运用生物信息学方法探究肾上腺皮质癌的关键基因

目的:运用生物信息学方法筛选肾上腺皮质癌(adrenal cortical carcinoma,ACC)的差异表达基因,为ACC诊疗提供新的生物标志物.方法:从GEO数据库中选择基因数据集GSE14922、GSE19776、GSE12368,通过GEO2R工具在线分析,筛选出肾上腺皮质癌组织与正常肾上腺组织的差异表达基...     

多数据库联合分析卵巢癌预后相关基因

目的 寻找卵巢癌预后的关键基因,为卵巢癌治疗提供新的靶点.方法 从基因表达汇编(GEO)数据库GSE18520和GSE14407数据集、癌症基因组图谱(TCGA)数据库及基因型-组织表达(GTEx)数据库中下载卵巢癌相关数据,用R 3.6.2软件limma包进行差异表达基因分析,随后使用R 3.6.2软件cluster...     

胃腺癌相关关键基因的筛选及其调控通路研究

目的 筛选胃腺癌(Gastric adenocarcinoma,GAC)差异表达的关键基因并进行验证,分析其调控通路.方法 自美国国立生物技术信息中心基因表达数据库(Gene expression omnibus,GEO)下载GAC基因芯片数据集GSE118916.应用R语言Limma程序包筛选GAC与癌旁对照组织差异...     

基于TCGA数据库和GEO数据库分析SERPINE1在胃癌中的表达和预后影响

目的 分析SERPINE1在胃癌组织中的表达及其临床意义。方法 通过检索肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库,了解SERPINE1在33种癌症组织中的表达情况。通过检索癌症基因组图谱(TCGA)数据库,下载375例胃癌组织和32例癌旁组织的RNA-Sep数据和临床信息,通过检索基因综合表达(GEO)数据库GSE54129数据集下载了111例胃癌组织和21例癌旁组织的基因表达谱芯片,分别将TCGA和GSE54129数据集中的SERPINE1进行癌组织和癌旁组织的表达差异分析,COX分析TCGA数据集中临床基线资料和SERPINE1 mRNA表达水平对胃癌患者预后的影响。绘制Kaplan-Meier生存曲线和受试者工作特征曲线(ROC)分析SERPINE1 mRNA表达与预后的关系。通过基因富集分析(GSEA)挖掘并预测SERPINE1参与的通路。结果 TIMER数据库分析表明,SERPINE1在8种癌组织中明显高表达(P<0.05)。TCGA数据集、GSE54129数据集分析表明,在胃癌组织中SERPINE1表达高于癌旁组织(P<0.001)。多因素COX分析表明,病理Sta...     

基于加权基因共表达网络分析识别F2RL1为结直肠癌的核心致病基因

目的 通过生物信息学方法鉴定与结直肠癌相关的核心基因,并初步验证.方法 从TCGA数据库中下载正常人和结肠腺癌(COAD)患者的临床资料和基因表达数据;从GEO数据库中下载275例结直肠癌患者的肿瘤组织及其癌旁正常组织基因表达数据.通过差异表达基因分析和加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选差异共表达基因.对差异共表...     

基于GEO数据库和生物信息学分析筛选小鼠心肌缺血再灌注损伤相关的潜在枢纽基因

目的 ·基于基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)运用生物信息学分析筛选与小鼠心肌缺血再灌注损伤(myocardium ischemia-reperfusion injury,MIRI)相关的潜在枢纽(hub)基因.方法 ·从GEO数据库中获取小鼠MIRI数据集GSE61592、GSE...     

肾透明细胞癌核心基因的生物信息学分析及AURKB表达的验证

目的 利用生物信息学手段,在肾透明细胞癌(KIRC)中筛选目标基因AURKB,分析其在肾透明细胞癌中的临床意义。方法 在GEO数据库下载GSE66271数据集后,筛选差异基因。基于STRING数据库和Cytoscape软件挑选hub基因。利用GEPIA在线数据库验证基因AURKB在肾透明细胞癌组织中的表达及预后关系。通过免疫组化实验验证AURKB在肾透明细胞癌组织与癌旁正常组织的表达差异。结果 对数据集GSE66271分析后,共获得517个差异基因,其中155个上调基因,362个下调基因。在差异基因网络中的10个枢纽基因,从中选取基因AURKB进行验证。GEPIA数据库分析显示AURKB高表达均显著降低了KIRC患者的总生存期(OS)及无病生存期(DFS)(均P<0.001),表示其可能为KIRC的促癌基因。此外AURKB的表达与KIRC患者的不同疾病阶段呈正相关关系(P<0.001)。免疫组化实验表明AURKB蛋白表达主要在细胞核内,在癌组织中阳性表达(58.00%,29/50)高于癌旁正常组织(24.00%,12/50),差异有统计学意义(χ²=1...     

