云南省20个HIV-1独特型重组毒株近全长基因序列特征分析

目的研究云南省目前主要流行的艾滋病病毒1型(HIV-1)的独特型重组(URFs)毒株的分子变异特点。方法收集2012-2014年云南省14个地市,800例在定点医院随访的HIV感染者或艾滋病患者的血样及流行病学调查信息,采用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)的方法,分别扩增HIV-1的3′半分子和5′半分子。测序后,序列应用contig软件校对拼接,获得约9.0kb的近全长基因组,后用Genotyping、MEGA 6.06和BLAST工具软件确定毒株亚型,挑出新型独特型重组毒株,分析云南省HIV-1独特型重组毒株的基因变异及重组进化情况。结果共获得800例样本的103条近全长基因组,分析后挑出独特型重组毒株20个,分别来自于昆明、德宏、红河、昭通、大理和西双版纳地区。20个毒株之间的平均基因距离为(0.204±0.015),分别与来自泰国、印度、越南和日本的国际参考株的平均基因距离较为接近。云南省HIV-1独特型重组株呈现3种基因重组模式,主要为以C亚型为骨架的11株,其次是CRF0l_AE为骨架的7株,和B(B′)为骨架的2株。从重组区域上看,env、nef和rev基因是最易发生重组的基因区域。结论在2012-2014年间,云南省的HIV-1毒株呈现高度重组进化趋势,出现了大量的独特型重组毒株,且这些毒株与一些东南亚国家的毒株表现出高度同源性,其重组的类型和模式比较复杂,并且在全省范围内广泛传播开来,应密切监测流行趋势变化。     

保定市1株新型HIV-1重组毒株的近似全长基因组鉴定分析

目的?对保定市新发现的1株pol区不能明确分型的HIV-1毒株（BD226AJ）进行近似全长基因组扩增,并分析其亚型、重组模式和基因特点。方法?提取患者血浆中HIV-1RNA并逆转录为cDNA,使用近末端稀释法分2段对其进行近似全长基因组扩增并测序。使用jpHMM和SimPlot 3.5软件对近似全长基因组序列进行重组模式和重组断点分析,采用MEGA 6.0软件分片段构建Neighbor-joining系统进化树进一步确认重组断点的准确性。构建该近似全长基因组序列及各亚型片段Neighbor-joining系统进化树,分析该毒株的亲本来源。结果?经过近似全长基因组扩增、测序、序列拼接后,获得1条长度为8830 bp的HIV-1近似全长基因组序列。重组分析结果显示,该序列是由CRF01_AE和B亚型重组形成的,其近似全长基因组序列被3个断点分成了4个亚型片段,分别为ICRF01_AE（HXB2, 823—4224 nt）、ⅡB（HXB2,4225—5991 nt）、ⅢCRF01_AE（HX B2,5992—9295 nt）、ⅣB（HXB2,9296—9406 nt）。各亚型基因片段的系统进化树分析进一步表明该序列的可能亲本来源为CRF01_AE和B亚型。HIV BLAST的结果显示,该序列与CRF112_01B的相似性为96%,系统进化树分析进一步验证该序列与北京市男男性行为者（men who have sex with men,MSM）中的CRF112_01B序列聚集。结论?本研究在保定市MSM人群中发现了1例由CRF01_AE和B亚型重组的新型重组毒株CRF112_01B,提示HIV-1 CRF112_01B已通过MSM人群传入河北,并开始在保定市传播,因此加强该亚型或者类似新型毒株的监测,对有关部门采取针对性防控措施和遏制新型重组毒株在本地区的传播和流行具有重要意义。     

