基于网络药理学探讨钩藤-桑寄生治疗原发性高血压的作用机制

目的:基于网络药理学探讨钩藤-桑寄生治疗原发性高血压的潜在作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索并筛选出钩藤、桑寄生药对的药物活性成分及作用靶点。利用基因名片数据库(GeneCards)及DisGeNET数据库筛选原发性高血压的疾病靶点。利用韦恩平台(Venny)取活性成分作用靶点和疾病靶点交集,得到共同靶点。通过Cytoscape 3.9.1软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络。通过STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Cytoscape CentisCape 2.2插件提取核心靶点进行分析,并构建“有效成分-核心靶点”网络图。利用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,并将富集结果可视化。结果:共筛选出钩藤-桑寄生的活性成分32个,作用于原发性高血压的主要靶点有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶B1(AKT1)、白细胞介素(IL)-6、肿瘤坏死因子(TNF)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等;主要集中于晚期糖基化终末产物(AGE)/糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路、脂质与动脉粥样...     

基于网络药理学及分子对接探讨灵芝的免疫调节机制

［摘要］　目的　通过网络药理学及分子对接探讨灵芝调控免疫功能的作用机制。方法　通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索和筛选灵芝有效成分,使用Swiss Target Prediction数据库预测其潜在作用靶点。从GeneCards、DrugBank、OMIM、PharmGKB、TDD数据库中获取免疫调控相关靶点,整合药物靶点和疾病靶点,取交集靶点。使用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图,筛选核心成分。利用String平台构建蛋白互作(PPI)网络,筛选核心蛋白。利用R软件进行GO富集分析和KEGG通路分析。通过分子对接技术进行活性成分和核心靶点的分子对接验证。结果　共获取灵芝活性成分43个,作用靶点499个,免疫相关靶点12 454个,药物与疾病的交集靶点483个。KEGG通路分析显示交集基因主要富集于神经活性配体-受体相互作用、cAMP信号通路、蛋白多糖与癌症等信号通路。GO富集分析显示,交集基因主要参与脂质代谢过程的调节、肽基-丝氨酸磷酸化、肽基-丝氨酸修饰等过程。分子对接结果显示,主要核心成分与核心蛋白有较好的结合活性。结论　研究构建的灵芝“成分-靶点-通路-疾病”网络,一定程度上揭示了灵芝多成分、多靶点的复杂作用机制,为灵芝的临床应用和产品开发提供理论基础。     

基于网络药理学探讨丹参饮治疗心力衰竭的作用机制

目的:运用网络药理学方法探讨丹参饮治疗心力衰竭的作用机制。方法:通过TCMSP数据库和UniProt数据库校正筛选出丹参、砂仁和檀香的有效活性成分;运用GeneCards数据库、NCBI基因数据库及OMIM数据库获取心力衰竭的疾病靶点,通过STRING数据库对交集靶点构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络图,运用拓扑分析和MCODE聚类分析获得核心作用靶点,并对核心作用靶点进行基因本体(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:从丹参饮3味中药中筛选出78个化合物、264个靶点,心力衰竭靶点2 273个,交集靶点86个,关键靶点36个。GO功能富集分析生物学过程共1 900条,KEGG筛选出通路165条。结论:丹参饮通过多靶点、多途径、多通路干预心力衰竭,可能涉及的靶点包括蛋白激酶B(AKT1)、白细胞介素-6(IL6)、表皮生长因子受体(EGFR)、胱天蛋白酶3(CASP3)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、低聚果糖(FOS)等,涉及的信号通路包括白细胞介素-17(IL17)、晚期糖基化终末产物-糖基化终产物受体(AGE-RAGE)、松...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨五苓散治疗慢性心力衰竭的作用机制

