基于网络药理学探讨黄芩治疗呼吸道合胞病毒肺炎潜在有效成分及作用机制

目的基于网络药理学探讨黄芩治疗RSV的潜在有效成分及作用机制。方法基于TCMSP数据库获取黄芩化学成分及其对应靶点,基于Gene Cards数据库获取呼吸道合胞病毒(Respiratory syncytial virus,RSV)肺炎相关靶点,利用Venny 2.1绘制黄芩靶点与RSV肺炎疾病靶点的韦恩图,利用Cytoscape 3.6.1软件构建中药-靶点网络及应用STRING平台构建蛋白相互作用网络(PPI),最后,应用R语言软件对关键靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果共获得36个化合物,有效成分中度值较高的为新黄芩素、二甲氧基黄酮、5,7,4'-三羟基-8-甲氧基黄烷酮等。PPI网络中核心基因为半胱天冬酶3、Jun原癌基因、丝氨酸/苏氨酸激酶1、血管内皮生长因子A等; GO富集分析显示BH域结合、死亡域结合为显著性最高的通路,其次是细胞因子结合受体等; KEGG富集通路分析晚期糖基化终末产物及其受体信号通路显著性最高,其次是乙型肝炎信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等。结论文中系统地探讨了黄芩治疗RSV肺炎潜在的有效成分及作用机制,为今后进一步实验验证及临床新药研发提供依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨二至丸治疗更年期高血压的作用机制

目的采用网络药理学和分子对接的方法研究二至丸治疗更年期高血压的作用机制。方法利用中药系统药理学数据库和分析平台筛选二至丸的有效成分及靶点,通过Uniprot数据库将靶点名称校正为标准的基因名。通过Gene Cards和Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)数据库检索更年期高血压的疾病靶点,通过韦恩图得到交集靶点。运用Cytoscape软件构建"药物-有效成分-交集靶点"网络,采用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,并进行聚类分析。运用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,通过Cytoscape3.7.1软件构建"药物-成分-靶点-通路"图。通过Autodock vina软件对筛选的靶点和有效成分进行分子对接验证。结果经筛选得到二至丸中有效成分共23个,其靶点共192个,疾病靶点1189个,取交集后获得126个靶点。根据GO和KEGG富集分析,涉及的主要生物过程有细胞增殖和凋亡、对一氧化氮生成的正调控等,主要通路包括Toll样受体信号通路、TNF信号通路、NOD样受体信号通路和MAPK信号通路等。分子对接显示MAPK1、RELA、AKT1与槲皮素、木犀草素、山柰酚有较高的结合活性。结论二至丸中可能主要通过抗炎、抗氧化、抗平滑肌增殖等作用来改善血压水平。     

基于网络药理学探讨独活寄生汤治疗类风湿关节炎作用机制

目的运用网络药理学方法探讨独活寄生汤治疗类风湿关节炎的作用机制,使中药在防治类风湿关节炎中发挥更大的临床作用。方法通过检索中药系统药理学数据库(TCMSP)获得独活寄生汤方药中各味药物的有效活性成分及相关靶点,类风湿关节炎的疾病数据通过OMIM和Genecards数据库获取,运用R×643.6.1软件绘制药物-疾病韦恩图并获取交集靶点,运用Cytoscape3.7.1软件构建药物-成分-靶点-疾病相互作用网络,String数据库生成独活寄生汤治疗类风湿关节炎的蛋白与蛋白相互作用(PPI)网络,R×643.6.1软件分别对PPI网络中关键蛋白进行可视化、交集靶点基因本体(GO)分类富集分析,京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果在TCMSP数据库得到独活寄生汤有效成分1973个及靶点18562个,药物与疾病交集靶点有51个,PPI网络中关键蛋白有29个,GO富集分析得到20个条目,KEGG通路富集分析得到17条,并推断其作用机制可能与IL-6、CXCL8、VEGFA、IL1B、PTGS2、CCL2、MMP9、IL10、STAT3、JUN基因有关,并且IL-17信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路可能起着关键性的作用。结论基于网络药理学的方法验证了独活寄生汤治疗类风湿关节炎多成分-多靶点-多通路的作用特点,为进一步开展独活寄生汤治疗类风湿关节炎作用机制研究提供了新的思路和方法。     

