PCR-核糖体分型技术基因分型艰难梭菌

目的调查区域性的艰难梭菌基因型分布和毒素A、B的携带情况。方法 68株艰难梭菌临床菌株收集自悉尼大学韦斯特米德医院,利用PCR-核糖体分型技术进行基因分型,利用PCR方法检测毒素A、B编码基因tcdA、tcdB。结果 68株菌可分为31种核糖体型(RT),最常见的为RT014(19.1%)和RT002(11.8%);94.1%(64株)的菌株tcdA、tcdB均为阳性。结论悉尼地区主要流行的艰难梭菌基因型为RT014和RT002,绝大部分临床菌株均携带毒素A、B。     

高毒力艰难梭菌的基因型和毒力相关基因检测

目的鉴定莫西沙星耐药的艰难梭菌临床菌株的基因型和毒素相关基因的携带情况。方法 22株莫西沙星耐药的艰难梭菌临床菌株收集自澳大利亚悉尼地区,利用基于荧光毛细管电泳的聚合酶链反应(PCR)-核糖体分型技术对其进行基因分型;利用PCR方法检测其毒素A、B编码基因tcdA、tcdB和二元毒素编码基因cdtA、cdtB;利用PCR-基因测序方法检测毒素调节基因tcdC的基因序列,通过与参考菌株VPI 10463(Genbank收录号:X92982)比对了解其基因突变情况,通过与Genbank中的序列比对确定其序列型。结果 21株菌株为高毒力核糖体型027(RT027),另1株为RT078;22株菌株毒力编码基因均为tcdA+tcdB+cdtA+cdtB+;21株RT027 tcdC序列型为sc1,另1株RT078序列型为WA39,与参考株VPI 10463比较,RT027菌株tcdC序列均出现连续18个核苷酸(nt330-347)的缺失和第117位单核苷酸的缺失,RT078菌株则出现连续39个核苷酸(nt341-379)的缺失和第184位(CT)的突变。结论高毒力RT027是最常见的莫西沙星耐药的艰难梭菌基因型;高毒力RT027和RT078均携带毒素A、B和二元毒素编码基因,且毒素调节基因tcdC均存在基因突变。     

院内感染艰难梭菌的毒素检测及核糖体分型研究

目的:研究院内艰难梭菌毒素分离株的毒素情况,对核糖体分型展开研究。方法:抽选出100例腹泻病住院患者未成形的大便制成标本后,完成艰难梭菌的分离培养,鉴定菌落;提取出菌株DNA,并采用PCR法扩增毒素基因tcdA和tcdB;并对核糖体进行分型研究。结果:100例患者培养阳性率为15.00%,共分离出55株艰难梭菌,产毒株占比83.64%;毒素类型集中为A+B+型,占比54.55%;核糖体分型检测相对优势为R4型占比18.18%;R8型占比21.82%。结论:A+和B+毒素型为主要艰难梭菌型;住院腹泻患者主要为院内感染,核糖体分型未提示暴发流行。     

67例住院腹泻患者艰难梭菌感染情况分析

目的掌握哈尔滨医科大学附属肿瘤医院住院腹泻患者艰难梭菌感染(CDI)情况,探究该菌株分子特征和CDI危险因素。方法收集住院腹泻患者的67份粪便标本,并实施厌氧分离培养。应用聚合酶链反应(PCR)检测艰难梭菌毒素基因tcdA、tcdB,二元毒素基因cdtA、cdtB,菌株进行多位点序列分型(MLST),并研究患者临床数据。结果检出产毒艰难梭菌10株(14.9%),毒素A基因和毒素B基因均为阳性有8株(80.0%),2株毒素B基因阳性(20.0%)。检出5种ST型。对CDI危险因素进行分析,应用氟喹诺酮类抗菌药物是艰难梭菌独立危险因素(OR=3.12,P=0.036)。结论哈尔滨医科大学附属肿瘤医院住院患者中存在部分CDI情况,使用氟喹诺酮类抗菌药物与CDI有关。     