目的应用网络药理学及分子对接技术探讨五苓散治疗慢性心力衰竭(CHF)的作用机制。方法在中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索五苓散主要成分及对应靶点;检索GeneCards、TTD、DrugBank、DisGeNET数据库,筛选CHF相关靶点;取疾病与药物交集靶点,构建韦恩图;应用Cytoscape 3.8.0软件建立五苓散药物-活性成分-靶点网络及药物成分-交集靶点网络,获得关键化合物;应用STRING平台构建交集靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)的网络图,分析网络图得到关键靶点;应用Metascape数据库对交集基因进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。比较关键靶点及KEGG通路富集基因,选取主要靶点蛋白及关键化合物,应用CB-Dock平台进行分子对接验证。结果通过口服生物利用度(OB)及生物活性分子类药性(DL)筛选得到五苓散共有46个活性成分,共涉及63个作用靶点,与CHF重合的靶点有36个,得到谷甾醇、3β-乙酰氧基-白术酮、二氢槲皮素等10个关键化合物,NOS3、CASP3、PTGS2等10个关键靶点。GO分析得到与循环系统、细胞膜成分及蛋白质相关的注释条目。KEGG通路富集通路主要包括AGE-RAGE信号通路、细胞凋亡、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。分子对接结果显示,五苓散关键化合物与新型利尿剂托伐普坦,与治疗靶点均具有良好结合活性。结论五苓散包括多个活性成分,作用于多个靶点,通过抑制细胞凋亡、氧化应激、心肌重构、炎症通路等多种机制作用于CHF,体现了中药治疗疾病多成分、多靶点、多途径的特点。     

基于网络药理学及分子对接探讨润肝养心方治疗心脏神经症的分子机制

目的:基于网络药理学和分子对接方法探讨润肝养心方治疗心脏神经症(CN)的物质基础和作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、有机小分子生物活性数据库(PubChem)、Swiss Target Prediction数据库检索并筛选出润肝养心方(麦冬、酸枣仁、柏子仁、炒白芍、当归、五味子、茯苓、炙甘草)的药物活性成分及作用靶点,利用基因名片数据库(GeneCard)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DisGeNET数据库筛选CN疾病靶点,将药物和疾病靶点两者取交集后获得的共有靶点导入STRING数据库获得蛋白互作关系,应用Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络;采用R语言ClusterProfiler程序包(3.18.0)对关键靶点进行基因本体(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,并利用Cytoscape 3.8.2构建关键靶点-功能-通路图及关键靶点中药药理调控网络;采用AutoDock Tools 1.5.6进行分子对接研究。结果:润肝养心方筛选得到活性成分146个、作用靶点245个、CN及润肝养心方共有靶点...     

基于网络药理学和分子对接探讨苗药黑骨藤治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术，探究苗药黑骨藤治疗阿尔茨海默病(AD)的活性成分和潜在作用机制。方法 通过文献搜集苗药黑骨藤的化学成分，利用中药系统药理学数据库(TCMSP)和Swiss ADME数据库筛选黑骨藤的主要活性成分，采用Swiss Target Prediction和SEA数据库预测活性成分的作用靶点。通过GeneCards、OMIM数据库检索AD相关靶点，经Venny2.1.0获取成分-疾病交集靶点，结合STRING数据库和Cytoscape3.8.0软件对交集靶点进行蛋白互作(PPI)网络分析。再借助HIPLOT数据库对交集靶点进行基因本体(GO)分析和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。最后，利用AutoDock Tools1.5.6软件将潜在成分与核心靶点进行分子对接。结果 苗药黑骨藤的活性成分共24个，对应靶点574个，1 513个AD靶点，交集靶点159个；GO分析得到2 661条生物过程，587条分子功能，311条细胞成分；KEGG分析得到AD主要参与神经退行性疾病-多发性疾病途径、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、癌症中的蛋白多糖等相关通路。分子对接结...     

黄连素治疗慢性心力衰竭的网络药理学分析

目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨黄连素治疗慢性心力衰竭(CHF)的分子机制。方法:通过GeneCards、STRING等数据库和Cytoscape v3.9.0软件获取CHF核心蛋白;于HERB数据库获取黄连素靶蛋白,并与CHF核心蛋白取交集,利用Cytoscape v3.9.0软件分析黄连素与交集蛋白之间的关系;利用Rx64 4.0.2软件对交集蛋白进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,获得信号通路富集蛋白及筛选核心蛋白;将核心蛋白与黄连素通过AutoDock Vina、PyMOLWin.exe等软件进行分子对接和可视化分析。结果:黄连素可作用于23类CHF核心蛋白,治疗主要涉及调节细胞化学应激反应、DNA结合转录因子活性、炎症反应等功能,白细胞介素-17(IL-17)信号通路、辅助性T细胞17(Th17)分化信号通路、晚期糖基化终末产物(AGE)-晚期糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路等。通路富集蛋白的核心为转录因子p65(RELA)、c-Jun原癌基因蛋白(JUN)、c-fos原癌基因蛋白(FOS)、丝裂原活化蛋白激酶14(...     