基于网络药理学探讨赤芍治疗肺动脉高压的活性成分及作用机制

目的 采用网络药理学研究赤芍治疗肺动脉高压的潜在作用靶点及信号通路。方法 检索TCMSP数据库得到赤芍的有效成分及作用靶点,肺动脉高压相关疾病靶点主要通过检索TTD、GeneCards和OMIM等数据库获得。通过绘制韦恩图获取赤芍和肺动脉高压的交集靶点,交集靶点蛋白相互作用网络（PPI）利用STRING数据库构建。利用DAVID数据库在线工具对赤芍和肺动脉高压的交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果 获得赤芍有效活性成分共29个,包括鞣花酸、芍药苷、黄芩素和黄芩苷等,通过PPI图得到IL-6、AKT1、TNF、TP53、VEGFA等关键蛋白。富集分析显示,参与的通路主要集中在HIF-1信号通路、Toll-受体信号通路、NF-kB信号通路、和TNF信号通路等。结论 赤芍治疗肺动脉高压可能通过调节IL-6、AKT1、TNF、VEGFA和MMP9等关键蛋白,干预HIF-1信号通路、Toll-受体信号通路、NF-kB信号通路和TNF信号通路等来发挥作用,确切机制仍需要进一步的实验验证。     

基于网络药理学及分子对接探讨湿润烧伤膏促进糖尿病溃疡愈合的作用机制

目的：利用网络药理学和分子对接技术对湿润烧伤膏治疗糖尿病溃疡的主要活性成分和潜在作用机制进行探讨。方法：基于TCMSP数据库筛选湿润烧伤膏主要活性成分和作用靶点，从GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库中查找糖尿病溃疡相关靶点，使用STRING 11.5数据库构建蛋白互作（PPI）网络筛选核心靶点，在Cytoscape 3.8.2软件中制作“药物-靶点-疾病”网络图筛选核心活性成分，使用R语言软件进行基因GO功能和KEGG通路富集分析，最后应用分子对接对筛选结果进行初步验证。结果：筛选出湿润烧伤膏37个活性成分映射100个作用靶点，糖尿病溃疡疾病靶点5 527个，交集靶点77个，PPI网络拓扑分析提示TP53、TNF、HSP90AA1等为关键靶点；“药物-靶点-疾病”网络图显示刺槐素、汉黄芩素、槲皮素、吴茱萸次碱等为核心活性成分；GO功能分析主要涉及血管生成、离子转运、管径调节、细胞因子受体结合等过程，KEGG富集分析主要包括PI3K-Akt、AGE-RAGE等信号通路；分子对接显示核心活性成分和关键靶点均具有较好的对接活性。结论：湿润烧伤膏治疗...     

决明子治疗年龄相关性黄斑变性作用机制的网络药理学分析与分子对接预测

目的：对决明子治疗年龄相关性黄斑变性作用机制进行网络药理学分析与分子对接预测。方法：运用中医药系统药理学数据库及分析平台(TCMPS)数据库检索所需决明子有效药物成分,SwissTargetPrediction数据库获取其相关基因靶点。在DisGeNET数据库与GeneCards数据库中以关键字“Age-related macular degeneration”检索获得疾病相关基因。所有基因靶点在绘制Venn图筛选后,导入Cytoscape 3.8.0软件中构建决明子-化学活性成分-靶点可视化网络图谱。在STRING平台绘制蛋白质相互作用可视化网络,从DAVID在线数据库中获得GO生物功能富集分析与KEGG通路富集分析结果。计算机模拟关键蛋白靶点和药物成分的分子对接。结果：共检索到大黄酸、决明素等决明子有效活性成分9个,对应基因靶点208个,年龄相关性黄斑变性基因靶点1 977个,两者交集基因靶点75个;GO生物功能与KEGG通路富集分析分别得到518个条目与146条通路。结论：决明子可通过影响PI3K-Akt信号通路、脂质与动脉粥样硬化等通路作用于TP53、TNF、MYC等靶点治疗年...     