深圳地区HIV-1母婴垂直传播实验室诊断方法探索及其分子流行病学研究

目的 探索艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)阳性孕产妇新生婴儿核酸检测的辅助性诊断方法,了解深圳地区母婴传播所感染的HIV-1阳性婴儿HIV-1毒株的分子流行情况,帮助分析HIV-1在该人群中传播的危险因素.方法 收集深圳市2000-2007年19例HIV-1阳性孕产妇的血样,她们所生新生儿中28人的血样,应用套式聚合酶链式反应(Nested-PCR),对该样本膜蛋白基因(env基因)和核心蛋白(gag基因)进行扩增,并对其各基因区核苷酸序列进行测定和分析.结果 28例婴儿中共得到6例PCR诊断为阳性的婴儿样本,6例样本中共存在CRF01_AE和CRF07_BC两种重组毒株以及B一种亚型,其在所有分析样本中的比例分别为4/6、1/6和1/6;在env基因区与对应的流行代表株01_AE.TH.90.CM240的基因离散率为(9.200±1.600)%;CRF01_AE重组株组内离散率为(11.700±4.000)%;在gag基因区与对应的流行代表株01_AE.TH.90.CM240、07_BC.CN.97.97CN001和B.CN.RL42的基因离散率分别为(4.075±0.763)%、(5.500±0.566)%和(7.150±1.485)%;CRF01_AE重组株、CRF07_BC重组株和B亚型组内离散率分别为(4.033±1.692)%、0.800%和1.900%.结论 该方法有望成为HIV母婴垂直传播中新生婴儿的早期辅助性诊断方法.在深圳地区HIV-1阳性婴儿中,HIV-1流行株以CRF01_AE重组亚型为主,其次是B亚型.并且在母婴传播过程中,HIV-1 env和gag基因变异性较小.     

深圳地区男男同性恋人群中HIV-1分子流行病学研究

目的 了解深圳地区男男同性恋人群中艾滋病病毒-Ⅰ型(HIV-1)毒株的分子流行情况,帮助分析HIV-1在该人群中传播的危险因素.方法 收集深圳市2006年男男同性恋人群中HIV-1确认为阳性的样本18例,应用套式聚合酶链式反应(Nested-PCR)技术,对该样本膜蛋白基因(env基因)和核心蛋白基因(gag基因)进行扩增,并对各基因区核苷酸序列进行测定和分析.结果 18份样本中共存在CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC 3种重组毒株及B 一种亚型,分别占55.56%(10/18)、16.67%(3/18)、5.56%(1/18)和22.22%(4/18);在env基因区与对应的流行代表株01_AE.TH.90.CM240、07_BC.CN.97.97CN001、08_BC.CN.97.97CNGX_9F、B. US. 86. JRFL的基因离散率分别为(8.778±1.296)%、(7.650±0.212)%、11.300%和(13.300±0.819)%;CRF01_AE、CRF07_BC重组株和B亚型组内离散率分别为(10.192±4.179)%、(2.000±0.000)%和(14.367±8.812)%;在gag基因区与对应的流行代表株01_AE.TH.90.CM240、07_BC.CN.97.97CN001、08_BC.CN.97.97CNGX_9F、B. FR. 83. HXB2的基因离散率分别为(5.070±1.132)%、(2.167±0.551)%、4.800%和(7.350±1.926)%;CRF01_AE、CRF07_BC重组株和B亚型组内离散率分别为(4.504±1.692)%、(0.700±0.346)%和(10.167±4.352)%.结论 深圳地区男男同性恋人群HIV-1流行株以CRF01-AE重组亚型为主,其次是B亚型,也存在CRF07_BC和CRF08_BC重组亚型.     

四川省2014年HIV-1分子流行病学调查北大核心

目的了解四川省艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)流行毒株的亚型、人群和地域分布。方法通过抽样调查的方法,采集2014年7-9月新报告的、未经抗病毒治疗的HIV-1感染者的血样400份,采用巢式聚合酶链反应(Nested PCR)扩增HIV-1 pol和gag基因区,对获得的核酸序列进行系统进化分析。比较不同亚型毒株感染者首次随访的CD4^+T淋巴细胞(简称CD4细胞)水平。结果四川省HIV-1流行毒株的亚型有:CRF07_BC(58.22%)、CRF01_AE(29.50%)、CRF08_BC(4.96%)、CRF85_BC(3.39%)、B(2.09%)、C(0.78%)、CRF02_AG(0.52%),以及CRF07_BC/CRF01_AE重组型(0.52%)。毒株分布显示出明显的地域特征。CRF01_AE感染者的基线CD4细胞水平更低。结论以C亚型为骨架的BC重组亚型,在四川省表现出明显的流行优势。提示应结合流行毒株有针对性地提供艾滋病防治工作建议。     