基于网络药理学与分子对接探讨失笑散治疗冠心病的作用机制

目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨失笑散治疗冠心病的作用机制。方法:收集TCMSP及BATMAN-TCM、HERB数据库,分别检索蒲黄和五灵脂的化学成分及靶点,运用Cytoscape 3.9.0软件构建药物-活性成分-潜在靶点网络图。通过GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选冠心病相关的靶点。利用Venny图获取疾病-药物交集靶点,并将其上传至STRING数据库,进一步通过Cytoscape 3.9.0软件绘制核心蛋白-蛋白互作(PPI)网络图。采用Metascape平台对交集靶点进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。利用AutoDockTools-1.5.7软件对核心成分与核心靶点进行分子对接,采用PyMOL软件进行可视化。结果:经筛选后获得失笑散核心成分为槲皮素、山柰酚、异鼠李素等;核心靶点包括蛋白激酶B(AKT1)、细胞肿瘤抗原p53(p53)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)等。KEGG通路富集的主要通路为环磷酸腺苷(cAMP)信号通路、核因子-κB(NF-κB)信号通路等。分子对接验证显示：多数核心成分与核心靶点具有...     

基于网络药理学和分子对接探讨丹参抗放射性心肌纤维化的机制

目的:采用网络药理学和分子对接探讨丹参抗放射性心肌纤维化的分子机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)进行药物成分和相应靶点筛选,疾病靶点通过基因名片数据库(GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和治疗靶点数据库(TTD)获得,在Venny 2.1.0平台上提取二者共同靶点。运用STRING数据库与Cytoscype 3.9.1软件建立蛋白互作(PPI)网络,对PPI网络行拓扑学分析得到的核心靶点导入Metascape数据库进行功能富集分析,经Cytoscype 3.9.1软件构建“活性成分-核心靶点-信号通路”网络。最后,利用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接验证,可视化由PyMOL 2.2.0软件完成。结果:共获取药物活性成分59种,相应靶点137个,疾病靶点3 042个,交集靶点100个。PPI网络拓扑学分析所得的蛋白激酶B1(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、肿瘤蛋白p53(TP53)等22个核心靶点,主要通过TNF信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路、丝裂原激活蛋白激酶(MAPK)信号通路等途径发挥功能,与...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨四妙勇安汤治疗冠心病的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨四妙勇安汤治疗冠心病(CHD)的潜在作用机制。方法:应用中药系统药理学技术平台(TCMSP)筛选四妙勇安汤的药物有效活性成分及作用靶点,应用全球蛋白质资源(UniProt)数据库对基因标准化处理。通过GeneCards数据库和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库检索冠心病的有关靶点,将药物有效活性成分靶点与冠心病的相关靶点进行映射,取交集即为四妙勇安汤治疗冠心病的潜在靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件构建四妙勇安汤治疗冠心病的“药物-成分-疾病-靶点”网络图,运用生物分子功能注释系统(STRING)数据库及Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络图,并筛选核心靶点。利用DAVID数据库对得到的交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并利用AutoDock及PyMOL等软件进行分子对接验证及结果的可视化分析。结果:共得到四妙勇安汤治疗冠心病的活性成分127个、相关靶点137个、交集靶点120个。四妙勇安汤治疗冠心病的生物过程涉及对缺氧的反应、一氧化氮生物合成过程的...     

基于网络药理学和分子对接探讨丹参治疗冠心病和脑卒中的“异病同治”作用机制研究

目的:基于网络药理学及分子对接方法探讨丹参有效成分治疗冠心病和脑卒中“异病同治”的作用机制及关键靶点。方法:通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DrugBank等数据库筛选丹参治疗冠心病及脑卒中的潜在靶点,并通过Metascape在线平台进行靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)、基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,使用Cytoscape 3.9.1构建活性成分-关键靶点-核心通路网络,筛选出核心成分。采用分子对接模拟核心成分与关键靶点的结合程度。结果:筛选丹参治疗冠心病与脑卒中“异病同治”的潜在靶点52个,主要富集于糖基化终末产物/糖基化终末产物受体(AGE/RAGE)、血小板激活、脂质与动脉粥样硬化、流体剪应力与动脉粥样硬化等通路。核心药效成分与磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)、蛋白激酶B(AKT)、一氧化氮合酶(NOS3,eNOS)、B淋巴细胞瘤相关蛋白-2(Bcl-2)、环氧合酶2(PTGS2)、整合素亚基α2b(ITGA2B)、基质金属蛋白酶9(MMP9)等靶点结合稳定。结论:丹参“异病同治”冠心病与脑...     