基于网络药理学研究苇茎汤治疗急性肺损伤机制

目的运用网络药理学方法分析苇茎汤治疗急性肺损伤(ALI)的潜在靶点和作用机制。方法通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP),检索苇茎、桃仁、薏苡仁、冬瓜子的有效活性成分及潜在靶点。以"acute lung injury"为关键词,通过人类基因数据库(GeneCard)检索获得急性肺损伤的相关靶基因,并与药物有效成分的靶点相映射得到共同靶点。利用Cytoscape3.7.1构建活性成分-靶点网络图,借助STRING在线数据库构建蛋白互作(PPI)网络。通过生物学信息注释数据库(DAVID)对靶点进行生物过程(GO-BP)富集分析和KEGG通路富集分析。结果共筛选出苇茎汤25个有效化合物及51个作用靶点,其中药物与疾病的共同靶点有51个,根据度值的大小确定MAOA、MAOB、CASP3、JUN、GABA、HTR2A为关键靶点;GO富集分析发现苇茎汤治疗ALI的生物过程主要富集在神经递质受体活动、细胞凋亡、氧化应激、炎症反应等方面。KEGG分析显示苇茎汤可能作用于p53信号通路、Ca~(2+)信号通路、cAMP信号通路、cGMP-PKG信号通路、VEGF信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等以治疗ALI。结论苇茎汤在治疗ALI过程中具有"多靶点、多通路"的特点,苇茎汤中豆甾醇、β-谷甾醇、常春藤皂苷元等有效成分通过调控p53信号通路、Ca~(2+)信号通路、cAMP信号通路、cGMP-PKG信号通路、VEGF信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路治疗ALI。     

半夏泻心汤治疗复发性口腔溃疡的Meta分析及分子机制探讨*

目的系统评价以半夏泻心汤为基础方治疗复发性口腔溃疡（recurrent oral ulcer，ROU）的有效性及复发率。运用网络药理学方法初步研究半夏泻心汤治疗ROU的作用机制。方法 检索中国知网、万方数据库、中国中医药数据库、维普资讯中文期刊服务平台、PubMed数据库，纳入相关的临床对照研究，检索时间期限为建库至2021年12月30日，根据纳入和排除标准确定最终纳入文献，对纳入文献进行方法学质量评价，运用Review Manager 5.3软件进行Meta分析。运用TCMSP数据库获取半夏泻心汤有效成分及预测药物作用靶点，运用GeneCards和OMIM数据库获取ROU疾病基因，使用R软件获得交集靶点，使用Cytoscape 3.9.0软件绘制疾病-中药-靶点网络图。运用STRING在线工具和Cytoscape 3.9.0软件构建处理蛋白互作PPI网络，使用Cytoscape 3.9.0软件的ClueGo插件进行GO富集及KEGG通路分析。结果 最终纳入13篇文献，Meta分析结果显示以半夏泻心汤为基础方治疗ROU总有效率[OR=6.62，95%CI（4.40，9.96），P<0.000 01]优于对照组；3个月复发率[OR=0.25，95%CI（0.10，0.63），P=0.003]、6个月复发率[OR=0.27，95%CI（0.13，0.59），P=0.000 9]均小于对照组，差异均具有统计学意义。半夏泻心汤与ROU的交集靶点共201个，GO富集分析显示功能涉及细胞凋亡过程、细胞内信号转导、蛋白质磷酸化、细胞迁移、程序性细胞死亡等，KEGG分析显示其与癌症通路、感染相关通路、AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路等有关。结论 相对于对照组，以半夏泻心汤为基础方治疗ROU疗效更好，复发率更低。半夏泻心汤治疗ROU是多靶点、多通路的复杂过程，其机制研究还需更多的实验数据支撑。     