广西一株HIV-1 CRF01＿AE/CRF07＿BC独特重组毒株的鉴定

目的对一条不能明确亚型的HIV-1近似全长基因组序列进行分析,确定毒株的重组特征及可能来源。方法利用近末端稀释法分两段进行HIV-1近似全长基因组的扩增,获取序列后使用SimPlot软件分析近似全长基因组序列的重组模式及断点,采用分片段构建ML进化树的方法确认重组断点准确性,绘制重组病毒的基因镶嵌模式图。对各基因片段与相应亚型的全部近似全长基因组序列构建ML进化树,推测其亲本毒株可能来源。结果扩增及测序后,获得一条长度为8 943 bp(HXB2:649～9 599)的HIV-1近似全长基因组序列。断点分析表明,该序列的重组模式是以CRF01_AE为骨架插入CRF07_BC片段,其中片段Ⅰ、Ⅲ和Ⅴ来自CRF01_AE毒株,片段Ⅱ和Ⅳ来自CRF07_BC毒株,4个重组断点相对应于HXB2的位置分别为3 957、4 224、5 560和5 899。亲本毒株来源分析表明,与片段Ⅰ、Ⅲ和Ⅴ成簇的CRF01_AE序列主要来自东南亚国家如泰国、老挝、越南。片段Ⅱ和Ⅳ则与我国西南地区吸毒人群中的CRF07_BC序列聚集。结论获得一株由CRF01_AE和CRF07_BC重组形成的HIV-1独特重组毒株,其亲本病毒中的CRF01_AE可能与东南亚国家的毒株同源,而CRF07_BC可能来自我国西南地区的吸毒人群。     

广东省江门市HIV-1亚型及流行毒株gag基因特征分析

目的了解广东省江门市1型艾滋病病毒(HIV-1)基因亚型分布状况及其主要流行株CRF01_AE的传播和基因变异特征。方法收集江门市2018-2019年新确证为HIV-1感染且未经抗病毒治疗的208例样本,采用巢式荧光定量聚合酶链反应法(PCR)扩增gag基因序列并测序,应用Genotyping Tool进行基因分型、PhyML3.0软件构建系统进化树,利用Entropy和VESPA程序对CRF01_AE毒株亚簇进行氨基酸序列特征分析。结果成功测得gag序列173条,异性性传播占72.83%(126条),同性性传播占17.92%(31条);亚型分析结果显示,CRF01_AE 69例(39.88%),CRF07_BC 57例(32.95%),19例(10.98%)CRF55_01B,12例(6.94%)B亚型,其他亚型包括CRF08_BC、CRF59_01B、C亚型和URFs共16例(9.25%)。CRF01_AE在系统进化树上形成4个传播簇,其中2个主要传播簇共有11个氨基酸位点的特征性氨基酸分布存在显著差异,且传播簇I的氨基酸多态性大于传播簇Ⅱ。结论江门市HIV-1亚型分布复杂多样,以异性性传播为主,存在多种传播簇。CRF01_AE亚型为江门地区的优势流行株,其亚簇的氨基酸存在变异。     

黑龙江省2018年新发现HIV-1感染者毒株亚型分子簇及耐药情况

目的分析黑龙江省HIV-1感染者的毒株亚型构成、分子簇形成和耐药株流行情况。方法对2018年1-6月期间新诊断的、尚未进行抗病毒治疗的黑龙江省HIV-1感染者,采集血样、提取病毒RNA,采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)/巢式PCR方法扩增HIV-1 pol基因,测序后进行生物信息学分析。结果获得157例HIV-1样本的pol基因序列,检测出7种毒株亚型,以CRF01_AE占比最高,为61.8%(97例),其次为CRF07_BC,占20.4%(32例);21条基因序列形成了10个可能具有传播关系的分子簇,成簇率13.4%;总体耐药率10.2%(16/157),其中NNRTI、NRTI、PI的耐药率分别为5.1%(8/157)、1.3%(2/157)和3.8%(6/157)。结论黑龙江省HIV-1的毒株亚型以CRF01_AE亚型4簇和5簇为主,独特重组毒株URF_01B及A1亚型成簇传播。对治疗前耐药问题应给予密切关注。     