基于网络药理学及分子对接探究大黄-三七-蒲黄治疗脑出血的作用机制

目的:在活血化瘀理论指导下,运用网络药理学及分子对接方法研究大黄-三七-蒲黄治疗ICH的潜在作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、UniPort数据库获取大黄-三七-蒲黄活性成分及靶点蛋白,利用GEO数据库获得GSE24265芯片基因表达谱,运用R软件筛选ICH疾病差异基因,并获取药物与ICH交集靶点。运用Cytoscape软件与STRING数据库获得与靶点相关有效成分及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。通过R Cluster Profiler对交集基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。使用Cytoscape软件构建“药物有效成分-靶基因-KEGG网络”,获得药物核心成分及作用靶点。运用GSEA进一步富集核心靶点作用途径。运用Autodock软件分子对接以验证核心成分、靶点的结合活性。结果:筛选获得大黄-三七-蒲黄治疗ICH的核心成分为槲皮素、人参皂苷Rh2、芦荟大黄素等;核心靶点为白细胞介素1β(IL-1β)、白细胞介素6(IL-6)、CXC趋化因子配体8(CXCL8)、趋化因子配体2(CCL2)。核心靶点共同富集于NOD样受...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨三参通脉合剂治疗冠心病的作用机制

目的:基于网络药理学与分子对接技术探讨三参通脉合剂治疗冠心病的主要化合物成分及复杂作用机制。方法:通过HERB数据库、SwissADME平台检索并筛选三参通脉合剂的潜在活性化合物,通过SwissTargetPrediction平台预测作用靶点。通过GeneCards、OMIM、DisGeNET、DrugBank及TTD数据库检索并筛选冠心病相关靶点。取药物预测靶点与疾病相关靶点的交集,将交集靶点导入Cytoscape 3.9.1构建“中药-成分-靶点”网络;导入STRING 11.5数据库构建靶点蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并通过Cytoscape 3.9.1、CytoNCA插件进行拓扑分析。通过Metascape数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用AutoDock Tools 1.5.7、AutoDock Vina 1.1.2等进行分子对接分析。结果:共筛选得到三参通脉合剂365个活性成分,可能作用于320个冠心病相关靶点。根据“中药-成分-靶点”网络、PPI网络及相关文献筛选5个关键靶点与11个主要活性成分进行分...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨祛湿化痰方治疗冠心病的作用机制

目的:应用网络药理学与分子对接技术探讨祛湿化痰方治疗冠心病潜在的分子及生物通路机制。方法:采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库检索药物有效成分及作用靶点;检索GeneCards和OMIM数据库获得冠心病相关基因;使用Venny软件绘制韦恩图;利用Cytoscape软件及STRING数据库构建平台网络;使用R语言,分析京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集以及基因本体(GO)生物过程;运用PubChem网站、PDB数据库寻找配体及受体结构,应用AutodockTools及Vina软件进行分子对接运算。结果:在祛湿化痰方核心药物中共筛选获得36个主要活性化合物、416个潜在作用靶点;7 264个基因靶点与冠心病有关;祛湿化痰方与冠心病的交集蛋白靶点140个;核心基因蛋白靶点有7个,包括雌激素受体α(ESR1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、JUN、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、肿瘤蛋白p53(TP53)、蛋白激酶B1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶14;GO生物过程富集分析显示(MAPK14),祛湿化痰方治疗冠心病与氧化应激反应、对营养水平的响应等有关,KEGG...     