基于数据库挖掘分析FN1、COL4A1、COL4A2基因在胃癌中的表达及意义

目的 基于数据库挖掘分析胃癌预后预测和胃癌靶向治疗的潜在关键基因(Hub基因)。方法 本研究选取基因表达综合数据库(GEO)的GSE33651和GSE118916数据集(研究时间为2011年11月—2019年8月)。GEO2R进行胃癌差异表达基因(DEGs)分析。DAVID数据库对DEGs进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。采用STRING数据库和Cytoscape软件构建DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,其中Degree>10的DEGs被认为是Hub基因。基于癌症基因组图谱(TCGA)的胃腺癌数据,使用OncoLnc和UALCAN数据库对Hub基因进行生存分析和表达分析。TIMER数据库对Hub基因进行免疫浸润分析。结果 GSE33651和GSE118916中鉴定出80个共有上调和34个共有下调DEGs。DEGs富集在69个GO条目和7个KEGG信号通路。从PPI网络中筛选出14个Hub基因。FN1、COL4A2和COL4A1基因在胃癌组织的表达水平均显著高于胃正常组织,且在胃癌中具有良好的预后预测价值。FN1、COL4A2和COL...     

整合分析GEO和TCGA数据筛选喉鳞状细胞癌中新的基因预后标志物

目的:通过生物信息学分析鉴定喉鳞状细胞癌(LSCC)的潜在诊断、预后基因.方法:高通量基因表达数据库(GEO)中的数据(GSE143224和GSE59102)和癌症基因组图谱(TCGA)中的转录组数据用于生物信息学分析.确定了癌与正常样本之间的差异表达基因(DEGs),并进行了功能和通路的富集分析.此外,使用Cox比例...     

GNG4、TIMP1在结肠癌诊断及预后价值的生物信息学分析

目的:通过生物信息学方法,筛选可能与结肠癌诊断及预后相关的基因.方法:从基因表达共享数据库(the expression omnbus,GEO)下载结肠癌相关基因芯片GSE37364、GSE41328的cRNA表达谱数据集并筛选差异表达基因(differentially ex-pressed genes,DEGs),分...     

基于WGCNA联合LASSO筛选宫颈癌预后枢纽基因

目的 运用生物信息学方法筛选宫颈癌预后相关的分子标志物,为宫颈癌的预后预测提供依据。方法 从GEO、TCGA和GTEx数据库下载宫颈癌转录组表达数据和相应的临床数据。在GSE9750和GSE52903数据集中,通过WGCNA和LASSO两种方法联合筛选宫颈癌枢纽基因,GEPIA数据库进一步筛选与预后相关的枢纽基因。在GEO数据集(GSE9750和GSE52903)和TCGA联合GTEx数据集中比较预后相关的枢纽基因在宫颈癌和正常宫颈组织中的表达情况,并在HPA数据库中验证其蛋白水平的表达。利用ssGSEA分析宫颈癌肿瘤微环境(tumor microenvironment, TME)中免疫细胞浸润情况,探究预后相关的枢纽基因与免疫细胞浸润和免疫检查点基因表达的相关性。结果 WGCNA和LASSO两种方法共筛选出7个宫颈癌枢纽基因,GEPIA数据库进一步筛选得到3个预后相关的枢纽基因MCM2、APOD和RAD54L。在GEO数据集(GSE9750和GSE52903)和TCGA联合GTEx数据集中,与正常宫颈组织比较,MCM2和RAD54L在宫颈癌组织中表达上调,而APOD则表达下调,与HPA数据库中免疫组化结果基本一致。3个预后相关的枢纽基因与免疫细胞和免疫检查点的表达有相关性。结论MCM2、APOD和RAD54L基因可能是与宫颈癌预后相关的分子标志物,与TME中免疫浸润相关。     