福建省HIV-1新型独特重组毒株的鉴定分析

目的了解福建省1型艾滋病病毒(HIV-1)新型重组毒株的出现和传播情况,为艾滋病防治提供有针对性的科学依据。方法对2015年福建省HIV-1分子流行病学调查发现的未明确分型样本进行流行病学特征分析,分三段nested-聚合酶链反应扩增,获得HIV-1近全长基因片段序列。利用MEGA构建系统进化树,Simplot进行重组断点分析,最后通过Recombinant Drawing工具绘制重组镶嵌模式图。结果福建省56份未明确分型样本主要来自沿海经济较发达地区,且集中在文化程度较低的青壮年男性人群,主要以性传播为主。亚型分析显示,其中38份为CRF01-AE/CRF07-BC混合亚型,9份为01B/01-AE/07-BC混合亚型,9份为CRF55-01B/CRF07-BC混合亚型。对3株HIV-1近全长基因序列进行重组分析显示:XM03025是以CRF07-BC为骨架,在1916-2186bp、2786-5526bp、8726-8776bp、9216-9366bp处分别插入4个CRF01-AE的片段;XM03050是以CRF07-BC为骨架,在4916-6256bp处插入1个CRF01-AE片段;而XM06004是以CRF01-AE为骨架,在6490-6680bp、6920-8290bp、8950-9190bp处分别插入3个CRF07-BC片段。经鉴定该三株为新的独特重组型毒株。结论福建省已出现新的独特型重组毒株,并有可能在局部传播流行;应密切监测其流行趋势变化,并积极采取精准干预加以防控。     

上海市男男性行为者中感染HIV-1的CRF01_AE毒株传播簇分析

目的了解上海地区男男性行为者(MSM)中,感染艾滋病病毒1型(HIV-1)的CRF01_AE重组型的流行情况、成簇特性,为HIV防控工作提供科学数据。方法从2009-2013年每年新诊断的MSM HIV-1感染者血浆样本中提取RNA,并对HIV-1 pol基因片段进行反转录和巢式PCR扩增、DNA测序和亚型分析。对CRF01_AE重组型序列进行系统进化学和社会人口学信息分析。结果 1262名MSM感染者中,CRF01_AE重组型感染782人(62.0%),其序列在系统进化树上形成6个流行簇。使用不同参数界定传播簇并进行比较,选择以Bootstrap≥90%及基因距离≤0.03作为传播簇的界定标准,形成112个传播簇,其中由10条及以上序列形成的传播簇有5个;年龄、文化程度、婚姻状况、性病史和CD4+T淋巴细胞计数与样本的成簇性有统计学关联。结论 CRF01_AE重组型毒株是上海市MSM HIV-1感染者中的优势传播株,具有较强的成簇性,并且与相关的社会人口学和流行病学背景相关。     

MSM人群急性HIV-1感染者病毒亚型分析

目的研究2007-2009年男男性行为人群（MSM）艾滋病病毒-1型（HIV-1）的基因亚型,以监测MSM人群HIV病毒株的最新流行情况。方法采集95例MSM急性HIV-1感染者的外周全血,从外周全血浓缩白细胞中提取脱氧核糖核酸（DNA）,用巢式聚合酶链反应（Nested-PCR）对HIV-1的前病毒DNA进行扩增,然后检测并分析PCR扩增产物的核苷酸序列,确定病毒的基因亚型。结果 95例感染者平均年龄为（35.02±9.15）岁,其中20～50岁的青壮年45例（94.74%）,未婚51例（53.68%）,大专或大学及以上文化程度者30例（占31.58%）。感染者中共发现CRF01_AE亚型、B亚型、BC重组亚型（包括CRF07_BC和CRF08_BC）及C亚型4种亚型。其中CRF01_AE重组亚型56例（占58.95%）,B亚型28例（占29.47%）,BC重组亚型10例（占10.53%）,C亚型1例（1.05%）。结论 MSM人群急性HIV-1感染者年轻化,文化程度普遍偏低。小样本流行病学调查显示,急性HIV-1感染者中有CRF01_AE亚型、B亚型、BC重组亚型及C亚型4种亚型病毒株流行,CRF01_AE亚型为MSM人群的主要亚型。     

