基于ITS2条形码的中药材天南星及其混伪品DNA分子鉴定

该研究收集天南星及其混伪品7种,共58份样品,通过DNA提取和PCR扩增,经注释后获得其ITS2条形码,然后进行序列变异分析和NJ树聚类分析。结果表明天南星3种基原天南星、异叶天南星和东北天南星的种内K2P距离均小于其种间K2P距离,在NJ聚类树上天南星3种基原分别聚为独立的支。天南星3种基原与天南星混伪品聚为不同的支。因此,ITS2作为DNA条形码可以鉴定天南星3种基原及其混伪品,DNA条形码技术可为天南星及其混伪品的鉴定提供新的方法。     

应用DNA条形码ITS2序列对市售药材黄柏的鉴定研究

目的：应用DNA条形码ITS2序列鉴定市售黄柏药材及其混伪品,保障药材质量及用药安全。方法：对90份药材及其基原植物样品进行DNA提取,通过聚合酶链式反应（PCR）扩增ITS2序列并进行双向测序,运用CodonCode Aligner V3.7.1对测序峰图进行校对拼接,去除低质量区和引物区,得到ITS2序列,运用MEGA 6.1对序列进行比对分析,基于K2P遗传距离构建系统聚类树。结果：90份实验样品均能提取到DNA,其DNA经PCR扩增、测序,序列拼接剪切后均能得到高质量ITS2序列。川黄柏和关黄柏基原物种黄皮树和黄檗的种内最大K2P遗传距离分别为0.018和0.004,均远小于其与混伪品的种间最小K2P遗传距离（0.051和0.056）;NJ树结果显示川黄柏和关黄柏聚为一支,其混伪品各自聚为一支。结论：基于ITS2序列的DNA条形码技术可准确、有效地鉴定市售黄柏药材及其混伪品,为其市场监管及用药安全提供了一种高效的技术方法。     

中药材半夏及其混伪品的DNA条形码鉴定研究

目的：采用ITS2序列对中药材半夏及其混伪品进行DNA条形码鉴定研究,为规范中药材半夏的市场流通,保障临床用药安全及疗效提供参考依据。方法：对半夏及其混伪品共59份样品,通过DNA提取及聚合酶链式反应（PCR）扩增其ITS2序列,并采用Mega6.0软件进行多序列比对,计算种内及种间K2P遗传距离,采用邻接（NJ）法构建NJ系统聚类树。采用相似性搜索法、最小距离法、NJ 树法考察ITS2序列的鉴定能力。结果：半夏药材的ITS2序列长度为251 bp,应用相似性搜索法表明ITS2序列能够准确鉴定半夏药材及其混伪品;半夏种内最大K2P距离小于半夏与混伪品间的最小K2P距离;NJ树显示半夏药材可与其混伪品明显分开。结论：ITS2序列能准确、稳定鉴定中药材半夏药材及其混伪品。     

远志药材及其混伪品的DNA条形码鉴定

目的：对中药材远志及其混伪品进行分子鉴定,保障药材质量及用药安全。方法：对46份样品进行DNA提取,通过聚合酶链式反应（PCR）扩增其psbA-trnH序列并双向测序,应用CodonCode Aligner V3.7.1对测序峰图校对拼接,去除低质量区和引物区,得到psbA-trnH序列,用MEGA 6.0对序列进行比对分析,基于K2P遗传距离构建系统聚类树。结果：通过相似性搜索法能准确鉴别远志及其混伪品,远志两个基原的种内最大K2P距离分别为0.004和0,均小于其与混伪品的种间最小K2P遗传距离（0.010 和0.005）,基于psbA-trnH序列的系统发育树可将远志药材及其混伪品明显区分开。结论：psbA-trnH序列能有效鉴别远志药材及其混伪品,为中药材的质量控制提供新方法。     

凉茶药材鸡蛋花及其混伪品的DNA条形码鉴定

该研究应用ITS2序列作为DNA条形码鉴定凉茶药材鸡蛋花及其混伪品,共收集48份药材和基原植物样本,提取基因组DNA,通过PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,经CodonCode Aligner拼接注释获得序列,然后应用MEGA5.0比对ITS2序列,计算种内和种间遗传距离,构建系统进化NJ树进行鉴定。结果表明,鸡蛋花ITS2序列长度为244 bp,种内遗传距离为0~0.016 6,远小于其与混伪物种间的遗传距离0.320 8~0.650 4,NJ树结果显示鸡蛋花与其混伪品均可准确区分。因此,应用ITS2条形码能够准确、有效地鉴别凉茶药材鸡蛋花及其混伪品,为鸡蛋花药材的鉴定提供了一种新的分子手段,为其使用安全提供了有力保障。     