基于生物信息学研究细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A基因与宫颈癌的关系及调控机制

目的 采用生物信息学方法分析细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)基因与宫颈癌的关系,并探讨其对宫颈癌潜在的调控机制。方法 从GEO数据库中下载数据集GSE7803、GSE64217和GSE63514,并使用GEO2R软件筛选宫颈癌组织和正常组织之间的差异性表达基因,得到CDKN2A基因在宫颈鳞状细胞癌组织中的表达情况,并利用GEPIA数据库验证CDKN2A基因在宫颈鳞状细胞癌组织中的表达水平。通过DAVID在线工具针对差异性表达基因进行通路富集分析;利用STRING数据库和Cytoscape软件筛选与CDKN2A基因编码蛋白相互作用密切的蛋白。利用UALCAN在线工具分析CDKN2A基因表达与宫颈癌患者临床病理特征及预后的关系,以及宫颈癌组织中CDKN2A基因启动子甲基化水平。利用TIMER数据库分析CDKN2A基因表达水平与肿瘤免疫细胞浸润的相关性。利用ENCORI和mirDIP软件分析与CDKN2A基因有结合靶点的miRNA。结果 共获得347个差异性表达基因,其中CDKN2A基因为上调基因;GEPIA数据库验证结果提示CDKN2A基因在宫颈鳞状细胞癌组织组织中呈高表...     

综合生物信息学分析鉴定乙型肝炎病毒相关肝细胞癌中异常甲基化修饰的差异表达基因

目的 探讨与乙型肝炎病毒(HBV)相关肝细胞癌(HCC)发生发展相关的异常甲基化修饰的差异表达基因及分子机制,以期望用于肝癌的早期诊断。方法 从公共基因表达数据库(GEO)中下载表达谱芯片GSE121248、GSE107170和DNA甲基化芯片GSE136319,采用R语言筛选HBV相关HCC中癌组织和癌旁组织间差异表达基因(DEGs)和差异甲基化基因(DMGs),并绘制可视化火山图。对甲基化差异表达基因(MDEGs)进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并使用Cytoscape软件进行分子复合物检测(MCODE)分析和利用cytoHubba插件筛选关键基因。通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库验证关键基因的mRNA表达水平,并采用皮尔逊相关系数来评估关键基因在HCC中甲基化和基因表达之间的关系。使用HPA数据库、Cox比例风险回归模型、Kaplan Meier-plotter数据库和ROC分析对关键基因进行蛋白表达、生存分析验证以及预测准确率效能;并分析关键基因的表达与临床指标(肿瘤大小、病理分期)之间的相关性。结果 ...     

特发性肺纤维化相关的微阵列鉴定基因和microRNA分析

目的 通过特发性肺纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)的微小RNA(microRNA,miRNA)-mRNA相互作用网络识别微阵列鉴定基因和miRNA.方法 使用从基因表达综合(gene expression omnibus,GEO)数据库(GSE27430和GSE135065)...     

子宫内膜异位症患者细胞外基质相关基因筛选的生物信息学分析

目的:通过生物信息学工具筛选子宫内膜异位症(EMS)相关的差异表达基因(DEGs),为阐明EMS的病因提供理论依据,为EMS的诊断和治疗开辟新的研究方向.方法:从基因表达汇编(GEO)数据库检索"endmetriosis",下载涉及EMS组织和正常子宫内膜组织的高通量芯片数据集GSE25628,GSE23339和GSE...     