艰难梭菌毒素基因检测及分子流行病学分析

目的了解腹泻患者艰难梭菌感染现状,并分析分离菌株的核糖体分型情况。方法收集161例住院腹泻患者粪便标本进行艰难梭菌毒素基因PCR检测,同时进行产毒培养法,并比较2种方法的一致性;对分离的艰难梭菌进行核糖体分型。结果艰难梭菌产毒培养法阳性率为9.94%(16/161),粪便艰难梭菌毒素基因阳性率为9.94%(16/161),2种方法结果差异无统计学(P0.05),一致性较好(Kappa0.75)。培养所得18株艰难梭菌中A、B毒素基因均阴性的2株(11.11%),tcdA~+tcdB~+产毒株15株(83.33%),tcdA~-tcdB~+1株(5.56%)。18株艰难梭菌核糖体分型分为16种型别(GS1～GS16),未发现核糖体分型027型菌株。结论艰难梭菌粪便毒素基因PCR检测可用于临床诊断,未发现本院艰难梭菌暴发流行。     

艰难梭菌婴幼儿分离株毒力及基因型分布研究

目的明确深圳地区婴幼儿粪便中分离出的艰难梭菌的毒力及其基因型。方法收集深圳市宝安区妇幼保健院2014-2015年分离出的49株艰难梭菌菌株,PCR检测其毒素A、B的编码基因tcd A、tcd B的携带状况,数字化PCR-核糖体分型方法进行基因分型。结果 49株艰难梭菌tcd A、tcd B携带率分别为44.9%(22/49)和59.2%(29/49),其中22株tcd A、tcd B均为阳性,7株为tcd A阴性、tcd B阳性;49株菌可分为22种核糖体型,最常见的核糖体型为RT017(7/49,14.3%),BA03(5/49,10.2%),BA16(5/49,10.2%)和BA13(4/49,8.2%)。7株RT017菌株均为tcd A-tcd B+,而最常见的tcd A~+tcd B~+菌株(44.9%,22/49)则来自RT017以外的15种核糖体型。结论深圳地区婴幼儿中分离出的艰难梭菌半数以上为产毒株,且产毒株多同时携带tcd A、tcd B基因;基因型则以RT017为主,且均为产毒素B而不产毒素A菌株。     

艰难梭菌感染主要ST型菌株生物学特征的比较

目的探究致医院感染性腹泻艰难梭菌主要序列型别(ST81、ST8和ST42)之间的毒力特征、芽孢形成能力及耐药机制等方面的差异。方法收集2017年9月至2019年9月首都医科大学附属北京友谊医院临床住院腹泻患者送检艰难梭菌培养的稀便标本816份进行艰难梭菌分离和培养。以该院主要序列型别的艰难梭菌ST81(26株)、ST8(15株)和ST42(14株)为实验菌株。应用聚合酶链反应(PCR)和酶联免疫荧光法分别检测艰难梭菌的毒素基因和毒素A/B蛋白的表达;采用平板涂布法检测艰难梭菌的芽孢形成能力;采用琼脂稀释法检测艰难梭菌对11种抗菌药物的耐药性;采用PCR方法扩增耐药基因、测序及氨基酸突变分析艰难梭菌携带的耐药基因和氨基酸的突变位点。计量资料的组间比较采用Kruskal Wallis秩和检验, 率的比较采用Fisher精确检验。结果 ST81型菌株为tcdA-tcdB+/cdtA-cdtB-毒素型别, ST8和ST42型菌株均为tcdA+tcdB+/cdtA-cdtB-毒素型别, ST42、ST8和ST81型别菌株产生毒素A/B蛋白的产量分别为41.9、2.4和0.83, ST42和ST8...     