基于ITS2条形码鉴定水红花子及其混伪品

目的:利用ITS2条形码对中药材水红花子及其混伪品进行鉴定研究。方法:为对该中药材进行准确鉴定,共收集71份样本,包含药材正品及其混伪品。通过对样品进行DNA提取、PCR扩增、双向测序,利用Codon Code Aligner软件进行序列质量评价与拼接,获得ITS2序列。用MEGA软件进行序列比对、变异位点及遗传距离分析,采用最近距离法和构建NJ(邻接)树法来评价ITS2条形码的鉴定能力。结果:水红花子药材基原物种红蓼ITS2序列种内遗传距离为0~0.0124,与其混伪品水蓼、酸模叶蓼以及春蓼的种间遗传距离分别为0.0334~0.0508、0.0688~0.0875、0.0379~0.0467。红蓼种内最大遗传距离小于其与混伪品的种间最小遗传距离,表明ITS2条形码可以准确鉴定水红花子与其混伪品。此外,基于ITS2序列构建的NJ树也可将水红花子及其混伪品明显区分开。结论:ITS2条形码是鉴别水红花子药材的有效工具,可为保障该药材生产投料安全提供新的技术手段。     

党参药材及其混伪品的ITS/ITS2条形码鉴定研究

为简便有效地鉴定党参药材及其混伪品并验证ITS/ITS2 序列作为DNA 条形码鉴定药材的稳定性和准确性,本研究选用党参药材及其混伪品作为研究对象,对33 份药材样本提取基因组DNA,通过PCR 扩增ITS 序列,采用比对法、最小距离法对序列鉴定能力进行评估。通过序列比对,分析变异位点信息确定不同的单倍型并计算种内和种间K2P 距离。ITS2 序列采用基于隐马尔可夫模型的HMMer（Hidden Markov Model）注释方法获得。结果表明,党参药材3 个基原物种ITS 序列长度为654-655 bp,ITS2 序列长度均为239 bp,ITS/ITS2 序列种内平均K2P 遗传距离均远小于其与混伪品的种间平均K2P 遗传距离,因此ITS/ITS2 序列作为DNA 条形码能稳定、准确鉴别党参药材及其混伪品,为其鉴定提供新的技术手段。     

蔓荆子药材及其混伪品DNA条形码鉴定研究

本研究应用ITS2序列鉴别蔓荆子及其混伪品,收集药材和基原植物样本共46份,通过提取基因组DNA、PCR扩增和双向测序获得ITS2序列,经CodonCode Aligner V4.2拼接注释获得序列,应用MEGA5.0对序列进行分析比对,计算种内和种间遗传距离（Kimura 2-Parameter,K2P）,构建系统发育NJ树进行鉴定。结果表明,蔓荆子药材基于ITS2序列的种内最大K2P遗传距离均小于其与混伪品的种间最小K2P遗传距离,NJ树显示蔓荆子药材与其混伪品可明显分开,表现出良好的单系性。因此,应用ITS2序列能够准确地鉴定蔓荆子药材及其混伪品。     

桑白皮及其混伪品的DNA条形码鉴定研究

为了探索鉴定桑白皮及其混伪品的新方法,本实验提取桑白皮药材及其混伪品的DNA,对ITS2序列进行PCR扩增和双向测序,应用CodonCode Aligner V3.0对测序峰图进行校对拼接,去除低质量序列及引物区,获得ITS2序列。利用MEGA4.0软件计算物种种内种间Kimura 2-pa-rameter(K2P)遗传距离。采用相似性搜索法、最近距离法、构建NJ系统聚类树等方法进行鉴定分析。结果表明桑白皮药材与其混伪品之间的K2P遗传距离分布于0.003~0.343,大于桑种内K2P遗传距离0,NJ树也显示桑白皮可与其混伪品明显分开。因此,ITS2条形码可有效鉴别中药材桑白皮及其混伪品,为快速准确地鉴定桑白皮提供了科学依据和新的方法。     