温州市2019年新诊断HIV-1感染者的病毒基因型分析

目的分析温州市2019年新诊断HIV-1感染者的病毒基因型,揭示亚型分布特点及流行趋势。方法采集232例HIV-1感染者血浆样本,采用巢式PCR扩增pol区基因,于Los Alamos HIV database下载参考序列,构建系统进化树确定基因亚型,利用HIV Blast工具进行同源性分析。结果获得199例感染者的pol区基因序列,以异性性传播(61.3%,122/199)为主,其次是同性性传播(23.1%,46/199)。同性性传播感染者以19～49岁(78.3%,36/46)的青壮年为主,多为无配偶。共检出8种基因亚型,以CRF07_BC(47.2%,94/199)和CRF01_AE(29.1%,58/199)为主;其次是CRF08_BC(6.5%,13/199)、C(6.0%,12/199)、B(4.5%,9/199)、CRF85_BC(2.5%,5/199)、CRF55_01B(1.5%,3/199)和CRF59_01B(0.5%,1/199)。检出2种独特重组型(URFs),分别是URF(CRF01_AE/BC)(1.0%,2/199)和URF(B/C)(1.0%,2/199)。发现20个传播簇,总成簇比例为20.6%(41/199),CRF07_BC、CRF01_AE和CRF08_BC的传播簇分别为6个、8个和2个;C、CRF55_01B、B和URF(CRF01_AE/BC)的传播簇均为1个。结论温州市2019年新诊断HIV-1感染者病毒基因亚型多样,以CRF07_BC和CRF01_AE为主,C亚型占比偏高,成簇率约20%。应加强对HIV-1亚型和传播簇的监测,掌握动态变化趋势。     

运用系统进化分析技术研究全国献血人群HIV感染特征

目的了解献血人群中艾滋病病毒(HIV)感染者的病毒亚型分布及流行毒株特征,为无偿献血者的招募、健康征询提供科学数据。方法对来自全国13个省市献血人群中的HIV阳性样本进行分子流行病学调查。对pol区基因进行扩增和测序。基于系统进化分析技术构建贝叶斯(BI)和最大似然(ML)系统树,确定毒株亚型,并针对亚型地理分布进行统计分析。结果来自全国13个省市的115例HIV阳性献血者标本中,成功扩增并获得pol区基因序列89例,发现HIV-1基因亚型9种,其中,亚型CRF01_AE和CRF07_BC所占比例最高,分别占46.1%(41/89)和37.1%(33/89);亚型CRF08_BC、B分别占2.2%(2/89)、5.6%(5/89);其他亚型CRF65_CPX、CRF55_01B、CRF59_01B、CRF68_01B、CRF62_BC各占1.1%(1/89)。系统进化进一步分析显示,所占比例最高的是CRF01_AE中的Cluster 4和Cluster 5亚簇以及CRF07_BC中的msm亚簇,所占比例分别达到23.6%(21/89)、21.3%(19/89)和33.7%(30/89),这3个均是全国男男性行为者(MSM)传播途径中的主要流行亚簇。结论全国献血途径检测出的HIV-1基因型呈现复杂的多样性特征,尤其在MSM传播HIV感染者中占绝对优势毒株的CRF01_AE(C4和C5簇)和CRF07_BC-msm簇也是本次在献血人群中发现的主要流行毒株。     

广东省男男性行为者HIV-1传播特征

目的了解广东省男男性行为者(MSM)1型艾滋病病毒(HIV-1)基因型分布及传播特征。方法采用简单随机抽样方法估算样本量,随机从2013年报告的HIV感染者中抽样,选择传播途径为男男性行为的197份样本作为研究对象。采用巢式反转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增gag和env基因片段用于样本基因型确定,通过Neighbor-Joining进化树分析该人群主要流行毒株的来源和传播特征。结果在MSM中共检测到10种HIV-1基因型,其中以CRF07_BC(37.9%)、CRF01_AE(26.0%)和CRF55_01B(14.7%)为主,不一致基因型占检测样本的14.7%。系统进化结果表明,91.1%的CRF01_AE和93.9%的CRF07_BC感染病例与我国MSM中流行的毒株聚集成簇;20.0%的CRF01_AE和69.7%的CRF07_BC病例与省内传播有关。结论广东省MSM中流行的HIV毒株种类和来源复杂多样,省内传播和局部传播在省内病毒的传播和扩散中有重要作用。新型重组毒株的持续出现及其快速传播风险,提示应加强对该人群的监测并针对性地制定防控策略。     