多重PCR检测毒力型艰难梭菌的方法学研究及应用

目的建立多重PCR方法检测毒力型艰难梭菌。方法设计艰难梭菌种特异tpi引物和毒力基因tcdA、tcdB特异性引物,建立多重PCR方法。利用已知菌株,验证方法的特异性和最低检出限。与厌氧培养法、ELISA法比较其检测临床菌株和其毒素分泌的准确性。结果多重PCR方法检测艰难梭菌的最低检出浓度为0．7pg／IM,特异性为100％。53株厌氧培养法鉴定的艰难梭菌临床分离株,多重PCR方法检测tpi基因均为阳性,其中tcdA＋／tcdB＋为39株．tcdA一／tcdB．为14株。ELISA法检测毒素A／B显示23株为阳性、30株为阴性。23株ELISA法毒素A／B阳性的艰难梭菌多重PCR方法检测结果均为tcdA十／配拈＋。结论多重PCR方法可用于检测毒力型艰难梭菌具有较高的临床应用价值。     

炎症性肠病患者中艰难梭菌感染的分子流行特征

目的初歩研究上海仁济医院炎症性肠病患者中艰难梭菌的分子流行特征,为炎症性肠病患者中艰难梭菌感染的监控提供证据。方法对2014年6月-2015年6月的222份炎症性肠病腹泻患者粪便标本进行艰难梭菌毒素检测和厌氧培养。采用多位点序列分型(MLST)进行分型,传统PCR方法检测其毒素基因,琼脂稀释法检测艰难梭菌体外药物敏感性,同时对炎症性肠病患者所在病房进行环境中艰难梭菌检测。结果222份粪便标本中艰难梭菌的检出率为13.5%(30/222),克罗恩病和溃疡性结肠炎患者中艰难梭菌检出率为15.7%(22/140)和9.8%(8/82),病房环境共检出4株艰难梭菌。MLST分型22株艰难梭菌为14种ST型,主要型别为ST54型。PCR检测毒素基因显示;TaM+raffl+菌株为主(72.7%,16/22),未检出二元毒素。22株艰难梭菌对氯霉素、四环素、氨苄西林、甲硝唑、万古霉素和美罗培南均敏感,对克林霉素耐药率较高,为63.6%,8株对莫西沙星耐药。结论炎症性肠病腹泻患者中艰难梭菌毒素基因以TcdA+TcdB+型为主,菌株克隆以ST54型为主,该型菌株在病房环境中也有检出。应当密切监测炎症性肠病患者中艰难梭菌的感染毒素基因。     

spo0A对艰难梭菌毒素A/B蛋白表达的调节作用

目的 研究spo0A基因对艰难梭菌毒素A和毒素B蛋白表达的调控作用.方法 采用ClosTron基因敲除技术构建艰难梭菌C25菌株spo0A基因突变模型.实时定量反转录PCR方法测不同生长时期(培养后5、12、24、48 h)突变株和亲代株的毒素基因tcdA、tcdB和毒素调控基因tcdC、tcdR、tcdE的表达量,分...     

5岁以下腹泻患者分离的艰难梭菌分子型别和耐药特征分析

目的 分析中国部分地区5岁以下腹泻患儿分离的艰难梭菌的分子型别和耐药特征,为后续研究及临床用药提供数据支持.方法 收集2010-2020年云南、山东、上海、陕西、河南和北京6省市5岁以下腹泻患儿的粪便标本,通过厌氧培养分离和鉴定艰难梭菌.使用聚合酶链式反应(PCR)方法进行毒素基因检测、多位点序列分型(MLST)和核糖...     

临床分离艰难梭菌毒素携带特征研究

目的对医院细菌室送检粪便标本中分离出的艰难梭菌,进行毒素基因以及耐药基因的初步分析。方法将细菌室收集到的112份粪便标本,经选择性厌氧培养,谷氨酸脱氢酶（GDH）以及API 20A 生化条鉴定后,分离出12株艰难梭菌,分别采用PCR的方法检测ItcdA/I和ItcdB/I基因、二元毒素基因,克林霉素抗性基因（IermB/I）。结果12株艰难梭菌中8株为毒素基因阳性,其中ItcdA/Isup+/supItcdB/Isup+/sup为5株,占62.5%;ItcdA/Isup-/supItcdB/Isup+/sup为3株,占37.5%;二元毒素基因均为阴性;耐药基因IermB/I阳性为4株,占50%。结论艰难梭菌ItcdA/Isup-/supItcdB/Isup+/sup毒株所占比例增加,临床单独检测A毒素易造成漏检;艰难梭菌耐药现象值得关注。     

