基于网络药理学研究扶正化瘀降浊通络方治疗慢性肾衰竭的作用机制

目的：通过网络药理学方法研究扶正化瘀降浊通络方治疗慢性肾衰竭(chronic renal failure, CRF)的药效成分、作用靶点及信号通路，拟阐明其作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)等数据库和文献挖掘获取扶正化瘀降浊通络方组方中药的活性成分，利用Pharmmapper筛选化学成分潜在靶点；在GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)检索CRF相关靶点。将扶正化瘀降浊通络方活性成分相关靶点与CRF靶点上传Venny 2.1.0平台进行映射，交集靶点即为扶正化瘀降浊通络方治疗CRF的潜在靶点，并绘制靶点韦恩图。将潜在靶点导入STRING数据库构建蛋白互作(protein-protein interaction, PPI)网络并分析。使用Cytoscape等软件构建“药物-成分-靶点”网络并筛选核心成...     

基于网络药理学和分子对接探讨浙贝母-夏枯草药对治疗甲状腺结节的作用机制

目的：基于网络药理学探讨浙贝母-夏枯草治疗甲状腺结节(thyroid nodules)的作用机制。方法：在中药系统药理数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索浙贝母、夏枯草的化学成分，利用PharmMapper数据库获取化学成分靶点，并采用Cytoscape 3.7.1软件构建“药物-活性成分-靶点”网络。基于Genecards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、治疗靶点数据库获得甲状腺结节相关靶点。将有效成分相关靶点与疾病靶点导入韦恩图网站进行在线分析，获得交集靶点，并利用STRING数据库构建蛋白互作网络(protein-protein interaction networks, PPI)模型，利用Cytoscape 3.7.1软件构建PPI网络并筛选核心靶点。将药物及其活性成分、交集靶点及疾病导入Cytoscape 3.7.1软件绘制成“药物-活性成分-交集靶点-疾病”网络图。利用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体...     

基于网络药理学探究枸杞子-菊花药对治疗糖尿病视网膜病变的作用机制

目的：基于网络药理学探究枸杞子-菊花药对治疗糖尿病视网膜病变(diabetic retinopathy, DR)的干预机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索枸杞子、菊花的活性成分及相关靶点。利用Cytoscape 3.9.1绘制“药对-活性成分-作用靶点”网络图，并进行拓扑分析筛选枸杞子-菊花药对治疗DR的主要活性成分。利用GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库及药物靶标数据库检索DR相关靶点。将活性成分相关靶点与疾病靶点导入Venny 2.1在线平台，绘制韦恩图，交集靶点即为枸杞子-菊花药对治疗DR的潜在靶点。将潜在靶点上传至STRING数据库构建PPI网络关系，导入Cytoscape 3.9.1软件进行可视化，PPI网络拓扑分析筛选枸杞子-菊花药对治疗DR的核心靶点。将核心靶点输入Metascape在线平台进行基因本体(gene ontology, GO)富集分析及京都基因与基因组百...     

基于网络药理学探究“酸枣仁-柏子仁”药对治疗失眠的作用机制

目的：通过网络药理学方法探讨“酸枣仁-柏子仁”药对治疗失眠(insomnia)的作用机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索酸枣仁、柏子仁的活性成分及相关靶点。在GeneCards数据库和在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)中检索失眠相关靶点。通过在线软件Venn 2.1.0将失眠相关靶点与“酸枣仁-柏子仁”活性成分相关靶点取交集,即为“酸枣仁-柏子仁”治疗失眠的潜在靶点,绘制韦恩图,并利用Cytoscape 3.8.2软件构建“中药-活性成分-疾病靶点”网络。将潜在靶点导入STRING平台,得到潜在靶点蛋白的互作关系,利用Cytoscape 3.8.2软件构建PPI网络图,并使用“Network Analyzer”插件进行拓扑分析筛选核心靶点。将潜在靶点导入David 6.8数据库进行基因本体(gene ontology, G...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨药食两用中药栀子致肾损伤的毒理机制

目的：通过网络药理学和分子对接探索栀子导致肾损伤的毒理机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台、中医药综合数据库筛选栀子活性成分和潜在靶点，同时用Swiss Target Prediction平台预测活性成分的潜在靶点。利用NCBI临床突变数据库、人类基因注释数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、治疗靶点数据库检索肾损伤的靶点。通过Venny软件对药物相关靶点与疾病靶点取交集，认为是栀子导致肾损伤的潜在靶点。在Cytoscape 3.8.0中构建“中药-化学成分-潜在靶点-疾病”网络并进行拓扑分析。在STRING平台构建潜在靶点的蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction networks, PPI)。通过Metascape平台对潜在靶点进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析。运用Cytoscape 3.8.0构建“关键通路-潜在靶点-化学成分”网络，并进一步筛选栀子导致肾损伤的关键靶基因及有效...     