广东省不同亚型AIDS病人HIV-1 gp120 V3环基因变异及其利用辅助受体的情况

目的了解广东省艾滋病病毒(HIV)主要流行亚型及V3环氨基酸的变异特点,并分析病毒株利用辅助受体的情况。方法收集2013-2014年期间,在广州市第八人民医院住院的艾滋病(AIDS)病人的血浆256份,巢式聚合酶链反应(Nested-PCR)方法扩增env基因C2-C3(HBX2:6972~7365)区并直接测序,用Geen tool软件将基因序列翻译为氨基酸序列进行比对和分析。结果共有214例(83.6%)扩增成功,其中143例(66.8%)为CRF01_AE;45例(21.0%)为B/C重组型;26例(12.1%)为CRF01_AE/B亚型。V3环顶端四肽基序,73.4%(157/214)为GPGQ,11.7%(25/214)为GPGR,8.9%(19/214)为GPGK,2.3%(5/214)为GQGQ,其他为(GPGG、GLGH、GPGS、GPGH)3.7%(8/214)。使用国际上普遍应用的4种软件(PSSMx4r5、SAAC+BLAS、PSSMsisi、Geno2pheno)分别对V3环顶端四肽基序利用辅助受体的情况进行评估。综合评估结果显示,132例(61.7%)利用CCR5,67例(31.3%)利用CXCR4。在15例(7.0%)无辅助受体评估结果的病例中,14例为CRF01_AE,1例为CRF01_AE/B。研究还发现,71.1%(32/45)B/C重组型的V3四肽基序单一使用PSSMsisi软件的评估结果,与4种软件综合评估结果的一致率为100%。结论目前广东省HIV-1的主要流行株仍是CRF01_AE,其V3环氨基酸高度变异,顶端四肽基序主要是GPGQ。对毒株利用辅助受体的情况,宜采取国际普遍使用的4种软件进行综合分析。     

河北省不同途径感染人群HIV-1基因亚型分析

目的了解河北省不同途径感染人群艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)亚型分布特点。方法从感染者的血浆样品中提取病毒RNA,反转录后采用套式聚合酶链反应(Nested PCR)扩增HIV-1 gag和env基因的部分片段,对PCR产物直接进行核苷酸序列测定,所获序列与各亚型国际参考株序列比对,进行系统进化树分析,确定基因型。结果对154份HIV-1感染者的样品进行扩增,得到了146份样品的HIV-1基因片段。发现6种HIV-1亚型和重组型,其中B’亚型61例(41.8%),CRF01_AE 59例(40.4%),CRF07_BC 16例(11.0%),CRF08_BC 6例(4.1%),C亚型和B01重组株各2例(1.4%)。血液途径传播为B’亚型,男男性行为传播以CRF01_AE和B’亚型为主。结论河北省不同途径感染人群HIV-1亚型分布具有明显的人群特征。血液途径传播者为单一B’亚型,性传播人群中亚型分布较广。     

湖北地区人类免疫缺陷病毒-1主要流行株外膜蛋白基因V3-V4区序列变异分析

目的 分析湖北地区HIV-1主要流行株外膜蛋白V3-V4区序列特征,了解其流行特点和变异规律.方法 对湖北地区HIV-1主要流行区域进行流行病学调查,应用套式PCR对102例HIv-1感染者的env基因V3-V4区进行扩增,对阳性扩增样本进行基因测序和序列分析.比较基因距离的差异用卡方检验;基因距离的变异性分析使用描述性分析法.结果 湖北地区共发现4种HIV亚型和重组亚型,其中B'亚型占82.69%,B'/C重组毒株、CRF01_AE重组毒株各占7.69%,C亚型占1.92%.湖北地区HIV-1B'亚型与来源于云南和河南等地的HIV-1B'亚型代表株之间的基因距离分别为7.08±2.19和7.88±2.28.其流行时间约为10年;氨基酸序列变异分析显示,HIV-1B'亚型毒株env基因V3、C3、V4区域均发生不同程度变异,其中以V4区的变异程度最大,V3环顶端四肽表现为GPGR、GPGK、GPGQ和GQGR,分别占46.5%、30.2%、13.6%和9.3%;V3环辅助受体预测显示,其中16.28%为CCR5型,13.95%为CXCR4型,69.77%无法预测;糖基化位点分析显示.湖北地区HIV-1主要流行株env V3-V4区9个糖基化位点有8个存在不同程度丢失.结论 B'亚型仍是湖北地区HIV优势流行株,与来源于云南和河南等地的毒株有较高同源性.     