一家县级医院重症医学科住院患者艰难梭菌感染的分子流行病学调查研究

目的 研究县级医院重症医学科(ICU)住院患者艰难梭菌的感染现状,探讨产毒素菌株的分子流行病学特点.方法 收集2017年12月至2019年12月于浙江省温岭市第一人民医院ICU住院并发生腹泻患者的粪便样本,分离培养艰难梭菌并进行毒素基因检测和PCR核糖体分型.结果 共收集355份非重复患者粪便样本,分离到产毒素艰难梭菌...     

Antimicrobial susceptibilities and molecular epidemiology of clinical isolates of Clostridium difficile in taiwan

The antimicrobial susceptibility and virulence factors of Clostridium difficile clinical isolates in Taiwan have not previously been reported. One hundred and thirteen isolates were collected from two major teaching hospitals in Taiwan from 2001 to 2009. Molecular typing was performed by an automated repetitive extragenic palindromic sequence-based PCR (rep-PCR) method (DiversiLab; Bacterial Barcodes, Inc., Athens, GA) and PCR ribotyping. Detection of tcdA, tcdB, cdtA, and cdtB genes was performed using a multiplex PCR assay, and gyrA and gyrB genes of moxifloxacin-nonsusceptible isolates were sequenced. All isolates were susceptible to vancomycin and metronidazole. Ninety-five (84%) isolates were susceptible to moxifloxacin, and the MIC(90) for nemonoxacin was 4 μg/ml. Tigecycline showed favorable antibacterial activity (MIC(90) of 0.06 μg/ml). Thirteen rep-PCR types were identified as a predominant rep-PCR type (type A; non-North American pulsed-field gel electrophoresis type 1 [NAP1], -NAP7, or -NAP8) accounting for 52.2% (59 isolates). Nine of 18 moxifloxacin-nonsusceptible isolates belonged to the rep-PCR type A. The rep-PCR type A and C isolates were distinct from NAP1 (ribotype 027) and NAP8 (ribotype 078) as determined by PCR ribotyping. Seventy-four (65%) isolates harbored tcdA and tcdB, and 15 (13%) harbored cdtAB encoding binary toxin. Eleven isolates had a gene deletion in tcdC, including a 39-bp deletion (9 isolates) and an 18-bp deletion (2). In conclusion, dissemination of a predominant C. difficile clone in southern and northern Taiwan was noted. However, no NAP1 (ribotype 027) isolate could be discovered in this study.     

The diagnosis of Clostridium difficile-associated diarrhea: comparison of Triage C. difficile panel,EIA for Tox A/B and cytotoxin assays

This study prospectively compared; Triage(R) C. difficile test (TCT), TechLab C. difficile toxin A-B enzyme immuno-assay (EIA), and cell-culture cytotoxin test (CT). Of the 400 stools tested, 99 were positive by any test with 92, 41 and 58 detected by TCT, EIA and CT, respectively. Culture of discordant samples indicated that 52 contained C. difficile (42 toxigenic, 10 non-toxigenic), 10 contained Clostridium species and 2 had no detectable clostridium isolates. There were 21/42 toxigenic C. difficile isolates from 17 patients whose stools were negative when originally tested by CT. Review of available patient charts indicated that 12/14 did not previously or currently have C. difficile associated diarrhea, whereas 2 patients developed disease within a few days. Compared to CT as the gold standard, the sensitivity and specificity were; 93%, 89% and 66%, 99% for TCT and EIA respectively. The 8 stool samples with Toxin A(-) Toxin B(+) isolates were detected in 8, 4, and 6 samples by TCT, EIA and CT, respectively. In summary, TCT as a screening test allowed reliable reporting for 85% of stools on the day of receipt. For the 15% of stools requiring further testing we recommend the use of CT.     