基于COI条形码的麝香及其混伪品的DNA分子鉴定

目的：利用COI序列对麝香及其常见混伪品进行DNA条形码鉴别,研究鉴定麝香的新方法。方法：对麝香及其混伪品共7种12份样品的COI条形码序列进行研究,分析药材正品来源的种内变异,与混伪品的种间变异,以及NJ树的聚类情况。结果：麝香种内COI序列变异很小,种间存在较多的变异位点,种间的遗传距离显著大于种内的遗传距离。由所构建的系统聚类树可以看出,麝香的正品聚在一起,支持率较高,且各物种又形成相对独立的枝,与其混伪品能够很明显区分开。结论：运用COI条形码序列能够准确鉴定麝香的正品来源及其混伪品,本研究为麝香的鉴别提供了新方法,在其他动物药品种鉴定中也具有一定的参考价值。     

基于FTIR的天南星及其混伪品鉴别

目的建立傅里叶红外光谱(FTIR)快速鉴别天南星及其混伪品。方法应用FTIR测定10种、30批天南星及其混伪品在4 000~400 cm^-1红外光谱范围的吸收情况,并对不同样品的红外光谱吸收峰特征进行比较与聚类分析。结果 30批样品的红外光谱在波数4 000~2 000 cm^-1内有2个共同吸收峰,无显著吸收差异;在波数2 000~400 cm^-1内吸收峰较多,具有明显吸收差异;16批不同产地的天南星红外光谱图较为相似,相关系数均大于0.9;在波数为1 323 cm^-1、1 736 cm^-1处的吸收可以将天南星与大部分同属混伪品进行区分。30批样品可分为3大类。结论该方法准确稳定,重复性好,可用于天南星的质量控制。     

基于ITS2序列鉴定川贝母及其混伪品基原植物

本研究对川贝母5种不同基原植物ITS2序列进行PCR扩增和测序;同时扩大研究范围,从GenBank上下载川贝母及其常见混伪品共10个物种13个样本的ITS2序列。用MEGA4.1计算其种间、种内的K-2-P距离,并分析各样本间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列重构其系统发育树。结果显示川贝母基原植物种内最大K-2-P距离为0.0276,与混伪品的种间最小K-2-P距离为0.0583;川贝母及其混伪品的ITS2二级结构存在明显差异;重构的系统发育树显示川贝母不同基原物种聚为一支,能较好与混伪品区分。研究结果表明ITS2条形码序列能够成功鉴定川贝母及其混伪品的原植物,为川贝母混伪鉴别提供了新工具。     

基于叶绿体DNA序列的多基原黄精分子鉴定

目的 通过分析rpl20-rps12、trnL-trnF及psbA-trnH序列变异特点,评价其对3种不同基原黄精的鉴定能力。方法 分别提取3种基原黄精总DNA,以rpl20-rps12、trnL-trnF及psbA-trnH引物进行聚合酶链式反应（PCR）扩增和测序。采用MEGA 5软件寻找其特异位点,计算样品K2-P（Kimura 2-parameter）遗传距离,并构建邻接（neighbor-joining,NJ）系统聚类树。结果 rpl20-rps12、trnL-trnF及psbA-trnH序列长度分别为722~737、293、457~531 bp,简约信息位点占比分别为0.4%、1.0%和2.4%。rpl20-rps12和psbA-trnH序列中种内最大遗传距离均小于种间最小遗传距离。基于3个序列构建的NJ树显示,3种基原黄精都表现出良好单系性,能明显区分。结论 从序列特点和种内、种间变异性综合分析,rpl20-rps12序列更适宜黄精的基原鉴定。     