2018年我国部分省份抗病毒治疗前HIV-1整合酶抑制剂耐药流行情况

目的了解我国2018年部分省份抗病毒治疗前HIV感染者中整合酶抑制剂的耐药株流行情况。方法在我国不同区域的6个省份,收集部分2018年抗病毒治疗前HIV感染者血浆样本,提取病毒基因组核糖核酸,RT-PCR扩增整合酶基因片段并测序,利用进化树和HIVdb数据库,分别进行HIV亚型及耐药分析,并比较不同亚型间整合酶抑制剂相关的耐药遗传屏障差异。结果共获得序列755条,其中流行重组亚型CRF07_BC占35.9%(271例)、CRF01_AE为34.3%(259例)、CRF08_BC占15.1%(114例)、CRF55_01B占2.8%(21例)和B′CN占1.7%(13例),其他重组亚型占10.2%(77例);整合酶抑制剂相关耐药突变的样本有6例,耐药率为0.8%(6例),其中1例对拉替拉韦(RAL)高度耐药,其余5例均对艾维雷韦和RAL低度耐药。相比欧美B亚型标准株HXB2,我国CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC和CRF55_01B亚型共有24个固有突变位点;与欧美B亚型比较,CRF07_BC在T66K位点上具有较高耐药遗传屏障,CRF01_AE、CRF08_BC和CRF55_01B在G140S、G140C位点上具有较高的耐药遗传屏障。结论我国2018年部分省份治疗前人群HIV-1整合酶抑制剂耐药毒株流行水平较低,主要流行重组亚型相比欧美B亚型具有较高的耐药遗传屏障。     

石家庄市2015年新确诊HIV-1感染者流行毒株的亚型分布及原发性耐药分析北大核心CSCD

目的了解河北省石家庄市2015年新确诊1型艾滋病病毒（HIV-1）流行毒株的亚型分布和原发性耐药情况。方法 2015年石家庄市新报告HIV-1感染者433例,共收集到感染者血浆样本335份,经反转录巢式荧光定量聚合酶链反应（RT-PCR）方法扩增,最终获得311份样本的HIV-1 pol基因片段并测序。对获得的核酸序列用Neighbor.Joining Tree方法构建进化树,以Boot strap值〉70%来判定HIV-1的基因亚型。同时将序列提交至美国斯坦福大学HIV耐药数据库进行耐药基因型分析。结果 311例HIV-1感染者以男性（93.9%）、本市户籍（83.0%）、汉族（96.1%）为主。性接触是最主要的感染途径（98.1%）,其中同性性传播占77.5%。311例pol基因序列片段亚型分布显示,CRF01_AE占51.4%（160例）,CRF07_BC为28.6%（89例）,B亚型为13.2%（41例）,未定型CRF01_B为4.2%（13例）,CRF08_BC为1.3%（4例）,CRF55_01B为0.6%（2例）,CRF59_01B为0.3%（1例）,CRF65_cpx为0.3%（1例）和CRF01_AE/B为4.2%（13例）。CRF01_AE、CRF07_BC和B是主要的亚型。HIV-1基因亚型分布在性别之间（χ~2=14.039,P=0.005）、不同的职业类型之间（χ~2=21.716,P=0.041）以及不同的传播途径之间（χ~2=20.971,P=0.028）有统计学差异。311例中,14例感染者具有耐药位点,原发耐药率为4.5%,其中蛋白酶抑制剂和核苷类反转录酶抑制剂耐药相关突变率均为1.6%（各5例）,非核苷类反转录酶抑制剂耐药相关突变率为1.3%（4例）。结论石家庄市新报告的HIV-1感染者中,传播途径以同性性接触为主,病毒基因亚型以CRF01_AE为主,但具有多样化特点。原发耐药率为4.5%,处于低水平状态。