基于网络药理学的参芍片/胶囊干预心肌纤维化的潜在机制研究

目的:利用网络药理学技术预测参芍片/胶囊干预心肌纤维化的作用机制。方法:从TCMSP数据库、TCM-MESH数据库、UniProt数据库及Pubchem数据库中收集参芍片/胶囊相关中药的活性成分和作用靶点,构建化合物和靶点相互作用的网络图;通过OMIM数据库、DiGSeE数据库以及TTD数据库收集心肌纤维化的相关靶标;PPI数据库构建参芍片/胶囊和心肌纤维化的交叉靶标,筛选两者互作的核心靶点;采用DAVID 6.8数据库对核心靶点进行Gene Ontology(GO)分析、KEGG通路富集分析。结果:选择口服利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18作为活性成分的筛选条件,并查阅文献补充,共收集参芍片/胶囊的32个潜在活性成分;通过网络拓扑学特征对度、介度中心度及接近中心度等评价筛选出参芍片/胶囊在心肌纤维方面作用的核心靶点249个;GO富集分析共123条结果,包含生物过程65条,分子功能31条,细胞组成27条;KEGG数据库共获取56条心肌纤维化相关通路。结论:参芍片/胶囊具有多成分、多靶点及多途径协同作用的特点,预测了参芍片/胶囊干预心肌纤维化的可能作用机制,同时为寻找其药理成分和作用机制奠定基础,为基础研究及临床应用提供理论依据。     

基于网络药理学探讨侯氏黑散治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的基于网络药理学探讨侯氏黑散治疗缺血性脑卒中的作用机制。方法采用检索中药系统药理数据库与分析平台(TCMSP)检索侯氏黑散的14味药(牡蛎为动物药,未纳入分析范围)中所有化学成分,筛选活性成分及作用靶点;通过GeneCards检索缺血性脑卒中疾病靶点;利用Venny工具绘制韦恩图,找出交集靶点;应用STRING构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络图;通过DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共筛选到155个中药活性成分、164个作用靶点,缺血性脑卒中相关靶点3173个,从而得到药物-疾病的共同靶点121个。富集于分子功能、生物过程和细胞组分及47条信号通路,包括NOD样受体信号通路、胰岛素信号通路、钙信号通路等。预测侯氏黑散居前5位的主要活性成分是前列腺素内过氧化物合酶2、槲皮素、山奈酚、前列腺素内过氧化物合酶1、热休克蛋白90,主要通过调节白细胞介素6(IL-6)、血清对氧磷酶1(PON1)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、白细胞介素2(IL-2)、趋化因子(CCL2)等靶点,调控NOD样受体信号通路、胰岛素信号通路等达到治疗缺血性脑卒中的目的。结论侯氏黑散通过多成分、多靶点、多通路治疗缺血性脑卒中。     

基于网络药理学和分子对接探讨大黄-三七配伍治疗脑出血机制及其实验验证

目的:运用网络药理学和分子对接探讨大黄-三七配伍治疗脑出血的作用机制。方法:运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)以及文献查找获取大黄和三七的活性成分,以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为阈值进行筛选,通过Swiss Target Prediction预测活性成分靶点;从人类基因综合数据库(GeneCard)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、治疗靶点数据库(TTD)获取脑出血疾病基因,并筛选出与药物靶标的交集基因;运用STRING对交集基因进行蛋白-蛋白互作(PPI)分析,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制“疾病-中药-化合物-交集基因”网络图、PPI网络图,运用Metascape数据分析平台进行基因本体(GO)富集以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用分子对接技术对关键靶点和化合物的相互作用进行验证,并通过动物实验验证大黄-三七药对对磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)通路以及Bcl-2家族促凋亡蛋白(Bax)、Bcl-2家族抗凋亡蛋白(Bcl xL)的影响。结果:最终筛选获得大黄-三七药对有效成分3...     