“柴胡-白芍”药对治疗代谢相关脂肪性肝病的网络药理学分析及分子对接验证

目的 采用网络药理学和分子对接探讨及验证“柴胡-白芍”药对治疗代谢相关脂肪性肝病(MAFLD)的主要物质基础及作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)和Swiss Target Prediction在线网站收集柴胡、白芍的活性成分和治疗靶点;在Therapeutic Target Database、Drugbank、DisGeNET数据库中获取MAFLD的疾病靶点并构建韦恩图,筛选中药与疾病的交集靶点;利用Cytoscape 3.9.0软件绘制“中药-活性成分-疾病-交集靶点”网络并进行网络拓扑分析,筛选“柴胡-白芍”药对治疗代谢相关脂肪性肝病的核心成分;借助STRING数据库获取交集靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络参数,借助Cytoscape 3.9.0构建PPI网络并进行网络拓扑分析,筛选核心靶点。采用Metascape平台分析“中药-疾病”交集靶点参与的生物过程及信号通路,使用微生信平台将结果绘制成柱状图和气泡图进行可视化,绘制“中药-核心成分-核心靶点-生物功能-信号通路”网络,可视化“柴胡-白芍”药对治疗MAFLD的主要作用机制。采用分子对接技术验证核心成...     

基于网络药理学和分子对接探讨消炎利胆片治疗急性胆囊炎的作用机制

目的：基于网络药理学方法和分子对接技术探讨消炎利胆片治疗急性胆囊炎的潜在作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、化学专业数据库及ETCM数据库检索获取消炎利胆片的化学成分,通过Swiss ADME数据库进一步筛选活性成分并导入Swiss Target Prediction数据库预测药物相关靶点。利用Gene Cards数据库和OMIM数据库检索急性胆囊炎相关靶点,通过Venny 2.1在线平台获取“药物-疾病”交集靶点,并将“药物-疾病”共同靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。利用DAVID数据库对“药物-疾病”共同靶点进行基因本体论（GO）功能注释和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析。运用Cytoscape软件构建“药物成分-靶点-信号通路”网络,计算网络拓扑学参数并筛选消炎利胆片发挥治疗急性胆囊炎作用的重要活性成分及核心靶点,通过Auto Dock平台进行分子对接验证。结果：共获得44个消炎利胆片活性成分及186个药物相关靶点,获得823个急性胆囊炎潜在靶点,取交集后得到“药物-疾病”共同靶点33个,这些靶点主要涉及磷脂酰...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨红花治疗肺动脉高压的作用机制

目的：基于网络药理学及分子对接技术探讨红花治疗肺动脉高压(pulmonary hypertension, PH)的作用机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台、本草组鉴数据库、中医综合数据库、中国知网检索红花的活性成分,并采用Swiss Target Prediction数据库预测相关靶标。在GeneCards数据库、DrugBank数据库、TTD数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、DisGeNET数据库中检索PH疾病靶标。采用STRING数据库构建红花活性成分靶点及PH疾病靶标的蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,并利用Cytoscape3.7.2软件获得红花治疗PH的潜在靶点的PPI网络,拓扑分析筛选红花治疗PH的潜在核心靶点。应用DAVID数据库及Metascape数据库对潜在核心靶点进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析,并构建“红花-活性成分-靶点-通路-PH”网络...     

计算机模拟法探讨没药治疗骨肉瘤的作用机制

目的 探讨没药治疗骨肉瘤（OS）的作用及其机制。方法 以口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18为阈值，从中药系统药理学数据库及分析平台，收集没药的潜在活性成分及其对应靶点，并通过中国知网数据库检索与骨肉瘤相关的已报道活性化合物，利用Discovery Studio(DS)模拟软件，分别构建没药潜在活性成分和已报道活性化合物的数据集，基于“Calculate Molecular Properties”模块，比较两数据集的化学空间；以已知活性化合物数据集为参照配体，基于“Find Similar Moleculars by Fingerprints”模块，从没药潜在活性成分数据集中找出相似的分子。在GEO、OMIM、PharmGkb、DrugBank与GeneCards数据库中收集OS疾病靶点，与没药成分对应靶点取交集，将交集靶点与活性成分导入Cytoscape 3.8.1软件中，构建没药活性成分-靶点网络；再将交集靶点导入STRING网站构建蛋白质-蛋白质作用网络（PPI网络），在Cytoscape 3.8.1软件中拓扑分析筛选出核心靶点；用DAVID在线数据库对交集靶点进行基因本体（...     