艰难梭菌临床分离株5年前后耐药性变化

目的了解艰难梭菌临床分离株5年前后核糖体分型和对常用抗菌药物耐药性的变化。方法分别收集复旦大学附属华山医院2007年8月至2008年7月和2012年8月至2013年7月艰难梭菌临床分离株,用琼脂稀释法测定甲硝唑等10种抗菌药物对艰难梭菌临床分离株的抗菌活性;PCR法检测艰难梭菌的毒素基因tcdA、tcdB、cdtA和cdtB;核糖体分型法对菌株进行分子分型。结果2007年8月-2008年7月与2012年8月-2013年7月分别获得艰难梭菌产毒株74株和64株。5年前产毒株中A’B’和At3’分别占66．2％和31．1％,二元毒素（A’B’CDT’）占2．7％;5年后A’B’和AB’菌株分别占65．6％和34．4％。5年前细菌核糖体分型以017型最多见,占24．3％,5年后以H型（18．8％）最多见。所有临床分离株对甲硝唑和万古霉素均呈高度敏感,但对克林霉素、四环素和夫西地酸等多种抗菌药物的耐药率较5年前上升。对氟喹诺酮类、大环内酯类和林可酰胺类药物呈多重耐药的菌株从28．3％上升至32．8％。结论艰难梭菌临床分离株中A’B’菌株仍约占2／3,但核糖体分型由017型最多见转为以H型最多见。所有艰难梭菌菌株对甲硝唑和万古霉素均呈敏感,但对四环素等多种抗菌药物耐药率较5年前增高。     

Analysis of Clostridium difficile-associated diarrhea among patients hospitalized in tertiary care academic hospital

The frequency of Clostridium difficile strains in stool samples of patients with diarrhea hospitalized in the hematology/oncology, surgery, orthopedics, transplantology ward, and emergency room of Davis Medical Center was analyzed. A total of 786 stool samples collected from patients with diarrhea and 180 samples taken from the hospital environment were cultured for C. difficile by routine methods. There were 119 strains of C. difficile isolated: 97 (12.3%) strains from patients' stools (no enteropathogen other than C. difficile was detected in these stool samples) and 22 (12.2%) strains from the hospital environment. It was confirmed that hospital environment plays an important role in transmission of C. difficile by AP-PCR and PCR ribotyping. Among 97 C. difficile strains isolated from patient' stools 25 were nontoxigenic (A-/B-), 67 were toxigenic (A+/B+), and 5 strains were toxin B-positive/toxin A-negative. Analysis of concomitant symptoms among hospitalized patients with diarrhea demonstrated significantly longer duration of diarrhea caused by nontoxigenic strains than in cases of diarrhea caused by toxigenic strains. On the other hand, among patients infected by toxigenic strains, significantly higher leukocytosis and longer duration of fever were observed. The resistance of isolated C. difficile strains to erythromycin and clindamycin indicated the possibility of transmission in the hospital strains with macrolide-lincosamide-streptogramin B resistance type.     

杭州市富阳区住院腹泻患者艰难梭菌感染及菌株分子特征分析

目的了解浙江省杭州市富阳地区住院腹泻患者艰难梭菌感染情况,研究感染患者临床危险因素及分离菌株的分子特征。方法收集2017年5月至2018年2月就诊于第一人民医院的228例腹泻患者的粪便标本,通过厌氧培养进行艰难梭菌菌株分离和鉴定,进行多位点序列基因分型,以琼脂稀释法测定菌株耐药性,对患者临床资料进行统计分析。结果228份标本共检测出产毒型艰难梭菌41株,其中31株为医院获得性腹泻;阳性患者平均年龄67.8岁,主要来自消化内科（34.1%）和肾内科（19.5%）。 ST2、ST3和ST54为主要基因型。 所有菌株对万古霉素、甲硝唑、四环素、哌拉西林敏感。 临床资料统计分析显示,＞60周岁、患基础性疾病和有抗生素用药史的阳性患者数量远高于阴性患者比例（χ2＝4.229、9.022、5.767,P＝0.023、0.001、0.009）。结论杭州市富阳区住院腹泻患者艰难梭菌感染患者主要来源于院内感染。 患有基础性疾病、8周内有抗生素用药史的老年患者为感染的危险因素;在院内感染防控中需进一步加强监测。