半夏泻心汤及其拆方改善炎症性肠病肠道免疫的潜在靶点及作用机制的网络药理学分析

目的:运用网络药理学方法研究半夏泻心汤及其拆方对炎症性肠病肠道免疫的潜在靶点及作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选出半夏泻心汤及其拆方组(辛开组、苦降组、甘补组)的有效活性成分和作用靶点,利用GeneCards、OMMI数据库筛选炎症性肠病相关的潜在作用靶点,将二者交集后采用Cytoscape 3.7.0软件构建活性成分-靶点网络图,利用string绘制PPI靶点蛋白作用网络图,利用GO和KEGG富集分析药物与炎症性肠病的信号通路。结果:通过筛选得出半夏泻心汤的有效活性成分129个、辛开组(半夏+干姜)的有效活性成分43个、苦降组(黄芩+黄连)的有效活性成分104个、甘补组(人参+甘草+大枣)的有效活性成分121个。进一步分析后发现半夏泻心汤组中Quercetin(槲皮素)、Beta-sitosterol(β-谷甾醇)、Kaemoferol(山柰酚)、Stigmasterol(豆甾醇)、Baicalein(黄芩素)等药物活性成分与PTGS1、AR、ESR1、PRSS1、PPARG等与IBD疾病靶点关系较为密切,并可能通过参与AGE-RAGE、TNF等信号通路发挥调...     

基于网络药理学和分子对接探讨当归建中汤治疗痛经的作用机制

目的: 基于网络药理学和分子对接技术探讨当归建中汤治疗痛经的有效成分、潜在靶点及作用通路,阐述其作用机制。方法: 通过TCMSP网站建立当归建中汤有效成分与靶点数据库,利用CTD、DisGeNET、Drugbank数据库筛选痛经相关的靶点,对药物靶点与疾病靶点取其交集,利用STRING数据库构建PPI蛋白作用关系,clusterProfiler程序包进行GO功能富集分析和KEGG信号通路分析,采用Cytoscape 3.7.0软件构建药材化学成分靶点疾病网络。结果： 筛选出痛经靶点300个,药材靶点184个,发现当归建中汤治疗痛经有24个重要靶点,参与的信号通路有F2信号通路、TNF信号通路和雌激素信号通路等。结论： 当归建中汤治疗痛经的作用机制可能与激素调节、炎症反应等有关,影响与痛经相关的流体剪切应力与动脉粥样硬化及激素信号通路。     

基于网络药理学的山奈酚参与血府逐瘀汤治疗2型糖尿病作用机制研究

目的 运用网络药理学方法研究血府逐瘀汤重要活性成分——山奈酚对2型糖尿病(Type 2 diabetes mellitus,T2DM)的治疗机制。方法 从公共数据库TCMSP获取山奈酚的作用靶标,应用GeneCards数据库检索T2DM的相关基因,取二者交集为山奈酚抗T2DM靶标;随后利用STRING平台构建“山奈酚抗T2DM靶标”蛋白质互作(Protein-protein interaction, PPI)网络,并用Cytoscape 3.7.1软件进行网络拓扑分析;再利用Omishare平台对山奈酚抗T2DM靶标蛋白进行GO与KEGG富集分析。结果 获得山奈酚抗T2DM的可能作用靶标54个,其中有6个山奈酚抗T2DM核心靶标,分别是AKT1、JUN、PTGS2、TNF、CASP3和MAPK8;GO富集分析,得到GO条目2831个,其中生物过程2355个条目;细胞组成181个条目;分子功能295个条目。KEGG富集分析得到140条通路(P0.05),包括AGE-RAGE、TNF、IL-17、C型凝集素受体等信号通路。结论 山奈酚可能通过AKT1、TNF等核心靶标,调控AGE-RAGE、TNF和IL-17等信号通路,参与血府逐瘀汤活血化瘀,治疗T2DM的过程。     

