5687例高通量基因测序产前筛查指征及结果分析

目的 探讨孕期开展高通量基因测序产前筛查技术的临床应用价值.方法 回顾性分析在甘肃省妇幼保健院就诊的自愿接受高通量基因测序产前筛查单胎妊娠孕妇5687例,采用高通量测序平台对孕妇外周血游离胎儿DNA进行测序分析,对测序结果进行生物信息分析,提示高风险及性染色体异常者,进一步行羊膜腔穿刺进行胎儿染色体核型分析.结果 5687例孕妇中游离胎儿DNA高通量基因测序技术检出37例21-三体高风险,5例18-三体高风险,2例13-三体高风险,性染色体异常30例.羊水染色体核型分析证实其中30例胎儿21-三体,3例18-三体,性染色体异常12例,高通量基因测序技术对于21-三体阳性预测值可达97%.结论 高龄孕妇是胎儿染色体异常的高危人群.高通量基因测序技术是胎儿21-三体的有效产前筛查方法,它具有无创、准确的特点,且筛查结果不受孕周限制,具有较高的临床应用价值.     

血浆游离DNA高通量测序技术对产前出生缺陷诊断的价值

目的探讨血浆游离DNA高通量测序技术对完善目前运行的产前诊断体系的价值。方法对2012年9月—2013年8月在湖州市妇幼保健院产前诊断中心行产前血清学筛查和产前诊断的孕妇进行分析;给拒绝羊膜腔穿刺的高风险孕妇提供产前无创DNA测序检测选择,分析母血浆胎儿游离DNA高通量测序结果,评价血浆游离DNA高通量测序对现有产前诊断体系的补充作用。结果产前作唐氏综合征筛查23 161人,筛查高风险1 042例,羊水染色体核型分析452例,其中21三体3例,18三体1例,其他染色体异常2例。拒绝羊水染色体检查孕妇中共有243例接受血浆游离DNA高通量测序,结果检出的3例21三体阳性孕妇并羊水染色体检查全部确诊,性染色体阳性5例中羊水确诊4例,2例无创性染色体异常拒绝确诊,1例无创性染色体假阳性,1例无创18三体阳性经羊水染色体确诊为45,X0。结论孕母血浆游离DNA高通量测序检测技术用于21三体胎儿产前诊断有一定的临床应用价值,对完善出生缺陷筛查有一定意义。     

生物信息学分析在无创产前DNA检测中的应用及研究进展

正自1997年香港中文大学卢煜明教授发现孕妇母体血浆中含有少量胎儿游离DNA (Cell-free DNA,cfDNA)片段后,研究人员针对孕妇外周血中含有的胎儿游离DNA,结合新一代高通量基因测序技术从而建立了高通量基因测序产前筛查,也称为无创产前DNA检测(Noninvasive prenatal testing, NIPT),大大提高了产前筛查准确性。NIPT检测具有高准确性、安全简便和无创性,现已被国内外学者广泛认可[1-2]。目前NIPT主要用于临床单胎妊娠胎儿染色体非整倍体产前筛查,特别是21-三体综合征、     

无创产前基因检测在胎儿染色体非整倍体中的临床观察

目的探讨新一代高通量基因测序无创DNA检测技术检测孕妇外周血浆中的游离DNA,进行胎儿染色体非整倍体在产前筛查中的临床应用。方法选取2013年1月-2015年7月在梅州市妇幼保健院进行产前筛查高风险或高龄的1 230例孕妇采用无创产前DNA检测技术作为前瞻性研究对象,对胎儿21-三体综合征、18-三体综合征和13-三体综合征进行检测分析。结果 1 230份样本中,无创基因检测结果显示,常见染色体非整倍体阳性者16例,占总样本数的1.30%,包括21-三体综合征阳性10例,18-三体综合征阳性4例,13-三体综合征阳性2例。无创产前基因检测的敏感性为100.00%,特异性为99.84%。结论无创基因检测技术用于胎儿常染色体非整倍体的检测有较高的准确性,提高了产前筛查的准确率,降低了漏筛率,提高了梅州山区孕妇染色体非整倍体的检测医从性,减少了放弃产前诊断率及有创穿刺的损伤率。     

胎儿游离DNA高通量基因测序技术在产前诊断中的临床价值

目的:探讨高通量基因测序技术在无创产前诊断中的价值。方法:回顾性分析进行胎儿游离DNA高通量基因测序技术的1064例孕妇,对其中495例唐氏筛查高危者进行研究,比较无创DNA检测和核型分析的结果。结果:495例唐氏筛查高危者高通量基因测序技术显示染色体异常者12例,核型分析10例异常,7例21-三体阳性,3例18-三体阳性。高通量基因测序技术诊断胎儿染色体异常的敏感度为100.00%(10/10),特异性为97.58%(483/495),假阴性率为0.00%(0/495),假阳性率为0.40%(2/495)。结论:高通量测序技术诊断胎儿染色体非整倍体异常具有高效、准确、无创、简单、易行的优点。     