基于网络药理学与分子对接探讨四妙丸“异病同治”强直性脊柱炎和高尿酸血症的作用机制

目的：以网络药理学与分子对接为基础分析四妙丸“异病同治”强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis, AS)和高尿酸血症(hyperuricemia, HUA)的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)筛选四妙丸的药物活性成分和作用靶点。利用在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)、GeneCards数据库和DrugBank数据库检索AS与HUA的疾病靶点。通过在线工具Venny 2.1.0得到药物相关靶点与疾病相关靶点的交集靶点，即四妙丸治疗AS和HUA的潜在作用靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-有效成分-潜在靶点-疾病”网络。借助STRING数据库构建潜在靶点蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks, PPI)并筛选核心靶点。运用DAVID数据...     

基于网络药理学与分子对接探讨运脾化湿清肺汤治疗特应性皮炎的作用机制

目的：基于网络药理学与分子对接探讨运脾化湿清肺汤治疗特应性皮炎(atopic dermatitis, AD)的作用机制。方法：运用中药网络药理学分析系统(TCM network pharmacology analysis system, TCMNPAS)v1.0获取运脾化湿清肺汤(陈皮、枳壳、桑叶、菊花、金银花、黄芩、土茯苓、白鲜皮、白术、甘草)的活性成分和作用靶点。运用GeneCards数据库、DrugBank数据库检索相关文献获取AD疾病靶点,并借助jvenn平台得到运脾化湿清肺汤与AD的交集靶点。将交集靶点上传至STRING数据库,构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络。通过Cytoscape 3.8.0软件进行拓扑分析,从而筛选核心靶点。采用Metascape数据库进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析。利用Cytoscape 3.8.0软件构建“药物-活性成分-作用靶点”网络、“...     

基于网络药理学和分子对接探析三黄泻心汤加味治疗上消化道出血的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探析三黄泻心汤加味治疗上消化道出血(UGIB)的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索三黄泻心汤活性成分及作用靶点，通过Gene Gards、OMIM、Pharmgkb及DrugBank疾病数据库获取UGIB疾病靶点，并获取二者交集靶点，借助Cytoscape3.9.0软件及STRING数据库构建中药-活性成分-靶点网络图、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络及挖掘出网络中潜在的蛋白质功能及核心网络，采用R软件对交集靶基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，最后通过AutoDock Tools及PyMOL等平台进行分子对接，预测三黄泻心汤加味关键成分与关键靶点的结合度。结果 共得到三黄泻心汤加味有效活性成分87个，UGIB疾病靶点3350个，二者交集靶点141个，富集得到GO中2149个生物过程条目，63个细胞组分条目，179个分子功能条目和168条KEGG通路。三黄泻心汤加味主要通过槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素、黄芩素、金合欢素等活性成分调节关键靶点ESR1、 MYC、 TP...     

基于网络药理学和分子对接探讨桂枝汤治疗动脉粥样硬化的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接研究桂枝汤治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis, AS)的分子机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)获取桂枝汤组方中药的活性成分及相关靶点，通过Cytoscape 3.9.1构建“桂枝汤-活性成分-作用靶点”网络并进行拓扑分析，筛选桂枝汤治疗AS的关键活性成分。借助GeneCards、DisGeNET、DrugBank数据库筛选AS疾病靶点；将中药活性成分相关靶点与疾病靶点导入Venny 2.1.0软件，获取交集靶点，即为桂枝汤治疗AS的潜在靶点。将潜在靶点导入到STRING 11.0数据库构建蛋白质互作(protein-protein interaction, PPI)网络并进行拓扑分析筛选核心靶点。使用R软件对潜在靶点进行基因本体(gene ontology, GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes ...     

基于网络药理学及实验验证探究通关藤治疗卵巢癌的作用机制

通过网络药理学、分子对接技术和体外细胞实验，探究通关藤Marsdenia tenacissima治疗卵巢癌(ovarian cancer, OC)的主要活性成分和潜在作用机制。文献检索获取通关藤中活性成分，利用SwissTargetPrediction数据库获得药物的潜在靶点；借助Therapeutic Target Database(TTD)、Online Mendelian Inheritance in Man Database(OMIM)、GeneCards、PharmGKB等数据库检索OC相关靶点，并利用韦恩在线分析工具将药物靶点和疾病靶点取交集；运用Cytoscape软件构建“成分-靶点-疾病”网络，依据其节点度值筛选出核心成分；根据筛选出来的药物与疾病交集靶点，利用STRING平台和Cytoscape软件构建交集靶点的蛋白相互作用(PPI)网络，依据节点度值筛选出核心靶点；借助DAVID数据库对潜在治疗靶点进行GO功能富集和KEGG通路分析；并采用AutoDock等软件对部分活性成分与潜在靶点进行分子对接验证；最后选用SKOV3细胞在体外对通关藤提取物的抗卵巢癌活性进行验证...     