基于网络药理学探析5种经典方剂治疗肝细胞癌的作用机制

目的运用网络药理学及分子对接技术探究逍遥散合四君子汤、茵陈蒿汤、龙胆泻肝汤合下瘀血汤、五皮饮合四君子汤、一贯煎治疗肝细胞癌的作用机制。方法运用TCMSP、TCMID、BATMAN-TCM、TCM-MESH等数据库筛选中药有效成分并预测其作用靶点,通过TTD、Drugbank、Disgenet、Liverome、OncoDB. HCC、GEO等数据库挖掘肝癌相关靶点;将药物和疾病靶点进行映射获得交集靶点,通过可视化软件Cytoscape3.7. 1构建核心成分-交集靶点网络以及蛋白相互作用网络,筛选核心成分及关键基因并在GEPIA数据库进行生存分析,将筛选出的活性成分和关键基因导入DockThor在线网站进行分子对接。此外,利用David数据库对交集靶点进行基因本体(GO)富集分析以及基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果经过筛选去重获得5种经典方剂活性成分分别为110、19、154、121、51个,药物作用靶点分别为7426、1435、9544、6619、2427个。筛选去重后获得肝癌疾病靶点4001个。5种方剂经典方剂的成分靶点与肝癌疾病靶点的交集靶点分别为260、169、276、242、192个,共同Hub基因在GEPIA在线网站生存分析结果为PIK3CA、SRC、MAPK1、MAPK3(P值均0.05)、AKT1(P 0.05)。5种方剂共同活性成分是槲皮素,其中3种经典方剂(逍遥散合四君子汤、龙胆泻肝汤合下瘀血汤、五皮饮合四君子汤)的共同活性成分是异补骨脂黄酮、Kanzonol W。分子对接结果从总体趋势来看3种成分与PIK3CA、SRC结合能力相对较好。GO富集分析显示这些靶点共同参与对药物的反应、蛋白质磷酸化、炎症反应、血管生成等生物学过程。KEGG富集分析显示共同参与的通路为癌症通路、PI3K-AKT通路、MAPK通路、Ras通路、HIF-1通路、乙型肝炎通路、丙型肝炎通路。结论槲皮素、异补骨脂黄酮和Kanzonol W抗肝癌具有多靶点、多通路的潜在作用机制。     

基于网络药理学探讨鸡血藤治疗再生障碍性贫血的潜在作用机制

［摘要］　目的　应用网络药理学探讨鸡血藤治疗再生障碍性贫血（AA）的潜在作用机制。方法　通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取鸡血藤的活性成分及作用靶点基因,通过GeneCards数据库检索AA的相关靶点基因,通过韦恩图分析其交集。应用R软件对关键靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。应用Cytoscape 3.8.2软件构建药物-活性成分-关键靶点-通路-疾病网络。结果　通过TCMSP筛选获得24种活性成分,其对应的靶点基因56个。经GeneCards数据库检索,获得AA的疾病靶点基因1 665个。韦恩图分析结果显示其交集靶点基因21个。基于该21个关键靶点基因,GO功能富集分析共获得1 052个富集结果,包括生物过程（BP）1 012个、细胞组分（CC）13个、分子功能（MF）27个。KEGG通路富集分析共获得70条信号通路,主要通路包含细胞凋亡、p53信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路,以及病毒、癌症、传染病等疾病相关通路。结论　鸡血藤通过多成分、多靶点、多通路的相互作用发挥治疗AA的作用,为进一步探讨鸡血藤治疗AA的作用机制提供参考。     

基于网络药理学探讨人参-钩藤药对治疗原发性高血压的作用机制

目的基于网络药理学探究人参-钩藤药对治疗原发性高血压有效成分的靶基因及作用机制。方法通过中药系统药理学数据库(TCMSP)中药数据库检索人参-钩藤药对的化学成分和靶基因,以生物利用度(OB)>30%和类药性(DL)>0.18为条件筛选药对的潜在有效成分,并通过TCMSP数据库预测药对的潜在靶点。运用Uniprot数据库寻找到潜在靶点相对应的人类基因名称,通过GeneCards数据库检索原发性高血压的疾病靶点,与药对的潜在靶点相映射,绘制韦恩图,将映射找到的有效成分的靶基因导入Cytoscape 3.7.2构建疾病-药对-成分-靶点网络图。利用STRING数据库构建蛋白互作网络图选出核心靶标,最后将人参-钩藤药对治疗原发性高血压的有效靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共获得人参-钩藤药对46个有效成分和176个有效靶点。GO分析发现,主要途径有调控核受体活性、转录因子活性、肾上腺素能受体活性、类固醇激素受体活性、G蛋白偶联胺受体活性等。KEGG通路富集分析发现,主要通路为丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路等。结论人参-钩藤药对通过多种靶点、多种途径、多种信号通路协同发挥治疗原发性高血压的作用,为进一步药物作用机制的研究提供理论基础,并为指导临床提供依据。