高通量测序技术在无创性产前胎儿染色体缺失重复检测中的应用

目的:探讨高通量测序技术在无创性产前胎儿染色体缺失重复检测中应用效果。方法:收集2016年8月—2018年8月本院行无创产前检测的自然受孕单胎孕妇5170例,在孕12～22周采集孕妇外周静脉血行无创性产前胎儿染色体检测,对提示染色体缺失重复者行产前遗传咨询,经孕妇及其家人知情同意后孕18～24周行羊水细胞培养染色体核型分析和微阵列检测,分析无创性产前胎儿染色体检测与染色体核型及微阵列分析结果的符合率。结果:无创产前检查提示染色体缺失重复病例27例均接受了羊水穿刺,检出染色体异常11例,其中9例与染色体微阵列结果相符(33.3%);不相符2例微阵列结果提示为多态性。无创产前检查提示性染色体异常12例中11例接受羊水穿刺,检出胎儿性染色体异常7例,符合率63.64%。结论:高通量测序无创性产前检测技术对产前胎儿染色体缺失重复的筛查具有临床价值,但针对染色体缺失重复及性染色体异常检测的临床符合率不高,当提示染色体异常时必须行有创性产前诊断(染色体核型分析或微阵列分析)。     

高通量基因测序产前筛查与诊断技术在高龄孕妇中的应用研究

目的探讨高通量基因测序产前筛查与诊断技术(简称无创DNA产前检测技术)在高龄孕妇中的临床应用价值。方法通过对高龄孕妇直接行羊水诊断与间接行羊水诊断(行无创DNA产前检测阳性者再行羊水诊断),比较两组间胎儿常见染色体异常的检出率。结果 239例高龄孕妇先进行无创DNA产前检测,阳性3例,羊水诊断确诊3例,检出率1.26%;364例高龄孕妇直接行羊水诊断发现染色体异常4例,检出率1.10%。两组间比较差异无统计学意义(P0.05)。结论无创DNA检测技术安全可靠,较易为孕妇所接受,为拒绝羊膜腔穿刺手术或存在羊水诊断禁忌证的高龄孕妇提供了新的产前诊断方法,具有很好的临床应用价值。     

第二代测序技术与无创产前诊断

孕妇外周血中胎儿游离DNA(cell free fetal DNA,cffDNA)的发现开辟了无创产前诊断的新篇章,借助各种分子诊断技术针对cffDNA进行胎儿染色体疾病、遗传性疾病以妊娠相关疾病的研究迅速成为热点。以高通量、自动化为显著特征的第二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术诞生,极大加速了cffDNA的实验室研究进展。目前基于NGS平台,建立的胎儿21/18/13三体综合征的产前基因诊断技术已应用于临床,其他如性染色体非整倍体、双胎妊娠染色体非整倍体、胎儿染色体结构异常疾病以及孟德尔单基因遗传病的研究也因NGS的出现获得了显著的进步。本文就NGS的基本原理、cffDNA的生理特性及NGS在无创产前诊断研究中的进展进行综述。     

高通量测序技术在五类疾病分子诊断中的应用及质量管理策略

高通量测序技术(high-throughput sequencing)又称下一代测序(next generation sequencing, NGS)能一次并行对成千上万个基因进行测序,极大地提高了DNA测序效率并降低了成本。近年来,NGS在医学研究和临床诊断中的应用日益广泛,在无创产前筛查,肿瘤筛查、诊断和治疗,微生物病原体检测,遗传性疾病的筛查与诊断及器官移植排斥筛查等多个领域具有广泛的应用前景。NGS技术作为一项新兴技术,在相关临床应用中也存在诸多问题,其质量管理体系尚不完善,还面临许多挑战,需要医学实验室和相关部门共同努力,以促进NGS在临床诊断中规范开展。     

高通量检测技术在植入前胚胎遗传学诊断中的应用

基因芯片和深度测序是两大最重要的高通量检测技术,给生物学和医学研究带来巨大的变化,在功能基因组、系统生物学、药物基因组的研究和遗传疾病诊断中得到了广泛的应用。随着全基因组扩增技术的不断改良,高通量技术在辅助生殖植入前遗传学诊断（PGD）中的应用有了巨大的进展。基于微阵列技术的胚胎全染色体组非整倍体筛查及结构异常的PGD已经开始临床应用,PGD /植入前遗传学筛查（PGS）后的临床妊娠率和胚胎植入率显著提高;基于单细胞高通量测序技术的染色体非整倍体及单基因病诊断的临床试验也已见报道,并有希望在不久的将来走向临床应用。     

二代测序技术与临床应用

近年来随着二代测序技术的蓬勃发展,使得高通量的基因测序技术日臻成熟,逐渐从常规基础科研实验室的应用转入临床医学的应用,测序技术原理的不断创新和工程材料应用瓶颈的不断突破使得高通量的基因序列读取趋于个体化需求的应用。阐述二代测序技术发展历程,针对目前国际市场上较为先进并占主流优势的测序产品进行简要描述,详细介绍Life Tech公司推出的Ion Torrent测序平台,阐明其基本技术原理和操作过程及相应的性能特点,列举了二代测序技术在临床应用方面的具体信息,并对二代测序技术在临床应用方面的前景进行了展望。广泛的应用前景和各类挑战并存是当下二代测序技术应用于临床的现实特征。     