基于网络药理学和分子对接探讨柴胡-大黄药对防治胆石症的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术初步探讨柴胡-大黄药对治疗胆石症的有效物质基础及作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索柴胡、大黄的有效活性成分及潜在作用靶点;通过GeneCards、CTD、TTD数据库得出胆石症相关作用靶点.利用Cytoscape 3.7.2软件及STRING数据库构造...     

基于网络药理学的“土茯苓-绵萆薢”药对治疗银屑病的作用机制研究

目的 基于网络药理学的方法探讨“土茯苓-绵萆薢”药对治疗银屑病的作用机制。方法 基于中药系统药理学技术平台筛选“土茯苓-绵萆薢”药对的潜在活性成分,通过检索文献补充绵萆薢活性成分,利用SwissADME数据库根据类药五原则评估各成分的药代动力学参数,筛选绵萆薢有效活性成分。通过SwissTargetPrediction数据库预测绵萆薢有效活性成分的作用靶点。检索GeneCards和OMIM数据库获得的银屑病相关靶点,通过Venny 2.1获得“土茯苓-绵萆薢”药对治疗银屑病的潜在作用靶点,构建活性成分-靶点网络。利用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络,并筛选核心靶点和Hub靶点。应用David数据库和OmicShare tools对关键靶点进行GO富集与KEGG分析,并构建“活性成分-核心靶点-通路”网络,应用分子对接技术对重要成分和重要靶点的相互作用进行验证,系统阐释“土茯苓-绵萆薢”药对治疗银屑病的作用机制。结果 共获得“土茯苓-绵萆薢”药对25个潜在活性成分和356个作用靶点,通过与银屑病相关靶点进行映射,获得111个交集靶点。通过构建PPI网络并进一步筛选,获得“土茯...     

基于网络药理学探讨痛泻要方治疗腹泻型肠易激综合征的作用机制

目的：运用网络药理学探讨痛泻要方对腹泻型肠易激综合征(diarrhea predominant irritable bowel syndrome, IBS-D)的潜在作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)获得痛泻要方中四味中药的药物活性成分，并通过TCMSP、Swiss Target Prediction及Pharmapper数据库得到各活性成分的潜在作用靶点。使用在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)、Gene Cards数据库获取IBS-D疾病对应的靶点，将疾病靶点与药物靶点取交集，获得痛泻要方治疗IBS-D的潜在作用靶点，运用Cytoscape 3.7.1软件构建“中药-活性成分-潜在靶点”网络图，并进行拓扑分析筛选关键成分。利用String数据库对潜在作用靶点进行蛋白质相互作用分析，构建蛋白质相互作用(protein-p...     

基于网络药理学-分子对接技术研究柴胡治疗卒中后抑郁的药效物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁（Post-stroke Depression, PSD）的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和蛋白质序列数据库（Uniprot）筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果：共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...     

基于酶抑制实验与网络药理学探讨核桃楸皮总黄酮治疗2型糖尿病的作用机制

目的：通过酶抑制实验考察核桃楸皮总黄酮的降糖作用,并利用网络药理学与分子对接的方法研究核桃楸皮总黄酮治疗2型糖尿病的潜在作用机制。方法：提取纯化核桃楸皮总黄酮部位后采用DNS法测定核桃楸皮总黄酮对α-淀粉酶的抑制作用。将文献报道的核桃楸皮的27种黄酮类成分输入中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)进行筛选。将筛选后的活性成分导入Swiss Target Prediction数据库进行靶点预测。将核桃楸皮黄酮类活性成分与相关靶点导入Cytoscape 3.9.1软件构建“化合物-靶点”网络,并筛选主要活性成分。在Genecards、TTD、DisGeNET数据库中搜集2型糖尿病相关的靶点,利用在线工具Venny 2.1得到活性成分靶点和疾病靶点的交集靶点,并绘制Venn图。在STRING数据库中输入交集靶点得到网络关系,利用Cytoscape 3.9.1软件构建PPI网络并进行拓扑分析。通过Metascape分析平台对交...     

基于网络药理学和分子对接探讨山楂叶治疗2型糖尿病的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术分析山楂叶治疗2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus, T2DM)的作用机制。方法：从中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)、BATMAN、HERB、SymMap、TCM-ID等数据库筛选山楂叶中的化学成分，构建山楂叶化学成分库并导入SwissADME数据库筛选山楂叶的活性成分，从Swiss Target Prediction数据库检索相关文献并获取山楂叶的潜在靶点。利用DrugBank、TTD、GeneCards、CTD、OMIM数据库检索T2DM相关靶点，绘制韦恩图得到两者的交集靶点。借助STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质相互作用网络，进行拓扑分析从而筛选关键靶点和核心成分，并采用AutoDock 4.2.6软件进行分子对接验证。在DAVID 6.8数据库中进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与...