基于网络药理学的人参白虎汤治疗糖尿病药效机制研究

目的利用网络药理学的方法对人参白虎汤在治疗糖尿病的过程中药效机制进行研究。方法在中药系统药理学分析平台(TCMSP)中得到人参白虎汤中知母、甘草和人参的化学成分和药物靶点,在BATMAN-TCM中得到粳米的化学成分和药物靶点,在HTDocking中得到石膏的靶点;利用在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM),人类基因数据库(GeneCards)筛选糖尿病的相关靶点;运用Cytoscape 3.7.1构建“化合物—靶点—基因”网络;运用蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点;运用蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点;通过生物学信息注释数据库(DAVID)进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果构建出化合物靶点网络,蛋白质相互作用网络,对核心蛋白进行基因本体功能分析和通路分析。结论本实验利用网络药理学对人参白虎汤和其治疗的糖尿病进行了分析,探究其共性作用机制及高频共性靶点,高频共性基因,高频共性GO功能和高频共性KEGG通路等,为人参白虎汤用于糖尿病的治疗提供理论参考。     

芍药甘草汤治疗多囊卵巢综合征高雄激素血症的网络药理学研究

运用网络药理学探索芍药甘草汤对多囊卵巢综合征高雄激素血症的作用机理。方法 通过TCMSP数据库结合口服生物利用度（OB）、类药性（DL）、半衰期（HL）筛选芍药甘草汤的有效活性成分及作用靶点，运用Genecards、Drugbank、OMIM数据库获取多囊卵巢综合征高雄激素血症的治疗靶点。借助Cytoscape3.7.2 软件构建“中药-活性成分-靶点”可视化网络，利用VENNY图筛选出药物与疾病的共同靶点，运用STRING在线分析工具构建蛋白互作网络图（PPI），通过David数据库对关键靶点进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。结果 从芍药甘草汤中筛选出槲皮素、山奈酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、 刺芒柄花素等83个有效成分，作用于MAPK3、MMP-9、STAT3、TNF、IL-6、VEGFA等41个关键靶点。KEGG通路富集分析发现这些靶点参与了TNF、HIF-1、FoxO、Toll样受体等信号通路。结论 芍药甘草汤中的槲皮素、山奈酚等可能通过TNF、IL-6、STAT3、VEGFA等靶点作用于TNF、HIF-1、FoxO、Toll样受体等信号通路来调节糖脂代谢、保护血管内皮、参与炎症反应，以减少雄激素的合成，发挥治疗多囊卵巢综合征高雄激素血症的作用。     

基于网络药理学研究龙藤通络方治疗化疗致周围神经病变的作用机制

目的 运用网络药理学探讨龙藤通络方治疗化疗致周围神经病变(Chemotherapy-induced Peripheral Neuropathy,CIPN)的作用机制.方法 运用TCMSP和UniProt数据库获取药物的活性成分和作用靶点,借助人类基因数据库(GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、T...     

基于网络药理学角度探讨当归四逆汤对子宫内膜异位症的干预机制

目的 基于网络药理学探讨当归四逆汤治疗子宫内膜异位症（EMS）的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选当归四逆汤有效活性成分及潜在靶点，在Genecard、OMIM和TTD数据库中寻找EMS相关靶点基因取当归四逆汤靶点基因与EMS相关靶点基因共同靶点。通过Cytoscape 3.5.0软件构建“当归四逆汤活性成分-潜在靶点-EMS”网络图。运用String数据库构建构建蛋白质互作（PPI）网络图。对潜在靶点基因进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果 数据库筛选的得到当归四逆汤有效活性成分151个，与EMS相关潜在作用靶基因71个，KEGG富集通路分析主要包括化学致癌受体激活，脂质和动脉粥样硬化通路等。结论 当归四逆汤具有多活性成分，能通过多靶点，多通路发挥EMS保护作用。     