miR-105-1在原发性肝细胞癌中表达的研究

目的 定量分析miRNA-105-1(miR-105-1)在原发性肝细胞癌(HCC)及癌旁正常组织中表达水平的差异.方法 取患者手术新鲜组织标本(10对T-N配对组织和另外40例原发性肝癌组织)提取RNA,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR) 技术检测标本中miR-105-1基因表达量.并下载公共基因表达数据库(GEO)芯片数据加以验证,通过2-ΔΔCt方法计算得到.结果 实验结果表明在10对配对的HCC组织中的miR-105-1的表达量显著低于癌旁正常组织,差异有统计学意义(P=0.046).在50个HCC组织的表达量显著低于10个癌旁组织,差异有统计学意义(P=0.031).GEO数据库芯片GSE22058-GPL10457中包含96个配对的HCC与癌旁正常组织,miR-105-1在HCC中下调,差异有统计学意义(P=0.035).GSE21362中包含73个配对的HCC与癌旁正常组织,miR-105-1在HCC中也是下调的,差异有统计学意义(P=0.042).结论 miR-105-1在原发性肝癌患者中较正常人群表达量低,可能是HCC患者发生发展的重要分子之一,并可以作为判断预后的一个指标和治疗的一个新靶点.     

基于生信分析对基底细胞癌核心基因的筛选及其相关通路的研究

目的 通过生信分析筛选基底细胞癌的核心基因,探索疾病治疗的新靶点。方法 在基因表达综合数据库（Gene expression omnibus database,GEO）中下载基底细胞癌相关基因芯片,筛选出GSE6520、GSE7553、GSE103439三个数据集。应用GEO2R分析软件筛选基底细胞癌和癌旁组织样本间的差异表达基因。利用DAVID进行GO功能及KEGG通路可视化富集分析。应用STRING分析基因的蛋白交互作用。Cytoscape (Version 3.7.2)软件构建蛋白质-蛋白质互作网络,MCODE插件对蛋白互作网络进行枢纽基因的分析与筛选。MCODE插件筛选出核心基因。结果 共筛选出参与基底细胞癌发生和进展的102个相同趋势的差异表达基因,筛选并验证出6个核心基因,包括ANXA1、CALD1、CASQ2、CHST2、FZD2、FZD7。这些核心基因主要参与了生物过程、细胞成分、分子功能的调节;生物过程包括对有机物质的反应,细胞对化学刺激的反应,细胞通信的调整,信号调节等;细胞成分分析提示差异基因主要集中在细胞外基质、胞质、细胞外囊泡、外泌体中;分子功能分析提示阴离子...     

肝细胞癌相关差异表达基因和药物预测的生物信息学分析

目的 通过生物信息学方法筛选肝细胞癌(HCC)相关差异表达基因(DEGs)及潜在治疗药物.方法 从GEO数据库中选取GSE45436、GSE84402、GSE62232和GSE101685,使用R软件分析得到DEGs.随后对DEGs进行GO和KEGG分析,并构建PPI网络、筛选核心基因.最后进行生存分析和筛选潜在治疗药...     

基于加权基因共表达网络对胎儿生长受限发病机制的分析诊断标记物筛选

目的 宫内生长受限(IUGR)发病原因复杂,其发生机制也受多因素影响.文中利用加权基因共表达网络(WGCNA)分析IUGR机制,并寻找可能的诊断标志物.方法 从基因表达综合数据库(GEO)下载GSE100415和GSE12216数据集,利用WGCNA分析与IUGR相关的模块,对模块内的基因进行生物学功能(GO)、京都基...     

基于GEO数据库的肥厚型心肌病差异表达基因分析

目的 基于基因表达综合（GEO）数据库，采用生物信息学方法挖掘肥厚型心肌病相关的差异表达基因（DEG），为肥厚型心肌病的临床治疗提供新思路。方法 从GEO数据库中筛选肥厚型心肌病患者和正常对照者的基因数据集芯片GSE68316和GSE148602，应用RStudio软件和GEO数据库基因表达分析工具（GEO2R），以|log2FC|≥1且P <0.05作为筛选标准，筛选数据集中的DEG。选取2个数据集中差异表达最显著的上调和下调基因各10个，分别绘制热图。通过R语言完成关键DEG的基因本体论（GO）以及京都基因和基因组数据库（KEGG）分析。结果 在GSE68316数据集中共筛选出247个DEG，包括125个表达上调的DEG和122个表达下调的DEG；在GSE148602数据集中共筛选出157个DEG，包括44个表达上调的DEG和113个表达下调的DEG。KEGG和GO分析中存在多条通路的富集。结论 通过生物信息学方法，可以有效挖掘肥厚型心肌病DEG，为后续治疗提供新策略。