射干与川射干及其混伪品ITS2序列鉴定研究

目的：应用ITS2序列对药材射干与川射干及其混伪品进行DNA条形码鉴定研究,保障临床用药安全。方法：提取射干、川射干及其混伪品和近缘种的DNA,经PCR扩增后测序,通过CodonCode Aligner V3.7.1对测序序列进行质量分析和拼接,基于MEGA5.1中的K2P模型计算射干与川射干及其混伪品的种内、种间遗传距离及构建系统聚类树。结果：射干的ITS2序列比对后长度为272 bp,种内最大K2P距离为0,平均GC含量为52.22%。川射干的ITS2序列比对后序列长度为268 bp,种内最大K2P距离为0.004,平均GC含量为67.87%。射干、川射干的种内最大K2P距离均小于与混伪品的种间最小K2P距离。基于ITS2序列构建NJ 聚类树,射干、川射干能各自聚为一支,呈现出较好的单系性,能很好地与其混伪品白及、山菅、黄花射干,以及近缘种德国鸢尾、北陵鸢尾明显区分开。结论：ITS2序列在药材射干与川射干及其混伪品和近缘种的鉴定方面具有很好的鉴定效果,对保障射干与川射干的用药安全具有重要意义。     

高良姜及其混淆品的分子鉴定

目的:探讨基于ITS2条形码序列鉴定高良姜及其混淆品的新方法。方法:本研究对高良姜及其混淆品6个物种9份样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,同时扩大研究范围从Gen-Bank上下载同属共15个物种37个样本。用MEGA4.1计算其种间、种内的K2P距离,并分析各样本间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列重构其系统发育树。结果:高良姜基源植物种内最大K2P距离为0.0171,与混伪品的种间最小K2P距离为0.0469;高良姜及其混淆品的ITS2二级结构存在明显差异;重构的系统发育树显示高良姜的不同来源聚在一支,能较好与混淆品区分。结论:ITS2序列能够成功鉴定高良姜及其易混淆品,可以作为高良姜及其混淆品的分子鉴定工具。     

基于ITS2序列的羌活及其混伪品的DNA条形码鉴定

目的对羌活及其混伪品进行分子鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效。方法利用PCR测序法,对样品进行核基因ITS2片段扩增并双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA4.0进行相关数据分析,并构建邻接(NJ)树。利用已建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果羌活与宽叶羌活ITS2序列长度均为228 bp,二者种内平均K2P(Kimura-2-parameter)遗传距离均远远小于其与混伪品的种间平均K2P遗传距离;由所构建的系统聚类树图可以看出,羌活与宽叶羌活均表现出了单系性,而同时又与其他混伪品明显分开;比较ITS2二级结构发现,羌活基原植物与其混伪品在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋发出时的角度均有明显差异。结论 ITS2序列作为DNA条形码可以方便快捷地鉴别羌活及其混伪品,为其种质资源鉴定及临床安全用药提供了重要分子依据。     

基于ITS2序列鉴定中药材升麻及其混伪品

该研究选用ITS2序列对升麻及其混伪品进行分子鉴定,从而确保用药安全。实验采用DNA条形码技术,对升麻及其混伪品的ITS2核基因片段进行扩增并双向测序,经CodonCode Aligner V3.7.1拼接后,利用MEGA 5.0软件对相关数据分析,构建邻接（NJ）系统聚类树进行鉴定分析。结果表明升麻药材的3个基原物种：大三叶升麻Cimicifuga heracleifolia、升麻C. foetida、兴安升麻C. dahurica,其ITS2序列长度分别为217,219,219 bp,3个基原物种ITS2序列与混伪品的种间平均K2P距离大于其种内平均K2P距离,ITS2系统发育树显示,升麻的3个基原物种均各自聚为一单系分支,并与其他混伪品明显分开。ITS2序列能够有效准确地鉴别中药材升麻及其混伪品。     

白及与其混伪品ITS2序列二级结构比较与鉴别

目的:利用DNA条形码技术通过ITS2序列对白及及其混伪品进行快速、准确鉴别。方法:采用植物基因组DNA提取试剂盒提取白及及其混伪品基因组DNA,对全部收集样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,所得序列经Codon Code Aligner拼接后,利用MEGA7.0软件进行数据分析计算物种种间种内Kimura2-parameter(K2P)遗传距离。采用最近距离法及基于ITS2序列构建Neighbor-joining(NJ)系统聚类树,结合ITS2序列二级结构相比对的方法鉴别分析。结果:K2P遗传距离及NJ聚类树均显示只能鉴别出白及属与其他科属物种,区分不开白及属内3个物种,结合ITS2二级结构进一步鉴定,可将白及属的各个种及其他科属混伪品准确地鉴别出来。结论:利用ITS2序列作为DNA条形码,结合ITS2序列的二级结构可以有效地鉴定白及及其混伪品。