基于网络药理学分析“黄芪-水蛭”药对治疗气虚血瘀型冠心病作用机制

目的利用网络药理学方法预测“黄芪-水蛭”药对治疗气虚血瘀型冠心病的主要活性成分、作用靶点、信号通路与作用机制。方法通过检索TCMSP、Pub Chem、Swiss Target Prediction、Uni Prot等数据库获得药物活性成分和靶点;在Gene Cards数据库获取冠心病相关靶点;借助Cytoscape软件构建药物—疾病靶点网络和PPI网络;利用R语言对“黄芪—水蛭”治疗冠心病的靶点进行GO和KEGG富集分析;使用Auto Dock Tools和Pymol软件绘制蛋白-药物分子对接模型。结果共获得“黄芪-水蛭”药对79个活性成分、425个药物基因靶点、630个疾病靶点,药物-疾病共同靶点101个,PPI核心网络包含靶点76个,并得出前20位GO和KEGG富集结果,所得药物成分与靶点蛋白可成功对接。结论“黄芪-水蛭”药对起效的主要活性物质包括常春藤皂苷元、联苯双酯、熊竹素、毛蕊异黄酮、异鼠李素、芒柄花黄素、12-甲基十四烷酸甲酯、Hirudinoidine A、10-十九烯酸甲酯、11-十六碳烯酸甲酯、Hirudinoidine B等成分,可能通过HIF-1信号通路、TNF信号通路、内分泌抵抗信号通路、松弛素信号通路、IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路等调控NPM1、HSPA5、YWHAZ、EGFR、ESR1、VCAM1、MYC等基因表达,进而对气虚血瘀型冠心病起到治疗作用。     

基于网络药理学探讨石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制

目的 结合网络药理学和实验验证研究石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选石丹颗粒的活性成分,并预测其作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库筛选整合慢性萎缩性胃炎相关靶点;将活性成分靶点与慢性萎缩性胃炎靶点取交集后,通过String11.0数据库构建蛋白互作网络,并运用Cytoscape 3.9.0软件筛选核心靶点;通过DAVID数据库对核心靶点进行GO和KEGG富集分析以预测作用机制;通过AutoDock平台进行分子对接验证。构建慢性萎缩性胃炎细胞模型,通过ELISA、qPCR以及Western blot检测验证网络药理学分析结果。结果 共筛选得到石丹颗粒活性成分靶点268个,CAG相关靶点484个,取交集后共得到石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎靶点82个,其中核心靶点是IL-6、Akt1和TNF等。GO和KEGG富集分析提示石丹颗粒主要通过IL-17信号通路、TNF信号通路和PI3K-Akt等信号通路发挥作用。分子对接显示,大部分核心靶点与活性成分有较高的结合活性。细胞实验表明,石丹颗粒能通过调节IL-6、Akt1和TNF-α改善慢性萎缩性胃炎。结论...     

基于网络药理学探究黄芪白术药对治疗骨质疏松性骨折的作用机制

目的:基于网络药理学探讨黄芪白术药对治疗骨质疏松性骨折(osteoporotic fracture, OPF)的潜在作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选黄芪、白术的活性成分及作用靶点,检索与疾病靶点有关的GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选OPF的作用靶点,进而筛选黄芪、白术与OPF的交集核心靶点,并运用Cytoscape 3.7.1软件构建化合物靶点疾病网络,基于DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果:基于TCMSP数据库筛选黄芪白术治疗OPF的活性成分19个和交集靶点115个；GO功能富集分析得到条目568个,其中生物过程条目433个、细胞组成条目43个、分子功能条目92个；KEGG通路富集分析得出条目111个,主要包括糖尿病并发症中的AGE-RAGE、IL-17、TNF、前列腺癌、Toll样受体、HIF-1、NF-κB等信号通路。结论:黄芪白术药对可能通过调控TNF、NF-κB、HIF-1等信号通路,发挥调控炎症反应以及破骨细胞和成骨细胞的内在平衡作用,从而对OPF产生治疗作用。