,并筛选适应性反应相关的微RNA（miRNA）。 方法 将NSCLC A549细胞分为6组,包括 50 mGy+20 Gy、200 mGy+20 Gy、20 Gy、50 mGy、200 mGy照射组及对照组（0 Gy）,前2组细胞分别用50、200 mGy初始剂量进行照射,培养6 h后用20 Gy的效应剂量进行照射,20 Gy、50 mGy、200 mGy照射组同时进行照射。培养24 h后使用流式细胞仪检测细胞凋亡情况。利用小RNA测序技术筛选差异表达miRNA,并对其靶基因进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路的功能富集分析。采用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）对部分差异表达miRNA进行验证。2组间数据的比较采用Welch t检验。 结果 50 mGy+20 Gy照射组和200 mGy+20 Gy照射组的A549细胞早期凋亡率分别为（1.81±0.11）%和（2.17±0.19）%,低于20 Gy照射组的（4.54±0.23）%,且差异均有统计学意义（t=10.680、8.006,均P<0.01）。与20 Gy照射组相比,50 mGy+20 Gy照射组和200 mGy+20 Gy照射组共同差异表达趋势miRNA有1个上调（miR-3662）、15个下调（miR-185-3p、miR-1908-5p、miR-1307-5p、miR-182-3p、miR-92a-3p、miR-582-5p、miR-501-3p、miR-138-5P、miR-1260b、miR-484、miR-378d、miR-193b-3P、miR-127-3p、miR-1303及miR-654-5p）。GO富集分析结果显示,差异表达miRNA调控靶基因功能显著富集于细胞通讯调节、代谢过程的正向调节、代谢信号的调节、酶结合及催化活性等过程。KEGG富集分析结果显示,靶基因相关信号通路显著富集于溶酶体、丝裂原活化蛋白激酶、Ras和内吞作用等信号通路。qRT-PCR检测结果显示,miRNA表达情况与基因芯片结果趋势一致（10个miRNA表达水平得到验证）。 结论 X射线50、200 mGy照射剂量均能诱导NSCLC A549细胞凋亡的适应性反应,并筛选到一组共同差异表达的miRNA,可能在X射线辐射诱导细胞凋亡的适应性反应中发挥了重要作用,有可能成为调节电离辐射生物效应的潜在靶点。     

60Co γ线照射血管内皮细胞外泌体中miRNA的鉴定分析

目的 利用微小RNA(miRNA)芯片和生物信息学技术,研究受照射人脐静脉血管内皮细胞(HUVEC)产生的外泌体miRNA组分的变化,为揭示血管组织放射损伤及其旁效应机制提供新的线索.方法 超高速离心法收集对照组和4 Gy剂量照射组的HUVEC外泌体,运用电镜及Western印迹技术对外泌体进行鉴定,miRNA芯片技术分析细胞内和外泌体中miRNA表达谱,qRT-PCR法验证部分差异miRNA,通过miRDB和TargetScan预测差异miRNA的靶基因,DAVID、KEGG等在线工具进行生物信息学分析.结果 HUVEC经4 Gy照射后外泌体miRNA与对照组相比,照后0.5 h共鉴定到18个发生表达变化的miRNA分子,5个表达上调,13个表达下调;照后2 h鉴定出16个表达上调、5个表达下调miRNA分子;细胞内miRNA与对照组相比,照射后0.5、2 h分别有38个和85个差异表达miRNA,且差异有统计学意义(P<0.01).生物信息学结果表明,这些表达变化的miRNA可能通过参与调控MAPK、Ras、PI3K-Akt信号通路等途径影响细胞辐射旁效应.结论 电离辐射损伤导致血管内皮细胞外泌体miRNA分子组分和表达水平发生显著改变,这些miRNA的靶基因组产物在细胞放射损伤反应的信号通路调节中发挥重要作用.     

60Co γ射线照射致小鼠肝脏的miRNAs表达改变

目的 应用miRNA芯片筛选4 Gy60Co γ射线照射后小鼠肝脏中差异表达的miRNAs,生物信息学方法探索差异表达miRNAs调控的主要功能.方法 SPF级C57BL/6J小鼠接受4 Gy60Co γ射线单次全身照射后,进行外周血白细胞计数和骨髓嗜多染红细胞微核计数.应用miRNA芯片筛选照射后小鼠肝脏中差异表达的miRNAs,用miRNA特异引物对部分差异表达miRNA进行实时定量PCR(real time PCR)验证.运用生物信息学方法,对差异miRNAs靶基因及调控功能进行预测.结果 4 Gyγ射线照射后,外周血白细胞总数与对照组相比显著减少(t=2.87,P＜0.05),而骨髓嗜多染红细胞微核率与对照组相比显著增加(t=-2.91,P＜0.05).miRNA芯片结果显示,照射组与对照组差异表达的miRNAs共17个,其中9个表达上调,8个表达下调.miR-124和miR-34a的实时荧光定量RT-PCR验证结果与芯片结果一致.GO分析发现,与黏附、细胞周期相关的通路被抑制,一些免疫相关通路被激活.结论 miR-34a和miR-194参与了急性辐射损伤的调控,起主要调控作用的miRNAs还有miR-124、miR-382和miR-92a*.