胚胎植入前遗传学筛查的临床应用

随着辅助生殖技术和遗传学分析技术的发展,胚胎植入前遗传学筛查应用于胚胎染色体数目异常（非整倍体）检测,以期改善体外受精-胚胎移植的妊娠结局。新方法、新技术不断出现并应用于胚胎植入前遗传学筛查中,如囊胚期活检、比较基因组杂交技术、微阵列技术、第二代测序技术等,显著增加了诊断准确性,减少误诊风险。同时,胚胎植入前遗传学筛查的广泛应用也面临许多挑战。综述该领域的应用进展和面临的挑战。     

α和β地中海贫血无创产前诊断研究进展

地中海贫血是我国南方地区最常见的一种单基因遗传病,难以治愈且代价昂贵,通过穿刺术采集高风险胎儿的遗传物质进行产前基因诊断,防止重型患儿出生是国内外公认的首选措施。通过穿刺手术采集绒毛、羊水或脐带血而获取胎儿遗传物质进行产前诊断的有创性操作,可能造成胎儿损伤、流产或宫内感染等。自从母体血浆中发现存在胎儿DNA,以此胎儿遗传物质为检测靶标的无创产前诊断技术迅速发展。基于此类游离胎儿DNA的无创产前诊断更安全,且易于被受试者接受,也避免了获取胎儿遗传物质的创伤性操作导致的不必要风险。综述地中海贫血无创产前诊断的技术策略及其应用。     

双胎妊娠的产前筛查与产前诊断

随着近二十年辅助生殖技术的发展及不孕夫妇对不孕症治疗年限较长,双胎及高龄双胎孕妇数量逐年增加。伴随而来的双胎妊娠的产前筛查问题成为当今的一个热点。双胎妊娠较单胎妊娠而言,产前筛查与产前诊断难度更大。近30年来,随着母胎血清学、超声技术及非侵入性产前筛查技术的发展,产前筛查与产前诊断发生了显著的变化。     

Next generation sequencing technologies (NGST) -- development and applications

In the past ten years the development of next generation sequencing technologies brought a new era in the field of quick and efficient DNA sequencing. In our study we give an overview of the methodological achievements from Sanger's chain-termination sequencing in 1975 to those allowing real-time DNA sequencing today. Sequencing methods that utilize clonal amplicons for parallel multistrand sequencing comprise the basics of currently available next generation sequencing techniques. Nowadays next generation sequencing is mainly used for basic research in functional genomics, providing quintessential information in the meta-analyses of data from signal transduction pathways, onthologies, proteomics and metabolomics. Although next generation sequencing is yet sparsely used in clinical practice, cardiology, oncology and epidemiology already show an immense need for the additional knowledge obtained by this new technology. The main barrier of its spread is the lack of standardization of analysis evaluation methods, which obscure objective assessment of the results.     

新一代测序技术在肿瘤精准医学中的应用

精准医学依据全基因组测序数据及其他相关分子信息与个人疾病状态资料,可更好地诠释疾病发生的分子机理,进而为开发靶向药物和实现精准用药做准备。目前,精准医学的理念将首先在临床肿瘤诊治中应用,人们可根据导致疾病的潜在分子和相关因子对疾病进行诊断和分类,实现"同病异治"和"异病同治"的临床治疗策略。此外,新一代测序技术也将成为临床肿瘤诊治中的不可或缺的技术;同时,还需进一步完善相应的管理政策,以达到临床应用规范化管理的目的。     

Using “Big Data” in the Cost-Effectiveness Analysis of Next-Generation Sequencing Technologies: Challenges and Potential Solutions

Next-generation sequencing (NGS) is considered to be a prominent example of “big data” because of the quantity and complexity of data it produces and because it presents an opportunity to use powerful information sources that could reduce clinical and health economic uncertainty at a patient level. One obstacle to translating NGS into routine health care has been a lack of clinical trials evaluating NGS technologies, which could be used to populate cost-effectiveness analyses (CEAs). A key question is whether big data can be used to partially support CEAs of NGS. This question has been brought into sharp focus with the creation of large national sequencing initiatives. In this article we summarize the main methodological and practical challenges of using big data as an input into CEAs of NGS. Our focus is on the challenges of using large observational datasets and cohort studies and linking these data to the genomic information obtained from NGS, as is being pursued in the conduct of large genomic sequencing initiatives. We propose potential solutions to these key challenges. We conclude that the use of genomic big data to support and inform CEAs of NGS technologies holds great promise. Nevertheless, health economists face substantial challenges when using these data and must be cognizant of them before big data can be confidently used to produce evidence on the cost-effectiveness of NGS.