Abstract：

Objective To investigate the differential expression profiles of microRNAs in the liver of 60Co γ-ray irradiated mice using microRNA microarray and to explore their main functions by bioinformatic analysis.Methods After SPF C57BL/6J mice expose to 4 Gy-single whole body radiation,total number of peripheral WBC and the fMNPCE were measured at 3 d.The differentially expressed miRNAs in mouse liver were detected with miRNA microarray,miRNA-124 and miR-34a were confirmed by real time RT-PCR assay.Bioinformatic analysis was applied to explore target genes and the main functions of the differential expressed miRNAs.Results Compared with control group,the total number of peripheral WBC decreased( t = 2.87,P ＜ 0.05 ) ,while the fMNPCE in bone marrow increased ( t =-2.91,P ＜0.05) after 4 Gy γ-ray irradiation.miRNA microarray revealed that 17 miRNAs were differentially expressed,in which 9 up-regulated,8 down-regulated.The expression levels of miR-124 and miR-34a were coincident with the result of real time RT-PCR.GO analysis showed that some pathways including adherens junction and cell cycle were suppressed,while some immune-related pathways were activated.Conclusions miR-34a and miR-194 were involved in the regulation of acute radiation damage,some other miRNAs including miR-124、miR-382 and miR-92a* also played important roles in radiation process.     

Discovery and characterization of miRNAs in mouse thymus responses to ionizing radiation by deep sequencing

To investigate the potential regulatory roles of microRNA (miRNA) in mouse response to ionizing radiation (IR)-induced thymus injury, miRNA expression profiles of mouse thymus with or without IR were analyzed using deep sequencing technology. Potential target candidates of the identified miRNA were predicted using RNAhybrid and miRanda. Differently expressed miRNA targets functional annotation and pathways were noted using Swiss-Prot, Gene Ontology (GO), Clusters of Orthologous Groups (COG), Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) and non-redundant (NR) databases. In this study, there were 112 differently expressed miRNAs identified, including 45 known mature and 67 novel miRNAs, which meanwhile contained 77 up-regulated and 35 down-regulated miRNAs. The results of quantitative RT-polymerase chain reaction (qRT-PCR) verification were in agreement with the sequencing analysis. And the target genes of miRNA were annotated. These results revealed the differences of miRNA expression, further extended the biological knowledge and greatly facilitated future studies on the function of miRNA in IR-induced thymus injury.     

乙型肝炎病毒基因组转染HepG2细胞的microRNA表达研究

目的 检测乙型肝炎病毒(HBV)全基因组转染对人肝母细胞瘤细胞系HepG2细胞中microRNA(miRNA)表达的影响,为进一步探讨肝细胞中HBV复制的分子生物学机制提供平台.方法 分别提取HepG2.2.15细胞(转染HBV全基因组的HepG2细胞,实验组)和其亲本HepG2细胞(对照组)的总RNA并分离miRNA,采用含509条探针的哺乳动物miRNA表达谱芯片对两组之间差异表达的miRNA进行分析.用SAM软件针对差异miRNA筛选的标准为在两组之间荧光强度差异4倍以上,差异miRNA的整体假阳性率为0.选择其中2个miRNA,应用实时荧光定量RT-PCR方法对芯片结果进行验证.结果 HepG2.2.15细胞与HepG2细胞间差异表达的miRNA共27个(占5.3%),其中7个表达上调,20个表达下调.miR-181d和miR-15a的实时荧光定量RT-PCR验证结果与芯片表达结果基本一致.结论 肝细胞中存在着与HBV复制相关的miRNA,这些上调和下调表达的miRNAs可能参与了HBV在肝细胞中的复制.     

miRNA analysis in vitreous humor to determine the time of death: a proof-of-concept pilot study

We hypothesized that miRNAs present in vitreous humor could be a sort of “biological black box,” storing information about physiological and environmental circumstances at death. As a proof of concept, we analyzed the vitreous humor miRNA signature to explore its forensic potential applications, such as determining the time of the day at death. The miRNAs present in vitreous humor from individuals who died at daytime or at nighttime were analyzed by quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) array. Target miRNAs showing significant differences between groups were studied in a larger sample by individual qPCR assays. After array analysis of miRNAs in seven samples, significant expression differences were detected between individuals who died at daytime and at nighttime regarding mir-34c, mir-541, mir-888, mir-484, and mir-142-5p. miR-222 appeared as the best reference gene. The results were replicated in 34 vitreous humor samples, and the day–night differences were confirmed for miR-142-5p and miR-541, suggesting that miRNA levels may be related to either the ambient light or the circadian clock at the time of death. There was no correlation between miRNA levels and the time elapsed after death, suggesting that they were stable at least for 24 h. In conclusion, this report supports the potential forensic utility of the analysis of miRNAs in the vitreous humor in applications such as determining the time of death.